Enzime
Enzimele - biocatalizatori
Caracteristici comune cu
chemocatalizatorii
• Măresc viteza de reacție pe
seama reducerii energiei de
activare
• Nu modifică constanta de
echilibru a unei reacții
reversibile
• Acționează în cantități mici
• La sfârșitul reacției se
regăsesc neschimbate*
Carcteristici particulare ale
enzimelor
• Activitate
• Selectivitate
• Condiții blânde de reacție
• Deplină compatibilitate cu
mediul
• Pot fi obiectul reglării
• Pot fi utilizate „ex vivo”
 Clasificarea enzimelor
1. Oxidoreductaze • Reactii de transfer de electroni

2. Transferaze • Reacții de transfer de diferite grupări

3. Hidrolaze • Reacții de rupere hidrolitica a unor legături

4. Liaze • Reacții de adiție / eliminare

5. Izomeraze • Reacții de izomerizare

6. Ligaze (Sintetaze) • Reacții de condensare

 Codificarea enzimelor

Ex. E.C. 1.1.1.1 Alcool dehidrogenzaza

1. Clasa : oxidoreductaze
1. Subclasa: donor de electroni CH-OH
1. Subsubclasa acceptorul de electroni
1. Enzima 1
 1. Modelul lacăt – cheie
(lock-key)
Emil Fischer 1894

Emil Fischer
(1852 – 1919)

• Presupune o conformaţie rigidă a enzimei.

• Nu explică:
– Selectivitatea largă de substrat
– Faptul că enzimele care catalizează transformarea substratuilor
voluminoase au eficienţă mai redusă fată de substraturile mici
 2. Modelul ataşării prin trei puncte
Ogston (1948)
Explică stereoselectivitatea prin atașarea cea mai
stabilă (trei puncte) a eutomerului
Al. George Ogston
1911-1996
 3. Modelul ajustării induse
(induced fit) Koshland 1960

Daniel KOSHLAND
1920-2007

La apropierea glucozei (roşu) de hexokinază (albastru) aceasta îşi schimbă

conformaţia pentru a putea include molecula de glucoză în situsul catalitic
– Explică necesitatea unor caracteristrici structurale
suplimentare fată de grupele reactive din substrat
– Explică selectivitatea largă de substrat a unor enzime
 4. Modelul desolvatării
solvatării-substituţiei (Dewar
(1986)
• Cinetica enzimatică similară cineticii in fază
gazoasă
M.J.DEWAR • Substratul substituie apa din situsul catalitic
1918-1997
• Grupările reactive din substrat şi din enzimă
interacţionează fără perturbaţia provocată
de apă
• Explică de ce substratuile mici sunt
convertite cu viteză mai mică decât
substratuile voluminoase, din cauza faptului
că acestea nu pot substitui întreaga
cantitate de apă din situsul catalitic
Reactie
necatalitică

Reactie
enzimatică
 Destabilizarea complexului ES
Ecuaţia lui Kurz
=
Kn = kn
E+S E+T E+P
=
ES
KS KT
Transformare = ke
enzimatica Ke
=
= ES ET E+P
G
e

E+S
ES Ecuaţia lui KURTZ
Gdest

k n K n K T
EP
E+P
  
coordonata de reactie
=
E+S ES ES E+P k e K e KS
 =
 
Kn = kn
[E][T ] [ET ] E+S E+T E+P
K n  , respectiv K e 
[E][S] [ES]
KS KT
= ke
 
Ke
vn  [T ] şi ve  [ET ] ES ET
=
E+P

k BT  k BT 
kn  Kn respectiv ke  Ke
h h
k e K e [E][S] [E][T  ]
  KS  iar K T 
kn Kn [ES] [ET  ]

ke Ke≠ ET ≠ E S KS
= ≠= ≠
=
kn Kn ES E T KT
Analogii plani ai prolinei, sunt inhibitori ai prolin racemazei. Legarea acestora la
Situsul catalitic al enzimei se face de 160 de ori mai puternic decât în cazul prolinei
 Selectivitatea
(bio)catalizatorilor
Selectivitate de substrat Selectivitate de produs
(specificitate) P2
k1
k1
S1 P1
Biocatalizator S Biocatalizator

S2 P2
k2 k2

chemo- P2
regio-
Stereo- selectivitate
-enatiomer(top)-
-diastereomer(top)-
- geometric
 Chemoselectivitate

Substrat Produs
A1 X1
A1 X2
k1
A1 A2 k1

k2
A2 X2 X1 A2
k2
 Regioselectivitate

Substrat Produs
A X
X
k1
A k1 A

A k2 A
k2
A X X
 Enantioselectivitate
Produs = selectivitate enantioptopa
(asimetrizarean substratului)

Substrat : selectivitate enantiomera X B

A B X B k1
k1 A C D
C D C D k2
C D B X

B fete enantiotope C D
A B X
k2

C D C D

X B

k1 C D
A A
k2 B X
Conversia maxima raportata la eutomer: C D
50 %
grupe enantitope C D
 Diastereoselectivitate
Produs = selectivitate diastereoptopa

Substrat = selectivitate diastereomera X B

A B X B k1
k1 A C* D

C* D C* D k2 B
C* D X

fete diastereotope C* D
B A B X
k2

C* D C* D
X B

k1 C* D
A A

Conversia maxima raportata la eutomer: k2 B X

C* D
50 %
grupe diastereotope C* D
 Bazele cinetice ale selectivităţii

k1
k1 P1 S1 P1

S
k2 k2 ET2
S2 P2
P2

k1>k2 [P1] > [P2] ET1

G2

G1 S

[P1] > [P2]

E+P1 E+P2
1. Efectul de proximitate
Efectul de
Proximitate
(cont)
2. Cataliza acido-
bazică
3. Formare de Enz S2

Intermediari S1 X S1 Enz S1 S2
covalenţi X Enz

intermediar covalent
-
O O O
-
R O P OR1 R O P OR1 R O P O Fosforil-enzimă
- -
O Enz-Y O Enz-Y
Enz-Y

-
O O O

R C X R C X R C Acil-enzimă
Enz-Y Enz-Y
Enz-Y

OH OH

O O
HO HO Glucozil-enzimă
HO HO
X Y-Enz
OH OH

Enz-Y
 4. Cataliza prin ioni metalici
1. Stabilizare de sarcini negative prin vacanţele orbitale ale ionilor
metalelor tranziţionale
2. Generare de nucleofili în condiţii fiziologice date

Anhidraza carbonică
 Interacţiunea enzimă - substrat

Lactat Piruvat

H
NH N H CH3 NH NH CH3
H N N
H
O C H O C
Histidina NAD
+

O O O O

H2N NH2 H2N NH2

Arginina
NH NH

Aminoacizi
contact
auxiliari
conformaţionali
neutri
 Situsul catalitic şi mecanismul alcool
dehidrogenazei din Saccharomyces cerevisiae

His
CysS

Zn+2 SCys

Regula lui Prelog HR

H OH S

N HS L

S L CONH2
S
fata "Re" fata "Si"
 Mecanismul de acţiune al serin hidrolazelor
1 2
3

O O
O
H N N H O C H N N H O
- C H N N O
O O O O
O O
R1 N C1 R1 N C1
R1 NH2 C1
H R2 R2
H R2
grupă fugace

complex enzimă-substrat intermediar tetraedric acil enzimă

5 6
4

O O
O
C H N N H O C H N N H O
C H N N O -
O O O
H O O
O O C1 O C1
O C1
H R2 R2
H R2 H

acil enzimă intermediar tetraedric Complex enzimă produs

Lipaze, chimotripsina, tripsina, subtilizina,

 Mecanismul de acţiune al proteazelor aspartice

Pepsina, chimozina, renina, proteaza HIV-1,

 Cofactori enzimatici
• Minerali:
• Ioni metalici Na+, K+, Ca2+, Zn+2, Mnn+, Fe2+,Fe3+

• Organici:
• Coenzime
• Atașate prin legături noncovalente, structuri dializabile)
• Necesită regenerare. Aceasta se face de regulă cu alte enzime

• Grupe prostetice
• Atașate prin legături covalente, structuri nundializabile
• Necesită regenerare. Aceasta se face de regulă cu aceeași
enzimă
Tiamina (Vitamina B1) și tiaminpirofosfatul
 CH3 CH3
OH R2 R2 OH
N CO2- N CH3
CH H3C R1 H3C R1 O
O
CH3 H3C C C CO2-
C S C S
C
O H3C
H3C a CH CH3 C CH3
H O H3C CHO H O
Acetoina Acetolactat
HO HO CO2-

CH3 CH3 CH3

CH3
R2 R2 R2
R2
N N N
N
CH3 R1 R1 H3C R1 R1
H3C
H3C
O C S S S S
(H+) C C C
- a HO
C O
C O- HO HO
O - CO2
O (H+) [O]
Piruvat

CH3
R2 CH3
N R2
H3C H3C R1 N
H3C R1
C H C S
H C S
O a H O H2 O HOPO3-2
Acetaldehidă O

NH2 O O- H3C
H3C
CH2 (CH2)2 O P OH
C O-
R2 = N - C OPO3-2
O P O
R1 = O
O
O Acetat
H3C N
Acetilfosfat
 Mecanismul transcetolazelor
CHO

CH OH Aldehidă 3-fosfoglicerică (APG)

CH3 CH2OPO3-2
CH3
R2 R2 CH3 CH3
N N R2
R1 R2
R1 CH2OH N N
S R1 R1 CH2OH
S CH2OH
C OH S S
C OH C OH
CH2OH O CH

C O H
(H+) CH OH HB
CH O
HO CH B CH2OPO3-2
CH OH
CH OH
CH OH
CH2OPO3-2 CH3
R2 CH OH
D-Xilulozo-5-fosfat N
R1 CH2OH CH2OPO3-2
S H
C O D-Ribozo-5-fosfat
CH2OH
HO CH
C O
CH OH O
HO CH -
CH OH O P OH
CH OH
CH OH R1 = (CH2)2 O O
CH OH P
CH3 CH2OPO3-2 -
O O
CH OH R2
N
CH2OPO3-2 R1 NH2
+
H
S
D-Sedoheptulozo-7-fosfat CH2
N
R2 =

H3C N
Cofactori flavinici
Comportamentul redox al structurilor flavinice
Reacția cu oxigenul

Reacția Bayer-Villiger

e-caprolactona
Cofactori PLP

Inversie configuraţională

Decarboxilare
Reacția de transaminare
Biotina
(biotin carboxilaze)

proteina purtatoare de
carboxibiotina

NH
O
-
O S
NH
H2C
C
O O
O
SCoA
PO3-2

domeniu domeniu
biotincarboxilazic transcarboxilazic