6.

MODELE METABOLICE OSCILATORII

6.1. Elemente de teoria oscilațiilor în procese cinetice biochimice.

Procese antagonice-cooperative la nivel celular

A. Generalități

 Oscilațiile sunt schimbări periodice ale caracteristicilor sistemelor biologice;

 Perioada (frecvența) oscilațiilor, la nivel celular, este legată de ”ceasul biologic”:

– oscilații biomacromolecule;
– oscilații biochimice;
– ritm biologic și ciclu celular;
– contracții cord și respirația;
– schimbări periodice ale T( perioadă oscilație);
– etc.
460
 Schimbările periodice regulate ale masei reprezintă cel mai important tip de
regim staționar. Regimurile staționare oscilante regulate se numesc atractori;

 Dacă sistemul prezintă oscilații periodice regulate, independent de condițiile

inițiale, susținute de sistemul însuși, el se numește sistem oscilatoriu auto-
întreținut;

 În planul fazelor, regimul auto-întreținut are o traiectorie izolată închisă (ciclu

limită). Într-un astfel de sistem, oscilațiile sunt stabile;

Exemple de astfel de self-oscillations:

– procese metabolice;
– fotosinteza;
– variația [Ca2+] în celulă;

iar la nivel de macro-populație:

– oscilațiile mușchiului cardiac;
– variația numărului de membri ai populațiilor de animale;
461
 S X1 X2

 Sistemele oscilatorii spontane chimice prezintă analogii foarte mari în forma

oscilogramei;

 Oscilațiile reprezintă tranziții periodice între mai multe stări staționare în timp
și spațiu;

 Periodicitatea în timp se datorează instabilității create de mai multe stări /

”forțe” ce ”deplasează” sistemul între mai multe stări stabile (fiind cu atât mai
puternice la zona de interfață comună între zonele de stabilitate);
462
 Periodicitatea spațială este cauzată de procesul de propagare și împrăștiere
ritmică;

 Principiile generale de apariție a unui fenomen oscilatoriu sunt:

– oscilațiile susținute apar doar în sisteme termodinamice deschise, aflate

departe de starea de echilibru;
– sistemele oscilante posedă întotdeauna mai mult de un grad de libertate
cinetică:

 dX 1  
  0 
 dt S 
  cel putin 2QSS
 dX 2  
  0 
 dt S 

– există relații foarte neliniare între forțele motrice ale sistemului și vitezele
de reacție r  X  ;

– sistemele oscilante conțin întotdeauna stări instabile;

463
 – oscilațiile sunt rezultatul cuplării cinetice reciproce dintre procese care
altminteri sunt independente;
– oscilațiile în sisteme fizico-chimice sunt întotdeauna acompaniate de
propagare spațială, fiind simultan spațial/temporale;

 Comportamentul dinamic rezultă din bucle de reglare inversă (+) și (-).

Sistemul acționează astfel asupra lui însuși, printr-un lanț de reacții ce produc
aceste efecte de inhibiție/amplificare cinetică;

 Procesul oscilatoriu este produs în jurul unui ”nucleu” / ”nod” de oscilație, iar
comportamentul periodic al acestei/acestor specii este apoi propagat în toată
schema cinetică;

 În sistemele chimice pot exista două tipuri de bucle de reglare inversă:

– reglare inversă ne-sistemică: A+X X+X

k Ieșirile din sistem (X) acționează

A X
asupra intrărilor (X) dar nu influențează
constantele de viteză ale buclei.
X
464
– reglare inversă sistemică:

S P
kap

S
rS   k ap  S
P
KS  S 
K

Ieșirile din sistem afectează constanta cinetică

(constanta de transfer intrare/ieșire).

465
 Există deci patru alternative de reglare oscilatorie a unui nod X :

Bucle de reglare (+):

+ -
X X

Buclele de reglare (+) ale nodului X implică activarea sintezei nodului sau
inhibiția consumului lui X ;

Bucle de reglare (-):

- +
X X

Buclele de reglare (-) ale nodului X implică inhibiția sintezei nodului sau
activarea consumului lui X ;

466
 Tipuri de oscilograme ale nodurilor X :

(+) feedback (variabile “trigger”) (forță motrice) (flip-flow)

467
 (-) feedback (variabile de “recover”) (recuperare) (sawtooth)

 Deci speciile motrice direct implicate/cauzale pentru motorul oscilațiilor prezintă

curbe cinetice de tip “flip-flop”, iar speciile implicate în buclele de reglare (-), de
tip “recover” ale sistemului, prezintă oscilograme de tip “dinte”, fără instabilități;

 Buclele de reglare inversă (+) tind să destabilizeze sistemul, iar cele de reglare
inversă (-) să îl readucă la starea stabilă (QSS);

468
 Cele patru moduri de acțiune asupra unui nod de oscilație sunt:

+
rapid

X
lent
–

+ –

X X
– –

+ –

X X
+ +
469
 Variabilele direct implicate în reacțiile / buclele de reglare ale nodului motor
prezintă o instabilitate ridicată și oscilograme abrupte de tranziție între două stări
staționare succesive, cu paliere mari de ”rest” (odihnă);

 Variabilele la care se propagă oscilațiile prezintă oscilograme mai puțin

abrupte (de tip ”dinte”);

 Oscilogramele sinusoidale nu sunt caracteristice proceselor de oscilație simple

ci celor complexe (și în general nu sunt caracteristice sistemelor chimice);

 Oscilațiile temporale sunt întotdeauna însoțite de oscilații spațiale datorate

propagării lor;

 Mecanismul cinetic necesită cel puțin două reacții / constante cinetice, adică
câte una pentru fiecare buclă;

 Apariția oscilațiilor depinde nu numai de prezența ambelor tipuri de feedback

(+) și (-), dar și de raportul corect / potrivit între parametrii temporali ai
buclelor de reglare.
470
 B. Condiții necesare și suficiente de producere a oscilațiilor

 Heinzle (1982) dă un review al condițiilor necesare de oscilații pentru o cinetică

M-M, implicând variația coeficientului stoechiometric Y (conversie) cu S:

X
S X

 dX  mSX
 dt   DX
KS  S dc

 dS  dt  f c , k , t 
1  mSX 
  rS,Syn   
 dt Y KS  S M    f 
Y  a  bS   c 
 



471
 Agrawal et. al. (1982) dă condițiile necesare și suficiente de apariție a oscilațiilor
stabile, prin liniarizarea sistemului cinetic:

 dS
 dt  N  r

 M  N  r
 S

 trace M  QSS  0 (necesară)

 trace B  QSS  0 (suficientă de bifurcație)

 B  M
 k


(T. Friedrich)

472
 Verificarea punctelor QSS pentru soluții periodice (stări oscilatorii) într-un punct
S0 staționar se face prin integrarea de-a lungul unei perioade T a sistemului
cinetic, pornind din S0 :

dS 
 dt  f ( S , p )  S   S0 
    ;    
d A M ( S , p )  A  A t 0  I 
   
 dt 
 Matricea A (t = T) este o matrice de monodromie;

 Valorile proprii ale lui A│t = T sunt

multiplicatori Floquet;
 Dacă toți multiplicatorii Floquet
(complecși) sunt în interiorul cercului
unitate al planului complex, soluția
periodică S(t) este stabilă:

 Dacă o pereche de multiplicatori

Floquet sunt în afara cercului unitate,
soluția periodică S(t) este instabilă
(punct de bifurcație Hopf); 473
 Schuster (1996) prezintă mai multe teoreme de condiție a oscilațiilor în sisteme
biologice;

 Sistemele metabolice prezintă oscilații auto-întreținute;

 Oscilațiile (fluctuații ale variabilelor) sunt de două tipuri:

● curbe închise (sisteme neliniare);
● cicluri limită (traiectorii care se reîntorc în orbita originală)
(sisteme neliniare);

 Exemple de oscilații metabolice:

● ciclul celular (perioada  102 – 103 min);
● glicoliza (perioada  minute);
● sinteza AMP-ciclic;
● variația [Ca2+] sub influența hormonilor;

 Oscilatorii autonomi trebuie să aibă n > 1 ;

474
 Pentru un sistem de n = 2 variabile, există mai multe teoreme de apariție a
oscilațiilor:
 dS1
 dt  f1 ( S )

 dS2  f ( S )
 dt 2

 Teorema 1 (Poincare & Bendixson):

Dacă și numai dacă o traiectorie rămâne pentru t0  t <  într-o regiune
finită D a planului fazelor, fără să se apropie de starea staționară, ea este
o traiectorie oscilantă de tip ciclu închis, sau tinde către un astfel de ciclu
pentru t  ;

 Teorema 2 (Bendixson):
Dacă expresia ( f1 / S1 +  f2 / S2) nu își schimă semnul într-o regiune
finită D a planului fazelor, atunci D nu conține nicio traiectorie periodică;

475
  Teorema 3 (Hanusse):
Sistemele chimice cu două variabile (n = 2) nu pot avea cicluri limită dacă
conțin doar reacții mono- și bi-moleculare;

 Teorema 4 (Hearon & Bak):

Sistemele chimice care includ doar reacții de ordin unu, prezintă valori
proprii ale Jacobianului (M) reale și negative, ceea ce exclude oscilații
neciclice sau cicluri limită;

 Pentru a obține o bifurcație Hopf, de la care pot să apară fenomene oscilatorii,

este necesar ca:

tr ( M )  0 (negativ ce poate deveni pozitiv pentru unii k)

 0

det ( M )  0


476
 6.2. Modele cinetice pentru procese oscilatorii metabolice

A. Modelul oscilatoriu al glicolizei (Betz & Sel Kov, 1969)

 Una dintre etapele glicolizei este simultan activată / inhibată generând un proces
oscilatoriu pentru întreg procesul;

 Astfel, în timpul glicolizei, concentrațiile de F6P (fructoză-6-fosfat) și FP2

(fructoză-bifosfat) prezintă oscilații mari, generate de PFK (fosfofructokinază)
care își schimbă mult activitatea. O activare a PFK de către FP2 produce
această comportare oscilatorie;

 Modelul cinetic:
 dS1 
 dt  rS ,Syn  k 2 S1S 2


 dS2  k S S  k S
 dt 2 1 2 3 2

S1  F 6 P ; S2  FP 2 ( FDP ) ;   1
rS,Syn = constant ([ADP], [ATP] = constant)
477
 Pentru un sistem Michaelis-Menten de tipul:

+/–
F6P
r1 r2 r3
P1 S1 S2
+/–
FDP

condiția necesară de oscilație este ca:

 r2 r2 r
 tr ( M )     3  0
 S1 S2 S2  0

det ( M )  r2 
r3
0
 S1 S2

 Condiția det ( M )  0 este îndeplinită de sistemul glicolitic prezentat anterior;

 În figura următoare este exemplificat sistemul glicolitic oscilant cu parametrii:

k2  k3  1 S1 ,0  0.5
 2
rS ,Syn  0.95  constant S2 ,0  2
478
S1, S2

Sistemul glicolitic oscilant

(oscilații auto-întreținute în
sistemul Higgins-Selkov)
Timp
A – Concentrațiile S1 și S2 în
funcție de timp;
B – Evoluția spre ciclul limită
și traiectoriile vecine în
planul fazelor.
S2

S1
479
 Concluzii:
● Reacția de glicoliză prezintă un caracter oscilatoriu imprimat de modul de
reglare (+/–) a uneia dintre etape, prin activarea / inhibarea simultană;
● Sistemul devine astfel instabil, evoluând între stările staționare în funcție de
concentrațiile de substrat și produs.

480
B. Model structurat pentru creșterea oscilatorie a celulelor de drojdie
de bere (Heinzle et. al., 1983)
 Substratul procesului de creștere celulară (glucoză, S) produce mai mulți
intermediari celulari și produsul final (R = biomasă, RCX = biomasă totală);
 Procesul este oscilatoriu deoarece unul dintre intermediari (G) este produs și
consumat cu viteze diferite, reglate prin bucle de reglare inversă (+) rapide și (-)
lente;
 Schema de reacții:
rS,Syn
R R
rSE
S E rER
[ R + produși ] = X
R E rEX
rGE
G
R
rT1 rT2 Celulă
T …..

481
 X = G + R + produși
rS,Syn = constant;
X = biomasă totală;
R = produs celular (biomasă reziduală);
S = substrat (glucoză);
G = intermediar de stocare;
E = etanol;
T = enzimă;

 Concentrațiile speciilor sunt exprimate în kg/m3;

 Atunci când substratul (S) este în concentrație mare, rSE și rGE sunt mari,
producând mult etanol (E). Acesta este stocat, fiind apoi transformat în produs
celular (R și X) printr-o reacție lentă;

 Proteina/enzima (T) se consideră a fi în concentrație mică, nefiind inclusă în

biomasa (X). Enzima nu este degradată prin reacția rT2, ci doar inactivată;
482
 Expresiile cinetice (modificate) sunt:

SE  S  R
rSE 
KS  S

rSG  SG  R  e K2 S  e  K1E , (inhibiție empirică cu E, de tip alosteric,

multiplă)
rGE  GE  G  T  R

 ER  E  R
rER 
KE  E
1
rEX   m  E  R
YE / X
T1  R
rT1  n , (inhibiție empirică cu E, de tip Hill)
 K G  R K ET 
1  
 G E 
rT2  T2  T  R
483
 Parametrii cinetici și ecuațiile de bilanț:

d [S ]
 dt  rS ,Syn  rSE  rSG  D  [ S ]

d [ E ]  YE G  rGE  YE S  rSE  rEX  D  [ E ]
 dt
 d [ G ]
  rSG  rGE  D  [ G ]
 dt
d [ R ]  rER  D  [ R ]
 dt

 d [T ]  rT 1  rT 2  D  [T ]
 dt

D = viteza de diluție (datorită creșterii volumetrice) = 

ln( Vfinal / V0 )
D
t ciclu

484
 Parametrii cinetici:

D = 0.05 (1/h) ; T1 = 0.5 (1/h) ;

rS,Syn = 1 (kg/m3•h) ; KG = 0.01 ;

SE = 0.3 (1/h) ; KET = 0.1 (kg/m3) ;

KS = 0.1 (kg/m3) ; n=3;
ER = 0.4 (1/h) ; T2 = 0.5 [(1/h)/(g/m3)] ;
KE = 0.2 (kg/m3) ; S0 = 0.004 (kg/m3 );
SG = 0.1 (1/h) ; E0 = 0.2 (kg/m3 );
K1 = 1 (m3/kg) ; G0 = 0.4 (kg/m3 );
K2 = 1 (m3/kg) ; R0 = 2 (kg/m3 );
YE/G = YE/S = 0.51 ; T0 = 0.2 (g/m3).
GE = 0.2 [(1/h)/(kg/m3)2/(g/m3)] ;

485
 Concluzii:
● Sistemul de creștere a celulelor de drojdie pe culturi de S. cerevisiae prezintă
oscilații continue (observate experimental) atunci când sunt produse cantități
mici de alcool;

Model YEAST culture

(Heinzle, 1983)
(cu diluție constantă ”alfa”)

486
 ● Descreșterea ratei de diluție (D) și a concentrației de O2, crește perioada de
oscilație. Modelul anterior prezentat, care include stocarea carbohidraților ca
material de rezervă (glicogen și trehaloză), și controlul invers al enzimelor
hidrolitice prin nivele de concentrație, se dovedește a fi satisfăcător.

C. Modelarea ciclului celular în celule eucariote

C1. Introducere
 Modificările periodice ale caracteristicilor sunt tipice sistemelor biologice.

cauzate de ciclurile geo-sistemului

 Variațiile periodice pot fi: (schimbări zi/noapte, anotimpuri, etc.);
cauzate de ceasurile biologice, nelegate
explicit de ciclurile externe ale geo-sistemului;
 Ceasul biologic (exemple):
– oscilații ale bio-macromoleculelor;
– oscilații biochimice;
– respirație ritmică;
487
 – contracții miocardice;
– schimbări ciclice de temperatură a corpului;
– oscilații ale populației celulare;
– etc.;

 Oscilațiile staționare reprezintă schimbări regulate periodice ale unei mărimi

(cantități);

 Oscilațiile amortizate sunt oscilații care evoluează cu descreșterea amplitudinii

către o stare staționară (atractor);

 Sistemele auto-oscilante prezintă oscilații regulate (perioadă și amplitudine

constante) independent de condițiile inițiale, și susținute de proprietățile
sistemului însuși, mai degrabă decât ale forțelor motrice periodice.
În planul fazelor [Im() vs. Re()] sau [Var. stare (1) vs. Var. stare (2)],
oscilațiile auto-întreținute au o traiectorie închisă sub forma unui ciclu limită.
Oscilatorul de acest tip se cheamă LCO (Limit-Cycle-Oscillator);

 Oscilațiile unui LCO sunt stabile (vezi condițiile de stabilitate), perturbațiile

dinamice fiind amortizate;

488
 Exemple de LCO celulare:
– procese metabolice;
– fotosinteza;
– variația [Ca2+] în celulă;
– oscilațiile mușchiului miocardic;
– numărul de indivizi în populațiile de animale.

C2. Sistemul Jacob-Monod de sinteză a două enzime (P1, P2)

prin co-reprimare (sistem bi-stabil)

Circuit GRN bi-stabil

 Produșii (P1, P2) se reprimă (reciproc)

prin blocarea sintezei mRNA, și deci
împiedicarea expresiei (E1, E2) genelor
(G1, G2);

 Sistemul este stabil deoarece este

puternic reglat (cu viteze mari), mai mari
decât vitezele reacțiilor de sinteză;
489
 Modelul este (Goodwin; Chernavskii; etc.):

 dP1 A1
 dt   q1P1
B1  P2m


 dP2  A2
 q 2 P2
 dt B2  P1m

 m = coeficientul alosteric de inhibare cu proteinele (P1, P2), presupuse a se găsi

din abundență. Pentru m = 2 există trei stări QSS, sistemul competitiv evoluând
între cele 3 stări staţionare:
Sistemul competitiv Jacob-Monod, m = 2
P1
 Astfel de sisteme bi-stabile apar în ciclurile
●a
celulare, când trecerea dintr-o stare în alta
este provocată de:
b ● adăugarea de un anumit tip (raport) de
●
substrat (S1, S2) (principiul bio-senzorilor);
●
c ● variația parametrilor prin creșterea celulară.
 În acest fel, o stare QSS poate deveni
P2
instabilă, cauzând trecerea sistemului către o
altă stare QSS. 490
 C3. Modelul Lotka-Volterra de interacții competitive între două
specii în cicluri oscilante (sistem prădător-pradă)

A (exces mare) X Y B

 dX
 dt  k0  k1 XY

 dY X = pradă
  k1 XY  k 2Y
 dt Y = prădător
 dB  k Y
 dt 2

 Pentru anumite valori ale parametrilor, sistemul evoluează către o stare stabilă:

491
 Exemple de circuite cu trei module GERM (Repressilator in E. coli):

● Model de tip Hill (Ellowitz & Leibler, 2000):

 d ( mRNA )i ai , 0
  a i ,0   bi ( mRNA )i
i = G1, G2, G3 = mRNA ; dt 1  Rj n


j = G3, G1, G2 ;  dR j  a ( mRNA )  b R
 dt j j j j

● Model de tip stocastic (Kaznessis, 2006).

492
Genetic switch schema

P = protein (enzyme)
G = gene
I = inducer
R = repressor

493
 Genetic switch principle

P2 P3

I2

Switch response to inducer I2  494