1.

Introducere (Review elemente de biochimie si biologie celulara):

a. Structura celulei procariote si eucariote (sumar)

Structura celulelor procariote

Celulele procariote (bacteriile si algele verzi-albastre) sunt cele mai raspandite
organsime de pe pamant. Ele contin un nucleu (fara nici o membrana de separatie), citosol
si peretele celular.
Dimensiunile celulelor procariote variaza intre 0.1-10mm. Celulele pot avea trei tipuri
de geometrii: sferica ('cocci'), tije/bastonase ('bacilli'), elicoidala ('spirilla'). Ele pot fi divizate
in doua categorii:
- eubacterii: raspandite in sol, apa, organisme, si care includ bacterii gram-pozitive, gram-
negative si ciano-bacterii.
- archaebacterii: se dezvolta in medii deosebite (ape saline, izvoare termale acide si calde, pe
fundul oceanelor), si care includ bacterii sulfuroase si metanogene.
Structura unei celule procariote este urmatoarea:
- peretele celular (3-25 nm) si membrana externa, cu rol de protectie mecanica,
constituite din proteine si oligozaharide; sunt permeabile la molecule de marime medie (masa
moleculara M > 1000 Da);
- spatiul periplasmatic dintre peretele celular si membrana externa, ocupat de proteine
secretate de celula;
- membrana plasmatica propriu-zisa (8 nm), formata din lipide si proteine; poate forma
'struturi' interne de tipul mezozomilor, cu rol in replicarea DNA si in producerea altor reactii
enzimatice (cum ar fi producerea de ATP sub influenta luminii);
- citosolul apos ce contine diverse macromolecule cum ar fi: enzime, RNA mesager
(mRNA), RNA de transfer (tRNA), compusi organici si ioni necesari metabolismului celular;
- nucleul (lipsit de membrana), incluzand cromozomul constituit din DNA;
- unele celule procariote au si o prelungire a membranei plasmatice sub forma unui
filament (coada).
 Structura celulelor eucariote
Celulele eucariote sunt fie de origine animala sau vegetala / din plante. Ele au un
nucleu separat printr-o membrana de restul celulei, precum si mai multe organite
(‚organele’, corpuri interioare) inconjurate de membrane proprii, fiecare indeplinind o
anumita functie in interiorul celulei.
Structura unei celule eucariote este urmatoarea:
- membrana plasmatica (propriu-zisa), semi-permeabila, cu rol in preluarea
moleculelor de nutrienti din mediul inconjurator (endocitoza) si de eliminare a
moleculelor reziduale (rezultate in urma proceselor metabolice) in mediul exterior
(exocitoza). Semipermeabilitatea membranei este selectiva si asigurata de anumite proteine
'de transport'. Membrana indeplineste de asemenea un rol important in comunicarea cu alte
celule prin intermediul liganzilor (hormoni, neurotransmitatori, etc) legati la proteinele
'receptoare' din structura sa.
- nucleul celular ('nucleus'), care este inconjurat de doua membrane proprii: una
interioara si una exterioara. Membranele includ pori ce permit transportul moleculelor
(mRNA, proteine, ribozomi, etc) intre nucleu si citosol. DNA-ul din nuclu este organizat
sub forma unor cromozomi. O regiune specifica a nucleului (denumita 'nucleolus') este
locul de sinteza a rRNA (componenta RNA a ribozomului). Membrana externa este de regula
legata de RER.
- reticulum endoplasmatic ne-neted (RER) este o retea de membrane si vezicule ce
includ ribozomi cu rol in sinteza membranei, a unor proteine, a fosfolipidelor, si in unele
reactii de detoxficare.
- corpurile Golgi ('Golgi apparatus'), sunt organitele inconjurate de membrana cu rol de
sortare si 'impachetare' a proteinelor. Ele primesc proteinele prin RER, le modifica,
reimpacheteaza in alte vezicule, si le expediaza membranei celulare sau altor organite.
- mitocondria ('mitochondria'), este un organit cu membrana dubla, cu rol in sinteza ATP
(realizata pe membrana interioara 'cristae'), in degradarea acizilor grasi, si in ciclul
acidului citric (realizata in 'matricea centrala').
- cloroplastele ('chloroplasta'), sunt organite ce poseda o dubla membrana si un sistem
intern membranos de vezicule (thylakoid). Ele contin clorofila si au rol in fixarea CO2 si
inmagazinarea energiei luminoase in forma chimica (respectiv producerea de ATP). Ca si
mitocondria, ele contin si DNA necesar sintezei anumitor proteine.
- lizozomi ('lysosomes') apar doar in celulele animale si au o singura membrana. In
interior pH-ul acid (4-5) este mentinut prin pomparea ionilor H+ catre interior. Enzimele din
interiorul lizozomilor (hidrolaze) sunt active doar la pH acid, fiind implicate in degradarea
macromoleculelor in subunitati monomerice astfel: proteazele degradeaza proteinele; lipazele
degradeaza lipidele; fosfatazele indeparteaza grupele fosfat din nucleotide si fosfolipide;
nucleazele degradeaza DNA si RNA. Lizozomii sunt de asemenea implicati in degradarea
macromoleculelor extracelulare captate in cursul procesului de endocitoza.
- peroxizomi ('peroxisomes') sunt organite cu o singura membrana ce contin enzime
implicate in degradarea acizilor grasi si aminoacizilor. Un produs secundar al acestui
proces este H2O2. Fiind toxic, peroxidul de hidrogen este degradat de catre o enzima
(catalaza)
dupa reactia: H2O2 → H2O + 0,5 O2
- citosolul ('cytosol') este acea parte din citoplasma neinclusa in nici una dintre organite si
este mediul metabolismului celular. El contine un numar mare de enzime si proteine.
Citosolul nu este o 'supa' omogena, ci contine un citoschelet, adica o retea fibroasa de a
lungul si de a latul celulei cu rol in mentinerea formei si geometriei celulei. Citoscheletul
include microtuburi (25nm in diametru), filamente (10nm in diametru) si micro-filamente
(8nm in diametru). De asemenea, in citosol mai exista si corpuri/granule fara membrana (cum
ar fi glicogenul in celulele hepatice si musculare; triacilglicina in celulele grase si tesutul
adipos).
- peretele celular al plantelor inconjoara membrana plasmatica a celulei vegetale, ceea ce ii
confera rezistenta si rigiditate. In principal, peretele este constituit din celuloza si lignina.
- vacuolele celulelor plantelor poseda o membrana, si au rol in stocarea de nutrienti
(sucroza), apa, ioni, si produsi metabolici secundari (in special cei cu azot). Vacuolele
prezinta un pH acid si includ o serie de enzime cu rol degradativ. Prin pomparea de apa in
vacuole, presiunea hidrostatica creste deoarece peretele celulei vegetale este rigid.

Celula animala

Celula vegetala
 b. Rolul principalelor componente celulare: aminoacizi, proteine, enzime,
anticorpi, membrane, hormoni, DNA, RNA (prezentare sumara)
Celula contine multi compusi chimici simpli si complecsi (macromolecule). Cei
mai importanti dintre ei sunt: nutrientii preluati din mediul extern, aminoacizi si
proteine, enzime, antivirusi, membrane, DNA, RNA, carbohidrati, lipide, compusi
secundari, ioni, apa, etc. Fiecarei proteine ii corespunde o gena atasata ce o 'codifica'
('encode') cu rol 'catalitic' in sinteza sa. Cele mai simple celule animale contin cateva sute
de proteine (si genele atasate). De exemplu, M genitalium contine 127 perechi gene/proteine,
mitocondria contine ca. 600- 700 proteine, iar corpul uman ca. 100'000 gene/proteine.

In pricipal, metabolismul celular consta in degradarea nutrientilor, importati din

mediul exterior prin membrana semi-permeabila, in molecule mai mici (constituenti
monomerici), si apoi sinteza tuturor constituentilor celulari pe durata unui ciclu de
viata al celulei. In fapt, aceasta inseamna dublarea numarului de molecule de compusi
celulari intr-un ciclu. In acelasi timp, concentratia compusilor celulari raportata la volumul
celulei ramane in final aceeasi cu cea de la inceputul ciclului deoarece volumul celulei se
dubleaza la sfarsitul ciclului.

Este de notat ca o macromolecula raportata la volumul celulei defineste cea mai mica
concentratie celulara, respectiv cea de 1 copynumber = 1 nmol/L.

Structura principalilor compusi celulari este de regula complexa. Pe scurt, ea poate fi

sumarizata in cele ce urmeaza.

Aminoacizii celulari, sunt compusi chimici care contin in molecula lor gruparea
amino, gruparea carboxil, cel putin un atom de hidrogen, si un lant radicalic atasat de
un carbon central (Ca). Aminoacizii pot forma enantiomeri (D,L) si sunt in numar de
20, putand contine lanturi alifatice, nuclee aromate, si sulf:

- aminoacizi cu lanturi alifatice (hidrofobe si inerte chimic): Glicina (Glycine, Gly, G),
Alanina (Alanine, Ala, A), Valina (Valine, Val, V), Leucina (Leucine, Leu, L), Izoleucina
(Isoleucine, Ile, I), Metionina (Methionine, Met, M);

- aminoacizi cu nuclee aromate (hidrofobe): Fenilalanina (Phenylalanine, Phe, P), Tirosina

(Tyrosine, Tyr, Y), Triptofan (Tryptophan, Trp, W);

- aminoacizi cu grupe imino (conformatie rigida): Prolina (Proline, Pro, P);

- aminoacizi cu sulf (hidrofobe, reactive, pot forma punti de sulf): Cisteina (Cysteine, Cys,C);

- aminoacizi cu ioni pozitivi: Arginina (Arginine, Arg, R), Lizina (Lysine, Lys, K);

- aminoacizi cu ioni pozitivi sau neutrii: Histidina (Histidine, His, H);

- aminoacizi cu ioni negativi (cu doua grupe carboxil): Acid Aspartic sau Acid Aspargic
(Aspartic Acid, Asp, D); Acid Glutamic (Glutamic Acid, Glu, E);

- aminoacizi in forma amida (polare, pot forma legaturi de hidrogen): Asparagina

(Asparagine, Asn, N), Glutamina (Glutamine, Gln, Q);

- aminoacizi cu grupe hidroxil (polare, pot forma legaturi de hidrogen): Serina (Serine, Ser,
S), Treonina (Threonine, Thr, T).

Aminoacizii prezinta diferite proprietati fizico-chimice, cum ar fi: polaritate, aciditate,

bazicitate, caracter aromatic, structura compacta, inflexibilitate conformationala, abilitate de
a forma legaturi de hidrogen sau alte legaturi, reactivitate chimica apreciabila.

Proteinele sunt formate dintr-o secventa liniara de aminoacizi legati prin punti
peptidice, adica o legatura intre o grupare a-amino a unui aminoacid si gruparea a-carboxil a
celuilalt aminoacid. De regula, legatura peptidica are un caracter de legatura partial dubla si
aproape intotdeauna se gaseste in configuratia trans. Proteinele se caracterizeaza printr-o
structura primara, secundara, tertiara si cuaternara. Structura primara este data de
secventa liniara de aminoacizi care formeaza proteina respectiva. Pozitiile puntilor de sulf
intre moleculele de cisteina sunt de asemenea incluse in structura primara. Structura
secundara a proteinei se refera la modul regulat de 'indoire' (pliere) a segmentelor din lantul
polipeptidic. De regula structura secundara este sub forma de a-elice (cu aranjament spatial
cilindric) sau b-cutata. In aranjamentul elicoidal, lantul polipeptidic este mentinut prin
legaturi de hidrogen paralele la axa elicei. In aranjamentul cutat, legaturile de hidrogen se
formeaza intre sectiuni adiacente ale lantului care este orientat fie in aceeasi directie (cute
paralele) sau in directie opusa (cute antiparalele). Coturile-b pot inversa secventa de
impachetare a lantului polipeptidic, conectand terminatiile a doua lanturi antiparalele.
Structura tertiara a proteinei se refera la aranjamentul tridimensional al aminoacizilor.
Configuratia spatiala, biologic activa (nativa), este mentinuta prin interactii hidrofobe,
forte electrostatice, legaturi de hidrogen, si legaturi covalente (acolo unde sunt
prezente). Fortele electrostatice includ punti intre grupari opuse electrostatic cat si forte
multiple de tip van der Waals intre lanturile alifatice din interiorul proteinei. Structura
cuaternara este caracteristica proteinelor ce contin doua sau mai multe lanturi polipeptidice.
Subunitatile polipeptidice interactioneaza intre ele (prin punti covalente de sulf, sau
prin legaturi necovalente) si formeaza un aranjament spatial specific, responsabil de
indeplinirea unei anumite funtiuni in celula. Inventarierea functiunilor si stocarea
informatiilor despre structura proteinelor se realizeaza in banci specifice de date, incluzand
zeci de mii de proteine. Structura proteinelor poate fi determinata prin metode fizico-chimice
complexe incluzand: purificare, stabilizare, precipitare, dializa, ultracentrifugare,
cromatografie, electroforeza, spectroscopie.

Enzimele sunt macromolecule cu activitate bio-catalitica reglabila si cu o foarte mare

specificitate privind o anumita reactie sau grupa de reactii. Practic toate enzimele sunt
proteine, desi s-au identificat si unele molecule de RNA cu activitate catalitica. Enzimele
sunt active numai in conditii stricte ale mediului de reactie, marind viteza unui proces
fara a modifica echilibrul chimic din conditiile date. Partea activa a unei anzime este
cea responsabila de legatura cu substratul de reactie si conversia sa in produsi. De
regula, zona activa are forma unei 'crevase' in masa proteinei, loc in care substratul se
cupleaza chimic prin legaturi multiple. Exista doua modele care explica acest mod de legare:
modelul 'lock-andkey' in care substratul si centrul activ au forme perfect complementare,
rigide, care permit cuplarea lor perfecta; modelul 'induced-fit' in care cuplarea chimica a
substratului da nastere la o schimbare conformationala a centrului activ al proteinei si
reciproc a substratului. Specificitatea enzimelor (respectiv a proteinei care o compune)
pentru un anumit substrat este data de proprietatile si aranjamentul spatial al
aminoacizilor din zona activa. In functie de reactiile pe care le catalizeaza, enzimele se
clasifica in sase grupe: hidrolaze, transferaze, oxido-reductaze, liaze si sintetaze,
izomeraze si racemaze. Pentru a rationaliza denumirea enzimelor, a fost introdus un sistem
de codificare in care fiecare enzima este definita printr-un sir de patru numere (Enzyme
Commission, EC number). De exemplu, chemotripsina are codul EC 3.4.21.1.

Activitatea enzimelor este puternic influentata de o serie de factori si conditii de

reactie cum ar fi: temperatura, pH-ul, prezenta inhibitorilor si a coenzimelor
participante la reactie. Evaluarea unei enzime (enzyme assays) masoara conversia
substratului in produsi realizata in conditii de pH, temperatura si cofactor optime pentru
activitatea enzimei respective. Conversia se evalueaza spectrofotometric prin masurarea
schimbarii absorbantei mediului de reactie. Viteza initiala de reactie a unei enzime se
exprima in unitati enzimatice (1 U = 16.67 nano-kat = 1 mmol/min). Termenul de activitate
totala se refera la numarul total de unitati enzimatice dintr-o proba. Activitatea
specifica a unei enzime se refera la numarul de unitati enzimatice per miligram de
proteina/enzima, si se exprima in U/mg.

Anticorpii sunt molecule formate din lanturi polipeptidice cu rol in apararea

organismului fata de germenii patogeni. Fiecare lant are o regiune variabila (V) si o
regiune constanta (C). Sistemul imunitar al unui organism are rolul de a recunoaste
germenii patogeni si de a-i distruge si elimina. Sistemul imunitar umoral utilizeaza
pentru aceasta limfocitele B (un veritabil rezervor de anticorpi), iar cel celular
limfocitele T. Limfocitele produc anticorpi solubili care se cupleaza la germenii patogeni
si ii distrug. Sistemul imunitar actioneaza printr-un raspuns primar si secundar. La
primul contact cu cu antigen strain, se elibereaza imunoglobulina M (IgM) si apoi
imunoglobulina G (IgG). Daca acelasi antigen este intalnit din nou, memoria
imunologica va duce la un raspuns secundar, producand rapid si in cantitate mare IgG.
IgM si IgG se denumesc genereic drept anticorpi. Un numar mare de anticorpi IgG
exista in organismul animal inca inainte de a fi intalnit un antigen strain. Fiecare celula
produce insa un anumit anticorp pe care il expune pe suprafata celulara. Un antigen
extern se leaga la suprafata celulei care expune anticorpul cu structura cea mai
apropiata de a sa, ceea ce cauzeaza proliferarea acestor celule (clonare) si deci
producerea acelui anticorp in concentratie mare. Modul de atac al anticorpilor este
acela al cuplarii la membrana celulei straine si, printr-un sir de reactii proteolitice, al
formarii unor complecsi de atac care distrug membrana plasmatica a germenului
patogen. Imunoglobulinele umane sunt de mai multe tipuri: IgA, IgD, IgE, IgG, IgM, fiecare
clasa continand lanturi polipeptidice cuplate a, d, e, g, si m. IgG este principalul anticorp care
se gaseste in sange. IgM este un anicorp care activeaza producerea de anticorpi in celule si
fagocitoza. IgA este un anticorp prezent in secretii umorale. IgE este un anticorp impotriva
anumitor paraziti, dar este responsabil si de reactiile alergice. Rolul IgD este necunoscut.
Sinteza anticorpilor este complexa, deoarece nu exista gene complete care sa codifice
lanturile peptidice respective. Ca urmare, anticorpii sunt sintetizati fragment cu fragment
(fiecare fragment de catre o alta gena) si apoi asamblate prin asa-numita 'recombinare
somatica'. Corpul uman, care contine ca. 105 gene, poate sintetiza 1015 anticorpi. Acest
proces se desfasoara in limfocitele B unde, prin asamblarea diferitelor fragmente de DNA, ia
nastere gena unei noi imunoglobuline.
 Membranele sunt structuri ce definesc frontierele celulelor si organitelor interne
ale acestora, fiind veritabile bariere in calea compusilor din mediul extern. Membranele
sunt permeabile in mod selectiv (prin implicarea proteinelor din structura), fiind totodata
implicate si in procese de semnalare interne. Membranele contin proteine, lipide, si mici
cantitati de carbohidrati. Ele contin acizi grasi cu caracter amfoter, avand atat grupari
hidrofobe cat si hidrofile. Lipidele sunt distribuite in doua straturi paralele, avand
orientate gruparile hidrofile catre exterior. Datorita acestei structuri fara covalente intre
straturile lipidice, membrana poseda o anumita fluiditate. Lipidele se pot astfel misca
lateral sau chiar roti, dar nu se pot misca transversal (datorita fortelor energetice
nefavorabile la miscarea gruparii hidrofile catre interior). Fluiditatea membranei este
influentata de temperatura si de prezenta altor compusi, cum ar fi colesterolul (care
scade fluiditatea). In membrane se gasesc si o serie de proteine (hidrofobe) cu rol
important in permeatia nutrientilor in celula si in semnalarea anumitor procese
celulare. Membrana plasmatica este permeabila in mod selectiv la moleculele mici si
mari. Unele molecule (apa, gaze, uree) pot trece direct prin statul lipidic membranar,
fara nici o implicare a altor componente. Transportul altor molecule (zaharuri,
aminoacizi, ioni, etc) necesita prezenta unor proteine membranare care faciliteaza
difuzia prin membrana. Transportul moleculelor mici prin membrana se realizeaza in
mod pasiv (fara consum de energie metabolica) sau activ (prin aport energetic).
Transportul pasiv se face prin difuzie, iar viteza este proportionala cu gradientul de
concentratie intre mediul extern si cel intern celular. Viteza de transport este insa
considerabil marita prin prezenta anumitor proteine din membrana. Transportul pasiv
este de aceea specific unei anumite molecule, saturabil, controlat de cinetica de cuplare
la proteine, si influentat de temperatura, pH si inhibitori. Transportul activ prin
membrana consuma energie, furnizata fie de hidroliza ATP, fie prin cuplarea la
migrarea difuzionala a unui ion. In cazul transportului activ ATP al moleculelor (cum
ar fi cel al Na+, K+, Ca2+, H+) se realizeaza un gradient corespunzator prin hidroliza
cuplata a ATP la ADP (de ex. in prezenta enzimei Na+/K+-ATPase). Prin aceasta
hidroliza, conformatia moleculei de ATP se schimba, ionii de Na+ fiind 'pompati' in
interior iar cei de K+ in exteriorul membranei. Un alt mecanism de transport activ
membranar implica atasarea moleculei (de ex. glucoza) de un ion (de regula Na+, H+)
care difuzeaza concomitent in celula. Procesul poate fi si contrar cand molecula/ion de
transportat (de exemplu Cl- ) difuzeaza concomitent dar in sens opus ionului transportor.
Transportul moleculelor mari (macromolecule) prin membrana celulara in interiorul
celulei (endocitoza) implica un mecanism complex, fiind realizat prin intermediul unor
vezicule transportoare. In functie de marimea moleculei transportate, endocitoza poate fi
clasificata in: fagocitoza, pinocitoza, si endocitoza mediata de un receptor. Fagocitoza
reprezinta ingestia particulelor mari (bacterii, fragmente celulare) prin intermediul unor
vezicule mari (fagozomi). Particula este receptata pe suprafata celulei, prin intermediul unor
receptori specializati, si apoi transportata de catre fagozomi in citosol. Aici, fagozomul
fuzioneaza cu un lizozom, particula este divizata in molecule mici care se raspandesc in
citosol, iar resturile neutilizabile raman in lizozom sub forma de materii reziduale, eliminate
la randul lor in afara celulei prin procesul de exocitoza. Pinocitoza se desfasoara doar intr-un
numar limitat de celule, macromoleculele fiind receptate si transportate in interior cu ajutorul
veziculelor pinocite care, la randul lor, dupa eliberarea materialului transportat intr-un
lizozom , se reintorc pe membrana celulei. Endocitoza mediata de receptori specifici
membranari decurge selectiv datorita prezentei anumitor proteine in membrana. Dupa
cuplarea la receptori specifici, moleculele de transportat sunt inglobate intr-o vezicula
'imbracata', care apoi sunt inglobate in lizozomi, iar receptorii proteici sunt recirculati si
intorsi la suprafata membranei. Prin acest mecanism sunt inglobate in celule macromolecule
cum ar fi colesterolul, virusi, si toxine.

Hormonii sunt implicati in procesele de semnalare si comunicare inter-celulara.

Aceste molecule sunt secretate de catre celule semnalizatoare si apoi legate de
receptorul unei celule tinta, initiind un raspuns in acea celula. Semnalizarea prin
hormoni se poate petrece la o distanta inter-celulara mare (endocrina), mica
(paracrina), sau chiar in celula semnalizatoare insasi (autocrina). Unii hormoni
liofili/liofobi raman cuplati de receptorii membranari ai celulei tinta (prostaglandine,
insulina, epinefrina, histamina), in timp ce alti hormoni liofili (steroizi, tiroxina,
vitamina D) difuzeaza prin membrana plasmatica si interactioneaza cu celula in citosol
sau chiar in nucleu. Receptorii membranari ai hormonilor sunt proteine (liganzi) care leaga
hormonii cu o afinitate si specificitate foarte mare. Dupa cuplare, receptorul isi schimba
conformatia spatiala si transmite informatia catre interiorul celulei (traducere semnal). In
felul acesta se activeaza productia de alti mesageri interni (mesager secundar). Hormonii care
difuzeaza in celula interactioneaza cu o anumita proteina tinta careia ii transmit semnalul,
dupa care mecanismul de transmitere este similar.

DNA reprezinta partile constituente ale genelor. DNA poate contine patru baze:
adenina (A), guanina (G), timina (T) si citosina (C). O baza, plus un monozaharid
(deoxiriboza la DNA), plus o grupare fosfat, legate impreuna formeaza un nucleotid. O
secventa de nucleotide legate impreuna prin punti 3'5'-fosfo-diesterice intr-un lant
zaharidfosfat alternativ formeaza o molecula DNA. In final, DNA contine una din cele
patru baze (A,C,G,T), zaharida si fosfat intr-o secventa anume, specifica fiecarei gene in
parte. Doua lanturi DNA in aranjament spatial elicoidal formeaza o elice dubla datorita
puntilor de hidrogen intre perechile de baze. O singura molecula DNA (elice dubla)
impreuna cu cateva proteine formeaza un cromozom. DNA se gaseste in nucleul celulei
la procariote, si in nucleu si in organite interne la celulele eucariote. Prin urmare, o
celula animala poseda mult mai mult DNA decat una vegetala. Cromozomii se gasesc in
nucleu si contin pe langa DNA cinci tipuri de proteine, denumite histone (HP) si ne-
histone (NHP). Acesti nucleozomi sunt organizati in fibre de grosimea 30 nm, cu o
perioada de impachetare de 40. Fibrele sunt atasate la o proteina centrala formand
structuri radiale.

RNA sunt compusi cu rol esential in sinteza proteinelor. RNA au o structura

asemanatoare DNA, constand dintr-un lant polimeric de ribonucleotide legate in
pozitiile 3'5' prin legaturi fosfodiesterice. Singura diferenta fata de DNA consta in aceea
ca uracilul inlocuieste timina, iar riboza inlocuieste deoxiriboza. RNA poate exista de
sine statator, dar poate fi asociat altui lant RNA prin punti de hidrogen.

C. Ciclul celular (prezentare sumara)

Odata cu nasterea sa, o celula contine toate componentele celulare distribuite in
nucleu si in citosol. Urmare a infuziei de nutrienti din mediul exterior si a proceselor
metabolice interne, celula creste continuu, ajungand la un anumit moment sa isi dubleze
volumul. In acel moment, toate componentele celulare au fost dublate ca numar de
molecule (replicate), viteza de dublare fiind egala la celulele normale cu viteza medie de
dublare a componentilor sai. In tot acest proces, raportul moleculelor din nucleu /
citoplasma este mentinut in limite favorabile. Desi ca numar de moli (1 copynumber = 1
nmol/L) componentele celulare se dubleaza, dublarea concomitenta a volumului face ca
in final concentratia speciilor sa fie identica cu cea din momentul nasterii celulei. In acel
moment, celula se divizeaza si iau nastere doua celule identice (clonare). Acest proces
este denumit ciclu celular. Viteza medie de crestere a volumului celulei (V) de la marimea
sa initiala (Vo) pe durata unui ciclu celular, tc, este data de expresia: ln(V/Vo )/tc=(ln 2 )/tc.
Durata unui ciclu celular la celulele eucariote este de ca. 16-24h, putand fi insa si mult
mai mare (peste 100 zile) la celulele aflate in organisme multicelulare.

Procesele metabolice celulare de sinteza sunt deosebit de complexe si bine reglate,

implicand mii de specii aflate in miscare si in interactii chimice complexe. Complexitatea
astronomica a cestui proces face ca modelarea in detaliu sa fie practic imposibila cu
mijloacele experimentale si de calcul disponibile. Totusi, studii experimentale laborioase au
permis intelegerea unei bune parti a acestor procese, deschizand calea modelarii cinetice atat
a proceselor de crestere cat si a celor de reglare metabolica (modele 'whole-cell'). Replicarea
genelor (DNA, cromozomilor), a proteinelor, a membranei, carbohidratilor, si a
celorlalti constituenti celulari in celulele eucariote se face in patru faze distincte
dealungul ciclului celular, notate cu G1. S, G2, M. Celulele pasive (care nu se replica) se
afla intr-o faza inactiva G0. Faza G1 (sau faza de trecere, 'gap') este cea in care se ia
decizia ireversibila de replicare celulara si sunt initiate procesele de replicare. Pe
perioada de tranzitie G1-S, celula confirma daca conditiile interne si externe sunt
favorabile unei noi runde de replicare a genomului. Aceasta etapa G1-S (denumita si
'Start') este diferita ca durata de la o celula la alta. Replicarea DNA (ca si a unora
dintre proteine) se face doar in faza S. La sfarsitul acestei faze, fiecare cromozom
contine o pereche de cromozomi identici, denumite 'cromatide' (X), mentinute alipite cu
ajutorul unor proteine specifice de lipire (sau 'coesine'), in tot timpul fazei G2. Apoi,
celula intra in faza M, de mitoza. Mai intai cromozomii sunt aliniati pe o axa (faza M-
metafaza), cromatidele identice fiind atasate prin microtuburi la polii opusi ai axei.
Cand toti cromozomii sunt aliniati, si deci replicarea este completa, se ia decizia
ireversibila de a trece la terminarea ciclului celular (faza de 'Finish', respectiv M-
anafaza). In timpul M-anafazei, proteinele de lipire (coesinele) sunt indepartate si
distruse, iar cromatidele surori se separa migrand in sens opus in aceeasi celula. Putin
dupa aceea, celula se divide producand doua celule surori aflate in faza G1 sau G0, in
functie de conditiile de mediu favorabile sau nefavorabile. Acest ciclu este valabil in
toate celulele eucariote, cu unele exceptii, de ex. oocitele care pot creste foarte mari fara sa
se divida, sau ouale fertilizate care se divid in absenta cresterii. Tot acest ciclu celular este
controlat printr-un mecanism foarte complex, atat la nivelul sintezei componentilor cat si al
controlului fazelor, din punctul de vedere al duratei succesiunii si succesului fazelor. De
exemplu, 'Startul' in replicare este conditionat de o anumita marime a masei celulare (sau
raport arie membranara / volum celula). Daca aceasta conditie este compromisa prin mutatie,
celula poate sa fie prea mare sau prea mica la momentul 'Start' (G1-S) si deci imposibil de a
supravietui. Un alt exemplu este cel al controlului realizat in faza de 'Finish' (M-anafaza):
daca exista o cat de mica problema cu sinteza si alinierea tuturor cromozomilor, atunci noul
nucleu aparut nu va primi toti cromozomii ceea ce va fi fatal noii celule formate prin
diviziune. Controlul este realizat prin intermediul unor proteine specifice, de semnalare,
dintre care cele mai importante par a fi ciclin-dependent-protein-kinase (Cdks). In faza G1,
activitatea Cdk este scazuta deoarece 'partenerii' de reactie lipsesc, sinteza ciclinelor este
inhibata, iar degradarea lor este rapida. Odata luata decizia de replicare a celulei si 'Startul'
fiind dat, sinteza ciclinelor se produce rapid iar degradarea lor este inhibata, ceea ce duce la
cresterea activitatii Cdk in urmatoarele faze (S, G2 si M). Prezenta proteinelor Cdk este
esentiala in controlul si buna desfasurare a fazelor de replicare si asamblare DNA. In faza de
'Finish', este activat un grup de proteine denumit APC ('anaphase-promoting complex') care
ataseaza o 'eticheta' pentru distrugerea unora dintre proteinele de control, urmata de
descompunerea acestora prin proteoliza celulara. In fapt, APC include ca. 12 polipeptide si
doua proteine (Cdc20 si Cdh1) cu rol in recunosterea proteinelor 'tinta' pentru a fi degradate.
Activarea proteinei Cdc20 este deci absolut necesara in etapa de 'Finish' in vederea degradarii
coezinelor, totodata activand proteina Cdh1 cu rol in etapa de telofaza (sfarsit replicare DNA,
vezi mai jos) si de restabilire a etapei G0 sau G1. La randul lor, sinteza si activarea celor doua
proteine (Cdc20 si Cdh1) este controlata de catre ciclinele Cdk.

Controlul in detaliu al fazelor ciclului celular este insa mult mai complex. De
exemplu, in celulele mamaliene exista sapte grupe de proteine de tip cicline, sapte Cdk, o
duzina de inhibitori de reactie, sute de interactii intre componenti, si o intreaga retea de
semnalare pentru transmiterea informatiei din/spre interiorul si exteriorul celulei. Acest
proces de control vrifica incheierea cu succes a tuturor pasilor preparatori unei faze si permite
sau nu declansarea urmatoarei etape de sinteza. De exemplu, proteinele de control determina
cantitatea si activitatea proteinelor specifice fiecarei faze, dimensiunea celulei, verifica
absenta secventelor eronate din lantul (catena) DNA sintetizat, sfarsitul replicarii DNA,
legarea cromozomilor in fibre rasucite in nucleu, etc. Exista mai multe 'puncte de control' in
timpul fazelor ciclului celular, toate dependente de concentratia protein-kinaselor (Cdk).
Acestea programeaza, declanseaza si controleaza buna desfasurare a ciclului celular in
secventa dorita prin schimbari oscilatorii ale activitatii si concentratiei lor. Astfel, in timpul
fazei G1, ciclina D1 asociata cu Cdk4 si Cdk6 isi mareste concentratia datorita semnalelor de
crestere celulara. Ciclina E (asociata cu Cdk2) isi mareste rapid concentratia si apoi, dupa
primul punct de control G1-S, se degradeaza rapid. Ciclina A, combinata cu Cdk2, isi mareste
lent concentratia in timpul fazei S si G2, si este degradata rapid in faza M. La sfarsitul fazei
G2, ciclina B, combinata cu Cdk1 (=Cdc2) sporeste semnificativ, fiind apoi rapid degradata
in faza M. In concluzie, concentratia de Cdk sporeste peste un anumit prag in jurul punctelor
de control G1/S si G2/M, si scade rapid in fazele G2 si M sub influenta ciclinelor specifice
fiecarei faze in parte (neprezentate aici).

Punctele de control intre faze actioneaza intr-un mod deosebit de complex. Un astfel
de punct de decizie este G1/S, actionat printr-o schema complexa de bucle de reglare cu
feedback pozitiv si negativ, ceea ce imprima un caracter oscilatoriu procesului de sinteza.
Mecanismul acestui proces de control este amplu studiat in literatura de specialitate si
serveste drept exemplu pentru mecanismele de autoreglare (cu feedback) din procesele de
crestere celulara. Astfel, ciclina E/Cdk2 se activeaza si dezactiveaza prin bucle de reglare
inversa pozitive si negative (Fig. 11). Bucla pozitiva de activare consta in fosforilarea
proteinei retinoblastome (pRb), dupa care factorii de transcriere E2F/DP eliberati activeaza
transcrierea genelor implicate in faza S (inclusiv genele ce codifica ciclinele E si E2F). A
doua bucla de reglare pozitiva consta in fosforilarea de catre Cdk2 a unui inhibitor (I) si
degradarea sa ulterioara. A treia bucla pozitiva consta in fosforilarea si activarea unei
fosfataze ce indeparteaza o grupa fosfat inhibitoare din molecula Cdk2. Bucla de reglare
inversa negativa consta in autofosforilarea ciclinei E si degradarea sa ulterioara (Deg). Un alt
semnal de iesire este fosforilarea proteinelor de pre-replicare la originea ('ori') repliconilor.
Un mecanism detaliat pentru sinteza si degradarea celorlalte cicline in punctele de control
este prezentat de Rensing et al. (2001). Alte bucle de reglare inversa a sintezei si degradarii
ciclinelor sunt controlate de proteinele din clasa Cip/Kip, in directa legatura cu factorii
externi si interni celulari (favorabili sau defavorabili). Prin urmare, duratele fazelor de
tranzitie G1 si G2 spre punctele de control depind de conditiile externe de mediu, cum ar fi:
temperatura, cantitatea de nutrienti, stressul, factori de crestere negativi sau pozitivi. Marimea
celulei realizata in punctul de control G1/S este un bun indicator al acestor influente. Timpul
necesar atingerii marimii celulare critice este dependent nu numai de factorii externi
mentionati dar si de marimea initiala a celulei 'mama' sau a celulelor 'surori' rezultate prin
multiplicare (citokineza).

Frecventa ciclului celular este de asemenea variabila. Astfel, absenta compusilor

inhibitori in mediul extern si prezenta elementelor promotoare poate duce la perioade ale
ciclului celular de numai 10 min (in cazul oualor fertilizate de Drosophila). In conditii
nepropice cresterii celulare, aceasta perioada de multiplicare este de 10-30h sau chiar mai
mare. Factorii de proliferare induc si procese secundare de diferentiere celulara. Factorii
inhibitori incetinesc procesele de crestere sau chiar o pot opri. Un astfel de exemplu este
socul termic aplicat celulelor mamaliene, care opresc replicarea in faza G1 sau G2. Oscilatia
activitatii proteinelor Cdk determina si mecanismul de propagare a cresterii celulare si
secventa evenimentelor. Chiar daca nu este complet elucidat, acest mecanism reprezinta un
oscilator (in celulele din drojdii), o secventa de evenimente conditionate (in celule de
mamifere), sau un sistem actionand dupa principul dominoului. Pentru a se incerca o
descriere a dinamicii acestor procese oscilatorii, diverse modele cinetice au fost propuse in
literatura de specialitate.

D. Sinteza DNA, RNA (prezentare sumara)

Celule procariote. Procesul de replicare a lantului DNA 'parental' in celulele
procariote se face prin aditia de deoxinucleotide (dNTP) si transcrierea, molecula cu
molecula, a noului lant DNA. La proces participa toate cele patru dNTP (dATP, dGTP,
dTTP, dCTP), reactia fiind catalizata de o enzima (DNA polimeraza I) si de ioni Mg2+,
dupa schema consecutiva:

Lantul DNA parental se mai numeste si lant (catena) matrice ('template DNA'). Cele
doua lanturi DNA sintetizate se denumesc ca lant conducator (principal, sau 'leading'),
si lant atasat (secundar, sau 'lagging'). Lantul principal este sintetizat pornindu-se de la
o singura zona originara din cromozom, de initiere a procesului, denumita 'ori' (sau
'bula', 'ochi de replicare'). Ea are o marime de 250 bp (bp = perechi de baze DNA), si
este bogata in baze A-T. Prin legarea polimerazei de gruparea 3'-OH a bazei de initiere
('primer') se formeaza o legatura 3'5' fosfodiesterica. Primerul este apoi extins in
directia 5'®3', de a lungul lantului DNA parental, formand furca de replicare. Bazele
(fragmentele) DNA parentale ('template') sunt 'citite' una cate una de catre dNTP, dand
nastere noului lant DNA 'principal'. Aceeasi enzima (DNA polimeraza) are si rolul de a
recunoaste si elimina din lant nucleotidele incorect replicate, prin asa-numita activitate
de 'corectare'. In paralel, de cealalta parte a furcii de replicare, se sintetizeaza si
fragmentele Okazaki, de a lungul lantului parental corespunzator. Prin unirea acestor
fragmente Okazaki ia nastere lantul DNA secundar. Procesul de sinteza este deci bi-
directional, deplasandu-se in directii opuse in lungul cromozomului. Procesul este si semi-
conservativ deoarece la sfarsit coexista DNA-ul parental cu DNA-ul nou sintetizat.
Replicarea DNA este catalizata si asistata de proteine. Procesul de sinteza este initiat de
un RNA 'primer' (de lungime 5bp), sintetizat prin actiunea catalitica a unei enzime denumita
primaza (RNA polimeraza). Intregul proces este asistat si de alte proteine (accesorii) necesare
indepartarii lanturilor DNA formate de cele parentale, prevenirii repetarii replicarii bazelor, a
auto-asocierilor. In timpul sintezei, este permisa rotirea rapida a DNA prin ruperea unor
legaturi 'din fata' furcii de replicare.

Celulele eucariote. Replicarea DNA in celulele eucariote este mai complexa. Ea se

face ca si pentru unele proteine doar in faza S a ciclului celular. Replicarea DNA este, ca
si la celulele procariote, bi-directionala, semi-conservativa, dar are loc pornind de la
mai multe origini ('ori') aflate la o distanta de 3-300 kb DNA una de alta. Initierea
multipla a procesului este esentiala pentru asigurarea replicarii cromozomilor in
perioada de timp necesara. Din acest motiv, in fiecare punct de initiere (origine) apar
doua furci de replicare care se deplaseaza in directii opuse. Fragmentele de lant DNA
replicat provenite dintr-o singura origine, denumite si 'repliconi', formeaza apoi unitati
de repliconi, fiecare unitate continand 20-80 origini de replicare. In final, 'bulele' de
replicare se unesc si dau nastere la noii cromozomi. Enzimele care catalizeaza procesul
se numesc DNA polimeraze, si sunt de cinci tipuri, indeplinind functiuni diferite: a- si d-
polimeraza catalizeaza replicarea DNA; b- si e-polimeraza 'repara' DNA-ul sintetizat de
eventualele greseli in replicare; gpolimeraza catalizeaza sinteza DNA din mitocondrii. Toate
aceste polimeraze sunt prezente in nucleul celular, mai putin cea g care se gaseste in
mitocondrie. Procesul de sinteza a DNA este initiat, similar celulelor procariote, de
catre o molecula RNA 'primer', sintetizata de catre o enzima ('primaza'), care este chiar
parte componenta a DNA a-polimerazei. In furca de replicare, lantul DNA 'principal'
este sintetizat sub actiunea DNA d-polimerazei, pe cand lantul DNA secundar este
sintetizat din fragmente Okazaki sub actiunea DNA a-polimerazei. Sfarsitul lantului
DNA si al cromozomului este sintetizat sub actiunea unei polimeraze denumita 'telomeraza',
iar etapa respectiva poarta denumirea de 'telofaza'. In timpul sintezei lantului dublu DNA,
nucleozomii parentali nu se descompun, ci raman structurati in jurul proteinelor centrale
(histone). Totusi, desi histonele raman in locul lor, ele permit in timpul procesului de sinteza,
printr-o pliere sterica, accesul dNTP la lantul DNA. Noul cromozom necesita de asemenea
o histona centrala, care este sintetizata in aceeasi faza S a ciclului celular.

In concluzie, replicarea tuturor cromozomilor/genelor din nucleul celular sau

organite (asa-numitul genom) se face secvential, asistata fiind de proteine specifice. La
celulele procariote, se incepe cu sinteza primei gene din materia prima dNTP si se
elibereaza genele surori rezultate (parentala si cea nou sintetizata). Se trece apoi la
duplicarea celei de a doua gene din lantul genetic dupa aceeasi schema, si se continua
pana la epuizarea intregului set de gene. La celulele eucariote, in faza S a ciclului
celular, se aplica sinteza secventiala a genelor, putandu-se insa porni de la mai multe
origini ale genomului. Intreg procesul este controlat de proteine de tip cicline, care
verifica terminarea replicarii cu succes (fara erori) a intregului set de gene din nucleu
sau din organite.

Sinteza RNA (Transcrierea genelor). Cod genetic.

La o analiza globala a procesului, sinteza proteinelor este catalizata de gene,

modul de asamblare al aminoacizilor intr-o proteina fiind stocat sub forma de
informatie genetica. Aceasta informatie (cod), pentru a fi utlizata in cursul procesului
de sinteza a proteinelor, trebuieste 'citita', 'inregistrata' si „transmisa” prin intermediul
unor compusi intermediari, respectiv RNA. Sinteza RNA poarta de aceea denumirea de
'transcrierea genelor' si este o etapa esentiala in procesul de sinteza a proteinelor. Exista
trei tipuri de RNA: rRNA (ribozomial) component al ribozomilor (respectiv materia
prima a sintezei proteinelor); mRNA (mesager) cu rol de matrice in inregistrarea
informatiei genetice; tRNA (de transfer) cu rol de adaptor al transcrierii informatiei.

Transcrierea genelor in celulele procariote. Un exemplu al acestui proces ce are loc

in celulele procariote este cel al transcrierii genetice in celula de Escherichia coli.
Transcrierea este initiata de o enzima denumita RNA polimeraza, fara a fi necesara
prezenta unei molecule de initiator, si decurge in trei etape: initierea, elongatia, si
terminarea. Initierea implica legarea enzimei de un promotor din capatul genei. In
timpul elongatiei, sunt sintetizate copii RNA ale lantului DNA, fragment cu fragment, in
directia 5'®3' a catenei prin desrasucirea si rasucirea lantului DNA in fata si in spatele
'bulei' de transcriere. 'Bula' de transcrire este formata din enzima polimeraza, matricea
DNA, si capatul RNA transcris. Sunt folosite in acest proces si cele patru forme de 5'-
trifosfat ribonucleozide. La intalnirea unui semnal corespunzator din lantul DNA (o
zona bogata in GC urmata de una bogata in AT) sinteza RNA este stopata, proces
asistat si de o proteina specifica 'rho(r)'. Transcrierea genelor care codifica proteinele
din celulele bacteriene se face fara vreo modificare. Initial sunt transcrise genele
responsabile de producerea tRNA si rRNA, cu rol in sinteza ribozomilor si a proteinelor
adaptoare. Molecula de tRNA prezinta o secventa CCA in punctul 3' terminus.
Molecula de rRNA sufera o metilare selectiva ale unor unitati de baza si de riboza.
Ambele forme de RNA (tRNA si rRNA) sunt apoi folosite in procesul de sinteza a RNA-
matur (mRNA) de catre ribonucleaze specifice (asa-numita 'expresie genetica').

Transcrierea genelor in celulele eucariote. Procesul de sinteza a RNA este initiat

de mai multe enzime (RNA polimeraze): polimeraza I initiaza transcrierea rRNA,
polimeraza II transcrierea mRNA si a unor fragmente mici de RNA nuclear (snRNA),
polimeraza III transcrie tRNA, o anume rRNA si snRNA, si o particula de semnalare.
Fiecare RNA-polimeraza determina copierea doar a unui lant DNA din catena
parentala dubla. Sinteza RNA este directionata de un promotor in directia 5'→3' a
catenei si nu necesita o proteina de initiere 'primer'.

Etapa de transcriere se termina prin sinteza RNA-matur (mRNA) prin asa-

numitul proces de expresie genetica. Informatia genetica in celulele procariote este
continua si este transmisa sub forma de tripleti de aminoacizi (codoni) preluati de
mRNA. In celulele eucariote, multitudinea de gene face ca informatia genetica sa fie
discontinua. Secventele de cod genetic, denumite exoni, sunt despartite una de alta de
secvente fara cod ale DNA, denumite introni (Fig. 14). Secventa de tripleti codoni
continand informatia genetica (exoni) este cea care determina secventa aminoacizilor in
lantul polipeptidic al proteinei corespunzatoare genei in cauza. Numarul si dimensiunea
intronilor in secventa genetica sunt variabile (80-10000 bp). Initierea transcrierii
codului genetic se face intr-un punct situat la 25bp in amonte de locul de start (notat cu
+1), adica in pozitia -25, denumita si TATA-box. Initierea este realizata de enzima
'RNA polimeraza II' care se leaga de promotor formand un complex de initiere. Unele
gene nu poseda un TATA-box drept promotor, dar procesul de transcriere este initiat
de un complex asemanator. Transcrierea primara a genei este apoi continuata
(elongatie) de a lungul genei pana la intalnirea unui secvente de terminare. In acest
punct, un capat 'cap' de metil-guanina este adaugat in pozitia 5' a ultimei molecule din
lantul RNA-primar, pentru a-l proteja impotriva degradarii, si pentru a putea initia
ulterior procesul de sinteza al proteinei. Transcrierea primara este apoi 'taiata'
('cleavage') la legatura 3' din secventa de capat si se adauga lantului RNA o 'coada' de
poly(A) de marimea 100-200 fragmente de adenilat. Aceasta 'coada' protejeaza mRNA
impotriva degradarii si creste eficienta de 'traducere' a informatiei intr-o faza
ulterioara a sintezei. Fragmentele de introni sunt apoi indepartate si exonii sunt
imbinati ('splicing') pentru a forma un lant mRNA. In final secventa mRNA poate fi
usor modificata prin procesul de 'editare', cand anumite nucleotide sunt substituite,
adaugate sau indepartate. In mod similar se procedeaza la transcrierea genelor
responsabile de sinteza ribozomilor si a proteinelor auxiliare cu rol de adaptori ai
transcrierii informatiei genetice. Cele doua forme rezultate se denumesc respectiv
rRNA si tRNA. In mod normal, in zona cromozomiala se gasesc ca. 100 copii de rRNA de
diverse tipuri. Copii ale rRNA sunt transcrise in special in zona genelor care codifica
proteinele de tip ribozom (sub influenta enzimei 'RNA polimeraza III'), fiind apoi deplasate
in zona de sinteza a ribozomilor (nucleolus) si utilizate la sinteza lor. Dupa acelasi mecanism
sunt transcrise si genele ce codifica proteinele adaptoare, luand astfel nastere tRNA (sub
influenta enzimei 'RNA polimeraza III').

Procesul de transcriere corecta a informatiei genetice sub forma de secventa

mRNA este foarte bine controlat printr-un mecanism complex. Un exemplu este cel din
celulel procariote, unde genele se gasesc grupate in asa-numitii 'operoni'. Cel mai studiat este
lacoperonul din E. coli, care contine trei gene (notate cu z, y, a). Aceste gene sunt cele care
codifica trei proteine/enzime responsabile de cataliza proceselor din metabolismul lactozei.
Controlul transcrierii lac-operonului este controlat prin intermediul unor proteine represoare
si inductoare, 'asistate' de proteine cu rol de co-represor sau activator. In acest fel se
realizeaza un control 'feedback' negativ si pozitiv complex si eficient. In celulele eucariote,
proteinele activatoare si represoare ale transcrierii genetice actioneaza doar asupra vitezei de
formare a complexului transcriptional din zona promotorului. Prin urmare, aceste proteine de
control (denumite 'trans-factori') se cupleaza chiar inaintea pozitiei de initiere a transcrierii
(pozitia - 25, denumita si TATA-box), respectiv cu circa -200 pozitii in amonte de lantul
genetic, in asa numitele zone de activare sau de incetinire a transcrierii.

Codul genetic ce guverneaza intregul proces de sinteza a proteinelor, este un

ansamblu de reguli care specifica modul in care secventa de nucleotide este transcrisa in
mRNA, fiind ulterior 'tradusa' sub forma secventei de aminoacizi a polipeptidelor. Desi
informatia genetica este citita sub forma de codoni (tripleti de aminoacizi), exista
anumiti codoni care nu specifica tipul aminoacizilor, ci au rol in initierea procesului de
sinteza ('Start codon', UAG, UGA, UAA) sau de terminare a sintezei proteinelor
('Termination codon', AUG). Cea mai mare parte a aminoacizilor dintr-o proteina pot
fi specificati de catre mai multi codoni (denumiti si 'sinonimi'), codul genetic fiind prin
urmare 'degenerat'. O 'mutatie' schimba doar o singura nucleotida in lantul DNA
('punct de mutatie') si corespunzator mRNA transcris. Adesea, o astfel de mutatie nu
are nici un efect asupra secventei de aminoacizi din lantul polipeptidic sintetizat,
deoarece fiecare codon trebuieste 'recunoscut' si de catre un 'anti-codon' aflat intr-o
molecula tRNA. Codul genetic nu este universal, dar este similar in majoritatea
organismelor. Exceptie face genomul din mitocondrie unde unii codoni specifica
amonacizi diferiti de cei specificati de genele nucleare (nucleotide).

E. Sinteza proteinelor (prezentare sumara)

Pentru a sintetiza lantul polipeptidic dintr-o proteina, informatia privind
secventa de aminoacizi din codonii mRNA este tradusa de catre ribozomi ('uzina de
proteine'). Secventa mRNA este 'citita' de catre ribozomi in trei moduri, una fiind
activa in sinteza proteinei, celelalte fiind implicate in pasi multipli de terminare si
control a sintezei.

La celulele procariote, traducerea mRNA este facuta in directia 5'→3' a catenei

de catre ribozomul cuplat la mRNA, in timp ce lantul polipeptidic este sintetizat
simultan in directia N-terminal ® C-terminal. Aminoacizii necesari sintezei se leaga
covalent la tRNA formand un triplet, denumit anti-codon (aminoacil-tRNA),
corespunzator unui anumit codon. Molecula de tRNA are o forma de 'frunza de artar',
cupland aminoacizii in doua trepte cu participarea ATP:

In continuare, ribozomul 'citeste' informatia unui codon, iar anti-codonul

corespunzator se cupleaza simultan la ribozom prin legaturi de hidrogen. In felul acesta
este sintetizata o peptida, procesul fiind repetat codon dupa codon. Acest proces de
'traducere' a informatiei mRNA si sinteza simultana a proteinei are in fapt trei etape:
initierea, elongatia (cresterea) lantului, si terminarea. Ribozomii necesari sintezei, sunt
constituiti din subunitati mari si mici de rRNA si proteine. Ribozomii contin doua zone,
susceptibile legaturilor cu anti-codoni (zona-A) si cu peptidil-tRNA (zona-P). In zona A a
ribozomului se leaga, in timpul elongatiei, moleculele de anti-codoni, iar in zona P
moleculele de tRNA. Initierea procesului de sinteza se face prin traducerea unui codon
de 'Start' (AUG), catalizata de proteine denumite 'factori de initiere' (IF). Se formeaza
astfel un 'complex de initiere', format dintr-o subunitate ribozomiala de marime 30S,
mRNA, IF, si tRNA-(N-formil-Metionina). [De notat ca o unitate 1 S (S=Svedberg) masoara
marimea unei particule pe baza vitezei de sedimentare intr-un dispozitiv etalon]. In
continuare, factorii IF parasesc complexul de initiere, GTP este hidrolizat, iar o unitate 50S
ribozomiala formeaza un nou complex de initere 70S. In acest nou complex, anti-codonul
se leaga de un codon AUG de 'Start' in zona P a ribozomului. Elongatia lantului se face
legand al doilea anti-codon (aminoacil-tRNA) in zona A a ribozomului cu participarea
GTP si catalizata de proteine denumite 'factori de elongatie' (EF-T). In pasul al doilea, se
formeaza legatura peptidica sub cataliza peptidil-transferazei (care este o parte constituenta
a ribozomului), intre aminoacidul deja legat in zona A cu cel legat in zona P a
ribozomului. In pasul al treilea, tRNA eliberat paraseste zona P, peptidil-tRNA din zona
A este mutat in zona P, iar ribozomul se deplaseaza de a lungul mRNA (in directia
5'→3') cu trei nucleotide, pentru a putea plasa noul codon in zona A (translocatie).
Procesul de elongatie se repeta, cu cate trei pasi odata, peptidil-tRNA deplasandu-se inapoi si
inainte intre zonele P si A. Terminarea sintezei lantului polipetidic este semnalata de
catre un codon de terminare (sau de 'Stop') care se leaga in zona A a ribozomului.
Acesti codoni de 'Stop' sunt de tipul UAG, UAA si UGA. Celulele procariote nu poseda un
anti-codon de 'Stop' complementar, folosind in acest scop unul dintre cei doi factorii de
terminare (RF1 si RF2). Codonul de 'Stop' activeaza peptidil-transferaza care catalizeaza
ruperea legaturii intre polipetida si tRNA in zona P. In acest fel, polipeptida nou sintetizata
este eliberata de ribozom, impreuna cu tRNA si mRNA. In final ribozomul se disociaza in
doua unitati 30S si 50S gata pregatite pentru a reincepe intreg procesul de 'traducere' a
mRNA si sinteza a proteinei.

In cazul celulelor eucariote, procesul de sinteza a lantului polipeptidic este

asemanator cu cel descris anterior pentru celulele procariote. Totusi, numarul de
componente implicate in sinteza este semnificativ mai mare, iar unii pasi prezinta
cateva modificari. Astfel, in timp ce un ribozom procariotic de 70S prezinta doua subunitati
de 30S si 50S, un ribozom eucariotic are o marime de 80S si prezinta doua subunitati de 40S
si 60S. Desi functiunile subunitatilor(ribozomilor) sunt aceleasi, compozitia lor este mai
complexa. Aminoacidul de initiere este Metionina (in locul N-formil-Metionina), formand un
complex tARN-(Metionina). In celulele procariote, o molecula mRNA poate codifica mai
multe proteine (fiind denumite 'policistronice'), si pot corecta sinteza lor. In celulele
eucariote, mRNA nu codifica decat o singura proteina (fiind denumite 'monocistronice').
Startul sintezei se face de catre o unitate ribozomica 40S care se leaga de 'cap'-ul mRNA si
se misca dealungul mRNA pana intalneste primul codon de 'Start' AUG. Elongatia lantului
peptidic se face prin utilizarea mai multor factori (eEF) precum si a mai multor proteine.
Terminarea sintezei este facuta de catre un singur factor eRF, comparativ cu doi in celulele
procariote. Dupa sinteza, proteinele trebuiesc eliberate in celula si directionate ('protein
targeting') catre anumite sublocatii celulare sau 'exportate' in afara celulei, in functie de
viitorul rol al fiecarei proteine in parte. Depinzand de locul in care proteina este
sintetizata, transportul ei se face prin mai multe mecanisme. De pilda, daca proteina este
sintetizata in spatiul RER al celulei eucariote, proteina de secretie trebuieste exportata in
exterior. Pentru aceasta, ea este trecuta prin membrana RER in lumenul RER si este
'impachetata' intr-o vezicula care o transporta la corpul Golgi unde este glicozilata
(oligozaharida fiind legata la O sau N). Aici, apar alte vezicule care transporta proteina pana
la membrana celulei, unde este eliberata in exterior, veziculele fuzionand apoi cu plasma
membranara. Proteinele membranei plasmatice sunt de asemenea sintetizate in RER si
urmeaza o cale asemanatoare. Proteinele necesare RER sunt sintetizate in spatiul RER,
transportate de vezicule la corpurile Golgi, recunoscute si returnate catre RER. Proteinele din
lizozomi sunt recunoscute si directionate din corpurile Golgi de catre proteine de transport in
vezicule specifice. Proteinele din mitocondrii si cloroplaste sunt sintetizate prin intermediul
ribozomilor liberi din citosol si transportate apoi in organite. Aici ele sunt transportate prin
membrana printr-o difuzie controlata de cateva proteine si implicand si hidroliza ATP.
Proteinele nucleului sunt sintetizate in celula, recunoscute, si apoi transportate si trecute in
nucleu prin cei 3000-4000 de pori nucleari, printr-un mecanism complex de difuzie
controlata.

F. Tehnici de modificare genetica si de clonare a genelor

Tehnici moderne permit modificarea genetica a unui organism prin izolarea,
analiza si schimbarea secventei genetice a DNA. Astfel, enzimele de restrictie permit
sectionarea DNA in anumite zone. Capetele 'taieturii' sunt fie blocate, fie permit legarea
de alte fragmente in scopul producerii de DNA recombinat. Enzimele de restrictie sunt
inventariate in literatura de specialitate printr-un sir de trei litere, ce definesc specia si
denumirea bacteriei, urmate de o litera si un caracter roman. De exemplu, enzima EcoRI a
fost prima enzima izolata din Escherichia coli. Fragmentele de DNA astfel obtinute pot fi
separate prin electroforeza in gel poliacrilamidic (fragmentele mici) sau gel de agaroza
(fragmentele mari). O 'harta' a zonelor de sectionare a unui lant DNA de catre diferite enzime
de restrictie se numeste 'harta de restrictie'. Aceasta permite compararea moleculelor DNA
fara a mai determina secventa din nucleotide, si permite recombinarea DNA. Este stiut ca
intr-o populatie de indivizi pot exista diferente intre secventa aceluiasi DNA (polimorfism)
fara ca aceasta sa afecteze in mod evident organismele respective. Unele diferente afecteaza
insa marimea fragmentelor DNA obtinute prin sectionarea cu ajutorul enzimelor de restrictie.
Acestea pot fi un indicator (tehnica RFLP) pentru a determina eventuale anomalii genetice la
nivelul individului.

O alta tehnica de recombinare a DNA este aceea de hibridizare nucleica,

respectiv reactia prin care doua lanturi DNA desperecheate (sub influenta temperaturii)
sunt recombinate (hibridizate) in scopul formarii unui nou lant dublu DNA suficient de
stabil. Conditiile de lucru pot fi atent variate in asa fel incat sa permita fie obtinerea unor
lanturi duble DNA perfect identice, fie usor modificate. Hibridizarea in-situ permite
localizarea spatiala a expresiei genetice ca si a genelor individuale si a cromozomilor.

Clonarea genelor este o tehnica care permite legarea mai multor fragmente DNA
(care altminteri nu se pot replica) printr-o tehnica de 'legare' specifica cu ajutorul unor
'vectori' (care pot fi virusi sau plasmide DNA). Gena astfel obtinuta se poate replica
autonom. Daca insa se utilizeaza un amestec complex de fragmente DNA, fiecare vector
va recombina un anumit fragment, avand ca rezultat obtinerea unei populatii de
molecule DNA recombinat. Prin introducerea a cate unui DNA recombinat in cate o
celula gazda se poate astfel decela(descoperi) celulele de interes, ce pot fi apoi purificate
si multiplicate. Tehnica clonarii utilizeaza o celula gazda care este sensibila la DNA-
plasmida-recombinata utilizand un vector ce contine o gena antibiotic rezistenta. In acest fel,
vor supravietui doar celulele care sunt rezistente la acel antibiotic. Tehnica clonarii este
frecvent utilizata pentru obtinerea de banci genetice, a DNA sau RNA monocatenar, sau
pentru a realiza sinteza unei anumite proteine. Toate secventele DNA nucleare dintr-o
celula constituie 'biblioteca' sau codul genetic al acelui organism (genom). Prin utilizarea
unui retro-virus ca vector, si sinteza DNA inversa din fragmente traduse pe baza de
mRNA, se obtin genele complementare (co-genom) si secventa DNA complementara
(cDNA). Genomul si co-genomurile rezultate in diferite moduri (cu diferiti vectori) pot fi
selectate ('screening'), ducand prin hibridizare cu un DNA complementar ('proba') la genele
dorite. Proba DNA poate fi un fragment DNA (izolat in prealabil), sau un oligonucleotid
sintetic. Co-genomurile pot fi selectate si prin utilizarea unui anticorp care cupleaza proteina
dorita sau a altui ligand de cuplare. In acest fel sunt selectate doar genele care codifica
proteina in cauza.

Virusii sunt particule mici ce poseda un mic genom DNA sau RNA invelit intr-o
proteina ('capsid'). Un virus se poate replica doar infectand o anumita portiune dintr-o
celula gazda ('ciclul litic'). Unii virusi, dupa replicare se infasoara intr-o membrana
plasmatica (preluata din cea a celulei) si parasesc celula gazda fara sa o distruga. Alti
virusi (bacteriofagi), in timpul replicarii genomului interfera cu genomul celulei gazda,
modificandu-l, si devenind astfel vectori de re-combinare. Unele virusuri continand DNA
animal pot ramane dupa replicare ca plasmide in interiorul celulei gazda producand prin
multiplicare modificari ale acesteia, dezvoltari necontrolate, si posibil cancer. In acest caz
virusul este denumit drept un 'virus DNA tumoral'. Virusii continand RNA tumoral infecteaza
celula gazda prin sinteza unui DNA modificat (retrovirus). De exemplu HIV este un
retrovirus care infecteaza celulele ajutatoare de tip T distrugand astfel sistemul imunitar
uman.

Secventa DNA poate fi relativ usor determinata prin mai multe metode. Una
dintre ele, denumita 'metoda terminarii lantului', preia un lant DNA singular si il
foloseste ca matrice pentru sinteza unui lant complementar cu ajutorul unui primer, a
DNA polimerazei I preluata din celula de E. coli, si toate cele patru dNTP. In plus se
introduc si patru NTP analoge (denumite ddNTP, respectiv ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP)
care previn elongatia lantului DNA sintetizat. Produsul este apoi separat prin electroforeza si
identificat.

Tehnica PCR ('polymerase chain reaction') este, alaturi de alte tehnici, o metoda de
amplificare a unei secvente DNA. In primul pas, secventa de amplificat (matricea) este
obtinuta prin scindarea la o temperatura mai mare (95oC) a lanturilor DNA duble in
catene simple ('denaturarea'). Se constituie apoi doi primeri (oligonucleotide de marime
20-30 bp) capabili sa se ataseze prin complementaritate de capatul 3' al catenei 5'→3'
principale si respectiv 3'®5' al catenei DNA complementare. Dupa atasare, are loc
procesul de sinteza DNA (elongatie) prin copierea fiecarei catene matrice originare. In
faza a doua se reia procesul de sinteza DNA, coexistand atat lanturi DNA duble
(obtinute prin cuplarea catenelor simple) cat si cele singulare. In urmatorul ciclu se reia
sinteza DNA si cuplarea ulterioara a catenelor singulare, etc. In final, din DNA originar,
doi 'primeri', dNTP, si o DNA polimeraza, se obtin cantitati insemnate de DNA replicat.
Tehnica PCR este folosita atat pentru clonarea DNA, obtinerea de mutatii,
determinarea secventei DNA, diagnosticare medicala, etc.

G. Metabolismul zaharidelor
Monozaharidele, dizaharidele, oligozaharidele (lanturi scurte de monozaharide)
si polizaharidele joaca un rol esential in inmagazinarea si eliberarea de energie necesara
proceselor metabolice. Monozaharidele au formula bruta (CH2O)n si contin, pe langa grupe
- OH, si grupe aldehidice (aldoze) sau cetonice (cetoze), putand forma stereoizomeri optic
activi (D,L), si anomeri (a,b) in raport cu un anumit atom de C. Ca nomenclatura,
monozaharidele se abreviaza in forma: Glc (glucoza), Gal (galactoza), Man (manoza), Fuc
(fucoza), etc., si derivate. De exemplu, notatia GlcNAc semnifica N-acetil-glucozamina, in
timp ce Galb1®4Glc semnifica lactoza (D-b-galactoza legata la C-4 al D-glucozei).
Oligozaharidele celulare sunt legate de glicoproteine fie la un atom O sau N. Toate
prezinta o grupa centrala de pentazaharida de care se pot lega si alte reziduuri
zaharidice. Polizaharidele sunt lanturi mari de monozaharide, respectiv glicogenul (in
animale), amidon (in plante), si dextran (in drojdii si bacterii). Celuloza este o
polizaharida structurata inclusa in peretele celulelor plantelor.

Glicoliza este catabolismul anaerob al glucozei. Ea are loc in toate celulele, iar in
cele eucariote se desfasoara in citosol. Glicoliza implica un set de reactii care produc
energie si intermediari de biosinteza, fie direct fie furnizand substrat pentru ciclul
acidului citric si fosforilare oxidativa. Energia libera stocata in 2 molecule de acid piruvic
este mai mica decat cea continuta in molecula originala de glucoza, diferenta fiind regasita in
doua molecule de ATP. Schema de reactii este complexa, reactia globala convertind
glucoza in doua molecule de acid piruvic, care ulterior este convertit in acetil-coenzima-
A (acetil-CoA, gata pentru a participa la ciclul acidului citric), acid lactic, etanol, si acizi
grasi. La reactii participa mai multe enzime, ATP, NAD+, fiind eliberata o cantitate
mare de energie
 Reglarea procesului se face in functie de nivelul de energie celulara din
organism. Cand acest nivel este mare (ATP in exces), viteza ciclului acidului citric este
scazuta, si acetil-CoA se acumuleaza fiind utilizata la producerea de acizi grasi: Cand in
mediul exterior si in celula exista un exces de oxigen, NAD+ necesar glicolizei se
regenereaza prin reoxidarea NADH. Cand insa celula este solicitata unui efort (de exemplu
celula musculara) cu eliberare mare de energie, NAD+ este regenerat din NADH cu formare
secundara de acid lactic, care este transportat in celulele hepatice si reconvertit la glucoza.
Reactia este reversibila, permitand regenerarea NADH:

In drojdii si alte micro-organisme, in conditii anaerobe, NAD+ necesar glicolizei este

regenerat din NADH prin procesul de fermentatie alcoolica:

In mod asemanator are loc si metabolismul fructozei (in muschi, tesuturi adipoase, si
ficat) si galactozei (epimer al glucozei la C-4) cu eliberare de energie si formare de derivati ai
glucozei.

Glicoliza este controlata la nivelul unei reactiei ireversibile din lantul de reactii,
anume cea de trecere din fructoza-6-fosfat in fructoza-1,6-difosfat, catalizata de enzima PFK
(fosfofructokinaza). Concentratia si activitatea acestei enzime este controlata in patru
moduri, in functie de echilibrul ATP/ADP, concentratia de acid citric, produs (fructoza
difosfat), ioni H+, si alte doua enzime (hexokinaza si acid piruvic-kinaza).

Glucogeneza este procesul de sinteza a glucozei din precursori ne-carbohidrati, si

este importanta pentru mentinerea unei concentratii constante de glucoza in sange in
conditii de efort sau de lipsa de nutrienti. Procesul are loc in special in celulele hepatice
si partial in cele din rinichi. Enzimele necesare procesului se gasesc in citosol, cu
exceptia a doua dintre ele localizate in mitocondrie si RER. Prin glucoliza se realizeaza
conversia, in mai multi pasi catalizati enzimatic, a acidului piruvic in glucoza:

acid piruvic → . . . → glucoza

 In reactie sunt implicati si ATP (convertit la ADP), -HCO3 /CO2 , GTP/GDP, si alti
cativa intermediari. Sinteza necesita multa energie, producerea unei singure molecule de
glucoza consumand 6 molecule de ATP. Transportul acidului oxalilacetic (primul
intermediar al glucogenezei) prin peretele mitocondriei pana in citosol in vederea continuarii
procesului se realizeaza prin intermediul unor reactii reversibile de conversie in complecsi de
transport. Glucogeneza si glicoliza se autoregleaza reciproc. In asanumitul ciclu Cori,
acidul piruvic produs in glicoliza in muschi in timpul efortului este convertit la acid lactic.
Acesta este transportat de sange catre celulele hepatice unde este reconvertit in acid piruvic si
apoi in glucoza prin glucogeneza. Glucoza este eliberata in sange si revine in celulele
musculare si alte tesuturi (inclusiv creier).

Metabolismul glicogenului include degradarea si sinteza sa. Glicogenul este o

polizaharida (polimer al glucozei) stocat in principal in ficat si muschi ca rezerva
energetica. In cazul unui efort prelungit, glicogenul din muschi este transformat in
energie, pe cand cel din ficat este transformat in glucoza si transferat in sange. Sinteza
glicogenului se face plecand de la UTP via UDP-glucoza sub influenta mai multor enzime.
Degradarea glicogenului la glucoza se face in trei trepte sub influenta mai multor
enzime:

Prin degradarea glicogenului se degajeaza o cantitate mare de energie necesara

contractiilor musculare. Controlul sintezei si degradarii glicogenului este alosteric (cu
participarea cooperativa / necooperativa a unor componenti) si hormonal. Controlul alosteric
in muschi este legat de concentratia de ATP, care mentine enzima de degradare (fosforilaza)
in forma activa sau inactiva. In lipsa efortului, concentratia mare de ATP mentine crescuta
forma inactiva a enzimei, si invers. In celulele hepatice, degradarea sau sinteza
glicogenului este legata de concentratia glucozei care 'comanda', prin intermediul unor
enzime ('phosphorylase', sau 'synthase'), procesele respective. Controlul hormonal se
realizeaza fie de catre epinefrina (adrenalina) si glucagon, sau de catre insulina.
Adrenalina stimuleaza degradarea glicogenului in muschi, pe cand adrenalina si
glucagonul pe cea din ficat. Insulina este eliberata in sange atunci cand concentratia de
glucoza este mare, stimuland astfel sinteza de glicogen. In aceste procese un rol
important il au si ionii de Ca2+ care participa activ la degradarea glicogenului.

H. Metabolismul grasimilor
Acizii grasi sunt molecule organice cu o catena lunga, hidrocarbonata, si o
terminatie carboxilica. Multi dintre ei poseda un numar par de atomi C si o catena
liniara. Acizii grasi saturati (solizi) nu au legaturi duble in catena. Cei nesaturati
(lichizi) poseda legaturi duble in conformatia cis. Acizii grasi se denumesc in functie de
numarul de atomi de carbon si de numarul si pozitia legaturilor duble: acid palmitic (C16:0),
acid stearic (C18:0), acid oleic (C18:1), acid linoleic (C18:2), acid linolenic (C18:3), acid
arahidonic (C20:4). Acizii grasi au patru roluri biologice in organisme:

(1) sunt componente ale membranelor (glicerofosfolipide si spingolipide);

(2) modifica (prin legaturi covalente) o serie de proteine;

(3) se constituie ca rezerve energetice (triacilglicerol) si drept 'combustibil';

(4) derivatii acizilor grasi servesc drept hormoni si mesageri secundari intracelulari.

O categorie aparte o formeaza derivatii acidului arahidonic, respectiv prostaglandinele

si eicosanoidele (prostacicline, tromboxani, leucotriene), care actioneaza ca hormoni locali.
De pilda, aspirina reduce inflamatia tesuturilor prin activarea enzimei prostaglandin-sintaza,
responsabila de sinteza prostaglandinei. Metabolismul acizilor grasi implica sinteza si
degradarea acestora.

Degradarea acizilor grasi (b-oxidare) se face atunci cand este necesara producerea
de energie si obtinerea de ATP. Acizii grasi sunt convertiti in derivati de acil-CoA si
apoi metabolizati prin indepartarea unitatilor acetil-CoA terminale. Activarea
degradarii acizilor grasi are loc in citosol la celulele procariote, si in matricea
mitocondriala la cele eucariote. Acizii grasi sunt activati prin formarea unui tioester legat la
CoA si trecuti in mitocondrie. Deoarece membrana mitocondriei nu este permeabila la un
astfel de derivat cu lant lung, transportul se realizeaza prin transformarea reversibila intr-un
derivat de carnitina. Degradarea acizilor grasi are loc dupa schema globala:

acizi grasi → . . . → acetil-CoA + acil-CoA(redus cu doi atomi C).

 Ea implica patru pasi:

(1) oxidarea acil-CoA de catre FAD (ce trece in FADH2) cu formare de trans-D2-enoil-
CoA (catalizata de acil-CoA-dehidrogenaza);

(2) hidratarea trans-D2-enoil-CoA la 3-hidroxiacil-CoA (catalizata de enoil-

CoAhidrataza);

(3) oxidarea 3-hidroxiacil-CoA la 3-ketoacil-CoA (catalizata de hidroxiacil-

CoAdehidrogenaza, si producand NADH din NAD+);

(4) ruperea moleculei de 3-ketoacil-CoA (tioliza) de catre o molecula de CoA, cu

producerea de acetil-CoA si o molecula de acil-CoA mai mica cu doi atomi C (catalizata
de b-ketotiolaza).

Produsii secundari NADH si FADH2 sunt procesati in continuare prin

fosforilare oxidativa, in timp ce acetil-CoA intra in ciclul acidului citric cu producere de
energie si NADH si FADH2. In plante, procesul este mai simplu, doua enzime convertind
direct acetil-CoA la acid oxalilacetic ce participa alaturi de acidul piruvic la ciclul acidului
citric. In cazul acizilor grasi nesaturati, degradarea lor este similara, doar ca oxidarea este mai
complexa, implicand si enzime suplimentare. Degradarea acizilor grasi cu numar impari
de atomi de C duce la formarea de acetil-CoA si propionil-CoA. Reglarea procesului de
degradare este realizata prin semnalarea prezentei de acizi grasi in sange, rezultati de la
degradarea grasimilor. Degradarea este insotita de o degajare mare de energie si
producere de ATP. De exemplu, prin degradarea completa a acidului palmitic (C16:0) se
obtin 35 molecule ATP produse direct din NADH si FADH2 rezultat, si 96 ATP rezultati la
degradarea acetil-CoA in ciclul acidului citric. Daca se scad 2 ATP necesari initierii
intregului proces, rezulta un total net de 129 molecule ATP produse la degradarea unei
molecule de acid palmitic. Cand este prezent in mare exces, acetil-CoA este convertit in ficat
si in acid acetoacetic si acid D-3-hidroxibutiric folositi ca sursa alternativa de energie pentru
procesele biologice care au loc in creier.

Sinteza acizilor grasi implica condensarea succesiva a unitatilor de acetil-CoA (cu

2 atomi de C in catena principala) pentru a forma un lant hidrocarbonat de lungime
dorita. Sirul de reactii este catalizat de o enzima specifica ('sintaza' acizilor grasi)
utilizand NADPH ca agent reducator. Elongatia lantului acidului gras implica pasi de
condensare, reducere, si deshidratare. De exemplu, pentru acidul pamitic, reactia
globala este:

In timpul sintezei, acizii grasi sunt cuplati covalent la o proteina purtatoare

(ACP). Sinteza are loc in citosol, iar materia prima a sintezei, respectiv acetil-CoA, este
produsa in mitocondrie din acidul piruvic. Pentru a putea strabate membrana
mitocondriala, acetil-CoA este reversibil convertita de acidul oxalilacetic la acid citric
care regenereaza acetil-CoA in citosol. In cazul in care acidul gras sintetizat este unul
nesaturat, introducerea legaturii duble in catena acilica se face sub actiunea unei
enzime de pe SER. Unii acizi grasi, cum ar fi acizii linoleic si linolenic, nu pot fi sintetizati
in citosol si trebuiesc ingerati prin digestie. Procesul de sinteza al acizilor grasi este controlat
intr-unul dintre pasii de initiere, respectiv conversia acetil-CoA la malonil-CoA (pentru a
forma ulterior, prin co-polimerizare, una dintre proteinele purtatoare, malonil-ACP).
Activarea sau dezactivarea enzimei responsabile pentru reactia de fosforilare (acetil-CoA-
carboxilaza) se face prin mecanisme de reglare multipla. O prima bucla de control este aceea
a activarii sintezei de catre o proteina (AMP-activat-proteinkinaza). Cand incarcatura
energetica a celulei este scazuta (continand mult AMP si putin ATP), enzima este inactiva si
sinteza este blocata. Invers, enzima este activata prin defosforilare de catre o alta enzima
(protein-fosfataza-2A). Controlul hormonal al sintezei acizilor grasi este exercitat de catre
glucagon si epinefrina (adrenalina) care la concentratii mari inhiba sinteza prin blocarea
proteinei de defosforilare. Insulina are un efect contrar, stimuland sinteza acizilor grasi prin
activarea enzimei de fosforilare. A treia bucla de control este cea de control alosteric prin
care acidul citric (abundent in prezenta cantitatilor mari de acetil-CoA si ATP) activeaza
enzima de sinteza a acizilor grasi, in timp ce palmitoil-CoA (abundent la un exces de acizi
grasi) o inhiba.

Metabolismul grasimilor (trigliceride sau lipide) este strans legat de cel al acizilor
grasi. Grasimile sunt in fapt tri-esteri ai acizilor grasi cu glicerina, si reprezinta
depozitul major de energie al organismului animal. Grasimile sunt insolubile in apa si
sunt stocate in celule adipoase specializate. Grasimile sunt sintetizate pornind de la
glicerin-3-fosfat (provenit din dihidroxi-aceton-fosfat) si acil-CoA (provenit din
degradarea acizilor grasi):
 In lantul de reactii sunt implicate NADH / NAD+, iar energia necesara este
furnizata de hidroliza legaturii tioester din acil-CoA. Degradarea grasimilor la acizii
grasi constituenti si glicerina se face sub actiunea enzimatica a lipazelor. Acizii grasi
sunt apoi degradati (prin boxidare) producand energie, iar glicerina este convertita in
dihidroxi-aceton-fosfat care participa la glicoliza. Reglarea sintezei si degradarii
grasimilor se face in functie de concentratia de acizi grasi din sange. O enzima specifica
hidrolizei grasimilor (lipaza) este activata sau inhibata printr-un control hormonal. La un
nivel energetic celular scazut, glucagonul, epinefrina, si nor-epinefrina cresc nivelul de
cAMP, care activeaza indirect lipaza, ducand la eliberarea de acizi grasi in sange. Insulina are
un efect opus, descrescand nivelul de cAMP si inactivand enzima de dedradare a grasimilor.

Metabolismul colesterolului este legat de cel al acizilor grasi deoarece materia

prima de sinteza este aceeasi (acetil-CoA):

Colesterolul este un steroid cu 27 atomi de C, fiind parte componenta a

membranei celulare. Colesterolul este precursor al hormonilor steroizi si al sarurilor
biliare (acizilor biliari). Sinteza colesterolului se realizeaza pornind de la acetil-CoA si
acetoacetil-CoA, si implica mai multi pasi de reactie. Un intermediar important este HMG-
CoA, redus in continuare de catre o enzima (HMG-CoA reductaza). In proces sunt implicati
si NADPH / NADP+, ADP / ATP, fiind eliberati Pi si CO2. Reglarea nivelului colesterolului
(provenit din dieta sau sintetizat in ficat) se face prin intermediul activitatii HMG-CoA
reductaza. Un nivel mare de colesterol si de metaboliti ai sai inhiba activitatea reductazei.
Enzima poate fi insa inhibata si prin compusi de tip fungici. Acizii biliari sunt produsi in ficat
din colesterol. Ei au o structura polara si constituie adevarati 'detergenti' in intestine, ajutand
digestia si preluarea lipidelor din alimente. Vitamina D este tot un derivat al colesterolului,
obtinut printr-o serie de reactii dintre care una necesita lumina UV. Vitamina D are un rol
esential in dezvoltarea scheletului osos. Hormonii steroizi sunt derivati din colesterol printr-o
serie de reactii implicand, printre altele, o enzima continuta in hematiile sanguine (citocrom-
P450-enzima), O2 si NADPH. In organism exista cinci clase de hormoni steroizi: (1)
progestageni sau gestogeni (de ex. progesteron); (2) androgeni (de ex. testosteron); (3)
estrogeni (de ex. estradiol); (4) glucocorticoide (de ex. cortizon); (5) mineralo-corticoide (de
ex. aldosteron). Nivelul de colesterol din organism este direct responsabil de o
multitudine de procese induse de acesti sub-derivati:

Lipoproteinele sunt particule globulare (de tip micelii) constand dintr-o zona
centrala, formata din grasime si esteri ai colesterolului, inconjurata de o proteina,
fosfolipide si colesterol. In plus, pe suprafata lipoproteinelor exista si apoproteine
(apolipoproteine) ce ajuta la solubilizarea lipidelor si la fixarea lipoproteinelor de
tesutul potrivit. Exista cinci tipuri de lipoproteine, clasificate in functie de proprietatile lor
functionale si fizice: lipoproteine cilomicronice, lipoproteine de foarte mica densitate
(VLDL); lipoproteine de densitate intermediara (IDL); lipoproteine de densitate redusa
(LDL); lipoproteine de densitate mare (HDL). Principala functiune a lipoproteinelor este
aceea de a transporta grasimile, colesterolul si fosfolipidele in organism. Lipoproteinele
cilomicronice sunt sintetizate in intestine si transporta grasimile provenite din
alimentatie catre tesuturile musculare si adipoase, iar colesterolul ingerat catre ficat.
Aici, aceste grasimi sunt hidrolizate (sub influenta lipazei) iar acizii grasi rezultati sunt fie
stocati fie folositi pentru producerea de energie. Lipoproteinele VLDL sunt sintetizate in ficat
si transporta grasimile, colesterolul si fosfolipidele in organism in vederea hidrolizei lor
ulterioare. VLDL remanent este transformat in lipoproteine IDL si apoi in lipoproteine LDL,
apoproteinele atasate fiind indepartate. LDL rezultat este legat de un receptor specific pe
suprafata celulelor tinta si asimilate prin endocitoza mediata. In urma metabolismului celular
al lipoproteinelor, sub influenta enzimelor din lizozomi (lisosom lipaza), este eliberat si
colesterolul care este incorporat in membrana celulara sau re-esterificat in scopul stocarii
sale. Un nivel mare de colesterol in celula duce la reducerea sintezei de receptori ai
lipoproteinelor de pe suprafata celulei, reducand astfel cantitatea de colesterol preluata. In
plus, este inhibata si enzima (HMG-CoA-reductaza) responsabila cu sinteza colesterolului.
Lipoproteinele HDL sunt sintetizate in sange si extrag colesterolul din membranele celulare,
stocandu-l sub forma de esteri. Ca si VLDL si LDL, lipoproteinele HDL sunt preluate in ficat
de catre receptori membranari specifici ai celulelor hepatice si asimilati, iar colesterolul atasat
este transformat in acizi biliari. Hipercolesterolemia este o dereglare a procesului de preluare
a LDL de catre receptorii membranari din celulele hepatice, colesterolul rezultat ramanand in
sange si producand aglomerari pe peretii arteriali (arteroscleroza) sau blocarea arterelor
coronariene (infarct miocardic).

I. Respiratia celulara si eliberarea de energie celulara (prezentare sumara

a glicolizei si a ciclului acidului citric)

Principala modalitate de a produce energie in organism este aceea de oxidare a

acidului piruvic (format prin glicoliza din glucoza/glicogen, sau de la degradarea
proteinelor) la CO2 si H2O (ciclul acidului citric sau ciclul Krebs, dupa numele
descoperitorului, H.A. Krebs, 1953). Acest ciclu este parte a procesului de respiratie
celulara aeroba prin care se produc mari cantitati de energie (ATP) prin degradarea
carbohidratilor, grasimilor, si proteinelor in CO2 si H2O. In acest ciclu se produc si
precursori ai sintezei grasimilor, glicogenului si proteinelor, toate procesele fiind reversibile
si inter-conectate. Ciclul acidului citric are loc in mitocondria celulelor eucariote si in
citosolul celulelor procariote. Prin catabolismul carbohidratilor, grasimilor, si proteinelor se
produce mai intai acetil-CoA, respectiv o grupa acetil (cu doi atomi C) legata de coenzima A.
Acetil-CoA este punctul de pornire al ciclului Krebs, impreuna cu acidul oxalil-acetic. Acidul
citric este atat produs primar cat si produs final, fiind regenerat prin condensarea acidului
oxalil-acetic cu acetil- CoA.

Ciclul are opt stagii, implicand oxidari, izomerizari, hidratari, hidrogenari /

dehidrogenari enzimatice. La un ciclu complet se produc 12 ATP, reactia globala fiind:

Doi atomi de carbon sunt oxidati la CO2 , iar energia eliberata este stocata sub
forma de ATP, NADH si FADH2 . Proteinele NADH si FADH2 sunt co-enzime
(respectiv compusi proteici care permit sau intensifica actiunea unei enzime) in reactia
de stocare a energiei. Principalii compusi si enzimele implicate in ciclul Krebs sunt
prezentate in Tabelul 1.

Relatia ciclului acidului citric cu alte procese metabolice este complexa. Ciclul
Krebs este a doua etapa in catabolimul carbohidratilor. Prin glicoliza, glucoza (cu 6
atomi C) este convertita in acid piruvic (cu 3 atomi C). In celulele eucariote, acidul
piruvic migreaza in mitocondrie unde este convertit la acetil-CoA care initiaza ciclul
acidului citric. Prin catabolismul proteinelor in spatiul extracelular se formeaza aminoacizii
sub actiunea unor enzime specifice (proteaze). Aminoacizii sunt importati in celula unde
alimenteaza procesul de glicoliza sau ciclul Krebs. Prin catabolismul grasimilor, trigliceridele
sunt hidrolizate la acizi grasi si glicerina. Glicerina este apoi convertita la gliceraldehid-3-
fosfat si intra in procesul de glicoliza si in cele din urma in ciclul Krebs. Acizii grasi sunt
degradati prin procesul de 'beta-oxidare' la acetil-CoA care alimenteaza ciclul Krebs. Ciclul
acidului citric este intotdeauna urmat de fosforilare oxidativa. Acest proces extrage energia
din NADH si FADH2, recreind NAD+ si FAD+, astfel incat ciclul poate continua.
Fosforilarea oxidativa foloseste oxigen, desi ciclul Krebs nu il utilizeaza explicit. In total,
prin degradarea completa a unei molecule de glucoza prin glicoliza, ciclul Krebs si fosforilare
oxidativa se formeaza 38 ATP.

Ciclul Krebs este reglat in mod complex de catre enzimele citrat-sintaza, izo-
citricodehidrogenaza, si a-aceto-glutarat-dehidrogenaza, prin feedback (inhibitie) cu
ATP, acid citric, NADH si succinil-CoA. Piruvat-dehidrogenaza, care converteste acidul
piruvic la acetil-CoA, este inhibata de acetil-CoA si NADH si de reactia de fosforilare
enzimatica stimulata de un raport mare NADH / NAD+, acetil-CoA/CoA, ATP/ADP. Din
contra, o concentratie mare de acid piruvic inhiba reactia de fosforilare si inactivare a
piruvatdehidrogenazei. Aceeasi enzima este activata si de o reactie de defosforilare
enzimatica. Intermediarii sintetizati in cadrul ciclului acidului citric sunt folositi ca
precursori in multe alte sinteze din organism pentru producerea de: aminoacizi, purine,
pirimidine, porfirine, acizi grasi, glucoza.

Fosforilarea oxidativa cu transport electronic are rolul de a inmagazina energia

produsa in celula prin ciclul Krebs sub forma de ATP si de a re-oxida NADH si FADH2:

Oxidarea NADH elibereaza suficienta energie pentru a face posibila sinteza ATP.
Acest proces se petrece in mitocondria celulelor eucariote si in membrana plasmatica a
celulelor procariote. O reactie cu transfer electronic este caracterizata de un potential redox,
adica de o masura a afinitatii reactantilor pentru electroni. Reactia este favorizata daca
variatia de potential redox (al produsilor in raport cu reactantii) este pozitiv, si variatia de
energie libera (Gibbs) este pozitiva. In procesele redox mentionate se realizeaza un transfer
de electroni in sensul dorit sau o inhibare a transferului prin implicarea mai multor compusi
de cuplare / decuplare. Transportul electronic este strans legat de sinteza ATP conectata cu
oxidarea NADH si FADH2 printr-un mecanism complex. Pentru fiecare NADH oxidat se
sintetizeaza 3 ATP, iar prin cea a FADH2 se sintetizeaza 2 ATP. Cum insa sinteza ADP/ATP
are loc numai in prezenta transportului de electroni, procesul este reglat prin consumul de
oxigen (reglare respiratorie).

Respiratia celulara este procesul de oxidare a moleculelor de nutrienti (cum ar fi

glucoza) la CO2 si H2O cu eliberare de energie sub forma de ATP, necesara tuturor
celorlalte procese metabolice. Procesul de respiratie are doua faze: glicoliza (trecerea
glucozei in acidul piruvic) si oxidarea acidului piruvic la CO2 si H2O. In celulele
eucariote glicoliza are loc in citosol, iar celelalte procese in mitocondrie. Mitocondria
contine in membrana exterioara complexe proteice ce dau nastere la canale prin care este
permis transportul, in ambele sensuri, al anumitor compusi si ioni. In membrana interioara
exista 5 complecsi proteici de tip enzima: NADH dehidrogenaza, succinat-dehidrogenaza,
citocrom-reductaza, citocromoxidaza, ATP sintaza. Matricea mitocondriei contine un
amestec complex de enzime solubile ce catalizeaza respiratia acidului piruvic si a altor
molecule organice mici. Aici, acidul piruvic este oxidat de catre NAD+ producand NADH si
H+, si decarboxilat producand CO2 si doua fragmente de acetat care se leaga de coenzima A
formand acetil-CoA. Lantul proceselor respiratorii implica 3 complexe de proteine
membranare (NADH dehidrogenaza, citocromreductaza, citocrom-oxidaza) si 2 molecule ce
pot difuza liber (ubichinona si citocrom-C) si transporta electroni de la un complex la altul.
Procesul respiratoriu celular are urmatoarele roluri:

(i) transfera electronii de la NADH si FADH2 la moleculele de oxigen pentru a

forma, cu ajutorul protonilor, molecule de apa. Este de notat ca molecula de citocrom-C
poate transfera doar 1e- odata, si prin urmare citocrom-C-oxidaza trebuie sa acumuleze
4 molecule inainte ca ea sa poata reactiona cu oxigenul;

(ii) foloseste energia eliberata de catre acest transfer electronic pentru a pompa
protoni H+ din matrice in spatiul intermembranar;
 (iii) pentru fiecare 4e- necesari reducerii moleculei de oxigen la apa sunt pompati
20 H+ in spatiul intermembranar;

(iv) prin acest transport ia nastere un gradient de protoni de.a lungul membranei
interioare a mitocondriei, formand o veritabila baterie;

(v) protonii pot migra impotriva acestui gradient, reintrand in matricea

mitocondriei, numai cu ajutorul altui complex membrabar, respectiv a ATP-sintazei. In
fapt, procesul de chemi-osmoza ce are loc in mitocondrie, prin care electronii trec de la
NADH la oxigen, este cel care permite transportul de protoni de la matrice in spatiul
intermembranar chiar impotriva gradientului de concentratie protonar (asa-numitul 'transport
activ'). Cand gradientul este mare (respectiv pHul mic), singura cale de reintrare a protonilor
in matrice, impotriva gradientului difuzional, este cel de legare chimica la ATP-sintaza si
transportul membranar. Ca si la cloroplaste, acest proces permite transformarea in matrice a
ADP in ATP si inmagazinarea energiei.

Numarul de molecule de ATP produse prin respiratia celulara in mitocondrie variaza

in functie de conditii. In general el este in jur de 30 ATP. Cea mai mare parte din ATP este
formata prin transferul membranar de protoni prin chemi-osmoza. Cum pentru fiecare
2etransferati de NADH oxigenului se genereaza 3 ATP, rezulta ca 12 perechi de electroni
indepartati la fiecare molecula de glucoza (10 de catre NAD+ si 2 de catre FADH2)
genereaza 34 ATP. Daca se adauga alte 4 ATP generate in 3 sub-procese (conversia acidului
alfacetoglutaric la acid succinic, si alti doi pasi ai glicolizei), si se scad cateva molecule de
ATP necesare altor procese mitocondriale si reactii de reducere implicand NADH, se obtin un
total de circa 30 ATP obtinute per molecula de glucoza degradata. In concluzie, mitocondria
este un organit complex si esential pentru respiratia celulara. Ea contine 5-10 molecule DNA
circular identice, fiecare constand din 16569 perechi de baze DNA ce inmagazineaza
informatia pentru cele 37 de gene ce codifica 37 proteine esentiale ( 2 rRNA, 22 tRNA, 13
polipeptide) ce intra in compozitia enzimelor specificate anterior.

In organism exista si o sursa alternativa de energie (si caldura) care nu implica

formarea de ATP ci a unor agenti ce permit transportul de electroni si disiparea unui
gradient protonic in mitocondrie. Cum procesul de transport este exotermic, caldura
este disipata in afara tesutului adipos, pastrand astfel temperatura organismului la un
nivel cvasi-constant.
 Fotosinteza este un proces de sinteza a hidratilor de carbon din CO2 si H2O sub
actiunea energiei luminoase. Reactiile la lumina produc NADPH si ATP, utilizate de
reactiile la intuneric pentru fixarea carbonului sub forma de carbohidrati. Reactia
globala este:

Fotosinteza are loc in cloroplastele celulelor din plante si alge, si in membrana

plasmatica si cromatoforii bacteriilor. Fixarea luminii este realizata de clorofila, care
este o molecula profirinica ce contine un ion de Mg2+. Procesul de absorbtie al luminii
este optimizat prin prezenta unor pigmenti suplimentari (ca de ex. carotenoidele) care
suplimenteaza absorbtia la lungimi de unda inaccesibile clorofilei. Pigmentii sunt aranjati
impreuna cu clorofila intr-un fotosistem ce contine un complex tip 'antena', absorbant de
lumina si generator de electroni liberi, si un centru de reactie de fotosinteza. In plantele verzi
exista doua tipuri de fotosisteme (clorofila I sau P700, si clorofila II sau P680) legate printr-
un sistem de transport de electroni. Procesul decurge in etape, cei doi atomi de oxigen
fiind obtinuti prin descompunerea apei odata cu patru protoni si patru electroni:

Reactii la lumina (cu producere de ATP si NADPH):

Cianobacteriile utilizeaza, ca si plantele, doua fotosisteme, pe cand bacteria purpurie

Rhodospirillum rubrum un singur fotosistem, in mod ciclic.

Reactiile la intuneric (ciclul Calvin) convertesc CO2 la carbohidrati in mai multe

etape. Reactia globala este:
 Este de remarcat ca, in timp ce animalele stocheaza excesul de carbohidrati sub
forma de glicogen, plantele procedeaza la stocarea lor sub forma de amidon. Unele
plante ce traiesc in mediu climatic foarte cald tind sa isi inchida porii pentru a retine
apa, scazand astfel concentratia de CO2 de langa frunza. De asemenea, temperatura mare
favorizeaza activitatea oxigenazei 'rubisco' (consumand O2) in locul carboxilazei (consumand
CO2), ducand de asemenea la fotorespiratie cu consum de O2 . Pentru a maximiza fixarea
carbonului, aceste plante s-au adaptat folosind un sistem de celule care fixeaza CO2 si apoi il
transmit (sub forma de acid malic) altor celule, ne-expuse la aer, care elibereaza CO2 (si de
acid piruvic) pe care il folosesc apoi in ciclul Calvin. Reactia globala a acestui cliclu
(denumit si 'cliclul C4') este:

J. Metabolismul aminoacizilor

Ciclul azotului in organisme il reprezinta lantul de procese complexe prin care

azotul din alimente, rezultat prin fixarea in principal a amoniacului anorganic, este
convertit in compusi organici complecsi cu azot, urmata de eliberarea ulterioara
degradativa a sa prin catabolism. In cadrul acestui ciclu, etapa de fixare a azotului
gazos (atmosferic) sub forma de amoniac se face de catre unele bacterii din sol,
cianobacterii, si bacteriile ce se dezvolta pe radacinile plantelor leguminoase. Procesul
se desfasoara sub influenta unor enzime proteice (reductaza si nitrogenaza) ce contin si
ioni de fier si molibden in macromolecula, si prin participarea ATP, dupa reactia
globala:
 Deoarece nitrogenaza este inhibata rapid sub actiunea oxigenului, aceasta este
protejata prin sinteza simbiotica a leg-hemoglobinei ce fixeaza oxigenul de langa radacinile
plantelor.

In continuare, amoniacul este asimilat de catre organisme prin actiunea

glutamatdehidrogenazei (care duce la sinteza acidului glutamic) si glutamin-sintetazei
(care duce la sinteza glutaminei). Prin biosinteza ulterioara are loc transformarea
acestor aminoacizi in compusi organici complecsi (aminoacizi, nucleotide, proteine,
etc,). Procesul degradativ invers in organsime poarta denumirea de catabolism, iar
transformarea amoniacului in azot gazos reprezinta denitrificarea.

Putine organisme pot sintetiza toti cei 20 de aminoacizi prezenti in proteine. Cei
ce pot fi sintetizati se numesc aminoacizi ne-esentiali, iar cei preluati prin dieta
amonoacizi esentiali. In functie de procesele de biosinteza la care participa si de
intermediarul metabolic, cei 20 de aminoacizi pot fi grupati in 6 familii (vezi notatii cap.
1.3.):

Ciclul acidului citric:

Intermediar acid a-ketoglutaric ® Familia glutamatului: Glu, Gln, Pro, Arg

Intermediar acid oxalil-acetic ® Familia aspartatului: Asp, Asn, Met, Thr, Ile, Lys

Glicoliza:

Intermediar 3-fosfo-glicerat ® Familia serinei: Ser, Cys, Gly

Intermediar acid piruvic ® Familia acidului piruvic: Ala, Val, Leu

Intermediar acid fosfo-enol-piruvic, eritroza-4-fosfat ® Familia aromatelor: Phe, Tyr, Trp

Intermediar riboza-5-fosfat ® Familia histidinei: His

Cum excesul de aminoacizi nu poate fi stocat iar concentratia proteinelor este

cvasiconstanta, in organisme are loc concomitent si procesul continuu de degradare a
aminoacizilor. Degradarea incepe prin eliminarea grupei a-amino (transaminare) si
conversia restului moleculei intr-unul sau mai multi intermediari metabolici. Din acest
punct de vedere, aminoacizii se numesc 'glucogenici' daca prin degradare rezulta glucoza, si
'ketogenici' daca prin degradare dau nastere compusilor cetonici. Transaminarea enzimatica
duce la formarea de acid glutamic si a-cetoacidul corespunzator. Acidul glutamic este
apoi dezaminat oxidativ enzimatic cu producere de amoniac, procesul fiind reglat alosteric:
GTP si ATP sunt inhibitori, iar GDP si ADP sunt activatori. O exceptie o constituie
fenilalanina, care este mai intai degradata enzimatic la tirozina, si apoi la acid fumaric si acid
acetoacetic.

Eliminarea excesului de azot sub forma de amoniac poate fi facuta de unele

organisme direct, iar de altele sub forma de acid uric. Ciclul de reactii prin care
amoniacul este convertit la acidul uric se numeste ciclul acidului uric. La reactie
participa si CO2 , enzime si ATP.

Reactia globala este:

Ciclul acidului uric este strans legat de cel al acidului citric. Astfel, acidul fumaric
produs poate intra direct in ciclul acidului citric si convertit la acid oxalil-acetic. Acidul
oxalil-acetic sufera apoi o transaminare la acid aspartic care re-alimenteaza sinteza acidului
uric sau care poate fi convertit in acid citric, acid piruvic, sau glucoza. Unul dintre
intermediarii ciclului acidului uric, respectiv arginina, poate fi condensata cu glicina si apoi
transformata in creatinin-fosfat, obtinandu-se astfel un compus cu valoare energetica mare
(stocat in muschi). Ca disfunctii principale ale acestor procese sunt de amintit excesul de
amoniac in sange (datorita unor defecte ale enzimelor din ciclul acidului uric) si acumularea
de acid uric cristalizat in incheieturi (guta).
 2. Formalizarea reactiilor si masuri ale transformarii biochimice:
matrice stoechiometrica, gradul molar de avansare

DIN PREZENTARE:

Reactiile celulare constau in conversia substratului in energie libera si produsi

metabolici (metaboliti primari) si produsi complcsi (metaboliti secundari). Pt a analiza un
numar mare de reactii se va specifica stoechiometria de reactie si se va generaliza un algoritm
de formalizare.

Pentru a formula stoechiometria unei reactii celulare, consideram un sistem in care N

substraturi sunt transformate in M produsi metabolici si Q constituenti de biomasa.

Transformarea se desfasoara dupa J reactii in care K metaboliti intracelulari participa

ca intermediari. Doi indecsi stoechiometrici vor indica numarul reactiei si compusul; astfel
alpha(I,j) reprezinta coeficientul stoechiometric al substratului I in reactia j.

In stoechiometria generalizata, se introduc coeficienti stoechiometrici pentru toti

compusii utilizati ca substrat, pentru toti produsii metabolici, pentru toti metabolitii
intracelulari si pentru toti constituentii biomasei in fecare dintre reactii. Multi dintre
coeficientii stoechiometrici devin zero, ceea ce inseamna ca respectivul compus nu participa
la o anumita reactie (in reactia 3.2 coeficientul stoechiometric al glucozei este zero).

S(i) reprezinta susbtratul (I), P(i) produsii metabolici, Xmacro(I), reprezinta

constituentii biomasei. Caile intermediare K sunt notate cu X met(I)

Cu acestea, stoechiometria pentru reactia celulara j se poate scrie in foma :

Este convenabil sa scriem stoechiometria toturor celor j reactiiilor celulare intr-o

forma compacta, utilizand notarea matriciala:
 Unde matricile A, B, G si G sunt matrici soechiometrice ce contin coeficientii
stoechiometrici in j reactii pentru subtraturi, produsi metabolici, constitenti de biomasa,
intermediari de proces; in aceste matrici randurile reprezinta reactiile

(reactantii) iar coloanele metabolitii.

3. Determinarea stoechiometriei proceselor metabolice din date

experimentale.

4. Factorii de care depinde viteza de reactie biochimica.

5. Modele cinetice simple ale proceselor enzimatice (de tip Michaelis-

Menten).

??6. Tipuri de modele cinetice enzimatice.??

Principalele tipuri de modele cinetice enzimatice.

Expresiile cinetice enzimatice sunt de regula derivate in doua ipoteze:

Tip I: modele cinetice la care se aplica ipoteza de echilibre rapide stabilite de catre
intermediarii enzimatici, iar acestia ating rapid concentratia de echilibru.

Tip II: modele cinetice la care nu se aplica ipoteza de echilibru rapid intre
intermediarii enzimatici, iar expresiile cinetice se deduc prin aplicarea ipotezelor QSS unor
intermediari.

Notatii: S, B = substraturi; P, Q = produsi; I, X = inhibitori; A = activator; 'site' centri

activi

Modele cinetice de Tipul I:

a) Inhibitie simpla:

- inhibitie cu substrat si produs

- inhibitie cu substrat pentru mai multe enzime catalizand aceeasi reactie

- inhibitie competitiva cu P

- inhibitie non-competitiva
b) Inhibitie partiala si mixta (cu intermediari ce duc la produsi)

- partial competitiva

- partial non-competitiva

- liniara mixta cu 1 centru activ

- liniara mixta cu 2 centrii activi

- mixta hiperbolica

- partiala, cu 2 centrii non-competitivi

- partiala, cu 2 centrii competitivi

- cu legarea S de catre I

- cu legarea S de catre I si cu consum de enzima

c) Activare enzima

c1) Activare ne-esentiala (reactia decurge si fara A)

- pura, ne-esentiala

- ne-esentiala si inhibitie competitiva

- ne-esentiala, cu activator - dezinhibitor

c2) Activator substrat - complex

- S, A, (SA) legate de enzima

- (SA) leaga enzima

- (SA) si S leaga enzima

- (SA) si A leaga enzima

- (SA), S si A leaga enzima

- A este activator esential

- A este activator ne-esential si (SA) se leaga la centrul activ catalitic

 - A si (SA) sunt substraturi

d) Sisteme reactante multiple (bi-, tri-, etc., cu echilibre rapide)

d1) Sisteme bi-reactante aleatoare (E si Intermediarul sunt activati aleator)

- bi-reactant pur

- I in competitie cu unul din substraturi

- I este non-exclusivist

- inhibitie prin produs (P)

- inhibitie prin substrat (B)

d2) Sisteme bi-reactante ordonate (activatorul activeaza doar E)

d3) Sisteme tri-reactante aleatoare

e) Sisteme multi-'sites' cu enzime alosterice (mai multi centri activi, iar enzimele pot
fi blocate succesiv si crescendo de catre S, in forma (ES), (ESS), (ESSS),...etc).

e1) 'Site' non-cooperative

e2) 'Site' cooperative

e3) 'Site' interactive secventiale Adair-Pauling

e4) Sisteme de 2 'site' active cu inhibitie competitiva

e5) Sisteme de 2 'site' active cu inhibitie competitiva partiala

e6) Sistem multi-'site' alosteric cu activare substrat

e7) Sistem cu activatori multi-'site' esentiali

e8) Sisteme multi-'site' cu activare esentiala cooperativa

e9) Sisteme multi-'site' cu interactii generale

e10) Sisteme multi-'site' cu interactii intre tetrameri

f) Sisteme cu inhibitie multipla a enzimei

 f1) Sistem cu 1 inhibitor (I) si multi-'site'

f2) Inhibitie cu amestec de inhibitori (I,X)

- inhibitie competitiva pura

- inhibitie non-competitiva, mixta, reciproc exclusivista

- inhibitie cooperativa (sinergica), non-exclusivista

- inhibitie ordonata X la (EI)

- inhibitie cooperativa, non-competitiva, non-exclusivista

- inhibitie cooperativa, fara competitie

- inhibitie competitiva (I) si non-competitiva (X)

- inhibitie partiala in raport cu I,X

- inhibitie multi-valenta, concertata

Modele cinetice de Tipul II:

1) Sistem iso-uni-uni (Izomerizare enzima - sisteme 'single-site' EA, EP)

2) Sistem ordonat uni-bi si ordonat bi-uni

3) Sisteme bi-bi ordonate (incluzand 'two-sites' EAB, EPQ)

4) Sisteme bi-bi ordonate cu echilibre partial rapide (EAB, EAP)

5) Sisteme bi-bi Theorell-Chance

6) Sisteme bi-bi ping-pong

7) Sisteme bi-bi ping-pong cu echilibre partial rapide

8) Sisteme hibride ping-pong cu echilibru rapid si sistem bi-bi aleator (doua 'site')

9) Sisteme bi-bi iso

- iso-bi-bi ordonate

- iso-Theorell-Chance
 - iso-ping-pong

10) Sisteme hibride Theorell-Chance ping-pong

11) Sisteme aleatoare bi-bi cu echilibre rapide

12) Sisteme aleatoare cu stare stationara

13) Sisteme aleatoare bi-bi cu echilibre partial rapide

14) Sisteme cu inhibitie produs si mecanisme bi-reactante

15) Sisteme ter-bi ordonate

16) Sisteme ter-bi ping-pong bi-uni-uni-uni

17) Sisteme ter-ter ordonate

18) Sisteme ordonate ter-reactant cu echilibre partial rapide

19) Sisteme ordonate ter-reactant cu secventa de echilibru rapid aleator

20) Sisteme ter-ter ping-pong bi-uni-uni-bi

21) Sisteme ter-ter ping-pong bi-bi-uni-uni

22) Sisteme ping-pong hexa-uni

23) Sisteme ter-reactant ne-aleatoare

24) Sisteme ter-reactant aleatoare

25) Sisteme cu inhibitie de tip complecsi 'dead-end'

26) Sisteme mixte cu inhibitie de produs si complecsi 'dead-end'

27) Sisteme cu inhibitie de alternativa de substraturi

28) Sisteme cu inhibitie cu produsi alternativi

29) Sisteme cu inhibitie multipla de substraturi

Legenda:

compettiv
 non-competitiv (ne-competitiv)

un-competitiv (fara competitie, incompetitiv)

7. Clasificarea modelelor cinetice de crestere celulara.

Clasificarea modelelor de crestere a biomasei

Modelele matematice ce descriu un proces au amploarea data de: (a) informatia

disponibila, (b) scopul utilizarii sale. Modelele se clasifica în functie de criteriul adoptat.

În functie de gradul de cunoastere al procesului (v. Fig. 4.2.1): modele empirice;

modele deterministe; modele stochastice.
 8. Modele cinetice nestructurate, nesegregate, deterministe, pentru
cresterea celulara (de tip Monod).

Valabil pentru etapa de dezvoltare exponentiala si inductie (ne-inhibata). Poate fi

limitata de concentratia substratului.

Cresterea celulara dedusa pentru cazul unui singur substrat si o singura cultura
microbiana are forma:
 9. Tipuri de interactiuni intre celulele micro-organismelor.
Competitie si selectie in sisteme biologice (exemple).

Interactii între celule (tipuri de microorganisme)

Atunci când exista mai multe populatii de celule (microorganisme), între acestea pot
apare si interactiuni care influenteaza cresterea.

Daca se considera doar doua specii microbiene A si B, pot exista trei tipuri de
interactiuni:

(+) efect benefic, pozitiv asupra createrii;

(-) efect negativ, în detrimentul createrii;

(0) efect neutru, nu influenteaza createrea.

 Competitie si selectie

Sistemele biologice interactioneaza la diverse nivele, de la macromoleculele implicate

în reactii biochimice, pâna la interactii între populatii de microorganisme.

Daca interactiile sunt structurate (nivel celular, subcelular), ele sunt incluse în cinetica
proceselor metabolice.

Deoarece interactiile sunt determinate de evenimente aleatoare (coliziuni), intensitatea

interactiilor este determinata de concentratiile componentelor si de motilitatea lor (Volterra,
1931).

Voltera propune (prin analogie cu fizica statistica) ca intensitatea interactiilor este

proportionala cu concentratia speciilor. Aceasta face posibila teoria matematica a interactiilor
dintre populatii, conform careia la:
 Selectia pe baza competitiei. Cel mai simplu model de acest tip considera interactii
competitive de orice natura între: compusi biochimici, enantiomeri, specii competitoare,
populatii.

DIN PREZENTARE:

Competiţia: se refera la interacţiunile dintre doua sau mai multe organisme, populaţii
sau specii ce utilizeaza aceeaşi sursa (habitat sau hrana) disponibila in cantitaţi limitate.

Este un factor determinant in evoluţia speciilor.

Competiţia poate avea loc între indivizii aceleiaşi specii (competiţie intraspecifică),
sau între indivizi aparţinând la specii diferite (competiţie interspecifică).

- Pentru supravieţuirea unei populaţii într-un ecosistem competiţia interspecifică joaca

un rol special.

- Principala competiţie se dă pentru asigurarea hranei.

- Dacă două sau mai multe populaţii au aceeaşi sursă de hrană, într-un caz limită se
poate instala un echilibru, populaţiile menţinânduşi mărimea pe o perioadă mai lungă de
timp.

Pradatorism şi parazitism: este o relaţie obligatorie, benefica pentru pradator(+) şi

daunatoare pentru prada(-).

Indivizii din populaţia pradatorului consuma membrii populaţiei prada ca hrana.

 Acest tip de relatie se deosebeste de parazitism, deoarece parazitul, de obicei, nu-şi 
omoara gazda.

Are un rol important in reglarea numarului de indivizi din ambele populaţii şi sta la
baza reţelei trofice din  cadrul biocenozei.

10. Modele cinetice simple, de competitie in sisteme biologice (tip

'vanator-prada')

VEZI 9

11. Modele cinetice deterministe, nestructurate, segregate, de crestere

celulara (de tip Leslie).

??Modele cinetice deterministe nestructurate, segregate, pentru cresterea celulara

Modelul modular Leslie??
Model matriceal în care populaţia la momentul t0 este împărţită în grupe (n-grupe):

Creşterea grupei tinere (x1) se face cu contribuţia tuturor grupelor bătrâne capabile de
reproducere:
 Cea mai mare valoare proprie a lui L defineşte (determină) viteza cu care populaţia
proliferează, până când structura ei pe categorii de vârstă devine stabilă.

12. Modele cinetice structurate de crestere celulara (exemplu).

DIN PREZENTARE:

Modelele de crestere celulara sunt modele cinetice ce reflecta atat procesele de

dezvoltare la nivel celular cat si dezvoltarea si inmultirea populatiilor de celule.

Un model ce cuprinde toate reactiile biochimice si procesele de transport, cat si

efectele fiziologice ale mediului este nu numai imposibil de realizat, dar si inoperant.
 Este posibila modelarea unor pasi de reactie metabolica, dar modelarea in detaliu a
intregului sistem biologic pe durata unui ciclu de viata nu a fost realizata datorita
complexitatii deosebite.

Modelele celulare (“whole-cell”) sau ale unora dintre procesele celulare au fost
dezvoltate, cu un anumit grad de simplificare a fenomenelor.

S-a facut un compromis intre simplitatea modelului, complexitatea procesului si

capacitatea de predictie.

Principalele procese (fundamentale) care modifica populatiile de celule sunt:

 cresterea (dezvoltarea)
 reproductia
 intretinerea
 moartea
 liza
 mobilitatea
 modificări morfologice

???Pag. 24???

Sau 4.4.3. Model structurat de cretere i formare produs într-o cultur de

Bacillus subtilis pag 43

13. Principiile de construire a modelelor cinetice structurate,

complexe, compartimentate, pentru simularea proceselor metabolice de
crestere celulara (tip 'Whole-Cell-Models').

DIN PREZENTARE:

Modelele deterministe ale proceselor celulare sunt de complexitate variabila, in functie de

etapele metabolismului simulate (in forma redusa), de informatiile calitative-cantitative
disponibile si de scopul modelului
 Datorita complexitatii astronomice ale proceselor celulare, reprezentarea in forma grupata
(„lumping”) este necesara pentru obtinerea unei simulari numerice in timp real a procesului
dinamic.

Gruparile pot include atat specii moleculare (cu aceeasi functiune), cat si grupe de reactii

Modelul trebuie sa includa principalele etape ale procesului metabolic simulat, materiile
prime, metaboliti, intermediari, produsi (glucoza, acizi grasi, NH3, acid glutamic, PO4, O2,
fenil-alanina, NAD, cisteina, H2S, etc.)

In general “lumpingul” urmareste includerea in model doar a etapelor de senzitivitate

parametrica ridicata in raport cu conditiile de dezvoltare celulara. Reducerea modelelor
extinse implica aplicarea algoritmilor numerici de simplificare (QSS, PCA, analiza de
senzitivitate, analiza echilibrelor parţiale, a pre-echilibrelor, etc)

???4.6.3. Model stochastic strucurat, modul al „Whole-Cell”, pentr

procesul primar din cadrul fotosintezei (Riznichenko, 2001) pag. 64

Sau

4.6.5. Principiul de constructie al modele structurate deterministe de tip

“Whole-Cell” (review Maria, 2005) pag 69

14. Modele cinetice de reglare a proceselor metabolice celulare.

15. Principiile constructiilor modulare ale retelelor de reglare

celulara.

16. Analiza Bilanturilor Fluxurilor celulare (FBA). Determinarea

fluxurilor metabolice celulare.

17. Modele topologice pentru caracterizarea metabolismului celular.

Principiile teoriei MCA (Analiza Controlului Metabolic).

18. Coeficientii si teoremele MCA (Analiza Controlului Metabolic).

Utilizarea lor la caracterizarea metabolismului celular.
 19. Aplicatii ale teoriei si coeficientilor MCA la optimizarea
proceselor metabolice celulare.

5.3.12. Aplicatii ale metodei MCA pentru optimizarea proceselor

metabolice pag 24 (cap 5)

20. Modele simple structurate de reprezentare a retelelor de reglare

genetica celulara

21. Principiile generale de aparitie si intretinere a proceselor

biologice oscilatorii (exemple).