Bazele teoretice ale genomicii.

În biologie, genomica unui organism reprezintă totalitatea informațiilor sale

ereditare și codul său ADN (sau, pentru virusuri, ARN)
Genetica este o ramură a biologiei care studiază fenomenele și legile eredității și
ale variabilității organismelor. În ciuda faptului că ereditatea este un concept care a
fost observat cu milenii în urmă, savantul Gregor Mendel a fost primul care a
început să o studieze dintr-o perspectivă științifică. Acesta a studiat modul de
transmitere al trăsăturilor și cum acestea afectează fenotiparea progeniturilor,
realizând diverse experimente pe planta de mazăre.
Transmiterea ereditară a caracterelor și mecanismul molecular de transmitere al
genelor sunt temele principale de cercetare ale geneticii în secolul al XXI-lea, însă
genetica modernă dorește să studieze în plus funcția și comportamentul genelor.
Structura, funcția, variabilitatea și distribuirea genelor sunt încă studiate în
contextul celulei, al organismului (aspecte legate de dominanță) și la nivel
populațional. Astfel, au fost dezvoltate diverse subramuri ale studiului genetic,
precum genetica moleculară, epigentica și genetica populațiilor. Studiul
organismelor din punct de vedere genetic are aplicabilitate pe toate domeniile de
viață, de la virusuri, arhee și bacterii la plante și animale domestice și apoi la om
(în genetica medicală).
Procesele genetice sunt mereu legate de mediul de viață și de experiențele unui
organism, acestea influențând dezvoltare și comportamentul organismului. Mediul
intracelular și extracelular al unei celulei vii sau al unui organism poate induce
activarea sau inhibarea anumitor procese de transcripție.

Istorie
Articol principal: Istoria geneticii.
Genetica în timpurile străvechi
Omul începe să realizeze câteva lucruri esențiale și universale despre ereditate
când are loc în mezolitic, când se cultivă intens plantele și se observă combinațiile
dintre acestea. Unele simboluri ale eredității se găsesc în mitologia hindusă; acum
3 000 de ani, sumerienii polenizau plantele în mod artificial și creau rase de
animale. Cea mai veche observație asupra transmiterii caracterelor ereditare de la
părinți la urmași s-a găsit pe o tablă de piatră veche de peste 6.000 de ani. Piatra,
descoperită în localitatea Elam situată la est de orașul Ur din Chaldeea, reprezintă
genealogia a 5 generații de cai. Pe tabletă sunt inscripționate indicații referitoare la
modul cum se transmit la urmași forma capului și a copitelor. Aceste mărturii
demonstrează că în Chaldeea, acum șase milenii, se practica hibridizarea cailor.
Odată cu evoluția societății umane și datorită creșterii necesarului de materii prime
pentru industrie, s-au acumulat cunoștințele despre ereditate.

Apariția geneticii ca știință

ADN-ul, baza moleculară pentru ereditate. Fiecare legătură de ADN e un lanț de

nucleotide, îmbinându-se la mijloc pentru a forma ceea ce pare a fi trepte pe o
scară spiralată.
Deși știința geneticii a început cu lucrările aplicate și teoretice ale lui Gregor
Mendel la mijlocul secolului al XIX-lea, alte teorii de moștenire i-au precedat lui
Mendel. O teorie populară în timpul lui Mendel a fost așa numitul concept al
moștenirii prin amestecare: faptul că indivizii moștenesc un amestec de trăsături de
la părinții lor. Lucrările lui Mendel au furnizat exemple în care trăsăturile erau cu
siguranță neamestecate după hibridizare, arătând că trăsăturile se produc în urma
unei combinări a unor gene distincte mai degrabă decât a unui amestec continuu.
Amestecul de trăsături este explicat astăzi de acțiunea unor gene multiple cu
ajutorul geneticii cantitative. O alta teorie care a fost susținută la timpul acela a
fost moștenirea caracteristicilor dobândite: convingerea era că indivizii moștenesc
trăsături consolidate de părinții lor. Aceasta teorie (asociata cu Jean-Baptiste
Lamarck) a fost dovedită ca fiind greșită, experiența indivizilor nu afectează genele
transmise copiilor lor. Alte teorii includ pangenesis a lui Charles Darwin (care
cuprindea ambele aspecte: dobândite și moștenite) și reformularea lui Francis
Galton a pangenesis ca fiind particulară și moștenită.

Genetică mendeliană și clasică

Ereditatea caracterelor (de exemplu: copilul moștenește trăsături atât de la mamă,
cât și de la tată) a fost observată încă din antichitate. Demonstrarea științifică
acestui fapt a fost realizată abia în secolul al XIX-lea, mai precis în urma
experimentelor efectuate de călugărul austriac Gregor Mendel considerat părintele
geneticii. Observațiile sale au permis stabilirea legilor transmiterii caracterelor
ereditare, numite și Legile lui Mendel. Mendel și-a citit lucrarea „Versuche uber
Pflanzen-Hybriden”(„Experiențe asupra hibridizării plantelor”) la două întruniri ale
Societății de Istorie Naturală din Moravia în 1865. Publicarea lucrării sale în
jurnalul societății în 1866 a avut un impact slab, fiind citată doar de trei ori în
următorii 35 ani. Recunoașterea importanței descoperirilor sale a fost realizată doar
la începutul secolului al XX-lea când Hugo de Vries, Carl Erich Correns și Erich
von Tschermak au ajuns în mod independent la aceleași concluzii ca și Mendel,
redescoperind astfel legile eredității. În 1903 apare teoria conform căreia
cromozomii sunt purtătorii eredității, iar în 1909 că genele sunt localizate pe
cromozomi. În 1906, William Bateson a introdus termenul genetică. În 1927, este
introdus termenul de mutație pentru a descrie schimbările suferite de materialul
genetic. În 1953 este descifrată structura elicoidală, dublu catenară a ADN-ului iar
în 1957 este descris mecanismul de replicare a ADN-ului.
La nivelul cel mai fundamental, ereditatea organismelor are loc prin intermediul
unor trăsături discrete, denumite gene. Această proprietate a fost observată pentru
prima dată de către Gregor Mendel, care a studiat segregarea trăsăturilor ereditare
la plantele de Pisum sativum (mazăre). În experimentele sale studiind trăsăturile
pentru culorile florile, Mendel a observat faptul că florile fiecărei plante de mazăre
era sau mov sau albă - dar niciodată o formă intermediară între cele două culori.
Aceste diferențe, versiuni discrete ale aceleași gene, sunt numite alele.

În cazul mazării, care este o specie diploidă, fiecare plantă individuală are două
copii a fiecărei gene, o copie moștenită de la fiecare părinte.
Multe specii, printre care și omul, este compus genotipic după același model de
transmitere a caracterelor. Organismele diploide cu două copii ale aceleași alelă a
unei gene date sunt denumite homozigote, în timp ce organismele cu două alele
diferite a unei gene date sunt denumite heterozigote.

Setul de alele pentru un organism dat este denumit genotip, în timp ce trăsăturile
observabile ale organismului sunt cunoscute ca fiind fenotipul său. Când
organismele au o genă heterozigotă, adesea una dintre alele este denumită alelă
dominantă din moment ce ea determină fenotipul organismului, în timp ce alte
alele sunt denumite alele recesive din moment ce ele au caracter recesiv și nu se
observă. Unele alele nu au dominanță completă și atunci au semi-dominanță prin
înfățișarea unui fenotip intermediar, sau au codominanță prin înfățișarea ambelor
alele în același timp.

Când o pereche de organisme se reproduce din punct de vedere sexual, progenitura

lor moștenește la întâmplare una dintre cele două alele de la fiecare părinte. Aceste
observații ale moștenirii discrete și a segregației alelelor sunt cunoscute împreună
ca Prima Lege a lui Mendel sau Legea Segregației.
Geneticienii folosesc diagramele și simbolurile pentru a descrie moștenirea și
ereditatea. O genă este reprezentată printr-una sau mai multe litere. Adesea
simbolul „+” este folosit pentru marcarea unei alele non-mutante obișnuite pentru
o genă.
În experimentele de fertilizare și de împerechere (și în general când este vorba de
Legea lui Mendel) părinții sunt reprezentați prin generația „P” iar progeniturile
prin generația „F1” (engleză: First filial). Când fiecare membrul al generației F1 se
împerechează cu altul din aceeași generație, urmașii vor fi denumiți generația „F2”
(engleză: second filial). Unul dintre cele mai utilizate diagrame utilizate pentru
prezicerea rezultatelor unei împerecheri este pătratul lui Punnett.

Când studiază bolile genetice umane, geneticienii folosesc de obicei diagramele

genealogiei pentru a reprezenta moștenirea trăsăturilor. Aceste diagrame
marchează moștenirea unei trăsături într-un arbore genealogic.
Organismele au mii de gene în componență, iar în organismele cu reproducere
sexuală aceste gene sunt în general grupa independent una de cealaltă. Asta
înseamnă că moștenirea unei alele pentru bobul de mazăre de culoare galbenă sau
verde nu are legătură cu moștenirea alelelor pentru florile de culoare albă sau mov.
Acest fenomen, cunoscut ca „a Doua Lege a lui Mendel” sau „legea separării
independente”, asta însemnând că alelele a diferite gene se amestecă între cele ale
părinților pentru a forma progenitura prin multe combinații diferite. (Unele gene nu
se separă independent, demonstrând liknageul genetic, un topic discutat mai jos în
articol.)

Adesea gene diferite pot interacționa într-un mod care influențează același caracter.
De exemplu, la specia Omphalodes verna există o genă cu alele care determină
culoarea florii: albastru sau magenta. Altă genă, totuși, controlează dacă florile să
fie colorate sau albe. Când o plantă are două copii ale acestei alele albe, florile sale
sunt albe - indiferent dacă prima genă are alele albastre sau magenta. Interacțiunea
dintre gene este denumită epistazie, a doua genă fiind epistatică pentru prima.

Multe trăsături nu sunt caractere discrete (de exemplu, florile violet sau albe) însă
sunt caractere continue (de exemplu înălțimea omului și culoarea pielii umane).
Aceste trăsături complexe sunt produsul mai multor gene. Influența acestor gene
este mediată, în măsură variabilă, de mediul înconjurător pe care un organism l-a
experimentat. Capacitatea prin care o genă a unui organism contribuie la o
trăsătură complexă se numește eritabilitate. Măsurătorile eritabilității unei trăsături
sunt relative - într-un mediu mult mai variat, mediul are o influență mai mare
asupra variației caracterului. De exemplu, înălțimea umană este un caracter cu
cauze complexe. În Statele Unite, ea are o eritabilitate de 89%. În Nigeria, totuși,
unde populația are accesul variabil la o nutriție bună și la controlul sănătății,
înălțimea are eritabilitatea de doar 62%.
ADN-ul și cromozomii

Molecula structurală a ADN-ului. Bazele perechi se aranjează prin punți de

hidrogen dintre ele.
Baza moleculară pentru gene este acidul dezoxiribonucleic (ADN). ADN-ul este
compus dintr-un lanț de nucleotide, dintre care există patru tipuri: adenina (A),
citozina (C),guanina (G) și timina (T). Informația genetică există în secvențele
acestor nucleotide, iar genele sunt întinderi vaste ale acestor secvențe de-a lungul
ADN-ului.[27] Virușii sunt singurele abateri de la această regulă - câteodată virușii
folosesc molecula de ARN foarte asemănătoare decât pe cea a ADN-ului ca
material genetic.

În mod normal, ADN-ul este o moleculă dublu-catenară, răsucită într-o formă

dublu-spiralată. Fiecare nucleotid din molecula de ADN se leagă de preferință cu
un nucleotid partenet din catena opusă: adenina se leagă cu timina și citozina se
leagă cu guanina. Astfel, în forma sa dublu-catenară, fiecare catenă conține efectiv
toată informația necesară, redundant cu catena parteneră. Această structură a ADN-
ului este baza fizică pentru transmiterea caracterelor: replicarea ADN-ului duplică
informația genetică prin despărțirea catenelor și folosindu-le pe fiecare ca șablon
pentru sinteza unei noi catene noi.

Genele sunt aranjate linear de-a lungul lanțurilor lungi de secvențe de baze-perechi
ale ADN-ului. La bacterii, fiecare celulă conține în mod normal un singur genofor
circular, în timp ce organismele eucariote (care includ plantele și animalele) au
ADN-ul aranjat în cromozomi multipli lineari. Aceste catene ale ADN-ului sunt
adesea foarte lungi; cel mai lung cromozom uman, de exemplu, are aproximativ
247 de milioane de baze azotate în lungime. ADN-ul cromozomului este asociat cu
proteinele structurale care organizează, compactează și controlează accesul la
materialul genetic, formând un material denumit cromatină; la eucariote, cromatina
este de obicei compusă din nucleozomi, segmente de ADN care lezează nucleele
proteinelor histone. Setul întreg de material genetic dintr-un organism (de obicei
secvențele de ADN combinate ale tuturor cromozomilor) este denumit genom.

În timp ce organismele haploide au doar o copie a fiecărui cromozom, majoritatea

animalelor și a plantelor sun diploide, conținând doi din fiecare cromozomi și
astfel și două copii a fiecărei gene. Cele două alele pentru o genă sunt localizate
într-un loc identic cu cei doi cromozomi omologi, fiecare alelă moștenind
caracterele de la un părinte diferit.

Diagrama lui Walther Flemming din 1882 reprezentând diviziunea celulară la

eucariote. Cromozmii sunt copiați, condensați și organizați. Apoi, în timpul
diviziunii celulare, cromozomii se copiază separat în cele două celule fiice.
Multe specii au așa-zișii cromozomi sexuali. Scopul lor este de a determina sexul
organismului. La om și la multe alte animale, cromozomul Y conține genele care
declanșează dezvoltarea unor caracteristici specific masculine. În evoluție, acești
cromozomi au pierdut mult din conținutul și din genele lor, în timp ce cromozomii
X sunt similari altor cromozomi și conțin multe gene. Cromozomii X și Y
formează o pereche foarte eterogenă.
Reproducerea
Când celulele se divid, genomul lor întreg este copiat și fiecare celulă fiică
moștenește câte o copie. Acest proces, denumit mitoză, este cea mai simplă formă
de reproducere și reprezintă baza pentru reproducerea asexuată. Reproducerea
asexuată poate de asemenea să apară la organismele pluricelulare, născându-se
urmași care moștenesc genomul de la un singur părinte. Urmașii care sunt identic
din punct de vedere genetic cu părinții lor se numesc clone.

Organismele eucariote folosesc adesea reproducerea sexuată pentru a da naștere

urmașilor care conțin un amestec de material genetic moștenit de la ambii părinți
diferiți. Procesul de reproducere sexuată alternează între forme care conțin copii
unice ale genomului (haploide) și copii duble (diploide). Celulele haploid se unesc
și își combină materialul genetic pentru a crea o celulă diploidă cu cromozomii
împerecheați. Organismele diploide formează haploide prin divizare, fără să aibă
loc replicare de ADN, pentru a crea celule fiice care moștenesc la întâmplare una
dintre perechile de cromozomi. Majoritatea animalelor și a plantelor sunt diploide
pentru toată durata ciclului lor de viață, forma haploidă rezumându-se doar la
celulele cunoscute și ca gameți, cum ar fi spermatozoizii și ovulele.

Deși ei nu pot folosi metoda haploidă sau diploidă pentru reproducerea sexuată,
bacteriile au multe metode de dobândire a informației genetice. Unele bacterii pot
suferi o conjugare, transferând o mică parte (care se numește plasmid) a ADN-ului
său altei bacterii. Bacteriile pot, de asemenea, să preia fragmente de ADN brut
găsit în mediul înconjurător pe care să-l integreze în genom, fenomen cunoscut sub
numele de transformare. Aceste procese au ca rezultat transportul în linie al
genelor, adică transmiterea fragmentelor de informație genetică dintre organismele
care ar fi pe de altă parte independente.

Recombinarea și înlănțuirea

Ilustrația lui Thomas Hunt Morgan din 1916 ce reprezintă un crossing-over dublu
dintre cromozomi.
Natura diploidă a cromozomilor permite genelor de pe cromozomii diferiți să se
grupeze independent în timpul reproducerii sexuate, recombinându-se pentru a
forma noi combinații de gene. Teoretic, genele de pe același cromozom nu s-ar
recombina niciodată, însă se poate în timpul procesului de crossing-over
cromozomal. În timpul încrucișării, cromozomii își schimbă între ei secvențe de
ADN, amestecând efectiv alelele între cromozomi. Acest proces de încrucișare
cromozomală are loc în general în timpul meiozei, o fază din timpul diviziunii în
care are loc producerea de celule haploide.

Probabilitatea încrucișării cromozomale ce are loc între două puncte date de pe

cromozom este strâns legată de distanța dintre aceste două puncte. Pentru o
oarecare distanță, probabilitatea încrucișării este destul de mare astfel încât
transmiterea ereditară a genelor este efectiv necorelată. Pentru genele care sunt
apropiate una de alta, totuși, probabilitatea mai mică a încrucișării cromozomale
înseamnă că genele demonstrează înlănțuirea genică - alelele a două gene tind să
fie transmise înlănțuit. Totalitatea înlănțuirilor genetice dintre o serie de gene poate
fi combinată pentru a forma o hartă genetică liniară care descrie aproximativ
plasarea genelor de-a lungul cromozomilor.

Expresia genică
Genele în general își exprimă efectul funcțional prin producerea de proteine, care
sunt molecule complexe responsabile pentru majoritatea funcțiilor din celulă.
Proteinele sunt constituite din unul sau mai multe lanțuri de polipeptide, fiecare
dintre ele fiind compuse din secvențe de aminoacizi, iar secvența ADN a unei gene
(printr-un ARN intermediar) este folosită pentru producerea unei secvențe
specifice de aminoacizi. Acest proces începe cu producerea unei molecule de ARN
cu o secvență care marchează secvența ADN a genei, proces cunoscut sub numele
de transcriere.
Această moleculă a ARN-ului mesager este ulterior utilizată pentru producerea
unei secvențe de aminoacizi corespunzătoare printr-un proces denumit translație.
Fiecare grupă de trei nucleotide din secvență, denumite împreună ca codon,
corespund fie uneia dintre cele douăzeci de posibili aminoacizi dintr-o proteină, fie
unei instrucțiuni care comandă sfârșitul secvenței de aminoacizi; această
corespondeță se numește cod genetic. Fluxul de informații este unidirecțional;
informația este transferată de la secvența de nucleotide la secvența de aminoacizi
din proteine, dar nu se transferă niciodată din proteine înapoi în secvența de ADN -
fenomen descoperit de Francis Crick și denumite dogma centrală a biologiei
moleculare.

Secvența specifică de aminoacizi rezultă într-o structură unică tri-dimensională

pentru aceea proteină, iar structurile tri-dimensionale ale proteinelor sunt legate de
funcțiile lor. Unele sunt molecule structurale simple, cum sunt și fibrele formate de
către colagenul din proteine. Proteinele se pot lega între ele și cu moleculele
simple, câteodată acționând ca niște enzime prin facilitarea unor reacții chimice
dintre moleculele legate (fără să schimbe structura proteinei în sine). Structura
proteinei este dinamică; hemoglobina se leagă în diferite forme din moment ce
facilitează primirea, transportul și eliberarea oxigenului în cadrul sângelui
mamiferelor.

Un singur nucleotid diferit în cadrul ADN-ului poate cauza o schimbare în

secvența de aminoacizi din proteină. Din cauza faptului că structurile proteinelor
sunt rezultatul propriilor secvențe de aminoacizi, unele schimbări pot schimba
dramatic proprietățile un ei proteine prin destabilizarea structurii sau schimbarea
suprafeței proteinei într-un mod care schimbă interacția sa cu alte proteine și
molecule. De exemplu, siclemia este o boală genetică care rezultă din cauza unei
singure baze azotate diferite în cadrul regiunii de codificare pentru secțiunea β-
globină a hemoglobinei, cauzând un singur schimb de aminoacid care schimbă
proprietățile fizice ale hemoglobinei.

Caracteristicile codului genetic sunt următoarele:

 este universal, adică este valabil de la virusuri și până la om;
 este fără virgule, codonii fiind adiacenți;
 este nesuprapus,codonii adiacenți nu au baze comune;
 este degenerat,căci tripleți diferiți pot codifica același aminoacid.
Deși genele conțin toată informația pe care un organism o folosește ca să
funcționeze, mediul înconjurător joacă un rol important în determinismul
fenotipului final - un fenomen cunoscut adesea și ca „înnăscut sau dobândit”.
Fenotipul unui organism depinde de interacțiunea dintre genetică și mediul
înconjurător. Un exemplu pentru acest caz sunt mutațiile datorate temperaturii.
Adesea, o singură schimbare de aminoacid în cadrul unei secvențe de proteine nu
schimbă comportamentul și interacțiile cu alte molecule, dar aceasta destabilizează
structura. Într-un mediu cu temperatură ridicată, unde molecule se mișcă mult mai
rapid și se ciocnesc una de alta, astfel rezultând în pierderea structurii unei proteine
și încetarea funcționării ei. Într-un mediu cu temperaturi scăzute, totuși, structura
proteinei este stabilă și funcțiile sale sunt normale. Acest tip de mutație este
vizibilă în cadrul straturilor de colorație ale rasei de pisică siameză, unde mutația
unei enzime responsabilă pentru producerea de pigment cauzează destabilizarea
acesteia și pierderea funcțiilor sale la temperaturi înalte. Proteina rămâne
funcțională în zonele corpului unde temperatura este mai scăzută - picioarele,
urechile, coada și fața -, așadar pisica are blana colorată în gri spre extremități.

Mediul înconjurător joacă de asemenea un rol dramatic în efectele bolii genetice

umane fenilcetonurie. Mutația care cauzează această boală distruge abilitatea
corpului de a combate amino acidul fenilanină, cauzând o acumulare toxică de
moleculă intermediară care, la rândul său, cauzează simptome severe ale retardului
mental progresiv și convulsii. Totuși, dacă cineva care are fenilcetonurie urmează o
dietă strictă și evită aminoacizii, acela poate rămâne sănătos și normal.

O metodă populară de a determina cât de important este rolul jucat de mediul

înconjurător este studiul gemenilor identici și fraterni din cadrul nașterilor
multiple. Deoarece gemenii identici provin din același zigot, ei sunt identici din
punct de vedere genetic. Totuși, gemenii fraterni sunt la fel de diferiți genetic ca și
cum ar fi frați normali. Prin comparație, cât de des gemenul unui set are aceeași
tulburare între gemenii fraterni și identici, oamenii de știință pot vedea dacă există
mai mult sau mai puțin efectul „înnăscut sau dobândit”. Un exemplu faimos de
studiu al unei nașteri multiple include studiul cvadripleților Genain, care au fost
frați cvadripleți identici dignosticați cu schizofrenie.