Cina cea de Taină (1495–1498) e una dintre cele mai cunoscute
picturi din lume. Compoziţia scenei e magistrală prin simplitatea sa. Efectul provine din contrastul izbitor între atitudinea celor 12 apostoli şi cea a lui Iisus. Leonardo reprezintă un moment tensionat, în care Iisus le declară apostolilor la masa de Paşte: „Unul dintre voi mă va vinde“. Apostolilor le scapă înţelesul tainic al vorbelor şi se arată foarte tulburaţi, dar Hristos e conştient de menirea lui şi stă singur ca o statuie a seninătăţii. Doar o altă persoană mai ştie taina şi aceea este Iuda, care face parte şi este totodată înlăturat din mişcarea tovarăşilor săi. Astfel izolat, el devine al doilea personaj solitar din grup, întruchipând vinovatul. Prin concepţia profundă a temei, prin aranjamentul simplu, însă perfect al personajelor, prin atitudinile apostolilor scoase în evidenţă prin gest, expresie facială şi manieră, prin dramatismul şi în acelaşi timp caracterul sublim al redării, Leonardo a atins un prag de expresivitate devenit model în pictură. Generaţii succesive de pictori, printre care şi Rubens sau Rembrandt, au fost profund impresionaţi de opera lui Leonardo şi s-au lăsat influenţaţi de ea şi de calitatea ei narativă. Ea a stat şi la baza celor mai reuşite pagini de proză ale lui Goethe. A devenit cunoscută prin nenumăratele reproduceri şi multiplicări, notabilă fiind cea realizată de Raffaello Morghen la 1800. Cina cea de Taină face parte din tezaurul umanităţii şi a rămas până azi una dintre cele mai fascinante picturi din lume. Neajunsurile tehnice în executarea lucrării nu i-au scăzut deloc faima. Leonardo nu era sigur ce procedeu să folosească. A evitat fresca tradiţională, care, fiind executată pe tencuială proaspătă, obligă la muncă rapidă şi neîntreruptă, şi a preferat un procedeu descoperit de el: tempera pe o bază amestecată chiar de el însuşi, aplicată pe perete. Procedeul s-a dovedit a fi greşit, întrucât la scurt timp stratul a început să se exfolieze. Stricăciunile se fac văzute pe la începutul sec. XVI, pictura se deteriorează treptat, iar după cincizeci de ani e considerată o ruină. Încercările ulterioare de a restaura lucrarea nu au avut sorţi de izbândă, situaţia s-a agravat şi abia după Al Doilea Război Mondial s- a reuşit încetinirea procesului de degradare, cu ajutorul noilor procedee în materie de restaurare. O campanie temeinică de restaurare desfăşurată între 1980 şi 1999 a redat măreţia compoziţiei, dezvăluind totodată că pictura mai păstrează foarte puţin din vopseaua originală.