Acum 20 de milioane de ani a început procesul de formare a 

istmului Panama, după care statul

Panama și-a luat denumirea. Finalizarea procesului în pliocen, acum 3 milioane de ani, a avut
drept consecință întrepătrunderea faunei și florei din două zone izolate între ele până atunci.
[3]
 Dolores Piperno[4] a aproximat prima populare umană a istmului în timpul glaciarului târziu.
[3]
 Olga Linares[5] susține ideea că existența istmului a avut un impact în răspândirea umană, a
agriculturii și tehnologiei de-a lungul Americilor de la apariția primilor vânători și culegători până
în perioada formării orașelor și satelor.[6]
Richard Cooke și Luis Sánchez[6] subliniază prezența permanentă a popoarelor din podul terestru
din vestul Americii, fiind foarte mare probabilitatea ca popoarele precolumbiene din istm să
desfășoare schimburi de mărfuri, comerț și relații sociale cu popoarelor învecinate
Statul Panama are o formă alungită, pe direcția est-vest, atingând lățimea maximă, de aproape
200 km, în dreptul Peninsulei Azuero și cea minimă, de 87 km, în zona Canalului Panama. Pe
aceeași direcție se desfășoară un lanț muntos, cu altitudini reduse, dominat însă de
culmi vulcanice. Restul țării este alcătuit din dealuri înalte și depresiuni de-a lungul râurilor.
Țărmurile sunt crestate, cu multe locuri ideale pentru porturi și însoțite de numeroase insule.
Partea estică a țării este dominată de păduri tropicale. În Darién, lângă granița cu teritoriul
Columbiei, pădurea devine tot mai deasă și de nepătruns. Tot acolo,
așanumita Panamericana se întrerupe și devine o cale de transport accesibilă, cu unele excepții.