Enzimologie Aplicata (Partea 1)

CHIMIE ALIMENTARĂ ȘI TEHNOLOGII BIOCHIMICE
ENZIMOLOGIE APLICATĂ
Scurt istoric – Aspecte introductive

Specificitatea enzimatică – Nomenclatura enzimelor
Conf. Dr. Biochim. Bogdan Nicolae Manolescu
Facultatea de Chimie Aplicată și Știința Materialelor

Departamentul de Chimie Organică ”C. Nenițescu”
Laborator 013, Corp F, Campus Polizu
Nomenclatura și clasificarea
enzimelor
Analiza ENZIMOLOGIE Producerea

alimentelor APLICATĂ alimentelor
Structura și mecanismul de
acțiune al enzimelor
Scurt istoric al enzimelor
Date semnificative în biochimia enzimelor:
 GOTTLIEB SIGISMUND KIRCHHOFF (1816):

 zaharificarea amidonului în semințe
 HEINRICH AUGUST VOGEL (1817):

 transformarea zahărului din lapte într-un zahar fermentabil cu ajutorul
unei infuzii de ovăz
 ANSELME PAYEN & JEAN-FRANCOIS PERSOZ (1833):

 izolarea din malț a unui ”ferment solubil”  hidroliza amidonului
 introduc termenul de diastază (a separa, gr.)
 LOUIS PASTEUR (1850-1860):

• Maercker (1878) – diastaza conține două
 fermentația zaharurilor la etanol (drojdii) enzime
 introduce TEORIA VITALISTĂ • Lintner (1886) – reconfirmă
• Ohlsson (1926) – α-amilază & β-amilază
 CHRISTIAN HANSEN (1874):

 izolează un complex de enzime din stomacul de vițel
 complexul permitea coagularea laptelui (chimozină)
 WILHELM KUHNE (1876):

 introduce termenul de ENZIMĂ (gr. en = în + zimă = drojdie)
 EDUARD BUCHNER (1897):

 fermentația alcoolică poate avea loc și în absența celulelor intacte
 infirmă TEORIA VITALISTĂ
 Premiul Nobel pentru Chimie – 1907
 JAMES B. SUMNER (1926):

 demonstrează natura exclusiv proteică a ureazei
 JAMES B. SUMNER (1937):

 demonstrează natura exclusiv proteică a catalazei
 JOHN H. NORTHROP & WENDELL M. STANLEY (1930):

 izolează pepsina, tripsina, chimotripsina
 demonstrează natura lor exclusiv proteică
 Premiul Nobel pentru Chimie – 1946
 DAVID C. PHILLIPS (1965):

 determină prin difracție de raze X structura lizozimului
Aspecte introductive
Activitatea enzimatică:
 proteine:
 enzime
 abzime (antibody + enzyme) – anticorpi monoclonali:
 produși prin imunizarea animalelor de laborator cu un antigen
 antigenul este analog structural al stării de tranziție a unei reacții
 exemple: formare de legături C-C, reacții de transaminare
 acizi nucleici:
 ribozime (ribonucleic acid enzyme)
 manifestă activitate catalitică sau autocatalitică
 exemple: autoexcizia intronului din RNAr (Tetrahymena sp.)
 activitatea catalitică este întâlnită la biomolecule foarte diverse

Abzime:
 pentru hidroliza esterilor:

 utilizarea unui ester fosforic ciclic ce mimează intermediarul
 pentru oxidarea sulfurilor la sulfoxizi:

 utilizarea unui acid aminofosfonic ce mimează intermediarul
Ribozime:
 eliminarea intronilor din molecula RNAr precursor

Caracteristici generale ale enzimelor:
 caracteristici comune cu cele ale catalizatorilor tradiționali:

 scad energia de activare  facilitează formarea intermediarului
 acționează la concentrații foarte mici
 nu se consumă în timpul reacției
 caracteristici proprii enzimelor:

 eficiență catalitică mult mărită
 acționează în condiții blânde de pH și temperatură
 manifestă diferite tipuri de specificitate
 activitatea lor este reglată prin mecanisme:
 calitative:
 efectori allosterici
 modificări covalente
 cantitative:
 scăderea/creșterea ratei de sinteză
 scăderea/creșterea ratei de catabolizare

Hidratează 106 molecule
de CO2 într-o secundă!
Dezavantajele enzimelor față de catalizatorii tradiționali:
 costuri ridicate datorită tehnologiilor de producție și purificare
 instabilității la temperaturi de peste 40-45°C și valori extreme de pH
 riscului contaminării biologice a produsului final

Aplicații ale enzimelor – ramuri industriale:
 aplicații în industria alimentară:

 panificație
 obținerea sucurilor din fructe și procesarea fructelor
 fabricarea băuturilor alcoolice (bere, vin)
 produse lactate
 procesarea cărnii (porc, vită, pui, pește)
 aplicații în alte industrii:

 industria de detergenți (proteaze, amilaze, lipaze, celulaze)
 obținerea furajelor și nutrețurilor pentru animale
 industria textilă
 industria de procesare a lemnului și obținere a hârtiei
 industria de cosmetice
 industria de medicamente
Aplicații ale enzimelor – utilizările practice:
 prelucrarea și obținerea anumitor tipuri de alimente și băuturi
 evaluarea contaminării alimentelor cu anumite microorganisme
 analiza alimentelor:
 analiză calitativă
 analiză cantitativă
 evaluarea modificărilor pe care le suferă alimentele în timpul stocării

Analiza sucurilor de fructe:

Specificitatea enzimatică
Specificitatea enzimatică:
 specificitate de reacție:
 o enzimă catalizează doar un singur tip de transformare chimică
 acționează asupra unui număr variabil de substrate
 specificitate de substrat:
 o enzimă acționează asupra unui număr variabil de substrate
 catalizează același tip de transformare chimică
 specificitate sterică:
 caz particular de specificitate de substrat
 enzima recunoaște doar un singur enantiomer din mai mulți
 enzima catalizează formarea unui singur izomer geometric sau optic
 enzima recunoaște ambii enantiomeri și catalizează interconversia lor
 enzima catalizează schimbarea configurației la un singur centru chiral
 enzima discriminează între două grupări identice din moleculă
Specificitatea de reacție:
 o enzimă catalizează doar un singur tip de transformare chimică

 acționează asupra unui număr variabil de substrate
 tipuri de transformări:
 stă la baza clasificării enzimelor în 6 CLASE

Specificitatea de substrat:
 o enzimă acționează asupra unui număr variabil de substrate

 catalizează același tip de transformare chimică
 enzime cu specificitate largă de substrate:

 acționează asupra unui număr mare de substrate
 exemplu: amilază
 enzime cu specificitate de grup:

 acționează asupra unui număr limitat de substrate
 exemplu: hexokinaza
 enzime cu specificitate absolută:

 acționează asupra unui singur compus
 exemplu: arginaza, ureaza
Amilază
Hexokinază
Urează
Specificitatea sterică:
 enzime ce recunosc și transformă doar unul dintre enantiomeri:
 L-lactat – Bacillus subtilis

 D-lactat – Lactobacillus plantarum
 L/D-lactat – Leuconostoc mesenteroides
 enzime ce catalizează formarea unui singur izomer geometric sau

optic din mai mulți posibili:
 enzime ce recunosc ambii enantiomeri ai unui compus cu un singur

centru de chiralitate și catalizează interconversia lor:
 enzime ce recunosc compuși cu mai multe centre de chiralitate și

catalizează schimbarea configurației unui singur centru:
 enzime ce discriminează între două grupări identice:
 observații:
 three-point attachement (1948)
 un compus simetric, dar
prochiral, interacționează
asimetric cu enzima
 exemple: glicerol kinaza
Specificitatea enzimatică – aplicații:
 analiza vinurilor:
 detecția adulterării cu acid malic de sinteză
 dozarea acidului D-malic
Specificitatea enzimatică – aplicații:
 sinteza organică:
 sinteze enantioselective
Nomenclatura enzimelor
Nomenclatura enzimelor:
 scurt istoric:
 1956 – Comisia de Enzimologie (IUBMB & IUPAC)
 1961 – publicarea primei cărți despre nomenclatura enzimelor
 1984 – publicarea unor updatări
 2000 – publicarea ultimelor updatări
 au mai apărut suplimente până în 2014
 tipuri de denumiri:
 denumire comună (trivială, de lucru, recomandată)
 denumire sistematică
 cod de forma EC A.B.C.D
Nomenclatura enzimelor – denumirea comună (trivială, de lucru):
 reguli generale de realizare a denumirilor comune:

 se utilizează denumirile comune ale substanțelor (se omit descriptorii D
și L pentru zaharuri și aminoacizi)
 nu ar trebui să se bazeze pe denumirea unei substanțe care nu este
substrat al enzimei respective (enoil~CoA hidrataza – crotonază)
 se utilizează denumirile: dehidrogenază, reductază, oxidază, peroxidază,
kinază, tautomerază
 se bazează pe sensul demonstrat al unei reacții
 observații:
 oferă informații despre natura substratului (urează, arginază, zaharază)
 nu oferă niciun fel de informații (catalază, pepsină, bromelaină)
 este ușor de utilizat în practica curentă
Nomenclatura enzimelor – denumirea sistematică:
 numele substratului + numele reacției + sufixul ”-ază”

 denumirea substratelor se face în acord cu regulile IUPAC
 dacă substratul este ionizat la pH fiziologic se folosește sufixul ”-at”:
 acid lactic dehidrogenază
 lactat dehidrogenază
 pentru enzimele cu funcție dublă ce catalizează două modificări în
molecula substratului denumirea se face pe baza primei reacții și a
doua este indicată în paranteză
L-triptofan indol-liază (dezaminantă)
 pentru reacțiile reversibile se alege un sens care va fi utilizat pentru

toate enzimele din clasa respectică chiar dacă nu a fost demonstrat
pentru toate
Clasificarea enzimelor
Clasificarea enzimelor:
 se face pe baza tipului de reacție catalizat

 fiecare enzimă primește un cod de forma EC A.B.C.D
 enzimele sunt organizate în:
 CLASE
 SUBCLASE
 SUBSUBCLASE
 observații:
 fiecare cod descrie o activitate enzimatică (nu o anumită enzimă)
 enzimele pentru care nu se cunoaște mecanismul de reacție sau care nu
pot fi încadrate în nici una dintre subclasele sau subsubclasele existente
se alocă coduri de forma:
 EC A.99.C.D
 EC A.B.99.D
Clasa 1 (clasa oxidoreductazelor):
 catalizează reacții de forma: Ared + Box ↔ Aox + Bred

 denumirea sistematică se face pe baza regulii generale:
denumire Sdonor echiv de red:denumire Sacceptor echiv de red oxidoreductază
 organizarea în subdiviziuni:
 subclase – ține cont de gruparea/substratul ce se oxidează
 subsubclase – ține cont de substratul ce se reduce
 observații:
 peroxidaze – enzime ce folosesc H2O2 ca acceptor de echiv de red
 oxidaze – enzime ce folosesc O2 ca acceptor de echiv de red
 pentru unele enzime este mai greu de realizat denumirea sistematică
Exemplu de denumire sistematică:
 denumire recomandată: glucozo oxidază

 denumire sistematică: D-glucozo oxigen oxidoreductază
 donor de echivalenți de reducere: D-glucoză
 acceptor de echivalenți de reducere: O2
 codul: EC 1.1.3.4
Clasa 2 (clasa transferazelor):
 catalizează reacții de forma: A-X + B  A + B-X

denumire Sdonor:denumire Sacceptor denumirea gr transferate transferază
 subclase – ține cont de natura grupării transferate
 subsubclase – ține cont de particularitățile grupării transferate
 transferaze importante:
 transaminaze – EC 2.6.1.X
 kinaze – EC 2.7.1.X
Clasa 3 (clasa hidrolazelor):
 catalizează reacții de forma: A-B + H2O  A-H + B-OH

C–C
C–N
denumire S : natura legăturii scindate hidrolază
C–O
C–S
 organizarea în subdiviziuni: O–P
 subclase – ține cont de tipul legăturii scindate
 subsubclase – ține cont de particularitățile legăturii scindate
 observații:
 reacția de hidroliză poate fi interpretată ca o reacție de transfer în care
acceptorul este molecula de apă
 multe enzime utilizate la procesarea alimentelor sunt hidrolaze
 exemple: proteaze, amilaze, esteraze, lipaze
Clasa 4 (clasa liazelor):
 catalizează reacții de forma: A-B ↔ A + B

 denumirea sistematică se face pe baza regulii:
C–C
C–O
denumire S denumire grupare eliminată-liază C–N
C–S
 subclase – ține cont de tipul legăturii scindate
 subsubclase – ține cont de particularitățile legăturii scindate și ale
substratului asupra căruia acționează enzima
 observații:
 se recomandă utilizarea scrierii ”HIDRO-LIAZĂ” în loc de ”HIDROLIAZĂ”
 pentru liazele ce catalizează reacții reversibile, dacă sensul invers (cel
de formare a unei legături) este relevant fiziologic, atunci enzima se va
denumi SINTAZĂ
Clasa 5 (clasa izomerazelor):
 catalizează modificări intramoleculare ale substratului:

 racemizare
 epimerizare
 izomerizare cis-trans
 subclase – ține cont de tipul de rearanjare intramoleculară
 subsubclase – ține cont de natura substratului
 observații:
 nu există o regulă generală pentru realizarea denumirii sistematice
 unele izomeraze catalizează procese redox intramoleculare
Clasa 6 (clasa ligazelor):
 catalizează reacții de forma: X + Y + NTP  X-Y + NDP + Pa

denumire X : denumire Y ligază (NDP formatoare)
 subclase – ține cont de tipul legăturii formate
 subsubclase – ține cont de tipul produsului de reacție
 observații:
 ligazele snt enzime ce catalizează reacții ireversibile
 NTP = ATP/GTP, NDP = ADP/GDP
 se poate utiliza denumirea alternativă de SINTETAZĂ
NADH,H+ COD: EC 1.4.1.1
COO NAD+ COO
Denumire sistematică: L-lactat:NAD+ oxidoreductază
HO C H C O
CH3 CH3 Denumire recomandată: L-lactat dehidrogenază
L-lactat piruvat
COD: EC 2.7.1.1
Denumire sistematică: ATP:D-hexozo-6-fosfo transferază
Denumire recomandată: hexokinază

COD: EC 3.1.1.3
Denumire sistematică: triacilglicerol acil hidrolază
Denumire recomandată: lipază pancreatică
COD: EC 4.1.1.1
Denumire sistematică: 2-oxo acid carboxi-liază (formatoare de aldehidă)
Denumire recomandată: piruvat decarboxilază

COD: EC 5.1.3.3
Denumire sistematică: aldozo 1-epimerază
Denumire recomandată: aldozo epimerază
COD: EC 6.3.1.2
Denumire sistematică: L-glutamat:amoniac ligază (ADP formatoare)
Denumire recomandată: L-glutamin sintetază

Bioinformatică aplicată în enzimologie
Expert Protein Analysis System (www.expasy.org)

Braunschweig Enzyme Database (www.brenda-enzymes.info):


Enzimologie Aplicata (Partea 1)

Încărcat de

Informații document

Titlu original

Drepturi de autor

Formate disponibile

Partajați acest document

Partajați sau inserați document

Opțiuni de partajare

Vi se pare util acest document?

Este necorespunzător acest conținut?

Drepturi de autor:

Formate disponibile

Enzimologie Aplicata (Partea 1)

Încărcat de

Drepturi de autor:

Formate disponibile

CHIMIE ALIMENTARĂ ȘI TEHNOLOGII BIOCHIMICE

Scurt istoric – Aspecte introductive

Conf. Dr. Biochim. Bogdan Nicolae Manolescu

Facultatea de Chimie Aplicată și Știința Materialelor

Analiza ENZIMOLOGIE Producerea

Date semnificative în biochimia enzimelor:

 GOTTLIEB SIGISMUND KIRCHHOFF (1816):

 HEINRICH AUGUST VOGEL (1817):

 ANSELME PAYEN & JEAN-FRANCOIS PERSOZ (1833):

 LOUIS PASTEUR (1850-1860):

Date semnificative în biochimia enzimelor:

 CHRISTIAN HANSEN (1874):

 WILHELM KUHNE (1876):

 EDUARD BUCHNER (1897):

 JAMES B. SUMNER (1926):

Date semnificative în biochimia enzimelor:

 JAMES B. SUMNER (1937):

 JOHN H. NORTHROP & WENDELL M. STANLEY (1930):

 DAVID C. PHILLIPS (1965):

 activitatea catalitică este întâlnită la biomolecule foarte diverse

 pentru hidroliza esterilor:

 pentru oxidarea sulfurilor la sulfoxizi:

 eliminarea intronilor din molecula RNAr precursor

Caracteristici generale ale enzimelor:

 caracteristici comune cu cele ale catalizatorilor tradiționali:

 caracteristici proprii enzimelor:

 scăderea/creșterea ratei de catabolizare

Dezavantajele enzimelor față de catalizatorii tradiționali:

 costuri ridicate datorită tehnologiilor de producție și purificare

 instabilității la temperaturi de peste 40-45°C și valori extreme de pH

 riscului contaminării biologice a produsului final

Aplicații ale enzimelor – ramuri industriale:

 aplicații în industria alimentară:

 aplicații în alte industrii:

Aplicații ale enzimelor – utilizările practice:

 prelucrarea și obținerea anumitor tipuri de alimente și băuturi

 evaluarea contaminării alimentelor cu anumite microorganisme

 evaluarea modificărilor pe care le suferă alimentele în timpul stocării

Analiza sucurilor de fructe:

 o enzimă catalizează doar un singur tip de transformare chimică

 stă la baza clasificării enzimelor în 6 CLASE

 o enzimă acționează asupra unui număr variabil de substrate

 enzime cu specificitate largă de substrate:

 enzime cu specificitate de grup:

 enzime cu specificitate absolută:

 enzime ce recunosc și transformă doar unul dintre enantiomeri:

 L-lactat – Bacillus subtilis

 enzime ce catalizează formarea unui singur izomer geometric sau

 enzime ce recunosc ambii enantiomeri ai unui compus cu un singur

 enzime ce recunosc compuși cu mai multe centre de chiralitate și

 enzime ce discriminează între două grupări identice:

Specificitatea enzimatică – aplicații:

Specificitatea enzimatică – aplicații:

Nomenclatura enzimelor – denumirea comună (trivială, de lucru):

 reguli generale de realizare a denumirilor comune:

Nomenclatura enzimelor – denumirea sistematică:

 numele substratului + numele reacției + sufixul ”-ază”

L-triptofan indol-liază (dezaminantă)

 pentru reacțiile reversibile se alege un sens care va fi utilizat pentru

 se face pe baza tipului de reacție catalizat

Clasa 1 (clasa oxidoreductazelor):

 catalizează reacții de forma: Ared + Box ↔ Aox + Bred

denumire Sdonor echiv de red:denumire Sacceptor echiv de red oxidoreductază