Sunteți pe pagina 1din 19

1

Enzimologie
Introducere
Apariia enzimologiei poate fi atribuit lucrrilor lui Paion i Perso, 1833,
care au demonstrat c malul termolabil cu alcool la precipitarea induce
descompunerea amidonului. Aceasta se datoreaz amilazei (diastazei).
n 1898 Diuxlo a propus ca denumirea enzimei s provin de la denumirea
substratului plus sufixul aza- DNA-aza. De oarece numrul enzimelor care
catalizeaz transformarea aceluiai substrat este mare, s-a propus ca n denumirea
enzimei s fie uneori introdus i denumirea procesului: Lactatdehidrogenaza.
Glicooxidaza ce catalizeaz oxidarea glucozei; glucozo-6-fosfataza , enzima ce
catalizeaz hidroliza glucozo-6-fosfatullui; ureaza catalizeaz hidroliza ureei.
Uneori se utilizeaz nume comune pentru enzimele cu funcii similare. De
exemplu, kinazele catalizeaz transferul fosfailor de la ATP, nlocuind numai
formal de fosfotransferaze. Exist i unele excepii din aceast regul, mai ales
pentru enzimele tracului digestiv pepsina.
Fier Emil 1894- specificitatea substratului cheie lcat.
Dar s discutm i probleme mai generale. Se tie c corpul omului conine circa
100 trilioane de celule integrate armonios ntr-un singur ntreg. Grandoarea
organizrii pare imposibil din punct de vedere termodinamic se organizeze i s
se menin ntr-o stare att de perfect ordonat (organizat). Dimpotriv n natur
lucrurile se transform dintr-o stare mai organizat ntr-o stare mai puin
organizat (soluie n ap, descompunerea hrtiei etc.). Procesul invers este foarte
improbabil. Corpul nostru nu se poate asambla spontan. Ce a dus la apariia unei
astfel de structuri complexe i cum poate fi aceasta posibil?
Rspunsul la aceasta se bazeaz pe dou componente: informaia i energia. Aa
structuri sunt posibile atunci cnd exist i este accesibil suficient energie i
informaie. Informaia este necesar pentru a determina ce fel de ordin trebuie de
format, iar energia pentru a realiza reaciile i procesele ce duc la ordin. Ca
concluzie putem meniona c noi suntem improbabili din cauza c suntem
extrem de complex organizai, dar ne ctnd la aceasta, posibili datorit
informaiei din ADN i a cantitii mari de energie care o consumm. Din
cursurile de fizic Dumneavoastr cunoatei c energia este definit prin
capacitatea de a face un lucru. n cazul nostru noi o definim ca capacitatea de

provoca schimbri specifice. Realmente informaiile profunde privind informaia


i energia voi le-ai obinut n cursurile respective.

Schimbarea energiei n timpul reaciei determin mrimea dE i semnul acestei


schimbri. Ea arat dac reacia este posibil i ct energie se obine sau se
investete. Totodat ea nu arat dac reacia este realizabil n condiiile actuale
i care va fi viteza. Pentru aceasta este necesar de a cunoate nu numai energetica
reaciei, dar i ceva despre mecanismul i viteza reaciei. Aceasta ne aduce la
cataliza enzimatic, sau la procese controlate de catalizatori proteici (n unele
cazuri RNA) denumii enzime. n celule toate reaciile care se petrec la un nivel
sesizabil, sunt acelea, care sunt accelerate de o enzim activ.
De ce reaciile termodinamic spontane nu se petrec n la un nivel sesizabil n
lipsa enzimelor?
C6H12O6 + 6O2 = 6CO2 + 6H2O + 686 kal/mol
ATP +H2O = ADP + P + 7,3 kal/mol
Dup reacie produsul va avea o energie mai mic cu cifrele indicate mai sus
(diapozitivul 4).
Aceste reacii termodinamic posibile nu se petrec de la sine, spontan. Este necesar
de depit energia de activare Ea (diapozitivul 5). Viteza reaciei va depinde de
fracia de molecule care conine energie egal sau mai mare de Ea. Aceasta poate
fi realizat datorit creterii temperaturii (sporind fracia moleculelor ce depesc
Ea, sau diminund valoarea Ea cu ajutorul enzimelor). Enzima transmite o parte de
energie moleculelor care interacioneaz de aceia Ea scade i rata reaciei crete.
Majoritatea moleculelor importante au la temperatura corpului o energie cinetic
cu mult mai mic dect Ea, de aceia ele sunt stabile. Ele sunt termodinamic
instabile, dar cinetic stabile, energia de activare a lor fiind mai mare dect
energia cinetic.
Aceste molecule se afl n stare metastabil. Energia mare de activare este
important pentru a se menine timp ndelungat la distan mare de la echilibru.
Fr aceasta capacitate viaa ar fi imposibil. Cu alte cuvinte viaa depinde de
energia de activare nalt.
Totui aceste bariere trebuiesc trecut n cazul cnd transformrile sunt
necesare. Ridicarea temperaturii este incompatibil cu viaa: sistemele biologice

necesit temperaturi constante. Sunt necesare metode izotermice de rezolvare a


problemei. n afara de aceasta ridicarea temperaturii activeaz concomitent mai
multe reacii, de aceia este lipsit de specificitate. Reglajul cu succes are loc numai
n cazul posibilitii de activare a unei reacii specifice, lsnd alte molecule
metastabile n stare nealterat.
O cale alternativ este de a diminua energia de activare. Aceasta este
posibil deoarece, spre deosebire de energia liber, energia de activare in deosebi
depinde nu numai de starea iniial i cea final, dar i de mecanismul reaciei.
Dac reacia depinde de coliziuni dintre molecule, apoi energia mai mare practic
totdeauna accelereaz reacia. Dar n cazul cnd reactanii pot fi ordonai foarte
specific pe un tip de suprafa n aa fel ca s aduc partea potenial reactiv a
moleculelor adiacente in poziie apropiat de juxtapunere, de contact,
interaciunea dintre ele va fi favorizat n mare msur, iar energia de activare
redus. Aceast funcie o au catalizatorii. Catalizatorul realizeaz aceast problem
diminund energia de activare. Catalizatorul nu intr n reacie, mai bine de spus,
nu se schimb n urma realizrii reaciei dintre substraturi.
Proteinele enzimatice catalizeaz reacia datorit interaciunii lor cu
substratul n zona site-ului activ. Site-ul activ, ca regul reprezint un an, sau
buzunar cu proprieti chimice i structurale care acomodeaz substana destinat
reaciei cu o specificitate major (diapozitivul 5). Acizii aminici din site-ul activ de
obicei nu se afl unul lng altul n lanul polipeptidei,dar se afl n zona lui
datorit conformaiei tridimensionale specifice a proteinei. Ei formeaz site-ul
activ doar n structura tridimensional specific. Acizii aminici din site-ul activ
joac un rol crucial n cataliz, ne ctnd la faptul c zona activ acoper doar
circa 5% din suprafaa total a enzimei. Din cei 20 acizi aminici ce intr n
componena proteinelor, doar civa intr n siturile active. Ei sunt cisteina, serina ,
gistidina, aspartatul, glutamatul i lizina (diapozitivul 6 i 7). Histidina, aspartatul
i glutamatul pot la fel servi ca donori sau acceptori de protoni.
Unele din enzime, n afar de una sau cteva polipeptide, n componena lor
conin la fel grupa non-proteic, grupa prostatic, care este o molecul organic
mic, sau ion al metalelor, cum ar fi Fe++ la catalaz.
Aciunea catalitic a enzimelor
Aciunea catalitic a enzimei se determin n condiii standard dup sporirea
vitezei reaciei catalitice n comparaie cu cea ne catalitic. De obicei, rata de
reacie indic o modificare a concentraiei de substrat sau de produs pe unitatea de

timp (mol / (L s)). Deoarece activitatea catalitic nu depinde de volumul soluiei,


n care se realizeaz reacia, activitatea enzimei este exprimat n Katale. 1 Katal este cantitatea de enzim care convertete 1 mol de substrat pe 1 secund. O alt
unitate de activitate este unitatea internaional (E) - cantitatea de enzim care
convertete un mmol de substrat n 1 min (1 E = 16,7 nkat).
Specificitatea enzimelor
Centrul activ este substrat specific. Conceptul de specificitate se refer nu
numai la tipurile de reacii catalitice (specificitatea reaciei), dar de asemenea i la
natura de compui catalizai - substraturi (specificitatea substratului). Datorit la
aceasta, enzimele deosebesc moleculele din celul. n cazul n care enzima poate
aciona numai asupra unui substrat, se spune c enzima prezint specificitate
absolut pentru substrat. Menionm cazul succinat dehidrogenazei, care este
specific pentru succinat, sau L-glutamat dehidrogenazei, specifice pentru glutamat.
Una din cele mai specifice enzime este sucinat dehidrogenaza, care deosebete
fumaratul de sterioizomerul su maleatul. HOOC-CH=CH-C00H HOOC-CH2CH2-C00H(diapozitivul 8). Glucochinaza la fel este specific .
Nu toate enzimele sunt aa de specifice, de exemplu, cele ce degradeaz
biopolimerii. Un bun exemplu poate fi carboxipeptidaza A. Fiecare celul conine
cteva mii de enzime diferite. Enzimele foarte specifice scindeaz un singur
substrat i un singur tip de reacie. Aceasta nseamn c ele catalizeaz
transformarea doar un substrat sau o familie de substraturi care sunt similare
structural, catalizarea numai una dintre reaciile posibile ale substratului., enzime
cu specificitate la substrat, dar cu specificitate la tipul de reacie i enzime cu
specificitate mic la substrat. n cazul n care se leag de enzim la unele
substraturi nrudite structural, enzima prezint specificitatea relativ pe substrat.
Oxidaza acid L-aminoacizi, de exemplu, pot cataliza oxidarea diferitor aminoacizi
din seria L, dar nu i oxidarea acizilor D-amino. Aceast caracteristic a unor
enzime este utilizat cu avantaje n unele situaii clinice. De exemplu, pacienii n
stare de ebrietate cu metanol, etanol este folosit n tratamentul. Enzima
alcooldehidrogenaza poate lega la oricare dintre cele dou alcooli (specificitate
relativ), dar are afinitate de 10 - 20 mai mare pentru etanol, astfel nct etanolul
este metabolizat n loc de metanol. Evitarea de oxidare a metanolului pentru a
favoriza eliminarea fr transformare, este foarte important, deoarece oxidarea
metabolic de metanol produce n organism formaldehidei foarte periculos i de
acid formic.

Specificitate fa de tip de reacie. Specificitatea de aciune se refer la faptul c


enzima catalizeaz numai una dintre transformrile posibile ale unui substrat. n
cazul de glutamat, de exemplu, se poate experimenta diferite transformri, dar
fiecare dintre ele necesit o enzim diferite, de exemplu:
Glutamat la: Recunosate legtura. Deosebete

Glutamina (fixare de amoniac): Glutamina sintetazei


GABA (decarboxilare): Decarboxyase glutamatul
Alfaketoglutarate: dehidrogenazei Gutamate
Descoperirea enzimelor i nomenclatura
Astzi sunt cunoscute aproximativ 2000 de enzime diferite. Sistemul de clasificare
ine cont de specificitatea de reacie i substrat a enzimelor. Toate enzimele sunt
incluse n catalogul "enzimelor", cu numrul su de clasificare (CE), format din
patru cifre. Prima cifr indic apartenena la unul dintre cele ase clase principale
(diapozitiv). Urmtoarele dou definesc subclasa i sub-subclasa, iar ultimele cifre
numrul in aceast sub-subclas. De exemplu, lactat dehidrogenazei . Are un
numr de CE 1.1.1.27 (clasa 1, Oxidoreductases, Divizia 1.1, donator de electroni CH-OH;
Denumirile uneori indic:
Substratul endonucleaze, proteaze, amilaze
Funcia - derhidrogenaza succinic, fosfoglucoizomeraza
Substratul sau funcia tripsine, catalaza, lizoimul
Sistemul raional de denumire a enzimelor.
Enzimele sunt divizate n 6 clase majore, n baza funciilor generale cu subgrupe
pentru a preciza mai exact funciile.

1. Oxidoreductazele
Intr: dehidrogenaze, oxidaze, peroxidaze, reductaze, monoxigenaze, dioxigenaze
Ca exemplu, enzimele ce catalizeaz urmtorul tip de reacii se consider
oxidoreductaze:
A + B A + B
A este reductor (donor de electroni) , B oxidant (acceptor de electroni) . n
reaciile biochimice acest tip de reacii sunt mai greu de conceput. De exemplu,
glicoliza:
2Pi + glyceraldehid-3-fosfat + NAD+ NADH + H+ + 1,3-bifosfoglicerat

NAD+ - oxidant (acceptor de electroni), glyceraldehid -3-fosfat reductor (donor de


electroni).
Nomenclatura
Proper names of oxidoreductases are formed as "donor:acceptor oxidoreductase";
however, other names are much more common. The common name is "donor
dehydrogenase" when possible, such as glyceraldehyde-3-phosphate
dehydrogenase for the second reaction above. Common names are also sometimes
formed as "acceptor reductase", such as NAD+ reductase. "Donor oxidase" is a
special case where O2 is the acceptor.
2. Transferazele

Intr: C1-transferaze, glicozotransferaze, aminotransferaze, fosfotransferaze.In


biochemistry, a transferase is an enzyme that catalyzes the transfer of a functional
group (e.g. a methyl or phosphate group) from one molecule (called the donor) to
another (called the acceptor). For example, an enzyme that catalyzed this reaction
would be a transferase:
AX + B A + BX
In this example, A would be the donor, and B would be the acceptor. The donor is
often a coenzyme.
Nomenclature Proper names of transferases are formed as "donor:acceptor
grouptransferase." However, other names are much more common. The
common names of transferases are often formed as "acceptor
grouptransferase" or "donor grouptransferase." For example, a DNA
methyltransferase is a transferase that catalyzes the transfer of a methyl
group to a DNA acceptor.

3. Hidrolazele
Intr: Esteraze, glicozidaze, peptidaze, amidaze
In biochemistry, a hydrolase is an enzyme that catalyzes the hydrolysis of a
chemical bond. For example, an enzyme that catalyzed the following reaction is a
hydrolase:
AB + H2O AOH + BH
Nomenclature
Systematic names of hydrolases are formed as "substrate hydrolase." However,
common names are typically in the form "substratease." For example, a nuclease is
a hydrolase that cleaves nucleic acids.
4. Liazele.
Intr: C-C- liaze, C-O- liaze, C-N- liaze, C-S- liaze
In biochemistry, a lyase is an enzyme that catalyzes the breaking of various
chemical bonds by means other than hydrolysis and oxidation, often forming a new
double bond or a new ring structure. For example, an enzyme that catalyzed this
reaction would be a lyase:

ATP cAMP + PPi


Lyases differ from other enzymes in that they only require one substrate for the
reaction in one direction, but two substrates for the reverse reaction.
Nomenclature. Systematic names are formed as "substrate group lyase." Common
names include decarboxylase, dehydratase, aldolase, etc. When the reverse
reaction is more important, synthase may be used in the name
5. Izomerazele
Intr: Epimeraze, cis-trans-izomeraze, transferaze intramoleculare. In
biochemistry, an isomerase is an enzyme that catalyzes the structural
rearrangement of isomers. Isomerases thus catalyze reactions of the form
A B
where B is an isomer of A.
Nomenclature
The names of isomerases are formed as "substrate isomerase" (for example, enoyl
CoA isomerase), or as "substrate type of isomerase" (for example,
phosphoglucomutase).
6. Ligazele
Intr: C-C- ligaze, C-O- ligaze, C-N- ligaze, C-S- ligaze
In biochemistry, ligase (from the Latin verb ligre "to bind" or "to glue
together") is an enzyme that can catalyse the joining of two large molecules by
forming a new chemical bond, usually with accompanying hydrolysis of a small
chemical group dependant to one of the larger molecules. In general, ligase
catalyses the following reaction:
Ab + C AC + b
or sometimes
Ab + cD AD + b + c
where the lowercase letters signify the small, dependant groups.
Sensibilitatea la temperatur

Important pentru organismele poichiloterme


Sensibilitatea la pH
Pepsina din stomac la pH2, iar din intestina subire la pH 8. De obicei activitatea se
extinde la patru uniti pH.
Reacii ne catalitice (n lipsa enzimelor)
+ + D.
Agenii A i B n soluie sunt nconjurai de un strat de molecule de apa (stratul de
hidratare), care sub influena micrii termice se schimb la ntmplare. Ele pot
reaciona ntre ele numai atunci cnd se confrunt cu o orientare favorabil, care
este puin probabil i se ntmpl rar. Pentru formarea de produse CD din seria AB, care rezult n urma coliziunii dintre moleculele trebuie s formeze o stare de
tranziie, care necesit, de regul, o mare energie de activare Ea . Deoarece aceast
energie poate obine doar o mic parte a complexelor A-B, realizarea tranziiei se
manifest chiar mai rar dect apariia de complexe. n soluie, cea mai mare parte
de energie de activare este cheltuit pentru depirea stratului de hidratare ntre A
i B, convergena de reactivi i alte procese chimice n care aceste reactivi sunt
implicai. Ca urmare, formarea de produse n absena unui catalizator este extrem
de rar, iar viteza reaciei este neglijabil, chiar i atunci cnd reacia este
termodinamic admisibil, i anume, G <0
Cataliza enzimatic
Enzimele accelereaz reaciile de 108-1010 ori, iar catalizatorii neorganici de 103104ori. Fora de legtur a substratului la enzim este de 3-12 kal/mol, ceia cei de
10 ori mai jos dect o legtur covalent.
Enzimele leag specific reagenii (substraturile) la centru activ. n acelai
substraturi moleculele sunt orientate astfel, nct s dobndeasc poziia optim
pentru formarea statului de tranziie. Orientarea specific sporete n mod
semnificativ probabilitatea producerii complexului AB. n plus, legarea de substrat
n site-ul activ duce la ndeprtarea stratului de ap de pe substrat. .Ca urmare prin
eliminarea moleculelor de ap n site-ul activ al enzimei n timpul cataliza se
creeaz condiii destul de diferite n comparaie cu cele din soluie.
Un alt factor important depinde de stabilizarea strii de tranziie a substratului
datorat interaciunii dintre reziduurile de aminoacizi din proteine i substrat.
Astfel, starea de tranziie, n cazul unei reacii enzimatice necesit o energie de
activare mai mic. n plus, numeroase enzime n timpul catalizei transport grupuri

10

specifice la substrat, sau de la substrat. Foarte adesea se transfer protonii. Aceast


cataliz acido-bazic enzimatic este mult mai eficient dect schimbul de
protoni de la acizi i baze n soluie. Adesea, grupele chimice sunt covalent ataate
la enzime. Acest fenomen este numit cataliza covalent.
Bazele catalizei enzimatice
n ciuda faptului c astzi este dificil s se cuantifice efectele contribuiei
individuale asupra procesului catalitic, factorul decisiv este cel de stabilizare a
strii de tranziie n site-ul activ al enzimei. Cel mai important moment este nu
legarea puternic a substratului, dar a strii de tranziie a substratului. Spre
deosibire de modelul cheia-lcat a lui Fier, n anul 1958 Koland a propus
modelul de inducere a corespunderii. El presupune c modificrile
conformaionale n forma moleculei enzimatice au loc la legarea substratului i
configurarea centrului activ. Modelul a fost confirmat prin difracia razelor X a
enzimelor cristaline.
1. Schimbarea unei sau mai multor legturi, duce la slbirea legturilor
fcndu-le mai susceptibile la atacul enzimatic.
2. Enzima accept sau doneaz protoni, sporind reactivitatea substratului, ceia
ce este similar cu schimbarea pH.
3. Formarea legturilor temporare dintre enzim i substrat, substituie
nucleofilic (electron deficient, sau electron bogat). Atacul nucleofilic a
grupei OH a serinei a grupei sulfhidrilice a cisteinei sau a grupei indolice a
histidinei.
Dimpotriv poate fi substituia electrofilic cu ajutorul grupelor electronegative
ale substratului i electropozitive ale enzimei. Enzimele cu atac electrofilic
necesit numaidect prezena grupei prostetice n site-ul activ, din cauza c nici
un acid aminic nu este suficient de nucleofilic. Ionii metalelor sunt puternic
electropozitici, de aceia servesc bine pentru acest rol. Nectnd la faptul c
poziionarea reactanilor este fundamental pentru cataliza
enzimelor, majoritatea enzimelor sunt supuse schimbrilor
structurale n timpul cnd ele sunt legate cu substraturile. Un
exemplu poate fi hexokinaza, care catalizeaz transferul
grupeifosfatului de la ATP la glucoz
Cum acioneaz enzimele
Se utilizeaz civa termeni pentru a descrie mecanismele reaciilor enzimatice.
Printre ei numim efectul de proximitate (1); cataliza general-acid sau general-

11

baz (2), efectele electrostatice (3), cataliza electrofilic i nucleofilic


provocat de grupele funcionale ale enzimelor (4), i flexibilitatea structural
(5). Toate enzimele utilizeaz cel puin una din cile menionate.
.
1. Efectul proximitii: Enzimele aduc componenii reactani aproape unul de
altul
Este tiut c reaciile dintre doi componeni legai mpreun se petrece mai rapid.
Aceasta se manifest mai ales la reaciile intramoleculare, care sunt mai rapide n
comparaie cu cele se petrec ntre moleculele independente.

Reacia 1 se petrece mult mai rapid dect reacia 2. Pentru a face ca viteza reaciei
2 s fie egal cu viteza reaciei 1 este necesar de avea substraturile le concentraia
3x105M, ceia ce este imposibil. Legarea mpreun duce la diminuarea entropiei de
micare i rotaie. Enzimele dau avantaje datorite efectelor de proximitate legnd
reactanii n apropiere de centrul activ n aa fel ca grupele reactive sunt orientate
favorabil pentru interaciune.

12

2.

Cataliza general bazic i general acid ajut la evitarea pH extrem de


ridicat sau extrem de jos

Formarea sau ruperea legturilor necesit migrarea electronilor. Grupele reactive


funcioneaz ca electrofili, sau nucleofili, respectiv deficieni n electroni i bogai
n electroni. Ei interacioneaz cu substane bogate i srace n electroni.
Catalizatorul trebuie s sporeasc sau s diminueze starea respectiv a
substratului. n majoritatea cazurilor pentru aceasta cea mai simpl cale este
de a introduce un proton.

Apa este un nucleofil slab i reacia fr catalizator este extrem de lent. La pH


nalt ea este mai iute, atunci cnd OH- ncrcat negativ va nlocui apa ca nucleofil

13

reactiv. Oferind unul sau doi electroni protonilor apei, baza sporete densitatea
electronilor la oxigenul apei (diapozitivul), care va interaciona mai activ cu
nucleofilul substratului. Terminul baz general nseamn orice substan care
leag protonul n soluie apoas. Enzimele utilizeaz diferite grupe funcionale
pentru acest rol. Doi factori fac ca grupele OH- s fie ne utilizabile pentru acest rol,
i necesit baza general.1. Concentraia grupelor OH- extrem de joas la pH
fiziologic. Aceast condiie poate fi uor recuperat de ctre proteine care pot servi
in calitate de general baze care conin aminoacizi ionizabili, s-au grupe terminale
NH2 sau carboxi grupe la carboxilai. 2. Alt prioritate c aceste grupe se afl n
proximitate n site-ul activ. Proteinele conin numeroase grupri OH- chiar n
condiii slab acide ( grupele NH2 aminoterminale).Aceste grupe se amplaseaz n
vecintate cu centrul activ, ceia ce este un avantaj. Grupele OH- libere sunt mult
mai labile, de aceia acioneaz mai slab. Unicul caz cnd grupele OH- acioneaz
direct ca catalizator n reaciile enzimatice este atunci cnd ele se afl strns
legate cu cationii metalelor.
Hidroliza eterilor poate fi catalizat de acizi. Acizii doneaz protonul oxigenului
carbonuluii, sporind sarcina pozitiv a carbonului substratului. Termenul acid
general se utilizeaz pentru referina oricrei substane care poate elibera un
proton n soluie, iar enzimele i din nou utilizeaz aproape totdeauna acest donor
de protoni cu preferin fa de H+ sau H3O+, n form liber, posibil datorit
faptului c acidul general poate opera la pH moderate , ceia ce este uor n poziie
fixat.
Este important de menionat c unii din baz general sau acidul general
acioneaz i asupra intermediatului cataliznd descompunerea lui. La fel este de
menionat c acidul general i baza general nu sunt mutual exclusivi i pot
aciona la aceiai etap a reaciei.
3. Interaciunea electrostatic poate provoca iniierea strii de tranziie
Utilizarea frecvent a bazelor generale i acizilor generali n enzime
demonstreaz principiul de baz al enzimelor de a stabiliza distribuia sarcinii
electrice n starea de tranziie. Pentru a forma acest intermediat electronul se mic
de la nucleofil prin carbon a grupei CO ctre oxigen. Este o micare pur a
sarcinii negative de la nucleofil la substrat. n aa fel el se mic de la nucleofiol
ctre substrat. n lipsa unui acid general sau baze generale, sarcina apropiat de
+1 apare la nucleofil i de -1 la oxigenul C=O. Baza general poate stabiliza
aceast nou distribuie a sarcinii oferind electroni pentru nuclefil n aa fel c
sarcina pozitiv se mic ctre baz. Furniznd protonul oxigenului C=O, acidul
general poate delocaliza sarcina negativ acolo. Dar enzimele au alte ci pentru
stabilizare similar. Presupunem c site-sul activ include un aminoacid ncrcat
pozitiv, aa ca lizina sau arginina, aflat n apropierea de atomul de oxigen al grupei
C=O a substratului. Sarcina pozitiv a contribui la formarea unui intermediat

14

tetrahedral. Sarcina negativ n regiune nuclofilului are un efect similar.


Interaciune acestor sarcini poart denumirea de efecte electrostatice.
Interaciunile electrostatice pot fi importante chiar ntre grupele ale cror sarcin
curat este formal egal cu zero. Aceasta se ntmpl din cauza c distribuia sarcinii
n interiorul grupelor moleculare nu este uniform ci variaz de la atom la atom. n
grupul OH al alcoolului, de exemplu, O are sarcin negativ aproximativ -0,4, iar
hidrogenul aproximativ +0,4.
ndat ce substratul se transform n starea de tranziie, schimbarea sarcinii
ai atomilor si interacioneaz cu sarcinile moleculelor proteinelor i apei din
nconjur. Deferena energiei dintre starea iniial i cea de tranziie n aa fel
depinde de specificul structurii proteinei.
4. Grupele funcionale ale enzimei realizeaz cataliza nucleofilic i
electrofilic
Alt strategie pentru hidroliza eterilor sau amidelor const n nlocuirea apei cu
grupa nucleofilic mai puternic care este component a site-ului activ al enzimei.
Grupa HOCH2- a serinei este frecvent utilizat n acest mod. n acest caz reacia se
divizeaz n dou etape. n loc de a obine imediat acidul carbonilic se obine un
eter, ataat covalent la enzim.

Intermediatul acetil enzima trebuie s fie supus hidrolizei n reacia a doua, unde
apa va deveni nucleofil. Enzimele proteolitice elastaza, pepsina i tripsina lucreaz
pe aceast cale.

15

Grupele nucleofile ale enzimelor suplimentar la reaciile de hidroliz


particip i n alte tipuri de reacii. Un exemplu poate fi decarboxilazele care
catalizez reacia:

Reacia parcurge prin intermediatul denumit baza Shif, la care substratul este
legat covalent cu -aminiogrupa rezidiului lizinei din centrul activ. P

Protonarea azotului din baza if introduce sarcina pozitiv, ceia ce trage electronii
de la legtura vecina C-C, ceia ce cauzeaz decarboxilarea.
Reaciile menionate ilustreaz trstura de baz: cataliza nucleofilic a enzimelor
implic formarea unei stri intermediare n care substratul este legat covalent la
grupa nucleofilic a enzimei. n afar de grupa CH2OH a serinei grupa CH2SH
a cisteinei este deseori utilizat ca nucleofil. Grupa carboxil a glutaminei i
asparaginei i cea imidazolic a histidinei poate juca un rol similar. Unele enzime
au avantaje datorit legrii coenzimelor, aa ca tiaminul, biotinul, piridoxiaminul,
sau tetrafolatuitului, pentru a obine reageni nucleofilici suplimentari.
La fel exist numeroase enzime care leag ionii metalelor pentru a forma
complexe cu substraturile. Metalele servesc c grupe electrofilice, mai degrab

16

dect hidrofile. Anhidraza carbnic conine Zn+2, care se leag la substrat, ionul
de hidroxid a unui din substraturi servind ca ligand. Gruplul OH- legat se leag de
alt substrat, CO2. n alcool dehidrogenaza i enzimele proteolitice termolizina i
carboxipeptidaza A, Zn2+ formeaz complex cu oxigenul carbonilic al
substratului. Retragerea electronilor de ctre Zn+ sporete sarcina parial pozitiv a
complexului cu oxigenul carbonilului substratului, ceia ce duce la sporirea sarcinii
parial pozitive la carbonil carbon, n aa fel promovnd reacia cu nuclefilul.
Flexibilitatea structural poate spori specificitatea enzimelor

Procesul de inducere deseori este asociat cu formarea unor legturi covalente


temporare dintre substrat i unul sau mai muli aminoacizi ai site-ului activ.

Cnd hexokinaza leag glucoza, structura lor se schimb n aa fel c elementele


site-ului activ se aduc mpreun. Enzima acionnd ca flcile supra substratului.
Aceast rearanjare se menioneaz ca corespundere indus.
nvluirea substratului n aa fel poate servi schimbrii favorabile a schimbrii
entropiei asociate cu nlturarea substratului hidrofobic de la ap, la fel controlnd
efectele electrostatice care promoveaz formarea strii de tranziie. Substratul este
forat s rspund la cmpurile electrice direcionate de la grupele funcionale ale
enzimelor, n locul cmpurilor dezordontoare ale solventului.
Schimbrile structurale contribuie la specificitatea unor reacii enzimatice. n
hexokinaz, schimbrile induse de glucoz promoveaz legare altor substraturi,
ATP. ATP nu se leag corect de enzim pn la includerea glucozei n site-ul
catalitic. Dac ATP se va lega n absena glucozei, enzima ar pute avea tendina de
a cataliza transferul fosfatului de la ATP la ap, avnd ca rezultat pierderea inutil a
ATP.

17

1. Multe din reaciile care sunt posibile din punct de vedere termodinamic n-au loc
la o vitez apreciabil din cauza necesitii energii de activare. Ce nseamn
aceasta n termeni moleculari?
2. Ce nsemn n termini moleculari diminuarea energiei de activare provocat de
enzime?
3. Care sunt avantajele utilizrii enzimelor ca catalizatori n locul catalizatorilor
chimici?
4. Energia de activare a reaciei 2H2O2 =2H2O+O2 la 20oC este de kal/mol. n
prezena platinei coloidale 13 kal/mol, iar a enzimei catalaza 7 kal/mol.
Facei schemele energetice ale reaciei n cele trei cazuri
Enunai prioritatea catalazei
Enunati alt cale de accelerare a descompunerii hidrogen peroxidului.
De ce catalaza este acumulat n peroxisome?
Proprietatea enzimei ca catilazator , proprietate a enzimei ca protein (P) Nu
este corect pentru enzim (N)?
Conin circa 5% din suprafaa centru activ C
Accelereaz reacia prin diminuarea energiei de activare
Poate spori rata reaciei exergonice i nu endergonice (N)
Complexe tranziente cu moleculele reactante
Este sensibil la variaia pH-ului mediului
Demonstreaz un nivel mare de specificitate fa de substrat
Denatureaz moleculele substratului, prin aceasta slbind legturile i sporind
probabilitatea ruperii lor (N)
De obicei este stabil fa de temperatur (N)
.De ce temperatura i pH influeneaz viteza reaciilor enzimatice?
Tripsina de obicei degradeaz diferite lanuri polipeptidice, atunci cnd
dehidrogenaza ca regul este specific absolut de fiecare substrat. Explicai?
Subtilizina este o proteaz din bacterii care scindeaz orice legtur peptidic,
atunci cnd tripsina scindeaz doar legturile din partea carboxile a argininei i
lizinei. Care diferene pot fi ateptate n site-ul activ al ambelor enzime.
Unele exemple despre activitatea enzimelor

18

Atenia deosebit este pentru enzimele, pentru care a fost obinut structura
cristalin, datorit faptului c cele mai importante rezultate privind nelegerea
mecanismelor reaciilor enzimatice au fost obinute anume cu aceste enzime.
Proteazele serinice: Enzime ce utilizeaz resturile serinei pentru cataliza
nuclofilic. Proteazele serine reprezint o larg familie de enzime proteolitice, care
ca mecanism cataliza nucleofilic cu restul serinei ca un activ nucleofil. Cei mai
bine cunoscute sunt enzimele digestive cum ar fi: tripsina, hemotripsina, i
elastaza Ele se sinttizeaz n pancreasul mamiferelor n form de precursori
inactivi, denumii zimogene. n intestine ele sunt activate proteolitic. n sistemul
digestiv, tripsina, himotripsina i elastaza lucreaz n ansamblu. Ele sunt
endopeptidaze, dar fiecare prefer legturi ale unor acizi aminici specifici. Tripsina
prefer reziduurile de lizin i arginin, himotripsina prile aromatice
(fenilalanin, tirozin i triptofan), iar elastaza reziduurile mici monopolare, aa ca
alanina. Carboxipeptidazele A i B , care nu sunt proteaze serine, scindeaz
legturile peptidice la captul carboxilic. O ptrime din secvenele celor trei
enzime sunt similare, iar intre tripsin i himotripsin jumtate. Ele sunt foarte
asemntoare structural. Divergena unui comun predecesor.
Subtilizina din Bacillus subtilis este complet diferit dup structura primar i
form i poate fi exemplu al evoluiei convergente. n centru activ intr His57,
Asp102 i Ser195 la himotripsin. Particularitile au fost demonstrate cu ajutorul
diferitor inhibitori.
Ribonucleaza A Reglajul catalizei acid-Baz concertat
Hidrolizeaz RNA scindnd legtura eteric P-O la 5 carbonul ribozei, fiind
specific bazelor pirimidinice, citozinei i uracilei la partea 3 a legturii fosfate
care se scindeaz. A fost prima enzim sintetizat chimic, fiind activ. A doilea
enzim sicvenat n anul 1960 de More i Stein. Conine 124 acizi aminici.
Ribonucleaza A nu catalizeaz ADN, de oarece lipsete grupa OH la C2, necesar
pentru formarea intermediatului. n centrul activ intr His 12 i His 119, fiind
foarte importani. La fel ca i lizina 41.
Sumar.
Ca i n cataliza chimic, enzimele interacioneaz cu substraturile n mod specific,
care diminueaz Ea a strii de tranziie.
1.. Mecanismele tuturor reaciilor enzimatice depinde de urmtorii cinci factori:
a. Efectele de proximitate (enzimele in reactanii aproape unul de altul n
orientarea necesar).

19

b. Cataliza general-acid i general baz (grupele acide sau baze dau sau iau
protonul i deseori realizeaz primul element, iar ulterior al doilea).
c .efectele electrostatice (grupele cu sarcini sau polare ale enzimelor favorizeaz
redistribuirea sarcinilor electrice care trebui s se realizeze pentru a converti
substratul n starea de tranziie).
d. cataliza nucleofilic sau electrofilic (grupele funcionale nuclofilice sau
electrofilice ale enzimei sau a cofactorului reacioneaz cu grupele complementare
ale substratului pentru a forma legturi covalente intermediare).
e. Flexibilitatea structural (schimbarea structurii proteinei poate mri
specificitatea reaciilor enzimatice asigurnd formarea legturilor sau realizarea
reaciilor n ordin obligatoriu i sechestrnd substratul legat n buzunare care sunt
protejate de penetrarea solventului).
2. Serin proteazele tripsina, himtripsina i elastaza au o structur foarte similar,
dar au buzunare (sufluri), care sunt asamblate pentru aminoacizi diferii din lanul
lturalnic. Sit-ul activ al fiecrei enzime conine aceiai aminoacizi activi, serina
histidina i asparagina, amplasai n aa fel c grupa hidroxil a serinei devine
puternic nucleofil pentru a reaciona cu carbonul substratului din legtura
peptidic. Aceast reacie genereaz un intermediat acil-enzim. Formarea i
hidroliza lui, probabil, iniiaz interaciuni electrostatice ce genereaz structuri
tetraedrice a strii de tranziie i prin cataliza generalacid sau general-baz.
3. RNA-aza A hidrolizeaz RNA n sit-urile adiacente bazelor pirimidinice.
Reacia se petrece prin formarea intermediatului dieterului ciclic 2-3 fosfat.
Probabil, hidroliza acestui eter este promovat prin corelarea catalizei general
bazice i general acide a dou resturi ale histidinei, i prin interaciunile
electrostatice cu dou lizine. Aceste reacii pot avea loc prin dou intermediate
pentavalente cu fosforul. Geometria acestor intermediate se aseamn cu cea ale
compuilor vanadatului care acioneaz ca inhibitori a enzimei.