Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Enzimologie
Introducere
Apariia enzimologiei poate fi atribuit lucrrilor lui Paion i Perso, 1833,
care au demonstrat c malul termolabil cu alcool la precipitarea induce
descompunerea amidonului. Aceasta se datoreaz amilazei (diastazei).
n 1898 Diuxlo a propus ca denumirea enzimei s provin de la denumirea
substratului plus sufixul aza- DNA-aza. De oarece numrul enzimelor care
catalizeaz transformarea aceluiai substrat este mare, s-a propus ca n denumirea
enzimei s fie uneori introdus i denumirea procesului: Lactatdehidrogenaza.
Glicooxidaza ce catalizeaz oxidarea glucozei; glucozo-6-fosfataza , enzima ce
catalizeaz hidroliza glucozo-6-fosfatullui; ureaza catalizeaz hidroliza ureei.
Uneori se utilizeaz nume comune pentru enzimele cu funcii similare. De
exemplu, kinazele catalizeaz transferul fosfailor de la ATP, nlocuind numai
formal de fosfotransferaze. Exist i unele excepii din aceast regul, mai ales
pentru enzimele tracului digestiv pepsina.
Fier Emil 1894- specificitatea substratului cheie lcat.
Dar s discutm i probleme mai generale. Se tie c corpul omului conine circa
100 trilioane de celule integrate armonios ntr-un singur ntreg. Grandoarea
organizrii pare imposibil din punct de vedere termodinamic se organizeze i s
se menin ntr-o stare att de perfect ordonat (organizat). Dimpotriv n natur
lucrurile se transform dintr-o stare mai organizat ntr-o stare mai puin
organizat (soluie n ap, descompunerea hrtiei etc.). Procesul invers este foarte
improbabil. Corpul nostru nu se poate asambla spontan. Ce a dus la apariia unei
astfel de structuri complexe i cum poate fi aceasta posibil?
Rspunsul la aceasta se bazeaz pe dou componente: informaia i energia. Aa
structuri sunt posibile atunci cnd exist i este accesibil suficient energie i
informaie. Informaia este necesar pentru a determina ce fel de ordin trebuie de
format, iar energia pentru a realiza reaciile i procesele ce duc la ordin. Ca
concluzie putem meniona c noi suntem improbabili din cauza c suntem
extrem de complex organizai, dar ne ctnd la aceasta, posibili datorit
informaiei din ADN i a cantitii mari de energie care o consumm. Din
cursurile de fizic Dumneavoastr cunoatei c energia este definit prin
capacitatea de a face un lucru. n cazul nostru noi o definim ca capacitatea de
1. Oxidoreductazele
Intr: dehidrogenaze, oxidaze, peroxidaze, reductaze, monoxigenaze, dioxigenaze
Ca exemplu, enzimele ce catalizeaz urmtorul tip de reacii se consider
oxidoreductaze:
A + B A + B
A este reductor (donor de electroni) , B oxidant (acceptor de electroni) . n
reaciile biochimice acest tip de reacii sunt mai greu de conceput. De exemplu,
glicoliza:
2Pi + glyceraldehid-3-fosfat + NAD+ NADH + H+ + 1,3-bifosfoglicerat
3. Hidrolazele
Intr: Esteraze, glicozidaze, peptidaze, amidaze
In biochemistry, a hydrolase is an enzyme that catalyzes the hydrolysis of a
chemical bond. For example, an enzyme that catalyzed the following reaction is a
hydrolase:
AB + H2O AOH + BH
Nomenclature
Systematic names of hydrolases are formed as "substrate hydrolase." However,
common names are typically in the form "substratease." For example, a nuclease is
a hydrolase that cleaves nucleic acids.
4. Liazele.
Intr: C-C- liaze, C-O- liaze, C-N- liaze, C-S- liaze
In biochemistry, a lyase is an enzyme that catalyzes the breaking of various
chemical bonds by means other than hydrolysis and oxidation, often forming a new
double bond or a new ring structure. For example, an enzyme that catalyzed this
reaction would be a lyase:
10
11
Reacia 1 se petrece mult mai rapid dect reacia 2. Pentru a face ca viteza reaciei
2 s fie egal cu viteza reaciei 1 este necesar de avea substraturile le concentraia
3x105M, ceia ce este imposibil. Legarea mpreun duce la diminuarea entropiei de
micare i rotaie. Enzimele dau avantaje datorite efectelor de proximitate legnd
reactanii n apropiere de centrul activ n aa fel ca grupele reactive sunt orientate
favorabil pentru interaciune.
12
2.
13
reactiv. Oferind unul sau doi electroni protonilor apei, baza sporete densitatea
electronilor la oxigenul apei (diapozitivul), care va interaciona mai activ cu
nucleofilul substratului. Terminul baz general nseamn orice substan care
leag protonul n soluie apoas. Enzimele utilizeaz diferite grupe funcionale
pentru acest rol. Doi factori fac ca grupele OH- s fie ne utilizabile pentru acest rol,
i necesit baza general.1. Concentraia grupelor OH- extrem de joas la pH
fiziologic. Aceast condiie poate fi uor recuperat de ctre proteine care pot servi
in calitate de general baze care conin aminoacizi ionizabili, s-au grupe terminale
NH2 sau carboxi grupe la carboxilai. 2. Alt prioritate c aceste grupe se afl n
proximitate n site-ul activ. Proteinele conin numeroase grupri OH- chiar n
condiii slab acide ( grupele NH2 aminoterminale).Aceste grupe se amplaseaz n
vecintate cu centrul activ, ceia ce este un avantaj. Grupele OH- libere sunt mult
mai labile, de aceia acioneaz mai slab. Unicul caz cnd grupele OH- acioneaz
direct ca catalizator n reaciile enzimatice este atunci cnd ele se afl strns
legate cu cationii metalelor.
Hidroliza eterilor poate fi catalizat de acizi. Acizii doneaz protonul oxigenului
carbonuluii, sporind sarcina pozitiv a carbonului substratului. Termenul acid
general se utilizeaz pentru referina oricrei substane care poate elibera un
proton n soluie, iar enzimele i din nou utilizeaz aproape totdeauna acest donor
de protoni cu preferin fa de H+ sau H3O+, n form liber, posibil datorit
faptului c acidul general poate opera la pH moderate , ceia ce este uor n poziie
fixat.
Este important de menionat c unii din baz general sau acidul general
acioneaz i asupra intermediatului cataliznd descompunerea lui. La fel este de
menionat c acidul general i baza general nu sunt mutual exclusivi i pot
aciona la aceiai etap a reaciei.
3. Interaciunea electrostatic poate provoca iniierea strii de tranziie
Utilizarea frecvent a bazelor generale i acizilor generali n enzime
demonstreaz principiul de baz al enzimelor de a stabiliza distribuia sarcinii
electrice n starea de tranziie. Pentru a forma acest intermediat electronul se mic
de la nucleofil prin carbon a grupei CO ctre oxigen. Este o micare pur a
sarcinii negative de la nucleofil la substrat. n aa fel el se mic de la nucleofiol
ctre substrat. n lipsa unui acid general sau baze generale, sarcina apropiat de
+1 apare la nucleofil i de -1 la oxigenul C=O. Baza general poate stabiliza
aceast nou distribuie a sarcinii oferind electroni pentru nuclefil n aa fel c
sarcina pozitiv se mic ctre baz. Furniznd protonul oxigenului C=O, acidul
general poate delocaliza sarcina negativ acolo. Dar enzimele au alte ci pentru
stabilizare similar. Presupunem c site-sul activ include un aminoacid ncrcat
pozitiv, aa ca lizina sau arginina, aflat n apropierea de atomul de oxigen al grupei
C=O a substratului. Sarcina pozitiv a contribui la formarea unui intermediat
14
Intermediatul acetil enzima trebuie s fie supus hidrolizei n reacia a doua, unde
apa va deveni nucleofil. Enzimele proteolitice elastaza, pepsina i tripsina lucreaz
pe aceast cale.
15
Reacia parcurge prin intermediatul denumit baza Shif, la care substratul este
legat covalent cu -aminiogrupa rezidiului lizinei din centrul activ. P
Protonarea azotului din baza if introduce sarcina pozitiv, ceia ce trage electronii
de la legtura vecina C-C, ceia ce cauzeaz decarboxilarea.
Reaciile menionate ilustreaz trstura de baz: cataliza nucleofilic a enzimelor
implic formarea unei stri intermediare n care substratul este legat covalent la
grupa nucleofilic a enzimei. n afar de grupa CH2OH a serinei grupa CH2SH
a cisteinei este deseori utilizat ca nucleofil. Grupa carboxil a glutaminei i
asparaginei i cea imidazolic a histidinei poate juca un rol similar. Unele enzime
au avantaje datorit legrii coenzimelor, aa ca tiaminul, biotinul, piridoxiaminul,
sau tetrafolatuitului, pentru a obine reageni nucleofilici suplimentari.
La fel exist numeroase enzime care leag ionii metalelor pentru a forma
complexe cu substraturile. Metalele servesc c grupe electrofilice, mai degrab
16
dect hidrofile. Anhidraza carbnic conine Zn+2, care se leag la substrat, ionul
de hidroxid a unui din substraturi servind ca ligand. Gruplul OH- legat se leag de
alt substrat, CO2. n alcool dehidrogenaza i enzimele proteolitice termolizina i
carboxipeptidaza A, Zn2+ formeaz complex cu oxigenul carbonilic al
substratului. Retragerea electronilor de ctre Zn+ sporete sarcina parial pozitiv a
complexului cu oxigenul carbonilului substratului, ceia ce duce la sporirea sarcinii
parial pozitive la carbonil carbon, n aa fel promovnd reacia cu nuclefilul.
Flexibilitatea structural poate spori specificitatea enzimelor
17
1. Multe din reaciile care sunt posibile din punct de vedere termodinamic n-au loc
la o vitez apreciabil din cauza necesitii energii de activare. Ce nseamn
aceasta n termeni moleculari?
2. Ce nsemn n termini moleculari diminuarea energiei de activare provocat de
enzime?
3. Care sunt avantajele utilizrii enzimelor ca catalizatori n locul catalizatorilor
chimici?
4. Energia de activare a reaciei 2H2O2 =2H2O+O2 la 20oC este de kal/mol. n
prezena platinei coloidale 13 kal/mol, iar a enzimei catalaza 7 kal/mol.
Facei schemele energetice ale reaciei n cele trei cazuri
Enunai prioritatea catalazei
Enunati alt cale de accelerare a descompunerii hidrogen peroxidului.
De ce catalaza este acumulat n peroxisome?
Proprietatea enzimei ca catilazator , proprietate a enzimei ca protein (P) Nu
este corect pentru enzim (N)?
Conin circa 5% din suprafaa centru activ C
Accelereaz reacia prin diminuarea energiei de activare
Poate spori rata reaciei exergonice i nu endergonice (N)
Complexe tranziente cu moleculele reactante
Este sensibil la variaia pH-ului mediului
Demonstreaz un nivel mare de specificitate fa de substrat
Denatureaz moleculele substratului, prin aceasta slbind legturile i sporind
probabilitatea ruperii lor (N)
De obicei este stabil fa de temperatur (N)
.De ce temperatura i pH influeneaz viteza reaciilor enzimatice?
Tripsina de obicei degradeaz diferite lanuri polipeptidice, atunci cnd
dehidrogenaza ca regul este specific absolut de fiecare substrat. Explicai?
Subtilizina este o proteaz din bacterii care scindeaz orice legtur peptidic,
atunci cnd tripsina scindeaz doar legturile din partea carboxile a argininei i
lizinei. Care diferene pot fi ateptate n site-ul activ al ambelor enzime.
Unele exemple despre activitatea enzimelor
18
Atenia deosebit este pentru enzimele, pentru care a fost obinut structura
cristalin, datorit faptului c cele mai importante rezultate privind nelegerea
mecanismelor reaciilor enzimatice au fost obinute anume cu aceste enzime.
Proteazele serinice: Enzime ce utilizeaz resturile serinei pentru cataliza
nuclofilic. Proteazele serine reprezint o larg familie de enzime proteolitice, care
ca mecanism cataliza nucleofilic cu restul serinei ca un activ nucleofil. Cei mai
bine cunoscute sunt enzimele digestive cum ar fi: tripsina, hemotripsina, i
elastaza Ele se sinttizeaz n pancreasul mamiferelor n form de precursori
inactivi, denumii zimogene. n intestine ele sunt activate proteolitic. n sistemul
digestiv, tripsina, himotripsina i elastaza lucreaz n ansamblu. Ele sunt
endopeptidaze, dar fiecare prefer legturi ale unor acizi aminici specifici. Tripsina
prefer reziduurile de lizin i arginin, himotripsina prile aromatice
(fenilalanin, tirozin i triptofan), iar elastaza reziduurile mici monopolare, aa ca
alanina. Carboxipeptidazele A i B , care nu sunt proteaze serine, scindeaz
legturile peptidice la captul carboxilic. O ptrime din secvenele celor trei
enzime sunt similare, iar intre tripsin i himotripsin jumtate. Ele sunt foarte
asemntoare structural. Divergena unui comun predecesor.
Subtilizina din Bacillus subtilis este complet diferit dup structura primar i
form i poate fi exemplu al evoluiei convergente. n centru activ intr His57,
Asp102 i Ser195 la himotripsin. Particularitile au fost demonstrate cu ajutorul
diferitor inhibitori.
Ribonucleaza A Reglajul catalizei acid-Baz concertat
Hidrolizeaz RNA scindnd legtura eteric P-O la 5 carbonul ribozei, fiind
specific bazelor pirimidinice, citozinei i uracilei la partea 3 a legturii fosfate
care se scindeaz. A fost prima enzim sintetizat chimic, fiind activ. A doilea
enzim sicvenat n anul 1960 de More i Stein. Conine 124 acizi aminici.
Ribonucleaza A nu catalizeaz ADN, de oarece lipsete grupa OH la C2, necesar
pentru formarea intermediatului. n centrul activ intr His 12 i His 119, fiind
foarte importani. La fel ca i lizina 41.
Sumar.
Ca i n cataliza chimic, enzimele interacioneaz cu substraturile n mod specific,
care diminueaz Ea a strii de tranziie.
1.. Mecanismele tuturor reaciilor enzimatice depinde de urmtorii cinci factori:
a. Efectele de proximitate (enzimele in reactanii aproape unul de altul n
orientarea necesar).
19
b. Cataliza general-acid i general baz (grupele acide sau baze dau sau iau
protonul i deseori realizeaz primul element, iar ulterior al doilea).
c .efectele electrostatice (grupele cu sarcini sau polare ale enzimelor favorizeaz
redistribuirea sarcinilor electrice care trebui s se realizeze pentru a converti
substratul n starea de tranziie).
d. cataliza nucleofilic sau electrofilic (grupele funcionale nuclofilice sau
electrofilice ale enzimei sau a cofactorului reacioneaz cu grupele complementare
ale substratului pentru a forma legturi covalente intermediare).
e. Flexibilitatea structural (schimbarea structurii proteinei poate mri
specificitatea reaciilor enzimatice asigurnd formarea legturilor sau realizarea
reaciilor n ordin obligatoriu i sechestrnd substratul legat n buzunare care sunt
protejate de penetrarea solventului).
2. Serin proteazele tripsina, himtripsina i elastaza au o structur foarte similar,
dar au buzunare (sufluri), care sunt asamblate pentru aminoacizi diferii din lanul
lturalnic. Sit-ul activ al fiecrei enzime conine aceiai aminoacizi activi, serina
histidina i asparagina, amplasai n aa fel c grupa hidroxil a serinei devine
puternic nucleofil pentru a reaciona cu carbonul substratului din legtura
peptidic. Aceast reacie genereaz un intermediat acil-enzim. Formarea i
hidroliza lui, probabil, iniiaz interaciuni electrostatice ce genereaz structuri
tetraedrice a strii de tranziie i prin cataliza generalacid sau general-baz.
3. RNA-aza A hidrolizeaz RNA n sit-urile adiacente bazelor pirimidinice.
Reacia se petrece prin formarea intermediatului dieterului ciclic 2-3 fosfat.
Probabil, hidroliza acestui eter este promovat prin corelarea catalizei general
bazice i general acide a dou resturi ale histidinei, i prin interaciunile
electrostatice cu dou lizine. Aceste reacii pot avea loc prin dou intermediate
pentavalente cu fosforul. Geometria acestor intermediate se aseamn cu cea ale
compuilor vanadatului care acioneaz ca inhibitori a enzimei.