Dinamica moleculara: Introducere

In conditii fiziologice, biomoleculele sufera mai multe miscari si modificari

Scara de timp a acestor miscari este intre femtosecunde si secunde

Aceste miscari sunt esentiale pentru functia biomoleculelor

Dinamica moleculara se bazeaza pe legea a doua a dinamici (legea lui Newton):

Miscarea atomilor x(t)

Se deduce din energia potentiala V(x)

Energia potentiala V(x) a unei molecule include termeni de legatura

Deformarea legaturii

Indoirea unghiurilor

Rotatia de torsiune

Diedre improprii

si termeni de nelegatura
Interactiuni electrostatice

Interactiuni Van der Waals

Ecuatia pentru termenii de legatura din energia potentiala

ur
Vbonded ( R )

k (l l )
l

bonds

k
0

angles

k ( 0 ) 2

impropers

torsions

Ecuatia pentru termenii de nelegatura

ur
rijmin 12
rijmin 6
qi q j
Vnonbonded ( R ) ( [(
) 2(
) ]
ij rij
rij
4 r 0 rij
i j
Fiecare dintre aceste interactiuni exercita o forta asupra unui atom dat din molecula
Forta rezultanta se calculaza din functia energiei potentiale
Daca se cunoaste forta asupra unui atom se calculeaza miscarea:

Dinamica moleculara: Introducere

La un moment de timp, t trebuie cunoscute:

pozitia initiala a fiecarui atom x1

viteza v1 = dx1/dt

An [1 cos(n 0 )]

si acceleratia a1 = d2x1/dt2 = m-1F(x1)

Pozitia x2 , a atomului dupa un interval de timp t este,

x2 x1 v1t
iar viteza v2,

v2 v1 a1t v1 m 1 F ( x1 )t v1 m 1

dV
dx

x1