Infrastructura deschisă pentru rezultate(OIO)

Open Infrastructure for Outcomes(OIO):

Sistem de informare flexibil și sigur pentru clinicieni și cercetători

OIO permite medicilor, cercetătorilor și altor nonprogramatori să creeze și să mențină înregistrări

flexibile și portabile pentru pacienți / cercetători.Scopul său este de a realiza "Sfântul Graal" al
portablității datelor așa cum este descris elegant de John G. Faughnan.

Componentele majore ale sistemului OIO sunt serverul OIO și OIO Library. Serverul OIO este un sistem
foarte flexibil de gestionare a datelor bazat pe web care gestionează utilizatorii, pacienții și informațiile
despre pacienți. (Desigur, același sistem poate gestiona la fel de ușor informațiile despre clienți, facturi,
expedieri și conturi.)

Biblioteca OIO este un depozit de metadate care facilitează partajarea metadatelor (de exemplu,
formularele web plug-and-play, descrierile proiectelor) între utilizatori și între serverele OIO. Biblioteca
OIO găzduiește, de asemenea, o bază de date publică / deschisă de conținut a proiectelor software open
source și a documentelor conexe.

Scurt rezumat

 Utilizatorii sistemului OIO pot utiliza propriile browsere web pentru a crea și edita "formulare"
care sunt imediat capabile să colecteze date prin browsere web.
 Aceste formulare web conțin elemente de întrebare care restricționează informațiile care pot
apărea în formular. Întrebările pot fi "goale", "pickone", "pickmany", "area text", "imagine",
"scală vizuală analogică", "hip range of motion" etc. Regulile de validare definite de șirurile de
expresii regulate pot fi folosite pentru a restricționa introducerea textului (action = "template").
Elementele interactive cum ar fi scalele analogice vizuale și gamele de mișcare de șold
(implementate în Java Applet și / sau Javascript) sunt disponibile pentru a fi inserate în formulare
fără programare.
 Odată ce un formular este definit, acesta poate fi utilizat pentru a colecta date. Acest lucru este
la fel de simplu ca și selectarea unui pacient, selectarea unui formular și completarea
formularului.
 Formularele pot fi exportate ca XML și pot fi încărcate într-un depozit de metadate, cum ar fi
Biblioteca OIO și re-importate într-un alt server OIO pentru reutilizare.
 "Fluxurile de lucru" pot fi definite pentru a automatiza activarea formularelor.
Branch_on_condition, send_email și alte workflow_actions furnizează instrumente la nivel
înalt pentru modelarea rapidă a dezvoltării aplicațiilor web de cercetare medicală și clinică.
 "Schedules" use "scheduled_workflow" response actions to support user-definable event types.
Year, Month, Week, and day views are available.
 "Scheme" utilizează acțiuni de răspuns "planificat" pentru a sprijini tipurile de evenimente
definite de utilizator. Anul, luna, saptamana si ziua sunt disponibile.
 După colectarea datelor, se pot genera rapoarte online. Aceasta implică crearea de seturi de date
care pot combina datele din forme arbitrare. Odată ce un set de date este creat, acesta poate fi
interogat online prin operații logice (și, sau și nu)
 "Rapoartele live" care organizează datele în tabele asemănătoare foilor de calcul tabelar pentru
analiza și exportul statistic sunt, de asemenea, disponibile.
 Seturile de date pot fi, de asemenea, exportate ca fișiere XML delimitate în virgulă sau pentru
analiza off-line în Microsoft Excel, SPSS, SAS sau alte programe statistice
 Brainstorm
INTRODUCERE
Brainstorm este o aplicație colaborativă, open-source dedicată analizei înregistrărilor creierului:
MEG, EEG, fNIRS, ECoG, electrozi de adâncime și electrofiziologie animală.
Obiectivul nostru este de a împărtăși un set cuprinzător de instrumente prietenoase utilizatorilor
comunității științifice, folosind MEG / EEG ca tehnică experimentală. Pentru medici și cercetători,
principalul avantaj al lui Brainstorm este interfața grafică bogată și intuitivă, care nu necesită
cunoștințe de programare. De asemenea, punem accentul pe aspectele practice ale analizei
datelor (de exemplu, cu scripting pentru analiza lotului și proiectarea intuitivă a conductelor de
analiză) pentru a promova reproductibilitatea și productivitatea în cercetarea MEG / EEG. În cele
din urmă, deși Brainstorm este dezvoltat cu Matlab (și Java), nu este necesar ca utilizatorii să
dețină o licență Matlab: versiunea executabilă, independentă de platformă (Windows, MacOS,
Linux) este disponibilă în pachetul descărcat. Pentru a obține o prezentare generală a interfeței,
puteți viziona acest videoclip introductiv. http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Screenshots
Deoarece proiectul a început până la sfârșitul anilor 1990, serverul nostru a înregistrat mai mult
de 15.000 de conturi.

Suport
Acest software a fost generat în primul rând cu sprijinul Institutului Național de Sănătate în cadrul
granturilor 2R01-EB009048, R01-EB009048, R01-EB002010 și R01-EB000473.
Suportul primar a fost furnizat de Centrul National de Recherche Scientifique (CNRS, Franta)
pentru Laboratorul de Cognitive Neuroscience si Imaging Brain (Spitalul La Salpetriere si
Universitatea Pierre & Marie Curie, Paris, Franta) si Institutul Neurologic de la Montreal catre MEG
Programul de la Universitatea McGill.
 Sprijinul suplimentar a fost, de asemenea, din două subvenții de la Agenția Națională de Cercetare
franceză (ANR) la Unitatea de Cognitivă pentru Neuroștiințe (PI: Ghislaine Dehaene, Inserm / CEA,
Neurospin, Franța) și la proiectul ViMAGINE (PI: Sylvain Baillet; BLAN-0250) și de către Centrul de
Epilepsie din Clinica Neurologică din Cleveland.

Ce putem face cu Brainstorm

 Digitizează poziția electrozilor EEG și forma capului subiectului
Aplicația Brainstorm permite conectarea la un dispozitiv Polhemus și colectarea punctelor capului
digitizat și / sau a locațiilor senzorilor EEG.
Aplicația este concepută pentru două receptoare (adică stiloul și referința) și un transmițător.
Conexiunea cu dispozitivul se face printr-o conexiune de port serial. Acest lucru se poate realiza
utilizând o conexiune directă în serie sau printr-o conexiune USB-la-Serial la computerul gazdă.

Sistemul Polhemus cu două receptoare și un transmițător

Setarea tipică Polhemus

 Sprijin pentru multiple modalități: MEG, EEG, sEEG, ECoG, LFP pentru animale, NIRS
Tutoriale si mai multe informatii:
MEG - http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/Auditory
EEG - http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/Epilepsy
sEEG si ECoG - http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/News#February_2015
LFP pt animale - http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/News#June_2015
NIRS - http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/NIRSFingerTapping

 Citiți datele din cele mai populare formate de fișiere

EEG / Electrofiziologie

 ANT EEProbe continuous (.cnt)

 ANT ASA (.msm/.msr)
 BDF / BDF+ (Biosemi 24bit binary)
 BESA exports (.avr, .mul)
 Blackrock NeuroPort (.nev, .nsX)

Atlasuri de suprafata

 BrainSuite (.dfs)

 FreeSurfer (.annot, .label)

Senzor de locatie

 ANT Xensor (.elc)

 BESA (.sfp, .elp, .eps/.ela)
 BrainVision CapTrak (.bvct)
 BrainVision electrode file (.bvef)

 Acces interactiv la fișierele de date în formate originale

Tutorial: http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/ReviewRaw

 Date de import în Matlab

Tutorial: http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/Scripting#Custom_processing

 Importul și ordonarea datelor într-o bază de date bine organizată

Tutorial: http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/CreateProtocol#Database_structure

 Detectarea automată a unor artefacte bine definite: clipiri oculare, batai de inimă
Tutorial: http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/ArtifactsDetect
 Detectarea studiilor rele / canalelor rele
Tutoriale:
http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/BadSegments
http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/BadChannels
 Etc...

Biografie:
http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/TutDigitize
http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Introduction#Supported_file_formats
http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Introduction#Supported_file_formats