Clasificare și identificare

Articol principal: Clasificarea bacteriilor.

Cultură de E. coli, unde fiecare punct reprezintă o altă colonie.

Cultură bacteriană realizată pe un mediu solid.

Scopul clasificării taxonomice este de a descrie și de a diferenția ampla diversitate de specii bacteriene
existente, conferind denumirile necesare taxonilor și grupând organismele pe baza unor caractere
comune. Bacteriile pot fi clasificate pe baza mai multor criterii diferite, precum structura celulară,
metabolismul și pe baza anumitor componenți celulari, precum ADN-ul, acizii grași, pigmenții secretați,
antigenele și chinonele.[140] Totuși, deși de cele mai multe ori aceste criterii permit identificarea și
clasificarea unor tulpini bacteriene, nu este clar dacă aceste diferențe au reprezentat variații între specii
diferite sau între tulpini diferite ale aceleași specii. Această incertitudine se bazează pe lipsa unor
structuri distinctive la majoritatea bacteriilor, dar și transferului orizontal de gene dintre speciile diferite,
[180] ceea ce face ca bacteriile înrudite să prezinte aspecte de morfologie și de metabolism foarte
diferite. Din această cauză, tocmai pentru a elimina riscul incertitudinii, clasificarea bacteriană actuală se
bazează pe utilizarea unor tehnici moleculare moderne, de filogenie moleculară, precum sunt
determinarea raportului de guanină/citozină, hibridizarea genom-genom sau secvențierea genelor care
nu au suferit procese ample de transfer orizontal, precum sunt genele ARNr.[181]

Comitetul Internațional de Sistematică a Procariotelor (ICSP) este organismul desemnat cu

nomenclatura, taxonomia și normele după care se realizează clasificarea organismelor procariote.[182]
ICSP este responsabil de publicarea Codului Internațional de Nomenclatură a Bacteriilor, o listă a
denumirilor aprobate pentru speciile și taxonii bacterieni.[183] De asemenea, ICSP publică și Jurnalul
Internațional de Bacteriologie Sistematică (International Journal of Systematic Bacteriology)[184] și
Manualul de Bacteriologie Sistematică Bergey (Bergey's Manual of Systematic Bacteriology).[185]

Termenul de „bacterie” era utilizat în mod tradițional pentru desemnarea tuturor organismelor
procariote unicelulare și microscopice. Totuși, cercetările recente de sistematică moleculară au indicat
faptul că organismele procariote alcătuiesc de fapt două domenii separate, denumite original Eubacteria
și Archaebacteria, și denumite în prezent Bacteria și Archaea, care au evoluat în mod independent de la
același strămoș comun.[1] Arheele și eucariotele sunt mai înrudite între ele decât sunt oricare dintre cele
două cu bacteriile. Aceste două domenii, împreună cu Eukarya, alcătuiesc baza unui sistem de trei
domenii, care este cel mai utilizat sistem în mod curent în microbiologie.[42] Din cauza introducerii
relativ recente a metodelor de sistematică moleculară și a creșterii rapide a numărului de secvențe
genomice disponibile, se poate concluziona faptul că procesul clasificării bacteriilor este un domeniu
schimbător și care se extinde rapid.[5][186] Unii biologi ar susține idea că arheele și eucariotele au
evoluat din bacteriile Gram-pozitive.[49]

Celule de Streptococcus mutans vizualizate cu ajutorul colorației Gram. Fiecare punct violet reprezintă o
celulă bacteriană.

Celule de Mycobacterium tuberculosis vizualizate cu ajutorul colorației Ziehl-Neelsen.

Identificarea bacteriilor în laborator este în particular importantă în domeniul medicinei, unde

determinarea speciei cauzatoare a unei infecții este de o deosebită importanță pentru aplicarea
tratamentului corespunzător. Astfel, necesitatea identificării agenților patogeni bacterieni la om a dus la
dezvoltarea mai multor tehnici de identificare bacteriană.[187]

Colorația Gram, o metodă dezvoltată în anul 1884 de către Hans Christian Gram, ajută la diferențierea
bacteriilor pe baza particularităților structurale ale peretelui celular.[96] Metoda constă în menținerea
unor mostre de celule bacteriene într-o serie de coloranți, urmând la final ca interpretarea să se facă în
funcție de afinitatea tinctorială a peretelui celular (cu alte cuvinte, dacă acesta se colorează sau nu).[188]
Astfel, peretele celular gros al bacteriilor Gram-pozitive se va colora în violet, iar peretele subțire al
bacteriilor Gram-negative se va colora în roz deschis. Prin combinarea aspectelor de morfologie cu
afinitatea în colorația Gram, majoritatea speciilor bacteriene pot fi clasificate în una din patru mari grupe
(coci Gram-pozitivi, bacili Gram-pozitivi, coci Gram-negativi și bacili Gram-negativi). Totuși, există și specii
a căror identificare se realizează utilizând alte metode de colorație, cum este cazul micobacteriilor sau
nocardiilor, care prezintă acid-rezistență și se colorează cu ajutorul colorației Ziehl-Neelsen sau a altor
metode.[189] Alte organisme pot fi identificate doar în urma cultivării pe medii speciale, sau prin
utilizarea unor tehnici speciale, precum sunt cele serologice.[190]

În diagnosticul medical se utilizează tehnici de cultivare, prin intermediul cărora se realizează creșterea și
identificarea anumitor bacterii și inhibarea creșterii unor specii nedorite. Adesea, aceste metode sunt
specifice; de exemplu, pentru o mostră de spută se vor realiza culturi pentru identificarea unor agenți
cauzatori ai pneumoniei, în timp ce în mostrele de scaun se dorește identificarea unor organisme
cauzatoare ale diareei. În toate aceste cazuri, se dorește inhibarea creșterii bacteriilor non-patogene.
Mostrele care se prelevă sterile, precum sângele, urina sau lichidul cefalorahidian, se cultivă în condiții
speciale care permit creșterea tuturor bacteriilor.[140][191] Odată ce un organism patogen a fost izolat,
acesta poate fi caracterizat din punctul de vedere al morfologiei, particularităților de creștere (de
exemplu, creștere aerobă sau anaerobă), al producerii hemolizei și al afinităților tinctoriale.[187]

Ca și în cazul clasificării, în identificarea bacteriilor se utilizează din ce în ce mai mult metodele

moleculare. Diagnosticul pe baza metodelor ADN, precum este reacția de polimerizare în lanț, sunt din
ce în ce mai populare, datorită specificității lor ridicate și a rapidității de desfășurare, în comparație cu
metodele de cultivare.[192] Aceste metode permit detectarea și identificarea celulelor care sunt active
din punct de vedere metabolic, dar care nu se divid, deci care nu pot fi cultivate pe medii de cultură.
[193] Totuși, chiar și utilizând metodele descrise, numărul total al speciilor bacteriene nu este cunoscut și
nici nu poate să fie estimat cu certitudine. Conform clasificării actuale, sunt cunoscute în jur de 9.300 de
specii de procariote, incluzând bacteriile și arheele.[194] Unele estimări ale diversității bacteriene
plasează numărul total al speciilor în jurul valorilor de 107 până la 109, cu toate că aceste estimări ar
putea fi eronate cu câteva ordine de mărime.[195][196]