UNIVERSITATEA

POLITEHNICA
TIMIŞOARA

STUDII MASTER
EB

1
www.medinfo.umft.ro/dim/
bioinformatica.htm

2
BIOINFORMATICA
STRUCTURALA - II
Prof Dr George I Mihalaş
UMF Victor Babeş

3
CURSUL 3

4
 Planul cursului
1. Citometria de flux
– Principiul metodei
– Structura echipamentelor
– Interpretarea rezultatelor
2. Tehnici de secvențiere
– Secvențierea proteinelor
– Secvențierea acizilor nucleici
3. Alte tehnici
– Microarrays
– PCR

5
1.Citometria de flux
Flow citometry

6
1. Fundamentare teoretică
• Principiul Coulter – modificarea impedanței la trecerea unei particule
printr-un orificiu îngust, într-o soluție [f(V, ...)]

• Imunofluorescnța
– activare pe anticorpi

By Reimar Spohr - Own work, CC BY-SA 3.0,

https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=16938198 7
2. Potențialul celular
- determinare – microelectrozi
(~1 μm): ~ -60 - -90 mV (- int.)
- explicație: canale membranare
pentru ioni (Na+, K+, Cl-):
int ext Tendinta
Na+ 5 140 ΔE: ei ΔC: ei  ei
K+ 150 10 ΔE: ei ΔC: ie  ~ 0
Cl- 5 100 ΔE: ie ΔC: ei  ~ 0

- dar: PNa << PK ~ PCl 

pompa Na+ K+,
cu consum ATP

8
3. Structura unui flow-citometru
• Sursa fluxului – fascicul lichid
• Sistem de măsurare (impedanță)
• Sisteme optice
• Detectoare

9
• Sistemele optice - lămpi, lasere
• Ar, redHeNe, greenHeNe, HeCd, leds
• Detectoare lumina difuzată, CAD

10
4. Aplicații (diagnostic)
- numărare de celule
- sortare celulară
- detecție biomarkeri
- inginerie proteică

11
2. Tehnici de secvențiere

12
 2.1. Secvențierea proteinelor
1. Structura proteinelor
2. Determinarea compoziției în aminoacizi (aa)
• Hidroliza (”digestie”, proteaze)
• Separare – tehnici cromatografice (partiție între faze)
• Analiza cantitativă (markeri: culoare, fluorescență)
3. Analiza aa N-terminal
4. Analiza aa C-terminal
5. Degradarea Edman
• Fragmentare în lanțuri sub 50 aa
6. Spectrometrie de masă
7. Predicție din secv. ADN

13
 2.2. Secvențierea acizilor nucleici
1. Structura acizilor nucleici
2. Secvențierea Sanger (”chain-termination”)

16
2. Secvențierea Sanger (cont.)
- marcare radioactivă sau fluorescentă
- separare: cromatografie / electroforeză capilară
3. Metode avansate și secvențiere de novo
- secvențierea ”shotgun”
- metode HTP (”High-ThroughPut)
3. Alte metode

19
 3.1. Microarrays

1. Definiție: colecție de probe f.mici (10-12 moli) pt. a măsura

”expresia” unor molecule
2. Tipuri: ADN/ARN, proteine, gene
3. Microarrays ADN

20
4. Microarrays proteine

21
 3.2. PCR - Polymerase Chain Reaction
Definiție: amplificarea unei porțiuni ADN înafara celulei

22
23
PAUZA

24