Similar analizei RFLP, primul pas al analizei minisatelitilor implica digestia ADN-ului genomic cu ajutorul unei enzime de restrictie.

Minisatelitii consatu din repetitii in tandem care de cele mai multe ori arata lungimea polimorfismului, polimorfism ce rezulta in urma unui crossing-over sau a unei conversii a genelor. Hibridizarea ADN-ului genomic folosind secventa de interes a unui minisatelit produce un model sub forma unui cod de bare. Gradul inalt al polimorfismului minisatelitilor a revolutionat identificarea genetica a subiectilor umani tehnica care a si fost denumita amprentare ADN (DNA - fingerprinting). Cu toate acestea, deoarece aceasta analiza reprezinta o provocare din punct de vedere tehnic si deoarce majoritatea markerilor necesita ADN de o puritate ridicata, in prezent multe studii se realizeaza pe baza markerilor PCR.