Primii markeri moleculari adevarati au fost alozimele sau termenul mai des folosit izoenzimele (termenul de alozima derivand

d din contractia expresiei variatii alelice ale enzimelor). Alozimele sunt variatii alelice ale enzimelor a caror distinctie se realizeaza prin electroforeza. Pentru vizualizarea benzilor electroforetice, gelul este tratat cu coloranti specifici enzimelor, gelul este plasat intr-o solutie care contine substratul enzimatic, cofactori adecvati si un colorant (de exemplu nitro-blue tetrazolium). Primele studii, care au utilizat electroforeza pe gel de amidon, asupra subiectilor umani si a Drosophilei au pus in evidenta polimorfisme in cadrul populatiilor naturale ale acestor specii. Acest lucru este probabil cea mai importanta mostenire a acestui sistem de markeri. Datorita costului redus, a faptului ca sunt codominanti si au o reproductibilitate mare, acest tip de markeri izoenzimatici au fost utilizati mai ales in genetica populatiilor. Dezavantajul lor consta insa in numarul scazut de loci (sub 90) si in faptul ca sunt metode indirecte in detectia variatiilor la nivelul ADN-ului