SISTEME IMAGISTICE MEDICALE - Lucrarea 1

Sisteme de achiziie i prelucrare a imaginilor. Formate de imagine

Scopul lucrrii: prezentarea unui sistem de achiziie i prelucrare a imaginilor, achiziionarea de

imagini utiliznd achizitorul din laborator, prezentarea pachetelor de programe software pentru
prelucrri de imagini i a formatelor de imagine cu care acestea opereaz.
1. Preluarea, eantionarea i cuantizarea imaginilor
Dispozitivul cel mai rspndit pentru preluarea imaginilor este camera TV. Aceasta baleiaz
scena din faa obiectivului linie cu linie furniznd la ieire un semnal electric ce apreciar variaia
luminozitii n lungul fiecrei linii. Eantionnd si convertind numeric acest semnal se obine o imagine
digital.
Imaginile din lumea nconjurtoare prezint caracteristici de continuitate att ca suprafa, ct i
in ceea ce privete tranziiile de la o nuan la alta. Eantionarea i cuantizarea unei astfel de imagini
conduce la obinerea, n final a unei matrici de imagine ale crei elemente codific luminozitile
pixelilor. Organizarea n octei a memoriei calculatoarelor actuale face ca adesea s se lucreze cu 256
niveluri de luminozitate, codificnd albul cu 255 i negrul cu 0, chiar dac natura ochiului uman nu
permite distingerea a mai mult de 100 de niveluri de luminozitate La monitoarele alb-negru
obinuite, cu 16 niveluri de luminozitate, se obine o nuanare satisfctoare Cum ins 16 niveluri se
pot obine cu 4 bii, aceeai imagine va ocupa n memoria calculatorului o zon de memorie de dou
ori mai mic dect cea cu 256 de niveluri, care poale fi codificat doar pe 8 bii. In aplicaiile uzuale
luminozitatea se poate codifica pe 3 pn la 6 bii, n timp ce n aplicaiile mai pretenioase, ca de
exemplu tomografia, se utilizeaz, de obicei, 11 sau 12 bii pentru codificare, deci apar 2048 sau
4096 de niveluri de luminozitate.
O imagine digital este caracterizat de o rezoluie spaial care reprezint numrul de pixeli din
imagine i o rezoluie de luminozitate ce privete modul de codificare al pixelilor.
2. Structura sistemelor de prelucrare a imaginilor
Un sistem de prelucrare digital a imaginilor este compus, n general, dintr-o camer TV, o
interfa de achiziie dotat cu un convertor A/D, o memorie de imagine i un calculator. Imaginea
digital, preluat prin intermediul camerei TV, este stocat de obicei pe discul magnetic al
calculatorului sub forma unui fiier. Prelucrarea imaginii nseamn rularea unuia sau a mai multor
programe, care ncarc imaginea din fiierul de pe disc, o prelucreaz n conformitate cu cerinele
utilizatorului i apoi salveaz imaginea rezultat. Pentru vizualizarea imaginii rezultat se utilizeaz fie
un monitor TV legat la ieirea video a unui calculator prin intermediul unui convertor digital-analogic,
deci printr-un dispozitiv care s realizeze transformarea imaginii n semnal TV, fie un dispozitiv raster
cu memoria de rastru corespunztoare unei imagini. Un display color se dovedete util, ochiul uman
sesiznd mai bine culorile dect nivelurile de luminozitate.
Transferul, dar mai ales prelucrarea imaginilor, presupune existena unei memorii interne de
dimensiuni relativ mari, precum i posibilitatea de acces la nivel de pixel n memoria de imagine. De
asemenea, calculatoarele trebuie ia mai aib n componena lor uniti de disc de dimensiuni suficient
de mari astfel nct s permit stocarea, pe lng programele de prelucrare, a suficiente imagini.
Structura unui sistem de achiziie i prelucrare digital imaginilor se prezint dup modelul din
figura 1:

Camera
TV

A/D

TRIG

Memorie
de imagini
START

Canal
date
Calculator

Interfaa video

Interfaa
Plotter

PLOTTER

Interfaa
Printer

PRINTER
grafic

Interfaa
Monitor

Monitor
TV

Figura 1 Sistem de achiziie i prelucrare digital a imaginilor

3. Pachet de programe specializat n prelucrri de imagini: DIGIMAG
Pachetul de programe DIGIMAG reprezint un nucleu destinat dezvoltrii aplicaiilor de
procesare i analiz a imaginilor cu niveluri de gri. Conceput sub forma unei aplicaii WINDOWS,
utiliznd mediul de programare Visual C++, DIGIMAG asigur att o serie de funcii primitive
necesare achiziionrii imaginilor, salvrii i ncrcrii acestora n i din fiiere tip, procesrilor uzuale
i recunoaterii formelor. Utilizatorii pot exploata pachetul folosindu-se fie numai de funciile de baz
disponibile fie extinzndu-l cu funcii proprii capabile de a se interfaa cu rutinele intrinseci ale
nucleului i cu structurile de date asociate.
Lansarea n execuie a programului se poate face n oricare din modurile specifice WINDOWS
(dublu clic pe numele asociat din Explorer, din meniul Start/ Run/, etc.). Dup lansare utilizatorul
poate solicita ncrcarea unui fiier de imagine (*.BMP) Figura 2.

Figura 2 Prezentarea programului DIGIMAG

2

Pachetul de programe DIGIMAG, n versiunea actual, conine:

rutine de salvare-restaurare n i din fiiere cu diferite formate grafice: BMP, JPG, GIF, TIFF,
DICOM;
rutine de procesare a imaginilor:
operaii punctuale: operatori min, max, negativ, modificarea on-line a strlucirii i / sau a
contrastului imaginii, etc.
operaii cu histograme: calculul i afiarea histogramei imaginii, egalizarea histogramei,
netezire, determinarea minimelor i maximelor locale;
operaii locale: filtrare prin mediere (de tip trece-jos), filtrare median, operatori derivativi
de ordinul I (Roberts, Prewitt, Sobel, Gradient), de ordinul II (Laplacian) i operatori de
ascuire (sharpening);
segmentare prin detecia regiunilor: segmentare multi-prag, determinarea regiunilor
conectate, filtrarea regiunilor, extragerea trsturilor obiectelor din imagine;
segmentare prin detecia contururilor: determinarea punctelor de contur, subiere,
aproximarea poligonal a contururilor;
operaii globale: transformate Fourier directe i indirecte, filtre;
operatori morfologici: erodare, dilatare, nchidere, deschidere, subiere;
funcii generale: conversie tipuri de date, conversie cartezian polar, generator de zgomote (de tip
uniform, gaussian, sare i piper);
rutine pentru msurtori interactive: calibrare, msurarea distanelor, etc.

4. Formate de imagine
n principal exist dou metode de baz utilizate la stocarea informaiilor de natur grafic n
fiiere: reprezentarea numeric numit BITMAP (hart de bii) n care fiecare pixel al imaginii este
reprezentat printr-un numr i reprezentarea vectorial, care utilizeaz secvena de apeluri de funcii
prin care se creeaz imaginea.
Ambele tipuri de reprezentri sunt utile. Astfel reprezentarea numeric este singura posibil
pentru imaginile obinute prin scanare sau camere TV. n schimb, reprezentarea vectorial este util
pentru stocarea imaginilor sintetizate cu ajutorul sistemelor de proiectare asistat de calculator.
Reprezentrile necesit spaii de memorie destul de mari. Spaiul de memorie necesar unui
BITMAP este determinat de rezoluia dispozitivului i de numrul de culori afiabile simultan, fiind
acelai indiferent de complexitatea imaginii stocate. Din contra, mrimea unei reprezentri vectoriale
este determinat de numrul de primitive grafice din care este compus imaginea, fiind de regul mult
mai mic dect a unui fiier BITMAP care conine aceeai imagine.
4.1 Formatul BITMAP
Formatul BITMAP permite stocarea imaginii ntr-un fiier pe disc de orice dimensiune.
Informaiile de culoare pot s varieze de la un bit la 24 bii. Formatul BITMAP clasic este identic sub
platformele OS/2 i WINDOWS. n figura 3 se prezint structura general a formatului BITMAP.
Exist dou tipuri de formate BITMAP:
formatul alb-negru, unde fiecare pixel este codificat printr-un bit egal cu zero dac este afiat
negru, respectiv cu 1 dac este afiat alb;
formatul color, dependent de organizarea memoriei de imagine: cu mai multe plane de culoare,
fiecare coninnd un singur bit / pixel sau cu un singur plan coninnd mai muli bii consecutivi /
pixel, putnd fi afiat numai la un dispozitiv a crui memorie este organizat conform codificrii.

tmap

BMP FILE

BITMAP FILE HEADER

14 OCTEI
BITMAP INFO
BITMAP INFO
HEADER
RGBQUAD
DATE

Figura 3 Structura general a formatului BITMAP

Fiierul .BMP ncepe cu un header care este o structur de tip BITMAPFILEHEADER. Aceasta
este urmat de o structur BITMAPINFOHEADER. Cele dou tipuri sunt declarate astfel:
typedef struct tagBITMAPFILEHEADER
{
UINT bfType;
/* tipul fiierului; conine BM */
DWORD bfSize;
/* mrimea fiierului */
UINT bfReserved1;
/* = 0 */
UINT bfReserved2;
/* = 0 */
DWORD bfOffBits;
/* adresa relativ n fiier a codificrii
} BITMAPFILEHEADER;
imaginii */
typedef struct tagBITMAPINFOHEADER
{
DWORD biSize;
/* numrul de octei din structur */
LONG biWidth;
/* limea imaginii n pixeli */
LONG biHeight;
/* nlimea imaginii n pixeli */
WORD biPlanes;
/* = 1 */
WORD biBitCount;
/* numrul de bii/pixel: 1,4,8, sau 24*/
DWORD biCompression;
/* modul de compresie 0imagine necomprimat */
DWORD biSizeimage;
/* numrul de octei ocupai
de reprezentarea imaginii */
LONG biXPelsPerMeter;
/* rezoluia pe orizontal, n pixeli pe metru */
LONG biYPelsMeter;
/* rezoluia pe vertical, n pixeli pe metru */
DWORD biClrUsed;
/* numrul de culori utilizate */
DWORD biClrImportant;
/* numrul de culori importante */
} BITMAPINFOHEADER;
Dac biClrUsed este egal cu 0 i biBitCount este egal cu 1, 4, sau 8, atunci structura
BITMAPINFOHEADER este urmat de o tabel de culori, coninnd dou sau mai multe structuri
RGBQUAD (2 pentru un bit de culoare, 16 pentru 4 bii, 256 pentru 8 bii). Fiecare dintre ele definete
o culoare prin intensitile celor trei culori de baz: rou, verde, albastru. Tipul RGBQUAD este definit
astfel:
4

typedef struct tagRGBQUAD

{
BYTE rgbBlue;
/* intensitatea componentei albastru din culoare */
BYTE rgbGreen;
/* intensitatea componentei verde din culoare */
BYTE rgbRed;
/* internsitatea componentei rou din culoare */
BYTE rgbReserved; /* = 0 */
} RGBQUAD;
Dup tabela de culori urmeaz codificarea imaginii, ncepnd cu ultimul rnd de pixeli (rndul
de jos). Fiecare rnd este codificat parcurgnd pixelii de la stnga la dreapta.
4.2 Formate grafice cu compresie
Compresia imaginilor are un rol important n imagistica medical i are ca utilitate imediat
nregistrarea i / sau transmiterea ct mai eficient a imaginilor digitale. Compresia imaginilor permite
sistemelor de arhivare i transmisie reducerea spaiului ocupat de fiierele de imagine i implicit a
spaiului de stocare, cu meninerea informaiilor relevante pentru diagnostic. Teletransmisia imaginilor
beneficiaz i ea de pe urma compresiei prin reducerea timpului de transmisie. Dei capacitatea
mediilor de stocare este n continu cretere, este de ateptat ca volumul de date necomprimate
provenit din spitale s depeasc aceast capacitate.
nainte de prezentarea diferitelor metode de compresie, trebuie considerat motivaia utilizrii
compresiei. De exemplu, o imagine tipic prelevat cu raze X cu o rezoluie spaial de 2048x2560
pixeli reprezentai pe 12 bii are dimensiunea de aproximativ 10Mb, iar o imagine tipic de
mamografie achiziionat cu o rezoluie spaial de 4500x4500 pixeli reprezentai pe 16 bii ocup un
spaiu de stocare de aproximativ 40Mb.
Exist o serie de factori care trebuie luai n considerare i care influeneaz calitatea
compresiei. Acetia sunt:
numrul de bii per pixel (tipic 1, 8, 12, 16 sau 24);
utilizarea imaginilor cu niveluri de gri sau color;
utilizarea compresiei cu sau fr pierdere de informaie;
tipul de compresie utilizat (tipic JPEG sau Wavelet).
Imaginile pot fi comprimate cu sau fr pierdere de informaie. Compresia fr pierdere de
informaie (lossless) permite prin decompresie obinerea exact a imaginii iniiale fr a se pierde
date. Aceste metode sunt denumite metode de compresie reversibile. Rata de compresie pentru astfel
de metode poate varia funcie de coninutul imaginii ins valoarea tipic este de 2:1 pn la 3:1. Pe de
alt parte, compresia cu pierdere de informaie (lossy), care se bazeaz pe metode de compresie
ireversibile, permite rate de compresie de peste 100:1 n funcie de nivelul de calitate al compresiei i
de coninutul imaginii. Pentru niveluri de compresie de calitate superioar, ratele de compresie atinse
sunt mult mai mari dect cele obinute prin metoda anterioar, diferenele ntre imaginea original i
cea decomprimat fiind insesizabile ochiului uman. Comunitatea medical este ns reticent n
adoptarea acestor metode n practica clinic.
Cele mai populare metode de compresie adoptate i utilizate n mod curent de comunitatea
medical sunt:
lossless JPEG (Joint Photographic Experts Group);
lossless Wavelet.
JPEG a fost adoptat de ctre grupul DICOM (Digital Imaging and Communications in
Medicine) n elaborarea formatului fiierului de imagine DICOM, ns metodele de compresie ce
utilizeaz Wavelet ctig tot mai mult teren. DICOM a anunat deja noul format de fiier de imagine
bazat pe standardul JPEG 2000, ce utilizeaz compresia Wavelet.

4.3 Metode de compresie a imaginilor

n literatura de specialitate exist numeroase studii privind utilizarea metodelor de compresie n
imagistica medical. Acestea se concentreaz mai mult pe compresia fr pierdere de informaie
(lossless) a imaginilor, dar i compresia cu pierdere de informaii (lossy) ctig tot mai mult teren
odat cu creterea numrului de studii efectuate.
Compresia fr pierdere de informai (lossless) este realizat n dou etape, decorelarea i
codarea. Decorelarea imaginii are ca scop reducerea informaiilor redundante din imagine. Exist n
literatur mai multe metode de decorelare din care pot fi enumerate: modulaia diferenial n impuls a
codului (diferential pulse code modulation), interpolarea ierahic, codarea planului de bit (bit-plane
encoding) i autoregresia multiplicativ (multiplicative autoregression). Dintre metodele de codare
pot fi luate n considerare urmtoarele: codarea Huffman, codarea Lempel-Ziv, codarea aritmetic i
codarea RLE (run-length encoding).
Codarea Lempel-Ziv este utilizat n Unix pentru comprimarea fiierelor, dar i n cadrul
fiierului de imagine GIF. Metodele de codare Huffman i Lempel-Ziv pot fi aplicate cu succes pe
imagini MRI (de rezonan magnetic) cu bune rezultate mai bune in ceea ce privete rata de
compresie. Este utilizat de asemenea i codarea RLE pentru obinerea unor rate de compresie de cel
puin 2:1.
Modulaia diferenial n impuls a codului este o metod de codare predictiv acceptat pentru
decorelarea imaginilor. Aceast metod se bazeaz pe caracteristica pixelilor adiaceni care adeseori
sunt similari in ceea ce privete valoarea lor i de asemeni sunt strns corelai. Interpolarea ierarhic
este o schem piramidal de variaie a rezoluiei bazat pe eantionarea la nivel de sub-pixel. Se
starteaz metoda cu o versiune a imaginii iniiale cu rezoluie sczut i succesiv se genereaz noi
imagini cu rezoluie mrit, utiliznd interpolarea.
Compresia cu pierdere de informaii (lossy) utilizat n compresia imaginilor biomedicale
include scheme de codare adaptiv-predictive, transformata cosinus discret (DCT), transformata
Wavelet i metode de cuantizare vectoriale. n acest caz, compresia implic trei etape: transformarea,
cuantizarea i codarea fr pierdere de informaii. Imaginea iniial este divizat n subimagini (de
exemplu n blocuri 8x8 n cazul folosirii DCT), fiecare subimagine este supus unei transformri, este
cuantizat, iar coeficienii rezultai sunt codificai utiliznd scheme de codare de tip Huffman,
aritmetice sau RLE.
5. Modul de lucru
1. Se va urmri modul de conectare a camerei video Ia calculator, urmnd a se achiziiona
2-3 imagini utiliznd softul interfeei de achiziie. Imaginile achiziionate vor fi salvate n fiiere sub
diferite formate grafice ca : .BMP, .JPG, .TIF, etc.
2. Se va urmri eficiena metodelor de compresie din punct de vedere al dimensiunii
imaginilor salvate anterior.
3. Se ncarc diverse tipuri de imagini i se realizeaz modificarea strlucirii i a contrastului.
6. Exerciii
1. S se determine necesarul de memorie pentru o imagine achiziionat cu rezoluia de
320x200 pixeli cu 4 bii / pixel. Cte nivele de luminozitate se pot codifica pe 4 bii. Dar
pe 8 bii?
2. O imagine cu rezoluia de 200x200 pixeli reprezint o zon de dimensiune 10x10 cm. Ce
dimensiune are zona reprezentat de un pixel?
3. S se calculele viteza de transfer minim necesar pentru afiarea unei secvene de
imagini, fiecare avnd rezoluia de 300x150 pixeli, cu 256 nivele de luminozitate,
afiarea fcndu-se cu 30 de imagini pe secund.