Biosinteza proteică
1
• Tipuri de acizi nucleici
• Acidul deoxiribonucleic (ADN) – caracteristici structurale și
funcționale
• Tipuri de ADN - nuclear și mitocondrial
• Replicarea ADN
• Codificarea și transmiterea informației genetice conținută în ADN
– Codul genetic
– Transcrierea ADN în ARNm
2
Principalele tipuri de acizi nucleici și rolul lor în celulă
Acizii deoxiribonucleici (ADN)
-ADN nuclear – conține informația genetică codificată sub forma unor secvențe
deoxiribonucleotidice --> genomul = totalitatea genelor, organizate sub formă de
cromozomi (46 de cromozomi la H. Sapiens);
-ADN mitocondrial (ADNmt) – conține genele specifice sistemelor enzimatice
implicate în respirația celulară (lanțul transportor de electroni) – ADN circular
dublu catenar.
ARNm
ADN
ADNmt
ARNm
ARNt
aa + ARNt
ARNr
4
ADN – acidul deoxiribonucleic
• ADN este o macromoleculă, un polimer format dintr-o secvenţă de
nucleotide ce conţin:
ADN = POLI-DEOXIRIBONUCLEOTID
Se caracterizează prin 3 NIVELE de ORGANIZARE
5
I. STRUCTURA PRIMARĂ
ADN – caracteristici structurale
Determinată de secvenţa deoxiribonucleotidelor, deci de ordinea şi de tipul
celor 4 BAZE AZOTATE
- Deoxiribonucleotidele sunt unite prin legături 3’-5’ fosfat diesterice
- Macromolecula de ADN posedă o “coloană vertebrală” constantă (repetitivă), în
care se repetă fragmentele:
5’ - P – dR – 3’ – P - dR – P – 5’ – dR - 3’ – OH
8
• Cele 2 lanţuri sunt ANTIPARALELE,
adică au sensuri opuse: - un lanţ se răsuceşte de la 5’ la 3’
- al doilea lanţ se răsuceşte de la 3’ la 5’
5’ 3’
• Datorită complementarităţii
structurale raportul molecular
A+G=C+T → (A + G) / (C + T) = 1
Curbura mare
A+C=G+T → (A + C) / (G + T) = 1
3’ 5’ 9
Deci, ADN este constituit din 2 catene polideoxiribonucleotidice asociate
prin punţi de hidrogen, dispuse elicoidal, constituind un dublu helix
H
H N O H N H
C
C C C C Citozină
N C N H N C-H
N C C N
N H O
Guanină H
H Timină
N N H O CH3
H
C C C C
C
N C N H N C-H
N C C N
H O
Adenină
10
Perechile de baze azotate sunt situate în centrul helix-ului iar
resturile fosfat sunt situate în exterior
~20 Å
11
ADN
- Caracteristici generale-
• ADN = suportul material al informației genetice, transmisă din generație în
generație; ADN = macromolecula eredității;
• Conține informația genetică codificată sub forma unei ordini specifice a
secvențelor de deoxiribonucleotide;
• Secvența nucleotidelor din ADN determină secvența aminoacizilor încorporați
în proteine (reprezintă informația ereditară codificată); forma și funcția
proteinelor depind de secvența aminoacizilor din lanțurile polipeptidice;
• Datorită numărului mare de deoxiribonucleotide (5,4x109 la eucariote) din
structură, ADN are o capacitate uriașă de stocare a informației ereditare;
• ADN diferă de la specie la specie;
• În cadrul aceleiași specii (individ) ADN are aceeași structură indiferent de
țesut sau organ.
12
We have discovered the secret of life!
Francis Crick and James Watson point out features of 1962 –Premiul Nobel pentru Medicină
their model for the structure of DNA
(A. Barrington Bearn/Science Source/Photo Researchers, Inc)
James D. Watson (1928)
Francis Crick ( 1916 – 2004)
Maurice Wilkins (1916 - 2004)
13
Analiza prin difracţie de raze X a ADN din timus de viţel
Rosalind Franklin şi Raymond Gosling, King’s College London, 1952
Rosalind Franklin
1920–1958
Photo 51
14
3. STRUCTURA TERŢIARĂ este dată de aşezarea în spaţiu a macromoleculei de ADN și
de complexele cu histonele
prezintă o mare flexibilitate
ADN se poate reaşeza în spaţiu în structuri circulare sau intercalate
suferă suprarăsuciri (SUPRAHELIX)
există deosebiri între structura terțiară in vitro și in vivo
prezintă legături strânse cu HISTONELE => o structură compactă =
NUCLEOZOMI
ADN + HISTONE
• Un cromozom conţine o singură
NUCLEOZOMI (8 unități histonice înconjurate moleculă de ADN!
de 2 helixuri de ADN bicatenar) • Cel mai mare cromozom uman
(cromozomul 1) are aprox. 249 milioane de
perechi de baze (2.100 gene)
POLINUCLEOZOMI (suferă suprahelixare • Cei 46 de cromozomi din celulele sau
pentru a ocupa un spațiu cât mai mic în ţesuturile umane conţin 46 de molecule
interiorul nucleului) - „șirag de mărgele” de ADN formate din 109 nucleotide =>
• Capacitate uriaşă de stocare a
informaţiei genetice
SOLENOIZI (structuri complexe, spire cu câte
• 98% din ADN – nucleu, cromozomi
6 nucleozomi)
• 1 – 2% din ADN – mitocondrie
CROMATINĂ
(structură supramoleculară)
15
16
ADN-ul cromozomului 1
(cel mai mare
cromozom uman) are
aprox. 7 cm lungime!
Cei 46 de cromozomi
umani au o lungime
totală de 2 metri!
17
telomere
Cei 46 de cromozomi umani vizibili la
microscop în cursul metafazei
(diviziune mitotică)
centromer
Cromatide surori
18
Genomul uman
• “Mapping of the Human Genome. The Human Genome Project” - s-a desfăşurat
în perioada 1990-2000
• Genomul uman conţine mai mult de 3 x 109 gene
• 95% din genom nu reprezintă regiuni ce codifică aa, sau molecule funcţionale de
ARN, ci cuprinde regiuni repetitive, non-codante, cu funcţie necunoscută până în
prezent
• Materialul genetic al unei celule haploide (spermatozoid sau ovul) este repartizat
în 23 cromozomi; celulele haploide conţin doar câte un cromozom din fiecare
pereche
• Celulele haploide se combină şi generează celule diplode, care apoi se divid şi dau
naştere la alte celule diplode (diviziune mitotică)
• Celulele diploide umane conţin 22 perechi de cromozomi autozomali şi o pereche
de cromozomi de sex: XY sau XX
• Genomul uman conţine 30,000 - 50,000 gene
• În celula diploidă, fiecare genă are ca pereche o variantă a sa (gene alele),
alternativă, plasată pe cromozomul pereche în același locus genetic
• Alelele pot fi identice (exprimate homozigot) sau diferite (exprimate heterozigot)
19
Conținutul în ADN, gene și cromozomi din genomul diferitelor specii
- 50,000
20
ADN mitocondrial (ADNmt)
- structură dublu-catenară
- formă circulară
- derivă din genomul circular
bacterian (teoria endosimbiotică)
- codifică informația genetică a 38
gene (16.600 perechi de baze)
ADNm se transmite numai pe linie maternă (ereditate
extracromozomială), întrucât în cursul fecundaţiei,
mitocondriile din celulele spermatice sunt distruse în oul
fertilizat.
Chiar dacă fiul primeste de la mamă ADN-ul său
mitocondrial, el nu îl poate transmite mai departe!!
ovul spermatozoid zigot
21
ADN mitocondrial (ADNmt)
- O parte din sistemele
enzimatice implicate în
respirația celulară (din lanțul
transportor de electroni)
sunt codificate de ADNmt;
Ţesuturile cu cel mai mare necesar de ATP (de exemplu ţesutul nervos, muşchiul scheletic şi
cardiac, rinichiul şi ficatul) sunt cele mai afectate de deficienţele în fosforilarea oxidativă.
Mutaţiile din ADNm sunt responsabile pentru unele cazuri de miopatii mitocondriale şi
pentru neuropatia ereditară Leber (o maladie în care pierderea bilaterală a vederii apare ca
rezultat al unei degenerări neuroretiniene).
22
O mitocondrie în curs de diviziune...
27
Decodificarea informaţiei genetice conţinută în ADN
Secvența de aminoacizi din peptid
capăt –COOH
terminal
Catenă sens (+)
sau “codantă” are
aceeași secvență ca
și ARNm, cu excepția
faptului că în ARNm
T este înlocuită cu U
28
Exprimarea genelor = Transcrierea (transcripția) informației
conținută în ADN la ARN mesager (ARNm)
Pe bază de complementaritate,
dar A → U în loc de T
C→G
G → C, sens 5’ → 3’
ARNm
29
Codul genetic
• Ansamblul de elemente informative transmise de la ADN la
proteine prin intermediul ARN mesager
• O secvenţă (un grup) de 3 nucleotide capabile să codifice un aminoacid =
codon triplet
• Ansamblul acestor codoni = CODUL GENETIC
• Matematicianul G. Gamov a elaborat codul genetic (1960) pe baza teoriei
informaţionale creată de fondatorii ciberneticii N. Wiener şi C. Shanon,
pe baza următorului raţionament:
1) În ADN există 4 tipuri de nucleotide (baze azotate): A, G, C, T (U) → ARNm
2) În proteine există 20 de aminoacizi, deci
43 => 64 de combinaţii posibile de nucleotide care
să corespundă celor 20 de AA
30
Codul genetic
La nivelul ribozomilor 5’ 3’ 5’ 3’
are loc „combinarea”
secvenţelor de
nucleotide de pe ARNm
cu tripleta de nucleotide
complementare
transportată de ARNt
(anticodon) A ↔ U
C ↔G
a-II-a bază a codonului
•„limbajul” utilizat de ARNm
are 4 „litere” (A, G, C și U), iar Prima bază a codonului
„cuvintele” sunt reprezentate
32
“Dogma” centrală a biologiei moleculare
formulată ca ipoteză de Francis Crick în anul 1958 și publicată în revista Nature (1970)
Transcriere
Transcriere Revers-transcriere
Translație Translație
Proteină Proteină 33
Ciclul vital al retrovirusurilor
Replicare ADN
Transcriere
Replicarea
ARN
ARN
Translație
Proteină
34
Deci, mecanismul de transmitere a informației genetice
de la ADN la proteine
Cuprinde 2 etape:
35
1. Transcrierea ADN în ARNm
(transcripţie)
• Are loc tot în nucleu => ARNm
• ADN = matriţă
• Tot pe bază de complementaritate,
dar A → U în loc de T
C→G
G → C, sens 5’ → 3’
• Enzime: ARN polimeraze diferite, în funcţie de tipul de ARN
care trebuie sintetizat
• În procesul transcrierii se sintetizează mai întâi un precursor
care cuprinde INTRONI + EXONI
NU au rol
informaţional
• Apoi au loc procese de maturare, în care sunt îndepărtaţi
intronii (sub acţiunea unei endonucleaze) iar exonii se leagă
sub acţiunea unor ligaze => ARNm biologic activ
36
Transcrierea ADN în ARNm (schema generală)
Codonii constitutivi ai unei gene sunt localizați sub forma unor fragmente
purtătoare de informații (exoni) separate de fragmente neinformaționale (introni).
37
Mecanisme moleculare în transcrierea genelor
F. Jacob și J. Monod 1961: teoria generală a inducției și
represiei biosintezei enzimatice
ARN
polimerază
ADN
ARNm
Polipeptid
Proteină
represoare
Lactoza
Prezența unui
inductor în
mediu β-Galactozidază Permează Transacetilază
39
ACIZII RIBONUCLEICI (ARN) – Tipuri de ARN
HN
C
C
N Guanina ARN – acidul ribonucleic
5’ terminal CH
H2N-C C
OH N N ARN = poli-ribonucleotid
5’
O P O CH2 NH2
O C
OH 4’ 1’
N CH
Citozina
3’ 2’
C CH
O O N
OH
O P O CH2 O
O
O C
5’
2’
HN CH Uracil în locul Timinei !
C CH
O O N
OH
3’ O P O CH2 NH2
O
O C N
2’ N C
Adenina
CH
Riboză HC C
O OH N N
O P O CH2
O
O
3’ 2’
3’ terminal OH OH
41
ARN mesager (ARNm)
42
ARN de transfer (sau de transport - ARNt)
• 10-15% din ARN celular
• format din 73 - 93 nucleotide
• recunoaște un anumit aminoacid
• leagă un anumit aminoacid și îl transportă din citoplasmă la locul de
sinteză a proteinelor (ribozomi)
43
D (5,6-dihidrouridină)
Pu (nucleotidă purinică)
G* (guanilat sau 2′-O-metilguanilat)
ARN de transport (ARNt)
TΨC – pseudouridină
Py (nucleotidă pirimidinică)
Brațul de legare a
aminoacidului
transportat
(secvența CCA)
44
Secvența CCA
50S 30S
48
ETAPELE BIOSINTEZEI PROTEINELOR
la PROCARIOTE (Escherichia coli)
I. Activarea aminoacizilor
– Sinteza enzimatică a moleculelor de aminoacil-ARNt
II. Inițierea biosintezei lanțului peptidic
– Legarea ARNm și a N-formilmetioninei de ribozom
III. Elongarea lanțului peptidic
– Legarea aminoacil-ARNt de ribozom
– Formarea legăturii peptidice
IV. Încheierea biosintezei și eliberarea lanțului peptidic
– Codonul STOP din ARNm ajunge în ribozom
V. Foldarea și procesarea post-translațională a peptidului, cu formarea
proteinei
– Catalizate de o varietate de enzime citosolice
49
I. Activarea aminoacizilor
Aminoacil ARNt sintetaza
Aminoacid + ATP + ARNt Aminoacil-ARNt + AMP + PPi
Mg2+
+ ARNt
AMP
Aminoacil-ARNt 50
I. Activarea aminoacizilor
Legătura dintre aminoacidul transportat
și ARNt specific este de tip esteric
(Aminoacil – ARNt) și se stabilește între
gruparea –COOH a aminoacidului și
gruparea –OH (3’) a restului ribozil din
acidul adenilic (AMP) din capătul
3’-terminal al ARNt.
transformilaza
N10-formil-FH4 + Met-ARNt N-formil-Met-ARNt + FH4
52
II. Inițierea biosintezei proteice (3 faze)
Inițial cele doua subunități ribozomale
30S și 50S nu sunt asamblate
54
III. ELONGAREA LANȚULUI PEPTIDIC
1. Va avea loc atașarea, pe bază de AA2
complementaritate, unui nou Aminoacil (AA2) - ARNt
de centrul A al complexului ribozomal 70S.
2. Se formează prima legătură peptidică:
Are loc transferul grupării N-formilmetionil de pe
ARNt (fMet-ARNt) pe gruparea –NH2 a celui de-al
doilea aminoacil-ARNt, ce se găsește pe centrul A.
Enzima care catalizează formarea legăturii
peptidice este peptidil transferaza (denumită și
Ribozimul 23S ARNr), enzimă intrinsecă a
subunității proteice 50S.
Rezultă un dipeptidil-ARNt în centrul A, iar în
centrul P rămane doar ARNt al metioninei,
dezacilat.
În acest stadiu, anticodonii celor 2 molecule de
ARNt rămân în centrii A și P.
Ulterior, ARNt dezacilat va „aluneca” în centru E.
Similar, și peptidil ARNt va ajunge în centrul P.
55
III. ELONGAREA LP (continuare)
3. Translocarea
56
IV. ÎNCHEIEREA BIOSINTEZEI ȘI ELIBERAREA LANȚULUI PEPTIDIC
57
V. Modificările post-translaţionale ale peptidelor
După ce se desprind de la nivelul ribozomilor, peptidele suferă modificări post-translaţionale => PROTEINE
– Metionina nu este aa NH2-terminal al tuturor proteinelor, astfel că este îndepărtată de proteaze
specifice.
– Resturile de aa din lanţul proteic pot suferi modificări enzimatice, prin adiția diferitelor grupări
funcţionale sau fragmente moleculare (prin acetilare, metilare, adăugare de lizină, hidroxilarea
prolinei şi lizinei, carboxilarea, prenilarea, fosforilarea-defosforilarea, glicozilarea, etc) pentru a
modifica stabilitatea proteinelor sau activitatea lor biologică.
Exemplu: conversia proinsulinei în insulină 58
BIOSINTEZA PROTEICĂ
- CONCLUZII -
60
1989 – Altman şi Cech: descoperirea proprietăţilor catalitice ale
acidului ribonucleic (ARN) – Premiul Nobel pentru Chimie
61
62
Acțiunea unor medicamente în diferite etape ale biosintezei proteice
63
• Inhibitorii de topoizomeraze - enzime ce
intervin replicarea și transcrierea ADN
Topoizomerazele sunt importante „ținte” terapeutice
în infecțiile bateriene și în cancer !
Antibiotic cu activitate
antitumorală
• Compuși care se
intercalează în structura
ADN și împiedică
transcrierea 64
Terapia antisens - formă de tratament a
maladiilor genetice și a infecțiilor
Terapia antisens - formă de tratament
a maladiilor genetice și a infecțiilor
66
2005 – Greider şi Blackburn: telomeraza - enzimă cu rol în conservarea lungimii
cromozomilor în cursul replicării ADN, la eucariote.
Implicaţii în cancer şi în îmbatrânire.
Împreună cu J. Szostak: laureaţi a Premiului Nobel pentru Medicină în anul 2009
Amniocenteza –
procedură utilizată pentru
diagnosticul prenatal al
maladiilor genetice
68
Peter J. Russell, iGenetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
Testul genetic de paternitate
Aplicații practice ale determinării
amprentei genetice
Bărbat 2
Bărbat 1 (genetic fingerprint)
Mamă
Copil
Identificare judiciară
necunoscută
Suspect 1
Suspect 2
Suspect 3
Victimă
Probă
Proba de ADN Comparația dintre
provenită de la copil amprenta genetică a
conține atât victimei, proba
fragmentele de necunoscută găsită la
origine maternă (1-7), locul crimei, și probele
cât și cele de origine de ADN ce aparțin
paternă (A-F). suspecților.
69
Exemple de subiecte (întrebări)
din cursul de ACIZI NUCLEICI (5)
70