(I)
• Proteine – generalități, structură, rol biologic
• Clasificarea proteinelor – tipuri de proteine
• Digestia și absorbția proteinelor alimentare
• Aminoacizi – structură și clasificare
• Mecanisme generale de biosinteză a aminoacizilor
• Mecanisme generale de degradare a aminoacizilor
• Metabolismul unor aminoacizi individuali – aminoacizi cu sulf
- aminoacizi aromatici
1
PROTEINE: lb. greacă „PROTEIOS” = „cel dintâi”
• Sunt macromolecule de prim rang
C NH
2
Aminoacid 1 Aminoacid 2
α
Reacție de condensare !!
Legătură peptidică
3
Peptidă
Alanil-glutamil-glicil-lizina
Reacție de
policondensare !!
α
4
PROTEINE - GENERALITĂŢI
• Sunt macromolecule de o infinită eterogenitate
Secvența de aminoacizi
(proteină)
ARN mesager
ARN mesager
12
Exemple de peptide cu rol biologic deosebit
Tripeptidele glutation (-glutamil-cisteinil-glicina)
tiroliberina (TRH- hormonul hipotalamic de eliberare al tirotropinei):
HN Acid piroglutamic
C O
NH
N
Histidina
CH2 CH
N
H
C O
N
Prolinamida
C O
NH2
Tiroliberina 13
Pentapeptide: endorfinele (peptide opioide) şi encefalinele
(neurotransmiţători
inhibitori cu efect analgezic)
legãturã O COOH
peptidicã
Unul din conceptele centrale în Biologie este acela că structura dictează funcția!
16
Structura proteinelor
Sunt definite mai multe nivele de organizare:
1. Structura primară, se referă la scheletul covalent al lanţului polipeptidic
şi la secvenţa de aminoacizi componenţi. Se specifică:
• numărul de aminoacizi
• felul aminoacizilor
• succesiunea în lanţ
a
• locul punţilor -S-S-
2. Structura secundară, rezultă din interacțiunea grupărilor – NH – și C=O
din legătura peptidică;
• este reprezentată de structuri ordonate, periodice (repetitive);
• legătura – NH – CO – este destul de rigidă, capată un caracter parțial de
legătură dublă, rotația liberă a atomilor în jurul acestei legături fiind astfel
împiedicată;
• lanțul peptidic își păstreză flexibilitatea prin rotația liberă în jurul
R1 O R2
legăturilor – CH – NH – și – C – CH – 17
Plecând de la principiul că
aranjamentul cel mai stabil
este acela în care se realizează
cel mai mare număr de punți
de hidrogen, Pauling și Corey
(1951) au postulat două
structuri secundare pentru
lanțurile polipeptidice:
α-elicea și stuctura β.
18
• Se pot forma legături de hidrogen între o grupare – NH – a unei legături
peptidice și gruparea C=O aparținând altei legături peptidice
N–H O=C
21
3. Structura terţiară:
22
Celule
Filamente
intermediare
Protofibrile
Proteină cu structură globulară Protofilamente
(hemoglobina HbA umană)
Două lanțuri
împletite
24
Interacțiile fizice și chimice implicate în
stabilizarea macromoleculelor proteice
au un rol determinant în foldarea
(„împăturirea” sau „împachetarea”) cât
mai strânsă a moleculei, necesară pentru
a mări hidrofobicitatea proteinelor.
Foldarea contribuie la o stare energetică minimă a moleculei proteice!
My name is
Proteinele „chaperone” au rolul de a Chaperone
„asista” (ajuta) alte proteine în
maturarea lor, asigurând o pliere
tridimensională adecvată a lor !
25
Stresul de orice natură (temperatură, pH, lipsa
oxigenului, toxicitate...) exercitat la nivel celular poate
induce pierderea conformației corecte, fiziologice a
proteinelor!
Numeroase proteine chaperone sunt proteine de șoc termic (Heat shock proteins – HSP) -
proteine care se exprimă în celule ca răspuns la variațiile de temperatură (stres celular).
Alan Fersht
Sir Alan is one of the world’s leading
protein scientists. He was elected to the
Royal Society in his late 30’s in 1983 for
his work illuminating enzymic catalysis
and how enzymes attain high fidelity in
the translation of the genetic code.
The full power of his methods became
apparent in his contributions to the field
of protein folding and stability.
These studies opened the way to
development of novel therapies in
cancer and other diseases. He
currently works on mutations that
affect the stability and activity of the
tumour suppressor p53 and how
mutants may be “rescued” by small
molecule drugs.
27
“protein folding can be seen
as a connection between
the genome (sequence) and
what the proteins actually
do (their function)”
Exemple de cazuri de mis-folding
proteic cu consecințe patologice:
• Degradarea necorespunzătoare
• Localizarea intracelulară
necorespunzătoare
• Alterările structurale ce determină
caracter toxic
• Acumularea de amiloid (boala
Alzheimer, Creutzfeld-Jakob)
Protein misfolding is now implicated in the
majority of diseases not caused by an infectious
agent. 28
Julie S. Valastyan, and Susan Lindquist Dis. Model. Mech. 2014;7:9-14
29
© 2014. Published by The Company of Biologists Ltd
Rolul proteinelor
30
ROLUL PROTEINELOR
31
4. Sunt factori de reglare a unor activităţi intracelulare, prin intermediul:
- hormonilor - polipeptide sau proteine mici
- receptorilor membranari - glicoproteine
5. Participă la procesul vederii (rodopsină, iodopsină)
6. Participă la procesul de hemostază (coagularea sângelui); factorii de
coagulare (fibrinogen, trombină)
7. Îndeplinesc funcţii de transport şi depozitare a unor compuşi chimici:
oxigen, CO2, lipide, glucide, vitamine, ioni metalici (hemoglobină,
mioglobină, feritină, hemosiderină).
8. Au rol în sistemul imunitar: anticorpii (imunoglobuline) - proteine
înalt specializate care mediază reacţii imunologice
9. Reprezintă o rezervă nutritivă şi energetică: Ex. cazeina, ovalbumina,
gliadina (proteină solubilă din semințele cerealelor), glutenul
10. Pot avea şi funcţii mai puţin obişnuite: fibroina (secretată de
păianjen), proteinele din gogoşile de mătase
11. Unele proteine sunt toxice: ricina (din seminţele de ricin) și gosipina
din seminţele de bumbac 32
Proteinele ca „ținte” pentru acțiunea medicamentelor
33
Receptorii
• Elemente cu rol de „senzori” în procesele de semnalizare celulară,
în cadrul sistemului de comunicare chimică ce coordonează funcțiile
diferitelor celule.
Receiving Proteins
34
Clasificarea receptorilor
Pe baza
structurii
moleculare și a
naturii
legăturilor cu Canale ionice Receptori Receptori
Receptori
moleculele de tip „ligand- cuplați cu legați de
nucleari
gated” proteine G kinaze
specifice
4 Superfamilii
35
Canale ionice
Structură
• Pentamerică, subunități
2α, β, γ, δ.
• 2 situsuri de legare a
Acetilcolinei situate între
subunitățile 2α.
• 2 helixuri α care participă
la formarea canalului ionic
• Masa moleculară a fiecărei
subunități 40-58 KDa.
36
Receptori cuplați cu proteine G
• Structură:
• Lanț polipeptidic
• 7-α-Helixuri
transmembranare
II. HETEROPROTEINE
38
I. HOLOPROTEINE (proteine simple)
1. PROTEINE GLOBULARE
PROTAMINE: - gr. molec. mici ( ~ 1000 D);
- caracter bazic (datorită prezenţei în structura lor a aminoacizilor
diaminomonocarboxilici (lizina, arginina şi histidina), încărcare electrică
pozitivă;
- foarte solubile în apă;
- nu coagulează la cald;
- prezente în celulele germinale;
- localizare la nivel nuclear, formează complexe
nucleoproteice împreună cu ADN şi ARN (cromatina).
HISTONE: - gr. molec. mai mari (~ 10.000 D);
- caracter basic, încărcare electrică pozitivă;
- pot coagula la cald;
- prezente în celulele germinale;
- se găsesc numai în nucleul celulelor eucariote (nucleoproteine) şi în sângele
39
vertebratelor (în globina din hemoglobină).
ALBUMINELE:
- gr. molec. mari (zeci de mii de Daltoni);
- constituţia în aa este foarte variată;
- sunt foarte solubile în apă;
- coagulează la cald;
- pot fi asociate cu lanţuri glucidice;
- au o răspândire foarte largă
Exemple: Lactalbumina, serum albumina
~ 601 resuri de aminoacizi
GM = 60.000 Daltoni
- pHi = ~ 5
- la pH fiziologic încărcată negativ
- reprezintă ~ 55% din proteinele serice
- rol nutritiv și transportor pentru substanţe insolubile
40
GLOBULINELE:
- gr. molec. foarte mare (~ 1 milion Daltoni)
- solubile în soluţii saline diluate;
- pot fi asociate cu lanţuri glucidice;
- precipită în soluţie semisaturată de sulfat de amoniu;
- au o răspândire largă
Exemple: Ovoglobulina, Lactoglobulina
Serum globuline ~ 45% din proteinele serice
- prin electroforeză se separă în mai multe fracţiuni: a1, a2, β, γ
- Rol trasportor:
- metale: transferina (Fe)
ceruloplasmina (Cu)
- lipide: a şi β lipoproteine
41
- Gamma- globulinele: (20%) din proteinele serice – rol în apărarea imună
- 5 clase de imunoglobuline (anticorpi), produse de limfocitele B
• tetrameri (4 lanţuri, 2 câte 2 identice - H şi L)
• Ig G, Ig A, Ig M, Ig D, Ig E
C – domeniu constant
V – domeniu variabil
H, L – lanțuri „heavy” și „light”
Structura IgG
42
2. PROTEINE SIMPLE FIBRILARE
Caracteristici generale:
-insolubile în apă;
-nu se hidrolizează enzimatic;
-reprezintă ~ 50% din totalul proteinelor din organism;
-intră în structurile de susţinere ale organelor, în oase,
articulaţii şi tendoane.
43
COLAGENUL:
-prezent în toate ţesuturile conjunctive;
-reprezintă ~ 25% din totalul
proteinelor;
-cea mai importantă proteină din punct
de vedere cantitativ;
-localizare extracelulară;
-insolubil în apă;
-se îmbibă în apă;
-la cald se transformă în gelatină;
-poate fi hidrolizată de pepsină;
-structură fibrilară ordonată;
-locul de sinteză – fibroblaste;
-lanţ ~ 1000 aa din care 33% glicină
20 – 25% hidroxiprolină şi hidroxilizină.
44
Structura colagenului a) secvența repetitivă Gly-Pro-4-Hyp
generează o structură secundară unică;
b) Modelul „space-filling”;
c) 3 helixuri identice răsucite spre dreapta;
d) Modelul „ball-and-stick” al ansamblului
de 3 helixuri. Glicina (roșu) se găsește la
zona de contact a celor 3 lanțuri.
45
Structura fibrilelor de colagen
46
ELASTINELE:
-prezente în ţesutul elastic, de susţinere,
pereţii vaselor de sânge;
-insolubile în apă;
-NU se îmbibă cu apă; Fibre de
-NU se transformă în gelatină; elastină
-NU pot fi digerate de pepsină;
-structură fibrilară haotică, cu Fibre de
colagen
legături încrucişate de tip special;
-conţin 30% glicocol; 10% prolină. Nuclei de
fibroblaste
47
KERATINELE:
-prezente în ţesuturi de susţinere TARI
(păr, unghii, lână, etc)
-NU sunt solubile în apă;
-NU suferă hidroliză enzimatică;
-formate din lanţuri tip α-helix şi foaie pliată;
-caracter bazic.
48
II. HETEROPROTEINE (PROTEINE CONJUGATE)
Exemple:
- pigmentul respirator: hemoglobina
- pigmenţii vizuali: rodopsina şi iodopsina
- proteine cu rol în procese redox:
citocromi, flavoproteine
50
Digestia şi absorbţia proteinelor alimentare
51
• În cavitatea bucală – procese
mecanice, de sfărâmare şi
amestecare cu salivă (masticaţia)
=> bolul alimentar
Enzimele proteolitice
responsabile de degradarea
proteinelor sunt produse de
stomac, pancreas și intestinul subțire
55
ENZIMELE PANCREATICE
• tripsina + chimotripsina sunt secretate sub formă inactivă de tripsinogen şi
chimotripsinogen;
• tripsina + chimotripsina = endopeptidaze
• TRIPSINA - scindează legături la care participă un aminoacid
diaminomonocarboxilic (lizină, arginină) și un aa aromatic (tirozină,
fenilalanină);
• CHIMOTRIPSINA scindează legături la care participă aminoacizi aromatici
• Atât tripsina cât şi chimotripsina fac parte din grupul proteazelor care conţin
aminoacidul serina în centrul lor catalitic (Ser-195), deci sunt serin proteaze !
• CARBOXIPEPTIDAZELE scindează aminoacizii C- terminali = exopeptidaze
-8
58
ABSORBŢIA PROTEINELOR
Sub formă de:
• aminoacizi
• dipeptide
• peptide mici
D-aminoacizii sunt absorbiți prin difuzie simplă, iar L-aminoacizii prin transport activ!
1. Mecanism major care este Na+- dependent (pompa Na+/K+), necesită ATP
Gly-Cys -Glutamil-transpeptidaza
ATP SH
Dipeptidaza
60
TRANSPORTUL AMINIOACIZILOR
După absorbţie prin peretele intestinal aminoacizii ajung la FICAT
(prin vena portă), unde sunt reţinuţi în proporţie variabilă (20 – 80%).
Ficatul controlează distribuția aminoacizilor în organism.
61
AMINOACIZI
62
Aminoacizii care intră în structura proteinelor din organismul uman:
20 de aminoacizi proteinogeni (codificați genetic)
64
Aminoacizii sunt: esenţiali – organismul uman nu îi poate
sintetiza, depinzând de aportul lor din alimente şi neesenţiali – se pot
sintetiza în organismul uman.
Cei 8 aminoacizi consideraţi esenţiali pentru om sunt: leucina,
izoleucina, lizina, metionina, fenilalanina, treonina, triptofanul, şi valina;
• Proteinele de origine animală sunt superioare celor vegetale prin
conținutul lor de aminoacizi!
La aceştia se pot adăuga aminoacizii pe care organismul îi
sintetizează în cantitate mică: arginina şi histidina, care sunt indispensabili
pentru nou-născuţi şi copii (aminoacizi semiesențiali).
65
Q: How many amino acids are there?
66
OMG
I have to learn
the names &
structures of all
20 !?!?
Seria L !
67
SURSE DE AMINOACIZI ÎN CELULA ANIMALĂ
69
I. Aminare DIRECTĂ
COOH COOH
CH2 (NADH + H+) Glutamat-DH CH2 (NAD +)
+
CH2 + NH3 + NADPH + H + NADP+ + H2 O
CH2
O FICAT
H2N CH
COOH COOH
Acid acetoglutaric Acid L-glutamic
CH3 CH3
COO - a -cetoglutarat COO
+ - Piruv at L-Alanina
H3N CH GOT C O a -cetoglutarat
Acetil-CoA
CH2 CH2
COO - COO
-
L-Aspartat Oxalilacetat
Glu
Malat Citrat
COO -
Succinil-CoA
C O
Pe baza acidului glutamic se pot sintetiza alţi CH2
aminoacizi (alanină, acid aspartic), prin transferul Aspartat
CH2
de grupări amino de la acidul glutamic pe diferiți COO --
+ GOT COO -
cetoacizi acceptori proveniţi din ciclul Krebs sau din H3N CH
metabolismul glucidic. Oxalilacetat
CH2
CH2
COO -
71
L-Glutamat
III. Transferul grupărilor cu un singur atom de carbon
+ H2O + PLP
+ N5- N10- CH2 - FH4
H2C COOH (-CH2OH) H2C HC COOH
NH2 OH NH2
serin-hidroximetiltransferaza
Glicocol Serinã
72
V. Hidroxilări (Ex: hidroxilarea prolinei, liziniei și fenilalaninei)
Reacția necesită
participarea vitaminei C!
1. Transaminarea
2. Decarboxilarea
3. Dezaminarea oxidativă
4. Dezaminarea deshidratantă și
desulfurantă
NH2
74
1. Transaminarea
Alanin aminotransferaza (ALT) sau glutamat-piruvat transaminaza (GPT) - enzimă specifică
ficatului, care difuzează excesiv în plasmă, în diferite afecțiuni hepatice.
COOH COOH
CH3 CH2
CH2
CH3 ALT (GPT) CH2
CH2 C O +
H2 N CH +
C O PLP COOH H2 N CH
COOH
COOH COOH
L-Alanina Acid a-cetoglutaric Acid piruvic Acid L-glutamic
Aspartat aminotransferaza (AST) sau glutamat-oxaloacetat transaminaza (GOT).
Cantități mari de GOT se găsesc în miocard. După un infarct miocardic, această
enzimă este eliberată în plasma sanguină, în concentrație mare.
NH2 O
Aminoacid Cetoacid
77
4. Dezaminări deshidratante și desulfurante => amoniac și acid piruvic
în stările de inaniţie,
când celula utilizează
aminoacizii pentru
producerea de energie
COOH PLP
H2O
a L-cistein hidrogen
H2N CH sulfid liaza (EC 4.4.1.15) H3 C C COOH
H2 C SH O
Acid piruvic
L-Cisteina H2S
NH3
78
II. METABOLISMUL COMPONENTEI TERNARE
(a lanțului hidrocarbonat)
NH2
AA pot fi grupați pe
baza produșilor finali
rezultați din
principalele căi de
degradare
- Căile catabolice
„converg” spre
formarea unor
produși intermediari
diferiți, în funcție de
condițiile metabolice
existente în celulă
80
Metabolismul aminoacizilor - comentarii:
81
Dieta hiperproteică !!!
• Catabolismul proteic este un proces endergonic, spre deosebire de
catabolismul glucidic și lipidic
• Dezavantaje:
– rinichii sunt suprasolicitați pentru a elimina acidul uric și ureea
care rezulta în catabolismul proteic
– Reducerea aportului de fibre determină probleme digestive
– Creșterea uricemiei poate determina acidoză
– Oboseală, deficit de concentrare, iritabilitate prin reducerea
aportului de carbohidrați și de potasiu
– Modificarea echilibrelor ionice cu risc major de pierdere a masei
osoase
• se recomandă creșterea cantității de apă baută pe parcursul zilei
82
METABOLISMUL UNOR AMINOACIZI
INDIVIDUALI
Exemple
• Aminoacizi cu sulf: cisteină, cistină, metionină
• Aminoacizi aromatici: fenilalanină, tirozină
83
AMINOACIZI CU SULF
Cisteinã L- Metioninã
aminoacid semiesential aminoacid esential
SH NH2 S
Cistinã (CH2)2
84
NH2
CH3
Pi + PPi N
S N
(CH2)2 + ATP N N
S-adenozil CH3
H2N CH metionin O
sintetaza +S H2C
COOH
(CH2)2
L- Metioninã OH OH
H2N CH
Sulf-adenozil
COOH metioninã (SAM)
I. Biosinteza CISTEINEI
din alţi aminoacizi "CH3"
Sulf-adenozin
SH homocisteinã
(CH2)2
H2N CH Adenozinã
Marker de disfuncție
COOH
endotelială 85
L- Homocisteinã
reacţie de
condensare
SH
Metabolism
GLUCIDIC
(aminoacid glucoformator)
87
2) Decarboxilare
CH2 SH
CO2 CH2 SH HSCoA
H2N CH
NH2
NH2 S CH2 CH COOH
-2H
HS CH2 C COOH
+2H S CH2 CH COOH
H
NH2
-În celulele tinere: -SH
-În celulele senescente: -S-S-
88
4) Oxidare intensă: → formarea TAURINEI
CO2
8) În reacţii de DETOXIFIERE:
• Sub formă de N-acetilcisteină în procesul de detoxifiere al derivaţilor
aromatici halogenaţi (generează acizi mercapturici)
Metabolismul aminoacizilor