Curs Biochimie 08.05.

2018

Acizii nucleici:
-in conditii normale bazele azotate purinice si pirimidinice se gasesc in echilibru prin
intermediul structurilor lactam-lactimice; prezenta electronilor pi la nivelul atomilor de O si
respectiv la nivelul ciclurilor alaturi de electronii implicati in constituirea legaturilor covalente
dintre atomul de N si atomii de H determina o deplasare ordonata a acestora (atomii de O fiind
mai electronegativi decat atomii de N)

-in acest mod se poate produce un proces de tautomerie locala sau generala in care difera
pozitiile unui atom de H si respectiv unei perechi de electroni pi; in conditii normale echilibrul
termodinamic este deplasat spre formele lactamice si din aceasta cauza in structurile
nucleotidelor si polinucleotidelor aceste structuri sunt preferate;

-in cazul purinelor la nivelul adeninei nu se produce echilibrul de tip lactam-lactimic insa la
nivelul guaninei exista acest echilibru care ca si in cazul anterior este deplasat puternic catre
forma lactamica

-nucleotidele sunt nucleozid-fosfati in pozitiile 3 sau 5 ale ribozei (sau deoxiribozei); alaturi de
monofosfatii posibili pot sa apara si polifosfatii (di sau tri) in care apar tensiuni foarte mari la
nivelul gruparilor fosfat datorita repulsiilor reciproce dintre sarcinile negative din pozitiile
adiacente ale gruparilor fosfat; in acest mod apare o energie de rezonanta de pozitie,
moleculele sunt bogat energetice si instabile si datorita acestor caracteristici di sau trifosfatii
nucleotidici se comporta ca si compusi macroergici (inmagazineaza energia metabolica in urma
generarii acesteia la nivelul mitocondriei si transfera energia inmagazinata in urma hidrolizei
polifosfatilor la polifosfati sau fosfati inferiori in vederea desfasurarii proceselor metabolice
endergonice)

-prin convenctie, notarea atomilor din nucleotide se realizeaza in felul urmator: bazele azotate
se noteaza cu 1, 2, 3 etc in timp ce resturile zaharidice (riboza sau deoxiriboza) se noteaza cu 1’,
2’, 3’ etc

-fosfatii se pot lega la nivelul resturilor monozaharidice si sub forma ciclica prin intermediul
pozitiilor 3’, 5’ si astfel pot sa apara nucleotide sau nucleozide 3’, 5’-fosfat implicate in
numeroase procese fiziologice (reactioneaza de regula ca mesageri secunzi); biosinteza acestor
specii moleculare se realizeaza la nivelul membranelor celulare in prezenta adenilatciclazelor si
aceste specii sunt in echilibru dinamic cu monofosfatii neciclici corespunzatori prin intermediul
fosfo-diesterazei; astfel din ATP in prezenta adenilatciclazei se poate obtine
adenozinmonofosfatul ciclic, iar acesta in prezenta apei si fosfodiesterazei se transforma in
adenozinmonofosfatul corespunzator; prin aceste mecanisme sau aceste reactii se realizeaza un
reglaj continuu al mesagerilor secunzi care rezulta de regula in urma interactiei dintre hormonii
hidrofili (incapabili de a patrunde in citoplasma) si receptorii acestora membranari

-in acest mod hormonii hidrofili pot actiona la nivelul citoplasmei celulare declansand
desfasurarea unor procese biochimice specifice; de regula nucleozidfosfatii ciclici sunt implicati
in activarea proteinkinazelor in raport cu procesul de fosforilare si astfel acestea
(proteinkinazele) pot declansa procesele de activare (dezactivare) prin mecanism covalent a
unor enzime in raport cu substraturile specifice; nucleozidmonofosfatii ciclici sunt implicati de
asemenea in modificarea permeabilitatii membranare in raport cu anumite specii moleculare
prezente in mediu sau in citoplasma, sunt implicate de asemenea in secretarea unor compusi in
urma biosintezei citoplasmatice, de asemenea, sunt implicati in proliferarea celulara si in
procesul de traducere a informatiei genetice

-datorita structurii nucleozidfosfatilor acestia nu pot absorbi radiatia VIS (vizibila) in schimb pot
absorbi radiatia in domeniul UV apropiat; aceasta caracteristica a nucleozid-fosfatilor se
transfera si polinucleotidelor si astfel aceste specii moleculare (sau macromoleculare) absorb in
jurul 260 de nm, similar cu absorbtia proteinelor in acelasi domeniu insa la 280 de nm

-acizii nucleici sunt polinucleotide si rezulta in urma policondensarii nucleotidelor cu formarea

legaturilor fosfodiester de tip 3’, 5’; lantul polinucleotidic intotdeauna se citeste in sensul 5’, 3’
si intotdeasuna capatul 3’ se termina cu o grupare hidroxil in timp ce capatul 5’ se termina cu o
grupare fosfat; structural toti acizii nucleici sunt liniari si datorita gruparilor functionale in
principal fosfat sunt polare si solubile in lichidele biologice iar caracterul acid al gruparilor fosfat
este transferat intregii macromolecule si din aceasta cazua toti acizii nucleici au caracter acid

-gruparile fosfat inserate intre pozitiile 3’, 5’ imprima flexibilitate mare lantului polinucleotidic si
astfel acesta poate ocupa pozitii in asa fel incat deranjamentul spatial sa fie minim; ca si in cazul
polipeptidelor, polinucleotidele poseda structura primara, structura secundara, si respectiv
structuri tertiare

-lanturile polinucleotidice contin un numar foarte mare de resturi nucleotidice si structurile

acestora sunt deosebil de variate deoarece depind de numarul nucleotidelor din structura
primara a acestora; pentru n nucleotide pot exista 4 la puterea n structuri individuale (deosebit
de multe), si astfel aceste macromolecule sunt utilizate la nivel celular pentru inglobarea,
stocarea si transmiterea informatiei genetice

-ca si in cazul proteinelor, lanturile polinucleotidice pot suferi procese degradative hidrolitice in
prezenta nucleazelor care pot fi endonucleaze sau exonucleaze (la capete); dependent de
natura restului zaharidic polinucleotidic pot exista ribonucleaze si respectiv deoxiribonucleaze
care actioneaza strict-specific la nivelul lanturilor polinucleotidice
-alaturi de aceste specii enzimatice prezente la nivelul tuturor speciilor vii, la nivelul
procariotelor se intalnesc endonucleaze de restrictie care au capacitatea de a cataliza hidroliza
cu formarea unor secvente de 4-6 resturi nucleotidice (oligonucleotide) care sunt utilizate in
ingineria genetica

DNA:
-lanturile polinucleotidice DNA contin ca rest zaharidic deoxiriboza; intotdeauna lanturile DNA
se intalnesc in toate speciile vii sub forma unui dublu helix (doua macromolecule distincte
polinucleotidice care interactioneaza intre ele prin intermediul legaturilor de H); cele doua
lanturi macromoleculare polinucleotidice sunt complementare datorita reactiilor de
complementaritate dintre resturile de baze azotate din moleculele acestora

-astfel s-a constata ca intre adenina si timina (resturi) se constituie cate doua legaturi de H, in
timp ce intre citozina si guanina (resturi) se constituie cate trei legaturi de H; aceste lagaturi de
H chiar daca individual sunt de tarie slaba, fiind intr-un numar foarte mare, influenteaza
calitativ si cantitativ comportamentul DNA

-dublul helix DNA constituit din doua lanturi polinucleotidice complementare este stabilizat prin
intermediul legaturilor de H care se constituie inspre interiorul helixului prin intermediul
resturilor bazelor azotate complementare, si de asemenea, prin aranjamentul ordonat al
resturilor gruparilor fosfat si resturilor zaharidic (puternic hidrofile) inspre exteriorul helixului in
contact direct cu apa

-simultan cu aceste interactii de stabilizare se produc interactii de tip hidrofob intre planele
resturilor bazelor azotate aranjate inspre interiorul alfa-helixului si care intotdeauna sunt
paralele unele fata de celelalte

-helixul rezultat, conform calculelor Watson-Crick, prezinta parametrii bine determinati:

 Pasul este de 34 A
 Numarul de perechi de baze azotate pentru o tura/spira este de 10 perechi
 Fiecarul rest nucleotidic in corespund 3,4 A
 Diametrul helixului este de 20 A

-chiar daca dublul helix DNA prezinta stabilitate mare in conditii normale, la nivelul celulelor
exista probabilitatea denaturarii dublului helix DNA datorita variatiei unor parametrii
(temperatura, pH, metaboliti, etc); ca si in cazul lanturilor polipeptidice prin cresterea
temperaturii mediului creste agitatia termica care poate determina modificarea conformatiei
macromoleculei prin ruperea unor legaturi de H sau unor legaturi hidrofobe Van der Wall;
valoare pH-ului mediu influenteaza gradul de incarcare electrica a gruparilor functionale
prezente in alfa helix si astfel unele interactii de natura electrostatica sau de tip legaturi de H
pot fi distruse sau pot fi constituite suplimentar fata de conditiile normal, ceea ce poate duce la
modificarea configuratiei macromoleculei

-compusii de natura organica sau anorganica (metabolitii) pot influenta structura generala a
dublului helix DNA prin chelatizarea unor grupari functional, prin constituirea sau distrugerea
unor legaturi de H; unii compusi din mediu pot influenta structura DNA fie prin intercalarea
acestora intre cele doua lanturi polinucleotidice fie prin interactia directa la nivelul gruparilor
functionale libere existente in alfa helix

-cei mai cunoscuti compusi de intercalare la nivelul dublului helix sunt hidrocarburile aromatice
policiclice prezente in mediu in urma arderilor din motoarele cu ardere interna sau din unele
alimente afumate; de regula acesti compusi sunt puternic hidofobi si patrund in alfa helix in
zona in care interactioneaza bazele azotate (zona hidrofoba) si astfel provoaca la nivel local
tensiuni intramoleculare, este diminuata puternic flexibilitatea alfa helixului si este diminuata
puternic interactia dintre dublul helix si unele polipepdice implicate in procesele de replicare si
transcriere

Hibridarea:
-este un proces fizic in urma caruia dublul lant polinucleotidic este denaturat termic complet
(prin incalzire treptata) cu aparitia macromoleculelor polinucleotidice individuale, urmata de
racirea treptata a sistemului in urma careia macromoleculele individuale tind sa se reasocieze
prin complementaritate; daca in mediul de reactie se intalnesc lanturi monocatenare de tip
DNA sau RNA provenite de la aceiasi specie sau de la specii apropiate genetic, este posibil ca sa
se realizeze asocierea dintre lanturile polinucleotidice initiale si cele adaugate in sistem
rezultand astfel hibrizi de tip DNA-DNA sau DNA-RNA; in cazul constituirii hibrizilor DNA-RNA
interactiile timina-adenina sunt substituite de uracil

-tehnica de hibridare este utilizata larg in laboratorul clinic in tehnica PCR

Histonele:
-la nivel celular (nuclear) se biosintetizeaza unele polipeptide de dimensiuni mici (sau relativ
mici) bogate in resturi de aminoacizi cu caracterisitici bazice (lisina, arginina) care imprima
lanturilor polipeptidice in conditii de pH fiziologic sarcina pozitiva; in conditii normala resturile
fosfat din polinucleotide sunt incarcate negativ si astfel intre dublul helix si histone se realizeaza
interactii de natura electrostatica care sunt implicate ulterior in procese de transcriere a
informatiei genetice
-histonele sunt prezente doar la nivelul celulelor eucariote si complexele DNA-histone se
numesc nucleozomi; de regula histonele bogate, sau mai bogate in resturi de lisina prezinta
afinitate pentru resturile adenina timina, in timp ce resturile bogate in arginina prezinta
afinitate pentru resturile guanina si citozina

-la procariote alaturi de DNA nuclear se intalneste si DNA citoplasmatic care este circular; DNA-
ul circular (citoplasmatic) poate actiona ca elemente extracromozomial capabil de replicare si
astfel bacteriile pot sa fei implicate in modificarea relativ usoara a componentelor
informationale putand astfel sa biosintetizeze in urma transcrierii informatiilor genetice din
elementele extracromozomiale (plasmide) anumitor specii moleculare care pentru celulele
eucariote pot actiona ca toxine

Plasmidele bacteriene:
-sunt implicate in procesele de rezistenta la antibiotice sau rezistenta la metalele tranzitionale
divalente (au capacitatea de a chelatiza proteinele membranare care pot functiona ca enzime
bacteriene diminuand astfel metabolismul bacterian); imprima rezistenta la radiatiile
ultraviolete

Replicarea (biosinteza DNA):

-este un proces care se realizeaza la nivelul nucleului si consta in biosinteza unor lanturi
complementare, unui lant DNA, in prezenta nucleotidelor din mediu (din nucleu); pentru
aceasta, catenele din dublul helix DNA trebuie sa fie individuale (DNA monocatenar) si astfel pe
scheletul fiecare catene polinucleotidice se poate biosintetiza prin complementaritate cate un
lant polinucleotidic complementar

-pentru obtinerea catenelor individuale de tip DNA trebuie sa se realizeze o despiralare a

dublului helix intr-un proces progresiv; procesul de despiralare poate incepe simultan din mai
multe puncte ale dublului helix in conditii enzimatice iar catenele rezultate nu au aceiasi
capacitate de constituire a complementelor lor deoarece una dintre catene este conducatoare
si la nivelul acesteia se realizeaza replicarea continua in timp cealalta catena este catena
intarziata la nivelul careia procesul de replicare se realizeaza discontinuu

-procesul de biosinteza a catenelor complementare se realizeaza prin intermediul polimerazelor

iar in urma constituirii catenelor complementare acestea vor constitui impreuna cu catena
initial dublul helix si astfel este posibila extensia de dublu helix DNA printr-un proces
exponential
Transcrirea genetica:
-este procesul in urma caruia se biosintetizeaza pe baza DNA RNA; la nivelul lanturilor
polinucleotidice DNA exista zone distincte (gene) care pot fi transcriptibile (exoni) si respectiv
netransmisibile (introni)

-in majoritatea lanturilor DNA se intalnesc introni, adica zone netranscriptibile, care in urma
transcrierii determina constituirea unui transcrip primar de tip RNA care ulterior sufera un
proces de excizie/eliminare a zonelor specifice intronilor cu mentinearea doar a zonelor
specifice exonilor si in acest mod se constituie RNA matur

-daca RNA matur este de tip mesager acest la nivelul citoplasmei se expune/etaleaza la nivelul
ribozomilor sau polizomilor si conform secventelor resturilor polinucleotidice (codon sau
triplet) sunt capabili sa participe direct la procesul biosintetic proteic (traducerea informatiei
genetice)

Recombinarea:
-este posibil ca la nivelul unui lant polinucleotidic DNA sa fie incomporate fragmente DNA
apartinatoare fie aceleiasi specii fie apartinatoare unor specii apropiate; in acest mod
informatia genetica se modifica in raport cu cea initiala iar DNA rezultat este capabil sa
determine biosinteza unor proteine in urma transcrierii si traducerii informatiei genetice, altele
decat cele necesare la nivel celular

-in urma recombinarii se modifica substantial structura DNA si la nivel celular exista
posibilitatea ca aceste specii macromoleculare sa fie scoase din sistem prin degradare
(reparatie erori); in schimb aceasta observatie poate fi utilizata in vitro (in ingineria genetica)
pentru biosinteza unor specii proteice dorite cu aplicabilitate in special in medicina

-clonare, mutatie - singuri