Structura genomului

Coronavirusurile
conțin o moleculă de ARN cu
catenă pozitivă cu capetele 5’-
CAP și 3’-poli(A), care variază
de la 26–32 kb și care conține
cel puțin 6 cadre de citire
deschise (ORF).

Primul ORF (ORF1a / b) cuprinde aproximativ două treimi din genom și codifică
proteinele replicase. Traducerea începe în ORF1a și continuă în ORF1b după un semnal −1
de schimbare de cadre. Polipeptidele mari ORF1a și ORF1ab, denumite în mod obișnuit pp1a
și, respectiv, pp1ab, sunt prelucrate în principal de proteza 3CL pro -cum ar fi chimotripsină
codificată viral cu clivaj suplimentar efectuat de una sau două papaine-like proteaze (PLP).

Majoritatea restului de o treime din genom codifică patru

proteine ​structurale: S, E, M și nucleocapsid (N) proteine. Se codifică o
proteină suplimentară de hemaglutinin-esterază (HE). Proteina HE, care
poate fi implicată în intrarea virusului sau în stres, nu este necesară pentru
replicare, dar pare a fi importantă pentru infecția gazdei naturale.
 Proteinele structurale
Patru proteine structurale sunt
esențiale pentru asamblarea virionului și
infecția cu CoVs. Homotrimerele
proteinelor S alcătuiesc vârfurile de pe
suprafața virală și sunt responsabile de
atașarea la receptorii gazdă . Proteina M
are trei domenii transmembranare și
formează virionii, promovează curbura
membranei și se leagă de nucleocapsidă.
Proteina E joacă un rol în asamblarea și
eliberarea virusului și este implicată în
patogeneza virală.

Proteina N conține două domenii, ambele putând lega genomul ARN al virusului prin
mecanisme diferite. se raportează că proteina N se poate lega la proteina nsp3 pentru a
ajuta legarea genomului la RTC (replication-transcription complex) și ambalează
genomul încapsidat în virioni. N este, de asemenea, un antagonist al interferonului (IFN)
și al represorului codat viral (VSR) al interferenței ARN (RNAi), care pare a fi benefic
pentru replicarea virală.
 Proteine ​nestructurale
Proteină funcţii
Degradarea ARNm gazdă; inhibarea traducerii; inhibarea semnalizării
NSP1
IFN
nsp2 Necunoscut
Proteaze asemănătoare cu papaină (PL1 pro , PL2 pro ) (prelucrarea Genomul și
NSP3 poliproteinei); legare poli (ADP-riboză); Formarea DMV; Antagonist subgenomii unui CoV
IFN; legarea acidului nucleic; desubiquitinizarea activității tipic conțin cel puțin 6
NSP4 Formarea DMV cadre de citire deschise
Nsp5 Proteaza principală (M pro , 3CL pro ); prelucrarea poliproteinelor (ORF). Primele ORF
Nsp6 Formarea DMV (ORF1a / b), aproximativ
Nsp7 Legare ARN monocatenar două treimi din întreaga
Nsp8 Primază lungime a genomului,
Nsp9 O parte din complexul replicase codifică 16 proteine
Nsp10 O parte din complexul replicase nestructurale (nsp1-16).
Nsp11 Necunoscut
Nsp12 ARN-polimeraza dependentă de ARN

Nsp13 Helicază; activitate nucleozidă trifosfatază; Activitate ARN-5-trifosfatază

3 '→ 5' exoribonuclează; Formarea ARN CAP (guanine- N 7) -

Nsp14
methyltransferase
Nsp15 Endonuclează
Nsp16 Formarea CAP ARN (2- O- mettransferază)
DMV - veziculă cu membrană dublă; IFN - interferon.
 Mecanismul replicării și
transcripției coronavirusului.
( a ) După intrarea în celulă și dezvelirea,
genomul ARN cu sens pozitiv este tradus
pentru a genera proteine ​replicase din cadrul
de citire deschis 1a / b (ORF1a / b). Aceste
proteine ​folosesc genomul ca șablon pentru
a genera ARN-uri cu sens negativ pe
întreaga durată, care ulterior servesc ca
șabloane în generarea genomelor
suplimentare de lungime completă.

( b) ARNm-urile coronavirus conțin toate o secvență lider 5 ′ comună fuzionată cu secvențele genice din
aval. Acești lideri sunt adăugați printr-o sinteză discontinuă a ARN-urilor subgenomice cu sens minus
folosind ARN-ul genomului ca șablon. ARN-urile subgenomice sunt inițiate la capătul 3 ′ al genomului și
se desfășoară până când se întâlnesc cu una dintre secvențele de reglementare transcripționale (TRS; roșu)
care sunt în amonte de cele mai multe cadre de lectură deschisă.

Prin intermediul interacțiunilor baze-pereche, transcrierea naștere este transferată către liderul
complementar TRS (roșu deschis) ( c ) și transcrierea continuă prin capătul 5 'al genomului ( d ).

( e) Aceste ARN subgenomice servesc apoi ca șabloane pentru producția de ARNm viral.