Documentatie Achizitie Servicii Studiu 129400 22-02-2022

Proiect co-finanțat din Programul Operațional Competitivitate 2014-2020
Axa prioritară 2 - Tehnologia Informației și Comunicațiilor (TIC) pentru o economie digitală competitive
Prioritatea de investiții 2b - Dezvoltarea produselor și serviciilor TIC, a comerțului electronic și a cererii de TIC
Obiectiv Specific OS 2.2 - Creșterea contribuției sectorului TIC pentru competitivitatea economică
Acțiunea 2.2.1 - Sprijinirea creșterii valorii adăugate generate de sectorul TIC și a inovării în domeniu prin dezvoltarea de
clustere
.
Titlul proiectului: „Platforma bioinformatica pentru diagnosticul precoce al cancerului colorectal si bronhopulmonar” –
acronim PROMED
Beneficiar: SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING SRL
Cod MySmis: 129400
A. Informații generale
Beneficiar
SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING SRL
privat:
Titlul „Platforma bioinformatica pentru diagnosticul precoce al cancerului
proiectului: colorectal si bronhopulmonar ” – acronim PROMED
Cod MySMIS: 129400
Linia de Programul Operațional Competitivitate 2014-2020/ Fondul European de
finanțare: Dezvoltare Regională
Denumirea
contractului de Servicii
achiziție:
Obiectul
Servicii de cercetare în vederea intermedierii analizelor și procesării de
contractului de
material biologic conform specificațiilor tehnice
achiziție:
Cod CPV principal: 73110000-6 Servicii de cercetare
Cod CPV: Cod CPV secundar: 73000000-2 Servicii de cercetare şi de dezvoltare şi
servicii conexe de consultanţă
Date de contact Adresa: Calea Griviței nr. 6, etaj 4, sector 1, București
beneficiar Persoană de contact: Toader Gabriela, Responsabil achiziții
privat: Email: gabriela.toader@frontierconsulting.ro ;
promed.project2020@gmail.com
Telefon: 031 417 27 17
Tipul
Contract de prestări servicii, conform Specificațiilor tehnice
contractului:
Împărțire pe
Nu
loturi:
Vor fi acceptate
oferte Nu
alternative
Durata
De la data semnării până la 31.12.2022
contractului:
Valoarea
10.970.064,90 lei fără TVA
estimată a
Page 2 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
achiziției fără
TVA:
07.03.2022, ora 15:00, SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING
Data, locul și ora
SRL, Calea Griviței nr. 6, etaj 4, sector 1, București sau pe e-mail în format
limită de
scanat PDF și semnat electronic de reprezentantul legal al ofertantului sau
depunere a
persoana împuternicită să reprezinte ofertantul în procedură:
ofertelor:
gabriela.toader@frontierconsulting.ro ; promed.project2020@gmail.com
Perioada de
180 zile calendaristice de la termenul de depunere a ofertelor menționat
valabilitate a
în anunț
ofertelor:
În conformitate cu ordinul MFE nr.1284/2016 Solicitantul/Beneficiarul
privat compară ofertele primite prin raportarea lor la toate cerințele
publicate și alege oferta care îndeplinește cerințele tehnice și prezintă
avantaje față de acestea, la un raport calitate/preț competitiv.
1. Prețul ofertei – 60%

2. Termenul de livrare – 40%
Algoritmul de calcul:
Metoda presupune clasificarea ofertelor în ordine descrescătoare a
punctajelor combinate, pentru elementele prezentate mai sus:
Elementele de Ptotal = Pf+Pt în care
departajare a Pf – prețul ofertei
ofertelor: Elementul de departajare Pf se acordă astfel:
a) pentru cel mai scăzut dintre prețurile ofertelor se acordă 60 de puncte
b) pentru alt preț decât cel prevăzut la lit a) se acordă punctajul astfel:
Pfn = preț minim/preț (n) x 60
Prețurile care se compară în vederea acordării punctajului sunt

prețurile ofertate pentru prestarea integrală a tuturor serviciilor
prevăzute în prezentul document.
Elementul de departajare Pt – timpul de livrare a serviciilor

reprezintă perioadă exprimată în luni în care ofertantul se obligă să
îndeplinească serviciile.
Page 3 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
Pt se va calcula astfel:
a) pentru cel mai scurt termen de livrarea/prestare ofertat se acordă
punctajul maxim alocat 40 puncte
b) pentru celelalte termene de livrarea/prestare punctajul se acordă
proporțional astfel: Pt(n) = T(min) / T(n) x 40
T (min) = cel mai scurt termen de livrare/prestare
T (n) – termenul de remediere ofertat pentru care se calculează
punctajul
Oferta care obține punctajul final cel mai mare va fi declarată

câștigătoare.
SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING SRL va clarifica în scris
orice neînțelegere, formulata de ofertanți în legătura cu procedura de
atribuire. Eventualele contestații ale ofertanților cu privire la derularea
procedurii de atribuire, se vor depune la beneficiar, care va proceda la
soluționarea acestora.
Soluționarea
Termenul de depunere a contestațiilor este de 3 zile de la comunicarea
problemelor.
rezultatelor procedurii.
Contestații
Termenul de răspuns la contestațiile depuse în cadrul prezentei
proceduri: 3 zile de la data primirii contestației.
În situația în care un operator economic este nemulțumit de modul în
care s-a desfășurat procedura competitivă, acesta se poate adresa
instanțelor de judecată competente pentru soluționarea cauzei.
Propunere tehnică inclusiv pe baza Anexei nr. 1 și Anexei nr. 2 privind

lista de parametrii și model TCR și propunere financiară însoțite de
documentele justificative conform Specificațiilor tehnice într-un
Documentele ce exemplar original. Ofertele trebuie prezentate în plic sigilat, marcat cu
urmează a fi adresa de corespondență a Beneficiarului privat, SC FRONTIER
prezentate de MANAGEMENT CONSULTING SRL, Calea Griviței nr. 6, etaj 4, sector 1,
ofertanți și București sau pe e-mail în format scanat PDF și semnat electronic de
adresa la care reprezentantul legal al ofertantului sau persoana împuternicită să
se trimit: reprezinte ofertantul în procedură: gabriela.toader@frontierconsulting.ro
; promed.project2020@gmail.com. În cazul în care ofertele vor fi
transmise pe e-mail, ofertanții vor lua măsurile necesare pentru
transmiterea până la data și ora limită indicate.
Page 4 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
Informații Toate informațiile privind procedura de achiziție privată sunt prezentate

pentru în Specificațiile tehnice nr. 81 / 22.02.2022 publicată pe site-
operatorii ul www.fonduri-ue.ro ( https://beneficiar.fonduri-ue.ro:8080/ ), secțiunea
economici: Achiziții privați, Anunțuri
Vor fi formulate în scris și se vor transmite pana la data limita menționata
in tabel la sectiunea “Calendarul estimativ al procedurii”, prin e-mail la
Solicitări de adresa gabriela.toader@frontierconsulting.ro ;
clarificări: promed.project2020@gmail.com , sau prin depunere personala sau
posta/ servicii de curierat la adresa Calea Griviței nr. 6, etaj 4, sector 1,
București
Prin depunerea unei oferte, ofertantul acceptă în prealabil condițiile
generale și particulare care guvernează această procedură, indiferent
care sunt condițiile proprii de comercializare ale ofertantului. Nici un cost
suportat de operatorul economic pentru pregătirea și depunerea ofertei
nu va fi rambursat. Toate aceste costuri vor fi suportate de către
operatorul economic ofertant, indiferent de rezultatul procedurii. Fiecare
document va fi semnat de reprezentantul legal al operatorului economic
sau de reprezentantul împuternicit. Documentele emise în altă limbă
decât româna trebuie să fie însoțite de o traducere autorizată în limba
română. Specificațiile tehnice fac parte integrantă din documentația
publicată de Beneficiarul privat și constituie ansamblul elementelor pe
baza cărora se elaborează de către fiecare ofertant propunerea tehnică.
Alte informații: Cerințele de mai jos reprezintă cerințe minime. Orice propunere tehnică
care nu le îndeplinește va fi respinsă ca neconformă. Propunerea tehnică
va cuprinde prezentarea de către ofertant a modului în care va respecta
cerințele minime impuse, specificate mai jos.
• Facturarea se va face după primirea documentelor livrabile la
termenele stabilite și după primirea fiecărei tranșe de date colectate de
la pacienți.
• Plata prețului contractului se va realiza in lei, în tranșe în funcție de
documentele livrabile și de numărul de pacienți incluși în studiul clinic și
prin mecanismul cererii de plată aplicabil proiectului. Pentru fiecare
tranșă plata se va face astfel:
▪ 10% - din valoarea facturii in termen de maxim 30 zile
calendaristice de la emiterea facturii
Page 5 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
▪ 90% - din valoarea facturii se va achita in maxim 5 zile de la

primirea fondurilor din partea autoritatii de management.
• Nu se acordă avans
Explicație Dată Oră Locație:
Publicarea anunțului e 22.02.2022 Site www.fonduri-ue.ro
participare:
Termen limită solicitări 25.02.2022 14.00 Email:
clarificări: gabriela.toader@frontiercons
ulting.ro ;
promed.project2020@gmail.
com
Termen limită răspunsuri 28.02.2022 16:00 Site www.fonduri-ue.ro
clarificări:1
Termen limită de 07.03.2022 15:00 SC FRONTIER
depunere a ofertelor:2 MANAGEMENT
CONSULTING SRL
Calea Griviței nr. 6, etaj 4,
Calendarul sector 1, București sau pe e-
estimativ al mail:
procedurii: gabriela.toader@frontiercons
ulting.ro ;
promed.project2020@gmail.
com
Comunicare rezultat 14.03.2022
Semnarea contractului 18.03.2022
Publicarea anunțului de În maxim 5 www.fonduri-ue.ro
atribuire a contractului zile
cu ofertantul câștigător calendaristi
ce de la
data
semnării
contractului
de achiziție
servicii
Cerințe de Ofertantul trebuie să prezinte următoarele documente:
participare Declarația pentru respectarea regulilor privind evitarea conflictului de
pentru interese conform art. 15. din OUG 66/2011– Formularul 2 (se va
ofertanți: prezenta în original)
Page 6 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
Cerința nr.1 Persoanele cu funcție de decizie din cadrul Beneficiarului privat sunt:
Situația ROTARU FLAVIANA, Reprezentant legal
personală a Acord pentru folosirea datelor personale – Formularul 3 (se va prezenta
ofertantului: în original)
Pentru operatorii economici și persoane fizice autorizate: Certificat
constatator eliberat de Oficiul Național al Registrului Comerțului, în
conformitate cu prevederile Legii nr.26/1990 (emis cu cel mult 30 de
zile înainte de data depunerii ofertei) din care să reiasă că ofertantul are
în obiectul de activitate CAEN autorizat principal sau secundar, necesar
furnizării echipamentelor ofertate și că nu se află în stare de faliment,
dizolvare, insolvență, etc. În cazul în care operatorul economic este
înregistrat într-o altă țară, va prezenta un certificat emis de o autoritate
similară din țara în care este înregistrat, valabil la data deschiderii
ofertelor, din care să rezulte autorizarea pentru serviciile solicitate. (se
va prezenta în copie cu menținea conform cu originalul)
Pentru organizații neguvernamentale: extras de la registrul asociațiilor
și fundațiilor, eliberat cu cel mult 30 de zile înainte de depunerii ofertei
din care să reiasă că ofertantul nu se află în stare de faliment, dizolvare,
insolvență, etc sau certificat de grefă. În cazul ONG-urilor se vor
prezenta Actul Constitutiv și Statutul cu Actele adiționale (dacă este
cazul) din care să rezulte competența acestora de a presta serviciile
care fac obiectul prezentului contract. (se vor prezenta în copie cu
menținea conform cu originalul)
În cazul unei oferte depuse în asociere/ subcontractare, fiecare asociat/
subcontractant are obligația de a depune documentele solicitate.
Se va depune, daca este cazul, în cazul prezentării unei oferte comune
a doi sau mai mulți operatori economici care se asociază în vederea
executării contractului Acord sau o scrisoare preliminara de asociere,
în original.
Se va depune, daca este cazul, Acord de subcontractare, în original.
Daca pe parcursul îndeplinirii contractului apare necesitatea

subcontractării unor parți din contract/ altor parți decât cele declarate
la momentul ofertării, subcontractarea se va realiza numai după acordul
prealabil al beneficiarul, în condițiile contractului inițial și ale legislației
aplicabile.
Page 7 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
Certificat de atestare fiscal eliberat de organul de administrare fiscala al

unității administrativ teritoriale de pe raza căreia societatea își are sediul
social privind plata obligațiilor la bugetul de stat sau echivalent, din care
Cerința nr.2
sa reiasă ca ofertantul nu are datorii la momentul prezentării.
Capacitatea
Certificat fiscal privind impozitele și taxele bugetului local din care sa
economică și
reiasă ca ofertantul nu are datorii la momentul prezentării.
financiară:
Documentele vor fi depuse în oricare dintre formele: original/copie
legalizata/copie simpla conform cu originalul.
Certificatul de atestare fiscala emis în format electronic cu semnătura
electronica extinsa are caracter de document original.
Ofertantul va depune o declarație (Formular 6) din care sa reiasă faptul
ca, la elaborarea ofertei, a ținut cont de obligațiile relevante în domeniile
mediului, social si al relațiilor de muncă, stabilite prin legislația
adoptată la nivelul Uniunii Europene, legislația națională, prin acorduri
colective sau prin tratatele, convențiile și acordurile internaționale în
aceste domenii și ca va respecta aceste cerințe pe parcursul furnizării
Alte informații:
echipamentelor care fac obiectul prezentei proceduri de atribuire.
În cazul în care pe parcursul furnizării echipamentelor se constată
nerespectarea cerințelor minime din specificațiile tehnice se va aplica o
penalitate de 10% din valoarea serviciilor comandate.
Lipsa formularului de oferta financiara și/sau lipsa propunerii tehnice
solicitate prin documentația de atribuire duce la respingerea ofertei.
CLAUZE ASIGURATORII ŞI DE PENALIZARE
Pentru ofertantul ce va fi declarat câștigător, contractul va cuprinde
clauze asiguratorii privind răspunderea părților în cazul nerealizării
contractului în condițiile şi la termenele stabilite, plata de
penalizări, modalitățile de reziliere a contractului şi rezolvarea
eventualelor litigii ivite pe parcursul derulării contractului.
Alte clauze: 1. Pentru ofertantul ce va fi declarat câștigător, contractul va
cuprinde clauze asigurătorii privind răspunderea părților în cazul
nerealizării contractului în condițiile și la termenele stabilite, plata
de penalizări, a contravalorii dobânzilor bancare și a daunelor,
precum și modalitățile de recuperare a sumelor plătite, modalitățile
de reziliere a contractului şi rezolvarea eventualelor litigii ivite pe
parcursul derulării contractului.
Page 8 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
2. De asemenea, comisia va stabili care sunt clarificările și

completările formale sau de confirmare, necesare pentru
evaluarea fiecărei oferte, precum și perioada de timp acordată
pentru transmiterea clarificărilor.
3. În cazul în care ofertanții nu transmit în perioada precizată de
comisia de evaluare clarificările/ răspunsurile solicitate, sau în
cazul în care explicațiile prezentate de ofertant nu sunt
concludente, oferta se va considera inacceptabilă.
4. În cazul în care ofertantul modifică sau completează conținutul
propunerii tehnice sau prezintă o ofertă care nu corespunde cel
puțin cerințelor tehnice minimale din caietul de sarcini, atunci
oferta va fi considerată neconformă.
5. În cazul în care ofertantul modifică prin răspunsurile pe care le
prezintă conținutul propunerii financiare, oferta sa va fi considerată
neconformă. Serviciile ofertate trebuie să respecte în totalitate
specificațiile tehnice solicitate.
B. Specificațiile tehnice
B.1. Contextul prestării serviciilor
Proiectul „Platforma bioinformatica pentru diagnosticul precoce al cancerului colorectal si
bronhopulmonar” – acronim PROMED este finanțat prin Programul Operațional
Competitivitate 2014-2020
Axa prioritară 2 - Tehnologia Informației și Comunicațiilor (TIC) pentru o economie digitală
competitive
Prioritatea de investiții 2b - Dezvoltarea produselor și serviciilor TIC, a comerțului electronic și
a cererii de TIC
Obiectiv Specific OS 2.2 - Creșterea contribuției sectorului TIC pentru competitivitatea
economică
Acțiunea 2.2.1 - Sprijinirea creșterii valorii adăugate generate de sectorul TIC și a inovării în
domeniu prin dezvoltarea de clustere
Cod SMIS 129400
Page 9 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
Proiectul este implementat de către SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING SRL

Perioada de implementare este 20.08.2020-19.08.2023.
Obiectivul general al proiectului consta in cresterea contributiei sectorului TIC prin trecerea
de la outsourcing la dezvoltarea bazata pe inovare si obtinerea unui produs software inovativ
si a unui serviciu inovativ, care vor oferi un diagnostic precoce in cancerul pulmonar si
colorectal.
OBIECTIVELE SPECIFICE ALE PROIECTULUI

1. Obiectiv specific 1. Dezvoltarea unui produs software inovativ in colaborare cu un partener
din sectorul IT pe o perioada de maxim 36 de luni (pana la incheierea perioadei de
implementare a proiectului).
2. Obiectiv specific 2. Achizitionarea a 20 active corporale si necorporale, avand ca scop
cresterea competitivitatii economice, in maxim 36 luni (pana la incheierea perioadei de
implementare a proiectului).
3. Obiectiv specific 3. Cresterea nivelului de colaborare si inovare in cadrul a doua clustere
din domeniul IT prin implicarea a 2 companii in dezvoltarea produsului software intr-un
termen de maxim 36 luni (pana la incheierea perioadei de implementare a proiectului).
B.2. Obiectul contractului

În cadrul proiectului este necesară achiziția serviciilor de laborator de cercetare.
SPECIFICATIILE TEHNICE CARE INDICA O ANUMITA ORIGINE, SURSA, PRODUCTIE, UN

PROCEDEU SPECIAL, O MARCA DE FABRICA SAU DE COMERT, UN BREVET DE
INVENTIE, O LICENTA DE FABRICATIE, SUNT MENTIONATE DOAR PENTRU
IDENTIFICAREA CU USURINTA A TIPULUI DE SERVICIU/PRODUS SI NU AU CA EFECT
FAVORIZAREA SAU ELIMINAREA ANUMITOR OPERATORI ECONOMICI SAU A
ANUMITOR PRODUSE. ACESTE SPECIFICATII VOR FI CONSIDERATE CU MENTIUNEA
DE ”SAU ECHIVALENT”.
Livrarea informațiilor se va face la adresa indicată de Beneficiar – Calea Griviței nr. 6, et. 4
sector 1, București.
Page 10 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
Se solicită operatorului economic selectat câștigător să presteze și următoarele servicii:

• Proiectarea de protocoale eficiente de studii clinice şi de instrumente şi proceduri
eficiente de colectare şi prelucarea a datelor, precum şi colectarea de informaţii
esenţiale pentru luarea deciziilor;
• Să identifice procesele şi datele care sunt critice pentru asigurarea protecţiei
subiecţilor umani şi veridicitatea rezultatelor studiului;
• Să identifice riscurile pentru procesele şi datele critice ale studiului. Riscurile trebuie
identificate atât la nivel de sistem (de exemplu, proceduri standard de operare, sisteme
computerizate, personal), cât şi la nivelul studiului clinic (de exemplu, proiectarea
studiului, colectarea de date, procesul de obţinere a consimţământului exprimat în
cunoştinţă de cauză).
• Să includă în oferta sa o analiză a riscurilor ce pot apărea pe perioada derulării studiului
și un plan de contracarare a acestora cu mijloace de control al riscului existent având
în vedere următoarele:
o probabilitatea de apariţie a erorilor;
o măsura în care sunt detectabile asemenea erori;
o impactul unor asemenea erori asupra protecţiei subiecţilor umani şi veridicităţii
rezultatelor studiului clinic
• Să asigure expertiza medicală pe toată durata studiului;
• Să realizeze proiectarea studiului - activitate care se deruleaza pe tot parcursul
studiului;
• Operatorul economic selectat câștigător este responsabil de organizarea studiului,
manevrarea datelor şi păstrarea înregistrărilor - activitate care se deruleaza pe tot
parcursul studiului;
• Să protejeze caracterul ,,orb”, dacă există (de ex. menţinerea caracterului ,,orb” în
timpul introducerii datelor şi prelucrării acestora);
• În cazul transformării datelor în cursul prelucrării, invariabil trebuie permisă
compararea datelor şi observaţiilor originale cu datele prelucrate;
• Să folosească un cod lipsit de ambiguități de identificare a subiectului, care să permită
identificarea tuturor datelor raportate pentru fiecare subiect în vederea asigurării pistei
de audit;
• trebuie să păstreze toate documentele esențiale despre studiu care aparțin sponsorului
(a se vedea Capitolul IX „Documentele esențiale în desfășurarea studiului clinic”)
conform legislației internaționale ICH-GCP transpusă în limba română prin HCS
2/24.10.2017 de la ANMDMR;
Page 11 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
• Să păstreze toate documentele esențiale specifice pentru sponsor în conformitate cu

reglementările legale în vigoare din țara/țările în care este autorizat medicamentul
și/sau în țara în care sponsorul intenționează să-l propună pentru autorizare;
• Orice transfer al proprietății datelor trebuie raportat autorităților corespunzătoare, așa
cum impun reglementările legale în domeniu;
• Documentele esențiale specifice trebuie păstrate cel puțin 10 ani de la închiderea
oficială a contractului privind studiul pentru investigație clinică respectiv;
• Selectarea investigatorului/instituției. Fiecare investigator trebuie să fie calificat prin
instruire și experiență și trebuie să dispună de resurse adecvate (a se vedea art. 37 –
45 HCS 2/24.10.2017) pentru a desfășura studiul pentru care este selectat ca
investigator.
• Dacă reglementările în vigoare prevăd acest lucru, operatorul economic selectat
câștigător trebuie să încheie o asigurare sau să garanteze despăgubirea (legală și
financiară) pentru investigator/instituţie față de revendicările apărute din studiu, cu
excepția celor cauzate de greșeli în activitate și/sau neglijență, chiar dacă studiul este
fără administrare de medicamente.
• Operatorul economic selectat câștigător trebuie să permită și să asigure accesul la
înregistrări – pe tot parcursul studiului;
• Raportarea reacțiilor adverse – chiar dacă nu se administrează niciun medicament,
colectarea reacțiilor adverse severe apărute după ce pacientul semnează
consimțământul poate fi mandatorie și se va realiza conform precizărilor Comisiei de
Etică;
• Monitorizarea – in timpul studiului. Scopul monitorizării studiului este să verifice
următoarele:
a) protejarea drepturilor şi stării de bine a subiecţilor ;
b) exactitatea, caracterul complet al datelor de studiu raportate precum și posibilitatea
de confirmare a acestora prin documentele sursă;
c) desfășurarea studiului în conformitate cu protocolul/amendamentele aprobate în
vigoare, cu regulile de bună practică în studiul clinic și cu reglementările legale în
domeniu.
Selecţia şi calificarea monitorilor se referă la următoarele aspecte:
a) monitorii trebuie numiţi de prestator;
b) monitorii trebuie instruiţi corespunzător şi trebuie să posede cunoștințele ştiinţifice
şi/sau clinice necesare monitorizării adecvate a studiului; calificarea monitorului trebuie
certificată prin documente;
Page 12 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
c) monitorii trebuie să fie familiarizaţi cu medicamentul pentru investigaţie clinică și să

cunoască protocolul, formularul de consimţământ exprimat în cunoştinţă de cauză şi
oricare altă informaţie scrisă furnizată subiecţilor, PSO ale prestatorului, regulile de
bună practică în studiul clinic şi reglementările legale în domeniu.
Amploarea monitorizării şi tipul de monitorizare
(1) Prestatorul trebuie să se asigure că studiul este monitorizat adecvat.
(2) Prestatorul trebuie să decidă amploarea corespunzătoare şi tipul potrivit de
monitorizare pentru studiu.
(3) Decizia referitoare la amploarea și tipul de monitorizare trebuie să se bazeze pe
consideraţii precum obiectivele, scopul, proiectul de organizare, complexitatea,
caracterul ,,orb”, dimensiunile şi criteriile finale ale studiului.
(4) În general, este necesară monitorizarea la locul de desfășurare a studiului, înainte,
în cursul şi după desfășurarea studiului; cu toate acestea, în situații excepţionale,
Prestatorul poate să decidă că desfășurarea adecvată a studiului în concordanţă cu
regulile de bună practică în studiul clinic poate fi asigurată prin monitorizare
centralizată asociată cu proceduri precum cursuri şi şedinţe pentru investigatori şi
elaborarea de ghiduri cuprinzătoare.
(5) O metodă acceptabilă de selecţie a datelor supuse verificării poate fi eşantionarea
controlată statistic.
(6) Prestatorul trebuie să elaboreze o abordare sistematică, prioritizată, bazată pe risc,
de monitorizare a studiilor clinice. Flexibilitatea în ceea ce priveşte amploarea şi natura
monitorizării descrise în această secţiune permite abordări variate prin care se măresc
eficacitatea şi eficienţa monitorizării. Prestatorul poate să opteze pentru monitorizare
la locul de desfășurare a studiului, o combinaţie între monitorizarea la locul de
desfășurare şi monitorizarea centralizată sau, când este justificat, pentru monitorizarea
centralizată. Alegerea strategiei de monitorizare de către sponsor trebuie susținută cu
documente (de exemplu, în planul de monitorizare).
(7) Monitorizarea la locul de desfășurare a studiului clinic se realizează în
centrele/unitățile în care se efectuează acesta. Monitorizarea centralizată este
evaluarea de la distanţă a datelor în curs de acumulare, efectuată în timp util și
susţinută de persoane calificate şi instruite adecvat (de exemplu: manageri de date,
biostatisticieni).
(8) Procesele de monitorizare centralizată oferă capacităţi suplimentare de
monitorizare care pot completa şi reduce amploarea şi/sau frecvenţa acțiunilor de
monitorizare la locul de desfășurare a studiului şi ajută la distingerea între datele
veridice şi cele potenţial neveridice.
Page 13 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
(9) Analiza, care poate include analize statistice ale datelor în curs de acumulare
asigurate prin monitorizarea centralizată poate fi folosită la:
- identificarea datelor lipsă, a datelor inconsecvente, a datelor aberante, a absenței
neaşteptate de variabilitate şi a abaterilor de la protocol;
- examinarea unor tendinţe ale datelor precum intervalul, consecvenţa şi variabilitatea
datelor în cadrul unui singur loc de desfășurare a studiului şi între acestea;
- evaluarea în vederea identificării erorilor sistematice sau semnificative de colectare
şi raportare a datelor în cadrul unui singur loc de desfășurare a studiului şi între
acestea, sau eventuale probleme de manipulare a datelor sau de integritate a acestora;
- analizarea caracteristicilor locului de desfășurare a studiului şi a indicatorilor de
performanţă;
- selecţia locurilor de desfășurare a studiului şi/sau a proceselor de monitorizare ţintită
la locul de desfășurare a studiului.
• Rapoartele de monitorizare la locul de desfășurare a studiului şi/sau de monitorizare

centralizată trebuie puse în timp util la dispoziţia sponsorului (disponibilitatea se referă
inclusiv la nivelul adecvat de management şi personalul responsabil pentru studiu şi
supravegherea unității de desfășurare a studiului), pentru analiză şi urmărire.
Rezultatele activităţilor de monitorizare trebuie documentate în detaliu, pentru a
permite verificarea conformităţii cu planul de monitorizare. Activităţile de monitorizare
centralizată trebuie raportate în mod regulat şi pot fi independente de vizitele la locul
de desfășurare a studiului.
• Prestatorul trebuie să elaboreze un plan de monitorizare adaptat la riscurile pentru
protecţia specifică a subiecţilor umani şi integritatea datelor studiului. Planul trebuie să
prezinte strategia de monitorizare, responsabilităţile de monitorizare ale tuturor părţilor
implicate, diferitele metode de monitorizare care trebuie utilizate şi argumentele pentru
utilizarea acestora. Planul trebuie să scoată în evidenţă și monitorizarea datelor şi
proceselor critice. Trebuie acordată atenţie deosebită acelor aspecte care nu
reprezintă practica clinică de rutină şi care necesită instruire suplimentară. Planul de
monitorizare trebuie să facă trimitere la politicile şi procedurile aplicabile.
• Nerespectarea de către investigator/instituţie/membri ai personalului Prestatorului a
protocolului, a PSO, a regulilor de bună practică în studiul clinic şi/sau a reglementărilor
legale în domeniu, trebuie să determine prompt Prestatorul să ia măsuri pentru a
asigura complianţa.
• Dacă prin monitorizare şi/sau auditare se identifică abateri grave şi/sau persistente din
partea investigatorului/instituţiei, sponsorul trebuie să oprească participarea
Page 14 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
instituţiei/investigatorului la studiu; dacă participarea unui investigator/instituţie la un

studiu este întreruptă din cauza abaterilor, sponsorul trebuie să informeze prompt
autorităţile competente.
• Prezentarea rapoartelor studiului clinic – la finalul studiului în formatele solicitate de
Beneficiar și de autoritățile competente pe perioada menționată anterior;
• Indiferent dacă studiul este finalizat sau închis prematur, Prestatorul trebuie să se
asigure de elaborarea și prezentarea rapoartelor clinice către autorităţile competente,
în conformitate cu reglementările legale în domeniu;
• Prestatorul trebuie să se asigure că toţi investigatorii desfăşoară studiul cu respectarea
strictă a protocolului acceptat de sponsor şi de Agenţia Naţională a Medicamentului şi
a Dispozitivelor Medicale şi că s-a obţinut opinia favorabilă a CNBMDM (Comisiei
Naționale de Etică).
• Formularul de raportare a cazului este astfel conceput de Prestator încât să cuprindă
datele prevăzute în toate locurile de desfășurare a studiului multicentric; investigatorilor
care culeg date suplimentare trebuie să li se furnizeze formulare suplimentare de
raportare a cazului, concepute astfel încât să cuprindă datele suplimentare.
Raportările vor fi trimise în limba română, iar comunicarea se va face de asemenea în limba
română.
Synopsis, Anexa 1 Listă parametrii și Anexa 2 TCR sunt prezentate și în limba engleză
deoarece în practică mulți termeni sunt folosiți în engleză și intenția este de a face mai facilă
înțelegerea lor. Însă toate documentele se vor prezenta / depune în limba română sau dacă
depunerea lor în limba română nu este posibilă atunci vor fi însoțite de o traducere autorizată
în limba română.
Page 15 of 85
Acțiunea 2.2.1 - Sprijinirea creșterii valorii adăugate generate de sectorul TIC și a inovării în domeniu prin dezvoltarea de clustere
.
Titlul proiectului: „Platforma bioinformatica pentru diagnosticul precoce al cancerului colorectal si bronhopulmonar” – acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
Sinopsis Protocol Protocol synopsis
Cuprins Contents
1. Titlu ...........................................................................................................
1. Title ...........................................................................................................
2. Acronim ....................................................................................................
2. Acronym ..................................................................................................
3. Versiunea/data ........................................................................................
3. Version/date ............................................................................................
4. Sponsor/nume si adresa ........................................................................
4. Sponsor/name and address ..................................................................
5. Introducere ..............................................................................................
5. Introduction .............................................................................................
6. Obiective ..................................................................................................
6. Objectives................................................................................................
7. Design experimental...............................................................................
7. Experimental design ..............................................................................
8. Studiu populațional, caracteristicile centrelor ....................................
8. Populational study, sites characteristics .............................................
8.1 Centrele participante............................................................................
8.1 Participant sites ....................................................................................
Număr locații ...........................................................................................
Page 16 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Infrastructura locații ................................................................................ Site number .............................................................................................

Servicii conexe incluse .......................................................................... Sites’ infrastructure ................................................................................
Capacitate de recrutare ......................................................................... Related services included .....................................................................
8.2 Pacienți................................................................................................... Recruiting capacity.................................................................................
8.2.1 Criterii de includere pentru pacienți ........................................... 8.2 Patients ..................................................................................................
8.2.2 Criterii de includere pentru voluntari sănătoși .......................... 8.2.1 Patients’ inclusion criteria............................................................
8.2.3 Criterii de excludere pentru pacienți.......................................... 8.2.2 Healthy volunteers’ inclusion criteria .........................................
8.2.4 Criterii de excludere pentru voluntari sănătoși ......................... 8.2.3 Patients’ exclusion criteria...........................................................
9. Date care trebuie colectate: .............................................................. 8.2.4 Healthy volunteers’ exclusion criteria ........................................
9.1 Tipuri de date ........................................................................................ 9. Data to be collected ...........................................................................
10. Eșantion de pacienți și puterea statistică ........................................ 9.1 Types of data ........................................................................................
10.1 Pacienți ................................................................................................ 10. Patient sample and statistical power ...............................................
10.2 Voluntari sănătoși ............................................................................... 10.1 Patients ................................................................................................
11. Durata studiului ................................................................................... 10.2 Healthy volunteers .............................................................................
12. Baza de date ……………………………………………………… 11. Study duration ....................................................................................
12. Data base…………………………………………………………...
Page 17 of 85
.
Cod MySmis: 129400
1. Titlu 1. Title
Studiu clinic cu grupe paralele, multicentric, pentru evaluarea Clinical study with parallel groups, multicenter, for the comparative
comparativă a profilului limfocitelor T (TCR) la subiecții sănătoși și evaluation of the T lymphocyte profile (TCR) in healthy subjects and in
la pacienții bolnavi de cancer colorectal și bronchopulmonar. patients with colorectal and bronchopulmonary cancer.
2. Acronim 2. Acronym
PROMED
PROMED
3. Version/date
3. Versiunea/data Version 1.0/ 14.07.2021 /No. EudraCT:
Versiune 1.0/ data /Nr EudraCT:
4. Sponsor/name and address
4. Sponsor/nume si adresa Frontier Management Consulting
Frontier Management Consulting Calea Grivitei, no. 6, 4th floor,
Calea Grivitei, no. 6, 4th floor, 1st district, 010731 - Bucharest, Romania
1st district, 010731 - Bucharest, Romania www.frontierconsulting.ro
www.frontierconsulting.ro
Page 18 of 85
.
Cod MySmis: 129400
5. Introduction
5. Introducere The PROMED project intends to research and develop a bioinformatics
Proiectul PROMED intenționează să cerceteze și să dezvolte o platform designed to provide an early diagnosis in colorectal and lung
platformă bioinformatică menită să acorde un diagnostic precoce în cancer.
cazul cancerului colorectal și pulmonar. The World Health Organization (WHO) has published, through the
International Agency for Research on Cancer (IARC), the official
Organizația Mondială a Sănătății (OMS) a publicat, prin Agenția
statistics of cases of neoplasms found globally - Globocan 2018. The
Internațională pentru Cercetarea în Domeniul Cancerului (IARC), data, published in the CA: A Cancer Journal for Clinicians, presents the
statistica oficială a cazurilor de neoplazii întâlnite la nivel global – incidence and mortality in 36 types of neoplasms for 185 countries, the
Globocan 2018. Datele, publicate în revista CA: A Cancer Journal for geographical diversity of cancers and changes in the profile of
Clinicians, prezintă incidența și mortalitatea în 36 de tipuri de neoplazii neoplasms in different parts of the globe. According to the latest
pentru 185 de țări, diversitatea geografică de apariție a cancerelor și estimates, the incidence of cancer has increased to 18,1 million new
variațiile profilului neoplaziilor în diferite zone ale globului. Conform cases annually and 9.6 million deaths. One in five men and one in six
women develop a form of cancer in their lifetime, and one in eight men
celor mai recente estimări, incidența cancerului a crescut la 18,1
and one in eleven women die from the disease. Statistics on neoplastic
milioane de cazuri noi anual și 9,6 milioane de decese. Unul din cinci diseases published by the World Health Organization estimated that, 10
bărbați și una din șase femei dezvoltă o formă de cancer de-a lungul years ago, there were 12.7 million new cases and 7.6 million deaths.
vieții, iar din cauza bolii decedează unul din opt bărbați și una din Almost half of the new cases and more than half of the deaths are in
Asia, where about 60% of the global population lives. There, the
Page 19 of 85
.
Cod MySmis: 129400
unsprezece femei. Statisticile privind bolile neoplazice publicate de mortality rate is higher than the incidence rate, many neoplasms being
Organizaţia Mondială a Sănătăţii estimau că, în urmă cu 10 ani, erau late diagnosed or too aggressive to be successfully treated. The same
12,7 milioane de cazuri noi şi 7,6 milioane de decese. situation is found in Africa, a continent with a cancer incidence of 5.8%
and a mortality rate of 7.3% of total deaths globally.
Aproape jumătate din noile cazuri și mai mult de jumătate din
The International Agency for Research on Cancer (IARC) has analyzed
decese se înregistrează în Asia, unde trăiește aproximativ 60% din the occurrence and evolution of cancers in the context of the Human
populația globală. Acolo, rata de mortalitate este mai mare decât rata Development Index, showing that although the incidence is two to three
incidenței, multe neoplazii fiind tardiv diagnosticate sau prea agresive times higher in developed countries compared to others, mortality rates
pentru a putea fi tratate cu succes. Aceeași situație se regăsește și în are similar. The causes for this phenomenon are both the fact that less
Africa, continent cu o incidență a cancerului de 5,8% și o rată de developed countries are associated with the appearance of more
mortalitate de 7,3% din totalul deceselor la nivel global. aggressive types of cancers, and the fact that early diagnosis and
treatment are more common in countries with a high index of human
Agenția Internațională pentru Cercetarea în Domeniul Cancerului
development.
(IARC) a analizat apariția și evoluția cancerelor în contextul indicelui de Neoplastic diseases are more common in men (45,022 new cases) than
dezvoltare umană (Human Development Index), arătând că, deși in women (38,439 new cases). The incidence of oncological diseases
incidența este de două-trei ori mai mare în țările dezvoltate comparativ differs depending on sex. In women, for example, more than a quarter
cu celelalte, ratele mortalității sunt similare. Cauzele pentru acest of new cases were breast cancer (25.1%), followed by colorectal cancer
fenomen sunt atât faptul că țările mai puțin dezvoltate sunt asociate cu (11.9%) and cervical cancer (8.6%). In men, the most common is lung
Page 20 of 85
.
Cod MySmis: 129400
apariția tipurilor mai agresive ale cancerelor, precum și faptul că cancer (19.1%), followed by colorectal cancer (14.4%) and prostate
diagnosticul și tratamentul precoce sunt mai des întâlnite în țările cu un cancer (13.4%).
indice mare de dezvoltare umană. In terms of mortality, in men in the first place is lung cancer, followed by
prostate, colorectal, liver and stomach. Breast cancer is the most
Bolile neoplazice sunt mai des întâlnite la bărbaţi (45.022 de cazuri
common globally (in 154 countries out of 185 analyzed) and is the
noi), decât la femei (38.439 cazuri noi). Incidența bolilor oncologice leading cause of death from neoplastic disease in women. The next
diferă în funcție de sex. În cazul femeilor, spre exemplu, peste un sfert cancers that cause death in women are lung, colorectal and cervical.
din cazurile noi au fost de cancer mamar (25,1%), urmat de cancerul In Europe, where 9% of the world's population lives, the annual
colorectal (11,9%) şi de cancerul col uterin (8,6%). La bărbați, cel mai incidence of cancer reaches 23.4%, with 20.3% of global deaths.
frecvent este cancerul pulmonar (19,1%), urmat de cel colorectal Incidence and death rates are higher here than in the Americas, with a
(14,4%) și de cancerul de prostată (13,4%). population of 13.3% of the total, a cancer incidence of 21% and a
mortality rate of 14.4%.
În ceea ce privește mortalitatea, la bărbați pe primul loc se află
According to the latest report of the International Agency for Research
cancerul pulmonar, urmat de cele de prostată, colorectal, hepatic și de on Cancer - Globocan for 2018, in Romania are estimated over 83,461
stomac. Cancerul de sân este cel mai des întâlnit la nivel global (în 154 cases of newly diagnosed cancer in that year, and over 50,000 deaths
de țări din 185 analizate) și este prima cauză de deces prin boală from this cause.
neoplazică la femei. Următoarele cancere care cauzează decesul la In the first places in terms of incidence are lung cancer, colorectal
femei sunt pulmonar, colorectal și de col uterin. cancer, breast cancer in women and prostate cancer in men, but also
Page 21 of 85
.
Cod MySmis: 129400
In Europa, unde trăiește 9% din populația Globului, incidența anuală leukemias - types of neoplasms that are also among the top five in terms
a cancerului ajunge la 23,4%, cu 20,3% din decesele globale. Ratele de of mortality.
incidență și deces sunt aici mai mari decât în cele două Americi, cu o In the case of men, 8,217 of them died of lung or tracheal cancer, 3,552
suffered from colorectal cancer, 2,498 from stomach cancer, 2,137 from
populație de 13,3% din total, o incidență a cancerului de 21% și o rată
prostate cancer, and 2,077 had cancer in the oral area. For 11,620
a mortalității de 14,4%. cases, the World Health Organization specifies "other types of cancer".
Conform ultimului raport al Agenției Internaționale de Cercetare a In the case of women, 3,434 died of breast cancer, 2,606 of colorectal
Cancerului – Globocan pe anul 2018, in Romania sunt estimate peste cancer, 2,100 had lung or tracheal cancer, 2,040 women died of cervical
83.461 de cazuri de cancer nou diagnosticate, în acel an, şi peste cancer, 1,252 had stomach cancer, 8,726 died of "other cancers".
50.000 de decese din această cauză. The International Agency for Research on Cancer estimates that by
Pe primele locuri în ceea ce privește incidența se află cancerul 2040 the number of new cancer cases will be over 29.5 million people
globally, while the number of deaths will reach almost 16.4 million.
pulmonar, colorectal, cancerul de sân la femeie și cel de prostată la
Due to the lack of predictive tests associated with early diagnosis, this
bărbaţi, dar şi leucemiile - tipuri de neoplazii care se găsesc și printre project aims to identify a panel of protein / peptide markers that
primele cinci locuri în privința mortalității. determine in an early, pre-clinical phase, the appearance of tumor
În cazul bărbaților, 8.217 dintre ei au decedat de cancer pulmonar changes.
sau de trahee, 3.552 au suferit de cancer colorectal, 2.498 de cancer The project focuses on two of the cancers with the highest incidence
de stomac, 2.137 de cel de prostată, iar 2.077 au avut cancer în zona and prevalence worldwide, namely bronchopulmonary and colorectal
cancer. The type of target markers is TCR (T lymphocyte receptors) -
Page 22 of 85
.
Cod MySmis: 129400
orală. Pentru 11.620 de cazuri Organizația Mondială a Sănătății these will be determined by gene sequencing methods, establishing an
specifică „alte tipuri de cancer”. antigenic specificity profile of TCR, both for patients and for healthy
În cazul femeilor, 3.434 au murit din cauza cancerului de sân, 2.606 subjects.
din cauza celui colorectal, 2.100 au avut cancer pulmonar sau de
trahee, 2.040 de femei s-au stins din cauza cancerului de col uterin,
1.252 au avut cancer de stomac, 8.726 au murit din cauza „altor tipuri
de cancer”
Agenţia Internaţională de Cercetare în domeniul Cancerului
estimează că în anul 2040 numărul de cazuri noi de cancer va fi de peste
29,5 milioane de persoane, la nivel global, în timp ce numărul deceselor
va ajunge la aproape 16,4 milioane.
Datorita lipsei testelor predictive asociate cu “early diagnostic”
(diagnostic precoce), proiectul de față are ca scop identificarea unui
panel de markeri proteici/peptidici care să determine într-o fază
incipientă, pre-clinică, apariția unor modificări tumorale.
Page 23 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Proiectul se focusează pe doua dintre cancerele cu cea mai mare

incidență și prevalență la nivel mondial, și anume cancerul
bronhopulmonar și colorectal. Tipul de markeri tintiți este TCR
(receptorii limfocitelor T) – aceștia vor fi determinați prin metode de
secvențiere genică, stabilindu-se un profil de specificitate antigenică a
TCR, atât pentru pacienți, cât și pentru subiecți sănătoși.
6. Objectives
6. Obiective Main objective of this clinical study is:
Obiectivul principal al acestui studiu este: 1. Comparative evaluation of the T lymphocyte profile (TCR) of
1. Evaluarea comparativă a profilului limfocitelor T (TCR) al healthy subjects compared to that of patients with bronchopulmonary
subiecților sănătoși față de cel al pacienților cu cancer and colorectal cancer, regardless of stage and type of cancer to identify
bronhopulmonar și colorectar, indiferent de stadiul și indiferent a predictive TCR profile for early cancer diagnosis; this method will be
used to create an early diagnostic algorithm.
de tipul de cancer pentru a identifica un profil TCR predictiv
Secondary objectives of the clinical study are:
pentru diagnosticul precoce al cancerului; această metodă va fi 1. Generation of a database comprising peptide sequences of
folosită pentru crearea unui algoritm de diagnostic precoce. variable regions in the structure of the T lymphocyte receptor in healthy
Obiectivele secundare ale acestui studiu sunt: subjects and patients with colorectal and bronchopulmonary cancer;
Page 24 of 85
.
Cod MySmis: 129400
1. Generarea unei baze de date care cuprinde secvențe peptidice 2. Segmentation of results according to associated
ale regiunilor variabile din structura receptorului limfocitelor T la immunotherapy - associated patients - between patients who took and
subiecți sănătoși și pacienți cu cancer colorectal și those who did not take this treatment.
bronchopulmonar;
2. Segmentarea rezultatelor în funcție de imunoterapia asociată –
pacienți asociat – între pacienții care au luat si cei care nu au
luat acest tratament.
7. Experimental design
7. Design experimental This is a prospective study. The protocol targets only parallel groups of
Acesta este un studiu prospectiv. Acest protocol vizează numai patients with colorectal and bronchopulmonary cancer in a total number
grupe paralele de pacienți cu cancer colorectal și bronhopulmonar în of 1000 of patients (minimum 600 with bronchopulmonary cancer and
număr total de 1000 de pacienți (minim 600 cu cancer bronhopulmonar 400 with colorectal cancer) and healthy subjects in number of minimum
500.
și 400 cu cancer colorectal) și subiecți sănătoși în număr de minim 500.
The clinical trial will not involve the administration of drugs, therefore,
Studiul clinic nu va implica administrarea de medicamente, în prescribing treatment is the decision of specialists, in accordance with
consecință, prescrierea tratamentului este decizia medicilor specialiștii, the usual medical oncological practice. In no way does this study
în conformitate cu practica oncologică medicală obişnuită. În nici un fel, influence the medical decision (treatment, clinical investigations).
Page 25 of 85
.
Cod MySmis: 129400
acest studiu nu influenţează decizia medicală (tratament, investigaţii Physicians participating in this study will be required to recruit patients
clinice). and healthy subjects who meet the inclusion and exclusion criteria of
Medicii care participă la acest studiu vor trebui sa recruteze the study, listed below.
All patients will be present at a single visit. The more samples we can
pacienţii și subiecții sănătoși care îndeplinesc criteriile de includere şi
have (from more patients / healthy subjects), the more accurate the
excludere de studiu, enumerate mai jos. prediction of the diagnosis test will be.
Toţi pacienţii se vor fi prezenta la o singura vizita. Cu cat vom putea
colecta mai multe probe (de la mai mulți pacienți / voluntari sănătoși),
predicția testului diagnostic va fi mai corectă.
8. Studiu populațional, caracteristicile centrelor 8. Populational study, sites characteristics

8.1 Centrele participante 8.1 Participant sites
The study centers will be selected by the OCC, based on the capacity
Centrele de studiu vor fi selecționate de către OCC, pe baza
of recruitment sites and according to their endowments with equipment
capacităţii site-urilor de recrutare și în funcție de dotările acestora cu for maintaining and storing biological samples under the specified
echipamente de menținere și stocare a probelor biologice în condițiile temperature conditions. The transport of the samples will be done at
de temperatură specificate. Transportul probelor se va face la rece (4- cold temperature of maximum 4-8oC.
8oC)
Page 26 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Criterii selecție centre Selection criteria for the sites

Infrastructura locații: Sites’ infrastructure:
• Infastructură și echipamente ce vor asigura condițiile propice • Infrastructure and equipment that will ensure the necessary conditions
for the storage and storage of TCR samples such as but not limited to
necesare păstrării și stocării probelor TCR cum ar fi de exemplu
equipment such as refrigerator (4-8oC), freezer (-20oC) with storage
dar fără a limita la echipamente tip frigider (4-8oC), congelator (- capacity for tubes for TCR samples.
20oC) cu capacitate de stocare pentru tuburi pentru probele Related services included:
TCR • The OCC will ensure the transport, collection and storage of samples
Servicii conexe incluse: and results in appropriate conditions that will not affect the quality of
• Se vor asigura de către OCC transportul, colectare și stocarea analysis results such as but not limited to: ensuring cold transport (4-
probelor și a rezultatelor în condiții propice ce nu vor afecta 8oC).
Recruiting capacity:
calitatea rezultatelor analizelor cum ar fi de exemplu dar fără a
• a minimum of 250 patients and 125 healthy volunteers within 4-6
avea caracter limitativ: asigurarea trasportului la rece (4-8oC). months.
Capacitate de recrutare:
• minim 250 de pacienţi și 125 de voluntari sănătoși în decurs de
4-6 luni.
Page 27 of 85
.
Cod MySmis: 129400
8.2 Pacienți 8.2 Patients

Pacienţii trebuie să îndeplinească următoarele criterii: Patients must meet the following criteria:
8.2.1 Patients’ inclusion criteria
8.2.1 Criterii de includere pentru pacienți
• Age ≥ 18 years old
• Vârstă ≥ 18 ani • Patient diagnosed histopathologically with bronchopulmonary or
• Pacient diagnosticat histopatologic cu cancer bronhopulmonar colorectal cancer
• Pacient diagnosticat histopatologic cu cancer colorectal • Patients can be in any stage of TNM staging
• Pacienții pot fi în orice etapă de stadializare TNM •
• Pacient care este informat cu privire la obiectivele studiului şi • Patient who is informed about the objectives of the study and
wants to participate
dorește să participe
8.2.2 Healthy volunteers’ inclusion criteria
8.2.2 Criterii de includere pentru voluntari sănătoși • Age ≥ 18 years old
• Vârstă ≥ 18 ani • Do not participate in another clinical trial with a medicine or food
• Nu participă într-un alt studiu clinic cu administrare de supplement
medicament sau supliment alimentar • Patient who is informed about the objectives of the study and
• Este informat cu privire la obiectivele studiului şi dorește să wants to participate
participe. 8.2.3 Patients’ exclusion criteria
• Other diseases: other types of diagnosed primary neoplasms
8.2.3 Criterii de excludere pentru pacienți
Page 28 of 85
.
Cod MySmis: 129400
• Alte boli: alte tipuri de neoplazii primare diagnosticate • Patient previously included in a clinical trial with drug
• Pacient inclus anterior într-un studiu clinic cu administrare de administration
medicamente • Known pregnancy and / or lactation
• Known drug and / or alcohol abuse
• Sarcină cunoscută și/sau alăptare
• Mental incapacity that prevents proper understanding or cooperation
• Abuz cunoscut de droguri și/sau alcool
• Incapacitate mentală care împiedică înțelegerea sau cooperarea
adecvată
8.2.4 Criterii de excludere pentru voluntari sănătoși 8.2.4 Healthy volunteers’ exclusion criteria
• Sarcină și/sau alăptare • Known pregnancy and / or lactation
• Known drug and / or alcohol abuse
• Abuz cunoscut de droguri și/sau alcool
• Mental incapacity that impedes proper understanding or
• Incapacitate mentală care împiedică înțelegerea sau cooperarea cooperation
adecvată
9. Date care trebuie colectate: 9. Data to be collected

9.1 Tipuri de date 9.1 Types of data
Page 29 of 85
.
Cod MySmis: 129400
• Vizita de studiu • Study visit

• Data vizitei și data semnării Formularului de Consimțământ • Visit data and date of signing the Informed Consent Form
• Demographic information
Informat
• Presence of risk factors: smoker / non-smoker; hereditary-
• Informații demografice collateral antecedents related to the presence of a neoplasm in the
• Prezența factorilor de risc: fumător/nefumător; family; exposure to harmful substances
antecendente heredo-colaterale legate de prezența unei • Cancer type (Disease code: 98, 99, 100 – for colorectal
neoplazii în familie; expunerea la substanțe nocive cancer and 111 – for bronchopulmonary cancer), staging and
• Tip de cancer (cod boală: 98, 99, 100 - pentru cancer diagnostic data (time of diagnosis, location of metastases, surgery)
• Treatment history (drugs classes, duration, doses, type of
colorectal și 111 - pentru cancer bronchopulonar),
check point inhibitors)
stadializare și date diagnostic (momentul diagnosticului, • Blood sample – to be collected in appropriate tubes for RNA
localizarea metastazelor, intervenție chirurgicală) preservation
• Istoricul tratamentului (clase de medicamente, durata, doze, • Determination of TCR lymphocyte receptor by gene
tip de check point inhibitors) sequencing technique (NGS or equivalent)
• Proba de sânge – se preia în tuburi specifice pentru • Populate the database with any other pre-existing data from
prezervarea acizilor nucleici de tip ARN the patient's last available observation sheet
Page 30 of 85
.
Cod MySmis: 129400
• Determinarea receptorului de limfocite TCR prin tehnica de

secvențiere genică (NGS sau echivalent)
• Popularea bazei de date cu orice altă dată preexistentă din
ultima ișă de observație disponibilă a pacientului
10. Eșantion de pacienți și puterea statistică

10. Patient sample and statistical power
10.1 Pacienți 10.1 Patients
• Minim 1000 de pacienți: minim 400 pacienți cu cancer • Minimum 1000 patients: minimum 400 with colorectal cancer
colorectal și minim 600 pacienți cu cancer bronhopulmonar and minimum 600 with bronchopulmonary cancer (of which minimum
(dintre care minim 300 cu tratament care include inhibitori 300 with check-point inhibitors treatment with one of the following:
check-point de tipul: Pembrolizumab, Nivolumab, Ipilimumab, Pembrolizumab, Nivolumab, Ipilimumab, Durvalumab, Avelumab,
Atezolizumab)
Durvalumab, Avelumab, Atezolizumab)
10.2 Healthy volunteers
10.2 Voluntari sănătoși • Minimum 500 healthy volunteers
• Minim 500 de voluntari sănătoși
11. Durata studiului 11. Study duration

8 luni 8 months
Page 31 of 85
.
Cod MySmis: 129400
12 Data base
12. Baza de date The data will be provided in a format that allows easy parsing, for
Datele vor fi furnizate într-un format ce permite parsarea facilă, de example: excel, csv and will be verified through a REST API provided
exemplu: excel, csv și se vor verifica prin intermediul unui REST API by the provider, to which the software modules of the PROMED project
pus la dispozitie de prestator, la care modulele software ale proiectului can be connected according to clear instructions. Economic operators
PROMED se pot conecta conform unor instructiuni clare. Operatorii will provide exactly the list of methods that can be called.
economici vor furniza exact lista de metode ce pot fi apelate.
The types of documents that will be delivered by the Service supplier
Tipurile de documente care vor fi livrate de Prestator sunt dar nu se are the following but are not limited to: the master file of the study that
limitează la: dosarul master al studiului care va conține fără a se limita will contain without limitation the working protocol, database, study
la protocol de lucru, bază de date, autorizația studiului, rapoarte de authorization, monthly monitoring reports, legislative limitations and any
monitorizare lunară, limitări legislative și orice altă informație necesară other information necessary for the proper performance of the contract.
bunei desfășurări a contractului. Pentru livrarea acestor documente, For the delivery of these documents, the tariff that will be requested by
tariful ce va fi solicitat de operatorul economic selectat câștigător nu va the winning economic operator will not be able to exceed 2% of the total
putea depăși 2% din valoarea totală a ofertei financiare depuse. value of the submitted financial offer. The winning selected economic
Operatorul economic selectat câștigător va permite Achizitorului și operator will also allow the Purchaser access to the cloud in which the
acces la cloud-ul în care va fi salvată baza de date, dar o va furniza și în database will be saved, but will also provide it in electronic format via e-
format electronic prin e-mail / memory stick direct Achizitorului. mail / memory stick directly to the Purchaser.
Page 32 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Orice data trebuie sa prezinte un camp identificator (orice inregistrare Any data must have an identifying field (any record must be associated
trebuie sa poata fi asociata unei SINGURE persoane). with a SINGLE person).
Pentru asigurarea trasabilității datelor, operatorul economic selectat To ensure data traceability, the winning selected economic operator will
câștigător va realiza o bază de date care sa includă rezultatele create a database that includes standardized results from a single
standardizate provenite de la un singur laborator certificat pentru certified laboratory for clinical research. This requirement does not refer
cercetare clinică. Această cerință nu se referă la includerea unui to the inclusion of a single laboratory for data collection, but to the use
singur laborator pentru colectarea datelor, ci la folosirea aceluiași tip de of the same type of standardized data result.
rezultat standardizat al datelor.
The winning selected economic operator will provide demographic and
Operatorul economic selectat câștigător va furniza informatii medical information of the subjects from whom the analyses are
demografice si medicale ale subiectilor de la care se colecteaza collected,
analizelele,
Note! Data will be considered valid only for those related to the tests
validated regardless of the type of analysis.
Notă! Se vor considera date valide doar celor aferente probelor validate
indifferent de tipul de analiza.
Page 33 of 85
.
Cod MySmis: 129400
13. Previziune inrolare pacienti in studiu: se solicită ca oferta să conțină și un Gantt privind înrolarea subiecților în studiu, pe modelul:
Luna de studiu L1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 Total

Nr mediu estimat
de pacienti
13. Study patient enrollment forecast: the offer is required to include a Gantt on the enrollment of study subjects, on the model:
Study month M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 Total

Average number
of patients
Page 34 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
Anexa 1 Listă parametri
Dacă există se va citi ”informație preexistentă din ultima fișă a pacientului”

Obligatoriu se va citi ”Investigație obligatorie de efectuat în cadrul contractului ce va încheiat”
Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Crt. parametru
1. Patient Id/Id pacient - descriere: string - description: unique Obligatoriu
unic de identificare identification string
a subiectului cu for each patient
anonimizare which allows a form
- valoare implicită: na of anonymization
- tipul variabilei: - default: na
string introdus de - variable type: user
către utilizator typed string, case
- exemplu: “aa00 insensitive
- example: “aa00”
2. Sex - descriere: sexul - description: sex of Obligatoriu
subiectului the subject
- valoare implicită: na - default: na
- tipul variabilei: - variable type: string
string - example: „male”,
- exemplu: „female”
“masculin”,
“feminin”
3. Date of birth/Data - descriere: data - description: date of Obligatoriu
nasterii nașterii birth
- valoare implicită: - default: empty
câmp liber - variable type: date
- tipul variabilei: data, of the form dd-mm-
zz-ll-aaaa yyyy
- exemplu: 21-01- - example: 21-01-
1990
1990
-
4. Ethnicity/Etnie - descriere: gruparea - definition: grouping Obligatoriu
oamenilor după of humans based
trăsături on shared physical
Page 35 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
fizice/sociale or social qualities
comune into categories
- valoare implicită: na generally viewed as
- tipul variabilei: distinct within a
string dintr-un given society
meniu tip drop- - default: na
- variable type: string
down
from a drop-down
- example:
„caucazian”
5. Diagnosis/Diagnostic - descriere: - description: tumour Obligatoriu
localizarea tumorii primary site
primare sub formă localization in the
de meniu drop- form of a drop-
down codificat down menu and it
conform ICD-10 (în will be coded
limba romană) 2 according to ICD-
- valoare implicită: na 101 (English)
- tipul variabilei: listă - default: na
de string-uri - variable type: list of
- exemplu: “C18 strings
- example: “C18.
Tumoră malignă a
Malignant neoplasm
colonului” of colon”
6. Histological type/Tipul - descriere: tipul - description: tumour Dacă
histologic histologic al tumorii histological type in există
sub forma de meniu the form of a drop-
drop-down codificat down menu coded
conform codurilor according to ICD-10
de morfologie ICD- O morphology
10 O4 codes3
- tipul variabilei: listă - variable type:
de stringuri predetermined list
of strings
Page 36 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
- exemplu: “8490/3 - example: “8490/3
Carcinom cu celule signet ring cell”
în inel cu pecete”
7. T - descriere: - definition5: primary Dacă
stadializarea tumorii tumour staging există
conform AJCC according to AJCC
(2017) (2017) classification
- valoare implicită: x - default: x
- tipul variabilei: - variable type: user
string introdus input string
manual conținând o consisting of a
number and
cifra și, posibil, o
possibly a letter or x
litera. Valoarea x if it is unknown/not
dacă nu este applicable, case
aplicabil sau insensitive
nestadializat - example: “2a”, “’x”,
- exemplu: “2a”, “’x”, “3c”
“3c”
8. N - descriere: - definition5: nodal Dacă
stadializarea staging according există
invaziei ganglionare to AJCC (2017)
a tumorii conform classification
AJCC (2017) - default: x
- valoare implicită: x - variable type: user
- tipul variabilei: input string
string introdus consisting of a
manual conținând o number and
possibly a letter or x
if it is unknown/not
literă. Valoarea x applicable, case
dacă nu este insensitive
aplicabil sau - example: “3c”, “x”,
nestadializat 0
Page 37 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
- exemplu: “3c”, “’x”,
“0”
9. M - descriere: - definition5: distant Dacă
stadializarea spread of the există
invaziei la distanta a tumour (metastasis)
tumorii conform staging according
AJCC (2017) to AJCC (2017)
- valoare implicită: x classification
- tipul variabilei: - default: x
string introdus - variable type: user
manual conținând o input string
consisting of a
number and
literă Valoarea x possibly a letter or x
dacă nu este if it is unknown/not
aplicabil sau applicable, case
nestadializat insensitive
- exemplu: “0”, “1”, - example: “0”, “1”,
“x” “x”
10. Stage/Stadiu - descriere: - definition5: tumour Dacă
stadializarea tumorii staging after TNM există
după clasificarea classification
TNM conform according to AJCC
AJCC (2017) (2017) classification
string introdus input strings having
manual conținând o integers along with
characters
- example: 4a, 2b
literă. Valoarea x
dacă nu este
aplicabil sau
nestadializat
- exemplu: 4a, 2b
Page 38 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
11. Date of diagnosis/Data - descriere: data - definition: the date Dacă
diagnosticului confirmarii of the există
histopatologice a histopathological
tumorii confirmation for the
- valoare implicită: tumour
câmp liber - default: empty
- tipul variabilei: dată - variable type: date
de forma zz-ll-aaaa of the form dd-mm-
- exemplu: 21-01- yyyy
- example: 21-01-
1990
1990
12. Tumour molecular - descriere: markeri - definition6: markers Dacă
markers/Markeri depistați folosind found with any există
tumorali moleculari testare moleculară molecular testing
(FISH, SISH etc) (FISH, SISH etc)
- valoare implicită: - default: “none”
“none” - variable type:
- tipul variabilei: listă predetermined list
de stringuri, of strings, multiple
multiple opțiuni, se choices possible,
can add another
pot adăuga și alți
marker if not found
markeri in the list
- exemplu: “TTF-1”, - example: “TTF-1,
“CK5” CK5”
13. Ki67(%) - descriere: index de - definition7: Dacă
proliferare al proliferation index există
celulelor tumorale of the tumoral cells,
- valoare implicită: na information found
- tipul variabilei: with molecular
integer (0-100) sau testing
na dacă nu este - default: na
- variable type:
disponibil
integer with
- exemplu: “na”, “25” numbers from 0 to
Page 39 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
100 or “na” if not
applicable
- example: “na”, “25”
14. Tumour - descriere: o - definition8,9: A Dacă
markers/Markeri subsțantă depistată substance found in există
tumorali în țesut, sânge, tissue, blood, bone
țesut osos, măduva marrow, or other
osoasa sau în alte body fluids that may
fluide ale be a sign of cancer
organismului care or certain benign
pot indica prezența (noncancer)
unui cancer conditions
- valoare implicită: - Default: “none”
“none” - variable type: string
- tipul variabilei: from a dropdown
string dintr-un menu, multiple
meniu tip drop- selection possible,
the list of markers
down, multiple
will be taken from
selecții posibile, National Cancer
lista fiind extrasa de Institute10
la National Cancer - example: “CEA”,
Institute “NSE”
- exemplu: “CEA”,
“NSE”
15. Familial history - descriere: - definition11: major Obligatoriu
sindroame majore syndromes or
sau boli prezente în diseases that are
familie. Se apliă present in family.
clasificarea ICD-10 The parameter is
- valoare implicită: na scored according to
- tipul variabilei: listă ICD-10
de stringuri dintr-un - default: na
meniu drop-down, - variable type: list of
strings from a
selecție multiplă
Page 40 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
- exemplu: “I10. dropdown menu,
Hipertensiune multiple selection
esentiala”, “K25. possible
- example: “I10.
Ulcer gastric”
Essential (primary)
hypertension”,
“K25. Gastric ulcer”
16. Personal pathologic - descriere: boli în - definition: history of Obligatoriu
history/Istoric trecutul sau în previous or current
patologic personal prezentul illnesses affecting
subiectului. Se the person. The
aplică clasificarea parameter is scored
ICD-10 according to ICD-
- valoare implicită: na 101
- tipul variabilei: lista - default: na
de stringuri dintr-un - variable type: list of
meniu drop-down, strings from a
dropdown menu,
selecție multiplă
multiple selection
- exemplu: “I10. possible
Hipertensiune - example: “I10.
esențială”, “K25. Essential (primary)
Ulcer gastric” hypertension”,
“K25. Gastric ulcer”
17. Current - descriere: - definition: current Obligatoriu
treatment/Tratament in medicația din medication that the
curs prezent. Se person is taking.
utilizeaza Only the active
substanțele active substance is
ca input required as input
string introdus de inserted string,
către utilizator, multiple choice
possible, case
Page 41 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
multiple posibilități, insensitive, without
fără prescurtări shorthand
- exemplu: - example:
“acetaminophen”,
“acetaminofen”,
“fluoxetine”
“fluoxetină”
18. Pack year/Pachete an - descriere: statutul - definition12: present Obligatoriu
de fumător în or history of
prezent sau în smoking. It is
trecut. Se calculated by
calculeaza multiplying the
înmulțind numărul number of packs of
de țigări fumate/zi cigarettes smoked
cu numărul de ani per day by the
în care subiectul a number of years the
fumat. Ex. 1 pachet person has smoked.
an este egal cu E.g., 1 pack year is
fumatul a unui equal to smoking
pachet/zi timp de one pack per day
un an sau a 2 for 1 year or 2
pachete/zi timp de packs per der for
jumătate de an half a year
- tipul variabilei: - variable type:
integer integer
- exemplu: 2, 10 - example: 2, 10
19. Toxic - descriere: - definition: toxic Obligatoriu
exposure/Expunere la substanțe toxice cu elements that the
substante toxice care subiectul a person contacted
intrat în contact de- during work or
a lungul vieții. Lista during other
de substanțe toxice circumstances. The
este preluată de la list of choices will
Agentia be provided from
Internațională International
pentru Cercetarea Agency for
Page 42 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
Cancerului – pentru Research on
plămân și pentru Cancer13 for Lung
cancerul colorectal cancer and for
- valoare implicită: na Colorectal cancer
- tipul variabilei: listă - default: na
de stringuri, alegeri - variable type:
multiple dropdown list of
strings, multiple
- exemplu: “radiații
choices possible
X”, “azbest” - example: “X-ray
radiation”,
“Asbestos”
20. Hb - descriere: nivelul de - definition: Obligatoriu
hemoglobină în g/dl haemoglobin level
- valoare implicită: na in g/dl
- tipul variabilei: - default: na
double - variable type:
double
21. RBC - descriere: numărul - definition: red blood Obligatoriu
de celule roșii cell count in
x103/uL x103/uL
- tipul variabilei: - variable: double
double
22. WBC - descriere: numărul - definition: white Obligatoriu
de celule albe blood count x103/uL
x103/uL (absolute count)
double
23. Neu - descriere: numărul - definition: Obligatoriu
de neutrofile neutrophil count
x103/uL x103/uL (absolute
- valoare implicită: na count)
- default: na
Page 43 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
double
24. PLT - descriere: numărul - definition: platelet Obligatoriu
de trombocite count x103/uL
x103/uL - default: na
- valoare implicită: na - variable: double
- tipul variabilei:
double
25. LYMPH - descriere: numărul - definition: Obligatoriu
de limfocite x103/uL lymphocyte count
- valoare implicită: na x103/uL
- tipul variabile: - default: na
double - variable: double
26. EOS - descriere: numărul - definition: Obligatoriu

de eozinofile eosinophil count
x103/uL x103/uL
double
27. BASO - descriere: numărul - definition: basophil Obligatoriu
de bazofile x103/uL count x103/uL
double
28. Mono - descriere: numărul - definition: Obligatoriu
de monocite monocyte count
x103/uL x103/uL
double
Page 44 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
29. TCD3 - descriere: numărul - definition: CD3 T Dacă
de limfocite T de tip lymphocyte (%) există
CD3 (%) - default: na
- tipul variabilei:
double
- tipul variabilei:
double
- tipul variabilei:
double
32. LB - descriere: numărul - definition: B Dacă
de limfocite B (%) lymphocyte (%) există
double
33. TCR - descriere: profilul - definition: Obligatoriu
receptorilor circulating T
limfocitelor T lymphocyte
circulante receptor profile
- tipul variabilei: fișier - variable type:
csv/tsv, vcf + csv/tsv, vcf +
bam/FASTA/FASTQ bam/FASTA/FASTQ
file
- exemplu: sursa14
- example: see14
Page 45 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400

Crt. parametru
34. Imagistic tumour - descriere: - definition: primary Dacă
localization/Localizare localizarea tumorii tumour localization există
imagistica a tumorii primare conform as seen on
investigațiilor CT/MRI/PET-CT
imagistice - default: na
CT/IRM/PET-CT - variable type: string
- valoare implicită: na from dropdown list
- tipul variabilei: listă - example: “left lung”,
de stringuri dintr-un “rectal”
meniu drop-down
- exemplu: “plămân
stâng”, “rect”
35. Imagistic tumour - descriere: - definition: size of Dacă
dimension/Dimensiune dimensiunea primary tumour in există
imagistica a tumorii tumorii in cm cm (length × width
(lungime x lațime x × height)
inălțime) - variable type:
- valoare implicită: na comma separated
- tipul variabilei: doubles
valori tip double - default: na
separate prin - example: 2x3x1
virgula (length = 2 cm,
- exemplu: 2x3x1 width = 3 cm,
(lungimea = 1cm, height = 1 cm)
lățimea = 3 cm,
înălțimea =1 cm)
Page 46 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
References pentru parametrii și informațiile din tabelul de mai sus:
1. The Web’s Free 2022 ICD-10-CM/PCS Medical Coding Reference. Accessed October
10, 2021. https://www.icd10data.com/
2. https://www.drg.ro/DocDRG/ListaTabelara_Boli_ICD_10_AM.pdf.
3. World Health Organization. International Classification of Diseases for Oncology (ICD-
O) – 3rd Edition, 1st Revision. 3rd ed. World Health Organization; 2013. Accessed October 10,
2021. https://apps.who.int/iris/handle/10665/96612
4. Pătruleasa MS, Coza D, Popescu C, Raţiu A. Clasificarea Internaţională a Maladiilor
pentru Oncologie. s. n.; 2005.
5. AJCC - What is Cancer Staging? Accessed October 10, 2021.
https://cancerstaging.org/references-tools/Pages/What-is-Cancer-Staging.aspx
6. Nair M, Sandhu SS, Sharma AK. Cancer molecular markers: A guide to cancer
detection and management. Semin Cancer Biol. 2018;52:39-55.
doi:10.1016/j.semcancer.2018.02.002
7. Viale G, Hanlon Newell AE, Walker E, et al. Ki-67 (30-9) scoring and differentiation of
Luminal A- and Luminal B-like breast cancer subtypes. Breast Cancer Res Treat.
2019;178(2):451-458. doi:10.1007/s10549-019-05402-w
8. Malati T. Tumour markers: An overview. Indian J Clin Biochem. 2007;22(2):17-31.
doi:10.1007/BF02913308
9. Definition of tumor marker - NCI Dictionary of Cancer Terms - National Cancer Institute.
Published February 2, 2011. Accessed October 18, 2021.
https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms/def/tumor-marker
10. Tumor Markers in Common Use - National Cancer Institute. Published May 27, 2021.
Accessed October 14, 2021. https://www.cancer.gov/about-cancer/diagnosis-
staging/diagnosis/tumor-markers-list
11. Driscoll CE. The Family History. In: Walker HK, Hall WD, Hurst JW, eds. Clinical
Methods: The History, Physical, and Laboratory Examinations. 3rd ed. Butterworths; 1990.
Accessed October 10, 2021. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK328/
Page 47 of 85
clustere
.
acronim PROMED
Cod MySmis: 129400
12. Definition of pack year - NCI Dictionary of Cancer Terms - National Cancer Institute.
Published February 2, 2011. Accessed October 10, 2021.
https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms/def/pack-year
13. IARC Classification by cancer site. Accessed October 14, 2021.
https://monographs.iarc.who.int/wp-
content/uploads/2019/07/Classifications_by_cancer_site.pdf
14. Rosati E, Dowds CM, Liaskou E, Henriksen EKK, Karlsen TH, Franke A. Overview of
methodologies for T-cell receptor repertoire analysis. BMC Biotechnol. 2017;17(1):61.
doi:10.1186/s12896-017-0379-9
Page 48 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Anexa 2 TCR
Următoarele reprezintă un exemplu de date necesare pentru The following are an example of data required for TCR profiling.
profilul limfocitelor T (TCR). Datele sunt obținute folosind soft-ul The data are obtained using the Analysis workflow Oncomine TCR
de achiziție a datelor Analysis workflow Oncomine TCR Beta-SR - Beta-SR - w1.2 - RNA - Single Sample, and Ion ReporterTM
w1.2 - RNA - Single Sample și softul Ion ReporterTM Software 5.10 Software 5.10 or above versions for data analysis.
(sau versiuni mai recente) pentru interpretarea datelor.
Analyze human T‐cell receptor beta chains amplified from fresh or
Analiza lanțurilor beta ale receptorilor limfocitelor T umane amplificate FFPE-treated RNA/cDNA using Framework 3 and Joining Gene
din ARN/cDNA proaspăt sau FFPE utilizând Framework 3 și primeri targeting primers. The short amplicon (80 bp average length) provides
țintiți Joining Gene. Ampliconul scurt (lungime medie de 80 bp) asigură coverage of the CDR3 region to enable clone tracking and
acoperirea regiunii CDR3 pentru a permite urmărirea clonelor și measurements of T‐cell diversity from degraded material including
măsurarea diversității celulelor T din materialul degradat, inclusiv ARN- FFPE-treated RNA. Reports the frequency and sequence features of
ul tratat cu FFPE. Raportează caracteristicile de frecvență și secvență clonotypes and performs secondary analyses of repertoire features.
ale clonotipurilor și efectuează analize secundare ale caracteristicilor Uses the IMGT® database of variable, diversity, and joining genes as
repertoriului. Utilizează baza de date IMGT® de variabile, diversitate și
Page 49 of 85
.
Cod MySmis: 129400
gene de îmbinare ca referință. Lansat cu: Ion ReporterTM Software a reference. Released with: Ion ReporterTM Software 5.12. Workflow
5.12. Versiunea fluxului de lucru: 1.2 Version: 1.2
Parametrii obligatorii pentru probele analizate, în plus față de fișierele Parameters required for all analyzed samples, apart from the .vcf,
.vcf, .bam, .csv and .tsv, care sunt obligatorii și sunt specificați în .bam, .csv and .tsv files, which are mandatory and are specified in the
documentul principal. Acești parametri pot rezulta prin accesarea main document. These parameters can result from full access to the
direct a soft-ului Ion ReporterTM Software pentru probele analizate. Ion ReporterTM Software for the analyzed samples. These parameters
Acești parametri trebuie reprezentați conform descrierii de mai jos sau should be represented as the description below or similar.
variante similare ale acestora, generate cu ajutorul altor platforme de
secvențiere genică.
1. QC metrics
2. Sample results
1. Valori pentru controlul calității
3. Haplotype group assignment
2. Rezultatele probelor
4. Clone summary table
3. Desemnarea unui grup haplotipic
5. Full access to analysis instruments of software used for
4. Tabel rezumativ al clonelor
generation of TCR sequencing for all the samples analyzed
within the clinical study
Page 50 of 85
.
Cod MySmis: 129400
5. Acces la toate instrumentele de analiză ale soft-ului utilizat

pentru interpretarea datelor de secvențiere genică TCR pentru 1. QC metrics
toate probele analizate în cadrul studiului clinic 1.1. Read classification
1. Valori pentru controlul calității After the first stage of data processing, raw sequencing reads are
1.1. Clasificarea citirilor classified and proportionally represented in a stacked barplot. Actual
read counts for each classification are listed below the figure in the
results report.
După prima etapă de procesare a datelor, citirile de secvențiere brute
sunt clasificate și reprezentate proporțional într-un grafic de bare
stivuit. Numărările reale de citire pentru fiecare clasificare sunt listate
sub figura din raportul de rezultate.
Page 51 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Page 52 of 85
.
Cod MySmis: 129400
1.2. Proporția de lungime completă, de calitate redusă și citiri lipsite 1.2. Proportion of full length, quality trimmed and reads lacking P1-
de cheia P1, prin clasificarea de citire key, by read classification
Această diagramă de bare indică frecvența tăierii calității pentru citirile This stacked barplot indicates the frequency of quality trimming for
clasificate ca productive, productive salvate, neproductive și reads classified as productive, rescued productive, unproductive, and
nerespectate/de calitate scăzută. Citirile de lungime completă off-target/low-quality. Full-length reads categorized as low quality/off-
clasificate ca calitate scăzută/în afara țintei reprezintă probabil target likely represent off-target amplifications.
amplificări în afara țintei.
Page 53 of 85
.
Cod MySmis: 129400
1.3. Componența bazelor homopolimerilor supra și sub exprimați 1.3. Base composition of overcalled and undercalled
homopolymers
Această diagramă cu bare indică compoziția de nucleotide a bazelor
supraapelate (erori de secvențiere a inserției bazei) și a bazelor This stacked barplot indicates the nucleotide composition of
subapelate (erori de secvențiere a ștergerii bazei). Compoziția de overcalled bases (base insertion sequencing errors) and undercalled
bases (base deletion sequencing errors). Highly-skewed nucleotide
Page 54 of 85
.
Cod MySmis: 129400
nucleotide foarte distorsionată poate indica secvențierea de calitate composition may indicate lower quality sequencing or low library
inferioară sau diversitatea scăzută a bibliotecii. diversity.
Page 55 of 85
.
Cod MySmis: 129400
1.4. Analiza prin reducerea eșantionării 1.4. Downsampling analysis
Reducerea eșantionării se realizează prin repetarea identificării Downsampling is achieved by repeating clone identification and
clonelor și măsurării caracteristicilor repertoriului folosind 10 K, 50 K, measurement of repertoire features using 10 K, 50 K, 250 K, 500 K,
250 K, 500 K, 750 K, 1 M, 1,5 M, 2 M și 5 M selectate aleatoriu de citiri 750 K, 1 M, 1.5 M, 2 M, and 5 M randomly selected productive and
productive și salvate, în funcție de adâncimea de secvențiere. rescued productive reads, contingent on sequencing depth. The
Graficele arată efectul adâncimii de secvențiere asupra graphs show the effect of sequencing depth on select repertoire
caracteristicilor repertoriului selectate: numărul de clone detectate, features: number of clones detected, clone evenness, Shannon
uniformitatea clonelor, diversitatea Shannon și frecvența TCR diversity, and the convergent TCR frequency. Values for these
convergentă. Valorile pentru aceste metrici de repertoriu care sunt repertoire metrics that are displayed in this plot are provided in the
afișate în acest grafic sunt furnizate în fișierul de metrici. Rezumatul metrics file. Clone summary and lineage summary files that are derived
clonării și fișierele rezumate ale descendenței care sunt derivate din from downsampled data are provided in the 'downsampling'
date reduse de eșantionare sunt furnizate în subdirectorul „reducere subdirectory of the zipped results download file. If insufficient reads
eșantionare” al fișierului de descărcare a rezultatelor arhivate. Dacă are available for a particular downsampling depth, the corresponding
sunt disponibile citiri insuficiente pentru o anumită adâncime de fields are assigned a 'NA' value in the metrics file.
eșantionare, câmpurilor corespunzătoare li se atribuie o valoare „NA”
în fișierul de valori.
Page 56 of 85
.
Cod MySmis: 129400
1.5. Valori QC
1.5. QC metrics
Valorile QC includ numărul de clasificări de citire și valorile QC ale
componentelor. The QC metrics include the read classification counts and strand QC
metrics.
Page 57 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Page 58 of 85
.
Cod MySmis: 129400
2. Rezultatele probelor 2. Sample Results

2.1. Grafice de spectratipare 2.1. Spectratyping plots
Repertoriul imun dintr-o probă este reprezentat în fiecare diagramă de The immune repertoire within a sample is represented in each
spectratipare prin intervalul de lungimi CDR3 și modelul lor de spectratyping plot by the range of CDR3 lengths and their pattern of
distribuție. Citirile pentru clonele identificate sunt aranjate de-a lungul distribution. Reads for identified clones are arranged along the X-axis
axei X în funcție de identitatea variabilă a genei și axa Y în funcție de according to the variable gene identity and the Y-axis according to the
lungimea nucleotidelor CDR3. Ordinea variabilă a genei reflectă poziția CDR3 nucleotide length. The variable gene order reflects the gene
genei în locusul TCRβ. Punctele sunt separate vertical de-a lungul axei position within the TCRβ locus. Dots are separated vertically along the
Page 59 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Y prin 3 nucleotide (un codon), cu cât mai sus pe axa Y cu atât Y-axis by 3 nucleotides (one codon), the higher up the Y-axis the
regiunea CDR3 este mai lungă. Mărimea cercului indică frecvența unei longer the CDR3 region. Circle size indicates the frequency of a
anumite combinații variabile genă-lungime nucleotidă CDR3 în setul de particular variable gene-CDR3 nucleotide length combination within
date. Culoarea cercului reprezintă o a patra măsură specifică fiecărui the dataset. Circle color represents a fourth metric specific to each
grafic (de exemplu, Shannon Diversity, uniformity, clone frequency). graph (for example, Shannon Diversity, evenness, clone frequency).
Valorile cheie ale repertoriului sunt afișate de-a lungul marginii Key repertoire metrics are displayed along the lower margin of the plot.
inferioare a graficului.
In the Ion ReporterTM Software, the spectratyping plots are interactive,
În software-ul Ion ReporterTM, diagramele de tipare spectrală sunt allowing you to adjust the data and access clone details. Drag the ends
interactive, permițându-vă să ajustați datele și să accesați detaliile of the horizontal bar below the X-axis to limit the region (v-genes) to
clonelor. Trageți capetele barei orizontale sub axa X pentru a limita view in the plot. Drag the ends of the color range up or down to limit
regiunea (genele v) de vizualizat în grafic. Trageți capetele gamei de the clones that are viewed. Hover your cursor over any dot to view the
culori în sus sau în jos pentru a limita clonele care sunt vizualizate. details of an individual clone. Click to restore the default plot view, click
Treceți cursorul peste orice punct pentru a vedea detaliile unei clone to download a static image of the plot (if you have adjusted the plot
individuale. Faceți clic pentru a restabili vizualizarea grafică implicită, view, the adjusted plot is downloaded).
faceți clic pentru a descărca o imagine statică a diagramei (dacă ați
ajustat vizualizarea diagramei, graficul ajustat este descărcat).
Note: T-cell Leukemia (Jurkat) Total RNA is derived from a cell line
consisting of a single T-cell clonotype. Running the OncomineTM TCR
Page 60 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Notă: Leucemia cu celule T (Jurkat) ARN-ul total este derivat dintr-o Beta Assay on Jurkat Total RNA should detect a single clonotype (a
linie celulară constând dintr-un singur clonotip de celule T. Efectuarea single spot on spectratyping plot).
testului OncomineTM TCR Beta pe Jurkat Total ARN ar trebui să
detecteze un singur clonotip (un singur punct pe graficul de
spectratipare).
Fig.1. TCRB V-gene usage and mutation rate
Fig.1. Utilizarea genei TCRB V și rata de mutație Spectratyping plot highlighting frequency of mutated bases over the
variable gene of identified clones. Circle color indicates the average
Page 61 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Graficul de spectratipare care evidențiază frecvența bazelor mutante frequency of mutated bases for clones having a particular variable
peste gena variabilă a clonelor identificate. Culoarea cercului indică gene-CDR3 nucleotide length combination. The two large circles in the
frecvența medie a bazelor mutante pentru clonele care au o anumită TRBV3-1 column indicate the presence of expanded clones having
combinație variabilă genă-lungime nucleotidă CDR3. Cele două that particular variable gene. The light color of the circles indicates that
cercuri mari din coloana TRBV3-1 indică prezența clonelor expandate the variable gene sequences of the sample closely match reference
care au acea genă variabilă particulară. Culoarea deschisă a cercurilor variable gene sequences in the IMGT database. Systematic
indică faptul că secvențele de gene variabile ale probei se potrivesc differences for reference may indicate the presence of polymorphism
îndeaproape cu secvențele de gene variabile de referință din baza de within the variable gene that is not captured by the IMGT database.
date IMGT. Diferențele sistematice pentru referință pot indica prezența
polimorfismului în gena variabilă care nu este capturată de baza de
date IMGT.
Page 62 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Fig.2. Utilizarea genei TCRB V și uniformitatea Fig.2. TCRB V-gene usage and evenness
Graficul de spectratipare care evidențiază uniformitatea dimensiunilor Spectratyping plot highlighting evenness of identified clone sizes
clonelor identificate (Normalized Shannon Entropy). Culoarea cercului (Normalized Shannon Entropy). Circle color indicates the evenness of
indică uniformitatea dimensiunilor clonelor pentru clonele care au o clone sizes for clones having a particular variable gene-CDR3
anumită combinație variabilă genă-lungime nucleotidă CDR3. Valorile nucleotide length combination. Values range from 0 to 1, with 1
variază de la 0 la 1, 1 indicând cele mai multe dimensiuni ale clonelor.
Page 63 of 85
.
Cod MySmis: 129400
În această reprezentare, porțiuni din repertoriu care conțin clone foarte indicating most even clone sizes. In this representation, portions of the
extinse apar albe. repertoire containing highly expanded clones appear white.
Fig.3. Utilizarea genei TCRB V și Shannon Diversity

Fig.3. TCRB V-gene usage and Shannon Diversity
Graficul de spectratipare care evidențiază diversitatea Shannon
(entropia) clonelor identificate. Culoarea cercului indică diversitatea Spectratyping plot highlighting Shannon Diversity (entropy) of
Shannon a clonelor care au o anumită combinație variabilă genă- identified clones. Circle color indicates the Shannon Diversity of clones
lungime nucleotidă CDR3. Porțiuni din repertoriu care conțin clone having a particular variable gene-CDR3 nucleotide length combination.
Page 64 of 85
.
Cod MySmis: 129400
puternic extinse au în mod obișnuit o valoare Shannon Diversity Portions of the repertoire containing highly expanded clones typically
scăzută corespunzătoare. have a corresponding low Shannon Diversity value.
Fig.4. Utilizarea genei TCRB V și cea mai mare frecvență clonală Fig.4. TCRB V-gene usage and largest clone frequency
Graficul de spectratipare care evidențiază frecvența celei mai mari Spectratyping plot highlighting the frequency of the largest clone for
clone pentru fiecare combinație variabilă de lungime a nucleotidelor each variable gene-CDR3 nucleotide length combination. Circle color
genă-CDR3. Culoarea cercului indică frecvența celei mai mari clone indicates the frequency of the largest clone having a particular variable
Page 65 of 85
.
Cod MySmis: 129400
care are o anumită combinație variabilă genă-lungime nucleotidă gene-CDR3 nucleotide length combination. Dark color indicates the
CDR3. Culoarea închisă indică prezența clonelor extinse. Aceste clone presence of expanded clones. These expanded clones may indicate a
extinse pot indica un răspuns la antigen, dar sunt, de asemenea, mai response to antigen but are also more commonly found in aged healthy
frecvent întâlnite la persoanele sănătoase în vârstă. individuals.
Fig.5. Utilizarea genei TCRB V și numărul de clone Fig.5. TCRB V-gene usage and number of clones
Graficul de spectratipare care evidențiază numărul de clone care sunt Spectratyping plot highlighting the number of clones that are identified
identificate pentru fiecare combinație variabilă de genă-lungime for each variable gene- CDR3 nucleotide length combination. Circle
Page 66 of 85
.
Cod MySmis: 129400
nucleotid CDR3. Culoarea cercului indică numărul de clone care au o color indicates the number of clones having a particular variable gene-
anumită combinație variabilă genă-lungime nucleotidă CDR3. Genele CDR3 nucleotide length combination. Specific variable genes may
variabile specifice pot participa mai frecvent la recombinarea VDJ, more frequently participate in VDJ recombination, leading to an
conducând la o îmbogățire în clone distincte pentru acele gene enrichment in distinct clones for those variable genes.
variabile.
2.2. V-gene usage
2.2. Utilizarea genei V
The OncomineTM TCR Beta Assay produces a graphical
Testul Oncomine TCR Beta produce o reprezentare grafică a representation of the frequency of Variable genes and alleles in a
TM
frecvenței genelor și alelelor variabile dintr-o probă. Selectați Utilizarea sample. Select V gene usage from the Views list. The stacked barplots
genei V din lista Vizualizări. Diagramele de bare stivuite indică indicate the representation of Variable genes among identified clones.
reprezentarea genelor variabile printre clonele identificate. Ordonarea Ordering of Variable genes reflects position within the TCRβ locus.
genelor variabile reflectă poziția în locusul TCRβ.
Notă: Identificarea variabilă a genelor și alelelor este cea mai precisă
Note: Variable gene and allele identification is most accurate when
atunci când se utilizează secvențierea ampliconilor lungi care acoperă
using long- amplicon sequencing covering all three CDR domains.
toate cele trei domenii CDR.
Page 67 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Fig.6. Utilizarea genei V care evidențiază alelele. Segmentele de Fig.6. V-gene usage highlighting alleles. Color segments within each
culoare din fiecare bară indică frecvența anumitor alele genelor bar indicate the frequency of particular Variable gene alleles, arranged
variabile, aranjate în funcție de frecvență de la cea mai rare (sus) la by frequency from rarest (top) to most common (bottom).
cea mai comună (jos).
Page 68 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Fig.7. Utilizarea genei V evidențiind dimensiunile clonelor. Fig.7. V-gene usage highlighting clone sizes. Color segments within
Segmentele de culoare din fiecare bară indică contribuția clonelor each bar indicate the contribution of individual clones, arranged from
individuale, aranjate de la cele mai mici clone (sus) la cele mai mari smallest clones (top) to largest clones (bottom).
clone (jos).
Page 69 of 85
.
Cod MySmis: 129400
2.3. Harta termică de utilizare a genei VJ 2.3. VJ‐gene usage heatmap
Testul OncomineTM TCR Beta produce o reprezentare grafică a The OncomineTM TCR Beta Assay produces a graphical
frecvenței fiecărei gene variabile - combinație de gene de unire (joining representation of the frequency of each Variable gene - Joining gene
- V) pentru clonele identificate. Selectați hărțile de utilizare a genei VJ combination for identified clones. Select VJ- gene usage heatmap from
din lista verticală Vizualizări pentru a vedea hărțile termice care the Views dropdown list to see heatmaps that represent the results.
reprezintă rezultatele.
Note: Variable gene and allele identification is most accurate when
Notă: Identificarea variabilă a genelor și alelelor este cea mai precisă using long-amplicon sequencing covering all three CDR domains.
atunci când se utilizează secvențierea lung-amplicon care acoperă
toate cele trei domenii CDR.
Page 70 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Fig.8. Harta termică de utilizare a genei VJ. Hartă termică care Fig.8. VJ‐gene usage heatmap. Heatmap illustrating the frequency of
ilustrează frecvența anumitor combinații de gene de unire a genelor particular Variable gene-Joining gene combinations for identified
variabile pentru clonele identificate. Frecvențele sunt transformate în clones. Frequencies are log transformed with pseudocount added.
jurnal cu pseudonumăr adăugat. Combinațiile de gene de unire Over-represented Variable-Joining gene combinations (white) may
variabilă suprareprezentate (albe) pot indica prezența unei clone foarte indicate presence of a highly expanded clone. Ordering of variable
extinse. Ordonarea genelor variabile reflectă poziția în locusul TCRβ. genes reflects position within the TCRβ locus.
2.4. Clonele detectate per genă variabilă 2.4. Clones detected per variable gene
utilizării genelor variabile printre clonele detectate. Selectați Clone representation of the Variable genes usage among detected clones.
detectate pe genă variabilă din lista Vizualizări. Select Clones detected per variable gene from the Views list.
Page 71 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Fig.9. Clonele detectate pe gena V. Graficul cu bare indică numărul de Fig.9. Clones detected per V-gene. The barplot indicates the number
clone identificate care au o anumită genă variabilă. Ordonarea genelor of identified clones having a particular Variable gene. Ordering of
variabile reflectă poziția în locusul TCRβ. Variable genes reflects position within the TCRβ locus.
2.5. Histograma regiunii CDR3 2.5. CDR3 histogram
Page 72 of 85
.
Cod MySmis: 129400
lungimilor CDR3 ale clonelor care sunt detectate într-o probă. Selectați representation of the CDR3 lengths of clones that are detected in a
histograma CDR3 din lista Vizualizări. sample. Select CDR3 histogram from the Views list.
Page 73 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Fig.10. Frecvența relativă față de lungimea nucleotidelor CDR3 a Fig.10. Relative frequency vs CDR3 nucleotide length of identified
clonelor identificate. Histograma indică distribuția lungimii CDR3 clones. The histogram indicates the distribution of CDR3 lengths for
pentru clonele identificate în probă. clones identified in the sample.
3. Atribuirea grupului de haplotipuri 3. Haplotype group assignment
Atribuirea grupului de haplotip este disponibilă numai cu testul Haplotype group assignment is only available with the OncomineTM
OncomineTM TCR Beta-LR. TCR Beta-LR Assay.
Eșantioanele pot fi acum atribuite cu un atribut „Grup de populație” în Samples can now be assigned a 'Population Group' attribute in Torrent
Torrent SuiteTM și Ion ReporterTM Software. Atributele disponibile
pentru eșantionul de populație reprezintă super-grupurile de populație, SuiteTM and Ion ReporterTM Software. The available Population
așa cum sunt definite de Proiectul 1000 de genomi sample attributes represent the super population groups as defined by
(http://www.internationalgenome.org/faq/which-populations-are-part- the 1000 Genomes Project (http://
your-study/). Pentru eșantioanele care au o atribuire a grupului de www.internationalgenome.org/faq/which-populations-are-part-your-
populație „european”, se efectuează o analiză suplimentară a study/). For samples having a 'European' population group assignment,
haplotipului TRB pentru a atribui o probă la unul dintre cele 6 grupuri an additional TRB haplotype analysis is performed to assign a sample
de haplotipuri europene pre-identificate, așa cum este descris în to one of 6 pre-identified European haplotype groups as described in
(https://www.biorxiv.org/node/129236). Probele sunt atribuite unui (https://www.biorxiv.org/node/129236). Samples are assigned to a
Page 74 of 85
.
Cod MySmis: 129400
grup de haplotip prin determinarea profilului variabil al alelei genei a haplotype group by determining the variable gene allele profile of the
probei. Profilul alelelor este proiectat pe primele două componente sample. The allele profile is projected onto the top two principal
principale ale setului de date de referință, apoi se determină centrul components of the reference dataset, then the haplotype group center
grupului de haplotip care este cel mai apropiat de proba de interogare that is nearest to the projected query sample is determined. A
proiectată. Este creată o vizualizare PNG/PDF care ilustrează proiecția PNG/PDF visualization is created illustrating the principal component
componentei principale a eșantionului de interogare pe grupurile de projection of the query sample onto the pre- defined haplotype groups
haplotipuri predefinite împreună cu atribuirea grupului de haplotipuri along with haplotype group assignment (see Figure 16). The haplotype
(vezi Figura 16). Atribuirea grupului de haplotip este, de asemenea, group assignment is also noted in the haplotype_group column in the
notă în coloana haplotype_group din fișierul de valori. Pentru mostrele metrics file. For samples not annotated as 'European' Population
care nu sunt adnotate ca grup de populație „european”, câmpul Group, the haplotype_group field assumes a 'NA' value and the
haplotype_group presupune o valoare „NA” și analiza haplotipului nu haplotype analysis is not performed.
este efectuată.
Page 75 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Page 76 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Fig.11. Atribuirea grupului de haplotipuri. În acest exemplu, un Fig.11. Haplotype group assignment. In this example, a European
eșantion din grupul european de populație a fost clasificat ca Population Group sample has been classified as belonging to
aparținând grupului 2 de haplotipuri. haplotype group 2.
4. Tabel rezumativ al clonelor 4. Clone summary table
Tabelul rezumativ al clonelor listează clonele identificate în ordine de The Clone Summary table lists the identified clones in rank order from
rang, de la cele mai frecvente până la cele mai puțin frecvente. Fiecare the most frequently occurring to least frequent. Each row represents
rând reprezintă o clonă individuală. Pentru fiecare clonă sunt an individual clone. For each clone the identified Variable and Joining
enumerate variabilele și regiunile de îmbinare identificate, precum și region are listed as well as the amino acid (CDR3 AA) and nucleotide
secvențele de aminoacizi (CDR3 AA) și nucleotide (CDR3 NT) ale (CDR3 NT) sequences of the CDR3 region.
regiunii CDR3.
Page 77 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Pentru analizele cu mai multe eșantioane, tabelul rezumativ al clonelor For multi-sample analyses the Clone Summary table lists the
listează frecvența fiecărei clone identificate în oricare dintre probe - frequency of each clone identified in any of the samples—sorted in
Page 78 of 85
.
Cod MySmis: 129400
sortate în ordine descrescătoare în funcție de frecvența clonelor din descending order based on the frequency of the clones in the leftmost
coloana din stânga - pentru fiecare probă din analiză. Deși puteți column—for each sample in the analysis. While you can compare
compara fluxurile de lucru din repertoriu (de exemplu, SR vs. LR), în across repertoire workflows (ie., SR vs. LR), in some instances SR
unele cazuri, rezultatele SR pot include mai multe atribuiri variabile de results may include multiple variable gene assignments.
gene.
Page 79 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Următoarele informații sunt furnizate în tabelul rezumativ al clonelor. The following information is provided in the Clone Summary table.
4.1. Grafice comparative

4.1.1. Grafice de corelație 4.1. Comparison plots
Page 80 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Rezultatele comparării a 2 probe includ un grafic de dispersie care 4.1.1. Correlation scatterplot
indică frecvența clonelor în ambele probe.
The results of comparing of 2 samples include a scatterplot indicating
the frequency of clones across both samples.
Fig.12. Valorile frecvenței sunt transformate log10 cu o frecvență de

pseudonumăr de 1E-6 adăugată la fiecare valoare. Trecerea cu
mouse-ul peste un punct va dezvălui secvența CDR3NT și AA a unei Fig.12. Frequency values are log10 transformed with a pseudocount
clone, mutația variabilă și frecvența în fiecare probă. frequency of 1E-6 added to each value. Hovering over a point will
reveal the CDR3NT and AA sequence of a clone, the Variable mutation,
and the frequency in either sample.
Page 81 of 85
.
Cod MySmis: 129400
4.1.2. Indexul de similitudine Jaccard 4.1.2. Jaccard similarity index
Rezultatele comparării a 3 sau mai multe eșantioane includ un grafic The results of comparing of 3 or more samples include a Jaccard
al indicelui de similitudine Jaccard. similarity index plot.
Page 82 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Fig.13. Indicele de similitudine Jaccard este determinat pentru fiecare Fig.13. The Jaccard similarity index is determined for each pairwise
comparație pe perechi și afișat sub formă de hărți termice. Indicele de comparison and displayed in heatmap form. The Jaccard similarity
similitudine Jaccard variază de la 0 la 1 și este calculat ca numărul total index ranges from 0 to 1 and is calculated as the total number of
de clone partajate împărțit la numărul total de clone unice din două shared clones divided by the total number of unique clones across two
mostre. samples.
4.2. Detecția clonelor rare 4.2. Rare clone detection
Testele repertoriului imun uman OncomineTM și fluxurile de lucru de The human OncomineTM immune repertoire assays and
analiză software Ion ReporterTM însoțitoare pot fi utilizate pentru a
identifica și căuta clone individuale de celule T sau B rare de interes. accompanying Ion ReporterTM Software analysis workflows can be
Această capacitate este potrivită în special pentru studii longitudinale used to identify and search for individual rare T- or B cell clones of
în care frecvența unei anumite clone rare (sau a unui grup mic de interest. This capability is particularly suited for longitudinal studies
clone) este urmărită. where the frequency of a particular rare clone (or small group of
clones) is being tracked.
4.3. Descărcare fișierelor valorice
4.3. Download the metrics file
Page 83 of 85
.
Cod MySmis: 129400
Deschideți fișierul CSV de rezumat clon pentru a vedea informațiile Open the clone summary CSV file to view the additional information
suplimentare incluse în foaia de calcul. that is included in the spreadsheet.
Note: The Convergent TCR Frequency metric is new to Ion
Notă: metrica Frecvența TCR convergentă este nouă pentru Ion ReporterTM Software 5.10 or later. TCR convergence refers to a
ReporterTM Software 5.10 sau o versiune ulterioară. Convergența "focusing' of the T cell repertoire that can occur following chronic
TCR se referă la o „concentrare” a repertoriului celulelor T care poate antigen stimulation. Convergent TCRs are identical in amino acid
apărea în urma stimulării cronice cu antigen. TCR-urile convergente space but different in nucleotide space (Variable gene + CDR3AA
sunt identice în spațiul aminoacizilor, dar diferite în spațiul shared with at least one other clone in a sample). The convergent TCR
nucleotidelor (genă variabilă + CDR3AA partajată cu cel puțin o altă frequency is calculated as the aggregate frequency of clones that are
clonă dintr-o probă) Frecvența TCR convergentă este calculată ca identified as convergent. See also (bioRxiv doi: 665612) for a
frecvența agregată a clonelor care sunt identificate ca convergente. discussion of the potential use of TCR convergence as a predictive
Vezi și (bioRxiv doi: 665612) pentru o discuție despre utilizarea biomarker for response to immunotherapy for cancer.
potențială a convergenței TCR ca biomarker predictiv pentru
răspunsul la imunoterapie pentru cancer.
Page 84 of 85
FORMULARE
Formular nr. 1
OFERTANT
____________________
(denumirea/numele)
SCRISOARE DE ÎNAINTARE
Către:
SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING SRL, Calea Griviței nr. 6 et. 4 sector 1, București
Email: gabriela.toader@frontierconsulting.ro ; promed.project2020@gmail.com
Ca urmare a Anunțului de participare nr ………......., privind procedura competitivă privată pentru

atribuirea contractului de achiziție “Servicii de laborator de cercetare” în cadrul
proiectului “Platforma bioinformatica pentru diagnosticul precoce al cancerului colorectal
si bronhopulmonar” – acronim PROMED”, cod MySMIS: 129400, Cod CPV principal:
73110000-6 Servicii de cercetare; Cod CPV secundar: 73000000-2 Servicii de cercetare şi de
dezvoltare şi servicii conexe de consultanţă, noi ……………….. (denumirea/numele ofertantului,
adresa completa, CUI), confirmăm că am luat la cunosștință de prevederile și specificațiile tehnice
și vă transmitem alăturat următoarele:
1. Plicul sigilat şi marcat în mod vizibil, conținând, în original (dacă se depune în format
tipărit oferta):
a) Documentele care însoțesc oferta.
b) Propunerea tehnică, Anexa 1, Anexa 2
c) Propunerea financiară
SAU
2. Pe e-mail: gabriela.toader@frontierconsulting.ro ; promed.project2020@gmail.com

(dacă se depune în format electronic, în PDF cu semnătură electronică sau scanat PDF
semnat de persoana autorizată pentru a depune oferta)
Avem speranța că oferta noastră este corespunzătoare şi vă satisface cerințele.
Cu stimă,
.………....................................................……......
(Nume, prenume, semnătura),
L.S.
Formular nr. 2
DECLARAȚIE
privind neîncadrarea în situațiile prevăzute la art. 14-15
din Ordonanța de Urgență a Guvernului nr. 66/2011
Prezenta declarație de propria răspundere vizează neîncadrarea în situațiile prevăzute la

art. 14-15 din Ordonanța de Urgență a Guvernului nr. 66/2011 privind prevenirea, constatarea și
sancționarea neregulilor apărute în obținerea și utilizarea fondurilor europene și/sau a fondurilor
publice naționale aferente acestora, cu modificările și completările ulterioare.
Subsemnatul (a) [...], în calitate de reprezentant legal al societății [...], in calitate de ofertant
în cadrul procedurii competitive pentru achiziția de “Servicii de laborator de cercetare” în
cadrul proiectului “Platforma bioinformatica pentru diagnosticul precoce al cancerului
colorectal si bronhopulmonar” – acronim PROMED”, cod MySMIS: 129400, declar pe proprie
răspundere, sub sancțiunea falsului în declarații, așa cum este acesta prevăzut la art. 326 din
Legea nr. 286/2009 privind Codul penal, cu modificările și completările ulterioare, că nu mă
încadrez în ipotezele descrise la art. 14-15 din Ordonanța de Urgență a Guvernului nr. 66/2011
privind prevenirea, constatarea și sancționarea neregulilor apărute în obținerea și utilizarea
fondurilor europene și/sau a fondurilor publice naționale aferente acestora, aprobată cu modificări
și completări prin Legea nr. 142/2012, cu modificările și completările ulterioare.
Subsemnatul (a) [...], declar că voi informa imediat SC FRONTIER MANAGEMENT

CONSULTING SRL dacă vor interveni modificări în prezenta declarație.
De asemenea, declar că informațiile furnizate sunt complete și corecte în fiecare detaliu și

înțeleg că SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING SRL are dreptul de a solicita, în scopul
verificării și confirmării declarației, orice informații suplimentare.
Înțeleg că în cazul în care această declarație nu este conformă cu realitatea sunt pasibil
de încălcarea prevederilor legislației penale privind falsul în declarații.
Data: ….
Reprezentant legal Ofertant unic/ Ofertant asociat/

Subcontractant
(denumirea operatorului economic si a reprezentantului legal)

_________________ (semnatura si stampila)
Formularul nr. 3
Acord pentru folosirea datelor personale

Întrucât, începând cu data de 25.05.2018, a intrat în vigoare Regulamentul (UE) nr.2016/679 din
data de 27.04.2016 privind protecția persoanelor fizice în ceea ce privește prelucrarea datelor cu caracter
personal și privind libera circulație a acestor date (prescurtat GDPR), care reglementează folosirea datelor
cu caracter personal pentru persoanele fizice, SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING SRL are
obligația de a administra în condiții de siguranță, și numai, pentru scopurile specificate explicit de către dvs,
datele personale pe care le furnizați despre dvs, respectiv despre un membru al familiei dvs. sau o persoană
pentru care aveți drept de reprezentare.
Scopul colectării datelor este pentru implementarea proiectului “Servicii de laborator de
cercetare” în cadrul proiectului “Platforma bioinformatica pentru diagnosticul precoce al
cancerului colorectal si bronhopulmonar” – acronim PROMED”, cod MySMIS: 129400. Datele
dvs sunt confidențiale și pot fi transmise pentru folosire către terțe entități în scopuri legale sau contractuale,
cum ar fi: Ministerul Investițiilor și Proiectelor Europene, Autoritatea de Management POC, Organismul
Intermediar pentru Promovarea Sistemului Informațional (OIPSI), terți furnizori implicați în mod direct sau
indirect în procesele aferente scopurilor mai sus menționate, autorități publice abilitate de lege sau cu care
SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING SRL a încheiat protocoale de colaborare în scopul îndeplinirii
atribuțiilor specifice conferite de legislația europeană și națională, precum și Comisiei Europene. Datele
dumneavoastră ar putea fi transferate în exteriorul țării către Comisia Europeană, conform legislației
europene aplicabile.
Conform Regulamentului (UE) nr.2016/679, beneficiați de: dreptul la informare; dreptul de acces;
dreptul la rectificare; dreptul la ștergerea datelor, dreptul la restricționarea prelucrării, dreptul la opoziție,
dreptul de a vă adresa justiției. Aveți dreptul de a solicita oricând, în scris, retragerea acordului dat prin
prezentul formular. Refuzul dumneavoastră de a completa, semna și retrimite formularul de mai jos, care
ne autorizează să folosim datele dvs., determină imposibilitatea de a beneficia pe viitor de resursele noastre.
Fără acordul dvs explicit, dat prin acest formular, nu vă putem contacta și nu vă putem trimite niciun
fel de materiale.
Retragerea ulterioară a acordului nu afectează legalitatea folosirii datelor personale efectuate în
baza prezentului acord înainte de retragerea acestuia. Retragerea acordului trebuie făcută în scris.
Completați datele personale ale reprezentantului legal și bifați serviciile de care doriți să beneficiați
în continuare.
Nume _______________ Prenume _____________ Data nașterii _____________ CNP
_______________________ Nr telefon ____________________
Adresa poștală: Str. _______________________________________________ nr._______ bl. ____sc. ____ap.
___ et. ___
Localitate: ________________________________ Cod poștal:____________ Județ: ____________
Țară:_________
Email ______________________________
Îmi dau acordul folosirii datelor personale de mai sus de către SC FRONTIER MANAGEMENT
CONSULTING SRL, prin bifarea pozițiilor de mai jos, pentru a primi:
[] apeluri telefonice și emailuri – informații generale
[] aprobarea începerii derulării proiectelor;
[] efectuarea vizitelor pe teren;
[] informare și promovare a POC
Data:
Reprezentant legal Ofertant unic/ Ofertant asociat/
Subcontractant
(denumirea operatorului economic si a reprezentantului legal)
________________ (semnatura si stampila)
Formular nr. 4
ACORD DE ASOCIERE
CAPITOLUL I -PARTILE ACORDULUI
Art. 1 Prezentul acord se încheie între :
S.C..................................................., cu sediul în ....................................., str. .....................................

nr..................., telefon ....................., fax ........................., înmatriculata la Registrul Comerțului din
......................................... sub nr. .........................., cod unic de înregistrare ...................................., cont
bancar in care se vor efectua plățile de către Beneficiar ............................................, deschis la
.........................................., adresa banca: ....................., reprezentata de
...................................................... având funcția de.......................................... , în calitate de asociat -
LIDER DE ASOCIERE
si
S.C................................................., cu sediul în .................................., str. ................................,

Nr..................., telefon ....................., fax ................................, înmatriculata la Registrul Comerțului din
........................................, sub nr. ..........................., cod unic de înregistrare ....................................,
cont ............................................., deschis la ............................................, reprezentata de
................................................................., având funcția de .......................................... , în calitate de
ASOCIAT
2. Obiectul acordului:
2.1 Asociații au convenit să desfășoare în comun următoarele activități:
a) participarea la procedura de achiziție publică organizată de SC FRONTIER MANAGEMENT
CONSULTING SRL pentru atribuirea contractului “ Servicii de laborator de cercetare” în
vederea implementării proiectului „Platforma bioinformatica pentru diagnosticul precoce
al cancerului colorectal si bronhopulmonar” – acronim PROMED, Cod SMIS 129400.
b) derularea în comun a contractului de achiziţie publică în cazul desemnării ofertei comune ca
fiind câștigătoare.
2.2 Alte activități ce se vor realiza în comun:
1. ___________________________________
2. ___________________________________
… ___________________________________
2.3 Activitați realízate de Asociat 1:
1. ___________________________________
2. ___________________________________
… ___________________________________
Activitați realízate de Asociat 2:
1. ___________________________________
2. ___________________________________
… ___________________________________
2.4 Contribuţia financiară/tehnică/profesională a fiecarei părţi la îndeplinirea contractului de
achiziţie publică este:
1._______ % S.C. ___________________________
2._______ % S.C. ___________________________
2.5 Repartizarea beneficiilor sau pierderilor rezultate din activităţile comune desfăşurate de
asociaţi se va efectua proporţional cu cota de participare a fiecărui asociat, respectiv:
1._______ % S.C. ___________________________
2._______ % S.C. ___________________________
3. Durata asocierii
3.1 Durata asocierii constituite în baza prezentului acord este egală cu perioada derulării
procedurii competitive şi se prelungeşte corespunzător cu perioada de îndeplinire a contractului
( în cazul desemnării asocierii ca fiind câştigătoare a procedurii competitive).
4. Condiţiile de administrare şi conducere a asociaţiei:
4.1 Se împuterniceşte..............................., având calitatea de lider al asociaţiei pentru întocmirea
ofertei comune, semnarea şi depunerea acesteia în numele şi pentru asocierea constituită prin
prezentul acord.
4.2 Se împuterniceşte..............................., având calitatea de lider al asociaţiei pentru semnarea
contractului de achiziţie publică în numele şi pentru asocierea constituită prin prezentul acord, (în
cazul desemnării asocierii ca fiind câştigătoare a procedurii competitive).
5. Încetarea acordului de asociere
5.1 Asocierea îşi încetează activitatea ca urmare a următoarelor cauze:
a) expirarea duratei pentru care s-a încheiat acordul;
b) neîndeplinirea sau îndeplinirea necorespunzătoare a activităţilor prevăzute la art. 2 din
acord;
c) alte cauze prevăzute de lege.
6 Comunicări
6.1 Orice comunicare între părţi este valabil îndeplinită dacă se va face în scris şi va fi transmisă
la adresa/adresele ......................................................., prevăzute la art..........
6.2 De comun acord, asociaţii pot stabili şi alte modalităţi de comunicare.
7 Litigii
7.1 Litigiile intervenite între părţi se vor soluţiona pe cale amiabilă, iar în caz de nerezolvare vor fi
soluţionate de către instanţa de judecată competentă.
8. Alte clauze:____________________________________________
In cazul în care oferta Asocierii va fi declarată câștigătoare vom legaliza asocierea iar contractul
de asociere îl vom prezenta Autorității contractante înainte de data semnării contractului de
achizitie publică.
Prezentul acord a fost încheiat într-un număr de.....exemplare, câte unul pentru fiecare parte,
astăzi............................(data semnării lui)
Liderul asociatiei: ASOCIAT 1,
reprezentat prin: reprezentat prin:
Notă: Prezentul acord de asociere constituie un model orientativ şi se va completa în funcţie de

cerinţele specifice ale obiectului contractului/contractelor.
Formular nr. 5
FORMULAR DE OFERTĂ
Către:
SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING SRL, Calea Griviței nr. 6 et. 4 sector 1, București
Email: gabriela.toader@frontierconsulting.ro ; promed.project2020@gmail.com
Doamnelor/Domnilor,
1. Examinând documentația de atribuire, subsemnatul ……………………….., reprezentant al

ofertantului ……………………………………………., ne oferim ca, în conformitate cu
prevederile şi cerințele cuprinse în documentația de atribuire, pentru achiziționarea
contractului având ca obiect “Servicii de laborator de cercetare” în cadrul
proiectului “Platforma bioinformatica pentru diagnosticul precoce al cancerului
colorectal si bronhopulmonar” – acronim PROMED”, cod MySMIS: 129400 pentru
suma de ............................................................. (suma in litere si cifre) lei la care se adaugă
taxa pe valoarea adăugată în valoare de……………………………….lei.
2. Ne angajăm ca, în cazul în care oferta noastră este stabilită câștigătoare, să prestăm
serviciile în graficul de timp prezentat.
3. Ne angajăm să menținem această ofertă valabilă pentru o durată

de______________________zile (durata in litere si cifre), respectiv pană la data de
___________________________, (ziua/luna/anul) şi ea va rămâne obligatorie pentru noi şi
poate fi acceptată oricând înainte de expirarea perioadei de valabilitate.
4. Până la încheierea şi semnarea contractului de achiziție publică aceasta ofertă, împreună

cu comunicarea transmisă de dumneavoastră, prin care oferta noastră este stabilită
câștigătoare, vor constitui un contract angajant între noi.
5. Înțelegem că nu sunteți obligați să acceptați oferta cu cel mai scăzut preț sau orice altă
ofertă pe care o puteți primi.
6. Anexa 1 la Formularul 5 este parte integrala din Formularul nr. 5.
Data _____/_____/_____
………………….în calitate de ...............………, legal autorizat să semnez oferta pentru şi în numele

....................………………. (denumirea/numele operatorului economic)
Anexa 1 la Formular nr. 5
Tabel propunere financiară
Nr crt Descriere Cantitate UM Preț unitar Preț total TVA - Lei

serviciu (fără TVA) (fără TVA)
- Lei - Lei
1 Elaborare 1 serviciu
documente
pregătitoare
demarării
studiului propriu-
zis
2 Probe biologice 1500 pacient
de la pacienți
validate
TOTAL
Formular nr. 6
Ofertant
………………………..
DECLARATIE PRIVIND RESPECTAREA CONDIȚIILE OBLIGATORII DIN DOMENIILE

MEDIULUI, SOCIAL ŞI AL RELAŢIILOR DE MUNCA
Subsemnatul ……………, in calitate de reprezentant legal al/reprezentant împuternicit

…………………………, declar pe propria răspundere ca mă angajez sa realizez activitățile, pe
parcursul îndeplinirii contractului, in conformitate cu regulile obligatorii din domeniile mediului,
social şi al relațiilor de munca, stabilite prin legislația adoptată la nivelul Uniunii Europene, legislația
națională, prin acorduri colective sau prin tratatele, convențiile şi acordurile internaționale în
aceste domenii si am inclus in oferta costul pentru îndeplinirea acestor obligații.
Data completarii: ………
Ofertant
Formular nr. 7
ÎMPUTERNICIRE
Subscrisa……………………………………………cu sediul în
……………………………………………..., înmatriculată la Registrul Comerţului sub nr.
………………………, CUI ………………, atribut fiscal ……, reprezentată legal prin
……………………………………………, în calitate de ……………………………………………,
împuternicim prin prezenta pe ……………………………………, domiciliat în
……………………………… …………………………………, identificat cu B.I./C.I. seria ……, nr.
………………, CNP …………………, eliberat de …………………………, la data de …………,
având funcția de …………………………………, să ne reprezinte la procedura de atribuire cu
anunțul de participare ……………………organizată de SC FRONTIER MANAGEMENT
CONSULTING SRL pentru achiziționarea contractului având ca obiect “Servicii de laborator de
cercetare” în cadrul proiectului “Platforma bioinformatica pentru diagnosticul precoce al
cancerului colorectal si bronhopulmonar” – acronim PROMED”, cod MySMIS: 129400.
În îndeplinirea mandatului său, împuternicitul va avea următoarele drepturi şi obligații:

1. Să semneze toate actele şi documentele care emană de la subscrisa în legătură cu participarea
la prezenta procedură;
2. Să participe în numele subscrisei la procedură şi să semneze toate documentele rezultate pe
parcursul şi/sau în urma desfășurării procedurii.
3. Să răspundă solicitărilor de clarificare formulate de către comisia de evaluare în timpul
desfășurării procedurii.
4. Să depună în numele subscrisei contestațiile cu privire la procedură.
Prin prezenta, împuternicitul nostru este pe deplin autorizat să angajeze răspunderea
subscrisei cu privire la toate actele şi faptele ce decurg din participarea la procedură.
Înțeleg că în cazul în care această declarație nu este conformă cu realitatea sunt pasibil
de încălcarea prevederilor legislației penale privind falsul în declarații şi sunt de acord cu orice
decizie a Beneficiarului privat referitoare la excluderea din procedura pentru atribuirea
contractelor de achiziție publică.
Data:
Denumirea mandantului……………
S.C ……………………………………….
reprezentată legal prin

___________________________
(Nume, prenume)
___________________________
(Funcție)
Notă: Împuternicirea va fi însoțită de o copie după actul de identitate al persoanei

împuternicite (buletin de identitate, carte de identitate, pașaport).

Documentatie Achizitie Servicii Studiu 129400 22-02-2022

Încărcat de

Informații document

Drepturi de autor

Formate disponibile

Partajați acest document

Partajați sau inserați document

Opțiuni de partajare

Vi se pare util acest document?

Este necorespunzător acest conținut?

Drepturi de autor:

Formate disponibile

Documentatie Achizitie Servicii Studiu 129400 22-02-2022

Încărcat de

Drepturi de autor:

Formate disponibile

Proiect co-finanțat din Programul Operațional Competitivitate 2014-2020

1. Prețul ofertei – 60%

Prețurile care se compară în vederea acordării punctajului sunt

Elementul de departajare Pt – timpul de livrare a serviciilor

Oferta care obține punctajul final cel mai mare va fi declarată

Propunere tehnică inclusiv pe baza Anexei nr. 1 și Anexei nr. 2 privind

Informații Toate informațiile privind procedura de achiziție privată sunt prezentate

▪ 90% - din valoarea facturii se va achita in maxim 5 zile de la

Daca pe parcursul îndeplinirii contractului apare necesitatea

Certificat de atestare fiscal eliberat de organul de administrare fiscala al

2. De asemenea, comisia va stabili care sunt clarificările și

Proiectul este implementat de către SC FRONTIER MANAGEMENT CONSULTING SRL

OBIECTIVELE SPECIFICE ALE PROIECTULUI

B.2. Obiectul contractului

SPECIFICATIILE TEHNICE CARE INDICA O ANUMITA ORIGINE, SURSA, PRODUCTIE, UN

Se solicită operatorului economic selectat câștigător să presteze și următoarele servicii:

• Să păstreze toate documentele esențiale specifice pentru sponsor în conformitate cu

c) monitorii trebuie să fie familiarizaţi cu medicamentul pentru investigaţie clinică și să

• Rapoartele de monitorizare la locul de desfășurare a studiului şi/sau de monitorizare

instituţiei/investigatorului la studiu; dacă participarea unui investigator/instituţie la un

Sinopsis Protocol Protocol synopsis

Infrastructura locații ................................................................................ Site number .............................................................................................

Proiectul se focusează pe doua dintre cancerele cu cea mai mare

8. Studiu populațional, caracteristicile centrelor 8. Populational study, sites characteristics

Criterii selecție centre Selection criteria for the sites

8.2 Pacienți 8.2 Patients

9. Date care trebuie colectate: 9. Data to be collected

• Vizita de studiu • Study visit

• Determinarea receptorului de limfocite TCR prin tehnica de

10. Eșantion de pacienți și puterea statistică

11. Durata studiului 11. Study duration

Luna de studiu L1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 Total

Study month M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 Total

Anexa 1 Listă parametri

Dacă există se va citi ”informație preexistentă din ultima fișă a pacientului”

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

26. EOS - descriere: numărul - definition: Obligatoriu

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

Nr. Parameter/Parametru Definiție Definition Tip

References pentru parametrii și informațiile din tabelul de mai sus:

5. Acces la toate instrumentele de analiză ale soft-ului utilizat

1.4. Analiza prin reducerea eșantionării 1.4. Downsampling analysis

2. Rezultatele probelor 2. Sample Results

Fig.1. TCRB V-gene usage and mutation rate

Fig.3. Utilizarea genei TCRB V și Shannon Diversity

2.3. Harta termică de utilizare a genei VJ 2.3. VJ‐gene usage heatmap

2.5. Histograma regiunii CDR3 2.5. CDR3 histogram

3. Atribuirea grupului de haplotipuri 3. Haplotype group assignment

4. Tabel rezumativ al clonelor 4. Clone summary table

4.1. Grafice comparative

Fig.12. Valorile frecvenței sunt transformate log10 cu o frecvență de

4.1.2. Indexul de similitudine Jaccard 4.1.2. Jaccard similarity index

4.2. Detecția clonelor rare 4.2. Rare clone detection

Email: gabriela.toader@frontierconsulting.ro ; promed.project2020@gmail.com

Ca urmare a Anunțului de participare nr ………......., privind procedura competitivă privată pentru