GENOM WIDE

ASSOCIATION
STUDY
Genomica – Curs 8
 DESCRIERE GENERALA
Presupune scanarea markerilor din intregul set de gene
din genom, cu scopul identificarii unor asociatii intre:
variatiile genice si o boala
variatiile genelor si raspunsul la un anumit tratament

Variatia genetica apare intre indivizi si se evalueaza prin

localizarea SNP-urilor in cadrul genomului uman.
Termenul de “normal” (“”forma salbatica” ) este folosit de
obicei pentru a desemna varianta cea mai comuna (frecventa)
de localizare in populatie.
Analizele de asociere ale intregului genom (genomic-wide
association studies = GWAS) au devenit posibile dupa 2003,
la 50 de ani de la descoperirea ADN
Secventierea a permis:
- intelegerea mai profunda a mecanismelor bolilor, precum si
identificarea susceptibilitatilor pentru o anumita boala
- personalizarea medicinii, in special prin dezvoltarea
famacogenomicii
Identificarea pattern-ului genetic - importanta pentru adaptarea
strategiei de preventie si de tratament a bolilor.
- polimorfisme asociate bolilor frecvente in populatie (obezitatea,
diabetul, astmul, cancerul)
- expresia genelor implicate in metabolizarea unor medicamente
(in farmacogenomica)
- Prin Analizele de asociere ale intregului genom (GWAS) se
cerceteaza frecventa unor markeri la un grup de persoane
afectate de o anumita boala, comparativ cu un grup de
persoane sanatoase (lot martor) – prin secventiere si SNPs
HARDY WEINBERG EQUILIBRIUM
Principiul Hardy–Weinberg se refera la faptul ca atat alelele
cat si frecventa genotipurilor intr-o populatie ramane
constanta - adica in echilibru - de la o generatie la alta, daca
nu apar influente perturbatoare
Premiza tuturor studiilor GWAS este aceea ca frecventa
genelor intr-o populatie ramane constanta de la o generatie
la alta, daca conditiile de mai jos sunt indeplinite simultan:
• nu apar mutatii,
• nu apare fenomenul de selectie naturala
SNPs
SNP (polimorfism nucleotidic unic): o forma
comuna de variatie in secventa genetica din
cadul genomului uman
SNPs sunt erori de copiere a ADN in urma
diviziunii celulare si a replicarii ADN
(mutatii) - single nucleotide polymorphisms, or
SNPs (se pronunta "snips").
SNPs
Consecintele variatiilor genetice prin SNPs:
pot aparea diferente intre caracterele
fenotipice (culoarea ochilor, inaltime etc.)
sau
felul cum o persoana raspunde la
tratamente medicale
sau nu apar diferente observabile intre
persoane
SNPs
SNPs reprezinta o masura a asemanarii
genetice
ADN se transmite de la parinti la copii impreuna cu markerii
genetici, cum sunt SNPs, asa ca acestia se regasesc in mare
parte la rudele apropiate (bunici, matusi, verisori etc )
Numarul SNPs identice pot indica gradul de rudenie intre doua
persoane sau paternitatea
ETAPELE PRINCIPALE ALE UNUI GWAS

Un GWAS se desfasoara de obicei pe modelul caz control

clasic:

1. Probele participantilor se impart in doua grupe: probe colectate de la

grupul de pacienti si respectiv de la grupul martor (cei care nu
prezinta boala).
2. De la toti participantii se obtine o proba de ADN. Dupa extractia ADN-
ului, se identifica SNP - urile care prezinta diferente intre cele doua
grupuri (prin secventiere)
• SNPs apar, in medie, din 300 in 300 de nucleotide; sunt deci,
aprox. 10 milioane de SNP-uri in genomul uman

• Servesc pentru localizarea genelor asociate anumitor boli, in special

cand sunt situate in interiorul unei gene codante sau intr-o zona de
reglare
 The Wellcome Trust Case Control Consortium
Genome-wide association study of 14,000 cases of
seven common diseases and 3,000 shared controls
Nature 447, 661-678 (7 June 2007)
Published Genome-Wide Associations through 12/2009,
658 published GWA at p<5x10-8
NHGRI GWA Catalog
www.genome.gov/GWAStudies
INCLUDEREA SNP IN BAZELE
DE DATE

 ex: rs17817449 Rs= reference SNP cluster ID

 Ss Id – SNP submise

 Datele privind MUTATIA: SNP contine informatii despe alelele specifice,

despre primeri si despre secventele ce flacheaza mutatia.

 Metoda de identificare a SNP: descrierea metodei (secventiere, hibridizare,

etc)

 Datele celui care submite informatia

 Datele legate de variatie: frecventa in populatie, informatii despre genotip

obtinute de la cazurile individuale.

 Variatia poate fi localizata langa o gena (regiunea locus-ului), intr-un UTR (

mRNA-utr), intr-un intron sau intr-un situs de splicing
 ETAPELE PRINCIPALE ALE UNUI
GWAS RAFINAREA REZULTATELOR

Identificarea unor SNP-uri asociate bolii nu inseamna

identificarea cauzei bolii.

 De cele mai multe ori SNP-ul este doar marker-ul care

ajuta la identificarea genelor asociate bolii sau a
conditiei medicale respective.

 Unele SNP-uri pot fi considerate ca factori

predispozanti pentru anumite boli si altele pot influenta
raspunsul la medicamente al anumitor persoane.
 REZULTATE
 descoperirea implicarii unor noi mecanisme patogenice, necunoscute
prin metodele de investigatie si experimentale folosite alterior.
 Exemplu: este identificarea caii inflamatorii complement dependenta
in patogenia degenerescentei maculare legate de varsta; un rezultat
surprinzator, pana atunci se credea ca aceasta boala are un
mecanism exclusiv degenerativ si sistemul complement nu fusese
deloc cercetat in explicarea patogeniei bolii.

 Asocierea unor markeri pentru afectiuni intre care inainte nu se facea

nici o legatura – posibile procese etiologice comune (de exemplu intre
diabetul de tip 2 si melanomul invaziv, boala Crohn si boala Parkinson
sau cancerul de prostata).
 posibilitati terapeutice inovative.
INFECTIA cu virusul hepatic C
HCV
* Virus ARN, de polaritatea +
* Genul: Hepacivirus; Familie: Flaviviridae
* Transmitere : parenterala, verticala,
sexuala
* Necultivabil (identificat prin clonare)
* Poate produce infectii persistente
* > 170 mil. de purtatori (3% din populatia
globului)
* Patologie: hepatita acuta, cronica, ciroza
hepatica, carcinom hepatocelular
* Tratament - interferon + ribavirin
(vindecare numai la 25-40% din cazuri)
Genomul HCV
 Variabilitatea genetica a HCV
Niveluri la care se manifesta variabilitatea
genetica:

* Sapte genotipuri majore cu > 30 % divergenta

* Subtipuri (>100) cu 20-25% divergenta

* Tulpini (variante individuale) izolate in contexte

epidemiologice diferite cu 5-8% divergenta
(prezenta unor motive nucleotidice specifice)
* Cvasispecii – heterogenitate genetica HCV la
acelasi individ infectat - < 5% diferente
nucleotidice
 Implicatii ale variabilitatii genetice
* Raspunsul la terapia antivirala este mai
scazut pentru pacientii infectati cu
subtipurile 1a, 1b si 4a si mai important
pentru cei infectati cu genotipurile 2 si 3

* Subtipul 1b poate conduce la evolutie mai

grava (ex. carcinom)

* Persistenta virala poate fi corelata cu

emergenta unor “neutralization-resistant
escape variants” presente in cvasispecii

* Variabilitea virala are implicatii in

diagnostic si dezvoltarea unor vaccinuri
Distributia genotipurilor HCV in Romania

4a-1.5%

1a -3% 3a-0.5%

1b - 95%
 EVOLUTIA CLINICA A INFECTIEI

* Infectia acuta cu HCV este de obicei

asimptomatica

* Diferente mari intre pacienti privind evolutia

bolii si gradul de cronicizare

* Persistenta virala este definita prin prezenta

ARN viral timp de > 6 luni de la data prezumptiva a
infectarii

* Evolutie cronica, ciroza, HCC la aprox. 20%

dintre pacienti
FACTORII ASOCIATI CU ESECUL
LA TRATAMENTUL CU IFN/RBV
 TRATAMENT

Terapia curenta anti-HCV - interferon pegilat

asociat cu ribavirina (IFN/RBV) nu este eficienta
la toti pacientii (cazul majoritatii celor infectati
cu genotipul 1b) datorita selectarii mutatiilor de
rezistenta si a unei sensibilitati mai scazute la
antivirale a acestui genotip.

Efecte nedorite:

simptome pseudogripale, depresie,

anemie, efecte cutanate etc.
 FACTOR GENETIC UMAN CARE INFLUENTEAZA
RASPUNSUL LA TRATAMENT IN HEPATITA C
Polimorfismul (SNP) pe cromozomul 19 corelat cu raspunsul
viral sustinut la tratament = SVR

60 Mb

Gena IL28B

3 kb
SNP rs12979860
SNP rs8099917

Chromosome 19
Ge D, et al. Nature. 2009;461:399-401.
 Prezenta alelei CC este asociata cu SVR
SNP rs12979860
n = 186
n = 70 Combined
T/T n = 14 European Americans
n = 102
African Americans
Hispanics
n = 559
n = 91
T/C n = 35
n = 433

n = 392
n = 30
C/C n = 26
n = 336 P = 1.37 x 10-28 vs T/T

0 20 40 60 80 100
SVR
Ge D, et al. Nature. 2009;461:399-401.
 Importanta polimorfismului
IL28B
* Genotipul C/C este asociat cu raspunsul la
tratamentul cu interferon/ribavirina (SVR) fata de
genotipurile T/C sau T/T
* IL28B SNP este utilizat pentru testarea
susceptibilitatii la tratament

Ge D, et al. Nature. 2009;461:399-401.

Importanta mutatiilor din virusul Hepatitei C
- Mutatii in core: 70 R > Q/H si 91 L > M ca predictori
pentru rezistenta la tratament (PEG-IFN + ribavirin) si
carcinogeneza hepatica
- Proteina core are potential oncogenic la soarecii
transgenici

- Carcinogeneza hepatica este influentata de interactia

dinamica dintre Virus – Gazda si Tratament
 REZULTATE

VIRUS:
R70Q a fost regasita la 4 din probele analizate iar mutatia L91M la 5
Patru probe din cele 10 studiate prezinta simultan cele doua mutatii virale
 REZULTATE
GAZDA:
SNP rs12979860: CC – asociat cu SVR
TT si CT – asociate cu NVR sau cu recadere

rs12979860
 CONCLUZII

• Testarea genotipului HCV si a genotipului

uman in cromozomul 19 (SNP IL28B)
inainte de inceperea tratamentului poate
anticipa raspunsul la tratament

• Factorii asociati cu esecul la tratament

sunt: virali; de gazda sau legati de tipul
de tratament