ChimieStructurala-NanoTopologica LectiiCursMaster

UNIVERSITATEA DE VEST DIN TIMIȘOARA
FACULTATEA DE CHIMIE, BIOLOGIE, GEOGRAFIE

DEPARTAMENTUL DE BIOLOGIE-CHIMIE
Laboratorul de Chimie-Fizică Structurală și
Computațională pentru Nanoștiințe și QSAR
(L-CF-SC-NQ)
Str. Pestalozzi NO. 16, RO-300115, Timişoara
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
mv_putz@yahoo.com, mvputz@cbg.uvt.ro
www.mvputz.iqstorm.ro
INTRODUCERE
ÎN CHIMIA STRUCTURALĂ
NANO-TOPOLOGICĂ
Director Știinţific Curs & L-CF-SC-NQ:

Conf. Dr. Dr. Habil. Mihai V. PUTZ
Doctorand Curs:
Marina-Alexandra TUDORAN
Laboratorul de Chimie-
Chimie-Fizică Structurală și Computaț
Computațională pentru Nanoș Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Director Științ
tiințific: Conf. dr. dr. Habil. Mihai V. PUTZ
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
mv_putz@yahoo.com, mvputz@cbg.uvt.ro, www.mvputz.iqstorm.ro
1. ELEMENTE DE TOPOLOGIE
MOLECULARĂ
1. Graf neorientat : o pereche ordonată de mulţimi notată G = (V,E) cu
V={v1,v2,…,vn} reprezintă vârfuri,iar E = {e1,e2,…,en} reprezintă muchii.
Reprezentarea pictorială a grafului: elementele mulţimii V sunt

reprezentate prin perechi de puncte (vi, vj) care se unesc cu o linie, dacă şi numai
dacă (vi, vj) ∈ E.
Se consideră muchia ek =(vi, vj). Atunci:

• vârfurile vi şi vj sunt adiacente şi se numesc extremităţile muchiei ek;
• muchia ek şi vârful vi sunt incidente în graf, la fel, muchia ek şi vârful vj;
• muchia (vi,vj) este aceeaşi cu (vj,vi).
Gradul unui vârf vi - d(vi): numărul muchiilor care trec prin vârful vi:
• d(vi) = 0  vârf izolat.

• d(vi) = 1 vârf terminal.
Computațională pentru Nanoș
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Teorema 1:
Într-un graf G = (V,E), cu v = |V| vârfuri şi e = |E| muchii, suma gradelor
tuturor vârfurilor este egală cu 2 × numărul muchiilor.
Exerciţiul 1: Figura 1: Graf neorientat
Determinaţi: mulţimea vârfurilor, muchiile, gradul vârfurilor, vârfuri

adiacente, vârfuri terminale .
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Cel mai simplu model al structurii chimice este graful molecular,
unde vârfurile reprezintă atomi, iar muchiile - legături chimice (covalente).
Un graf molecular este întotdeauna conex şi neorientat.
Figura 1: O structură chimică şi graful molecular corespunzător
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
2. Multigraf: un graf ce conţine legături multiple (exp. Benzenul).
Se numeşte drum (walk) o secvenţă alternantă de vârfuri şi muchii,

w(1,n) = (v1,e1,v2,e2,...,vn-1,em,vn), vi∈V(G ), ei∈E(G ), m≥n-1, parcursă astfel
încât oricare două varfuri succesive sunt adiacente: (vi-1,vi)∈E(G).
Lungimea drumului: numărul muchiilor traversate.
Drum închis (self-returning walk) este drumul ce porneşte şi sfârşeşte în

acelaşi vârf, vn=v1. Altfel drumul este deschis.
Se numeşte cale (drum elementar sau path sau self-avoiding walk)

drumul care are toate vârfurile şi muchiile distincte două câte două:
vi ≠ vj, (vi-1, vi)≠(vj-1, vj), pentru oricare 1≤ i<j≤ n.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Se numeşte ciclu (cyclic path) într-un graf, o cale cu proprietatea că
punctele de plecare şi sosire coincid. Pot fi grafuri ciclice şi grafuri aciclice.
Exerciţiul 2:
Pentru graful din Figura 1 identificaţi: drumul elementar/ cale, drumul ne-
elementar, drumul închis şi ciclul.
Un graf G este conex dacă oricare două vârfuri ale sale sunt
extremităţile unui drum al grafului.
Distanţa topologică între vârfurile i şi j, notată dij , reprezintă

lungimea căii minime dintre i şi j.
Distanţa metrică reprezintă distanţa măsurată în metri (ori submultipli:

nm, pm) între două vârfuri.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
3. Graf complet: oricare două vârfuri diferite sunt adiacente. Un
graf complet cu n vârfuri se notează cu Kn.
n
Numărul muchiilor într-un graf complet este:    nn  1 / 2
 2
4. Graf regulat: toate vârfurile au acelaşi grad.
Un subgraf al unui graf G = (V, E) este un graf G1= (V1, E1), unde
V1⊂V şi E1⊂E reprezintă toate muchiile care au ambele extremităţi în V1.
5. Graf parţial: graful H = (V1,E1) cu V1=V, şi E1⊂E, ce se obţine din

G prin suprimarea anumitor muchii.
6. Graf bipartit: graful G = (V,E) în care mulţimea vârfurilor poate fi

partiţionată în două submulţimi disjuncte, V1»V2 = V; V1…V2 = « astfel încât
fiecare muchie (i, j) ∈ E(G) uneşte un vârf i∈V1 cu vârful j∈V2 .
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Dacă fiecare vârf i ∈ V1 este adiacent cu fiecare vârf j ∈ V2 atunci
G este un graf bipartit complet şi se notează cu Km,n.
6. Graf homeomorf: graful obţinut prin inserarea pe muchiile lui G

a unor vârfuri de valenţă doi.
7. Graf planar: poate fi desenat într-un plan astfel încât nici o muchie
să nu se întretaie cu alta decât cel mult prin extremităţile lor. Regiunile definite
de un graf planar se numesc feţe.
Teorema 2 (Kuratowski):
Un graf este planar dacă şi numai dacă nu are nici un subgraf

homeomorf cu K3,3 sau K5.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Figura 2: Grafuri complete
Figura 3: Exemplu de graf şi

un subgraf al său
Figura 4: Graf bipartit
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Figura 5: Grafuri parţiale
Figura 6: Grafuri bipartite complete
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Figura 7: Grafuri homeomorfe
Figura 8: Un graf planar şi feţele lui
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Parcurgerea unui graf neorientat – metode:
a) Metoda de parcurgere “în lăţime” (BF): se vizitează vârful de

pornire, după care se vizitează toate vârfurile adiacente cu acesta (toţi
vecinii). În continuare se alege primul vârf adiacent cu vârful de pornire şi
se vizitează toate vârfurile adiacente cu acesta nevizitate încă, şi aşa mai
departe pentru celelalte vârfuri, cât timp este posibil.
Exerciţiul 3:
Pentru graful din Figura 1 determinaţi ordinea de parcurgere a nodurilor cu
metoda BF, când se pleacă din vârful 1 şi apoi din vârful 5.
b) Metoda de parcurgere “în adâncime” (DF): se alege vârful de

pornire, apoi pentru acesta se alege primul vecin al său nevizitat. Pentru
acest vecin se caută apoi primul vecin al său nevizitat şi aşa mai departe. În
cazul în care un vârf nu mai are vecini nevizitaţi, atunci ne întoarcem la vârful
anterior, iar pentru acel vârf căutam următorul vecin nevizitat al său.
Exerciţiul 4:
Pentru graful din Figura 1 determinaţi ordinea de parcurgere a nodurilor cu
metoda DF, când se pleacă din vârful 1 şi apoi din vârful 5.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Temă
1. Se dă graful:
Scrieţi succesiunea de vârfuri parcurse cu medtoda BF pornind de la vârful 3,

şi cu metoda DF pornind de la vârful 6.
2. Pentru următorul graf, scrieţi succesiunea de vârfuri

parcurse cu medtoda BF şi DF pornind de la
vârfurile 3, 4, 5, 6, 7, 9 şi 10.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
BIBLIOGRAFIE
1. N. Trinajstić, The Characteristic Polynomial of a Graph, in Chemical

Graph Theory, Vol I, CRC Press, Florida, 1983, pp.47-62
2. 2. M.V. Diudea, I. Gutman, J. Lorentz, Molecular Topology, Nova
Science, New York, 2001
3. M.V. Diudea, O. Ivanciuc, Topologie moleculară, Comprex, Cluj-Napoca,
1995
4. N. Trinajstić, Enumeration of Kekulé Valence Structures, in Chemical
Graph Theory, Second Edition, CRC Press, 1992, pp. 161-198
5. I. Gutman, M. Milun, Trinajstić, Topological Definition of Delocalisation
Energy, MATCH Commun. Math. Comput. Chem. 1 (1975) 171-175
6. I. Gutman, M. Milun, N. Trinajstić, Graph theory and molecular orbitals.
19. Nonparametric resonance energies of arbitrary conjugated systems,
J. Am. Chem. Soc. 99 (1977) 1692-1704
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
tiințe și QSAR
Director Științ
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
2. MATRICI TOPOLOGICE
1. Matricea de adiacenţă
Este o matrice pătratică A(G) de dimensiuni n×n, asociată unei

structuri moleculare cu n atomi, ale cărei elemente sunt definite după cum
urmează:
Proprietăţi:
• caracterizează graful până la izomorfism;

• [A]ij = [A]ji, " i, j vârfuri adiacente;
• matricea A(G) este simetrică faţă de diagonala principală;
• AT(G) = A(G);
• are elementele diagonale egale cu zero;
• suma elementelor de pe linia sau coloana i este egală cu gradul nodului i;
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Figura 1: Graful G1
Exerciţiul 1:
Pentru graful G1 din figura 1 completaţi valorile pentru
următoarea matricea de adiacenţă:
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
2. Matricea de distanţă
Este o matrice pătratică Di(G) de dimensiune n×n, asociată unei

structuri moleculare cu n atomi ale cărei elemente sunt definite prin relaţia:
unde dij este distanţa topologică dintre vârfurile i şi j.
Proprietăţi:
 suma elementelor de pe linia i reprezintă distanţa de la vârful i la toate

celelalte n-1 vârfuri din graf.
Exerciţiul 2:
Pentru graful G1 din figura 1 determinaţi matricea de adiacenţă.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
3. Matrici strat
Sunt construite pe baza partiţiilor relative în graf. O partiţie relativă

la vârful i este definită de relaţia:
 ecci este excentricitatea vârfului i (i.e., cea mai mare distanţă de la i la

toate celelalte vârfuri în G);
 G(i)k reprezintă stratul k al partiţiei G(i) şi conţine toate vârfurile aflate la

distanţa k de vârful i:
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Matricile strat LM (layer matrix): matrici nepătratice cu dimensiunile
n×(d(G)+1) (n – numărul de vârfuri din graf, d(G) – diametrul grafului), şi
elementele date de relaţia:
Matricea strat LM este definită de următoarea relaţie:
Matricile strat SM (shell matrix): matrici nepătratice cu dimensiunile

n×(d(G)+1), (n – numărul de vârfuri din graf, d(G) – diametrul grafului), şi au
elementele date de relaţia:
Matricea strat SM este definită de următoarea relaţie:
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Temă:
Construiţi matricea de adiacenţă şi matricea de distanţă pentru următoarele grafuri:
G1
G2
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
BIBLIOGRAFIE
1. A. Tang, Y. Kiang, G. Yan, S. Tai, Graph Theoretical Molecular Orbitals;

Science Press: Beijing, 1986
2. N. Trinajstić, The Characteristic Polynomial of a Graph, in Chemical
Graph Theory, Second Edition, CRC Press, 1992, pp.61-84
3. P.S. Dwyes, Linear Computations, Wiley, New York, 1951
4. D.K. Fadeev, I.S. Sominskii, Problems in Higher Algebra, Freeman, San
Francisco, 1965
5. O. Ursu, M.V. Diudea, TOPOCLUJ software program, Universitatea
“Babeş-Bolyai”, Cluj, 2005
6. H. Hosoya, M. Murakami, M. Gotoh, Distance polynomial and
characterization of a graph, Natl. Sci. Rept. Ochanomizu Univ., 1973, 24,
27-34
7. R.L. Graham, L. Lovasz, Distance matrix polynomials of trees, Adv. Math.
29 (1978) 60-88
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
tiințe și QSAR
Director Științ
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
3. IZOMORFISM
ŞI
AUTOMORFISM
Fie G=(V, E) şi G'=(V', E') două grafuri, cu |V|=|V'|, şi o
funcţie bijectivă f : V → V'. Grafurile sunt izomorfe, şi se notează G @
G’ , dacă există o funcţie bijectivă f ce păstrează adiacenţa.
Figura 1: Grafuri izomorfe
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Se consideră permutarea P:
în care vârful 1 se permută în p1, vârful 2 în p2, vârful i în pi etc.
Proporietăţi:
 permutarea este o funcţie bijectivă;
 permutarea ce lasă graful neschimbat se numeşte permutare identică;
 în cazul în care permutarea îşi păstrează adiacenţa, descrie un
izomorfism al grafului cu el însuşi numit automorfism.
O permutare poate fi descrisă printr-o matrice de permutare, P, definită astfel:
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Matricea de permutare identică este o matrice diagonală, ale
cărei elemente sunt egale cu unitatea.
În formă matricială, un izomorfism poate fi scris astfel
, unde PT este transpusa matricei P.
În cazul unui automorfism
Două grafuri sunt izomorfe daca:
 au acelaşi număr de vârfuri

 au acelaşi număr de muchii
 vârfurile corespondente au acelaşi grad
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Temă
1. Se dă permutarea P(H) care defineşte graful G. Ştiind că graful G este izomorf

cu graful H, determinaţi A(H) şi construiţi graful H.
2. a. Ştiind că graful G2 este automorf cu graful G, determinaţi srtuctura graful G2.

b. Se dă permutarea P(B) care defineşte graful G. Ştiind că graful G este izomorf
cu graful B, determinaţi A(B) şi construiţi graful B.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
BIBLIOGRAFIE
1. I. Gutman, S. Klavžar, M. Petkovšek, P. Žigert, On Hosoya polynomials of

benzenoid graphs, MATCH Commun. Math. Chem. 43 (2001) 49-66
2. E.V. Konstantinova, M.V. Diudea, The Wiener polynomial derivatives and
other topological indices in chemical research, Croat. Chem. Acta 73 (2000)
383-403
3. H. Hosoya, T. Yamaguchi, Sextet polynomial. New enumeration and proof
technique for the resonance. theory applied to the aromatic hydrocarbons,
Tetrahedron Lett. 16 (1975) 4659-4662
4. N. Ohkami, H. Hosoya, Topological dependency of the aromatic sextets in
polycyclic benzenoid hydrocarbons. Recursive relations of the sextet
polynomial, Theoret. Chim. Acta, 64 (1983) 153-170
5. N. Ohkami, A. Motoyama, T. Yamaguchi, H. Hosoya, I. Gutman, Graph-
theoretical analysis of the clar's aromatic sextet: Mathematical properties of
the set of the kekulé patterns and the sextet polynomial for polycyclic aromatic
hydrocarbons, Tetrahedron 37 (1981) 1113-1122
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
tiințe și QSAR
Director Științ
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
4. POLIEDRE ŞI FULERENE
Poliedrul (de la cuvintele greceşti poly (multe) şi hedra (bază)
este format din feţe poligonale plane, care se întâlnesc în muchii,
care la rândul lor se întâlnesc în vârfuri.
Un poliedru poate fi:
1. Convex: segmentul care uneşte oricare două puncte ale poliedrului este
inclus complet în interiorul poliedrului.
2. Concav: există cel puţin două puncte ale poliedrului astfel încât
segmentul care le uneşte conţine şi puncte care nu aparţin
poliedrului.
3. Regulat: toate vârfurile, muchiile şi feţele sale sunt la fel, în sensul că există
o simetrie care transformă orice vârf în alt vârf, orice muchie în altă
muchie, orice faţă în altă faţă.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Există doar cinci poliedre convexe şi regulate, cunoscute sub
denumirea de poliedre platonice.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Teorema lui Euler (formula lui Euler) prezintă o relaţie între
numărul de feţe (f), numărul de muchii (e) şi numărul de vârfuri (v) ale
unui poliedru convex, şi are următoarea formă:
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Teorema lui Euler generalizată
Numărul găurilor dintr-o suprafaţă 3D se numeşte gen şi poate fi definit şi

ca numărul de mânere care trebuie ataşate suprafeţei pentru a obţine un obiect ce
se poate scufunda în plan fără nici o încrucişare a muchiilor, după relaţia:
c = caracteristica lui Euler (valorile pozitive/negative ale lui χ corespund unei

curburi pozitive/negative),
vd= numărul vârfurilor de valenţă d (cu gradul d) şi fs numărul feţelor de mărime s.
Genul 0 corespunde unui obiect sferic (i.e. fullerenă, tubulenă), iar genul 1
corespunde unui tor. Orice poliedru convex este homeomorf cu sfera, deci va
avea genul 0.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
OPERAŢII PE MAPE
O mapă M este o reprezentare combinatorială a unei suprafeţe închise.
Dualul unei mape, Du(M), se obţine prin amplasarea unui vârf nou în
mijlocul fiecărei feţe şi conectarea vârfurilor aflate în feţe care au o latură
comună. Vârfurile corespund feţelor originale, iar gradul noilor vârfuri va fi egal cu
mărimea feţei iniţiale.
Parametrii de transformare
Figura 1: Dualul cubului (octaedrul)
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Medialul unei mape, Me(M), se obţine prin aşezarea unui vârf
nou în mijlocul fiecărei muchii şi conectarea vârfurilor aflate pe muchii
incidente. În urma operaţiei rezultă un graf tetravalent.
Figura 2: Medial
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Leapfrogul unei mape, Le(M) este o operaţie compusă.
unde P3 : operaţia de stelare, realizată prin aşezarea unui nou vârf în mijlocul
fiecărei feţe şi conectarea acestuia cu fiecare punct din faţa
corespunzătoare.
Figura 3: Leapfrog
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Quadrupla unei mape, Q(M) este o operaţie compusă
În urma operaţiei faţa originală se va roti de două ori cu π/s şi astfel în

graful final va avea orientarea iniţială, iar feţele originale vor fi înconjurate
întotdeauna de hexagoane.
Figura 4: Quadrupla
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Fullerena este un obiect sferic finit şi poate fi construită din
reţeaua de grafit prin introducerea a 12 pentagoane, restul fiind
hexagoane.
Relaţia dintre numărul de vârfuri, numărul de muchii şi numărul de feţe

este dată de formula generalizată a lui Euler.
Prima fullerenă descopertită a

fost fullerena C60 (buckminsterfullerene),
a fost descoperită în anul 1985 de către
trei chimişti (Robert Curl, Harold Kroto,
Richard Smalley).
Cele mai stabile sunt fullerenele care

au toate pentagoanele disjuncte două câte două
(fiecare pentagon este înconjurat de cinci
hexagoane). Figura 5: Fulerena
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Temă
Completaţi tabelul următor folosind informaţiile din figură.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
BIBLIOGRAFIE
1. E.C. Kirby, The Branching Graphs of Polyhexes: Some Elementary

Theorems, Conjectures and Open Questions, J. Math. Chem. 13 (1993) 359-
374
2. H. Sachs, P. Hansen, M. Zheng, Kekulé Count in Tubular Hydrocarbons,
MATCH Commun. Math. Comput. Chem. 33 (1996) 169-241
3. D.J. Klein, H. Zhu, Resonance in Elemental Benzenoids, Discrete Appl.
Math. 67 (1996) 157-173
4. P.E. John, Kekulé Count in Toroidal Hexagonal Carbon Cages,
Croat.Chem. Acta 71 (1998) 435-447
5. R.S. Chen, S.J. Cyvin, B.N. Cyvin, J. Brunvoll, D.J. Klein, Methods of
Enumerating Kekulé Structures, Exemplified by Applications to Rectangle-
Shaped Benzenoids, Topics Curr. Chem. 153 (1990) 227-253
6. D.J. Klein, D. Babić, N. Trinajstić, Enumeration in Chemistry. In Chemical
Modelling-Applications and Theory; Hinchliffe, A. Ed.; The Royal Society of
Chemistry: London, 2002, Vol. 2, pp 56-95
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
tiințe și QSAR
Director Științ
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
5. STRUCTURI DE VALENŢĂ
KEKULÉ
O structură Kekulé(1-factor, ori perfect matching
(potrivire perfectă) ori Kekulé pattern) este o structură de valenţă
acoperită cu un număr maxim de legături duble disjuncte astfel încât
fiecare vârf să fie incident cu o singură legătură dublă.
Condiţiile necesare şi suficiente pentru ca un graf să posede un 1-factor sunt

cunoscute în literatură sub numele de teorema lui P. Hall sau „marriage theorem”,
pentru un graf bipartit, şi respectiv teorema lui W. Tutte, pentru un graf oarecare.
O structură Fries reprezintă o structura cu număr maxim de hexagoane

benzenoide (sextete aromatice).
O structură anti-Fries este structura cu cel mai mic număr de hexagoane

Benzenoide.
Dacă se consideră structura de valenţă Kekulé cu număr maxim de

sextete aromatice disjuncte, se obţine o structură Clar.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Figura 1: Benzenul cu cele două forme, Kekule şi Clar
Numărul structurilor de valenţă Kekulé, K, prezintă interes ca index al

stabilităţii moleculare. Clar este cel care a recunoscut că, dacă pentru o hidrocarbură
benzenoidă nu se poate desena nici o structură de valenţă Kekulé, adică dacă
K=0, atunci o astfel de structură nu există (postulatul lui Clar).
Stabilitatea benzenoizilor poate fi aproximată prin determinarea numărului

structurilor Kekulé. Stabilitatea relativă a benzenoizilor pare să crească odată cu K,
dar există benzenoizi cu structuri de valenţă Kekulé, foarte instabili.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Strainul/tensiunea legăturilor σ e un factor energetic important,
mai ales în cazul moleculelor non-planare.
Numărul de structuri Kekulé pentru nanotuburile de carbon cu acoperire

polihexă a fost calculat şi s-a găsit că valoarea lui K e mult mai mică în tuburile
H (“zigzag”) decât în cele V (“armchair”).
În cazul fullerenelor, nu s-a găsit nici o relaţie între K şi numărul atomilor sau
între K şi alţi invarianţi ai grafului molecular corespunzător; tot ce se ştie în
momentul de faţă sunt anumite limite inferioare pentru numărul structurilor
de valenţă Kekulé.
unde v reprezintă numărul de atomi ai fullerenei

Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Structurile Kekulé sunt esenţiale în cazul aromaticităţii, în
modelul circuitelor conjugate.
Un indice topologic utilizat pe scară largă, numit indicele lui Hosoya, se

bazează pe acoperiri (matchings) în grafuri moleculare, derivă din polinomul
Z al lui Hosoya (Z-counting polynomial), iar în cazul hidrocarburilor benzenoide,
coeficientul termenului la puterea n/2 (unde n este numărul de atomi ai grafului
molecular asociat) din polinomul Z reprezintă chiar numărul structurilor Kekulé.
Conceptul cheie în TRE (Topological Rezonance Energy) îl reprezintă

polinomul de potrivire (matching polynomial) care oferă referinţa pentru energie.
TRE este utilă în evaluarea caracterului aromatic al sistemelor conjugate, mai ales
în cazul fullerenelor. De asemenea trebuie remarcat faptul că valoarea absolută a
termenului constant al polinomului matching dă numărul structurilor Kekulé pentru
sistemul conjugat.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Temă:
Pentru fiecare din structurile de mai jos determinaţi toate formele

Kekule pe care le prezintă:
a) b)
c)
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
BIBLIOGRAFIE
1. A.T. Balaban, Graph theory and theoretical chemistry, J. Mol. Struct.

(Theochem) 120 (1985) 117-142
2. I. Gutman, S.J. Cyvin, Kekulean and non-kekulean benzenoid
hydrocarbons, J. Serb. Chem. Soc. 53 (1988) 391-409
3. O. Hara, K. Tanaka, K. Yamamoto, T. Nakazawa, I. Murata, The chemistry
of phenalenium systems. XXV The triangulenyl dianion, Tetrahedron Lett. 18
(1977) 2435-2436
4. O. Hara, K. Yamamoto, I. Murata, The chemistry of phenalenium systems.
XXIV. The dibenzo[de,jk]pentacenyl dication and the dianion, Tetrahedron
Lett. 18 (1977) 2431-2434
5. G.G. Hall, Aromaticity Measured by Kekulé Structures, Int. J. Quantum
Chem. 39 (1991) 605-613
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Director Științ
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
6. CIRCUITE
CONJUGATE
Circuitele conjugate sunt acele circuite dintr-o structură de
valenţă Kekulé în care există o alternanţă regulată a legăturilor CC
simple şi duble.
Circuitele conjugate au 4n+2 sau 4n atomi de carbon.
Figura 1: Structurile Kekulé ale naftalinei şi descompunerea lor în circuite conjugate
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Este necesară diferenţierea între circuite conjugate liniar
independente, numărul lor fiind dat de numărul de nuclee benzenice
condensate, şi toate circuitele conjugate, care includ combinaţii de
circuite conjugate disjuncte.
Numărul tuturor circuitelor conjugate este K−1, unde K este numărul

structurilor Kekulé ale moleculei considerate.
În general, pentru o structură dată, pornind de la o structură de valenţă

Kekulé, după identificarea tuturor circuitelor conjugate, se pot construi toate celelalte
structuri Kekulé.
Se poate spune că, o singură structură de valenţă Kekulé conţine informaţii

despre toate structurile de valenţă Kekulé ale unei molecule benzenoide planare.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Figura 2 :
Toate circuitele conjugate pentru
una dintre structurile Kekulé ale
benzo[ghi]perylenului
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Temă:
Pentru fiecare din structurile de mai jos determinaţi toate
circuitele conjugate ce se pot forma:
a) b)
c)
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
BIBLIOGRAFIE
1. Gutman, M. Randić, A correlation between Kekulé valence structures and

conjugated circuits, Chem. Phys. 41 (1979) 265-270
2. M. Randić, Aromaticity of Polycyclic Conjugated Hydrocarbons, Chem. Rev.

103 (2003) 3449-3605
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
tiințe și QSAR
Director Științ
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
7. STRUCTURI KEKULÉ
ALGEBRICE (NUMERICE)
Structurile de valenţă Kekulé algebrice se obţin din structurile de valenţă
Kekulé clasice (geometrice) înscriind in fiecare hexagon numărul electronilor π care
aparţin acelui hexagon, număr notat cu ξ.
Legăturile duble împărţite de două hexagoane contribuie cu câte 1

electron π la fiecare hexagon, în timp ce, celelate legături duble contribuie cu
ambii electroni π la hexagonul în care se află.
Numărul ξ poate lua valori între 0 şi 6 (vezi Figura 10). Suma tuturor
numerelor ξ din toate hexagoanele dă numărul total de electroni π ai
benzenoidului.
Orice structură moleculară care posedă structuri Kekulé geometrice poate

genera structuri Kekulé algebrice.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Fiecare structură Kekulé geometrică determină în mod unic structura de
valenţă Kekulé algebrică corespunzătoare.
Reciproca nu este adevărată, aşa încât există structuri Kekulé geometrice

diferite care au aceeaşi structură Kekulé algebrică.
Figura 1: Două structuri Kekulé geometrice diferite ale pirenului cu aceeaşi structură
Kekulé algebrică
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
În funcţie de felul în care inelele condensate sunt legate între ele,
hidrocarburile benzenoide policiclice aromate se împart în trei clase
structurale :
• catacondensate: nici un atom de carbon nu e comun la mai mult de două

inele sau când graful dual intern este aciclic;
• pericondensate: există atomi de carbon comuni la trei inele sau graful dual
intern conţine cicluri de lungime trei;
• coronoide când graful dual intern are cicluri mai mari.
Graful dual intern se obţine punând câte un vârf în centrul fiecărui inel şi
unind acele vârfuri care aparţin inelelor ce împart o muchie.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Hidrocarburi benzenoide catacondensate
În cazul hidrocarburilor benzenoide catacondensate, cu cel puţin două

hexagoane, există o corespondenţă unu la unu între structurile de valenţă Kekulé
geometrice şi cele algebrice.
Reprezentarea algebrică a structurilor de valenţă Kekulé este folositoare

pentru codificarea liniară şi ordonarea lexicografică a acestor structuri pentru
numeroase sisteme policiclice conjugate.
Algoritmul de reconstruire a structurii de valenţă Kekulé geometrică

plecând de la structura Kekulé algebrică este următorul: se determină poziţia
legăturilor duble în hexagoanele terminale, apoi în hexagoanele de lângă cele
terminale, etc.
Indicele Clar măsoară contribuţia fiecărui hexagon la energia de rezonanţă

a benzenoidului, în termenii circuitelor conjugate (4n+2) şi (4n) şi spune că, în inelele
terminale, conţinutul de electroni π este mai mare decât în inelele interioare.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Figura 2:
Structurile Kekulé algebrice
ale benzo[c]fenantrenului
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Hidrocarburi benzenoide pericondensate
În cazul hidrocarburilor benzenoide pericondensate nu mai există o

corespondenţă unu la unu între structurile de valenţă Kekulé geometrice şi cele
algebrice. Există totuşi, unele excepţii.
Se deduce astfel că o structură Kekulé algebrică conţine mai puţină

informaţie decât perechea sa geometrică
Nici în cazul hidrocarburilor benzenoide coronoide nu mai există o

corespondenţă unu la unu între structurile de valenţă Kekulé geometrice şi cele
algebrice.
Conceptul de structuri de valenţă Kekulé algebrice poate fi extins şi la alte

clase de compuşi policiclici aromatici, precum benzenoizii cu găuri (coronoizi),
fullerenele etc.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Figura 3:
Structurile de valenţă Kekulé geometrice
ale benzo[a]pirenului înscrise cu numerele
care caracterizează structurile de
valenţă Kekulé algebrice
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Temă:
Pentru fiecare din structurile de mai jos determinaţi toate formele Kekule
algebrice pe care le prezintă:
a) b)
c)
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
BIBLIOGRAFIE
1. M. Randić, A.T. Balaban, Partitioning of π-electrons in rings of polycyclic

Conjugated hydrocarbons. Part 1. Catacondensed benzenoids, Polycyclic
Arom. Comp, 24 (2004) 173-193
2. A.T. Balaban, M. Randić, Partitioning of π-Electrons in Rings of Polycyclic
Benzenoid Hydrocarbons. Part 2. Catacondensed Coronoids, J. Chem. Inf.
Comput. Sci. 44 (2004) 50-59
3. A. Miličević, S. Nikolić, N. Trinajstić, Coding and Ordering Kekulé
Structures, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 44 (2004) 415-421
4. A.T. Balaban, M. Randić, Partitioning of π-electrons in rings of polycyclic
conjugated hydrocarbons. Part 3. Perifusenes, New J. Chem. 28 (2004) 800-
806
5. D. Vukičević, M. Randić, A.T. Balaban, Partitioning of π-electrons in rings of
polycyclic conjugated hydrocarbons. Part 4. Benzenoids with more than one
geometric
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
tiințe și QSAR
Director Științ
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
8. & 9.
STRUCTURI KEKULÉ GEOMETRICE.
METODE DE CALCUL
4.1. Metoda determinantului matricei de adiacenţă
Cel mai important polinom folosit pentru contorizarea numărului structurilor

de valenţă Kekulé este polinomul caracteristic asociat matricei de adiacenţă
corespunzătoare grafului molecular, numită şi matrice Hűckel.
Polinomul caracteristic asociat matricii de adiacenţă A de ordin n are
următoarea formă:
unde I este matricea unitate de ordin n.
Polinomul mai poate avea următoarea forma:
unde Tr(A) reprezintă urma matricii A (suma elementelor de pe diagonala

principală a matricii A).
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
În structurile benzenoide, numărul structurilor de valenţă Kekulé este egal
cu produsul valorilor proprii Hűckel pozitive (valorile proprii Hűckel sunt valorile
proprii ale matricei de adiacenţă) sau cu ultimul coeficient al produsului
(x - p1)×(x - p2)×(x - p3)…, unde p1, p2, p3 … sunt valorile proprii Hűckel pozitive.
Valoarea lui K este 0 dacă şi numai dacă graful molecular are cel puţin o
valoare proprie Hűckel egală cu 0.
Valoarea absolută a termenului liber al polinomului caracteristic asociat

matricii de adiacenţă corespunzătoare unei molecule benzenoide reprezintă tocmai
pătratul numărului structurilor de valenţă Kekulé73
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Pentru utilizarea acestei metode sunt necesare două condiţii suplimentare:
1. structura moleculară benzenoidă poate fi culcată/scufundată (embedded) în plan,

astfel încât nici un arc să nu se întretaie cu altul decât cel mult prin extremităţile lor.
2. în cazul structurilor coronoide metoda poate fi aplicată cu succes doar pentru acele
structuri care nu au circuite conjugate cu 4k electroni π, k fiind număr întreg pozitiv.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
4.2. Metoda permanentului
Pentru toate structurile alternante (i.e. grafuri bipartite), permanentul

matricii de adiacenţă asociată grafului molecular corespunzător reprezintă pătratul
numărului structurilor de valenţă Kekulé geometrice:
Această relaţie nu depinde de planaritatea grafului, ea putând fi aplicată

atât în cazul hidrocarburilor benzenoide planare cât şi în cazul toroizilor cu
acoperire polihexă.
Permanentul unei matrici se calculează asemănător cu determinantul,

cu deosebirea că toţi minorii se consideră cu semnul plus.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Algoritm de calcul: se colorează vârfurile unei structuri alternante cu n noduri
în două culori astfel încât, oricare două vârfuri vecine să aibă culori diferite, matricea
de adiacenţă se poate scrie:
unde: - 0: matricea nulă de dimensiune n/2×n/2,

- matricea B conectează vârfurile de prima culoare,
- matricea BT este matricea transpusă a matricii B şi conectează vârfurile
de a doua culoare (vârfurile de prima culoare fiind numerotate de la 1 la
n/2, iar cele de a doua culoare de la n/2+1 la n).
Permanentul matricii de adiacenţă este dat în acest caz de formula:
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
4.3. Metoda matricei de adiacenţă semnată
Această metodă se poate aplica oricărei structuri planare, indiferent de

tipul de acoperire, precum şi fullerenelor (care pot fi proiectate în plan), şi are
următoarea formă:
unde S este matricea de adiacenţă semnată asociată grafului molecular.
Matricea de adiacenţă semnată S se obţine din matricea de adiacenţă

înlocuind valorile 1 cu ± 1 astfel încât să fie îndeplinite simultan următoarele
două condiţii:
(1) matricea S este antisimetrică;
(2) pentru o culcare/embedding a grafului molecular în plan, prin

parcurgerea oricărei feţe (ciclu minimal) cu număr par de laturi,
semnul “-” se întâlneşte de un număr impar de ori; se spune în
acest caz că graful este orientat impar.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Matricea de adiacenţă semnată se mai poate construi astfel încât:
• Sij=+1 pentru vecinii j>i ;
• Sij=-1 pentru vecinii j<i ;
• Sij=0 altfel.
Exemplu:
Matricea de adiacenţă semnată
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
4.4. Metoda matricei de transfer
Urma unei matrici pătrate M este definită ca suma tuturor elementelor

de pe diagonala principală şi se notează cu Tr(M).
Dacă Tr(M) se referă la o matrice diagonalizată (având toate

elementele non-diagonale egale cu zero) atunci:
Proprietăţile urmei Tr(A):
unde A şi B sunt matrici pătarte, iar α este un scalar.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Numărul structurilor Kekulé, KL, pentru un polimer format din L
monomeri poate fi calculat astfel:
unde T reprezintă matricea de transfer a monomerului, iar q este o matrice care

codifică caracterul condiţiilor de “margine” (i.e. capetele polimerului).
În esenţă matricea T oferă diferitele moduri în care structurile Kekulé se

pot propaga de la marginea unui monomer la marginea următoare a
monomerului vecin.
Fiecare dintre cele două legături de conexiune dintre doi monomeri vecini
poate fi o legătură simplă sau o legătură dublă. Matricea de transfer se construieşte
considerând toate posibilităţile pentru legăturile de conexiune
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Elementele matricii de transfer sunt date de numărul structurilor de
valenţă Kekulé pentru monomer când cele 2 legături de conexiune cu monomerul
din stânga iau pe rând toate cele 4 posibilităţi de acoperire (simplă-simplă,
simplă-dublă, dublă-simplă, dublă-dublă), iar cele 2 legături de conexiune cu
monomerul din dreapta iau, la rândul lor, fiecare din cele 4 posibilităţi de acoperire
(simplă-simplă, simplă-dublă, dublă-simplă, dublă-dublă). Rezultă o matrice de
transfer de dimensiune 4×4.
Fie Ch polinomul caracteristic al matricii de transfer T de dimensiune n×n:
Din teorema lui Cayley-Hamilton avem următoarea relaţie:
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Folosind relaţia anterioară, şi proprietăţile lui Tr(A), obţinem recurenţa
liniară:
Pentru orice polimer finit dintr-o familie bazată pe monomerul considerat,

numărul structurilor de valenţă Kekulé este dat de formula:
unde λ1, λ2, λ3, λ4 reprezintă rădăcinile ecuaţiei caracteristice ataşată matricii de
transfer T , iar A,B,C,D depind de capetele polimerului şi se pot
determina folosind valorile cunoscute pentru K1, K2, K3, K4 .
Pe lângă aplicaţiile în cazul polimerilor benzenoizi şi non-benzenoizi,

metoda matricii de transfer este aplicabilă şi pentru sisteme cu simetrie de rotaţie
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
4.5. Metoda divide et impera
Se foloseşte la determinarea numărului de structuri de valenţă Kekulé ale

unei fulerene cu simetrie.
Fie G un graf, cu V(G) mulţimea vârfurilor iar E(G) mulţimea muchiilor lui G.
Pentru fiecare se notează cu graful obţinut din G prin

ştergerea vârfurilor din V’ , precum şi a tuturor muchiilor incidente cu acestea.
Pentru fiecare se notează cu graful obţinut din

G prin ştergerea tuturor muchiilor din E ‘.
Pentru oricemulţime (finită) de elemente S, |S | reprezintă cardinalitatea

(numărul elementelorsale). Mulţimea tuturor structurilor de valenţă Kekulé ale lui
G se notează cu K(G).
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Fie KX mulţimea tuturor structurilor de valenţă Kekulé care au toate
legăturile din X duble şi toate legăturile din simple. Altfel spus, K este o
reuniune disjunctă:
Fie :
Rezultă că :
Algoritmul de calcul:
Lemă:
Fie G un graf, şi toţi vecinii lui v.
Atunci:
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
4.6. Metoda combinatorială
Un paralelogram benzenoid, Bm,n, este format din m×n hexagoane,

aranjate în m rânduri, fiecare rând conţinând n hexagoane, deplasate cu jumătate
de hexagon înspre dreapta faţă de rândul imediat următor.
Figura 1: Un paralelogram benzenoid, B2,3 (antantren)
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
S-a demonstrat că există o corespondenţă unu-la-unu între numărul
structurilor Kekulé într-un paralelogram benzenoid şi numărul tuturor căilor de la
(0,0) la (n,m) dintr-o reţea pătrată, cu pasul (1,0) şi (0,1).
Următoarea formulă reprezintă o consecinţă a acestei corespondenţe şi

permite calcularea numărului structurilor Kekulé în cazul paralelogramelor
benzenoide:
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
4.7. Metoda numărului Catalan
Un triunghi benzenoid, Tm, este format din m rânduri de hexagoane,

primul rând conţinând un hexagon, al doilea două hexagoane ş.a.m.d, ultimul
rand având m hexagoane, şi fiecare rând fiind deplasat cu jumătate de hexagon
spre dreapa faţă de rândul imediat următor.
Figura 2: Un triunghi benzenoid, T3 (dibenzo[a,i]piren)
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Formula pentru determinarea numărului de structuri de valenţă Kekulé în
cazul unui triunghi benzenoid este:
unde Cm+1 este al (m+1)-lea număr Catalan.
Un număr Catalan poate fi calculat cu formula:
Primele câteva numere Catalan pentru n=1,2,… sunt 1, 2, 5, 14, 42,

132, 429, 1430, 4862, 16796, ...
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
4.8. Metoda enumerării căilor
Metoda enumerării căilor (path counting method), presupune calcularea

numărului de structuri Kekulé ale unui benzenoid după formula:
unde P este matricea ale cărei elemente

(P)ij reprezintă numărul căilor (path sau self-avoiding walk) care pornesc din
vârfurile dintr-o margine (vârfuri peak) şi se termină în vârfurile din
marginea opusă (vârfuri valley).
Numărul de vârfuri peak trebuie să fie egal cu numărul de vârfuri valley

pentru a avea o valoare nenulă pentru K.
Identificarea acestor vârfuri depinde de orientarea benzenoidului.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
Valoarea lui K e independentă de orientarea benzenoidului.
Folosirea ecuaţiei anterioare depinde de enumerarea căilor ce conectează

vârfuri peak şi vârfuri valley.
O metodă foarte eficientă şi elegantă de enumerare a acestor căi foloseşte

algoritmul de recurenţă al lui Pascal, bazat pe triunghiul lui Pascal.
Algoritmul de recurenţă al lui Pascal şi metoda bazată pe numărarea

tuturor căilor de la (0,0) la (n,m) dintr-o reţea pătrată, cu pasul (1,0) şi (0,1) sunt
similare, însă algoritmul de recurenţă al lui Pascal poate fi aplicat unei clase mai
largi de benzenoizi, şi nu doar paralelogramelor benzenoide.
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620
BIBLIOGRAFIE
1. D.J. Klein, T.P. Živković, N. Trinajstić, Resonance in random π-network polymers, J.

Math. Chem. 1 (1987) 309-334
2. A. Hirsch, Functionalisation of single-walled carbon nanotubes, Angew. Chem. Int. Ed.
Engl. 41 (2002) 1853
3. M.V. Diudea, D. Vukičević, Kekulé Structure Count in Corazulenic Fullerenes, Journal of
Nanostructures and Nano technolog 7 (2007) 1321–1328
4. V. Schlegel, Theorie der homogen zusammengesetzten Raumgebilde, Verhandlungen der
Kaiserlichen Leopoldinisch-Carolinischen Deutschen Akademie der Naturforscher 44 (1893)
337- 459
5. T.F. Yen, Resonance Topology of Polynuclear Aromatic Hydrocarbons,Theoret. Chim.
Acta 20 (1971) 399-404
6. J.R. Dias, Benzenoid Hydrocarbons, in Handbook of Polycyclic Hydrocarbons, Elsevier,
New York, 1987
7. D.J. Klein, N. Trinajstić, Pascal recurrence algorithm for Kekulé-structure counts of
benzenoid and coronoid hydrocarbons, J. Mol. Struct. (Theochem) 206 (1990) 135-142
8. M.V. Diudea, B. Parv, O. Ursu, TORUS 3.0 software package(Universitatea Babeş-Bolyai,
2003)
9. HyperChem 7.52, Hypercube, Inc., http://www.hyper.com
Nanoștiinț
tiințe și QSAR
Tel:+40-256-592638, Fax: +40-256-592620

ChimieStructurala-NanoTopologica LectiiCursMaster

Încărcat de

Informații document

Titlu original

Drepturi de autor

Formate disponibile

Partajați acest document

Partajați sau inserați document

Opțiuni de partajare

Vi se pare util acest document?

Este necorespunzător acest conținut?

Drepturi de autor:

Formate disponibile

ChimieStructurala-NanoTopologica LectiiCursMaster

Încărcat de

Drepturi de autor:

Formate disponibile

UNIVERSITATEA DE VEST DIN TIMIȘOARA

FACULTATEA DE CHIMIE, BIOLOGIE, GEOGRAFIE

Director Știinţific Curs & L-CF-SC-NQ:

Reprezentarea pictorială a grafului: elementele mulţimii V sunt

Se consideră muchia ek =(vi, vj). Atunci:

• d(vi) = 0  vârf izolat.

Exerciţiul 1: Figura 1: Graf neorientat

Determinaţi: mulţimea vârfurilor, muchiile, gradul vârfurilor, vârfuri

Figura 1: O structură chimică şi graful molecular corespunzător

Se numeşte drum (walk) o secvenţă alternantă de vârfuri şi muchii,

Lungimea drumului: numărul muchiilor traversate.

Drum închis (self-returning walk) este drumul ce porneşte şi sfârşeşte în

Se numeşte cale (drum elementar sau path sau self-avoiding walk)

Distanţa topologică între vârfurile i şi j, notată dij , reprezintă

Distanţa metrică reprezintă distanţa măsurată în metri (ori submultipli:

4. Graf regulat: toate vârfurile au acelaşi grad.

5. Graf parţial: graful H = (V1,E1) cu V1=V, şi E1⊂E, ce se obţine din

6. Graf bipartit: graful G = (V,E) în care mulţimea vârfurilor poate fi

6. Graf homeomorf: graful obţinut prin inserarea pe muchiile lui G

Un graf este planar dacă şi numai dacă nu are nici un subgraf

Figura 3: Exemplu de graf şi

Figura 4: Graf bipartit

Figura 6: Grafuri bipartite complete

Figura 8: Un graf planar şi feţele lui

a) Metoda de parcurgere “în lăţime” (BF): se vizitează vârful de

b) Metoda de parcurgere “în adâncime” (DF): se alege vârful de

Scrieţi succesiunea de vârfuri parcurse cu medtoda BF pornind de la vârful 3,

2. Pentru următorul graf, scrieţi succesiunea de vârfuri

1. N. Trinajstić, The Characteristic Polynomial of a Graph, in Chemical

Este o matrice pătratică A(G) de dimensiuni n×n, asociată unei

• caracterizează graful până la izomorfism;

Este o matrice pătratică Di(G) de dimensiune n×n, asociată unei

unde dij este distanţa topologică dintre vârfurile i şi j.

 suma elementelor de pe linia i reprezintă distanţa de la vârful i la toate

Sunt construite pe baza partiţiilor relative în graf. O partiţie relativă

 ecci este excentricitatea vârfului i (i.e., cea mai mare distanţă de la i la

 G(i)k reprezintă stratul k al partiţiei G(i) şi conţine toate vârfurile aflate la

Matricea strat LM este definită de următoarea relaţie:

Matricile strat SM (shell matrix): matrici nepătratice cu dimensiunile

Matricea strat SM este definită de următoarea relaţie:

1. A. Tang, Y. Kiang, G. Yan, S. Tai, Graph Theoretical Molecular Orbitals;

Figura 1: Grafuri izomorfe

în care vârful 1 se permută în p1, vârful 2 în p2, vârful i în pi etc.

O permutare poate fi descrisă printr-o matrice de permutare, P, definită astfel:

În formă matricială, un izomorfism poate fi scris astfel

, unde PT este transpusa matricei P.

În cazul unui automorfism

Două grafuri sunt izomorfe daca:

 au acelaşi număr de vârfuri

1. Se dă permutarea P(H) care defineşte graful G. Ştiind că graful G este izomorf

2. a. Ştiind că graful G2 este automorf cu graful G, determinaţi srtuctura graful G2.

1. I. Gutman, S. Klavžar, M. Petkovšek, P. Žigert, On Hosoya polynomials of

Un poliedru poate fi:

Numărul găurilor dintr-o suprafaţă 3D se numeşte gen şi poate fi definit şi

c = caracteristica lui Euler (valorile pozitive/negative ale lui χ corespund unei

O mapă M este o reprezentare combinatorială a unei suprafeţe închise.

Figura 1: Dualul cubului (octaedrul)

În urma operaţiei faţa originală se va roti de două ori cu π/s şi astfel în

Relaţia dintre numărul de vârfuri, numărul de muchii şi numărul de feţe

Prima fullerenă descopertită a

Cele mai stabile sunt fullerenele care

1. E.C. Kirby, The Branching Graphs of Polyhexes: Some Elementary

Condiţiile necesare şi suficiente pentru ca un graf să posede un 1-factor sunt