ENZIME2

Subiecte ce vor fi tratate

• Ce sunt enzimele?
• Caracteristici generale ale enzimelor
• Clasificarea enzimelor
• Structura enzimelor
• Specificitatea enzimelor
• Mecanismul catalizei enzimatice
• Cinetica enzimatica
• Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
• Nomenclatura enzimelor
Subiecte ce vor fi tratate
• Ce sunt enzimele?
• Caracteristici generale ale enzimelor
• Clasificarea enzimelor
• Structura enzimelor
• Specificitatea enzimelor
• Mecanismul catalizei enzimatice
• Cinetica enzimatica
• Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
• Nomenclatura enzimelor
Enzime-definitie

• Enzimele sunt catalizatori biologici (fermenti)

• Enzimele sunt in general proteine cu rol biocatalitic
• >100 aminoacizi, >10kDa
• Au structura primara, secundara, tertiara,
cuaternara
Tehnici: cristalografie cu raze X, spectrometrie de
masa, fluorescenta, tehnici imunochimice, etc
 ARN nuclear cu masa moleculara mica (ARNsn)
=rol catalitic
• La eucariote, in urma procesului de transcriere, rezulta un ARNm primar
care contine exoni (secvente informationale ce se vor exprima in proteine)
si introni (nu vor fi tradusi in proteine). Acest ARNm primar sufera un proces
de excizare a intronilor si legare a exonilor numit splicing. Acest proces
este catalizat de catre complexe formate din proteine si molecule mici de
ARN nuclear (ARNsn) (din engl.small nuclear RNAs (snRNAs)) numite
spliceosomes sau structuri ribonucleoproteice cu masa moleculara mica,
snSNP (din engl. small nuclear ribonucleoprotein particles). Fiecare complex
contine ARN nuclear cu masa mica (ARNsn) format din 100 to 200
nucleotide. In nucleii eucarioti exista 5 tipuri de ARNsn notate cu U1, U2,
U4, U5, si U6 implicate in reactiile de excizie a intronilor si legare a exonilor.
• ARNsn si proteinele din snSNP sunt inalt conservate la eucariote, de la
drojdii la oameni.
 Excizarea intronilor si legarea exonilor in ARNm la
eucariote
• Aceasta masinarie enzimatica
recunoaste situsurile de excizie
a intronilor. Intronii in general
incep cu GU si se termina cu
AG. Aceste secvente sunt
semnale pentru procesul de
splicing.
ARNm primar
Gruparea 3’OH a guanozinei
actioneaza ca o molecula
nucleofila atacand fosfatul 5’ la
nivelul situsului de excizare
ARNm intermediar
Gruparea 3’OH a exonului dinspre
extremitatea 5’ actioneaza ca o
molecula nucleofila finalizand
excizia intronului
ARNm fara introni
ARNr 23 S
sinteza proteica (procesul de traducere)
• Faza de formare a legăturii peptidice are loc cu
participarea unei peptidil-transferaze (numită şi
peptidil-sintetază sau peptidil-polimerază). ARNr
23 S (din subunitatea mare 50S) = peptidil-
transferaza are rolul de a transfera formil-
metionina (şi ulterior formil-di-, -tri-, …, formil-
(poli)-peptidul) de pe ARNt din locusul peptidil, pe
aminoacil-ARNt din locusul aminoacil. Peptidil-
transferaza catalizează formarea legăturii peptidice
între gruparea carboxil a aminoacidului legat
anterior de ARNt din locusul peptidil (P) şi
gruparea aminică liberă a aminoacidului legat de
ARNt din locusul aminoacil (A). În locusul peptidil a
rămas un ARNt descărcat, iar în locusul aminoacil
se găseşte acum un formil-dipeptidil-ARNt1 (şi
ulterior, în etape mai avansate, un formil-peptidil-
ARNt, de fiecare dată mai lung).
Subiecte ce vor fi tratate
• Ce sunt enzimele?
• Caracteristici generale ale enzimelor
• Clasificarea enzimelor
• Structura enzimelor
• Specificitatea enzimelor
• Mecanismul catalizei enzimatice
• Cinetica enzimatica
• Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
• Nomenclatura enzimelor
 Caracteristici generale ale enzimelor
Diferente dintre enzime si catalizatori chimici:
• Enzimele sunt in general proteine
• Enzimele au specificitate pentru un substrat
• Specificitatea poate fi “ingusta” pentru un singur fel de substrat (ex. D-
Glucoza) sau poate fi “larga” pentru o multitudine de substrate (ex. Hexoze)
Au o ToC si pH optim de functionare
Nu sunt produse sau consumate in timpul unei reactii chimice
Nu declanseaza o reactie chimica ci intensifica viteza reactiei
chimice
Enzimele modifica viteza reactiei dar nu constanta de echilibru
a reactiei catalizate.
Cat timp decurge o reactie catalizata enzimatic?
Subiecte ce vor fi tratate
• Ce sunt enzimele?
• Caracteristici generale ale enzimelor
• Clasificarea enzimelor
• Structura enzimelor
• Specificitatea enzimelor
• Mecanismul catalizei enzimatice
• Cinetica enzimatica
• Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
• Nomenclatura enzimelor
Clasificarea enzimelor

• 2 criterii majore:
Solubilitate
Structura
 Dupa solubilitatea (localizarea) enzimelor
• Enzime hidrosolubile (ex. Enzimele cu localizare citosolica,
lumenala sau matriceala)

• Enzime partial hidrosolubile sau insolubile in apa(ex. cu

localizare membranara, periferica sau transmembranara)
Dupa criteriul structural

2 categorii de enzime:

1) Enzime numai de natura proteica:

Ex: ribonucleaze, hidrolaze
2) Enzime alcatuite dintr-o parte proteica si una neproteica
Subiecte ce vor fi tratate
• Ce sunt enzimele?
• Caracteristici generale ale enzimelor
• Clasificarea enzimelor
• Structura enzimelor
• Specificitatea enzimelor
• Mecanismul catalizei enzimatice
• Cinetica enzimatica
• Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
• Nomenclatura enzimelor
 Structura unei enzime

Parte neproteica-
Parte proteică Cofactor (coenzimă,
(apoenzimă, apoferment sau feron) coferment, sau agon)

(Holo)enzima (holoferment sau simplex).

Structura unei enzime

• Componenta proteică a enzimei

 determină caracterul de izoenzimă,
 determină specificitatea de substrat
 dirijează specificitatea de acţiune.

• Componenta neproteică
 micromoleculară şi termostabilă
 joacă rolul de coenzimă sau grupare prostetica şi este implicată în
mecanismul catalitic.
Centrul activ al enzimelor
• Centru activ= totalitatea gruparilor chimice din molecula
enzimei care recunosc, leaga specific si transforma molecula
de substrat
• Confera specificitate enzimelor pentru substrat
Centrul activ al enzimelor

• Confera specificitate enzimelor pentru substrat

• Centru activ= totalitatea gruparilor chimice din
molecula enzimei care recunosc, leaga specific si
transforma molecula de substrat
• Are un caracter hidrofob
• Cum se poate mentine intacta functia enzimei?
 Interactiunea centru activ substrat
2 modele:
• Mecanismul cheie-broasca- Emil Fischer, 1890
• Mecanismul potrivirii induse- Daniel E. Koshland,Jr., 1958
 Interactiunea centru activ substrat

• Mecanismul cheie-broasca- Emil Fischer, 1890

 Interactiunea centru activ substrat

• Mecanismul potrivirii induse- Daniel E. Koshland,Jr., 1958

Subiecte ce vor fi tratate
• Ce sunt enzimele?
• Caracteristici generale ale enzimelor
• Clasificarea enzimelor
• Structura enzimelor
• Specificitatea enzimelor
• Mecanismul catalizei enzimatice
• Cinetica enzimatica
• Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
• Nomenclatura enzimelor
 Specificitatea enzimelor
•EsteSpecificitate de actiune
determinata de partea proteica a enzimei
Piridoxalfosfat-coenzima a transaminazelor, decarboxilazelor,
liazelor, sintetazelor
Arg
• Specificitate de substrat Lys
specificitate de legatura: enzimele
recunosc un anumit tip de legatura chimica
Ex: Esterazele recunosc legaturile de tip
esteric
Tripsina recunoaste legatura dintre Arg-Lys
Trombina recunoaste legatura dintre Arg-Gly
stereospecificitate

Ex: L-aminoacid-oxidazele : numai L-aminoacizi !!!

 Specificitatea enzimelor

•Specificitate absoluta: enzimele recunosc un anumit tip de

legatura chimica si un anumit component chimic
Exemplu: Ureaza degradeaza numai ureea
Exemplu: Hexokinaza metabolizeaza D-glucoza dar nu si 2-18F-
dezoxi-D-glucoza –utilizare in tehnici de imagistica
 Izoformele enzimelor

• Izoenzime sau izozime

• Sunt enzime localizate în aceeaşi celulă sau în celule diferite,
care îndeplinesc funcţii catalitice identice, dar diferă prin unele
proprietăţi cum ar fi afinitate pentru substrat, termostabilitate,
sarcină electrică etc.
Izoformele lactat dehidrogenazei (LDH)
• LDH-1 (4H) - in inima
• LDH-2 (3H1M) - in sistemul reticuloendotelial
• LDH-3 (2H2M) - in plamani
• LDH-4 (1H3M) - in rinichi
• LDH-5 (4M) - in ficat si muschiul striat

(H este tipul de monomer intalnit in inima, iar M este monomerul caracteristic izoenzimei
hepatice si musculare)

Rol in diagnosticul medical

indicand distrugeri celulare
Enzime cu dubla localizare

• În aceeaşi celulă, dar în compartimente diferite, pot exista

enzime cu aceeaşi specificitate de substrat, dar cu
proprietăţi fizice şi chimice diferite
• Enzime biloculare – mitocondriale şi citosolice:
aspartat-aminotransferaza (GOT)
malat-dehidrogenaza,
izocitrat-dehidrogenaza,
-glicerofosfat-dehidrogenaza.
 Complexe enzimatice
• Enzimele pot fi organizate in complexe enzimatice atunci cand produsul unei reactii este rapid
preluat si transformat de o alta enzima
• Diferite grade de organizare:
Exemple: acid-gras sintetaza cu localizare citosolică. Acest sistem enzimatic, descoperit de Lynen
în drojdie, apare ca fiind format din 6 enzime diferite, grupate în jurul unei proteine centrale
purtătoare de radical acil. Întregul sistem enzimatic are masa moleculară de 2300 kDa

Complexe multienzimatice: enzime asociate cu ribozomii, enzimele lantului respirator

Catene polipeptidice formate din domenii cu activitati
enzimatice diferite

• La mamifere, acid gras sintetaza este un dimer cu subunităţile identice.

Fiecare subunitate este asamblată din trei domenii, unite între ele prin
regiuni flexibile. Domeniul I, reprezentând unitatea de intrare a
substratului, conţine: acetil transferaza, malonil transferaza şi β-cetoacil
sintetaza (enzima de condensare). Domeniul II reprezentând unitatea
de reducere, conţine: ACP, β-cetoacil reductaza, enzima de deshidratare
şi enoil reductaza. Domeniul III este unitatea de eliberare a palmitatului
şi conţine tioesteraza.
Subiecte ce vor fi tratate
• Ce sunt enzimele?
• Caracteristici generale ale enzimelor
• Clasificarea enzimelor
• Structura enzimelor
• Specificitatea enzimelor
• Mecanismul catalizei enzimatice
• Cinetica enzimatica
• Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
• Nomenclatura enzimelor
Mecanismul catalizei enzimatice
Caracteristici generale
• Enzimele sunt catalizatori biologici (fermenti)
• Nu sunt produse sau consumate in timpul unei reactii
chimice
• Nu declanseaza o reactie chimica ci intensifica viteza
reactiei chimice

(Enzimele modifica viteza reactiei dar nu constanta

de echilibru a reactiei catalizate)
 Mecanismul catalizei enzimatice
• Energia libera a unei reactii (∆G)

• Energia de activare: necesara energizarii unui substrat

pentru a atinge o stare de tranzitie in care exista o
mare probabilitate ca o legatura chimica sa se formeze
sau sa se rupa in substrat

• Enzimele reduc energia de activare fara sa afecteze

energia libera a reactiei (G) Astfel, enzimele cresc
viteza de reactie
 S + E ↔ E-S → E + P

Energia de activare a reactiei necatalizate

Energie

S Energia de activare a reactiei catalizate

G P

Progresul reactiei

Enzimele reduc energia de activare fara sa afecteze energia libera a

reactiei (G). Astfel, enzimele cresc viteza de reactie.
 Rolul metalelor in cataliza enzimatica
- Sunt componente esentiale ale centrului catalitic
(activ);
- Intermediaza formarea complexului ES;
- Necesar in mentinerea structurii 3D a enzimei;
- Participa in reactii de transfer de electroni
 Mecanismul catalizei enzimatice
Metaloenzime:
- Fe-enzime: grup prostetic hem (citocromi, catalaze,
peroxidaze);
- Cu-enzime: citocromoxidaza, superoxid-dismutaza,
tiroxin-hidroxilaza;
- Mn-enzime: peptidaza, arginaza, izocitrat-
dehidrogenaza;
- Co-enzime: cobalamin-enzime;
- Se-enzime: glutationperoxidaza
 Mecanismul catalizei enzimatice

• Enzimele nu acţionează toate după un singur

mecanism de reacţie universal valabil
• Dintre numeroasele mecanisme de acţiune propuse,
cele mai importante sunt:
cataliza acido-bazică,
cataliza covalentă
cataliza prin distorsiune.
Cataliza acido-bazica

• Este cel mai frecvent mecanism întâlnit în cataliza

enzimatică
• Consta in procese de transfer de protoni intre
gruparile acido-bazice ale enzimei si cele ale
substratului
• În calitate de catalizatori acido-bazici generali pot
funcţiona grupările carboxilice sau aminice libere
ale resturilor aminoacizilor acizi sau bazici; gruparea
tiol a cisteinei, gruparea imidazol a histidinei şi gruparea
hidroxil a tirozinei.
Cataliza covalenta

• Formarea complexului enzimă-substrat presupune

formarea unei legături puternice, de tip covalent
(punere in comun a electronilor), între S şi E
 Cataliza prin deformare (distorsiune)
• Se aplică în special la enzimele hidrolitice
• Accelerarea vitezei de reacţie prin acest mecanism s-
ar datora inducerii unei tensiuni în molecula
substratului, ceea ce ar determina “activarea” sa.
• Se presupune astfel că legarea specifică a substratului
de molecula enzimei induce apariţia unei tensiuni sau
a unei deformări în legătura ce urmează a fi scindată.
• Deformarea survenită permite complexului enzimă-
substrat să fie mai reactiv decât substratul singur şi să
se transforme mai rapid în produşii de reacţie.