MINISTERUL EDUCAIEI AL REPUBLICII MOLDOVA

UNIVERSITATEA DE STAT DIN MOLDOVA

FACULTATEA MATEMATIC I INFORMATIC

DARE DE SEAM
Laboratorul nr1
Sisteme ce se autoorganizeaz
Modele matematice n Bioinformatic

Chisinau 2017
1. Partea teoretic
1.1. Bioinformatica - este extragerea, acumularea, prelucrarea, gestionarea informatiei la
nivel molecular cu ajutorul tehnologiei informatice.

1.2. Obiectul de studiu al bioinformaticii.

Initial au fost studiate:
- structuri simple, cu identificarea modelelor fizice la nivel molecular;
- unele mecanisme de interaciune molecular.
Urmatorul pas a fost studiul:
- secventelor de ADN;
- alinierea nucleotidelor;
- predicia structurii secundare i teriare n baza structurii primare
Convergena informaiilor este urmaturul pas n evoluia bioinformaticii.

1.3. Domenii de aplicabilitate:

- Extragerea i analiza noilor secvene de cDNA
- Calculul temperaturii de topire
- Design de primeri PCR
- Analiza structurii secundare a AND i ARN
- Traducerea secvenei de cDNA n secven de aminoacizi
- Cutare de omologi ai secvenei de AND sau aminoacizi
- Predictie de structura secundara
- Analiza proteinei de interes etc.
- Realizarea modelelor 3D prin tehnici de homology modelling etc.

2.1. Sisteme complexe.

Sunt sisteme ce au capacitatea de ai schimba forma i caractersticele n sistem. Mai implic i
gradul de schimbare al sistemului n timp, varietatea corelaiilor elementelor i schimbarea
corelaiilor elementelor.

Caracteristicile unui sistem complex:

- prezint un mare grad de ordonare
- multe stri sau variabile de nivel
- exist multiple bucle, negative i pozitive
- sunt neliniare
- comportamentul este deseori curios, n contradicie cu aparenele, contra-intuitiv
- manifest o relativ rezisten la schimbare
- prezint diverse puncte "de presiune" prin care se poate modifica echilibrul sistemelor
- opun rezisten la aciunile din exterior, deoarece acestea altereaz echilibrul interior al sistemului

Cele mai multe fenomene, procese din natur, au la baz transformri neliniare: Principalele aspecte
ale Teoriei Haosului sunt:
 cea mai mic schimbare a parametrilor initiali va produce un comportament complet diferit al
acelui sistem complex.
principiul incertitudinii neag acurateea. De aceea situaia iniial a unui sistem complex nu
poate fi determinat cu precizie, prin urmare nici evoluia unui sistem complex.
sistemele complexe, de obicei, incearca sa ajung ntr-o anumita situaie. Acea situaie poate fi
static (Atractor) sau dinamic (Atractor Straniu).
Exemple

Vremea, n meteorologie
Pendulul dublu
Pendulul magnetic
Problema celor trei corpuri
Ritmul cardiac
Turbulena, n mecanica fluidelor
Reacia Belousov-Jabotinski, n chimie
Dinamica populaiei, mai ales n cazul speciilor slbatice, asimilabile modelului "prad -
prdtor"
Transformarea "dublare - njumtire", n cazul sistemelor discrete
Cursul bursier

3.1. Sisteme ce se auto-organizeaz

Autoorganizarea este o noiune fundamental ce se refer la evoluia sistemelor mai simple spre
forme de organizare mai complexe si mai organizate.
o Deschise (are loc schimb de energie/substan cu mediul)
o Conin un numr nelimitat de elemente (subsisteme) ce interacioneaz coierent
o Neliniare (descriptibile matematic prin ecuaii neliare)
o Departe de echilibru termodinamic (exist un prag /punct critic)
Convecia Rayleigh-Bnard este un tip de convecie natural care apare ntr-un strat plan orizontal
de fluid nclzit de jos, n care fluidul dezvolt un model obinuit de celule de convecie cunoscute
sub numele de celule Bnard . Convecia Rayleigh-Bnard este unul dintre cele mai frecvent studiate
fenomene de convecie din cauza accesibilitii sale analitice i experimentale.
Fig1. Simularea conveciei Rayleigh-Bnard n 3D

2. Modelul matematic Lotka-Volterra

Modelul interaciunei a doua tipuri prad- prdtor, parazit-stpn, concuren i alte tipuri de
interaciune ntre cele dou specii.
n forma matematic, sistemul propus are urmtoarea form:

Unde: x - numrul victimelor,

y - numrul de prdtori,
t- timp,
dy/dt i dx/dt reprezint ratele de cretere ale celor dou populaii n timp,
, , , - coeficieni care reflect interaciunile dintre specii.
 Fig 2 Fig 2 Mrimea populaiei de animale de prad i prada n funcie de timp n modelul tava - Volterra

Considerat o zon nchis, care este locuit de dou specii - erbivore ("victime") i prdtori. Se
presupune c animalele nu emigreaz c exist alimente bogate pentru erbivore. Apoi, ecuaia
pentru schimbarea numrului de victime (fr prad) are forma:

unde - rata natalitii victimelor, x- mrimea populaiei victimelor, dx/dt - rata de cretere a populaiei
victimelor.
n timp ce prdtorii nu vneaz, ei mor, deci ecuaia numrului de prdtori (fr a ine cont de
numrul de victime) ia forma:

unde - coeficientul de mortalitate a prdtorilor, y- mrimea populaiei de prdtori, dy/dt - rata de

cretere a populaiei de prdtori.
La ntlnirile de prdtori i victime (a cror frecven este direct proporional cu magnitudinea xy)
ucide victimele cu un coeficient de , prdtorii bine hrnii sunt capabili de reproducere cu un
coeficient de . Avnd n vedere acest lucru, sistemul de ecuaii al modelului este dup cum urmeaz:
3. Partea practic
3.1. Modelul Lotka-Volterra n reele Petri hibride. Ajustarea parametrilor.
Analiza calitativa a sistemului, tabloul fazic. Obinerea i analiza
rezultatelor simulrii (amortizarea/amplificarea oscilaiilor, autooscilaii).

Ca exemplu am ales exemplul cu petii si rechini :

B1 = (constanta viteza de crestere petilor)
B2 = (ci peti au mncat rechinii)
B3 = (viteza de nmulire a rechinilor)
B4 = X (populatia pestilor )
B5 = Y(populaia rechinilor)
B6 = (viteza de dispariie a rechinilor)

3.1.1 Tabloul fazic cu focar nestabil

Date iniiale:
B4 = X= 2000
B5 = Y = 10
B1 = = 10
B2 = = 2
B3 = = 0.001
B6 = = 1

b4_LEVEL

8000

6000

4000

2000

0
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550
Fig3. Graf cu populatia pestilor
 b5_LEVEL

12
10
8
6
4
2

0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550
Fig4. Graf cu populatia rechinilor

Fig5. Tabloul fazic cu focar nestabil

Fig6. Modelul cu focar nestabil

3.1.1 Tabloul fazic cu focar stabil

 b4_LEVEL

0
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550 600

b5_LEVEL

0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550 600
3.1.2 Tabloul fazic cu focar constant
 b4_LEVEL

2000

4 5 6 7

b5_LEVEL

10

4 5 6 7
3.1.3. Tabloul fazei cu circuit infinit

b5_LEVEL

12

11

10

0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500

b4_LEVEL
2000
1800
1600
1400
1200
1000
800
600
400
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500