Lucrare de laborator 1.

Sisteme ce se autoorganizeză
Partea 1

Bioinformatica (Bioinformatics, Computational Biology) este domeniul care se ocupa de

extragerea, acumularea, prelucrarea, gestionarea şi integrarea informaţiei produse de stiinţele vieţii la
nivel molecular cu ajutorul tehnologiei informatice.

Obiectul de studiu al bioinformaticii a evoluat în timp, initial au fost studiate (structuri simple, cu
identificarea modelelor fizice la nivel molecular, unele mecanisme de interacţiune moleculară) ulterior
(secventelor de ADN, alinierea nucleotidelor, predicţia structurii secundare şi terţiare în baza structurii
primare). Odata cunoscute procedurile de lucru cu secvente simple, s-a trecut la studiul complex al
procesarii a mai multe secvente, la identificare genelor. Informaţiile au fost stocate in baze de date
specializate. Multitudinea informatiilor obţinute in timp şi creştearea complexitatii prelucrarii datelor a
dus la dezvoltarea uneltelor de integrare a datelor din baze de date diferite. Convergenţa informaţiilor este
urmaturul pas in evoluţia bioinformaticii.

Domenii de activitate sunt: Studiul organismelor vii cu ajutorul metodelor generative bazate pe
limbaje formale, Funcţii de crestere în sistemele vii, Influenţa factorilor de mediu asupra organismelor
vii, Modele statistice aplicate viului in general.

Sistem complex este un întreg alcătuit din alţi întregi, a carui componente interacţionează local:
nici o componentă nu interacţionează direct cu toate celelalte, ci numai cu cele învecinate.
Comportamentul global este bine definit si este independent de structura internă a componentelor.

Caracteristicile structurilor ce se autoorganizeaza:

 sistemele complexe nu au nişte căi de dezvoltare fixate. Mai degrabă trebuie de înţeles cum de
contribuit la dezvoltare şi cum de scos astfel de sisteme pe aceste căi. Este vorba despre o dezvoltare
autoorganizaţională.
 sistemele ce se autoorganizează sunt supuse fluctuaţiilor interne şi externe
 sistemele pot deveni instabile în aceste sisteme se petrec schimbări calitative
 sistemele auto-organizatoare nu doar importă ordine din mediul lor, ci preiau şi materie bogată în
energie pe care o integrează în propria structură şi, astfel, îşi ameliorează ordinea internă
 sistemele complexe au, de regulă, căi multiple de dezvoltare. Dar există un puct unde se alege calea
de dezvoltare numit punctul de bifurcaţie, şi la apropierea de acest punct se poate determina calea de
dezvoltare a sistemului
 evoluţia şi dezvoltarea sistemelor neliniare este ireversibilă
 pentru sistemele neliniare deschise există o multitudine de căi de dezvoltare, încît la influienţa unei
mici fluctuaţii venite din interior sau exterior, şi prin schimbarea parametrului de ordine, sistemul
poate trece la o nouă cale de dezvoltare
 în punctul de bifurcaţie are loc alegerea unei singure şi noi căi de evoluţie
 Tipuri de structuri ce se autoorganizeaza:
 spaţiale
 temporale
 spaţio-temporale
 funcţionale

Exemple de structuri ce se autoorganizeaza:

 Celule Benard (structură spaţială)
 Reacţia lui Belousov-Jabotinskii (structură spaţio-temporală)
 Modelul Lotka-Volterra(autooscilaţii-structură temporală)

Partea 2

Modelul Lotka – Volterra, reprezintă interacțiunea a două specii de tipul pradă – prădător, numit
in cinstea autorilor (Lotka, 1925; Volterra, 1926), care au propus ecuații de model independent una de
cealaltă.

𝑑𝑥 𝑑𝑦
= 𝛼𝑥 − 𝛽𝑥𝑦, = 𝛿𝑥𝑦 − 𝛾𝑦
𝑑𝑡 𝑑𝑡

unde x este numărul de prada, y este numărul de prădători, t este timpul, 𝛼, 𝛽, 𝛿, 𝛾 sunt
coeficienții care reflectă interacțiunile dintre specii.

Analiza calitativă are o legătură directă cu condiția de echilibru. În sistem liniar există doar o
stare de echilibru, de aceea variabilele dependente care caracterizează starea sistemului, în timp se
apropie de starea de echilibru, sau periodic se schimbă. În sisteme nelinare există situatii cind sunt mai
multe stări de echilibru. În plus că este destul de o mică schimbare, pentru a se începe procesul, care va
duce sistemul într-o stare nouă,care se va deosebi semnificativ de cea initială. Respectiv pentru studierea
a astfel de sisteme este necesar de anlizat specificul comportamentului în toate stările de echilibru
posibile.

Partea 3
 Rețelele Petri reprezintă un mijloc universal de modelare, manipulare și verificarea sistemelor
concurente și distribuite.

Astfel va arata modelul Lotka – Volterra în rețelele Petri hibride. El este compus din 3 tranziții
(t1, t2, t3), 6 locații (b1, b2, b3, b4, b5, b6) dintre care b4 și b5 sunt buferele unde se salvează valorile
numarului populație de pradă și prădători, iar celelate sunt coeficienti. Arcul t1 => b4 semnifică αx din
formulă, b4 => t3 semnifică βxy din formulă, t3 => b5 semnifică δxy din formulă și b5 => t2 semnifică γy
din formulă.

În dependență de valorile setate în b1, b2, b3, b6 vom primi diferite tablouri fazice. De exemplu
cazul de mai sus, reprezintă Regimul I cînd crește amplitudine populației. Respectiv avem următoarele
tablouri fazice:

Populația peștilor în timp (b4_LEVEL)

 Populația rechinilor în timp (b5_LEVEL)

Rechinii și Peștii (b5_LEVEL b4_LEVEL)

Regimul II se obtine atunci cind amplitudinea oscilatiilor scade, respectiv avem focar stabil.

Regimul III se obtine atunci cînd avem lipsa oscilatiilor, este stare staționară.

Și Regimul IV se obține atunci cînd avem oscilații cu aceeași amplitudine, este ciclul infinit.

Populația peștilor în timp (b4_LEVEL)

 Populația rechinilor în timp (b5_LEVEL)

Rechinii și Peștii (b5_LEVEL b4_LEVEL)

Lucrare de laborator 2. Calcul membranal.

Soluționarea 3SAT
Prezentarea evolutiei P sistemului cu membrane active in procesul de calcul:

Pasul 0:

Pasul 1:

Pasul 2:

Pasul 4:
 Pasul 5:

La Pasul 5 obținem structura care poate fi reprezentată astfel:

Pasul 6:

Pasul 7:

Pasul 8:

Pasul 9: una dintre cele două copii ale lui t va fi exclusă din sistem, deci formula a fost
satisfăcută. Acesta este ultimul pas al calculului, pentru că regula nu mai poate fi aplicată (membrana
pielii este acum încărcată "pozitiv", deci a doua copia lui t nu-l poate lăsa).

Lucrare de laborator 3. Modelarea şi simularea pe calculator a

biosenzorului celular
Sistemul genetic lexArecA ce sta la baza biosenzorului celular, poate fi reprezentă prin schema de
mai jos.

Un rol important în reglarea genei este jucat de proteine specifice, numite factorii de transcripție,
care influențează transcripția anumitor gene prin legarea în regiunile lor de reglementare. În acest fel, un
produs al unei gene poate influențează expresia unei alte gene și putem lua în considerare o rețea de gena
de reglementare. O rețea de reglare a genei este o colecție de segmente ADN (genele cu regiuni de
reglementare) care interacționează între ele și cu alte substanțe din celulă, care reglementează astfel ratele
la care sunt prezente genele transcris în ARNm. Producția moleculară a unei rețele de reglare a genei este
constelatia de ARN-uri si proteine codificate de gene-tinta de retea, fiecare cu un rol specific de jucat.
Caracteristicile structurale și funcționale de diferite tipuri de celule sunt determinate de natura proteinelor
prezente.

În această secțiune, un model de traductor P pentru conversia modificărilor de mediu (doza de

toxicitate) în modificările expresiei genei și producția de rezultate semnale (fluorescență). Structura
organizatorică a organizației rețeaua de reglementare lexA recA care reglează sistemul de reparații SOS
din Celulele E. coli sunt cartografiate cu ajutorul sistemelor P de timp continuu de elemente elementare
membrane, aranjate în lanțuri. Execuția mașinii genice este văzută ca un proces continuu atât în timp cât
și în nivele de concentrare. Schema de reglare transcripțională a sistemului genetic lexA recA din celulele
E.coli cu tipul negativ de reglare a genei este reprezentat mai sus. Gena de reglare lexA codifică
proteinele de represor LexA. Cand LexA moleculele de represor se leagă la operatorii O1 și O2, ARN
polimerază este incapabil să înceapă transcripția genelor lexA și recA (adică, genele sunt reprimate). În
absența represorilor LexA, ARN-polimerazele, legat de promotorul P1 sau P2, începe să se miște de-a
lungul genelor, sintetizând copii de mRNA ale genei lexA sau recA. Locurile de terminare a transcripției
din aceste gene sunt notate cu T1 și respectiv T2.

Nu există un cadru conceptual care să integreze toate componentele interacțiunii celor vii Celula a
fost propusă. Am arătat că modelul de traductor P al modelului celula vii este un instrument potrivit
pentru unificarea principalelor aspecte ale sistemelor biologice de înaltă complexitate arhitecturală: a)
organizarea structurii funcționale atât la nivelul ADN cât și la nivel celular; b) integrarea tuturor rețelelor
celulare (gena rețeaua de rețele, rețeaua de proteine și rețeaua de membrane) într-un întreg sistem; c)
interacțiunea tuturor componentelor interacțiunii principalelor ierarhice niveluri; d) aspecte discrete-
continue ale organizării pe mai multe niveluri.

Modelul P transducer in sisteme Petri.

Rezultatele simularii modelului P transducer sub acțiunea agentului mutagen 37°C