Genetica microorganismelor i inginerie genetic microbian Note de curs i tehnici de laborator

CAP.1. C R O M O Z O M U L

BACTERIAN

A. Structura chimic i fizic a cromozomului bacterian

Imensa majoritate a bacteriilor dein ca material genetic esenial o molecul ADN dublu catenar circular covalent nchis, suprarsucit negativ i mpachetat. Dei complexarea cu proteine i mpachetarea nu este identic cu cea din cromozomii de tip eucariot, totui aceast molecul este denumit tot cromozom sau nucleoid. Cromozomul bacterian este ataat la membrana plasmatic a celulei bacteriene n aproximativ 20 de puncte, dar o funcie deosebit pare s aib punctul de ataare de lng regiunea ori C. Cei mai mici cromozomi de tip procariot msoar mai puin de 1 Mpb i se ntlnesc mai ales la bacteriile fr perete celular (bacteriile din genurile Mycoplasma, Ureaplasma au cromosomi cu dimensiuni cuprinse ntre 600 i 800 kpb). La cealalt extrem se afl bacteriile din genurile Myxococcus i Calothrix, care au cromozomi foarte mari (aproximativ 12-13000 kpb). Escherichia coli are un cromozom de dimensiune intermediar: 4700 kpb. n general, molecula ADN ce formeaz cromozomul bacterian este de aproximativ 1000 de ori mai lung dect celula bacterian. Aceast molecul este complexat cu proteine, suprarasucit i mpachetat formnd o structur conform cu modelul elaborat de Pettijohn n 1974 (Fig.1.1.). Conform acestui model, prin asocierea ADN cu proteine i cu ARN (de regul, ARN nascent) se formeaz aproximativ 50 de domenii topologice, semi-independente, per genom de E.coli. Fiecare domeniu (bucl) este suprarsucit separat de celelalte domenii i poate fi relaxat independent de celelalte prin introducerea unei rupturi monocatenare. Gradul de suprarsucire negativ este dat de balana dintre activitatea a doua enzime - ADN giraza i ADN topoizomeraza I amndou reglnd densitatea helical a moleculelor de ADN. Una dintre cele mai importante specii proteice cu rol n stabilirea i meninerea arhitecturii cromozomului bacterian este ADN giraza (enzim ce face parte din clasa ADN topoizomerazelor II). Aceast protein se ataeaz la molecula cromozomului bacterian ntr-un mod situs-specific (la secvenele REP), ataarea fiind stimulat de interaciunea cu proteina HU (Helix Unwinding). Moleculele de ADN giraz sunt distribuite la intervale de aproximativ 100 kpb, ceea ce corespunde la o molecul de ADN giraz per domeniu topologic.

c r o m o so m b a cter ia n

p l i er e

c i r ca 5 0 d o m e n i i p e r c r o m o so m b a cter ia n

REP

su p r a r a su c i r e
REP
d o m en i i su p r a sp i r a l i z a t e n ega tiv A D N gir a z a

Fig.1.1. Modelul de mpachetare a cromozomului bacterian (Petttijohn 1974).

Configuraii ADN n cromozomul bacterian

Principalul tip de structur secundar a ADN ce formeaz cromozomul bacterian este forma B de dreapta, dar aceast configuraie nu se gsete uniform de-a lungul ntregului cromosom bacterian. Alte configuraii, prezente pe distane scurte, sunt ADN-Z (n dublu helix de stnga), structuri cruciforme (n regiunile cu secvene invers repetate) i regiuni triplu-catenare (n zone extrem de bogate n purine sau pirimidine). Este de reamintit faptul c, n general, expresia genic este afectat nu numai de secvena primar a ADN (succesiunea de nucleotide), ci i de structura secundar i teriar a acestuia.

Cap.1 Cromozomul bacterian

Compoziia n nucleotide
n majoritatea cazurilor, compoziia global n nucleotide a unei molecule de ADN se exprim prin procentul molar de guanin + citozin (%mol GC), restul pn la 100% fiind, evident, reprezentat de adenin + timin (datorit criteriului de complemntaritate ntre cele dou catene ADN, respectiv ntre bazele purinice i cele pirimidinice). Compoziia n nucleotide a cromozomului bacterian variaz n limite foarte largi: 25 %mol GC la Mycoplasma capricolum i 75 %mol GC la Micrococcus luteus. Procentul molar de guanin + citozin este corelat i cu compoziia n codoni a genomului. Aceasta variaz n sensul preferinei pentru 1-2 codoni dintr-un grup de codoni sinonimi. Se constat astfel c la Mycoplasma capricolum este favorizat prezenta A/T n poziia 3-a a codonilor sinonimi. S-a mai constatat c n cromosomul bacterian exist i o serie de gene a cror activitate poate afecta compoziia total n nucleotide a unei molecule de ADN. Astfel, la E.coli au fost descrise dou gene (mut T i mut Y) care afecteaz frecvena transversiilor A-T / C-G i, respectiv, C-G / A-T. Echilibrul ntre exprimarea acestor dou gene afecteaz compoziia global n nucleotide a moleculei de ADN ce reprezint cromosomul de E.coli. n mod evident, codonii favorizai se coreleaz cu abundena moleculelor de ARNt cognate din microorganismul respectiv. Astfel, exist codoni optimi ce sunt cel mai corect i eficient recunoscui de ctre cele mai abundente molecule de ARNt. O alt problem o reprezint contextul de citire a unui anumit codon, n spe, configuraia codonilor adiaceni. Numrul teoretic posibil de codoni (sens) adiaceni este foarte mare (612 = 3721), dar, examinnd 237 de gene de la E.coli s-a constatat c perechile de codoni adiaceni nu sunt distribuite randomizat, ci anumite perechi de codoni sunt mai abundente dect altele. S-a dedus astfel c, compoziia n nucleotide a unui codon este corelat i cu compoziia codonilor adiaceni, corelat probabil cu procesele de ataare la situsurile A (Aminoacil) i P (Peptidil) ale ribozomilor. Se pare deci, c aparatul de traducere a informaiei genetice ar fi putut s determine evoluia unor anumite trsturi ale matriei genetice.

B. Principalele clase proteice asociate cu cromozomul bacterian

n afar de ARN polimeraza, care datorit ratei nalte de transcriere la procariote, ramne asociat cvasi-permanent cu moleculele de ADN, cromosomul bacterian este asociat cu o serie de proteine bazice, similare cu histonele de la organismele eucariote i denumite proteine histone-like. La E.coli au fost descrise 9 specii moleculare de proteine bazice, cu g.m. ntre 9 i 28 kd, care se ataeaz la ADN ntr-o manier situs-nespecific i care au funcii similare cu histonele de la organismele eucariote. Dintre cele 9 specii moleculare proteice, cea mai important este o protein denumit HU care are caracter bazic i o g.m. de 9.7 kd. Proteina HU funcioneaz ca dimer, iar un monomer de HU este format din 2 polipeptide, denumite HU- i HU- i codificate de gene diferite: hup A i, respectiv, hup B. Proteina HU are proprieti fizice i compoziie total n aminoacizi similar cu histonele de la eucariote, dar secvena de aminoacizi este diferit de acestea. Ca i histonele de la eucariote, proteina HU are un grad nalt de conservare n lumea bacterian. Exist aproximativ 25000 de molecule HU per genom de E.coli, dar aceste molecule nu sunt dispuse uniform de-a lungul cromozomului bacterian, ci sunt mai dense la periferia nucleoidului (n zonele extrem de active transcripional). Din complexarea moleculelor HU cu ADN cromozomal bacterian se formeaz structuri similare cu nucleosomii de la eucariote, denumite structuri nucleosom-like (chiar i n condiii n vitro), n care sunt cuprinse circa 200 pb/nucleosom. Structurile nuclesom-like nu sunt statice, ci se afl ntr-un echilibru dinamic. Studii mai ample au demonstrat faptul c proteina HU nu este o simpl protein structural a arhitecturii cromozmului bacterian, ci are rol foarte important n diverse procese din celula bacterian n mod special n procese ce implic interaciuni ADN-proteine, situaie n care moleculele HU favorizeaz ataarea altor proteine la ADN, favoriznd inclusiv interaciunea girazei cu situsurile REP. Alte proteine histone-like de la E.coli sunt proteina H (similar cu histona H2A de la eucariote), proteina H1, proteina H-NS, proteina IHF. Proteina IHF (Integration Host Factor) a fost descoperit n studiile privind integrarea genomului fagului n cromozomul de E. coli. Ulterior, s-a constatat c aceast protein intervine i ntr-o serie de alte procese din celula bacterian. Molecula de IHF (g.m.=20 kd) este format din 2 subuniti codificate de 2 gene distincte: him A i him B. Spre deosebire de proteina HU i chiar de alte proteine histone-like, moleculele de IHF se ataeaz la ADN ntr-o manier situs-specific. Moleculele de IHF nu sunt necesare pentru recombinarea bacterian omoloag, dar par s intervin n fenomene de recombinare neomoloag, specializat, cum sunt de altfel, procesele de transpoziie i de conjugare bacterian. Dei proteinele histone-like au fost studiate extensiv la E.coli, totui au fost identificate proteine cu funcii omoloage i la alte genuri i specii bacteriene. Pe de alt parte, s-a constatat c o

Genetica microorganismelor i inginerie genetic microbian Note de curs i tehnici de laborator

serie de microorganisme din grupul Archaea prezint proteine histone-like cu structur intermediar ntre cele de la Bacteria i histonele de la Eukarya.

C. Secvene repetate
n cromosomul bacterian au fost identificate secvene ADN repetate, dintre care unele nu codific proteine/ARN (secvene repetate necodificatoare), iar altele codific o serie de proteine sau specii moleculare de ARN (ARNr, ARNt) secvene repetate codificatoare. 1) Secvene repetate necodificatoare = ADN repetitiv Acestea sunt reprezentate de secvene scurte ce apar de regul n afara ORF-urilor (Open Reading Frames). n mare majoritate a cazurilor, asemenea secvene servesc ca situsuri de interaciune ADN-proteine (inclusiv n procese de recombinare, inversie, excizie, transpoziie) i ca situsuri modificate ce identific catena matri n timpul replicrii semiconservative a cromozomului bacterian. Dintre cele mai cunoscute asemenea secvene sunt secvenele REP, Chi, Dam. Secvene REP (Repeated Extragenic Palindromes) Secvenele REP sunt formate din palindroame repetate, majoritatea aflate n regiuni extragenice. O secven REP conine o secven consensus de 38 bp. Clusteri de 2-4 secvene REP separate ntre ele prin 20 pb formeaz un element REP (REPE = REP Element, Fig.1.2.). La E.coli i Salmonella typhimurium exist 100-200 structuri REPE (reprezentnd deci, aproximativ 0.5% din cromozomul bacterian), localizate nsa diferit. La secvenele REP se leag molecule de protein HU i de ADN giraz, aceste secvene avnd deci rol n mpachetarea nucleoidului. Tot la aceste secvene se leag i ADN polimeraza intervenind n procese de replicare i reparare ADN.
R E P 38pb
20pb

R E P 38pb R E PE

20pb

R E P 38pb

Fig.1.2. Organizarea elementelor REP la Escherichia coli.

Situsuri Chi Un situs Chi are o lungime de 8 pb: 5 GCTGGTGG 3 Datorit faptului c reprezint situsul de recunoatere i tiere a moleculelor ADN de ctre endonucleaza RecBCD, secvenele Chi stimuleaz recombinarea omoloag mediat de RecA i RecBCD. S-a mai constatat c efectul recombinativ al situsului Chi este polar: stimuleaz recombinarea la capatul 5 al lui Chi, i nu la 3. Situsuri Chi au fost identificate att pe cromosom, ct i pe unele plasmide de la E.coli. Mai mult chiar, s-a constatat c secvenele Chi reprezint situsuri de stimulare a recombinrii genetice la toi membrii familiei Enterobacteriaceae. n contrast, la Pseudomonadaceae, complexul enzimatic RecBCD nu acioneaz la situsuri Chi. In cromosomul de E.coli au fost identificate aproximativ 950 de situsuri Chi, ce par s fie distribuite relativ uniform (1 situs Chi la 5 kbp), cu excepia zonei adiacente regiunii oriC, unde exist un cluster de 22 de situsuri Chi. Situsuri Dam sunt formate din 4 bp (5 GATC 3) i reprezint situsurile de metilare a adeninei (adenina este metilat la poziia N6). Cromosomul de E.coli conine foarte multe situsuri Dam (peste 18.000) care, dac ar fi dispuse randomizat ar exista 1 situs Dam/250 bp. }i n acest caz s-a constatat un numr foarte mare de situsuri Dam n, i n jurul, regiunii oriC: n cele 245 bp ce definesc oriC la E.coli exist 8 situsuri Dam, iar n cele 350 bp ce flancheaza oriC exist nc 12 situsuri Dam. 2) Secvene repetate codificatoare au dimensiuni mult mai mari dect cele necodificatoare. operoni rrn exist la toate bacteriile i cuprind secvene ce codific pentru molecule de ARN ribozomal (ARNr). La cele mai multe dintre speciile bacteriene, linkage-ul n cadrul unui operon rrn este 16S 23S 5S. E.coli i S.typhimurium au cte 7 loci (operoni) rrn, localizai n poziii echivalente. Cei 7 operoni sunt notai rrnA.rrnG, fiecare cuprinznd secvene 16S-23S-5S cotranscrise ntr-o molecul ARN de 30S. Numrul operonilor rrn variaz de la un gen/specie bacterian la alta: Bacillus subtilis are 10 operoni rrn, Mycobacterium sp. are 1-2 operoni rrn. Chiar n cadrul aceleiai tulpini bacteriene, locii rrn pot diferi ntre ei n ceea ce privete prezena/absena genelor pentru ARNt n regiunile spacer dintre genele ARNr. Astfel, toi cei 7 operoni rrn de la E.coli au 1-2 gene pentru ARNt ntre secvenele pentru 16 i 23S, i 0-2 gene ARNt dup 5S.

Cap.1 Cromozomul bacterian

Distribuia locilor rrn pe cromosom variaz la diverse specii bacteriene: la E.coli, majoritateta locilor rrn sunt localizai n jumtatea cromosomal ce are n centru regiunea oriC; la B.subtilis, locii rrn sunt grupai ntr-o zon ce reprezint 30% din cromosom. genele pentru ARNt Cromosomul de E.coli conine 41 de gene/operoni pentru ARNt distribuii n tot cromosomul. Unii din aceti operoni codific pentru o molecul de ARNt, alii pentru mai multe molecule de ARNt, iar alii au i secvene ce codific diverse proteine. secvene rhs (rearrangement hot-spots) sunt capabile s genereze duplicaii genice prin procese de crossing-over inegal ntre secvene repetate. La E.coli K-12 au fost identificate 4 secvene rhs, notate rhs A, B, C i D. Fiecare din aceste 4 secvene au dimensiuni ntre 8 i 9 kbp i sunt compuse dintr-o regiune core (miez) (cu secven conservat de aproximativ 3700 bp) i din segmente flancatoare. Prin exprimarea regiunilor core ale secventelor rhs A, B i C sunt sintetizate 2 proteine cu funcie deocamdat necunoscut. n contrast cu E.coli K12, la E.coli B i E.coli C, precum i la S.typhimurium, nu au fost descrise secvene rhs.

D. Numrul de copii genice

La bacterii, n afar de genele sau operonii aflai n copii multiple, numrul de copii ale unei gene cromosomale poate varia n funcie de urmtorii factori: 1. poziia genei pe cromosom, de-a lungul unui gradient pornind de la oriC spre regiunea ter. n timpul replicrii cromosomului bacterian, n funcie de poziia lor pe cromosom, unele gene sunt deja replicate, n timp ce altele nc nu. Astfel, unele gene se gsesc ntr-un numr mai mare de copii dect altele. 2. copii ale unei gene cromosomale pot exista i pe plasmide. n aceast situaie se folosete termenul de meroploidie parial, care se refer la o ploidie parial ce afecteaz anumite gene, fr s existe multiplii de cromosomi ntregi (este cazul genelor prezente i pe cromosom i pe un plasmid). 3. ntr-o celul bacterian pot exista mai multe copii ale ntregului cromosom. La anumite specii bacteriene exist mai multe copii cromosomale n aceeai celul: Desulfovibrio vulgaris (4 copii), D.gigas (17 copii), Azotobacter chroococcum (20-25 de copii), A.vinelandii (4080 de copii cromosomale). Este de subliniat faptul c la majoritatea speciilor bacteriene cu copii cromosomale multiple exist procese de inactivare cromosomal ce asigur funcionarea unui singur cromosom i inactivarea celorlali. Densitatea informaiei n cromosomul bacterian Densitatea informaiei biochimice, adic numrul de reacii biochimice catalizate per kb de material genetic, este un parametru extrem de variabil n genomul bacterian, n primul rnd datorit faptului c nu ntotdeauna genele au o relaie 1-la-1 cu reaciile biochimice. n mod uzual, este valabil relaia 1 gen => 1 polipeptid => 1 reacie biochimic. Exist ns i foarte multe excepii, de exemplu: - enzime formate din mai multe lanuri polipeptidice: de exemplu, enzima succinat dehidrogenaza este format din 4 polipeptide codificate de 4 gene diferite sdh A, B, C i D. n acest caz, relaia este 4 gene =>1 reacie biochimic; - enzime polifuncionale, ce catalizeaz mai multe reatii biochimice: de exemplu, complexul enzimatic FAD ce oxideaz acizii grai este format din 2 polipeptide codificate de 2 gene diferite fadA i fadB. Acest complex enzimatic catalizeaz 5 reacii biochimice (din care 4 sunt catalizate de FadA). In acest caz, relaia este 1 gen => 4 reacii biochimice. n cadrul genomului bacterian variaz i densitatea de citire a informaiei genetice prin transcriere. Astfel, dei marea majoritate a genelor bacteriene sunt contigue, totui cromosomul bacterian cuprinde i gene cu diverse grade de suprapunere: - gene cu promotor plasat n regiunea terminal a genei upstream: trpA-trpB, ilvA-ilvD - gene cu promotor plasat n interiorul genei upstream: mioA-mioD - gene cu grad ridicat de suprapunere: 1. gene suprapuse total, codificate pe cele 2 catene ale ADN; de exemplu, locusul CysE (codific serin-acetil-transferaza), ce este implicat n biosinteza cisteinei, are 2 ORF-uri (cys X i cys E) codificate pe cele 2 catene ale locusului CysE (Fig.1.3.).

Genetica microorganismelor i inginerie genetic microbian Note de curs i tehnici de laborator

+1

cy sX cy sE
Fig.1.3. Organizarea ORF-urilor n locusul CysE.

+1

2. secvene codificatoare ce sunt folosite de mai multe ori, pornind transcrierea din poziii diferite; de exemplu, locusul McrB (restricia ADN la 5-metil-citozin) conine 3 ORF-uri pe aceeai caten ADN, pornind din 3 situsuri diferite de iniiere a transcrierii (Fig.1.4.). Traducerea celor 3 transcripte duce la formarea a 3 proteine (de 51, 53 i, respectiv, 54 kdal) cu secven carboxiterminal identic, dar diferit n regiunea amino-terminal.
+1 +1 +1 O RF2 O RF3
Fig.1.4. Structura locusului mcrB.

O RF1

3. gene suprapuse total, cu molecule transcript identice, dar traduse diferit prin procese de frameshift translaional (Fig.1.5.): de exemplu, gena trpR (codific 2 proteine, dintre care una este TrpR ce are funcie de represor multiplu al exprimrii unor diverse gene, inclusiv pentru operonul trp implicat n biosinteza triptofanului); alt exemplu l constituie gena dnaX, care codific 2 subuniti (gamma i tau) ale ADN polimerazei III.
dna X

t r an sc r i er e A RN m f r a m e sh i f t t r an sl at i o n al su b u n i t a te a g am m a su b u n i t a te a t au

Fig.1.5. Frameshift translaional n gena dnaX.

Asemenea gene cu grad ridicat de suprapunere sunt foarte bogate n informaie genetic (unele au chiar informaie dubl). Multe din ele (de exemplu, genele mcrB i dnaX) nu sunt tipice pentru cromosomul de E.coli, n ceea ce privete procentul molar de guanin + citozin. Astfel, gena mcrB are 48% mol GC, iar gena dnaX are 58 % mol GC, n timp ce cromosomul de E.coli are, in toto, 51-51.5 % mol GC. S-a emis ipoteza c asemenea gene care prezint un procent molar de guanin + citozin extrem de diferit fa de media cromosomal, ar fi fost achiziionate de E.coli din alte genomuri, prin procese de transfer de material genetic pe orizontal (transformare, conjugare, transducie). Un alt parametru legat de densitatea informaiei biochimice n cromosomul bacterian este determinat de redundana genelor i a produselor genetice. Astfel, la E.coli, pentru foarte multe funcii celulare, exist cte 2 gene, ca i cum programul genetic al acestor bacterii ar avea sisteme de backup (copii de siguran). Aceast redundan ar putea fi considerat ca fiind o densitate redus a informaiei genetice. Cu toate acestea, cel puin n unele cazuri, aceast informaie este reglat diferit i folosit n scopuri metabolice diferite. Astfel, n cromosomul de E.coli exist 58 de perechi (2 gene) sau clusteri (mai mult de 2 gene), ce codific 125 de produse genice. Din acestea, n 56 de perechi/clusteri reaciile catalizate sunt identice. n cazul anumitor grupuri genice, reglajul exprimrii lor este diferit, de exemplu: - genele aroF, aroG i aroH codific, toate trei, o aceeai enzim: 3-deoxi-D-arabinoheptulosonat 7 fosfat-sintetaza (DAHPaza). Enzima codificat de aroF este sensibil la concentraia de tirozin, cea codificat de aroG este sensibil la concentraia de fenil-alanin, iar cea codificat de aroH este sensibil la concentraia de triptofan ;

Cap.1 Cromozomul bacterian

- genele glpA i glpD codific amandou glicerol-3-fosfat-dehidrogenaza. Enzima codificat de glpA este sintetizat i folosit n condiii de anaerobioz, iar cea codificat de glpD n condiii de aerobioz. Unele din aceste gene pereche au secven similar una cu cealalt (i proteinele corespunztoare au secven similar n aminoacizi) i este probabil c au aparut prin procese de duplicaie genic, urmat de o oarecare divergen funcional. Altele ns, dei enzimele desfaoar aceeai funcie, totui au secven diferit (att ca proteine, ct i genele corespunztoare). Este posibil ca asemenea gene s fi aparut fie prin evoluie convergent, fie prin transfer lateral de la ali repliconi bacterieni (aceast ultim situaie poate fi identificat prin determinarea procentului molar de guanin + citozin). Situsuri de inserie fagic n cromosomul bacterian Muli bacteriofagi i inser genomul n cromosomul bacterian, fie prin transpoziie n poziii randomizate n cromosom (bacteriofagul Mu), fie prin recombinare situs-specific numai n anumite poziii (fagii lambdoizi). Situsurile cromosomale n care fagul lambda (i fagii lambdoizi) i inser genomul, sunt denumite situsuri attB (attachment on Bacteria) i corespund unor situsuri attP (attachment on Phage) pe genomul fagic. Fagul lambda necesit un situs attB de minimum 21 bp, din care 15 sunt identice cu 15 bp din attP (234 bp). Lambda are un situs preferat attB n cromosomul de E.coli K-12 (dar i situsuri secundare) ce e situat intergenic. Ali fagi lambdoizi (21, e14, P22) se insereaz n situsuri attB cu localizare intragenic. Pe cromosomul de E.coli K-12 au fost cartate situsurile n care se integreaz genomurile a 15 fagi lambdoizi i s-a constatat c ele sunt grupate ntre poziiile 6 min i 44 min (Fig.1.6.).
Fig.1.6. Localizarea situsurilor de integrare pentru fagi lambdoizi pe cromosomul E.coli K12.

Aceast organizare a situsurilor n care se inserer genomul fagilor lambdoizi reprezin nc un argument n favoarea ipotezei conform creia cromosomul de E.coli (i nu numai) ar avea o origine himeric, unul din segmente derivnd dintr-o gazd ancestral a fagilor lambdoizi. Pe de alt parte, s-a constatat c foarte multe elemente genetice cu caracter mobil se inser n genele pentru ARNt, fapt pentru care s-a sugerat c acestea ar fi reprezentat situsurile folosite de fagii ancestrali. Localizarea cromosomal a genelor nrudite fiziologic n cromosomul de E.coli, majoritatea genelor (operonilor) par s fie distribuii randomizat (indiferent de nrudirea lor fiziologic), cu excepia celor implicai n catabolismul glucozei ce par s fie dispui n 4 zone echidistante pe harta circular a cromosomului (Fig.1.7.). Aceast randomizare a dispunerii operonilor a fost verificat i prin rearanjamente cromosomale induse experimental caz n care operonii au continuat s funcioneze normal. Totui, n treimea cromosomal ce are n centru regiunea ter (ca, de altfel, i n regiunea oriC), poziia operonilor pare s fie destul de fix, orice rearanjament deranjnd total funcionarea acestora. Orice aranjament nerandomizat al genelor duce la ipoteza c poziia genelor ar putea afecta funcionarea lor, deducndu-se astfel o organizare mai nalt dect operonul sau reglonul.
Fig.1.7. Distribuia operonilor pentru catabolismul glucozei in cromozomul E.coli.

Genetica microorganismelor i inginerie genetic microbian Note de curs i tehnici de laborator

La cele mai bine studiate specii de Pseudomonas (P.aeruginosa, P.putida) s-a constatat c genele cu funcii housekeeping (gene implicate n metabolismul central al oricrei celule, precum i n metabolismul anabolic) sunt grupate n jumtate din harta circular a cromosomului. n acelasi timp, genele implicate n metabolismul catabolic par s fie dispuse randomizat n cealalt jumatate a cromosomului bacterian (Fig.1.8.). Acest mod de dispunere a genelor ar putea reflecta istoria construciei cromosomului din pri separate: genele pentru metabolismul esenial ar fi existat probabil n acel genom ancestral mai mic, care a fost ulterior mrit la actuala dimensiune prin fuziune cu un alt element genetic sau prin transfer de material genetic (transformare, conjugare, transducie).
Fig.1.8. Localizarea genelor housekeeping la Pseudomonas.

La Streptomycetae s-a constatat c genele ocup 2 regiuni opuse pe cromosomul circular, iar celelalte 2 regiuni au o densitate genetic foarte scazut, una dintre ele fiind aproape goal (Fig.1.9.). n general, s-a constatat c la foarte multe bacterii clusterii genici din jurul regiunilor oriC i ter sunt foarte similari ntre taxoni bacterienei foarte indeprtai filogenetic, fapt ce susine ipoteza c iniierea i terminarea replicrii cromosomului bacterian sunt procese extrem de vechi i sunt coordonate prin mecanisme similare la marea majoritate a bacteriilor.

Fig1.9. Organizarea cromozomului la Streptomycetae.