Tiffanie începe

Primăvara B 2021
Bio 345: Evoluție
martie 16, 2021

Activitatea 1.1: Selecția naturală a alelelor

Introducere

-Tastați toate răspunsurile în această foaie de lucru cu text albastru.

Acest lucru va face clasificarea mult mai rapidă.

- Descărcați următoarele trei fișiere model:

 Fixarea simplă a natalității 2.0.nlogo
 Ratele simple de deces Fixation.nlogo
 Împerechere aleatorie Diploid Selection.nlogo

Acestea se află în Planșă, unde ați găsit aceeași foaie de lucru.

Asigurați-vă că le salvați undeva pe computer, unde le puteți găsi mai
târziu (de exemplu, Desktop)!

- Accesați următorul site web: https://ccl.northwestern.edu/netlogo/. Vă

rugăm să utilizați versiunea Web NetLogo pentru a rula simulările. Este
posibil să întâmpinați probleme dacă le executați pe programul
descărcat.

Exercițiul 1: Rata natalității

În colțul din dreapta sus, faceți clic pe "Alegeți fișierul" pentru a

încărca un model. Găsiți Simple Birth Rates Fixation 2.0.nlogo unde l-ați
salvat și încărcați-l pe NetLogo.

Faceți clic pe fila "Informații model" din partea de jos a paginii pentru a
accesa informații importante și pentru a răspunde la următoarele
întrebări despre simularea "Ratele natalității":

1. Ce semnifică culorile roșu și albastru? Roșul și albastrul

reprezintă cele două populații (fertilitatea albastră/populația
țestoaselor albastre și fertilitatea roșie/populația țestoaselor roșii)

2. Ce semnifică triunghiurile (a.k.a. "broaște țestoase" în limbajul de

simulare)?
Tiffanie începe
Primăvara B 2021
Bio 345: Evoluție
martie 16, 2021

RĂSPUNS: Triunghiurile sunt indivizii din populații.

(Notă pentru mine, vă rog să nu luați în considerare atunci când

notați total pentru mine 😊 , vă mulțumesc foarte mult!! : Această

"broască țestoasă" este un termen pentru forma simbolului care
apare în software-ul de modelare {acest software special de
modelare} sau forma indivizilor care apar în modelul pe care îl
folosim / avem de-a face.) [Aceasta este nota mea pentru sine, vă
rog să nu luați în considerare]

3. Ce înseamnă capacitatea de transport? Capacitatea de transport

este numărul maxim de indivizi din teren sau dimensiunea
maximă a populațiilor, indicând faptul că acesta este numărul
maxim de organisme individuale care pot fi conținute în acest
model la un moment dat.

4. Ce face ca țestoasele să "moară" în simulare? Întâmplarea

aleatorie face ca țestoasele să moară în această simulare

5. Este posibil ca o broască țestoasă roșie să aibă șanse mai mari

sau mai mici de a muri decât o broască țestoasă albastră? Nu,
deoarece în această simulare șansa de a muri este complet
aleatorie, astfel încât roșul și albastrul au șanse egale de a muri
în cadrul simulării, iar acest lucru se întâmplă odată ce numărul
total de organisme a atins capacitatea terenului.

6. Cum afectează schimbarea glisorului de fertilitate albastră

simularea?

Se schimbă numărul de descendenți produși de fiecare

broască țestoasă albastră din fiecare generație.

Să ne uităm la cât de puternică trebuie să fie diferența în rata natalit ății

într-o populație mică pentru a face în mod constant o populație să
dispară.

Apus:
Tiffanie începe
Primăvara B 2021
Bio 345: Evoluție
martie 16, 2021
 capacitate de transport la 100
 fertilitate roșie la 2,0
 fertilitatea albastră la 2,1 (oferind albastrului un avantaj
reproductiv de 0,05).
 Începeți ca populația inițială să fie jumătate albastră (proporție
inițială albastră = 0,5)

Desfășurați un experiment (cel puțin 10 rulări) dând clic pe configurare,

apoi desfășurați-experimentați (care va desfășura experimentul de mai
multe ori). Rezultatele fiecărei serii experimentale vor apărea în caseta
de text galbenă.

7. De câte ori dispare albastrul? 1:10 (1 din 10 ori sau 10% din timp)

Acum setați fertilitatea albastră la 2,01 și efectuați un experiment (cel

puțin 10 rulări). Asigurați-vă că faceți clic pe butonul de configurare
după modificarea valorii albastre a fertilității.

**Sugestie: dați întotdeauna clic pe butonul de configurare înainte de a

începe un nou experiment sau după modificarea parametrilor.**

8. De câte ori dispare albastrul? 2:10 (2 din 10 ori sau 20% din timp)

9. Comparați rezultatele pentru întrebările 7 și 8. Sunt diferite? De

ce modificarea fertilității a afectat proporția de dispariții a
roșiilor? Sugestie: numărul aleatoriu al fiecărei culori moare în
fiecare rundă. Da, ele sunt diferite. Prin schimbarea fertilității de
la 2,10 copii la 2,01 copii, fertilitatea populației albastre a fost
mai aproape de același număr pe care l-a avut populația roșie,
care a fost de 2,0. În acest sens, acest lucru a schimbat
fertilitatea albastră a populației pentru a dispărea cu 10% mai
mult decât în experimentul anterior. Când au trecut de la o
diferență de 10% la 1% în avantaj, roșul a avut totuși o șansă mai
bună la competiție, totuși, când erau la 2,10 copii, au avut un
avantaj de fitness mai mare decât atunci când l-am schimbat la
2,01. În orice caz, populația roșie avea încă un avantaj, dar era
mai competitivă, deoarece copiii erau mai aproape de același
număr. Da, modelele erau diferite. Când avantajul fertilității a fost
redus de la 10% la 1%, numărul de decese aleatorii a afectat
Tiffanie începe
Primăvara B 2021
Bio 345: Evoluție
martie 16, 2021
ambele populații în mod egal. Când avantajul fertilității albastre a
fost mai mare, impactul morții aleatorii a fost mai mic, deoarece
au existat mai multe dintre ele pentru a începe.

10. Consultați definiția adaptării din CogBooks. Este fertilitatea

mai mare o adaptare? De ce sau de ce nu? "Adaptarea este un
concept central în biologie. Cuvântul are două sensuri înrudite.
"Adaptare" înseamnă procesul evolutiv prin care, de-a lungul
generațiilor, organismele sunt modificate pentru a deveni
îmbunătățite în ceea ce privește caracteristicile care afectează
supraviețuirea sau reproducerea. "O adaptare" este o
caracteristică a unui organism care a evoluat prin selecție
naturală. Ambele sensuri sunt dificil de definit cu precizie[1, 2]. O
adaptare este o caracteristică care sporește supraviețuirea sau
reproducerea organismelor care o poartă, în raport cu stările de
caracter alternative.

Cred că în acest experiment fertilitatea mai mare nu a fost o

adaptare, deoarece ni s-a spus că populațiile și rezultatele au fost
complet aleatorii. Nu au existat avantaje în afară de a avea un
punct de plecare pentru una dintre populațiile mai mari decât
cealaltă. Dacă ni s-ar spune că există o mutație, o selecție
naturală în care o trăsătură a dat uneia dintre cele două populații
un avantaj sau chiar un dezavantaj față de cealaltă, atunci aș
spune că cred că fertilitatea mai mare în a avea o adaptare a
provocat un rezultat semnificativ datorită condiției fizice (sau
lipsei acesteia) într-una din cele două populații pe care le
experimentăm prin simulare.

Să examinăm ce se întâmplă dacă o nouă alelă avantajoasă pentru o

fertilitate mai bună intră într-o populație, poate prin mutație (adică este
inițial rară). În acest scenariu, populația inițială va fi roșie, în timp ce
individul cu alela nouă, mai avantajoasă, va fi albastră.

Apus:
 capacitate de transport la 100
 proporție-albastru-fix la 0,01, deci există doar 1 organism albastru
ș i 99 roș ii la început.
 fertilitatea albastră înapoi la 2,1
Tiffanie începe
Primăvara B 2021
Bio 345: Evoluție
martie 16, 2021

Apăsați pe configurare și rulați experimentul până când simularea

ajunge la un rezultat de cel puțin 10 ori.

11. De câte ori dispare albastrul? 9:10 (9 din 10 ori sau 90% din
timp)

12. Comparați rezultatele de la întrebarea 11 cu răspunsul de la

întrebarea 7. Sunt diferite? De ce schimbarea rarității trăsăturii
avantajoase a afectat proporția de dispariții a roșiilor? Da, sunt
extrem de diferite. Pentru întrebarea numărul 7, populația
albastră a dispărut de 1 din 10 ori, spre deosebire de această dată
populația albastră a dispărut de 9 din 10 ori, făcând o diferență de
80%, ceea ce reprezintă o diferență dramatică / drastică. Impactul
oricăruia dintre indivizii cu acea trăsătură particulară care mor
atunci când sunt doar câțiva dintre voi are un impact masiv, spre
deosebire de a avea o populație foarte mare care doar câțiva au
fost cu această trăsătură muribundă, cel mai probabil nu ar avea
impact asupra populației mai mari imediat sau rapid, dacă ar face
deloc (posibil nu ar face nimic de-a lungul generațiilor. ar / ar
putea doar să se estompeze / să cadă). Când rata fertilității este
ridicată, acesta este un mare avantaj, dar când există foarte
puțini în populație, este mai greu să concurezi cu populația roșie.
Impactul deceselor aleatorii este mult mai mare asupra
populației.

Exercițiul 2: Supraviețuirea

În colțul din dreapta sus, faceți clic pe "Alegeți fișierul" pentru a

încărca un model. Găsiți Simple Death Rates Fixation.nlogo unde l-ați
salvat și încărcați-l pe NetLogo.

Până în prezent, am simulat doar selecția bazată pe diferențele de

reproducere / fertilitate. Dar supraviețuirea este, de asemenea,
importantă în selecția naturală. În acest model, puteți seta
probabilitatea relativă de supraviețuire a albastrului în compara ție cu
roșul. Notă: avantajul de supraviețuire face ca un individ să aibă mai
multe șanse să supraviețuiască, dar nu garantează supraviețuirea
acestuia.
Tiffanie începe
Primăvara B 2021
Bio 345: Evoluție
martie 16, 2021

Faceți clic pe fila "Informații model" din partea de jos a paginii pentru a
accesa informații importante despre simulare și pentru a răspunde la
următoarele întrebări:

13. Este posibil ca țestoasele roșii și albastre să aibă rate de

fertilitate diferite în această simulare? Nu, deoarece în
informațiile modelului se afirmă că populațiile roșii și albastre "se
vor deplasa și se vor reproduce cu aceleași rate ale natalității",
ceea ce înseamnă că ratele de fertilitate vor fi exact același
lucru. Experimentăm cu un accent pe selecția naturală, spre
deosebire de ratele natalității.

14. Este posibil ca țestoasele roșii și albastre să aibă

probabilități diferite de deces în această simulare? Da, pentru că
folosim această simulare pentru a experimenta probabilitățile
avantajelor și dezavantajelor numărului de organisme / indivizi
albaștri, spre deosebire de roșu. Această variabilă nu va fi
menținută constantă, deoarece aceasta este ceea ce încercăm să
experimentăm / observăm cauza și efectele ratelor de deces prin
selecție naturală etc.

15. Ce face ca țestoasele să "moară" în simulare? Țestoasele

din această simulare "mor" atunci când capacitatea de transport
a terenului este depășită.

Apus:
 proporția inițială de blues la 0,5 (jumătate)
 capacitate de transport la 100
 Avantajul de supraviețuire albastru la 1,1 (maxim)

Apăsați pe configurare și rulați experimentul până când simularea

ajunge la un rezultat de cel puțin 10 ori.

16. De câte ori dispare albastrul? 0:10 (0 din 10 sau

niciodată/nu dispare deloc)
Tiffanie începe
Primăvara B 2021
Bio 345: Evoluție
martie 16, 2021
Acum setați avantajul albastru de supraviețuire la 1.01, apăsați pe
configurare și rulați experimentul până când simularea ajunge la un
rezultat de cel puțin 10 ori.

17. De câte ori dispare blues-ul? 1 :10 (1 din 10 ori sau 10%)

18. Comparați rezultatele pentru întrebările 16 și 17. Sunt

diferite? De ce schimbarea avantajului de supraviețuire a afectat
proporția de dispariții a roșiilor? Da, ele sunt diferite. Când
avantajul de supraviețuire albastru a fost de 1,1 (maximul),
albastrul nu a dispărut niciodată, în timp ce atunci când avantajul
de supraviețuire al blues-ului a fost schimbat la 1,01 (o diferen ță
de 0,09), creează o mare diferență, chiar dacă poate să nu pară o
mare diferență, dar trecerea de la zero / nu dispare deloc la
dispariția de 10% sau 1 din 10 ori este o diferență semnificativă.
Nu este imens, dar este cu siguranță ceva de care trebuie să fii
conștient și să iei notă.

19. Atât în simulările privind rata natalității, cât și în cele de

supraviețuire, populația albastră a crescut de multe ori mai
repede decât cea roșie, împingând în cele din urmă roșul la
dispariție. Comparați și contrastați modul în care fertilitatea
crescută sau supraviețuirea au afectat modul în care populația
albastră a crescut în diferite simulări. Creșterea fertilității a
afectat modul în care populația albastră și-a crescut
supraviețuirea în diferitele simulări bazate pe numerele cu care
am lucrat. De exemplu, având în vedere chiar și cea mai mică
schimbare a avantajului de supraviețuire face de fapt o afacere
foarte mare de a trece de la a nu dispărea deloc / rata de
supraviețuire de a fi de 100%, spre deosebire de schimbarea ratei
de supraviețuire de la 1,10 la 1,01 (o diferență de 0,09) a făcut ca
rata de supraviețuire a populației albastre să treacă de la 100% la
90%. Ceea ce a schimbat, de asemenea, modul în care rata de
supraviețuire a populației roșii a fost. Au dispărut 100% din timp
când rata avantajului de supraviețuire albastru a fost de 1,10 la
rata lor de supraviețuire fiind de 10% când am schimbat rata
avantajului de supraviețuire albastru la 1,01. Trecerea de la a nu
supraviețui deloc la cel puțin 10% este, de asemenea, foarte
semnificativă. Gândindu-ne mai mult la asta, practic fie dispare,
Tiffanie începe
Primăvara B 2021
Bio 345: Evoluție
martie 16, 2021
fie este pe cale de dispariție, sunt două lucruri total diferite.
Există sau nu. Chiar și supraviețuind celor 10%, din punct de
vedere tehnic, ați putea ajunge să fiți supraviețuitorul final prin
evoluția și adaptarea prin mutație, derivă genetică sau selecție
naturală etc. Cine știe că s-ar putea întâmpla ceva, mai ales
uneori cu norocul "extragerii, indiferent de cartea pe care o
alegeți, puteți fi norocos", cum ar fi câștigarea la loto.

Exercițiul 3: Împerecherea aleatorie

În colțul din dreapta sus, faceți clic pe "Alegeți fișierul" pentru a

încărca un model. Găsiți Random Mating Diploid Selection.nlogo unde l-
ați salvat și încărcați-l în NetLogo.

Dinamica evoluției se schimbă ușor față de scenariile anterioare, când

organismele sunt diploide și pot avea alele recesive și dominante.
Acest lucru se datorează faptului că diferite genotipuri pot crea acela și
fenotip, iar fenotipul este ceea ce acționează selecția natural ă.

În acest model, puteți seta aptitudinea (adică descendenții produși)

fiecărui genotip; AA (roșu), Aa (albastru) sau aa (verde), precum și
frecvența fiecărui genotip în populație. De data aceasta, culorile nu
reprezintă populații diferite, ci reprezintă genotipuri diferite în cadrul
unei populații. Odată ce populația atinge capacitatea de transport,
țestoasele aleatorii albastre, roșii sau verzi mor.

În primul rând, vom explora cât timp este nevoie pentru ca o alel ă
dominantă cu un avantaj de fitness să ajungă la fixare atunci când este
rară.

Apus:
 capacitate de transport la 100
 frecvența inițială a AA homozigot la 0
 frecvența inițială a heterozigoților (Aa) la frecvența de 0,01
(aceasta înseamnă că începeți cu doar 1 alelă A în populație).
 Fitness de la AA la 1
 fitness de AA și Aa la 2 , astfel încât alela A este dominantă și are
un avantaj IMENS
Tiffanie începe
Primăvara B 2021
Bio 345: Evoluție
martie 16, 2021
20. Dacă AA este setat la 0 și Aa este setat la 0,01, care este
frecvența lui aa? 0.99

Apăsați pe configurare și rulați experimentul până când simularea

ajunge la un rezultat de cel puțin 10 ori.

21. De câte ori alela A merge la fixare (adică nu mai există

indivizi Aa sau aa, prin urmare alela a nu mai este în popula ție)?
8:10 (8 din 10 sau 80% din timp), se pare că trebuie să existe unii
în populație care fie au avut alela recesivă ascunsă undeva, fie c ă
a avut loc o mutație / derivă genetică acolo unde a apărut o alelă
recesivă.

Acum setați frecvența heterozigotă inițială la 0,1 (10%) în loc de 0,01,

astfel încât alela A să fie mai puțin rară și, prin urmare, mai pu țin
probabil să se piardă din cauza deceselor aleatorii (adică deriva
genetică - vom afla mai multe despre deriva genetică în modulul
următor). Apăsați pe configurare și rulați experimentul până când
simularea ajunge la un rezultat de cel puțin 10 ori.

22. De câte ori merge A la fixare în acest caz? 10:10 (10 din 10
ori sau 100%)

Comparați acest lucru cu momentul în care alela avantajoasă este

recesivă.

Apus:
 aptitudinea AA la 1
 aptitudine de la Aa la 1
 Aptitudinea AA la 2
 frecvența inițială a AA la 0,9
 lăsați frecvența inițială a lui Aa la 0,1

Apăsați pe configurare și rulați experimentul până când simularea

ajunge la un rezultat de cel puțin 10 ori.

23. De câte ori alela a merge la fixare? 6 :10 (6 din 10 sau 60%)
Tiffanie începe
Primăvara B 2021
Bio 345: Evoluție
martie 16, 2021
24. Comparați răspunsurile voastre la întrebările 21, 22 și 23. Ce
factori sunt în joc care fac ca răspunsul 21 să fie mai asemăn ător
cu 23 decât cu 22? Adică, de ce o alelă dominantă rară are
aceeași soartă ca o alelă mai frecventă, dar recesivă? Dacă se
compară o alelă dominantă rară și o alelă recesivă, ambele sunt
rare în sine. Alela recesivă este cu 20% mai probabil să apară
decât alela dominantă rară, deci este logic de ce au apărut
aceste calcule: pentru alela dominantă rară a fost de 80%, pentru
alela recesivă a fost de 60% și pentru heterozigot a fost de 100%.
Factorii în joc sunt că "pop-up-urile" comune sau scenariile /
alelele mai susceptibile de a apărea sunt cele care apar cel mai
adesea, ceea ce se arată încă o dată cu numerele și
experimentele de simulare.

25. Descrieți evoluția unei trăsături atunci când este conferită

de o alelă recesivă și când este conferită de o alelă dominantă.
Evoluția unei trăsături atunci când este o alelă dominantă este
avantajoasă deoarece este dominantă, deci aveți nevoie doar de
una dintre alele pentru ca această trăsătură să fie transmisă, spre
deosebire de alela recesivă care are nevoie de două (sau ambele)
alele pentru a fi recesivă, deoarece nu este dominantă. Este mult
mai greu ca o alelă recesivă și o trăsătură să fie transmisă și
exprimată datorită faptului că este recesivă. De exemplu, într-un
pătrat Punnett între un părinte homozigot dominant și celălalt
părinte fiind părinte heterozigot, posibilitatea rezultatelor
descendenților lor ar fi: 25% homozigot dominant, 50%
heterozigot și 25% homozigot recesiv.