Curs 10.2 - Notiuni de Biocibernetica PDF

Biocibernetică
UMF Carol Davila Bucuresti

Biofizica - anul I MG
Catedra de Biofizica MG - UMF C. Davila
Atentie: aceasta prezentare nu este un inlocuitor pentru notele de curs - anul I Biofizica.
Este un suport multmedia pentru cursul sustinut in amfiteatru, in cadrul orelor; imaginile si
simularile prezente sunt destinate usurarii intelegerii unor fenomene mai complexe. Textul
integral al cursului: www.biofizica-umfcd.ro
Cuprins
Definitie formala
Problematica ciberneticii;
Ramuri ale ciberneticii:
a) Elemente de teoria informatiei
b) Elemente de teoria sistemelor de comanda si
control
Metoda cibernetica
Exemple biologice de sisteme de transmitere a
informatiei si sisteme de comanda si control
Anexa 1 - Scurt istoric al ciberneticii
Anexa 2 - frecventa relativa, absoluta si probabilitate.

Definitia ciberneticii
grec. “kubernetes”
rom. “timonier”, “navigator”

Definitia ciberneticii
• Norbert Wiener – stiinta comenzii si comunicarii la

fiinte si masini
• Academia Franceza – disciplina care se ocupa de

recunoasterea, analiza, compararea unor structuri
abstracte si relatii functionale, mai ales a celor care au rol
de comanda si reglaj, in medii complexe, animate si
inanimate, dezbracandu-le de suportul lor material
• W. Ross Ashby – punctul de vedere nou al ciberneticii

consta in aceea ca ea nu intreaba ce este o masina, ci

ce face ea.
Problematica ciberneticii
Studiul sistemelor din punct de vedere al:
- fluxului informational
- relatiilor de comanda si control
Sistem = ansamblu de componente, intre care exista

relatii functionale. Exemple:
- Sisteme mecanice
- Sisteme biologice
- Sisteme electrice
- Sisteme informatice
- Sisteme economice etc.
Distinctia de alte stiinte nu consta atat in obiectul sau de studiu,

ci in metoda proprie, unica, de studiu
Metoda cibernetica
Elemente cheie: ABSTRACTIZARE si MODELARE

Exemplu
Metoda cibernetica
Ramuri ale ciberneticii
TEORIA INFORMATIEI
− Ramura a matematicii / fizicii care se ocupa cu cuantificarea
informatiei
− Aplicabilitate in orice domeniu care are legatura cu
transmitere de date, limbaj, criptografie, sistem nervos, etc
TEORIA SISTEMELOR CU REGLARE AUTOMATA

− Studiaza relatiile de comanda si control in interiorul unui
sistem (interdependente, stabilitate)
Teoria informatiei
Definiţia informaţiei
Data inteligibila, de orice natura (are semnificatie
?
cand exista un receptor care s-o inteleaga)
Se obtine o informatie atunci cand se ia cunostinta
de rezultatul unui eveniment (“experiment”)
Insusire intrinseca, leaga partile determinante dintr-
un sistem
Informatia – masura a surprizei

Cantitate maxima de informatie la aparitia unui eveniment
neasteptat
Natura fizica: nu este materie, nu este energie!
Pentru transmitere are insa nevoie de un suport material oarecare
Nu scade prin transmitere (nu se pierde)

Comunicarea unei informatii nu este insotita de “stergerea”
informatiei din memoria celui care comunica!
Masurarea cantităţii de informaţie
?
Informatia – masura a surprizei
Cantitate maxima de informatie la aparitia unui eveniment
neasteptat
Este deci nevoie de un sistem de masurare care sa reflecte “cantitatea de
surpriza” sau de “lucruri necunoscute”.
cantitatea minima de informatie
care se poate obtine in urma finalizarii celui mai simplu eveniment imaginabil
(un experiment cu doua rezultate posibile, egal probabile)
este denumita bit.

bit
Multiplu: 1 byte (octet) = 23 biti

I i ⊂ [0, ∞ )
Exprimarea matematica 1
(Shannon):
I i = log = − log pi
pi
− log 1 = 0
Nu ne aduce nici o informatie ceva ce stim
Evenimentul sigur: dinainte ca se va intampla! ( 0 biti)
Evenimentul imposibil: − log 0 → ∞ Cu cat un eveniment este mai neasteptat, cu

atat informatia pe care o aduce este mai mare
(∞ biti)
Exprimarea Shannon are avantajul ca leaga convenabil cantitatea de informatie I a unui

eveniment de probabilitatea pi de aparitie al acelui eveniment.
Pentru detalii : vezi Anexa 2

Cuantificarea informatiei
Exemplu 1: Continutul informational al unei proteine
500 aminoacizi in lant (N = 500)
16 aminoacizi diferiti, care apar cu frecventa egala (n=16)
Informatia totala: It = N log2 n = 500 log2 16 = 2000 biti
Exemplu 2: Continutul informational al unui lant ADN
106 nucleotide in lant (N = 106)
4 baze azotate, care apar cu frecventa egala (n=4)

Informatia totala: It = N log2 n = 106 log2 4 = 2x106 biti (aprox. 2Mb)

Paradoxul lui Maxwell
(modificat dupa Wikimedia Commons)
Informatia inseamna putere!!

(in acest caz...)
Structurarea informatiei
Transmiterea informatiei
Aparitia perturbatiilor duce la scaderea cantitatii de informatie care ajunge la

receptor
Redundanta informationala creste probabilitatea ca la receptor sa ajunga

intreaga cantitate utila de informatie
Structurarea informatiei
Exemple
SEMNAL: sunetul “a” (semnal sonor; vibratie a aerului)
CODIFICAT in:
SIMBOL: litera “a” (alfabet latin), litera “α” (alfabet grec)
TRADUCERE:
− Semnal luminos → electric (fotocelula)
− Semnal electric → semnal acustic (US; cristal piezoelectric)
− Stimul presional → impuls nervos
AMPLIFICARE:
− Legarea unei molecule de mesager prim induce sinteza mai multor molecule de
mesager secund
MODULARE:
− Cresterea amplitudinii potentialului de receptor in functie de intensitatea stimulului
− Cresterea frecventei PA axonale in functie de intensitatea stimulului
CONVERSIE:
− AD: inregistrarea pe calculator a unui semnal electric
Sisteme de reglare automata

Definitii
Sistem de comanda = ansamblu de elemente in care o marime de
intrare (x) aplicata unui element de executie genereaza o
marime de iesire (y)
Relatia intre marimea de intrare si marimea de iesire reprezinta

functia de transfer a sistemului (caracterizeaza elementul de
executie).[y=f(x)]
x y
f(x)
black-box; intr-un sistem pot

exista oricate astfel de subunitati

Clasificare
Sisteme de comanda in circuit deschis (A)
Sisteme de comanda in circuit inchis (sisteme de
reglare automata):
− Sisteme cu reactie pozitiva (B)
− Sisteme cu reactie negativa (C)
Sisteme de comanda in circuit
deschis
Sunt sistemele in care marimii de intrare i se aplica o
functie de transfer pentru a obtine o marime de iesire;
− nu exista legatura inversa (feed-back) intre marimea de
iesire si marimea de intrare
Exemplu:
Sistemul de directionare a unui

automobil
Intrare: rotirea volanului
Iesire: schimbarea directiei vehicolului
Amplificatoare:
Intrare: semnal electric
Iesire: semnal electric cu amplitudine

mai mare
Sisteme de reglare automata
Sisteme de control cu legatura inversa
Elementul de masurare evalueaza valoarea raspunsului sistemului
Un comparator apreciaza diferenta dintre marimea de intrare si
marimea de iesire masurata, si aplica o corectie a intrarii in
elementul de executie (marimii de actionare)
Reactie pozitiva: cresterea marimii de iesire determina cresterea
marimii de actionare (modificare in acelasi sens)
Reactie negativa: cresterea marimii de iesire determina scaderea
marimii de actionare (modificare in sens opus)
Sisteme de reglare automata cu
reactie negativa
Marimea de iesire actioneaza in sensul scaderii marimii
de intrare
Sunt sisteme de stabilizare; asigura mentinerea unui
raspuns intre anumiti parametri
Exemple:
− Scaderea TA → vasoconstrictie → cresterea TA (revenirea la
valori normale)
− Cresterea glicemiei → secretie de insulina → scaderea
glicemiei
− HOMEOSTAZIA organismului este mentinuta prin
sisteme de reglare cu reactie negativa !!

reactie negativa
REFLEXUL PUPILAR
http://library.med.utah.edu/kw/animations/hyperbrain/parasymp_reflex/movie6.swf
reactie pozitiva
Marimea de iesire actioneaza in sensul cresterii marimii
de intrare
2 tipuri de roluri biologice:
− Sisteme de amplificare
Deschiderea in avalansa a canalelor de Na+, in faza ascendenta a
PA
Retele neurale reverberante
− Sisteme de decompensare:
Rol patologic – dupa depasirea unor praguri pana la care
organismul poate compensa tulburari ale homeostaziei, apar
reactii pozitive care agraveaza tulburarile si pot duce la
moartea organismului (Ex: aparitia vasodilatatiei paralitice in socul
septic duce la scaderea si mai mult a TA, fara raspuns la subst.

vasoactive)
Exemple biologice
Transcriptia si traducerea
informatiei genetice
ADN ARNm ARNt

Ribozom
sursa de (mesager) de transfer
destinatar
mesaje canal receptor
Alfabet sursă Alfabet canal Recepţionează Aparat de

ACGT ACGU un codon sinteză
Canalul neuronal
S – sursa de informatie (neuron presinaptic) C2 – canal de transmitere a informatiei, de tip 2 (PA

TT1 – traductor transmitator 1; semnal chimic → semnal modulate in frecventa)
electric (modulate in amplitudine) TR1 – traductor receptor 1; semnal electric modulat in

C1 – canal de transmitere a informatiei, de tip 1 (potentiale frecventa → modulat in amplitudine
locale, modulate in amplitudine; propagare decrementala) TR2 – traductor receptor 2; semnal electric modulat in
TT2 – traductor transmitator 2; semnal electric modulat in amplitudine → semnal chimic
amplitudine → modulat in frecventa D – destinatar
Canalul neuronal
Caracteristicile unui canal neuronal:
Fluxul de transinformatie (informatia medie transmisa prin
canal) – bit/s
Capacitatea canalului – valoarea maxima a fluxului de
transinformatie pe canalul respectiv
Exemple:
Informatia medie/fibra nervoasa: 1150 bit/s
Capacitatea canalului unei fibre nervoase: 1400 bit/s
Informatia transmisa de retina: 1010 bit/s
Informatia medie primita de un om din mediul inconjurator:
1010 – 1011 bit/s, din care:
Constientizati: 100 bit/s

Memorie de scurta durata: 10 bit/s
Memorie de lunga durata: 1 bit/s
Retele neuronale
Sistemul nervos central – retea complexa de neuroni
interconectati, care isi influenteaza reciproc functia
Premize pentru tratarea cibernetica (logica) a unei

retele neuronale:
− Fiecare neuron are doua stari – activ si inactiv
− Fiecare neuron are un prag de excitare caracteristic, ce
trebuie atins de excitant pentru a determina trecerea in
starea activa
− Transmisia sinaptica se face cu o intarziere de 0.5 ms
Retele neuronale
(A)
Exemple de retele neuronale simple:
Retele de sumare (A)
(B)
Retele de intarziere (B)
Retele reverberante (C)
(C)
Retele de multiplicare (D)
(D)
Memoria (senzoriala/motorie)
= stocare de informatii
Memorie imediata (instantanee) – secunde
Substrat: circuite reverberante
Pe termen scurt (memoria de scurta durata, MSD) – ore
Substrat: modificarea unor proteine deja existente
(activare, expresie)
Pe termen lung (memoria de lunga durata, MLD) – ani
Substrat: sinteza de proteine noi, care vor fi
exprimate
Procesele implicate in MSD + MLD – PLASTICITATE SINAPTICA

up/down-regulation al numarului de receptori
Expresie de receptori modulatori
Cresterea / scaderea numarului de sinapse pe un neuron

Intarirea unor sinapse intre doi neuroni prin aparitia de ramificatii axonale
suplimentare care fac sinapsa, la randul lor
Analizatori
Analizatori
Stimulii – orice natura fizica:
− Mecanici: presionali, vibratorii, acustici
− Luminosi
− Termici
− Olfactivi (chimici)
− Stimuli durerosi – orice stimul care depaseste un anume
prag (prag dureros) determina senzatie de durere
Tipuri de receptori (dpv cibernetic)
− Receptori ON – activati de initierea stimulului
− Receptori OFF – activati de incetarea stimulului
− Receptori ON-OFF – activati atat de initierea, cat si de
incetarea stimului
− Receptori continui – activi pe tot parcursul stimularii
Reflexul miotatic
–
αFS CNS DRFS
+
– R
+ + From the
αF + Ia extensor
+ – +
– II system
Flexor
muscle + R
+
γs +
To the extensor
D + system
– + – + γd
+
D
NCF NBF
+
+ Ia
+
+ +
II
The dynamic element (D)
dt
– CNS
C
+
Reglarea volemiei
diagnostic
Algoritmi cibernetici de
Exemple optionale:
Simulari computerizate ale

unor modele cibernetice
Receptori senzoriali
Autoinhibitie neuronala
Sinapsa cu prag de activare

Activarea rodopsinei
Anexa 1
Scurt istoric
Istoric
Prima mentiune a termenului “Cibernetica”:

− Platon, “Legile” - in contextul studiului auto-guvernarii
unor grupuri de oameni
Primul sistem artificial cu reglare automata:

− Ceasul cu apa al lui Ktesibios – nivelul de apa in rezervor
era mentinut constant cu ajutorul unui plutitor
Anii 1700 – motorul cu abur al lui Watt

− prevazut cu o valva de reglare a vitezei (mecanism de feed-
back)
Istoric
Cibernetica moderna
Norbert Wiener Claude Shannon

Courtesy of the Research Laboratory of Electronics at MIT. Wikimedia
foundation
1948: NORBERT WIENER - Cibernetica sau ştiinţa

comunicării şi comenzii la fiinţe şi maşini; (cibernetica
este definita ca stiinta)
1948, Cybernetics: Or the Control and Communication in the Animal and the Machine. Paris,
France: Librairie Hermann & Cie, and Cambridge, MA: MIT Press.Cambridge, MA: MIT Press.
1948: CLAUDE SHANNON - Teoria matematică a

comunicaţiei C.E. Shannon, "A Mathematical Theory of Communication", Bell System Technical Journal,
vol. 27, pp. 379-423, 623-656, July, October, 1948
Istoric
Alte contributii notabile

L. von Bertalanffy – Teoria generala a sistemelor
1945, Zu einer allgemeinen Systemlehre, Blätter für deutsche Philosophie, 3/4. (Extract in: Biologia Generalis, 19 (1949), 139-164.
1950, An Outline of General System Theory, British Journal for the Philosophy of Science 1, p.139-164
1951, General system theory - A new approach to unity of science (Symposium), Human Biology, Dec 1951, Vol. 23, p. 303-361.
W. Ross Ashby – Teoria sistemelor complexe
1940. "Adaptiveness and equilibrium". In: J. Ment. Sci. 86, 478.
1945. "Effects of control on stability". In: Nature, London, 155, 242-243.
1946. "The behavioural properties of systems in equilibrium". In: Amer. J. Psychol. 59, 682-686.
1947. "Principles of the Self-Organizing Dynamic System". In: Journal of General Psychology (1947). volume 37, pages 125--128.
J. von Neumann – Automate celulare

1966. (with Arthur C. Burks) Theory of Self-Reproducing Automata, Univ. of Illinois Press
W.S. McCulloch – Retele neurale

1943, McCulloch & Pitts, A Logical Calculus of the Ideas Immanent in Nervous Activity, Bulletin of Mathematical Biophysics Vol 5,
pp 115-133.
Anexa 2
Frecventa relativa, absoluta si

probabilitate.
Experiment. Eveniment.
Probabilitati
Experiment = evolutia unui sistem catre o stare finala
Eveniment = realizarea unei anumite stari finale, din
multiple posibile, ca rezultat al experimentului
Exemplu:
Experimentul = aruncarea zarului

Evenimentul = caderea zarului pe o anumita fata
6 evenimente posibile: caderea pe fata 1, 2, 3, 4, 5 si 6

Probabilitati
Frecventa relativa de aparitie a evenimentului i
ni
f i=
N
Probabilitatea de aparitie a evenimentului i

ni
p i = lim
N ∞ N
unde ni reprezinta numarul de aparitii ale evenimentului i, din totalul de N

repetari ale experimentului
∑ pi = 1 → suma probabilitatilor de aparitie a tuturor evenimentelor posibile ca

i= 1 rezultat al unui experiment este 1 (ca urmare a efectuarii unui
experiment va rezulta intotdeauna un eveniment oarecare!)
Probabilitati
Exemplu: Sa presupunem ca am aruncat de 30 de ori cu
zarul (N = 30) si am obtinut urmatoarele rezultate:
Fata 1 – de 4 ori
Fata 2 – de 5 ori
Fata 3 – de 4 ori
Fata 4 – de 6 ori
Fata 5 – de 5 ori
Fata 6 – de 6 ori
Frecventele relative ale evenimentelor vor fi:
Fata 1: 4/30 = 1/7.5

Fata 2: 5/30 = 1/6 Daca experimentul s-ar repeta de un numar mult
Fata 3: 4/30 = 1/7.5 mai mare de ori, valorile frecventelor relative s-ar
Fata 4: 6/30 = 1/5 apropia foarte mult de valoarea probabilitatii
Fata 5: 5/30 = 1/6 teoretice 1/6 pentru fiecare eveniment)

Fata 6: 6/30 = 1/5
Entropia informationala. Redundanta
Entropia informationala. Redundanta
Entropie informationala si
entropie termodinamica
Entropie informationala Entropia termodinamica
a unui sistem complet a unui sistem complet
dezordonat: dezordonat (Boltzman):
Hmax = log n S = k log N
(N – probabilitatea
termodinamica a starii)
Bibliografie
Curs Biofizica Medicala - C. Ganea
Curs Biocibernetica - Sonia Herman
Curs Biocibernetica - Anca Popescu
Sursele imaginilor:
O mare parte sunt realizate in cadrul Catedrei de Biofizica Medicala a
UMF C. Davila. In celelalte cazuri este trecuta sursa imaginilor sub
imagine sau in animatia insotitoare.
Modelele cibernetice folosite ca exemplu au fost realizate si prezentate

cu programul LabView.

Curs 10.2 - Notiuni de Biocibernetica PDF

Încărcat de

Informații document

Titlu original

Drepturi de autor

Formate disponibile

Partajați acest document

Partajați sau inserați document

Opțiuni de partajare

Vi se pare util acest document?

Este necorespunzător acest conținut?

Drepturi de autor:

Formate disponibile

Curs 10.2 - Notiuni de Biocibernetica PDF

Încărcat de

Drepturi de autor:

Formate disponibile

Biocibernetică

UMF Carol Davila Bucuresti

Anexa 1 - Scurt istoric al ciberneticii

Anexa 2 - frecventa relativa, absoluta si probabilitate.

rom. “timonier”, “navigator”

• Norbert Wiener – stiinta comenzii si comunicarii la

• Academia Franceza – disciplina care se ocupa de

• W. Ross Ashby – punctul de vedere nou al ciberneticii

consta in aceea ca ea nu intreaba ce este o masina, ci

Sistem = ansamblu de componente, intre care exista

Distinctia de alte stiinte nu consta atat in obiectul sau de studiu,

Elemente cheie: ABSTRACTIZARE si MODELARE

TEORIA SISTEMELOR CU REGLARE AUTOMATA

Data inteligibila, de orice natura (are semnificatie

Informatia – masura a surprizei

Nu scade prin transmitere (nu se pierde)

(un experiment cu doua rezultate posibile, egal probabile)

este denumita bit.

Multiplu: 1 byte (octet) = 23 biti

Evenimentul imposibil: − log 0 → ∞ Cu cat un eveniment este mai neasteptat, cu

Exprimarea Shannon are avantajul ca leaga convenabil cantitatea de informatie I a unui

Pentru detalii : vezi Anexa 2

500 aminoacizi in lant (N = 500)

16 aminoacizi diferiti, care apar cu frecventa egala (n=16)

Informatia totala: It = N log2 n = 500 log2 16 = 2000 biti

Exemplu 2: Continutul informational al unui lant ADN

106 nucleotide in lant (N = 106)

4 baze azotate, care apar cu frecventa egala (n=4)

Informatia totala: It = N log2 n = 106 log2 4 = 2x106 biti (aprox. 2Mb)

(modificat dupa Wikimedia Commons)

Informatia inseamna putere!!

Aparitia perturbatiilor duce la scaderea cantitatii de informatie care ajunge la

Redundanta informationala creste probabilitatea ca la receptor sa ajunga

− Cresterea frecventei PA axonale in functie de intensitatea stimulului

Sisteme de reglare automata

Relatia intre marimea de intrare si marimea de iesire reprezinta

black-box; intr-un sistem pot

exista oricate astfel de subunitati

Sistemul de directionare a unui

Iesire: semnal electric cu amplitudine

sisteme de reglare cu reactie negativa !!

septic duce la scaderea si mai mult a TA, fara raspuns la subst.

ADN ARNm ARNt

Alfabet sursă Alfabet canal Recepţionează Aparat de

S – sursa de informatie (neuron presinaptic) C2 – canal de transmitere a informatiei, de tip 2 (PA

electric (modulate in amplitudine) TR1 – traductor receptor 1; semnal electric modulat in

Constientizati: 100 bit/s

Premize pentru tratarea cibernetica (logica) a unei

Retele reverberante (C)

Procesele implicate in MSD + MLD – PLASTICITATE SINAPTICA

Cresterea / scaderea numarului de sinapse pe un neuron

The dynamic element (D)

Simulari computerizate ale

Sinapsa cu prag de activare

Prima mentiune a termenului “Cibernetica”:

Primul sistem artificial cu reglare automata:

Anii 1700 – motorul cu abur al lui Watt

Norbert Wiener Claude Shannon

1948: NORBERT WIENER - Cibernetica sau ştiinţa

1948: CLAUDE SHANNON - Teoria matematică a

Alte contributii notabile

1945. "Effects of control on stability". In: Nature, London, 155, 242-243.

J. von Neumann – Automate celulare