Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Transcriere Traducere
ADN ARNm Proteine
Revers transcriere
• Tautomerie imino-amino
NH2 NH
N C NH C
forma amino forma imino
Purine
NH OH O
NH2
N N N
N HN N HN
N
NH H2 N NH H2 N N NH
N NH N N
Amino Imino Lactim Lactam
Adenina (6-amino purina) Guanina (2-amino-6-hidroxi purina)
Pirimidine
OH O OH O
N HN CH3 CH3
N HN
HO N O NH HO N O NH
Lactim Lactam Lactim Lactam
Uracil (2,4-dihidroxi-pirimidina) Timina (5-metil-uracil)
NH2 NH2
N N
HO N O NH
Lactim Lactam
Citozina (2-hidroxi-4-amino-pirimidina)
Nucleozide (ribo- şi
dezoxiribonucleozide)
• Ribonucleozidele
NH2 O
N N
N NH
9 9
5` N
HO H2 C N N N NH2
O HO H2 C
4` 1` O
3` 2`
OH OH Adenozinã (A) Guanozinã (G)
OH OH
NH2 O
N NH
1 1
5` N O O
HO H2 C N
O HO H2 C
4` 1` O
3` 2` Citidinã (C)
OH OH Uridinã (U)
OH OH
Dezoxiribonucleozidele
NH 2 O
N N
N NH
9 9
5` N N NH2
HO H2 C N HO H2 C N
O O
4` 1`
3` 2`
OH H HO H Dezoxiguanozinã (dG)
Dezoxiadenozinã (dA)
NH2 O
H3 C
N NH
1 1
5` N O N O
HO H2C HO H2 C
O O
4` 1`
3` 2`
OH H OH H
Dezoxicitidinã (dC) Dezoxitimidinã (dT)
Nucleotidele
• Sunt esteri fosforici ai nucleozidelor
NH2
N
N Adeninã Adenozinã
O O O
5` sau
O- P O P O P O N N
O Dezoxiadenozinã
O- O- O- 4` 1` (nucleozide)
X=H Dezoxiribozã
3` 2` X=OH Ribozã
OH X
AMP (adenozinmonofosfat)
ADP (adenozindifosfat)
ATP (adenozintrifosfat)
Proprietăţile fizice ale nucleotidelor
şi nucleozidelor
• La 5<pH<9 nucleozidele sunt neutre
• Solubilitatea nucleotidelor în apă este mai
mare decât a nucleozidelor
• Nucleozidele şi nucleotiodele sunt stabile
în mediu bazic
• Nucleotidele prezintă absorbanţă maximă
la 260 nm, la pH = 7
Conformaţia nucleotidelor şi
nucleozidelor
• Determinată de:- flexibilitatea ribozei
3`
PO 5` PO 5`
2`
4` O O Bazã
Bazã 4`
1` 1`
3` .
5,9 A PO 2`
. PO
7,0 A C-2` endo C-3` endo
"South" "North"
-orientarea bazelor
azotate faţă de legătura N-glicozidică
Conformerii anti şi syn
O O
NH HN
1 1
N O O N
HO H2 C HO H2 C
O O
O
O CH3
H3 C N
N N
HN
O N NH
O N N
CH3 Teofilina Teobromina
(1,3-dimetilxantina) CH3 (3,7-dimetilxantina)
Analogi structurali sintetici ai bazelor
azotate, nucleozidelor şi nucleotidelor
• Inhibă sinteza ADN
• Sunt folosiţi în chimioterapie
O O SH
F I N
N HN N 6
5 5
9
N NH
O NH O N
5-Fluorouracil 6-Mercaptopurina
HO H2 C
O
Timinã SH
HO H2 C
O 2` N
N 6
OH
5-Iodo-2`-deoxiuridinã H2 N N NH
N3 OH
6-Tioguanina
Azidotimidina
O NH2 O
CH3
N
HN 6
HN N 8N N
NH N
6N H2 N N
O N O N
8-Azaguanina S NO2
HO H2 C HO H2 C
O O
HO HO N 6 N
8
N 6 NH
OH N
OH OH
Arabinozil citozinã 9 N
NH Azatioprin
6-Azauridinã N
Alopurinol
Structura primară covalentă a
acizilor nucleici
• Nucleozidele legate fosfat diesteric
formează:
-oligonucleotide
-polinucleotide
Polinucleotidul ARN conţine:
-Riboză şi A, G, C, U
Polinucleotidul ADN conţine:
-Dezoxiriboză şi A, G, C, T
O
N
NH
O
5` N
G 5` GCA 3`
O
-
P O N NH2
O
-
O
3`
NH2
X
N
O C
N O
O P O CH2
O
-
O
3`
NH2
X
N
NH
O A
O P O CH2 N N
O
-
O
3`
3` OH X
Polaritatea catenei
5` O 3`
CH2 O
5` B1 B1 5`
3` 3`
P P
5` B2 B2 5`
3` 3`
P P
5` B3 B3 5`
3` 3` 3` 5`
O CH2
O
Conformaţia moleculei de ADN;
tipuri de conformaţii
• Structura secundară de dublu-helix a ADN a
fost propusă de Watson şi Crick
-analiza cromatografică a stabilit că în toate
tipurile de ADN numărul de baze purinice este
egal cu cel de baze pirimidinice (A+G=T+C);
-difracţia razelor X, efectuată pe cristale de
ADN, a demonstrat existenţa a două perioade
de identitate de-a lungul axei lungi a moleculei:
una mare de 34 Å şi una mică de 3,4 Å.
Două catene antiparalele (una cu polaritate 5’-3’
şi cealaltă antiparalelă cu polaritatea 3’-5’)
formează o dublă helice cu orientare dreaptă
O H
N O H N
H2 C
O
N G N N
H C H
O N
H N O
N
H O
Dezoxiguanozinã H O
Dezoxicitidinã CH2
O
H
O
N N H
H2 C O
O
N A N H N
T
O H
N N
H O
O
O
Dezoxiadenozinã
H2 C
Dezoxitimidinã
O
Caracteristici structurale ADN
forma B
• Două catene complementare NU identice,
formează o scară în spirală cu 10 trepte;
• Scheletul extern al dublului helix este
format din ciclurile monozaharidului legate
între ele prin resturi fosfat care la pH
fiziologic sunt ionizate şi încărcate negativ;
• Bazele azotate, sunt orientate spre
interior şi perpendicular pe axul helixului.
ADN forma B
• 3,4 Å;
• 34 Å;
• 20 Å
O H
N O H N
H2 C
O
N G N H N C H
O N
H N O
N
H O
Dezoxiguanozinã H O
Dezoxicitidinã CH2
O
H
O
N N H
H2 C O
O
N A N H N
T
H
HO N
H N
O
O
H2 C
Dezoxitimidinã
Formele structurale A şi Z ale
ADN
• Conformaţia de tip A :
- dublă helice dreaptă;
-pasul helicei este de 28 Å;
- numărul de baze per tur 11;
-predomină conformerii anty.
• Conformaţia de tip Z:
-corespunde la o helice stângă;
-12 perechi de baze per tur;
-pasul helicei aproximativ 57 Å;
-într-o succesiune GC dezoxinucleotidul guaninei adoptă conformaţia syn
iar cel al citozinei pe cea anti, ceea ce face ca lanţul să evolueze în zig-zag
între cele două conformaţii.
• Există argumente (in vitro) că structura Z modifică interacţiunile ADN-
proteine, importante în replicare, transcriere, repararea leziunilor ADN.
Denaturarea ADN
• creşterea temperaturii;
• la valori extreme de pH (molecula de
ADN este stabilă la pH-uri cuprinse între 4
şi 10);
• modificarea tăriei ionice.
• prezenţa formaldehidei
• Topire = denaturare ADN determinată
de modificări de temperatură
Proprietăţi fizice ale ADN care se
modifică prin denaturare
• scade vîscozitatea;
• creşte absorbanţa la 260 nm.
Efectul hipercrom
• Prin denaturarea ADN-ului, creste
capacitatea de absorbtie a acestuia la
=260 nm.
Ruperea legăturilor de hidrogen şi a interacţiunilor van der
Waals dintre catenele moleculei ADN aflate în soluţie.
1.4 100
Denaturare (%)
G:C A:T 75
1.3
A:T G:C
1.2 50
1.1 25
1.0 0
Tm
0 70 80 90 100
Renaturare
• Refacerea duplexului ADN prin legarea
catenelor complementare
• Renaturarea depinde de:
-temperatură;
-concentraţia catenelor complementare.
Renaturarea este proces folosit în tehnica hibridării
-determinarea poziţiei intronilor în molecula ADN
-evidenţierea deleţiilor cromozomiale.
Hidroliza acizilor nucleici
• Chimică sau Enzimatică
• ADN este rezistent la hidroliza bazică
• ARN este hidrolizat în mediu bazic
O O O
H2C H2C
H2C
3` 2` 3` 2` 3` 2`
5` B1 5` B1 5` B1
O - O
O 2-
O P O O PO3 OH
O P O
- + H2O
O
- +
O
OH
OH 2`
B2 3`
5` 5` B2 5` B2
OH OH OH
Hidroliza enzimatică
• Nucleaze:
-exonucleaze
-endonucleaze
☺endonucleaze de restricţie (restrictaze)
▪evidenţiate la bacterii
▪recunosc secvenţe nucleotidice numite
palindroame
▪taie ADN dublu catenar nemetilat la resturile
de A sau C
Enzima Secvenţa recunoscută Sursa
BamH I GATCC-3` Bacillus
amyloliquefaciens H
BglII GATCT-3` Bacillus globigii
EcoR I AATTC-3`
5`-CAG
5`-GAT
5`-GTT
5`-G
5`-A
5`-T
Escherichia coli RY13
EcoRV ATC-3` Escherichia coli B946
Hind III AGCTT-3` Haemophilus influenzae
Rd
Hpa I AAC-3` Haemophilus
parainfluenzae
Pvu II CTG-3` Proteus vulgaris
Taq I CGA-3` Thermus aquaticus
5`---AAGCTT---3` 5`---TGGCCA---3` 5`---GAGCTC---3`
3`---TTCGAA---5` 3`---ACCGGT---5` 3`---CTCGAG---5`
5`---A 5`
AGCTT---3` 5`---TGG CCA---3` 5`---GAGCT3` C---3`
3`---TTCGA 5` A ---5` 3`---ACC GGT---5` 3`---C 3`TCGAG ---5`
Formare ADN recombinant
ADN1 ADN2
5`---GAATTC---3` 5` GAATTC 3`
3`---CTTAAG---5`
3` CTTAAG 5`
EcoRI EcoRI
5`---GAATTC 3` 5` GAATTC---3`
3`---CTTAAG 5` 3` CTTAAG---5`
Suprarãsuciri Suprarãsuciri
spre stânga spre dreapta
(superhelix (superhelix
negativ) pozitiv)
ADN circular cu
suprarãsucire pozitivã
spre dreapta
Axa de suprarãsucire
Topoizomerazele
• Topoizomeraza I, nu necesită ATP
Tyr
Tyr Tyr
5` O
5` O
OH P Enzima P
P P OH
OH 3`
Incizie si legare 3` Rotirea Disocierea
la enzimã capãtului 3` enzimei
Topoizomeraza II
• Necesită ATP şi face incizii în ambele
catene.
Miezul nucleozomului
ADN de (H2A, H2B, H3, H4)2
legãturã
ADN
Histona H1
Solenoizii asigură o scurtare de 40
de ori a formei B a ADN
Proteinã nuclearã Cromozom
Fibra de 30 nm
Histona H1 ADN
Caracteristicile structurale ale
ARN
• Structura primară: se leagă covalent ribonucleozidtrisfosfaţi
• Structura secundară
ARN este monocatenar cu porţiuni bicatenare
Buclã cu baze
neâmperechiate
Segment cu baze
complementare
Ribozom 70 S
ARNt
• E. Coli conţine aproximativ 75 tipuri de ARNt reprezentând
aproximativ 15% din masa ARN celular total
• Caracteristicile structurale ale ARNt.
-ARNt, numit şi ARN solubil sau adaptor, conţine între
75 şi 90 ribonucleotide;
-raportul A+G/U+C din ARNt este apropiat de 1;
-ARNt nuclear, prezintă o conformaţie în “foaie de
trifoi
-ARNt are cel mai mare conţinut de baze minore.
După sinteza completă a moleculei ARNt, anumite baze
azotate pot fi modificate structural prin: metilări, tiolări,
hidrogenări, rezultând baze minore
a) 3` b) 5`
Situs de CCA Brat T C 3`
legare aminoacid
5`
Perechi de baze
complementare Brat T C
Bratul DHU
Bratul
DHU
Bratul variabil
Bucla Bratul anticodon
anticodon
Anticodon
O O O
H3C
NH NH HN NH
N O N O O
HO H2 C HO H2 C HO H2 C
O O O
OH OH OH OH OH OH
Dihidrouridinã Ribotimidinã Pseudouridinã
(DHU) (T)
S O
NH N
NH
N O N N
HO H2 C HO H2 C
O O
HO OH OH OH
4-Tiouridinã Inozinã
Funcţiile ARNt
• Legarea aminoacizilor specifici, activaţi, prezenţi în citosol, la restul
adenilic din secvenţa CCA şi transportul acestora, la ribozomi, sub forma
complexelor aminoacil~ARNt
• Adaptarea aminoacidului transportat în dreptul codonului de pe ARNm
prin recunoaşterea codon-anticodon, pe baza complementarităţii bazelor
3` A ~ aa1 3` A ~ aa2
C C
C C
5` 5`
Anticodon 3` C C G 5` Anticodon 3` A G U 5`
GGC UCA
ARNm
5` Codon 1 Codon 2 3`
ARNm
• Caracteristici structurale.
-ARNm: monocatenar, liniar, de lungime variabilă;
-este sintetizat prin transcrierea uneia dintre cele două catene
ADN, desemnată drept matriţă sau template.
-ARNm conţine informaţia în limbaj nucleotidic.
ADN 5` - G C A T T A T G C - 3`
3` - C G T A A T A C G - 5`
ARN 5` G C A U U A U G C 3`
-informaţia depozitată în ARNm sub forma tripletelor de nucleotide
numite codoni este decodificată la nivelul ribozomilor.
ARNm procariot
• este poligenic sau policistronic;
NH2
-în structura proteinelor sunt L--aminoacizi
Aminoacizi alifatici
-
H CH COO
• Glicina Gly (G) Nepolar +
NH3
-
H3C CH COO
• Alanina Ala (A) Nepolar
+
NH3
-
H3C CH CH COO
• Valina Val (V) Nepolar
+
CH 3 NH3
-
• Leucina Leu (L) Nepolar H 3 C CH CH 2 CH COO
+
CH 3 NH3
+
CH3 NH3
Aminoacizi aromatici
• Fenilalanina Phe (F) CH 2 CH COO
-
Nepolar NH3
+
• TriptofanTrp (W) -
CH2 CH COO
• Nepolar NH3
+
N
H
Aminoacizi cu grupări hidroxil
• Serina Ser (S) HO CH 2 CH COO
-
-
R CH COOH R CH COO
+
NH2 NH3
Amfiion (ion bipolar)
Aminoacid pK1 pK2 pKR PI
1. Glicocol 2,34 9,60 5,97
2. Alanina 2,35 9,69 6,02
3. Valina 2,32 9,62 5,97
4. Leucina 2,36 9,60 5,98
5. Izoleucina 2,36 9,68 6,02
6. Fenilalanina 1,83 9,13 5,98
7. Prolina 1,99 10,60 6,10
8. Triptofan 2,38 9,38 5,88
9. Serina 2,21 9,15 5,68
10.Treonina 2,63 10,43 6,53
11.Tirozina 2,20 9,11 10,07 5,65
12.Cisteina 1,71 10,78 8,33 5,02
13.Metionina 2,28 9,21 5,75
14.Asparagina 2,02 8,80 5,41
15.Glutamina 2,17 9,13 5,65
16.Acid aspartic 2,09 9,82 3,86 2,97
17.Acid glutamic 2,19 9,67 4,25 3,22
18.Histidina 1,82 9,17 6,00 7,58
19.Lizina 2,18 8,95 10,53 9,74
20.Arginina 2,17 9,04 12,48 10,76
pH izoelectric
• pI = pH la care încărcarea electrică a aa
este zero (sarcina + este egală cu sarcina
-) şi aa nu migrează în câmp electric.
• La pI solubilitatea aa este minimă
• pKa = - log Ka
-COOH din are pKa ~ 2
-COOH din radical are pKa ~ 4
NH 3 din radical are pKa ~ 9
Calculul pI
• Se face semisuma valorilor pKa ale grupărilor care
generează amfiionul fără sarcină netă:
☺aa monoamino-monocarboxilici
+ + - -
H3N CH COOH H3N CH COO H2N CH COO
R R R
• pI se calculează astfel:
pK 2 pK R 8,95 10,53
pI 9,74
2 2
Arginina are caracter bazic prin gruparea guanidinică:
+
NH NH2
+ H+
R NH C NH2 R NH C NH2
- H+
ion guanidinium
X
donor de hidrogen Acceptor de hidrogen
O H O H O H O C
N H O C N H N
Interacţiuni electrostatice
• asociaţii între perechi de ioni, legături
saline (ex. între un rest de Arg şi Glu);
• interacţiuni între o grupare cu sarcină şi o
grupare polară fără sarcină;
• interacţiuni între grupări polare fără
sarcină.
• Interacţiunile hidrofobe
grupările nepolare se asociază reducându-se la
minimum contactul lor cu apa
C N
H
H
H
N C
C Radicalii aminoacizilor
C
+ -
H3N CH CO NH CH CO NH CH CO HN CH CO NH CH CO NH CH COO
R1 R2 R3 R4 R5 R6
NH2 CH2
SH
- 2 H+
2 G SH G S S G
forma redusã + 2 H+
forma oxidatã
• Glutationul este agent reducător intracelular contribuind la
menţinerea grupărilor –SH din centrul activ al enzimelor în forma lor
redusă:
Enz-S-S-R + G-SH Enz-SH + G-S-S-R
OR
R=H R`=H morfinã
H3C N
R=H R`=-CH3 codeinã
O
R=Acetil R`=Acetil heroinã
OR`
Peptidele au rol hormonal
• bradikinina este agent hipotensiv
• angiotensina II care stimulează secreţia de
aldosteron este agent hipertensiv.
• Vasopresina produsă de neurohipofiză este
antidiuretic.
• Somatostatina sintetizată atât în hipotalamus
cât şi în pancreas reglează eliberarea
glucagonului ca şi a altor hormoni.
• Glucagonul este hormon produs de pancreas
cu rol în reglarea glicemiei.
Importanţa comercială a peptidelor
• aspartamul (L-aspartil L-fenilalanil-1-metil ester) este un
îndulcitor artificial de 160 de ori mai dulce ca zaharoza
• Indivizii care nu pot metaboliza fenilalanina au
intoleranţă la acest îndulcitor.
-
COO
CH2 CH2
+
H3 N CH CO NH CH CO OCH3
L-aspartil-L-fenilalanin-1-metil ester