Sunteți pe pagina 1din 105

Acizi nucleici

• Tipuri de acizi nucleici


• Componenţi structurali ai acizilor nucleici
• Structra primară covalentă a acizilor nucleici
• Conformaţia moleculei de ADN
• Denaturarea şi renaturarea ADN
• Hidroliza ADN
• Organizarea superioară a ADN
Ce sunt acizii nucleici ?
• Sunt produşi de policondensare a
nucleotidelor;
• Păstrează şi mijlocesc transferul de
informaţie genetică în lumea vie.
Dogma centrală a biologiei
moleculare
• ADN conţine informaţia genetică sub forma unor secvenţe de
nucleotide
Replicare

Transcriere Traducere
ADN ARNm Proteine

• Toată informaţiaRevers transcriere


din celula parentală este transferată celulelor fiice.
Tipuri de acizi nucleici
• ADN stochează într-o formă compactă, o
cantitate mare de informaţie cu privire la
biosinteza proteinelor, care poate fi
accesată imediat
• ARN (mesager, de transport, ribozomal,
de mici dimensiuni)
Componenţii structurali ai acizilor
nucleici
• Pentoza sub forma ciclică β -furanozică
• Acidul fosforic
• Bazele azotate: purine şi pirimidine
6 7 4
5 N
1N 3N 5
8
2 2 6
N 4 NH N
3 9 1
Purinã Pirimidinã
Tautomeria lactam  lactim a
bazelor azotate
• Formele lactam sunt mai stabile
O OH
C NH C N
forma lactam forma lactim

• Tautomerie imino-amino
NH2 NH

N C NH C
forma amino forma imino
Purine

NH OH O
NH2
N N N
N HN N HN
N

NH H2 N NH H2 N N NH
N NH N N
Amino Imino Lactim Lactam
Adenina (6-amino purina) Guanina (2-amino-6-hidroxi purina)
Pirimidine
OH O OH O
N HN CH3 CH3
N HN
HO N O NH HO N O NH
Lactim Lactam Lactim Lactam
Uracil (2,4-dihidroxi-pirimidina) Timina (5-metil-uracil)
NH2 NH2

N N

HO N O NH
Lactim Lactam
Citozina (2-hidroxi-4-amino-pirimidina)
Nucleozide (ribo- şi
dezoxiribonucleozide)
• Ribonucleozidele
NH2 O
N N
N NH
9 9
5` N
HO H2 C N N N NH2
O HO H2 C
4` 1` O
3` 2`
OH OH Adenozinã (A) Guanozinã (G)
OH OH
NH2 O
N NH
1 1
5` N O O
HO H2 C N
O HO H2 C
4` 1` O
3` 2` Citidinã (C)
OH OH Uridinã (U)
OH OH
Dezoxiribonucleozidele
NH 2 O
N N
N NH
9 9
5` N N NH2
HO H2 C N HO H2 C N
O O
4` 1`
3` 2`
OH H HO H Dezoxiguanozinã (dG)
Dezoxiadenozinã (dA)
NH2 O
H3 C
N NH
1 1
5` N O N O
HO H2 C HO H2 C
O O
4` 1`
3` 2`
OH H OH H
Dezoxicitidinã (dC) Dezoxitimidinã (dT)
Nucleotidele
• Sunt esteri fosforici ai nucleozidelor
NH2
γ β α N
N Adeninã Adenozinã
O O O
5` sau
O- P O P O P O N N
O Dezoxiadenozinã
O- O- O- 4` 1` (nucleozide)
X=H Dezoxiribozã
3` 2` X=OH Ribozã
OH X
AMP (adenozinmonofosfat)

ADP (adenozindifosfat)

ATP (adenozintrifosfat)
Proprietăţile fizice ale nucleotidelor
şi nucleozidelor
• La 5<pH<9 nucleozidele sunt neutre
• Solubilitatea nucleotidelor în apă este mai mare
decât a nucleozidelor
• Nucleozidele şi nucleotiodele sunt stabile în
mediu bazic
• Nucleotidele prezintă absorbanţă maximă la 260
nm, la pH = 7
Conformaţia nucleotidelor şi
nucleozidelor
• Determinată de:- flexibilitatea ribozei
3`
PO 5` PO 5`
2`
4` O O Bazã
Bazã 4`

1` 1`
3` .
5,9 A PO 2`
. PO
7,0 A C-2` endo C-3` endo
"South" "North"

-orientarea bazelor azotate faţă


de legătura N-glicozidică
Conformerii anti şi syn
O O

NH HN

1 1
N O O N
HO H2 C HO H2 C
O O

Uridinã (U) OH OH Uridinã (U) OH OH


Anty O Syn
O
N NH
NH
H2 N
9 N
N N NH2 N 9
5`
HO H2 C 5` N
O
4` 1` HO H2 C
O
3` 2` 4` 1`
OH OH Guanozinã (G) 3` 2`
Anty Guanozinã (G) OH OH
Syn
Nucleotide naturale libere
• Rolurile lor în ţesuturi:
-compuşi macroergici (ATP, GTP);
-componenţi structurali ai coenzimelor (FAD,
NAD+, NADP+);
-acceptori de fosfat în fosforilarea oxidativă
(ADP);
-efectori alosterici ai activităţii enzimelor;
-mesageri secunzi (AMPc şi GMPc);
-donori ai grupărilor metil (S-adenozil-
metionina).
NH2 NH2 O
N N N
N N HN
9 9
CH3 N N N N H2 N N N
+ 5` 5`
S H2 C O O H2 C O H2 C
O O
CH2 O- P O O- P O
3` 3`
CH2 OH OH O OH O OH

CH NH2 Adenozin-3`,5`-monofosfatul Guanozin-3`,5`-monofosfatul


(AMP ciclic, AMPc) (GMP ciclic, GMPc)
COOH
S-Adenozilmetioninã
Metilxantinele
O 7 O CH3
N H3 C N
HN 1 N
3
O NH NH N
O N
Xantina Cofeina
(2,6-dioxipurina) CH3
(1,3,7-trimetilxantina)

O
O CH3
H3 C N
N N
HN
O N NH
O N N
CH3 Teofilina Teobromina
(1,3-dimetilxantina) CH3 (3,7-dimetilxantina)
Analogi structurali sintetici ai bazelor
azotate, nucleozidelor şi nucleotidelor
• Inhibă sinteza ADN
• Sunt folosiţi în chimioterapie
O O SH
F I N
N HN N 6
5 5
9
N NH
O NH O N
5-Fluorouracil 6-Mercaptopurina
HO H2 C
O
Timinã SH
HO H2 C
O 2` N
N 6
OH
5-Iodo-2`-deoxiuridinã H2 N N NH
N3 OH
6-Tioguanina
Azidotimidina
O NH2 O
CH3
N
HN 6
HN N 8N N
NH N
6N H2 N N
O N O N
8-Azaguanina S NO2
HO H2 C HO H2 C
O O
HO HO N 6 N
8
N 6 NH
OH N
OH OH
Arabinozil citozinã 9 N
NH Azatioprin
6-Azauridinã N
Alopurinol
Structura primară covalentă a
acizilor nucleici
• Nucleozidele legate fosfat diesteric
formează:
-oligonucleotide
-polinucleotide
Polinucleotidul ARN conţine:
β -Riboză şi A, G, C, U
Polinucleotidul ADN conţine:
β -Dezoxiriboză şi A, G, C, T
O

N
NH
O
5` N
G 5` GCA 3`
O
-
P O N NH2
O
-
O
3`
NH2
X
N
O C
N O
O P O CH2
O
-
O
3`
NH2
X
N
NH
O A

O P O CH2 N N
O
-
O
3`

3` OH X
Polaritatea catenei
5` O 3`

CH2 O

5` B1 B1 5`
3` 3`

P P

5` B2 B2 5`
3` 3`

P P

5` B3 B3 5`
3` 3` 3` 5`
O CH2

O
Conformaţia moleculei de ADN;
tipuri de conformaţii
• Structura secundară de dublu-helix a ADN a
fost propusă de Watson şi Crick
-analiza cromatografică a stabilit că în toate
tipurile de ADN numărul de baze purinice este
egal cu cel de baze pirimidinice (A+G=T+C);
-difracţia razelor X, efectuată pe cristale de
ADN, a demonstrat existenţa a două perioade
de identitate de-a lungul axei lungi a moleculei:
una mare de 34 Å şi una mică de 3,4 Å.
Două catene antiparalele (una cu polaritate 5’-3’
şi cealaltă antiparalelă cu polaritatea 3’-5’)
formează o dublă helice cu orientare dreaptă
O H
N O H N
H2 C
O
N G N H N C H
O N
H N O
N
H O
Dezoxiguanozinã H O

Dezoxicitidinã CH2
O
H
O
N N H
H2 C O
O
N A N H N
T
O H
N
H N O
O
O
Dezoxiadenozinã
H2C
Dezoxitimidinã
O
Caracteristici structurale ADN
forma B
• Două catene complementare NU identice,
formează o scară în spirală cu 10 trepte;
• Scheletul extern al dublului helix este
format din ciclurile monozaharidului legate
între ele prin resturi fosfat care la pH
fiziologic sunt ionizate şi încărcate negativ;
• Bazele azotate, sunt orientate spre
interior şi perpendicular pe axul helixului.
ADN forma B
• 3,4 Å;
• 34 Å;
• 20 Å
O H
N O H N
H2 C
O
N G N N
H C H
O N
H N O
N
H O
Dezoxiguanozinã H O

Dezoxicitidinã CH2
O
H
O
N N H
H2 C O
O
N A N H N
T
H
HO N
H N
O
O
H2 C
Dezoxitimidinã
Formele structurale A şi Z ale
ADN
• Conformaţia de tip A :
- dublă helice dreaptă;
-pasul helicei este de 28 Å;
- numărul de baze per tur 11;
-predomină conformerii anty.
• Conformaţia de tip Z:
-corespunde la o helice stângă;
-12 perechi de baze per tur;
-pasul helicei aproximativ 57 Å;
-într-o succesiune GC dezoxinucleotidul guaninei adoptă conformaţia syn
iar cel al citozinei pe cea anti, ceea ce face ca lanţul să evolueze în zig-zag
între cele două conformaţii.
• Există argumente (in vitro) că structura Z modifică interacţiunile ADN-
proteine, importante în replicare, transcriere, repararea leziunilor ADN.
Denaturarea ADN
• creşterea temperaturii;
• la valori extreme de pH (molecula de
ADN este stabilă la pH-uri cuprinse între 4
şi 10);
• modificarea tăriei ionice.
• prezenţa formaldehidei
• Topire = denaturare ADN determinată
de modificări de temperatură
Proprietăţi fizice ale ADN care se
modifică prin denaturare
• scade vîscozitatea;
• creşte absorbanţa la 260 nm.
Efectul hipercrom
• Prin denaturarea ADN-ului, creste
capacitatea de absorbtie a acestuia la
λ =260 nm.
Ruperea legăturilor de hidrogen şi a interacţiunilor van der
Waals dintre catenele moleculei ADN aflate în soluţie.

Renaturare ADN Denaturare ADN


Compoziţia ADN în baze azotate
influenţează temperatura de
topire
1.5
Hipercromicitate (λ=260)

1.4 100

Denaturare (%)
G:C A:T 75
1.3
A:T G:C
1.2 50

1.1 25

1.0 0
Tm
0 70 80 90 100
Renaturare
• Refacerea duplexului ADN prin legarea catenelor
complementare
• Renaturarea depinde de:
-temperatură;
-concentraţia catenelor complementare.
Renaturarea este proces folosit în tehnica hibridării
-determinarea poziţiei intronilor în molecula ADN
-evidenţierea deleţiilor cromozomiale.
Hidroliza acizilor nucleici
• Chimică sau Enzimatică
• ADN este rezistent la hidroliza bazică
• ARN este hidrolizat în mediu bazic
O O O
H2C H2C
H2C
3` 2` 3` 2` 3` 2`
5` B1 5` B1 5` B1
O - O
O 2-
O P O PO3 OH
O P O
- O + H2O
O
- +
O
OH
OH 2`
B2 3`
5` 5` 5` B2
B2
OH OH OH
Hidroliza enzimatică
• Nucleaze:
-exonucleaze
-endonucleaze
☺endonucleaze de restricţie (restrictaze)
▪evidenţiate la bacterii
▪recunosc secvenţe nucleotidice numite
palindroame
▪taie ADN dublu catenar nemetilat la resturile
de A sau C
Enzima Secvenţa recunoscută Sursa
BamH I GATCC-3` Bacillus amyloliquefaciens
H
BglII GATCT-3` Bacillus globigii
EcoR I ↓ AATTC-3` Escherichia coli RY13
5`-CAG
5`-GAT
5`-GTT
5`-G
5`-A
5`-T

EcoRV ATC-3` Escherichia coli B946


Hind III AGCTT-3` Haemophilus influenzae Rd

Hpa I AAC-3` Haemophilus


parainfluenzae
Pvu II CTG-3` Proteus vulgaris
Taq I CGA-3` Thermus aquaticus
5`---AAGCTT---3` 5`---TGGCCA---3` 5`---GAGCTC---3`
3`---TTCGAA---5` 3`---ACCGGT---5` 3`---CTCGAG---5`

Hind III Bal I Sst I

5`---A 5`
AGCTT---3` 5`---TGG CCA---3` 5`---GAGCT3` C---3`
3`---TTCGA 5` A ---5` 3`---ACC GGT---5` 3`---C 3`TCGAG ---5`
Formare ADN recombinant
ADN1 ADN2

5`---GAATTC---3` 5` GAATTC 3`
3`---CTTAAG---5`
3` CTTAAG 5`

EcoRI EcoRI

5`---G AATTC---3` 5` G AATTC 3`


3`---CTTAA G---5` 3` CTTAA G 5`

Renaturarea fragmentelor ADN si


sudarea lor de cãtre ADN-ligazã

5`---GAATTC 3` 5` GAATTC---3`
3`---CTTAAG 5` 3` CTTAAG---5`

Molecule de ADN recombinant


Separarea fragmentelor ADN rezultate
din acţiunea enzimelor de restricţie
• Electroforaza pe gel de poliacrilamidă
pentru fragmente <500 perechi de baze
• Electroforaza pe gel de agaroză pentru
fragmentele cu dimensiuni mai mari
• Hărţi de restricţie
Distribuţia şi dimensiunile ADN
• ADN are formă liniară sau circulară
• Moleculele ADN dintr-o celulă alcătuiesc
cromozomii acelei celule.
• Gene = fragmente cromozomiale care
conţin informaţia genetică cu privire la
sinteza unui singur lanţ polipeptidic sau a
unei singure molecule de ARN.
• Genom = totalitatea genelor din
cromozomii unei celule.
Dimensiunile ADN
• La procariote, o moleculă ADN circular = un
cromozom cu 106
4 xperechi de baze
-la E. coli ( 4,6 x 10)6 lungimea conturului ADN
cromozomial este de ~ 1,6 mm
-diametrul celulei de E. coli este de ~ 2 µ m
☻La om, cel mai scurt cromozom p.b.6
cel mai lung
34 x 10
263 x 10
Lungimea moleculelor ADN dintr-o singură celulă
6
umană este de ~ 2 m
Distribuţie ADN
• La procariote:
-ADN cromozomial
☺ Plasmide (ADN extracromozomial, circular)
-molecule mici care trec uşor prin membrana celulei gazdă
-conţin o cantitate redusă de informaţie genetică
-conţin gene care specifică proteine, ce conferă bacteriei rezistentă la
antibiotice
-sunt instrumente ideale de manipulare a genelor
-manifestând adesea autonomie faţă de ADN cromozomial, plasmidele se
autoreplică extrem de rapid.
La eucariote
• Cea mai mare cantitate de ADN se află în
nucleu.
-numărul cromozomilor depinde de specie
• In mitocondrii se află ADN circular de dimensiuni
mici (1% din ADN celular total)
• Genele sunt formate din exoni şi introni
(discontinuitatea genelor)
• După gradul de repetare:secvenţe unice de ADN
(60%), cu grad mediu de repetare, cu grad
foarte mare de repetare (centromere şi
telomere).
Structura superhelicoidală a ADN
• Suprarăsucirea moleculei ADN în jurul
axei proprii

Suprarãsuciri Suprarãsuciri
spre stânga spre dreapta
(superhelix (superhelix
negativ) pozitiv)

Helix circular normal


Desrãsucirea Legare
unei spire capete

ADN circular cu
suprarãsucire pozitivã
spre dreapta

ADN normal ADN partial desrãsucit


Axa de suprarãsucire

Axa de suprarãsucire
Topoizomerazele
• Topoizomeraza I, nu necesită ATP

Topoizomeraza I Topoizomeraza I Topoizomeraza I

Tyr
Tyr Tyr
5` O
5` O
OH P Enzima P
P P OH
OH 3`
Incizie si legare 3` Rotirea Disocierea
la enzimã capãtului 3` enzimei
Topoizomeraza II
• Necesită ATP şi face incizii în ambele
catene.

Etapa 1 Etapa 2 Etapa 3


ADN suprarãsucit
ADN giraza, o topoizomerază II
• prezentă numai la procariote,
• ADN giraza (topoizomeraza II) introduce în molecula
ADN supertorsiuni negative,, astfel încât supertorsiunile
pozitive generate de avansarea bifurcaţiei de replicare
sunt în mare măsură contracarate.
• Cantităţile de topoizomerază I şi II sunt reglate
pentru a menţine în celulele vii un grad potrivit de
superhelicitate negativă.
• Anumite antibiotice ca: acid nalidixic (negram) şi
derivaţii săi fluoruraţi (norfloxacin, ciprofloxacin),
suprimă creşterea şi dezvoltarea bacteriană prin
inhibarea ADN-girazei.
Cromozomii eucariotelor

• Cromatina (cromozomii interfazici):


-ADN; proteine; ARN
• Cromozomii sunt complexe ADN-proteine
rezultate prin condensarea cromatinei în
timpul mitozei
• Histonele = proteine bazice
interacţionează ionic cu ADN
Sunt 5 tipuri de histone
• Histone bogate în lizină: H 2 A şi H 2B
• Histone bogate în arginină: H 3 şi H 4
care intră în structura nucleozomului

• Histone de legătură H1 care leagă


nucleozomii între ei.
Nucleozomii = unitatea de bază a
cromatinei
• grad de compactare pentru ADN egal cu 7
• Cilindru: 11x11x5,5 nm

Miezul nucleozomului
ADN de (H2A, H2B, H3, H4)2
legãturã

ADN
Histona H1
Solenoizii asigură o scurtare de 40
de ori a formei B a ADN
Proteinã nuclearã Cromozom

Fibra de 30 nm

ADN Octamerul histonic


Histone + ADN

Histona H1 ADN
Caracteristicile structurale ale
ARN
• Structura primară: se leagă covalent ribonucleozidtrisfosfaţi
• Structura secundară
ARN este monocatenar cu porţiuni bicatenare
Buclã cu baze
neâmperechiate

Segment cu baze
complementare

• Conţinutul în A al ARN este diferit de cel în U şi cel de G diferit


de cel în C
Rolurile diferitelor tipuri de ARN

• ARNr -caracteristici structurale


-sunt molecule flexibile şi deformabile datorită zonelor
dublu catenare, întrerupte de zone monocatenare,.
-ARNr este extrem de heterogen ca formă şi mărime.
-în funcţie de coeficientul de sedimentare (S):
la procariote, se întâlnesc trei tipuri de ARNr (23S, 16S şi
5S)
la eucariote patru tipuri de ARNr (28S, 18S, 5,8S şi 5S).
-ARNr este tipul de ARN cel mai stabil metabolic şi
reprezintă aproximativ 80% din totalul de ARN celular.
Ribozomii
• ARNr intră în constituţia ribozomilor având rol de componentă catalitică
• Ribozomii = complexe ribonucleoproteice (ARNr + proteine)
-proteinele au roluri catalitice sau sunt implicate în recunoaşterea şi
legarea ARNm şi aminoacil~ARNt.
Rolul ribozomilor
• Ribozomii constituie sediul biosintezei proteinelor
• Ribozomii permit conlucrarea ARNm, ARNt şi ARNr, în vederea
desfăşurării procesului de sinteză a proteinelor.
• Pe suprafaţa fiecărui ribozom există trei situsuri şi anume:
-situsul aminoacid, care leagă ARNt purtător al unui aminoacid;
-situsul peptid, care leagă ARNt purtător al unui lanţ polipeptidic;
-situsul de eliminare de pe care este eliberat ARNt liber.

Ribozom 70 S
ARNt
• E. Coli conţine aproximativ 75 tipuri de ARNt reprezentând
aproximativ 15% din masa ARN celular total
• Caracteristicile structurale ale ARNt.
-ARNt, numit şi ARN solubil sau adaptor, conţine între
75 şi 90 ribonucleotide;
-raportul A+G/U+C din ARNt este apropiat de 1;
-ARNt nuclear, prezintă o conformaţie în “foaie de
trifoi
-ARNt are cel mai mare conţinut de baze minore.
După sinteza completă a moleculei ARNt, anumite baze
azotate pot fi modificate structural prin: metilări, tiolări,
hidrogenări, rezultând baze minore
a) 3` b) 5`
Situs de CCA Brat TΨ C 3`
legare aminoacid

5`

Perechi de baze
complementare Brat TΨ C
Bratul DHU
Bratul
DHU

Bratul variabil
Bucla Bratul anticodon
anticodon

Anticodon
O O O
H3C
NH NH HN NH

N O N O O
HO H2 C HO H2 C HO H2 C
O O O

OH OH OH OH OH OH
Dihidrouridinã Ribotimidinã Pseudouridinã
(DHU) (T) (Ψ)
S O

NH N
NH

N O N N
HO H2 C HO H2 C
O O

HO OH OH OH
4-Tiouridinã Inozinã
Funcţiile ARNt
• Legarea aminoacizilor specifici, activaţi, prezenţi în citosol, la restul
adenilic din secvenţa CCA şi transportul acestora, la ribozomi, sub forma
complexelor aminoacil~ARNt
• Adaptarea aminoacidului transportat în dreptul codonului de pe ARNm
prin recunoaşterea codon-anticodon, pe baza complementarităţii bazelor
3` A ~ aa1 3` A ~ aa2
C C
C C
5` 5`

Anticodon 3` C C G 5` Anticodon 3` A G U 5`
GGC UCA
ARNm
5` Codon 1 Codon 2 3`
ARNm
• Caracteristici structurale.
-ARNm: monocatenar, liniar, de lungime variabilă;
-este sintetizat prin transcrierea uneia dintre cele două catene ADN,
desemnată drept matriţă sau template.
-ARNm conţine informaţia în limbaj nucleotidic.
ADN 5` - G C A T T A T G C - 3`
3` - C G T A A T A C G - 5`

ARN 5` G C A U U A U G C 3`
-informaţia depozitată în ARNm sub forma tripletelor de nucleotide
numite codoni este decodificată la nivelul ribozomilor.
ARNm procariot
• este poligenic sau policistronic;

• între gena transcrisă, ARNm şi proteină există o


relaţie de colinearitate
ARNm eucariot
• este monogenic;
• nu este relaţie de colinearitate: genă-ARNm-polipeptid, ca la
procariote;

• gena pentru sinteza ARNm cuprinde secvenţe codificatoare numite


exoni (expressed regions) separate prin secvenţe necodificatoare
numite introni (intervening sequences);

• ARNm matur care trec în citoplasmă este prelucrat prin excizia


intronilor;

• ARNm eucariot are o viaţă de ordinul orelor, în timp ce ARNm


bacterian are o viaţă foarte scurtă (2-3 minute)
ARN nuclear de mici dimensiuni
(small nuclear RNA)
• sunt mai multe specii moleculare (U1, U2, U4, U5, U6)
bogate în uridină.
• se află în nucleu, citosol şi mitocondrie
• prin asociere cu proteine, generează ribonucleoproteine
(small nuclear ribonucleoproteins) sau snRNP
( denumite “snurps”), cu rol în:
-excizia intronilor din ARNm transcript primar;
-controlul traducerii.
Aminoacizi şi proteine
• Rolul aa
-intră în structura proteinelor
-sunt sursă primară de azot pentru ţesuturi
-din aa se obţin:
purine, pirimidine
hem
hormoni
neurotransmiţători
peptide biologic active
Structura aa
• Sunt 20 aa naturali, proteinogeni, specificaţi prin
codul genetic
• Formula generală:
R CH COOH

NH2
-în structura proteinelor sunt L-α -aminoacizi
Aminoacizi alifatici
-
H CH COO
• Glicina Gly (G) Nepolar +
NH3
-
H3C CH COO
• Alanina Ala (A) Nepolar
+
NH3
-
H3C CH CH COO
• Valina Val (V) Nepolar +
CH3 NH3

-
• Leucina Leu (L) Nepolar H 3 C CH CH2 CH COO
+
CH3 NH3
-
• Izoleucina Ile (I) Nepolar H 3 C CH2 CH CH COO
+
CH3 NH3
Aminoacizi aromatici
• Fenilalanina Phe (F) CH2 CH COO
-

Nepolar NH3
+

• Tirozina Tyr (Y)


-
HO CH2 CH COO
Polar neincarcat0 +
NH3

• TriptofanTrp (W) -
CH2 CH COO
• Nepolar NH3
+
N
H
Aminoacizi cu grupări hidroxil
• Serina Ser (S) HO CH2 CH COO
-

Polar neâncarcat NH3


+

• Treonina Thr (T) H3C CH CH COO


-

Polar neâncărcat OH NH3


+
Aminoacizii dicarboxilici
• Aspartat (Acid aspartic) Asp (D)
Polar încărcat negativ - -
O OC CH2 CH COO
+
NH3

Glutamat (Acid glutamic)Glu (E)Polar


încărcat negativ
- -
O OC CH2 CH2 CH COO
+
NH3
Amidele aminoacizilor
dicarboxilici
• Asparagina Asn (N) Polar neâncărcat
-
H2N C CH2 CH COO
+
O NH3

• Glutamina Gln (Q) Polar neâncărcat

-
H2N C CH2 CH2 CH COO
+
O NH3
Aminoacizi bazici
• Lizina Lys (K) Polar încărcat pozitiv
-
H2 C CH 2 CH 2 CH 2 CH COO
+ +
NH3 NH3

• Arginina Arg (R) Polar încărcat pozitiv


-
H2N CH2 NH (CH2 )3 CH COO
+ +
NH2 NH3

• Histidina His (H) Polar încărcat pozitiv


+ -
HN CH2 CH COO
+
NH3
N
H
Aminoacizi conţinând sulf
• Cisteina Cys (C) Polar neâncărcat
-
HS CH2 CH COO
+
NH3

• Metionina Met (M) Nepolar

-
S CH2 CH2 CH COO
+
CH3 NH3
Iminoacizi
• Prolina Pro (P) Nepolar
-
COO
+
H2N CH
H2C CH2
CH2
Aminoacizii esenţiali
• valina
• leucina
• Izoleucina
• lizina
• metionina
• treonina
• fenilalanina
• triptofanul şi histidina
Activitatea optică a aminoacizilor
• Cu excepţia glicinei toţi aminoacizii
naturali sunt optic activi α -
R CH COO
+
NH3
• Treonina şi izoleucina au un carbon
asimetric adiţional,
-
atomul Cβ-
.
COO COO
+ +
H C NH3 H3N C H
R R
D-aminoacid L-aminoacid
Ionizarea aminoacizilor în soluţie
apoasă
• În funcţie de pH-ul mediului aa pot avea: sarcină +, - sau zero.
- H+ -
COOH COO
+ H+
acid baza conjugatã
+ H+ +
NH2 NH3
- H+
bazã acidul conjugat

 La pH=7,4 sânge şi 7,1 mediu intracelular

-
R CH COOH R CH COO
+
NH2 NH3
Amfiion (ion bipolar)
Aminoacid pK1 pK2 pKR PI
1. Glicocol 2,34 9,60 5,97
2. Alanina 2,35 9,69 6,02
3. Valina 2,32 9,62 5,97
4. Leucina 2,36 9,60 5,98
5. Izoleucina 2,36 9,68 6,02
6. Fenilalanina 1,83 9,13 5,98
7. Prolina 1,99 10,60 6,10
8. Triptofan 2,38 9,38 5,88
9. Serina 2,21 9,15 5,68
10.Treonina 2,63 10,43 6,53
11.Tirozina 2,20 9,11 10,07 5,65
12.Cisteina 1,71 10,78 8,33 5,02
13.Metionina 2,28 9,21 5,75
14.Asparagina 2,02 8,80 5,41
15.Glutamina 2,17 9,13 5,65
16.Acid aspartic 2,09 9,82 3,86 2,97
17.Acid glutamic 2,19 9,67 4,25 3,22
18.Histidina 1,82 9,17 6,00 7,58
19.Lizina 2,18 8,95 10,53 9,74
20.Arginina 2,17 9,04 12,48 10,76
pH izoelectric
• pI = pH la care încărcarea electrică a aa
este zero (sarcina + este egală cu sarcina
-) şi aa nu migrează în câmp electric.
• La pI solubilitatea aa este minimă
• pKa = - log Ka
-COOH din α are pKa ~ 2
-COOH din radical are pKa ~ 4
+
− NH 3 din radical are pKa ~ 9
Calculul pI
• Se face semisuma valorilor pKa ale grupărilor care
generează amfiionul fără sarcină netă:
☺aa monoamino-monocarboxilici
+ + - -
H3N CH COOH H3N CH COO H2N CH COO

R R R

Pentru Ala pI:

pK1 + pK 2 2,35 + 9,69


pI = = = 6,02
2 2
aa monoamino dicarboxilici

- - -
COOH COO COO COO
+
- H+ + - H+ - H+
HC NH3 HC NH3 HC NH3 + HC NH2
CH2 CH2 CH2 CH2
CH2 CH2 CH2 CH2
- -
COOH COOH COO COO

pK1 + pK R 2,19 + 4,25


pI = = = 3,22
2 2
aa diaminomonocarboxilici
• Lizina
- - -
COOH COO COO COO
+ - H+ + - H+ - H+
HC NH3 HC NH3 HC NH2 HC NH2
(CH2 )3 (CH2 )3 (CH2 )3 (CH2 )3
+
H2 C NH3 + H2 C NH3 H2 C NH3 + H2 C NH2

• pI se calculează astfel:

pK 2 + pK R 8,95 + 10,53
pI = = = 9,74
2 2
Arginina are caracter bazic prin gruparea guanidinică:
+
NH NH2
+ H+
R NH C NH2 R NH C NH2
- H+
ion guanidinium

• Histidina prezintă caracter bazic determinat de nucleul heterociclic al


imidazolului:

+
N + H+ HN
- H+
N N
• Bazicitatea acestei grupări este mai redusă (pK=6,00) şi pI este situat la
H H
valori apropiate de pH-ul fiziologic.
La pH fiziologic

• resturile aspartil şi glutamil au sarcina


net negativă

• resturile lizil, histidil şi arginil au


sarcina pozitivă.
Aminoacizi derivaţi
- -
COO H2 C CH CH2 CH2 CH COO
+
H 2N CH H3 N
+
OH +
NH3
H2 C CH2 5-hidroxi lizinã
CH
OH
4-hidroxi prolinã - -
-
O OC CH CH2 CH COO
CH2 CH2 CH2 CH COO - +
+
COO NH3
+
H3 N NH3
Ornitinã Acid γ−carboxi glutamic
AA şi Proteine
• Proprietăţile aa date de radicalii R;
• Peptide
• Clasificarea proteinelor
• Structura proteinelor
Proprietăţile aa

• Legăturile necovalente dintre radicalii R:


-legăturile de hidrogen sunt interacţii electrostatice între atomii de
hidrogen legaţi covalent la un atom puternic electronegativ (O sau
N) şi electronii neparticipanţi ai unui atom electronegativ dintr-o
moleculă vecină.

Xδ− Η δ+ −δ
Υ
donor de hidrogen Acceptor de hidrogen

O H O H O H O C

N H O C N H N
Interacţiuni electrostatice
• asociaţii între perechi de ioni, legături
saline (ex. între un rest de Arg şi Glu);
• interacţiuni între o grupare cu sarcină şi o
grupare polară fără sarcină;
• interacţiuni între grupări polare fără
sarcină.
• Interacţiunile hidrofobe
grupările nepolare se asociază reducându-se la
minimum contactul lor cu apa

• Radicalii aminoacizilor pot fi polari sau nepolari.


Peptide.
• Legătura peptidică
Legãtura peptidicã
O
+ -
H3N CH2 C N CH2 COO
H
Glicil-glicinã

• legătura peptidică are caracter parţial de dublă


legătură

C N

H
ϕ
H ψ
H
N Cα

C Radicalii aminoacizilor

Planul legãturii amidice


O
Prin condensarea aminoacizilor se formează
peptide şi proteine
• Dipeptide (simple sau mixte)
• Trei aa formează 6 tripeptide
• Polipeptide

Capãtul N-terminal Capãtul C-terminal

+ -
H3N CH CO NH CH CO NH CH CO HN CH CO NH CH CO NH CH COO

R1 R2 R3 R4 R5 R6

• Peptidele încep cu capătul N-terminal.


• Peptidele sunt derivaţi acilaţi ai restului aminoacidic C-
terminal.
Glutationul ( g-glutamil-cisteinil-
glicină)
α β γ
HOOC CH CH2 CH2 CO NH CH CO NH CH2 COOH

NH2 CH2
SH

Acţionează ca agent redox:

- 2 H+
2 G SH G S S G
forma redusã + 2 H+
forma oxidatã
• Glutationul este agent reducător intracelular contribuind la
menţinerea grupărilor –SH din centrul activ al enzimelor în forma lor
redusă:
Enz-S-S-R + G-SH  Enz-SH + G-S-S-R

• descompune H 2O 2 şi peroxizii de natură lipidică (L-OOH) protejând


astfel membranele celulare de acţiunea oxidantă a acestora:
L-OOH + 2G-SH  L-OH + HOH + G-S-S-G

• Intervine în transformarea metHb în Hb:


Met Hb (Fe3+) + 2G-SH  Hb (Fe2+) + G-S-S-G + 2H+
• Inactivează insulina prin desfacerea legăturilor de sulf din
molecula acesteia;

• Participă la neutralizarea xenobioticelor:


R + G-SH  R-S-G unde
R=xenobiotic (anumite medicamente şi carcinogene).

• Transportă aminoacizii de-a lungul membranelor, din spaţiul


extracelular în citosol.

• Glutationul este un indicator sensibil al funcţionalităţii celulelor


Rolul peptidelor
• roluri reglatoare în procesele de memorie, durere, somn la nivelul
creierului
• Din proopiomelanocortină (POMC), polipeptid cu ~ 250 resturi
aminoacidice sintetizat în lobul anterior al hipofizei (în celulele
corticotrope) se formează α , β , γ - endorfine şi Met-encefalină.

• Endorfinele sunt neuropeptide cu acţiuni asemănătoare cu ale


morfinei, principiu activ extras din opiu, compus cu acţiune
analgezică şi euforică

• Primele opioide descoperite au fost cele două pentapeptide numite


encefaline
+ -
H3N Thr Gly Gly Phe Met COO
+ -
H3N Thr Gly Gly Phe Leu COO
Encefalinele
• Endorfinele se leagă la terminaţiile nervoase din creier care transmit
semnalele durerii, şi blochează activitatea neuronală, alinând
durerea.
• Morfina ca şi alte opiacee nu sunt peptide. Structura lor este însă
similară cu a altor opioide care se leagă de terminaţiile nervoase din
creier.

OR
R=H R`=H morfinã
H3C N
R=H R`=-CH3 codeinã
O
R=Acetil R`=Acetil heroinã

OR`
Peptidele au rol hormonal
• bradikinina este agent hipotensiv
• angiotensina II care stimulează secreţia de
aldosteron este agent hipertensiv.
• Vasopresina produsă de neurohipofiză este
antidiuretic.
• Somatostatina sintetizată atât în hipotalamus
cât şi în pancreas reglează eliberarea
glucagonului ca şi a altor hormoni.
• Glucagonul este hormon produs de pancreas
cu rol în reglarea glicemiei.
Importanţa comercială a peptidelor
• aspartamul (L-aspartil L-fenilalanil-1-metil ester) este un
îndulcitor artificial de 160 de ori mai dulce ca zaharoza
• Indivizii care nu pot metaboliza fenilalanina au
intoleranţă la acest îndulcitor.

-
COO
CH2 CH2
+
H3 N CH CO NH CH CO OCH3
L-aspartil-L-fenilalanin-1-metil ester