Studiile de filogeografie urmresc identificarea acelor procese istorice care au influenat cel

mai mult distribuia actual a speciilor i liniilor genetice. Prin urmare filogeografia cuprinde
aspecte ale timpului (relaii evolutive) i spaiului (distribuia geografic).
Secvenele mitocondriale au fost considerate ca markeri n studiile de filogeografie dei
markerii nucleari sau cloroplastidiali care furnizeaz secvene de ADN sau frecvene ale alelelor
sunt din ce n ce mai des utilizate.
Ceasurile moleculare pot fi utilizate pentru estimarea timpului care sa scurs de cnd
populaiile sau speciile au devenit divergente, dei interpretrile trebuie realizate cu precauie
dac nu sunt calibrate specific pentru anumite grupe taxonomice i regiuni genetice care sunt
studiate.

Analizele filogenetice obinuite, bazate pe distane, parsimonie sau metode ale probabilitii
maxime sunt adesea utilizate n studii filogeografice, cu toate c arborii rezultai pots nu fie
adecvai pentru reconstrucia relaiilor evolutive ale liniilor care au devenit divergente recent.