1.

INTRODUCERE

Progresele în domeniul genomicii au permis cercetătorilor să abordeze aspecte complexe la nivel 
de  sistem.  Noile  tehnologii  în  genomică  au  oferit  de  asemeni  oportunitatea  de  a  găsi  un 
răspuns  la  întrebările dificile din biologie și medicină.  

În  ultimii  20  de  ani,  biologia  moleculară  a  revoluționat  cercetarea  ecologică.  În  această 
perioadă,  metodele  de  caracterizare  genetică  a  indivizilor,  populațiilor  și  speciilor  au  devenit 
aproape  o  rutină,  furnizând  numeroase  informații  noi  despre  ecologia  și  evoluția  plantelor, 
animalelor,  fungilor,  algelor  și  bacteriilor.  Markerii  moleculari  permit,  printre  altele, 
cuantificarea  diversității  genetice,  monitorizarea  deplasării  indivizilor,  aprecierea  gradului  de 
consangvinizare,  identificarea  rămășițelor  indivizilor,  caracterizarea  unor  noi  specii  și  retrasarea 
modelului  istoric  de  dispersie.  Aceste  aplicații  au  o  importantă valoare  academică și  sunt  frecvent 
utilizate  în  elucidarea  unor  aspecte  de  ecologie  practică,  de  exemplu,  care  din  populațiile 
periclitate  sunt  mai  expuse  riscului  consangvinizării,  sau  stabilirea  gradului  de  hibridizare  intre 
culturile  modificate  genetic  și rudele  lor  sălbatice. Obținerea informațiilor de genetică  moleculară 
devine  din  ce  în  ce  mai  facilă  și  mai  eficientă  din  punct  de  vedere  al  costurilor  permițând 
laboratoarelor  din  întreaga  lume    să  determine de exemplu sursa geografică a speciilor invazive, 
pe  baza  unui  număr  mic  de  probe,  sau  monitorizarea  populațiilor  rare,  ca  jaguarii  sau  urșii,  cu 
ajutorul probelor de păr sau fecale. 
În  cursurile  următore  vom  studia  în  detaliu  multiplele  aplicații  ale  ecologiei  moleculare,  dar 
înainte  de  a  ajunge  la  această  etapă  trebuie  să  înțelegem  de  ce  markerii  moleculari  constituie  o 
sursă  de informații atât de importantă. Cel  mai simplu răspuns la această  întrebare este acela că 
markerii  moleculari  generează  date  pe  baza  moleculelor  de  acid  deoxiribonucleic  (ADN)  de 
o  variabilitate  infinită,  găsite  în  majoritatea  organismelor  vii.  Nivelele  extrem  de  ridicate  de 
variabilitate  genetică    ce  caracterizează  majoritatea  speciilor,  împreună  cu  o  parte  din  metodele 
care  permit  descifrarea  informațiilor  stocate  la  nivelul  moleculei  de  ADN,  fac  obiectul 
acestei  prime  lecții.  Vom  începe  cu  o  privire  retrospectivă  asupra  modului  în  care 
caracterizarea proteinelor populațiilor de Drosophila a schimbat modul de înțelegere al ecologiei și 
evoluției.      

1.1. Dezvoltarea ecologiei moleculare 

Ecologia este o ramură a biologiei implicată în esență în studiul modului în care organismele 
interacționează  între  ele  și  cu  mediul  lor.    În  trecut,  aceste  interacțiuni  erau  studiate  prin 
intermediul observațiilor pe teren și cu ajutorul manipulărilor experimentale. Acestea furnizau 
date  fenotipice  bazate  pe  unul  sau  mai  multe  aspecte  de  morfologie,  fiziologie,  biochimie  sau 
comportament ale unui organism. Aceste studii de ecologie clasică au contribuit la o îmbogățire 
a cunoștințelor asupra multor specii și au adus contribuții însemnate la înțelegerea proceselor 
implicate în stabilitatea ecosistemelor. 
În  același  timp,  folosite  separat,  informațiile  fenotipice  au  anumite  limitări.  Am  putea 
suspecta  de  exemplu  că  o  populație  de  fluturi  suferă  o  diversitate  genetică  redusă  ce  poate 
duce  la  o  susceptibilitate  crescută  la  dăunătorii  sau  patogeni.  Dacă  dispunem  doar  de  date 

1 
fenotipice  putem  încerca  să  deducem  diversitatea  genetică  prin  intermediul  unor  caractere 
morfologice variabile cum ar fi forma aripii, adică populațiile diferite morfologic vor fi și diferite 
genetic.  Putem  de  asemeni  utiliza  ceea  ce  presupune  a  fi  un  model  al  aripii,  cu  specificitate 
populațională, pentru a urmări deplasările indivizilor care pot fi importante, deoarece imigranții 
pot aduce noi gene ca urmare putând crește diversitatea genetică a populației. Aceste aspecte, 
pot constitui o potențială problemă când sunt utilizate date fenotipice în identificarea variațiilor 
genetice  ale  populațiilor  și  originii  indivizilor:  deși  unele  caractere  morfologice  se  află  sub  un 
control  genetic  strict,  influența  condițiilor  de  mediu  presupune  că  nu  există  o  relație  cauză  – 
efect între genotipul unui organism (set de gene) și fenotipul său. De exemplu modelul aripii la 
fluturii  africani  din  genul  Bicyclus  va  varia  în  funcție  de  cantitatea  precipitațiilor  din  perioada 
dezvoltării  larvare;  ca  rezultat  același  genotip  poate  determina  atât  apariția  formelor 
caracteristice  sezonului  umed  cât  și  a  formelor  caracteristice  sezonului  uscat  (Roskam  și 
Brakefield, 1999).   
Potențialul  dezvoltării  mai  multor  fenotipuri  alternative  din  același  genotip  în  diferite 
condiții  de  mediu  poartă  numele  de  plasticitate  fenotipică.  Un  exemplu  spectaculos  de 
plasticitate fenotipică este dat de omida stejarului Nemoria arizonaria care trăiește in sud‐vestul 
SUA  și  se  hrănește  pe  câteva  specii  de  stejar  din  genul  Quercus.  Morfologia  omizilor  variază  în 
funcție de organul vegetativ cu care se hrănesc. Omizile care se hrănesc cu inflorescențe se 
camuflează  prin  imitarea  acestora,  în  timp  ce  omizile  care  se  hrănesc  cu  frunze  vor  avea 
aspect  de  rămurele.  Experimentele  au  arătat  că  dieta  este  singurul  factor  care  declanșează 
modificarea  morfologică  (Greene,  1996).  Diferența  morfologică  între  imitarea  ramurilor  și  a 
inflorescențelor  este  atât  de  accentuată  încât  mulți  ani  s‐au  considerat  a  fi  două  specii 
diferite. 
Există  de  asemeni  și  o  componentă  comportamentală  a  acestor  fenotipuri,  deoarece  dacă 
sunt  plasate într‐o  anumită  parte  a  copacului  pe  care  nu  o  frecventează  în  mod  uzual  cele  care 
mimează  inflorescențele  vor  căuta  inflorescențe,  iar  cele  care  mimează  rămurelele  for  căuta 
frunze sau crenguțe. 
 Plasticitatea fenotipică poate conduce la o supraestimare a variațiilor genetice când acestea 
se bazează doar pe variații morfologice. Mai mult, plasticitatea fenotipică poate masca deplasarea 
indivizilor  și  a  genelor  acestora  între  populații  dacă  induce  o  mai  mare  asemănare  a  urmașilor 
imigranților cu indivizi din populația lor natală decât cu părinții. 
Interacțiunile complexe între genotip, fenotip și mediu au constituit motivul pentru care 
biologii au căutat îndelung o cale fiabilă de genotipare a organismelor; informațiile genetice 
permit  o  cuantificare  directă  a  variației  genetice  și  o  urmărire  a  deplasării  genelor  între 
populații. Prima realizare în acest sens datează de acum 40 de ani, când cercetătorii au descoperit 
cum  să  cuantifice  variabilitatea  genetică  individuală  prin  identificarea  diferențelor  structurale  la 
nivelul  proteinelor  (Harris,  1966;  Lewontin  și  Hubby,  1966).  Această  descoperire  este  privită  de 
numeroși cercetători ca un punct de pornire pentru știința numită ecogenomică.  

1.2. Alozime 

În  anii  1960  o  metodă  cunoscută  ca  electroforeză  în  gel  de  amidon  a  alozimelor  a  fost  o 
realizare extrem de importantă care a permis cercetătorilor să obțină informații directe asupra 
unor proprietăți genetice ale indivizilor, populațiilor, speciilor și taxonilor superiori. Deocamdată 
nu  discutăm  despre  markeri  ADN  ci  despre  proteine  care  sunt  codificate  de  ADN.  Această 

2 
distincție este foarte importantă și pentru a elimina orice confuzie vom prezenta relațiile dintre 
ADN, gene și proteine. 
Procariotele,  lipsite  de  nuclei,  au  propriul  ADN  sub  forma  unei  bucle  bicatenare  situată  în 
citoplasma  celulară.  Majoritatea  speciilor  de  ADN  din  celulele  eucariote,  pe  de  altă  parte,  sunt 
organizate în cromosomi situați în nucleul fiecărei celule; acești constituenți ai genomului nuclear 
(de  asemeni  notați  ca  ADN  nuclear  sau  ADNnr).  Fiecare  cromosom  este  alcătuit  dintr‐o  singură 
moleculă de ADN care la rândul său este divizată funcțional în unități numite gene. Locul pe care 
fiecare genă îl ocupă pe un anumit cromosom se numește locus (plural loci). În fiecare locus pot 
exista diferite forme ale aceleiași gene, structuri care poartă numele de alele. 
 Fiecare  alelă  este  alcătuită  dintr‐o  secvență  specifică  de  ADN.  Secvențele  de  ADN  sunt 
determinate  de  aranjarea  a  4  nucleotide,  fiecare  având  o  constituție  chimică  diferită,  cunoscută 
sub  numele  de  bază  azotată.  Cele  4  baze  azotate  sunt:  adenina  (A),  timina  (T),  guanina  (G);  și 
citozina  (C),  toate  acestea  fiind  legate  împreună  printr‐un  schelet  glucofosforic,  care  formează  o 
catenă  de  ADN.  În  stare  nativă  macromolecula  de  ADN  este  aranjată  sub  forma  a  două  catene 
complementare  menținute  împreună  sub  forma  unui  dublu  helix  cu  ajutorul  legăturilor  de 
hidrogen  (Figurile  1.1  și  1.2).    Nu  există  două  alele  care  să  aibă  aceeași  secvență  ADN,  deși 
similaritatea între două alele din același locus poate fi foarte mare. 

Figura 1.1 Dublu helix de ADN. Nucleotidele sunt unite în cadrul aceleiași secvențe prin legături gluco fosforice iar 
nucleotidele complementare sunt unite prin punți de hidrogen;  3’ și 5’ se referă la orientarea catenelor de ADN: 
un capăt al secvenței are o grupare liberă fosfat 5’, iar celălalt capăt o grupare liberă hidroxil 3’.  

3 
 Figura 1.2 Denaturarea ADN (de la dublu‐catenar la mono‐catenar) cu indicarea celor două secvențe 
complementare. Denaturarea ADN are loc ca urmare a acțiunii unor temperaturi ridicate sau a anumitor substanțe 
chimice  

Rolul  multor  gene  este  acela  de  a  codifica  anumite  proteine,  iar  procesul  prin  care  informația 
genetică este transferată de la ADN în proteine poartă numele de expresie genică. Secvența unei 
gene codificatoare de proteine va determina structura proteinei sintetizate. Primul pas al sintezei 
proteinelor  are  loc  arunci  când  regiunea  codificatoare  a  ADN  este  transcrisă  în  acid  ribonucleic 
(ARN)  printr‐un  proces  numit  transcripție.  Secvențele  ARN,  care  sunt  monocatenare,  sunt 
complementare  secvențelor  ADN  și    au  aceleași  baze  azotate,  cu  excepția  uracilului  (U),  care 
înlocuiește timina (T). După transcripție, intronii (secvențe necodificatoare de ADN) sunt excizați 
iar secvențele ARN sunt translatate în secvențe proteice pe baza unui proces numit translație.    
Translația este posibilă deoarece fiecare moleculă de ARN  poate fi divizată în triplete de baze 
azotate  (codoni),  majoritatea  acestora  fiind  implicate  în  codificarea  unuia  din  cei  20  de 
aminoacizi, constituenți ai proteinelor (Tabel 1.1). Transcripția și translația implică trei tipuri 
de ARN: ARN ribozomal (ARNr), ARN mesager (ARNm) și ARN de transfer (ARNt). ARN ribozomal este o 
componentă  majoră  a  ribozomilor,  organitele  la  nivelul  cărora  codonii  ARNm  sunt  translatați  în 
proteine  (la  acest  nivel  are  loc  sinteza  proteinelor).  Moleculele  ARN  mesager  servesc  ca  template 
pentru sinteza proteinelor, prin dirijarea informației codificatoare a acestora, de la o anumită secvență  
de  ADN,  alături  de  molecule  de  ARNt  care  încorporează  amino  acizi  specifici  în  proteina  aflată  în 
formare, prin potrivirea aminoacizilor cu codonii din ARNm (Figura 1.3). 

4 
 Tabel 1.1 Codul genetic nuclear la eucariote (secvențe ARN): un total de 61 codoni codifică 20 aminoacizi, 
iar alți trei codoni stop (UAA, UAG, UGA) indică finalul translației. Acest cod genetic este aproape universal, deși 
variații minore există în cazul anumitor microorganisme și în ADN mitocondrial la animale și fungi  

AUG 
codifică Metionină când se află în cadrul genei și startul translației când se află la începutul genei.

 
ADN

Transcripție

ARNr  ARNm  ARNt 

(ribosomal) (mesager) (transfer)

Ribozomi

Translație

PROTEINĂ

Figura 1.3 ADN codifică ARN pe calea transcripției și ARN codifică proteinele prin intermediul translației  

5 
 1.3. O sursă nelimitată de informații 

Chiar  și  organismele  foarte  mici  au  genomuri  extrem  de  complexe.  Drojdia  unicelulară 
Saccharomyces  cerevisiae,  în  ciuda  dimensiunii  extrem  de  reduse  (sunt  necesare  4  miliarde  de  celule 
pentru a umple o linguriță), are o dimensiune a genomului de aproximativ 12 megabaze (Mb); 1 Mb = 1 
milion de perechi de baze) (Goffeau et al., 1996). Genomul viermelui nematod Caenorhabditis elegans, 
cu  o  dimensiune  considerabil  mai  mare  ‐    1  mm  lungime,  este  de  aproape  97  Mb  (Caenorhabditis 
elegans  Sequencing  Consortium,  1998),  iar  cel  al  plantei  Arabidopsis  thaliana  de  aproximativ  157  Mb 
(Arabidopsis  Genome  Initiative,  2000),  în  timp  ce    pentru  șoarecele  Mus  musculus  dimensiunea 
genomului de 2600 Mb (Waterston et al., 2002), se apropie de cea a genomului uman  de circa 3200 Mb 
(International Human Genome Mapping Consortium, 2001). În cadrul fiecărui genom există o diversitate 
colosală  a  ADN.  Această  diversitate  poate  fi  atribuită  în  parte  unui  număr  foarte  mare  de  produși 
funcționali, care sunt codificați de diferite gene. Mai mult, nu întreg ADN codifică un produs funcțional; 
de  fapt  Consorțiul  Internațional  pentru  Secvențierea  Genomului  Uman  a  sugerat  că  genomul  uman 
conține doar 20.000 – 25.000 de gene, ceea ce nu diferă foarte mult de cele 19.500 găsite în organismul 
mult  mai  mic  C.  elegans  (International  Human  Genome  Sequencing  Consortium,  2004).  ADN 
necodificator include intronii (secvențe intercalate) și pseudogenele (derivate din gene funcționale care 
au suferit mutații implicate în blocarea transcripției).  
Numeroase secvențe de nucleotide pot fi repetate în cadrul genomului de câteva ori până la câteva 
milioane de ori. Secvențe scurte înalt repetitive includ minisateliții (secvențe repetitive succesive de 10 – 
100pb) și microsateliții (secvențe repetitive de 1 – 6pb). O altă grupă de regiuni genice repetitive care 
este  utilizată  uneori  în  ecologia  moleculară  este  reprezentată  de  ADN  mediu  repetitiv.  Acestea  sunt 
secvențe de sute sau mii de perechi de baze care pot să apară oriunde în genom de câteva ori până la 
câteva  sute  de  ori.  Un  astfel  de  exemplu  se  referă  la  regiunea  complexă  care  codifică  ADN  nuclear 
ribosomal.  Contrar,  copii  unice  de  ADN  nuclear  (ADNscn)  apar  doar  o  singură  dată  în  genom    și 
majoritatea  genelor  transcrise  sunt  localizate  la  nivelul  ADNscn.  Numărul  secvențelor  ADNscn  variază 
foarte mult între specii; astfel, cuprind aproximativ 95% din genom la Chironomus tentans și doar 12% 
din genom la  Necturus maculosus (John și Miklos, 1988). 
Deși  structura  și  rolul  genelor  variază  între  specii,  acestea  sunt  de  obicei  conservative  la  membrii 
aceleiași  specii.  Aceasta  nu  presupune  neapărat  că  toți  membrii  aceleiași  specii  sunt  identici  genetic. 
Variații  în  secvențele  codificatoare  și  necodificatoare  ale  ADN  sugerează  că  nu  există  doi  indivizi  cu 
aceeași  structură  a  genomului,  excepție  făcând  clonele.    Aceasta  deoarece  macromolecula  de  ADN 
suferă  modificări  în  timpul  succesiunii  de  evenimente  care  au  loc  pe  parcursul  replicării,  inclusiv 
recombinările,  duplicațiile  și  mutațiile.  Aceste  aspecte  merită  o  examinare  detaliată  deoarece  nu  vom 
putea înțelege diversitatea genetică fără să cunoaștem mecanismele care generează variabilitatea ADN.  

1.4 Mutații și recombinări 

Variabilitatea genetică are la bază două procese: mutația și recombinarea. Cele mai multe mutații 
apar în timpul replicării ADN, când secvența unei molecule ADN este folosită ca template pentru crearea 
unei noi secvențe ADN sau ARN. Fără replicare nu ar putea avea loc nici procesul de reproducere nici cel 
de expresie genică, astfel încât importanța sa nu poate fi exagerată. În timpul replicării are loc ruperea 
legăturilor de hidrogen care unesc cele două catene ale duplexului ADN parental, rezultând două catene 
separate  care  vor  folosi  ca  template  pentru  sinteza  de  noi  catene  ADN.  Mecanismul  replicării  este 
complicat de faptul că sinteza unei noi catene poate avea loc doar în direcția 5’ – 3’ (Figura 1.4). Pentru 

6 
sinteza noii catene este necesară o enzimă numită ADN polimerază, care adaugă câte o nucleotidă de‐a 
lungul  catenei  template,  în  ordinea  necesară  pentru  obținerea  unei  catene  complemetare,  în  care 
guanina va avea ca pereche citozina iar adenina va avea ca pereche timina (sau uracilul în cazul ARN). 
Nucleotide succesive sunt adăugate până când procesul este complet. 

Figura 1.4 Pe parcursul replicării ADN, nucleotidele sunt adăugate una câte una catenei care crește în direcția  5’ 
către 3’. În cazul eucariotelor, replicarea este bidirecțională și poate fi inițiată în mai multe situs‐uri de către un 
primer primer (un scurt fragment ADN).  Duplexul ADN (segmentul dublu‐catenar) a fost înlocuit de două duplexuri 
fiice nou sintetizate. 

Erorile  în  replicarea  ADN  pot  conduce  la  substituții  nucleotidice,  când  o  anumită  nucleotidă  este 
înlocuită  de  o  alta.  Aceste  substituții  pot  fi  de  două  tipuri:  tranziții,  care  implică  fie  schimbări  între  
purine  (A  sau  G)  fie  între  pirimidine  (C  sau  T),  sau  transversii,  în  care  o  purină  este  înlocuită  de  o 
pirimidină sau invers. În general, tranzițiile sunt mult mai frecvente decât transversiile. În cazul în care o 
anumită  substituție  nu  modifică  aminoacidul  codificat,  vorbim  despre  o  mutație  sinonimă;  cu  alte 
cuvinte, secvența ADN a fost modificată dar produsul codificat rămâne același. Substituțiile nesinonime 
apar atunci când substituția unei nucleotide duce la formarea unui codon care va codifica un aminoacid 
diferit;  în  acest  caz,  funcția  respectivului  fragment  ADN  ar  putea  fi  alterată.  Deși  modificarea  unei 
singure  nucleotide  o  nu  se  manifestă  întotdeauna  la  nivel  fenotipic,  poate  uneori  induce  modificări 
semnificative.  Siclemia  umană  (anemia  cu  celule  în  formă  de  seceră)  este  rezultatul  înlocuirii  unei 
singure  perechi  de  nucleotide  care  determină  înlocuirea  acidului  glutamic  cu  valina,  mutație  care  este 
letală la indivizii homozigoți. 
Erorile în replicarea ADN includ deasemeni inserții de nucleotide sau deleții, care au loc atunci când 
una sau mai multe nucleotide sunt adăugate sau înlăturate dintr‐o secvență. Dacă o inserție sau deleție 
apare  într‐o  regiune  codificatoare,  va  muta  cadrul  de  citire  a  tuturor  codonilor  următori,  caz  în  care 
poartă  numele  de  mutație  cu  schimbarea  cadrului  de  citire.  Când  apar  astfel  de  mutații  secvențele 
genice  devin  nefuncționale.  Mutațiile  pot  de  asemenea  implică  o  deplasare  a  poziției  catenelor  și 
imposibilitatea împerecherii pe bază de complementaritate a nucleotidelor, aspecte care pot apărea în 
timpul procesului de replicare când catenele nou sintetizate se disociază temporar de catenele inițiale. 
Dacă astfel de mutații intervin în secvențe repetitive de tipul microsateliților, catenele nou sintetizate își 
pot  pierde  poziția  și  se  pot  realinia  într‐o  poziție  necorespunzătoare  în  cadrul  secvenței  repetitive.  Ca 
rezultat,  catenele  nou  sintetizate  vor  fi  mai  lungi  sau  mai  scurte  decât  catenele  inițiale  deoarece  au 
număr diferit de repetiții (Hancock, 1999).  
Un  alt  proces  important,  cu  implicații  în  modificarea  secvențelor  ADN,  este  recombinarea. 
Majoritatea indivizilor încep viața ca o singură celulă; va trebui ca această celulă și  derivatele sale să se 
replice  de  mai  multe  ori  în  timpul  creșterii  și  dezvoltării  unui  organism.  Acest  tip  de  replicare  este 
cunoscut ca mitoză și implică  duplicația întregului set de cromosomi al unui individ – cu alte cuvinte, 

7 
 celulele fiice conțin exact același număr și tip de cromosomi ca și celulele parentale. Mitoza are loc de 
obicei in celulele somatice  (non‐reproductive). 
Deși necesară pentru creșterea normală a organismului, mitoza ar genera probleme în situațiile în 
care  ar  sta  la  baza  obținerii  celulelor  reproductive.  Reproducerea  sexuată  implică  de  regulă  fuziunea 
dintre  un  ovul  și  un  spermatozoid,  pentru  crearea  unui  embrion.  Dacă  ovulul  și  spermatozoidul  sunt 
rezultatul  mitozei,  atunci  vor  avea  fiecare  setul  complet  de  cromosomi  prezent  în  fiecare  celulă 
parentală, iar embrionul rezultat în urma fuziunii va avea de două ori mai mulți cromosomi. Acest număr 
va  fi  dublu  în  fiecare  generație,  ducând  rapid  la  o  cantitate  nesustenabilă  de  ADN  în  fiecare  individ. 
Această  situație  este  evitată  prin  meioză,  un  tip  de  diviziune  celulară    specific  doar  pentru  celulele 
germinale  (celule  care  stau  la  baza  formării  spermatozoizilor,  ovulelor,  polenului  și  sporilor).  În  cazul 
speciilor diploide, meioza duce la obținerea de gameți care dețin un singur set de cromosomi (n), iar ca 
urmare  a  fuziunii  acestora  va  rezulta  un  embrion  diploid  (2n).  Pe  durata  meiozei,  recombinarea 
presupune schimb reciproc de material genetic între cromosomii omologi. Aceasta conduce la apariția 
de noi combinații genice în cadrul aceluiași cromosom, fiind un important factor al diversității genetice 
la taxonii cu reproducere sexuată. 

SUMAR CURS 1  

 Înainte de apariția ecologiei moleculare informațiile genetice ale populațiilor sălbatice erau greu
de  obținut  și  nu  de  puține  ori  biologii  erau  nevoiți  să  se  bazeze  pe  polimorfisme  vizibile.
Informațiile fenotipice pot fi utilizate în multe situații, deși plasticitatea fenotipică poate adesea să
ascundă relațiile dintre fenotipuri și genotipuri.
 Primele  studii  care  au  făcut  legătura  între  genetica  moleculară  și  ecologie  au  avut  la  baza
alozimele.  Proteinele  sunt  codificate  de  ADN  astfel  încât  ele  reflectă  într‐o  oarecare  măsură
variațiile  secvențelor  ADN.  Alozimele  au  furnizat  o  parte  din  primele  informații  de  genetică
populațională,  primele  studii  relevând  nivele  ale  variației  genetice  semnificativ  mai  mari  decât
cele anticipate.
 Deși  a  fost  o  mare  descoperire,  redundanța  în  codul  genetic  și  faptul  că  este  relevantă  doar
pentru  o  mică  parte  a  genomului,  fac  din  această  metodă  de  estimare  a  diversității  genetice  pe
baza  informațiilor  oferite  de  alozime,  una  conservativă.  Mai  mult,  colectarea  probelor  pentru
analiza alozimelor poate fi adesea problematică.
 În  cadrul  genomului  există  numeroase  tipuri  de  regiuni  genice,  atât  codificatoare  (repetitive  și
copii unice) cât și necodificatoare (incluzând intronii și pseudogenele).
 Diversitatea  genetică  este  generată  în  mod  continuu  de  recombinări  și  mutații,  incluzând
deplasări  ale  catenelor  nou  sintetizate  comparativ  cu  catenele  inițiale,  inserții  sau  deleții  de
nucleotide sau substituția acestora.

ÎNTREBĂRI DE VERIFICARE 

1.1.  Un număr de .......... codoni, codifică un număr de ........... aminoacizi. 
a. 60, 20;
b. 61, 21;
c. 62, 20;
d. 63, 22;

8 
 e. 64, 20. 
 
1.2. O secvență ADN este transcrisă în următoare secvență ARN, în care bazele sunt grupate ca și 
codoni: 
GCG CCC CAA UGU UGG ACC 
În  cadrul  unei  populații  apar  două  mutații  având  ca  rezultat  o  ușoară  modificare  a  aceleiași 
secvențe: 
GCG GCC CCA AUG UUG GAC C  
GCG CCA CAA UGU UGG ACC 
Indicați tipul de mutație pentru fiecare caz, și precizați dacă poate fi neutră selectiv? 
 
1.3. Mai jos sunt două secvențe parțiale ale citocromului b din cadrul genomului mitocondrial (180pb 
fiecare)  aparținând  unor  specii  neo‐tropicale  ale  genului  Poospiza  (Lougheed  et  al.,  2000).  
Diferențele  dintre  secvențe  sunt  marcate  cu  litere  îngroșate.  Care  este  raportul  tranzițiilor  și 
transversiilor pentru cele 2 secvențe? 
 
P. alticola CTCACTTTCCTCCACGAAACAGGCTCAAACAACCCAACGGGCATCCCCTCAGATTGCGAC 
P. baeri     CTGACTTTCCTACACGAAACAGGCTCAAACAATCCAATAGGAATCCCCTCAGACTGCGAC 
P. alticola AAAATTCCCTTCCACCCATACTACACCATCAAAGACATCTTAGGATTCGTACTAATACTC  
P. baeri     AAAATCCCCTTCCACCCCTACTACACTATCAAAGACATCCTAGGCTTCGTAATCATACTC 
P. alticola ACCCTATTAGTCTCACTAGCTTTATTCTCCCCCAATCTCCTAGGCGACCCAGAAAATTTC  
P. baeri     TCCCTACTCGCATCACTAGCCCTATTCGCCCCCAACCTACTAGGAGACCCAGAAAACTTC 
 

 
9 
 
 
2. MARKERI MOLECULARI ÎN ECOLOGIE 
 
Scopul  principal  al  acestui  curs,  este  de  a  descrie  cât  mai  exact  și  de  a  identifica  diferiți  markeri 
moleculari care răspund cel mai bine ipotezelor generale din cercetare. 
 
 
2.1. Modalități de transmitere în descendență 
 
Materialul genetic este transmis de la părinți la descendenți, într‐o manieră predictibilă, astfel încât 
markerii moleculari ne permit să deducem relațiile genetice existente între indivizi. Aceasta nu înseamnă 
că putem folosi date genetice pentru a determina gradul de rudenie pentru doi indivizi – daca sunt frați 
sau veri de rangul I. în studiile de ecogenomică, calcularea relațiilor genetice, adesea ia în considerare 
transmiterea  unor  alele  de‐a  lungul  a  sute,  mii  sau  chiar  milioane  de  generații.  Nu  tot  ADN‐ul  este 
moștenit  la  fel,  iar  înțelegerea  diferitelor  modalități  de  transmitere  în  descendență,  este  foarte 
importantă,  înainte  de  a  determina  cum  diferite  regiuni  ale  ADN  se  pot  comporta  diferit  în  diferite 
scenarii ecologice și evolutive. 
 
 
2.2. Nuclear versus organite 
 
Descendenții organismelor cu reproducere sexuată, moștenesc aproximativ jumătate din ADN de la 
fiecare dintre genitori. De exemplu, la un organism diploid, cu reproducere sexuată, în cadrul genomului 
nuclear,  o  alelă  din  același  locus  provine  de  la  mamă,  iar  altă  alelă  provine  de  la  tată.  Acest  tip,  este 
cunoscut  drept  moștenire  biparentală.  Totuși,  chiar  și  la  speciile  cu  reproducere  sexuală,  nu  tot  ADN 
este  moștenit  de  la  cei  doi  părinți.  Două  excepții  importante,  sunt  reprezentate  de  genomurile 
organitelor  moștenite  uniparental,  cum  ar  fi  ADN  mitocondrial  (ADNmt)  și  cloroplastidial  (ADNcp). 
Ambele sunt localizate în afara nucleului celular. Mitocondriile se găsesc atât la plante cât și la animale, 
în timp ce cloroplastele se găsesc doar la organismele vegetale. ADN bicatenar din organitele celulare, 
de  obicei  se  găsește  sub  formă  circulară  superrăsucită,  iar  aceste  genomuri  sunt  mult  mai  mici 
comparativ  cu  genomul  nuclear.  De  exemplu,  între  15000  și  17000  perechi  de  baze  are  genomul 
mitocondrial al mamiferelor și reprezintă aproximativ 1/10000 din mărimea genomului nuclear al celui 
mai mic organism, dar ceea ce se reduce prin mărime, se compensează parțial prin număr – o singură 
celulă umană, normal, conține de la 1000 până la 10000 mitocondrii. Markerii moleculari din genomurile 
organitelor  celulare  și  în  particular  ADNmt  de  la  animale,  au  devenit  foarte  populare  în  studii  de 
ecogenomică, deoarece, după cum vom vedea în continuare, dețin un număr de atribute utile, care nu 
se regăsesc în genomurile nucleare. 
 
 
2.3. ADN mitocondrial al organismelor animale 
 
ADN  mitocondrial  este  implicat  în  principal,  în  respirația  celulară,  proces  prin  care  energia  este 
extrasă  din  alimente.  ADNmt  al  animalelor,  conține  13  gene  codificatoare  pentru  proteine,  22  regiuni 
pentru  ARN  de  transfer  și  două  regiuni  codificatoare  pentru  ARN  ribosomal.  De  asemenea,  există  o 
regiune de control care conține situsurile de inițiere a replicării și transcripției genomului mitocondrial. 
Majoritate secvențelor sunt unice, nerepetitive și nu există prea multe dovezi ale existenței secvențelor 
 
1 
 
spațiatoare  între  gene  sau  în  cadrul  secvențelor  genelor  care  sunt  normal  transcrise.  Deși  unele 
rearanjări ale genelor în cadrul genomului mitocondrial au fost identificate la diferite specii de animale, 
structura  de  bază,  mărimea  și  ordinea  genelor,  sunt  destul  de  bine  conservate  (Figura  2.1).  La 
majoritatea  animalelor,  ADN  mitocondrial  este  moștenit  pe  linie  maternă,  ceea  ce  înseamnă  că  este 
plasat în jos, de la mamă la descendenți. 
 

 
 
Figura 2.1 Organizarea genelor în cadrul ADNmt al vertebratelor. Benzile negre nemarcate, reprezintă 22 ARN de 
transfer  
Există  câteva  motive  pentru  care  markerii  ADNmt  au  fost  utilizați  pe  scară  largă  în  studiul 
populațiilor de organisme animale. În primul rând, se lucrează foarte ușor cu ADNmt. Molecula sa mică 
și  distribuția  conservativă  a  genelor,  permit  amplificarea  regiunilor  mitocondriale  cu  diferite  seturi  de 
primeri  universali,  la  numeroase  vertebrate  sau  nevertebrate.  Aceasta  presupune  că,  adesea  se  pot 
obține  date  genetice,  fără  o  cunoaștere  anterioară  a  scevențelor  ADN  mitocondrial  ale  unei  anumite 
specii.  În  al  doilea  rând,  deși  aranjamentul  genelor  în  cadrul  genomului  este  conservativ,  rata  tuturor 
mutațiilor, este destul de ridicată. Rata substituțiilor sinonime în ADNmt al mamiferelor, a fost estimat la 
5 : 7 x 10‐8 substituții pe situs pe an (Brown et al., 1982), ceea ce presupune că este în jur de zece ori mai 
mare  comparativ  cu  media  substituțiilor  sinonime  în  genele  nucleare  codificatoare  pentru  proteine. 
Regiunea  de  control  mitocondrial,  necodificatoare,  care  include  bucla  (D)  de  inițiere  a  replicării, 
evoluează destul de repede la numeroși taxoni. Rata mare a mutațiilor la nivelul ADNmt se poate datora 
parțial  produșilor  de  metabolism  respirator  și  de  asemenea  unor  mecanisme  de  reparație  mai  puțin 
stricte  comparativ  cu  cele  care  acționează  în  ADN  nuclear  (Wilson  et  al.,  1985).  Indiferent  de  cauză, 
 
2 
 
aceste  rate  ridicate  ale  mutațiilor  presupun  că  ADNmt  în  general  prezintă  rate  destul  de  mari  ale 
polimorfismului și prin urmare, adesea vor indica direcții genetice multiple în cadrul populațiilor și între 
populații. 
A  treia  proprietate  importantă  a  ADNmt,  este  dată  de  lipsa  proceselor  de  recombnare,  ceea  ce 
presupune că descendenții, în mod normal (cu excepția mutațiilor care intervin), vor avea exact același 
genom mitocondrial, ca al mamelor. Ca rezultat, ADNmt reprezintă un singur haplotip (alelă), care este 
transmis de la genitorii materni, la urmași. Aceste aspect, presupune că liniile filogenetice mitocondriale 
pot fi identificate într‐o manieră simplă, comparativ cu liniile nucleare, care, la speciile cu reproducere 
sexuată, în mod continuu determină noi structuri genice în timpul recombinărilor. 
Moștenirea  clonelor  de  ADNmt,  presupune  că  liniile  individuale  pot  fi  urmărite  în  timp  și  spațiu, 
relativ  ușor  și  de  aceea,  după  cum  vom  observa  mai  târziu,  secvențele  de  ADNmt  sunt  foarte  des 
utilizate în studii de filogenie și filogeografie. 
În  final,  deoarece  ADNmt  este  haploid  și  moștenit  uniparental,  reprezintă  doar  un  sfert  dint‐o 
populație,comparativ  cu  ADN  nuclear.  Deoarece  sunt  doar  câteva  copii  inițiale  de  ADNmt,  acesta  este 
relativ sensibil la evenimente demografice cum ar fi reducerile semnificative datorate unor evenimente 
neprevăzute.  Acestea  apar  când  se  reduce  semnificativ  mărimea  populației,  de  exemplu,  ca  urmare  a 
epidemiilor  sau  catastrofelor  naturale.  Chiar  dacă  populația  se  reface  repede,  va  avea  relativ  puține 
haplotipuri mitocondriale care rămân în populație, comparativ cu genotipurile nucleare. După cum se va 
constata  ulterior,  identificarea  reducerilor  populaționale  bruște  din  trecut,  poate  avea  o  contribuție 
importantă la înțelegerea structurilor actuale ale populațiilor. 
 
 
2.4. ADN mitocondrial la plante 
 
Ca  și  în  cazul  animalelor,  ADNmt  la  majoritatea  plantelor  superioare,  este  moștenit  pe  linie 
maternă. Există câteva excepții de la această regulă, de exemplu ADNmt este transmis pe inie paternă la 
specia Sequoia sempervirens și biparental la unele plante din genul Pelargonium (Metzlaff, Borner and 
Hagemann, 1981). În ansamblu, funcțiile ADNmt la plante și animale sunt similare, dar structurile diferă 
semnificativ. Spre deosebire de ADNmt al animalelor, genomul mitocondrial al plantelor, în generale ste 
supus  proceselor  de  recombinare  și  prin  urmare,  evoluează  rapid,  datorită  rearanjării  genelor  și 
duplicațiilor. 
Organizarea generală a genomului mitocondrial al plantelor, în general, suferă modificări; evoluția 
este  lentă,  dar  cu  intervenția  substituțiilor  nucleotidice.  De  fapt,  la  majoritatea  speciilor  de  plante, 
mitocondriile  au  genomul  cu  cea  mai  lentă  evoluție  Wolfe,  Li  and  Shong,  1987).  Rata  totală  a 
substituțiilor nucleotidice la nivelul ADNmt al plantelor este de până la 100 de ori mai redusă comparativ 
cu cea a genomului mitocondrial animal (Palmer și Herbon, 1988), dar, această rată scăzută a mutațiilor, 
combinată cu o rată crescută a recombinărilor, nu pare a fi promițătoare pentru studii de ecogenomică. 
Acesta  nu  înseamnă  că  nu  există  aplicații  utile  pentru  date  obținute  pe  baza  studiilor  ADNmt  la 
plante.  Pentru  numeroase  specii  de  plante,  dispersia  este  posibilă  prin  intermediul  semințelor  sau  al 
polenului,  distanțe  care  adesea  variază  în  funcție  de  potențialul  de  deplasare.  De  exemplu,  dacă 
semințele sunt consumate de mamifere mici, acestea se pot deplasa pe distanțe relativ scurte înainte să 
fie depozitate. În contrast, polenul poate fi dispersat de vânt, caz în care, se poate deplasa la distanțe 
foarte  mari  de  la  locul  de  formare.  Chiar  dacă  semințele  sunt  dispersate  de  vânt,  ele  sunt  mai  grele 
decât polenul și prin urmare, se vor deplasa pe distanțe mai scurte. Cu toate acestea, este foarte posibil 
ca următor scenariu să intervină, de exemplu, semințele care sunt ingerate de păsări migratoare, se pot 
deplasa  la  distanțe  mai  mari  comparativ  cu  polenul  transportat  de  vânt.  Urmărirea  semințelor  și  a 
 
3 
 
polenului,  este  extrem  de  dificilă,  dar  abilitățile  de  dispersie  ale  acestora  pot  fi  uneori  deduse  prin 
compararea distribuțiilor genelor mitocondriale și nucleare. Deoarece ADNmt este de obicei moștenit pe 
linie  maternă,  distribuția  sa  va  reflecta  modelele  distribuției  semințelor  și  nu  va  fi  influențată  de 
distribuția polenului, care conține doar genotipul patern. 
 
 
2.5. ADN plastidial și cloroplastidial 
 
Variabilitatea  relativ  scăzută  a  ADNmt  la  plante,  însemnă  că,  atunci  când  markeri  haploizi  sunt 
necesari  în  studii  ale  plantelor,  cercetătorii  se  orientează  către  genomul  plasidelor,  inclusiv  ADN 
cloroplastidial  (ADNcp).  Ca  și  în  cazul  ADNmt,  ADNcp  este  moștenit  pe  linie  maternă  la  majoritatea 
angiospermelor  (plantele  cu  flori),  deși,  la  majoritatea  gimnospermelor  (conifere  și  cycade)  este 
moștenit pe linie paternă. Genomul cloroplastelor, care, la majoritatea plantelor reprezintă cheia pentru 
realizarea  procesului  de  fotosinteză,  de  obicei  cu  lungimi  de  la  120000pb  până  la  220000pb  (valoarea 
medie  fiind  de  aproximativ  150000pb).  Deși  intervin  uneori  recombinările,  cloroplastele  sunt  pentru 
majoritatea,  structuri  stabile  iar  majoritatea  variațiilor  de  mărime  pot  fi  atribuite  diferențelor  de 
lungime  ale  secvențelor  repetitive,  spre  deosebire  de  rearanjarea  genelor  și  duplicațiile  întâlnite  în 
ADNmt al plantelor. 
Rata medie a substituțiilor sinonime în cadrul genomului cloroplastidial, cel puțin în cazul plantelor 
superioare, este estimat la aproximativ de trei ori  mai mare  decât în cazul  ADNmt  (Wolfe, Li și Sharp, 
1987),  deși  aceasta  este  de  patru  până  la  cinci  ori  mai  redusă  decât  estimarea  ratei  substituțiilor 
sinonime din cadrul genomului nuclear al plantelor (Wolfe, Sharp și Li, 1989). Cu toate acestea, aceasta 
este  o  rată  medie  a  mutațiilor,  iar  utilizarea  markerilor  ADNcp  în  studii  de  genetică  a  populațiilor 
vegetale  este  din  ce  în  ce  mai  frecventă  în  ultimii  ani,  fiind  urmată  de  identificarea  microsateliților 
hipervariabili din cadrul genomului cloroplastidial. Chiar și atunci când variabilitatea este scăzută, datele 
genetice furnizate de genomul cloroplastidial, continuă să joace un rol important în studii de ecologie, în 
principal datorită modului uniparental de transmitere.  
 
 
2.6. Identificarea hibrizilor 
 
Este evident faptul că utilizarea markerilor moleculari cu moduri diferite de transmitere ereditară, 
poate  constitui  un  avantaj.  Aceste  potențiale  beneficii,  sunt  ulterior  ilustrate  de  studiile  de  hibridare. 
Hibrizii pot fi identificați pe baza genotipului, deoarece hibridarea rezultă din introgresie, adică, flux de 
gene alele de la o specie (sau populație) către alta. Ca rezultat, hibrizii, în general, conțin un amestec de 
alele  de  la  ambele  specii  parentale,  de  exemplu  comparația  speciilor  vegetale  din  genul  Miscanthus, 
arată că M. giganteus este un hibrid între M. sinensis și M. sacchariflorus, deoarece are cîte o alelă ITS 
de la fiecare genitor și o secvență plastidială care identifică genitorul matern ca fiind M. sacchariflorus 
(Hodkinson et al., 2002). Identificarea hibrizilor, se bazează adesea pe dezechilibrele cytonucleare, care 
apar  la  hibrizi  cu  markeri  citoplasmatici  (mitocondrii  sau  cloroplaste)  de  la  o  specie  sau  populație  și 
markeri nucleari de la alta. 
Cercetătorii utilizează markeri multipli pentru a constata dacă membrii populațiilor europene de lup 
(Canis  lupus),  aflate  în  declin  se  hibridează  cu  câinele  domestic  (C.  familiaris),  aspecte  care  se  află  în 
dezbatere.  Un  studiu  care  a  utilizat  markeri  mitocondriali  pentru  investigarea  acestei  posibilități,  a 
indicat  doar  câteva  situații  în  care  haplotipul  era  intermediar  între  lup  și  câine  concluzionând  că 
hibridările între câine și lup nu constituie un motiv al declinului populațiilor de lupi (Randi et al. 2000). 
 
4 
 
Cu toate acestea, deoarece ADNmt este moștenit pe linie maternă, haplotipurile de câine vor apărea în 
populațiile de lup, doar dacă hibridarea a avut loc între femelele de câine și masculii de lup. 
 
 
2.7. Markerii uniparentali ‐  
 
Deși  markerii  uniparentali  au  numeroase  aplicații  utile  în  ecogenomică,  este  important  să  ținem 
cont de faptul că, de asemenea, prezintă unele dezavantaje. Am făcut referire anterior la rata mare  a 
recombinărilor la ADNmt din plante și la rata scăzută a mutațiilor a ADNcp, dar, întrucât nici una dintre 
aceste considerații nu se aplică în cazul ADNmt de la organismele animale, există alte limitări comune 
tuturor  markerilor  ADNmt  și  ADNcp.  Toate  organitele  celulare  se  comportă  ca  module  unice  de 
transmitere în descendență și prin urmare, ca markeri cu un singur locus. 
Datele  obținute  prin  analiza  unui  singur  locus,  ne  permit  refacerea  istoriei  unei  singure  unități 
genetice  (genă  sau  genom),  care  pot  fi  sau  nu  concordante  cu  istoria  speciei  analizate.  Aceste  aspect 
este adevărat în  cazul  ADNmt, ADNcp  și cromosomilor y, deoarece ei  determină o reducere a mărimii 
efective  a  populației,  la  ADN  autozomal,  ceea  ce  înseamnă  că  haplotipurile  lor  au  șanse  mai  mare  să 
devina  extincte.  Această  pierdere  de  haplotipuri,  poate  determina  cercetătorii  să  deducă  istoria 
supersimplificată a unei populații sau să subestimeze nivelele diversității genetice. 
Un  alt  dezavantaj  al  markerilor  moșteniți  uniparental,  este  faptul  că  nu  pot  fi  întotdeauna 
reprezentanți  ai  populației  ca  întreg.  Acest  lucru  poate  fi  adevărat  la  animale,  dacă  dispersia  este 
realizată  de  doar  unul  dintre  sexe,  de  exemplu,  dacă  masculii  pot  asigura  o  dispersie  si  femelele  nu, 
haplotipurile ADNmt vor fi specifice populației respective, iar datele furnizate de ADNmt pot conduce la 
o concluzia eronată, potrivit căreia, indivizii nu se deplasează între populații. 
Un  alt  risc  asociat  cu  markerii  ADNmt,  implică  copii  ale  ADNmt  care  au  fot  translocate  în  cadrul 
genomului  nuclear,  proces  cunoscut  sub  numele  de  pseudogene  mitocondriale  sau  numts  (copii 
nucleare  ale  secvențelor  ADNmt).  Odată  ce  au  fost  transportate  în  nucleu,  aceste  pseudogene 
nefuncționale,  continuă  să  evolueze  independent  de  ADNmt.  Problemele  apar  abia  în  momentul 
realizării  reacției  de  amplificare  genică  prin  PCR,  dacă  situsurile  de  legare  ale  primerilor  au  fost 
conservate în pseudogene, ceea ce va determina o amplificare în plus sau în locul regiunii mitocondriale 
de interes. Deși nu există o distribuție egală între taxoni, copii nucleare ale ADNmt, au fost identificate la 
peste 80 de specii eucariote, inclusiv la fungi, pante, nevertebrate și vertebrate (Bensasson et al., 2001). 
 
 
2.7. Markeri Moleculari  
 
Până  acum  în  acest  curs,  s‐a  indicat  faptul  că  markerii  moleculari  vor  fi  influențați  de  de 
modalitatea în care sunt moșteniți. În continuare, vom realiza o prezentare mai detaliată a proprietăților 
unora dintre cei mai comuni markeri care sunt utilizați să genereze rezultate, pentru unul sau mai multe 
genomuri. 
Un  aspect  important  care  trebuie  reținut,  este  faptul  că  markerii  moleculari  sunt  simple  mijloace 
care  pot  fi  folosite  pentru  obținerea  de  rezultate,  însă,  rezultatele  pot  fi  optime,  numai  dacă  se  alege 
metodologia corectă.  
Atât timp cât nu putem realiza o alegere corectă până nu înțelegem cum funcționează o metodă, 
trebuie să analizăm unele caracteristici importante ale diferiților markeri. 
 

 
5 
 
 Există câțiva factori care trebuie luați în considerare când se alege un marker. În primul rând, este 
important să considerăm nivelul așteptat de variabilitate. Unele regiuni genetice pot evolua mai repede 
decât  altele,  iar  variabilitatea  dorită,  va  depinde  de  întrebarea  la  care  se  face  referire.  În  general, 
markerii care ne permit diferențierea între organisme înrudite, trebuie să fie foarte variabili, în timp ce 
relațiile  între  taxoni  mai  îndepărtați,  por  fi  identificate  cu  ajutorul  unor  markeri  mai  puțin  variabili. 
Astfel,  ajungem  la  cele  două  categorii  de  markeri  care  vor  fi  descriși  în  continuare:  codominanți  și 
dominanți. Markerii codominanți ne permit identificarea tuturor alelelor prezente într‐un anumit locus, 
în timp ce markerii dominanți furnizează doar informații referitoare la o singură alelă dominantă. 
 
SUMAR CURS 2 
 
 Diferite genomuri sunt moștenite în diferite moduri. În cazul taxonilor cu reproducere sexuată, 
genomul nuclear este moștenit biparental. La majoritatea animalelor și plantele superioare, ADN 
mitocondrial, este moștenit pe linie maternă. ADN cloroplastidial este moștenit pe cale maternă 
în cazul plantelor cu flori și paternă în cazul coniferelor. 
 Markerii  mitocondriali  la  animale  sunt  foarte  populari  în  studii  de  ecogenomică,  ca  urmare  a 
lipsei  recombinărilor,  ratei  ridicate  a  mutațiilor,  efective  mici  în  cadrul  populațiilor  și 
posibilitatea de utilizare a primerilor universali. 
 ADNmt al plantelor, nu suferă procese de recombinare și are efective mici în cadrul populațiilor, 
dar rata mutațiilor este mult mai scăzută comparativ cu animalele. ADN cloroplastidial suferă în 
mod regulat procese de recombinare și rearanjări ale genelor. 
 În cazul mamiferelor, cromosomul Y este moștenit pe linie paternă. În majoritatea cazurilor, nu 
suferă  procese  de  recombinare,  iar  recentele  identificări  ale  regiunilor  variabile,  sugerează  că 
acesta poate fi un marker util pentru retrasarea liniilor de înrudire între masculi. 
 Obținând  date  din  markeri  cu  modele  contrastante  de  moștenire,  poate  fi  foarte  util  pentru 
identificarea  unor  hibridări  anterioare  și  pentru  diferențierea  între  dispersia  polenului 
comparativ cu cea a semințelor și a masculilor comparativ cu femelele în cazul animalelor. 
 
 
ÎNTREBĂRI DE VERIFICARE 
 
2.1. Prezentați unele avantaje și dezavantaje ale utilizării markerilor mitocondriali în studii de 
genetică a populațiilor la animale. 
 
2.2. Ce genom ați urmări și de ce, daca doriți să: 
a. Comparați fluxul de polen și semințe la specii de angiosperme. 
b. Comparați fluxul de polen și semințe la specii de gimnosperme. 
c. Comparați dispersia masculilor și femelelor la specii de mamifere.  
 
2.3. Cum se moștenește ADNcp? 
 
2.4. Cum este moștenit în general ADNmt? 
 
2.5. Precizați numele originii de replicare în cazul ADNmt. 
 
2.6. Ce tip de ADN este utilizat în studii forensice și de ce?  
 
6 
 
 3.1. MARKERI CODOMINANȚI 
 
La  speciile  diploide,  fiecare  marker  dominant  va  putea  identifica  o  alelă  în  cazul  indivizilor 
homozigoți și două alele la indivizii heterozigoți (Figura 3.1). Această capacitate de a face distincția între 
homozigoți  și  heterozigoți,  este  unul  dintre  cele  mai  importante  aspecte  ale  markerilor  codominați, 
deoarece, ne permite să calculăm foarte ușor frecvența alelelor pentru probe cu aceeași origine (cum ar 
fi  populațiile).  Frecvența  alelelor,  se  referă  la  frecvența  fiecărei  alele  din  cadrul  populației,  adică,  ne 
indică cât de comună este o anumită alelă în cadrul populației. Dacă avem o populație diploidă, cu 30 de 
indivizi,  atunci,  vor  fi  un  total  de  30  x  2  =  60  alele,  în  orice  locus  autosomal.  Dacă  12  indivizi  au  un 
genotip homozigot AA și 18 indivizi au genotipul heterozigot Aa într‐un anumit locus, atunci, frecvența 
alelei A este [2(12) + 18]/60 = 42/60 = 0,7 sau 70 de procente, iar frecvența alellei a este 18/60 = 0,3 sau 
30  de  procente.  După  cum  vom  observa  în  continuare,  numeroase  metode  analitice  în  genetica 
populațiilor sunt bazate cel puțin parțial pe frecvența alelelor. 
 

 
Figura 3.1 Gel prezentând genotipurile a patru indivizi, pe baza unui locus pentru microsatelit (marker codominant) 
(1A–4A) și câțiva loci AFLP (dominanți) (1B–4B). conform locusului pentru microsatelit, indivizii 1 și 3 sunt 
heterozigoți pentru alelele cu lungimi de 142pb și 146pb, în timp ce indivizii 2 și 4 sunt homozigoți pentru alelele 
cu lungimi de 144pb, respectiv 150pb. Deoarece există două copii ale fiecărei alele în această probă de opt alele, 
frecvența fiecărei alele pentru locusul microsatelitului, va fi 0,25. Conform markerului AFLP, care scanează mai 
mulți loci, toți cei patru indivizi sunt diferiți genetic, dar nu pot fi identificați homozigoții și heterozigoții și nici nu 
poate fi calculată frecvența alelelor 
 
 
3.1.1. Alozime 
 
Alozimele  ne  furnizează  o  estimare  constantă  a  variabilității  genetice,  deoarece  variabilitatea 
acestora  depinde  în  totalitate  de  substituțiile  nesinonime  de  la  nivelul  genelor  codificatoare  pentru 
proteine.  Mai  mult,  alozimele  prezintă  o  utilitate  limitată  când  suntem  interesați  de  relațiile  evolutive 
între diferite alele; dacă un individ are alela B, nu există nici un motiv să credem că ancestorul său avea 
alela A, altfel spus, nu este întotdeauna posibil să identificăm un ancestor și descendenții săi. 
O altă proprietate a alozimelor, este aceea că, acestea sunt proteine funcționale și prin urmare, nu 
sunt întotdeauna supuse selecției naturale. Acest aspect, poate constitui în egală măsură, un avantaj sau 
un  dezavantaj.  O  lipsă  a  neutralității  poate  fi  dezavantajoasă  dacă  un  marker  este  utilizat  pentru  a 
verifica dacă populațiile sunt sau nu diferite genetic, una de alta. 
 
1 
 
 Deși  alozimele  sunt  adesea  subiectul  presiunii  selecției,  markerii  ADN  au  șanse  mai  mari  de  a  fi 
neutri,  deoarece,  adesea  vizează  secvențe  relativ  variabile,  care,  în  schimb,  nu  sunt  supuse  acțiunii 
selecției.  Oricum,  trebuie  reținut  faptul  că  nu  toți  markerii  ADN  sunt  neutri  selectiv.  La  momentul 
potrivit, vor fi analizați markerii ADN non neutri. În alte cazuri, neutralitatea poate fi asumată, deși, este 
întotdeauna  posibil,  ca  o  regiune  de  ADN  aparent  nefuncțională  să  fie  supusă  presiunii  selective  care 
acționează  asupra  unei  alte  regiuni  a  genomului,  de  care  prima,  este  legată  funcțional  –  așa  numitul 
efect hitch‐hiking (Maynard Smith și Haigh, 1974). 
 
 
3.1.2. Polimorfismul lungimii fragmentelor de restricție 
 
Prima utilizare pe scară largă a markerilor care cuantifică variația secvențelor  de ADN  (ca opus al 
proteinelor),  a fost cea a plimorfismului lungimii fragmentelor de restricție (RFLP). Datele furnizate de 
RFLP, sunt generate prin utilizarea enzimelor de restricție, care taie ADN‐ul în secvențe scurte specifice 
(de  regulă,  de  patru  până  la  șase  perechi  de  baze).  Exemple  pentru  astfel  de  enzime  de  restricție, 
cuprind:  AluI,  care  taie  ADN  când  întâlnește  secvența  AGCT  și  EcoRV,  care  taie  în  mijlocul  secvenței 
GATATC. Digestia ADN purificat cu una sau mai multe enzime de restricție, poate transforma o secvență 
unică  de  ADN  în  fragmente  multiple.  Dacă  doi  indivizi  au  distanțe  diferite  între  două  situsuri  de 
restricție,  fragmentele  rezultate,  vor  avea  lungimi  diferite.  Prin  urmare,  RFLP  nu  permite  studierea 
întregii secvențe de ADN, dar orice mutație care adaugă sau înlătură un situs de recunoaștere pentru o 
anumită enzimă sau care modifică lungimea secvenței între două situsuri de restricție, se va reflecta în 
mărimea și numărul fragmentelor care apar în gelul de electroforeză (Figura 3.2). 
 

 
Figura 3.2 Trei genotipuri diferite RFLP rezultate din diferențele care afectează siturile de recunoaștere ale 
enzimelor (desemnate prin simbolul /). În acest locus, indivizii A și B sunt homozigoți pentru alelele care au două 
respectiv trei situri de restricție. Individul C este heterozigot, având două situri de restricție la o alelă și trei situri 
de restricție la altă alelă. Numărul benzilor care vor rezulta în urma profilului RFLP, sunt prezentate în imaginea 
gelului rezultat după electroforeză. 
 
Analiza  RFLP  poate  fi  realizată  pentru  întreg  genomul  (nuclear  sau  al  organitelor)  sau  pentru  un 
anumit fragment de ADN. 
 
3.1.3. Secvențe de ADN 
 
Secvențierea  este  singura  metodă  care  identifică  diferențele  exacte  ale  perechilor  de  nucleotide 
între  indivizi.  Acesta  este  un  aspect  important  al  secvențierii  ADN,  deoarece  practic  elimină  orice 

 
2 
 
ambiguitate; prin compararea a două secvențe, putem identifica cu exactitate, unde există diferențe și 
cât de diferite sunt. Ca rezultat, secvențele ne permit să deducem relațiile evolutive ale alelelor. Acest 
aspect este posibil, deoarece, orice mutație apărută la o anumită linie evolutivă se păstrează, chiar dacă, 
ulterior,  mai  intervin  și  alte  mutații.  Altfel  spus,  dacă  o  alelă  cu  secvența  GGGATATACGATACG  se 
modifică  prin  mutație  într‐o  nouă  alelă  cu  secvența  CGGATATACGATACG,  atunci,  toți  descendenții 
individului respectiv, cu noua alelă, vor avea C în loc de G în prima poziție a secvenței, chiar dacă mai 
intervin și alte mutații în alte situri ale secvenței. În general, cu cât doi indivizi au mai multe mutații în 
comun, cu atât se consideră a fi mai înrudiți. 
Rata variabilă a evoluției secvențelor, sugerează că putem utiliza secvențe cu evoluție relativ rapidă 
pentru  a  compara  taxoni  apropiați  și  secvențe  cu  evoluție  mai  lentă,  pentru  a  compara  taxoni  mai 
îndepărtați. În ultimii ani, alegerea unei anumite regiuni, corespunzătoare unei gene, este facilitată de 
disponibilitatea în continuă creștere a secvențelor în bazele de date. 
 
 
3.1.4. Polimorfismul unei singure nucleotide 
 
Polimorfismul unei singure nucleotide (SNP), se referă la poziția unei singure nucleotide din catena 
de ADN, care variază între indivizi. Majoritatea SNP, au doar două stări alternative (adică, fiecare individ 
are una din  două nucleotide posibile într‐un anumit locus SNP)  și prin urmare, corespunzătoare la doi 
markeri bialelici. Din punct de vedere tehnic, fiind doar o altă metodă de analiză detaliată a veriațiilor 
unei secvențe, SNP își au propriile clasificări, deoarece furnizează o nouă abordare în scopul identificării 
de  noi  informarmații  din  analiza  secvențelor.  Secvențierea  ADN  în  general,  presupune  o  comparare  a 
secvențelor  între  indivizi,  pentru  a  vedea  câtă  variabilitate  există,  întrucât  situsurile  polimorfe  ale 
indivizilor, trebuie să fie identificate înainte de a fi clasificate ca fiind SNP. Odată ce știm că un anumit 
situs este variabil, putem utiliza aceste SNP pentru a caracteriza genetic atât indivizii, cât și populațiile. 
SNP pot fi identificate într‐o manieră foarte simplă, prin secvențierea produșilor PCR care  au fost 
amplificați  utilizând  primeri  specifici  sau  universali  sau  prin  secvențierea  locilor  anonimi  cum  ar  fi  cei 
amplificați prin metode tip multi‐locus, descrise în continuare. 
Rata mutațiilor pentru SNP este de obicei în jur de 10‐8 ‐ 10‐9 (Brumfield et al., 2003). Acest interval 
este mai scăzut, comparativ cu rata de mutație a altor markeri, cum ar fi microsateliții și prin urmare, 
cea mai promițătoare aplicație a SNP în ecologia moleculară în prezent, pare a fi elucidarea proceselor 
care au avut loc în trecut. Oricum, această metodă a identificării SNP este recentă, iar pe măsură ce tot 
mai multe sunt caracterizate, SNP are tendința de a se dovedi o metodă utilă pentru unele aplicații, cum 
ar  fi  identificarea  indivizilor  și  evaluarea  nivelului  variabilității  genetice  în  cadrul  populațiilor  (Morin, 
Luikart and Wayne, 2004). 
 
 
3.1.5. Microsateliți 
 
Microsateliții,  de  asemenea  cunoscuți  ca  repetiții  ale  unor  secvențe  simple  (SSR)  sau  secvențe 
scurte repetitive în tandem (STR), sunt porțiuni de ADN care constau din repetări în tandem a 1 – 6pb. 
Un exemplu de secvență cu microsateliți, este dată de repetarea dinucleotidelor (CA)12, care constă în 
repetarea  de  12  ori  a  secvenței  CA  (CACACACACACACACACACACACA).  În  acest  caz,  secvența 
complementară  de  ADN,  va  avea  microsatelitul  (TG)12.  Microsateliții  sun  localizați  pe  parcursul 
genomurilor  nucleare  și  cloroplastidiale  și  de  asemenea  pot  fi  întâlniți  în  genomurile  mitocondriale  la 

 
3 
 
unele specii (Figura 3.3). Dezvoltarea inițială a markerilor pentru microsateliți, poate necesita o perioada 
îndelungată și de asemenea, poate fi foarte costisitoare. 
 
     Locus 1            Locus 2        Locus 3 
  TATATATA TAATAATAATAATAATAATAATAA GCGCGCGCGCGCGC
ATATATAT ATTATTATTATTATTATTATTATT CGCGCGCGCGCGCG

  TATATATA TAATAATAATAATAATAATAA GCGCGCGCGCGCGCGC

ATATATAT ATTATTATTATTATTATTATT CGCGCGCGCGCGCGCG 
 
Figura 3.3 Reprezentarea schematică a doi cromosomi omologi, pe parcursul căruia se află trei loci microsatelitari. 
Acest individ este homozigot pentru locusul 1 deoarece ambele alele sunt (TA)4, heterozigot pentru locusul 2 
deoarece o alelă este (TAA)8, iar cealaltă este (TAA)7 și heterozigot pentru locusul 3, deoarece o alelă este (GC)7, iar 
cealaltă alelă este (GC)8.  
 
Abordarea  obișnuită,  este  de  a  clona  fragmente  randomice  de  ADN  într‐o  bibliotecă,  urmată  de 
scanarea bibliotecii cu proba microsatelit (asemănător cu identificarea probelor prin RFLP). Clone care 
conțin  microsateliți,  sunt  ulterior  izolate  și  secvențiate,  iar  primerii  care  vor  amplifica  aceste  regiuni 
repetitive, sunt realizați pe baza secvențelor nerepetitive care flanchează segmentul de interes (Figura 
3.4).  odată  ce  primerii  au  fost  realizați,  datele  pot  fi  obținute  repede,  prin  utilizarea  acestor  primeri 
pentru  amplificarea  alelelor  microsatelitare  prin  reacții  PCR.  Produșii  PCR,  pot  fi  ulterior  migrați  prin 
electroforeză  într‐un  gel  cu  rezoluție  ridicată,  din  care  se  vor  observa  dimensiunile  fiecărei  alele. 
Numărul  speciilor  din  care  locii  microsateliților  au  fost  caracterizați,  se  află  în  continuă  creștere,  iar 
secvențele care flanchează loci microsatelitari sunt de obicei conservative pentru specii înrudite, ceea ce 
presupune că primerii pentru microsateliți pot fi utilizați uneori pentru a genera date de la numeroase 
specii (Lippe, Dumont and Berhatchez, 2004; Provan et al., 2004).  
 
TTGTCAAAGAGTTCAGCCGAATA 
 
CAATTTATTAAGTGAGCTTAATACAGTTAGCGACGACAAAGGAAGAAGTACAACAGAGAGAGAGAGAGAGA
 
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
 
  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGTAAAGATATAGGGAGACTAGCTAGAG 
CCAAGCACTAAGATACAACACGC 
 
 
Figura 3.4 O secvență ADN care include o regiune cu microsatelit, izolată din briozoarul de apă Cristatella mucedo 
(Freeland et al., 1999). Microsatelitul, care este (AG)53, este subliniat. Regiunile care flankează microsatelitul, 
reprezentate cu caractere îngroșate, prezintă locația primerilor care au fost utilizați pentru amplificarea acestui 
microsatelit prin PCR.  
 
Datele  referitoare  la  microsateliți,  nu  sunt  neapărat  utile  pentru  deducerea  evenimentelor 
evolutive  care  s‐au  desfășurat  în  trecutul  relativ  îndepărtat.  Rata  crescută  a  mutațiilor  și  tendința 
microsateliților  de  a‐și  modifica  dimensiunile,  indică  posibilitatea  de  apariție  a  homoplaziei.  Aceasta 
poate  fi  ilustrată  printr‐un  exemplu  a  două  alele  ancestrale  din  același  locus,  una  cu  20  dinucleotide 
repetitive și cealaltă cu 16 dinucleotide repetitive. Dacă alela mai mare pierde un fragment repetitiv, iar 
la cea mai mică se mai adaugă un segment repetitiv, în acest caz, ambele mutații vor conduce la alele cu 
18  repetiții.  Aceste  două  noi  alele,  fiecare  având  câte  18  repetiții,  pot  părea  ca  fiind  două  copii  ale 
aceleiași secvențe ancestrale, dar direcțiile evolutive a celor două alele sunt de fapt diferite. Homoplazia 

 
4 
 
dimensională, presupune că relația ancestor – descendent, poate fi dificil de elucidat din date furnizate 
de microsateliți.  
 
3.2. MARKERI DOMINANȚI 
 
Markerii  dominanți,  sunt  de  asemenea  cunoscuți  ca  markeri  multi‐locus,  deoarece  generează 
simultan  date  din  mai  mulți  loci  (Figura  3.1).  Aceștia  funcționează  prin  utilizarea  de  primeri  randomici 
pentru amplificarea regiunilor anonime din genom, producând un model cu benzi multiplecaracteristic 
fiecărui individ. Deoarece folosesc primeri randomici pentru amplificarea fragmentelor de ADN, nu este 
necesară  o  cunoaștere  anterioară  a  secvențelor  și  prin  urmare,  timpul  de  implementare  al  metodei, 
poate fi relativ scurt. Mai mult, deoarece fiecare marker dominant caracterizează mai multe regiuni din 
genom,  adesea  prezintă  un  nivel  ridicat  al  polimorfismului,  ceea  ce  poate  fi  util  pentru  deducerea 
relațiilor  genetice  între  rude.  Probabil,  cel  mai  mare  dezavantaj  al  acestor  markeri  este  natura  lor 
dominantă, ceea ce presupune că doar o singură alelă poate fi identificată pentru fiecare locus și prin 
urmare, heterozigoții nu pot fi diferențiați de homozigoți. Prezența unei benzi înseamnă că un individual 
poate fi în egală măsură homozigot (AA, cu ambele alele producând fragmente) sau heterozigot (Aa, caz 
în care, numai alela dominantă produce un fragment) într‐un anumit lous. Indivizii homozigoți recesivi, 
nu vor produce nici o bandă. 
 
3.2.1. ADN polimorfic amplificat randomic 
 
În anul 1990, o tehnică bazată pe PCR, cunoscută sub denumirea de amplificare randomică a ADN 
polimorfic (RAPD), a fost introdusă ca metodă pentru genotiparea în loci multipli a indivizilor (Welsh and 
McClelland, 1990; Williams et al., 1990). 
RAPD  este  generat  utilizând  primeri  randomici  scurți  (în  general  de  10  nucleotide),  într‐o  reacție 
PCR. Există milioane de primeri posibili care pot fi realizați din 10 nucleotide, fiind foarte utilă detectarea 
polimorfismelor, prin utilizarea unui primer în fiecare reacție. Un singur primer este adăugat în fiecare 
reacție  PCR  și  vor  apare,  întâmplător,  benzi  multiple,  când  primerul  se  atașează  în  situsuri 
complementare.  Modelul  benzilor  pentru  fiecare  individ,  va  depinde  de  câte  situsuri  complementare 
primerului sunt localizate în acel genom (Figura 3.5). 
 
  a)                    b) 
  Individul 1                             1      2 
 
 
 
  Individul 2 
 
 
 
Figure 3.5 (a) Siturile de atașare ale primerilor RAPD (indicate prin linii negre) sunt distribuite în întreg genomul, 
deși în această schemă sunt reprezentați parțial doar doi cromosomi. Mărimea produșilor, (reprezentați cu linii gri) 
care vor fi amplificați în timpul PCR, depinde de locația siturilor de atașare a primerilor. (b) Reprezentarea 
schematică a gelului de electroforeză realizat cu produșii RAPD pentru cei doi indivizi. Viteza cu care o band 
migrează în gel, este invers proporțională cu mărimea.  
 
 
5 
 
 RAPD poate constitui o metodă relativ rapidă și simplă de cuantificare a similarității genetice între 
indivizi. Mai mult, natura randomică a RAPD, sugerează că poate fi dificilă identificarea benzilor care au 
fost amplificate din ADN total. 
RAPD poate fi utilizat pentru a se estima similaritatea genetică între doi sau mai mulți indivizi, pe 
baza numărului de benzi comune. Oricum, în ciuda faptului că sunt ușor de utilizat, o reproductibilitate 
scăzută, combinată cu  natura lor dominantă, a determinat o scădere a popularității acestei metode în 
ultimii ani. 
 
 
3.2.2. Polimorfismul lungimii fragmentelor amplificate 
 
O metodă mai laborioasă, dar în același timp și mai fiabilă, comparativ cu RAPD, pentru generarea 
profilelor bazate pe benzi multiple, este polimorfismul lungimii fragmentelor amplificate (AFLPs) (Vos 
et al., 1995). Markerii AFLP sunt generați de digerarea ADN cu două enzime diferite de restricție, care 
taie ADN, astfel încât cele două catene să fie complementare si să se suprapună, pentru 1 sau mai multe 
baze azotate, producându‐se astfel capetele cu suprapunere (“sticky ends”). Între timp, sunt sintetizate 
secvențe  ADN  scurte,  de  legătură,  astfel  încât  un  capăt  al  secvenței  de  legătură  este  compatibil  cu  o 
secvență de suprapunere a ADN. 
 
 
ADN 
 
 
 
Digestie cu  5’‐AATTC T‐3’
 
ECO RI și Mse  3’‐G AATG‐5’ 
  I 
  ECO RI adaptor Mse I adaptor 
 
Adaptor ligant  5’‐CTCGTAGACTGCGTACCAATTC TTACTCAGGACTCA‐3’ 
  3’‐CATCTGACGCATGGTTAAG AATGAGTCCTGAGTAGCAG‐5’
 
 
ECO RI primer
 
GACTGCGTACCAATTC (+n) 
 
Preamplificare 
  5’‐CTCGTAGACTGCGTACCAATTC TTACTCAGGACTCA‐3’ 
3’‐CATCTGACGCATGGTTAAG AATGAGTCCTGAGTAGCAG‐5’
 
  (+n) AATGAGTCCTGAGTAGCAG
  Mse I primer 
  ECO RI primer
GACTGCGTACCAATTC (+n+3n) 
 
Amplificare 
  5’‐CTCGTAGACTGCGTACCAATTC TTACTCAGGACTCA‐3’ 
3’‐CATCTGACGCATGGTTAAG AATGAGTCCTGAGTAGCAG‐5’
 selectivă 
  (+n+3n) AATGAGTCCTGAGTAGCAG
  Mse I primer 
 
Figura 3.6 Reprezentarea schematică a modului de generare a genotipurilor AFLP. Digestia cu două enzime de 
restricție, determină producerea capetelor de suprapunere, la care se vor atașa liganții. În timpul preamplificării, 
adiția unei singure nucleotide la capătul 3’ al fiecărui primer, va determina o reducere a numărului fragmentelor 

 
6 
 
 amplificate cu 1/16 din numărul fragmentelor care de altfel, vor fi amplificate. Adiția a 3 nucleotide în plus la 
capătul 3’ al primerului în timpul amplificării selective, va induce o reducere a șanselor unei potriviri perfecte 
între primeri și secvențe țintă, iar ca rezultat, doar 1/65536 din setul inițial de fragmente, va fi amplificat.  
 
Secvențele de legătură (linker), se atașează la fragmentele inițiale de ADN, lăsând astfel o colecție 
de fragmente care au aceeași secvență ADN în final. Aceste fragmente pot fi amplificate prin utilizarea 
de  primeri  care  se  atașează  la  secvența  de  ADN  linker  (Figura  3.6).  specificitatea  primerilor  este  de 
obicei accentuată prin adăugarea a una până la trei nucleotide la un capăt al secvenței, deoarece PCR 
necesită o potrivire perfectă între secvența țintă și capătul 3’ al primerului. Din amplificare mai multor 
fragmente,  rezultatul  apare  sub  forma  unei  serii  de  benzi  cu  lungimi  diferite  după  migrarea 
electroforetică în gel. Modelul benzilor, va depinde de secvențele care sunt adiacente linker‐ului și de 
asemenea,  de  distanțele  dintre  siturile  de  restricție.  Spre  deosebire  de  RAPD  în  cazul  căruia  benzile 
sunt  produse  aleatoriu,  această  metodă  prezintă  un  grad  ridicat  de  reproductibilitate,  devenind  o 
metodă mai populară pentru genotiparea markerilor dominanți. 
Similaritatea genetică a indivizilor și populațiilor poate fi dedusă din numărul benzilor AFLP care le 
au în comun. Informații suplimentare pot fi obținute prin modificarea metodei AFLP standard pentru 
studierea expresiei genice. Prin ligarea linker‐ilor la ADNc digerat, pot fi comparate modelele benzilor 
pentru genele care au fost exprimate. 
 
 
SUMAR CURS 3 
 
 Markerii Codominanți furnizează informații cu specificitate pentru un anumit locus, ceea ce ne 
permite diferențierea homozigoților de heterozigoți și calcularea frecvenței alelice. 
 Datele  furnizate  de  markerii  doominanți  nici  nu  permit  discriminarea  între  homozigoți  sau 
heterozigoți,  nici  nu  furnizează  estimarea  cu  exactitate  a  frecvenței  alelelor;  oricum,  alegerea 
markerului este afectată de timp, posibilitățile financiare și experiență, iar pentru inițierea unui 
experiment este mai ușoară alegerea unui marker dominant, comparativ cu unul codominant.  
 Secvențele ADN sunt cele mai adecvate pentru deducerea liniilor evolutive, iar SNP constituie o 
sursă  nouă  de  date  referitoare  la  secvențe,  obținute  din  loci  multipli.  Locii  microsateliților 
prezintă  un  polimorfism  ridicat  sunt  potriviți  pentru  identificarea  evenimentelor  apropiate  în 
timp, cum ar fi dispersia sau alegerea partenerului, întrucât markeri de tip multi‐locus permit un 
screening rapid și simultan pentru mai mulți loci. 
 
 
ÎNTREBĂRI DE VERIFICARE 
 
3.1 Douăzeci și opt de indivizi din aceeași populație au fost genotipați pentru un singur locus și doar 
două  alele  (A1  and  A2)  au  fost  identificate.  Zece  indivizi  sunt  homozigoți  pentru  A1  și  opt  sunt 
homozigoți pentru A2. Care sunt frecvențele celor două alele în probă? 
 
3.2 Procesul de secvențiere:  
a. necesită enzime de restricție 
b. identifică compoziția exactă în perechi de baze 
c. permite compararea taxonilor înrudiți 
d. nu permite identificarea compoziției în nucleotide. 

 
7 
 
  
3.3 Indivizii 1 și 2 din cadrul aceleiași populații au următoarele secvențe într‐un anumit locus: 
1. GATTATACATAGCTACTAGATACAGATACTATTTTTAGGGGCGTATGCTCGG 
ATCTATAGACCTAGTACTAGATACTAGGAAAACCCGTTGTGTCGCGTGCTGA 
2. GATTATACATAGTTACTAGATACAGATACTATTTTTAGGGGCGTATGCTCGG 
ATCTATAGACCTAGTACTAGATACTAGGAAAACCCGTTGTGTCGCGTGCTGA 
Dacă aceste secvențe sunt tăiate (digerate) cu enzime de restridție – Alu care taie secvențele de 
ADN în situsul AGCT și RsaI, care taie secvențele de ADN în situsul GTAC – cîte benzi va produce 
fiecare secvență? 
 
3.4. care sunt factorii care trebuie luați în considerare când se decide utilizarea unui anumit marker 
molecular într‐un studiu de ecogenomică?  
 
 
 
 

 
8 
 
  
 
4. POPULAȚIA 
 
Populația reprezintă o comunitate de indivizi care se pot încrucișa între ei, aparțin aceleiași specii și 
ocupă același areal geografic. 
Delimitarea  populației  este  rareori  exactă,  deși  în  majoritatea  cazurilor  aceasta  trebuie  să 
corespundă, mai mult sau mai puțin, cu arealul de distribuție al potențialilor parteneri. Biologii identifică 
deseori  populații  discrete  la  începutul  programelor  de  cercetare,  doar  ca  și  cadru  pentru  identificarea 
punctelor de colectare a probelor, ceea ce va permite specificarea unui număr minim de indivizi necesari 
pentru  fiecare  populație  prezumtivă.  Totuși,  populațiile  nu  trebuie  tratate  ca  unități  clar  delimitate, 
granițele  acestora  fiind  deseori  revizuite  ca  urmare  a  obținerii  unor  noi  informații  ecologice  sau 
genetice. Ținând cont de faptul că ecologia moleculară vizează în primul rând populațiile sălbatice, care 
prin natura lor sunt variabile și deseori imprevizibile, vom analiza modul în care genetica moleculară ne 
poate ajuta în înțelegerea dinamicii în cadrul unei singure populații. 
 
 
4.1. Cuantificarea diversității genetice 
 
Diversitatea genetică este una din cele mai importante caracteristici ale oricărei populații. Mediul 
se află într‐o continuă schimbare iar diversitatea genetică se află la baza evoluției continue a populațiilor 
și implicit la adaptarea acestora la noile condiții. Mai mult, o diversitate genetică scăzută duce de regulă 
la un nivel ridicat de consangvinizare, care poate duce la o scădere a fitnesului indivizilor și populațiilor. 
O  apreciere  a  gradului  de  diversitate  genetică  este  deci  esențială  în  genetica  unei  populații  și  are 
implicații extrem de importante în biologia conservării. Multe din medodele de estimare ale diversității 
genetice  au  la  bază  fie  frecvența  alelelor  fie  cea  a  genotipurilor  și  este  important  să  înțelegem 
diferențele dintre cele două. Astfel, vom începe acest capitol cu o analiză detaliată a relațiilor presupuse 
între alele și frecvența genotipurilor, când populația se află în echilibru Hardy – Weinberg. 
 
 
4.1.1. Echilibrul Hardy–Weinber 
 
În  anumite  condiții,  frecvența  genotipurilor  într‐o  populație  dată  va  urma  un  model  predictibil. 
Pentru a evidenția acest lucru, vom folosi exemplul fluturelui Panaxia dominula. În cazul acestei specii 
un  sistem  un  locus/două  alele  generează  trei  modele  diferite  ale  aripilor  care  variază  în  funcție  de 
numărul punctelor albe de pe aripile anterioare de culoare neagră și de numărul petelor negre de pe 
suprafața  aripilor  din  spate,  predominant  roșii.    Deoarece  aceste  modele  corespund  genotipurilor 
homozigot  dominant,  heterozigot  și  recesiv  homozigot,  frecvența  alelelor  în  acest  locus  poate  fi 
calculată pe baza datelor fenotipice. Vom nota cele două alele relevante cu A și a. Deoarece specia în 
cauză  este  una  diploidă,  fiecare  individ  are  două  alele  în  acest  locus.  Astfel,  cele  două  genotipuri 
homozigote  vor  fi  AA  și  aa  iar  genotipul  heterozigot  va  fi  Aa.  Frecvențele  alelelor  sunt  calcule  care 
relevă cât de întâlnită este o alelă în cadrul unei populații. Într‐un sistem cu două alele, similar cu cel 
care determină genotipul pentru aripă la Panaxia dominula, frecvența alelelor dominante (A) notată cu 
p, iar frecvența alelelor recesive (a) notată convențional cu q. Deoarece acest locus este ocupat doar 
de două alele, p+q= 1. 

 
1 
 
 Frecvența  genotipurilor,  care  indică  proporția  în  care  un  anumit  genotip  se  regăsește  în  cadrul 
unei populații (în acest caz AA, Aa și aa), trebuie de asemenea să aibă o valoare apropiată de 1. Dacă se 
cunoaște  frecvența  alelelor  relevante,  putem  deduce  frecvența  fiecărui  genotip  în  cadrul  unei 
populații, cu condiția ca un număr de cerințe referitoare la populație, să fie îndeplinite. Acestea includ: 
 Încrucișările  sunt  întâmplătoare  în  cadrul  populației  (panmixie).  Adică,  fiecare  femelă  dintr‐o 
populaţie poate fi fecundată de oricare dintre masculii acesteia.  
 Să nu fie selectat un anumit genotip. 
 Efectele migrației  sau ale mutațiilor în frecvența alelelor  sunt neglijabile. 
 Populația să fie foarte numeroasă. 
 Segregarea alelelor are loc în conformitate cu legile mendeliene.   
Dacă aceste  condiții sunt  întrucâtva îndeplinite, atunci respectiva populație se presupune  a fi în 
echilibru Hardy – Weinberg (HWE). Frecvența genotipurilor unei astfel de populații poate fi calculată 
din  frecvența  alelelor,  deoarece  probabilitatea  ca  un  individ  să  aibă  un  genotip  AA,  depinde  de 
probabilitatea  ca  o  alelă  A  să  se  unească  cu  o  altă  alelă  A  și  sub  HWE,  această  probabilitate  este 
pătratul  frecvențelor  acelei  alele  (p2).  Similar,  probabilitatea  ca  un  individ  să  aibă  un  genotip  aa,  va 
depinde de probabilitatea ca o alelă a să se unească cu o altă alelă a și sub HWE, această probabilitate 
este pătratul frecvențelor acelei alele (q2). În final, probabilitatea  ca doi gameți să formeze un individ 
Aa, depinde de probabilitatea ca alela A de la genitorul mascul să se unească cu gena a de la genitorul 
femel  (formând  un  individ  Aa)  sau  o  alelă  a  de  la  genitorul  mascul,  să  se  unească  cu  o  alelă  A  de  la 
genitorul femel (formând de asemenea un individ Aa). În timp ce există două posibilități de apariție a 
unui individ heterozigot, probabilitatea ca aceasta să se întâmple în condițiile HDW este 2pq. 
Frecvența genotipurilor într‐o populație aflată în echilibru Hardy – Weinberg, poate fi exprimată 
ca: 
 
p +2pq+q2= 1 
2

 
în  ciuda  multitudinii  de  criterii  care  sunt  asociate  cu  HWE,  numeroase  populații  naturale  mari,  se 
află  în  HWE  deoarece  în  aceste  populații  efectul  mutațiilor  și  selecției  vor  fi  mult  reduse.  Există  însă 
numeroase populații care nu se consideră a fi în HWE, inclusiv cele care se reproduc sexuat. O deviație 
de  la  HWE,  poate  de  asemenea  constitui  un  rezultat  neașteptat,  iar  când  aceasta  se  întâmplă, 
cercetătorii vor încerca să înțeleagă de ce, deoarece aceste aspecte pot dezvălui lucruri interesante ori 
despre  locusul  analizat  (în  cazul  selecției  naturale)  sau  despre  populația  studiată  (de  exemplu 
consangvinizarea).  Pentru  început,  trebuie  să  ne  asigurăm  că  un  rezultat  neașteptat  nu  este  atribuibil 
unei erori umane. Devierea de la HWE poate duce la o prelevare a probelor, improprie. Mărimea ideală 
a probei dintr‐o populație este de obicei de 30 – 40 indivizi, deși aceasta depinde de variabilitatea locilor 
care  urmează  a  fi  caracterizați.  Prelevarea  insuficientă  a  probelor,  va  conduce  la  o  estimare  greșită  a 
frecvenței alelelor, prin urmare, fiind motivul pentru care concluzia asupra HWE poate fi imprecisă.  
O altă sursă probabilă de erori, este dată de prelevarea probelor din mai mult de o populație. După 
cum s‐a precizat anterior, identificarea limitelor unei populații poate fi dificilă. Dacă datele genetice din 
două  sau  mai  multe  populații  cu  frecvențe  diferite  ale  alelelor  sunt  amestecate,  atunci  va  interveni 
efectul Wahlund, ceea ce presupune că proporția homozigoților va fi mai mare în amestecul de probe, 
decât dacă populațiile ar fi analizate separat. Aceasta poate ne poate face să concluzionăm eronat că o 
populație nu a fost în HWE, deoarece, dacă datele ar fi fost analizate separat, am fi identificat două sau 
mai multe populații aflate în HWE. 
 
 
 
 
2 
 
 4.1.2. Estimarea diversității genetice 
 
O  metodă  simplă  de  estimare  a  diversității  alelice  (notată  de  obicei  cu  A),  este  dată  de  valoarea 
medie a numărului de alele per locus. Într‐o populație care are patru alele intr‐un anumit locus și șase 
alele în alt locus, A= (4+6)/2 = 5. Deși simplă, această metodă este foarte sensibilă la mărimea probei, 
ceea ce presupune că numărul alelelor identificate va depinde parțial de câți indivizi sunt analizați. O a 
doua metodă de cuantificare a diversității genetice, este dată de proporția locilor polimorfi (notați cu P). 
dacă o populație este analizată pentru zece loci, iar șase dintre aceștia sunt variabili, atunci P = 6/10 = 
0,60. Aceasta poate fi utilă în studii bazate pe loci de tipul alozimelor, deși sunt de asemenea sensibile la 
mărimea probei. Mai mult, este adesea o măsură neinformativă a diversității genetice în studii bazate pe 
markeri variabili de tipul microsateliților, care tind să fie aleși pentru analize numai dacă sunt polimorfi, 
caz  în  care,  adesea  vor  avea  o  valoare  P  de  1,00,  în  toate  populațiile.  O  a  treia  măsură  a  diversității 
genetice  care  este  de  asemenea  influențată  de  numărul  indivizilor  colectați,  este  heterozigoția 
observată  (Ho),  care  este  dată  de  împărțirea  numărului  heterozigoților  pentru  un  anumit  locus,  la 
numărul total de indivizi colectați. 
Deși una sau două tipuri de estimări sunt adesea incluse în studiile de diversitate genetică, acestea 
sunt  de  obicei  suplimentate  cu  o  măsură  alternativă  cunoscută  sub  numele  de  diversitate  genică  (h) 
(Nei,  1973).  Avantajul  diversității  genice  este  acela  că,  este  mai  puțin  sensibilă  la  efectivul  probei, 
comparativ cu alte metode. Diversitatea genică, se calculează astfel: 
 

1  

          xi = frecvența alelei i 
          m = numărul alelelor care au fost identificate în locusul  
 
Trebuie  remarcat  faptul  că  singurele  valori  necesare  calculării  diversității  genice,  sunt  frecvențele 
alelelor  în  cadrul  populației.  Pentru  orice  locus,  h  reprezintă  probabilitatea  ca  două  alele  alese 
întâmplător  din  populație,  vor  fi  diferite  una  de  cealaltă.  Într‐o  populație  în  care  indivizii  se  întâlnesc 
întâmplător,  h  este  echivalent  cu  valoarea  heterozigoției  așteptate  dacă  populația  este  în  HWE;  din 
acest motiv, h este adesea prezentat ca He. Majoritatea calculelor He se bazează pe mai mulți loci, caz în 
care He se calculează pentru fiecare locus, apoi se realizează o medie a tuturor locilor pentru a prezenta 
o singură estimare a diversității, pentru fiecare populație. 
 
 
4.1.2.1. Diversitatea haploizilor  
 
Diversitatea  genică  (h)  poate  fi  de  asemenea  calculată,  pentru  haploizi.  Estimarea  diversității 
genetice pe baza datelor oferite de genomul mitocondrial, de exemplu, adesea utilizează h ca măsură a 
diversității  haplotipurilor.  În  acest  context,  h  descrie  numărul  și  frecvențele  diferitelor  haplotipuri 
mitocondriale,  reprezentând  de  fapt,  echivalentul  heterozigoției  pentru  loci  haploizi.  Oricum, 
diversitatea  haplotipurilor  pentru  genomuri  cu  evoluție  rapidă  cum  ar  fi  ADNmt  de  la  animale,  va  da 
valori de 1,0 în cadrul populației, dacă un număr mare de indivizi au haplotipuri unice. Prin urmare, se 
pot obține mai multe informații, dacă se iau în considerație numărul diferențelor nucleotidice între două 
secvențe  și  nu  doar  simpla  constatare  dacă  există  sau  nu  diferențe.  Acest  fapt  se  poate  realiza  prin 

 
3 
 
calcularea  diversității  nucleotidice  (π);  (Nei,  1987),  care  cuantifică  media  divergenței  între  secvențe. 
Diversitatea nucleotidelor se calculează ca fiind: 
 
 
        fi și fj = frecvențele pentru haplotipurile ith și jth în cadrul populației 
        pij = divergența dintre haplotipuri 
 
Analizând  frecvențele  și  perechile  divergente  pentru  diferite  secvențe,  p  va  da  probabilitatea  ca 
două nucleotide omoloage alese întâmplător să fie identice. 
 
 
4.1.3. alegerea markerului 
 
Când sunt comparate populații, este important să realizăm că estimarea diversității genetice variază 
în  funcție  de  markerul  molecular  utilizat.  Aceasta,  deoarece,  rata  mutațiilor  variază  atât  între  cât  și  în 
cadrul  genomurilor,  iar  markeri  cu  evoluție  rapidă  de  tipul  microsateliților,  vor  reflecta  în  general 
nivelele ridicate ale diversității, comparativ cu markerii cu evoluție lentp, de tipul alozimelor. Mai mult, 
comparația  între  genomul  nuclear  și  cel  al  organitelor,  poate  fi  influențată  de  trecutul  demografic  al 
populației  ;  valori  scăzute  ale  mărimii  populației  pentru  ADNmt  și  ADNcp,  înseamnă  că  diversitatea 
mitocondrială și cloroplastidială se va pierde mult mai repede comparativ cu cea nucleară, ca urmare a 
scăderii temporare sau permanente a numărului indivizilor în cadrul populației. Aceasta nu presupune 
neapărat că markerii organitelor vor fi întotdeauna mai puțin diverși comparativ cu markerii nucleari. 
 
 
4.2. Factori care influențează diversitatea genetică 
 
Diversitatea  genetică  este  influențată  de  o  multitudine  de  factori  și  prin  urmare,  variază 
considerabil între populații. Va trebui să analizăm cei mai importanți factori determinanți ai diversității 
genetice,  incluzând  driftul  genetic,  reducerile  numerice  semnificative  în  cadrul  populațiilor,  selecția 
naturală  și  metode  de  reproducere.  Este  important  să  știm  că  nici  un  proces  nu  acționează  izolat,  de 
exemplu, rata la care o populație își poate reveni după o reducere semnificativă a efectivului (population 
bottleneck), va depinde parțial de ecologia sa reproductivă. Mai mult, este dificil să prezicem limita la 
care  un  anumit  factor.  Mai  mult,  este  dificil  de  prezis  măsura  la  care  un  anumit  factor  va  influența 
diversitatea genetică, deoarece nu există două populații la fel. 
 
 
4.2.1. Driftul genetic 
 
Driftul genetic este procesul care determină o modificare a frecvenței alelelor în populație de la o 
generație  la  alta,  doar  ca  rezultat  al  întâmplării.  Acest  aspect  poate  interveni,  deoarece  succesul 
reproductiv în cadrul populației este variabil, existând indivizi care produc mai mulți urmași comparativ 
cu  ceilalți.    Ca  rezultat,  nu  toate  alelele  vor  fi  reproduse  în  aceeași  măsură  și  prin  urmare,  frecvența 
alelelor va fluctua de la o generație la alta. Deoarece driftul genetic modifică frecvența alelelor în mod 
aleatoriu,  înseamnă  că  este  implicat  în  modificări  evolutive  neadaptative.  Efectele  driftului  sunt  mai 
profunde  în  populații  mici  unde,  în  absența  selecției,  driftul  va  conduce  fiecare  alelă  către  fixare  sau 

 
4 
 
către  extincție,  într‐o  perioadă  scurtă  de  timp  și  prin  urmare  deci,  prin  urmare,  efectul  său  per 
ansamblu,  este  de  descreștere  a  diversității  genetice.  Driftul  genetic  are  de  asemenea  un  impact 
semnificativ  asupra  populațiilor  relativ  mari,  dar  o  perioadă  lungă  de  timp  este  necesară  înainte  ca 
efectul să devină accentuat. Driftul genetic reprezintă o forță cu o influență foarte mare asupra geneticii 
populației  și  stă  la  baza  uneia  dintre  cele  mai  importante  măsuri  teoretice  a  structurii  genetice  a 
populației – mărimea efectivă a populației (Ne). 
 
 
4.2.1.1. Mărimea efectivă a populației 
 
O  măsură  fundamentală  a  populației,  este  mărimea  acesteia.  Importanța  mărimii  populației,  nu 
poate fi supraevaluată, deoarece poate influența virtual toate celelalte aspecte ale geneticii populației. 
Din punct de vedere practic, populații relativ mari, au șanse mai mari de supraviețuire, comparativ cu 
populațiile mici. Din acest motiv World Conservation Union (IUCN) utilizează mărimea populației ca un 
factor variabil, considerând o specie ca fiind periclitată, dacă populația are mai puțin de 50 de indivizi 
maturi. Simplificat, mărimea populației se referă strict la numărul indivizilor care se află într‐o anumită 
populație – acesta reprezintă recensământul populației (Nc). din punct de vedere al geneticii populației, 
o unitate de măsură mai relevantă, este mărimea efectivă a populației (Ne). 
Ne  al  unei  populații,  reflectă  rata  la  care  diversitatea  genetică  se  va  pierde,  ca  urmare  a  acțiunii 
driftului genetic, iar această rată este invers proporțională cu mărimea efectivă a populației (Ne). într‐o 
populație ideală, Ne 1/4 Nc, dar în realitate, se întâmplă foarte rar. 
 
 
4.2.1.2. Factori de influență pentru Ne 
 
Sex ratio: sex rațio inegale, în general, vor reduce Ne a unei populații. Apariția unui sex sau altul în 
exces, poate  rezulta dintr‐un  comportament parental adaptativ.  Deși mecanismele  din spatele acestor 
aspecte nu sunt bine cunoscute, există o creștere evidentă a manipulării sex ratio a descendenților de 
către genitori, la numeroase grupe taxonomice, inclusiv la unele specii de păsări, care pot răspunde la 
constrângeri din mediu, cum ar fi cantitatea scăzută de hrană (Hasselquist and Kempenaers, 2002). Chiar 
dacă  sex  ratio  în  cadrul  unei  populații  este  apropiat  de  valoarea  1,0,  sex  ratio  al  adulților  apți  de 
împerechere, poate fi inegal, ceea ce presupune că proporțiile relative ale masculilor și femelelor apte 
de  reproducere,  vor  influența  în  final  Ne.  În  populațiile  elefantului  de  mare,  de  exemplu,  masculii  se 
luptă  pentru  accesul  la  femele.  Această  competiție  intensă  presupune  că  în  timpul  sezonului  de 
împerechere, doar câțiva masculi dominanți în fiecare populație, vor contribui cu genele lor la formarea 
viitoarei  generații,  întrucât  majoritatea  femelelor  se  reproduc.  Această  contribuție  genetică 
disproporționată, se reflectă în modificarea valorii sex ratio în favoarea femelelor. 
Efectul unui sex ratio inegal asupra Ne este aproximativ egal cu: 
 
4  
    Nef = numărul efectiv al femelelor apte de reproducere 
    Nem = numărul efectiv al masculilor apți de reproducere 
 
Variații ale succesului reproductiv (VRS) Chiar dacă o populație are un sex ratio efectiv de 1 . 1, nu 
toți  indivizii,  vor  produce  același  număr  de  urmași  viabili,  această  variație  în  succesul  reproductiv,  de 
asemenea, va induce o scădere a Ne și Nc. la unele specii, aceste efecte pot fi pronunțate. Competitorii 
 
5 
 
învingători  vor  produce  un  număr  mare  de  urmași,  în  timp  ce,  ceilalți  indivizi  nu  se  vor  reproduce.  La 
unele specii, variațiile succesului reproductiv pot avea o influență relativ scăzută asupra valorii Ne. 
Efectele  variațiilor  reproductive  asupra  valorii  Ne  pot  fi  cuantificate  dacă  se  cunoaște  VRS  a 
populației.  Succesul  reproductiv  reflectă  numărul  de  indivizi  pe  care  fiecare  individ  în  produce  pe 
parcursul vieții, putându‐se desfășura într‐un singur sezon pentru speciile cu durată scurtă de viață sau 
pe parcursul mai multor ani în care indivizii trebuie monitorizați, pentru speciile cu mai multe sezoane 
de împerechere. 
 
4 2 ⁄ 2  
 
Mărimea fluctuantă a populației Indiferent de biologia reproductivă a speciei, fluctuații în mărimea 
populației de la un an la următorul, va avea un efect de durată asupra valorii Ne. Un studiu asupra mai 
multor  taxoni,  sugerează  că  mărimi  fluctuante  ale  populațiilor,  reduc  Ne  a  populațiilor  sălbatice,  în 
medie cu 65%, inducând astfel apariția celui mai important factor responsabil de un raport Ne/Nc scăzut  
(Frankham,  1995).  Aceasta  se  datorează  faptului  că  mărimea  efectivă  a  populației  pe  termen  lung,  nu 
este determinată de valoarea mediilor Ne pe mai mulți ani, ci de media armonică a Ne (Wright, 1969). 
Media armonică este reciproca mediilor valorilor reciproce, ceea ce înseamnă că valori mici, au un efect 
de durată și disproporționat al Ne pe termen lung. O scădere a numărului indivizilor din cadrul populației 
într‐un  an,  prin  urmare,  poate  lăsa  o  moștenire  durabilă,  chiar  dacă  populația  se  reface  ulterior.  O 
scădere  a  numărului  indivizilor  în  cadrul  populației  de  acest  tip,  este  cunoscută  sub  numele  de 
“bottleneck” și poate fi cauzată de mai mulți factori, inclusiv dezastre naturale, vânătoare excesivă sau 
boli. 
Mărimea fluctuantă a populației influențează Ne, care poate fi calculat astfel: 
 
1 1 1 … 1  
  t = numărul total de generații pentru care datele sunt disponibile 
  Ne1 = mărimea efectivă a populației în generația 1 
  Ne2 = mărimea efectivă a populației în generația 2 
  Net = mărimea efectivă a populației în generația t 
 
 
SUMAR CURS 4 
 
 O  populație  este  de  obicei  definită  ca  un  grup  de  indivizi  înrudiți  care  se  reproduc  între  ei,  care 
ocupă  un  areal  geografic  strict.  Această  definiție  nu  este  aplicabilă  la  speciile  asexuate  și  chiar  la 
speciile cu reproducere sexuată limitele arealului sunt adesea greu de identificat.  
 Diversitatea genetică este un factor important al supraviețuirii pe termen lung a speciilor. Estimările 
diversității  genetice,  sunt  adesea  calculate  ca  fiind  una  dintre  următoarele:  diversitate  alelică  (A), 
proporția locilor polimorfici (P), heterozigoție observată (Ho), diversitate genică (h) sau diversitate 
nucleotidică  (ir).  Diversitatea  genică  este  adesea  echivalentă  cu  heterozigoția  sub  influența 
echilibrului Hardy—Weinberg. 
 Estimările diversității genetice sunt de obicei mai mari când se bazează pe date obținute din analiza 
microsateliților,  comparativ  cu  markerii  dominanți,  care,  în  schimb,  tind  să  fie  mai  variabili  decât 
datele  furnizate  de  alozime.  Genomul  organitelor  poate  furniza  valori  mai  scăzute  ale  diversității, 
comparativ cu genomul nuclear.  
 Driftul    genetic  poate  diminua  foarte  repede  diversitatea  genetică  în  populații  mici,  prin  fixarea 
 
6 
 
 întâmplătoare  a  alelelor.  Driftul  genetic  este  un  determinant  puternic  al  diversității  genetice  și 
evoluției  neadaptative,  care  pune  bazele  a  ceea  ce  se  consideră  a  fi  cea  mai  importantă  măsură 
teoretică din genetica populațională – mărimea efectivă a populației (Ne). 
 Mărimea  efectivă  a  populației  (Ne)  este  o  măsură  a  cât  de  rapid,  o  populație  poate 
pierde diversitatea genetică, ca urmare a driftului genetic și cu toate că, într‐o populație ideală Ne = 
Nc,  raportul  Ne/Nc  la  majoritatea  populațiilor,  este  mult  mai  mic  decât  1,0  din  cauza  unor  factori, 
cum ar fi, ex ratio inegal, variații ale succesului reproductiv și fluctuații ale mărimii populației.  
 
ÎNTREBĂRI DE VERIFICARE 
 
4.1.  Următoarele  valori,  indică  numărul  indivizilor  dintr‐o  populație  de  Drosophila  polymorpha 
care are trei genotipuri posibile pentru culoarea abdomenului (după Cunha, 1949): 
EE (dark): 3969 
Ee (intermediate): 3174  
ee (light): 927 
a. Calculați frecvența fiecărei alele. 
b.  Calculați  frecvența    așteptată  a  genotipurilor  dacă  populația  se  află  în  echilibru  Hardy‐‐
Weinberg. 
c.  Calculați  numărul  indivizilor  pentru  fiecare  genotip  dacă  populația  se  află  în  echilibru 
Hardy‐‐Weinberg. 
d.  Calculați  valoarea  lui  χ2  pentru  o  comparație  între  frecvențele  genotipurilor  observate  și 
estimate. 
 
4.2. Strix aluco produce mai multe când densitățile sunt mari. Un sex ratio dezechilibrat înseamnă 
că  populația  1  constă  din  41  masculi  apți  de  reproducere  și  68  de  femele,  în  timp  ce, 
populația 2, care este de aceeași mărime, are un sex ratio mai echilibrat, având 52 de masculi 
și  57  de  femele.  Presupunând  că  ambele  populații  sunt  formate  în  totalitate  din  adulți, 
calculați raportul  Ne / Nc pentru cele două populații. 
 
 
 
 

 
7 
 
 5. CALCULAREA Ne 
 
Există trei abordări pentru estimarea Ne. Prima dintre acestea, bazată pe date ecologice pe termen 
lung,  necesită  o  cuantificare  exactă  a  efectivului  și  o  profundă  cunoaștere  a  biologiei  reproductive  a 
populației,  aspecte  care  sunt  valabile  pentru  majoritatea  speciilor.  O  a  doua  abordare  se  bazează  pe 
unele aspecte ale structurii genetice a populațiilor, într‐un anumit moment în timp, de exemplu, excesul 
de  heterozigoție  (Pudovkin,  Zaykin  and  Hedgecock,  1996)  sau  dezechilibrul  linkage‐ului  (Hill,  1981). 
Aplicarea  modelelor  mutaționale  la  parametri  ca  aceștia,  pateu  furniza  o  estimare  a  Ne,  deși  această 
abordare  nu  este  utilizată  pe  scară  largă  deoarece  face  numeroase  presupuneri  despre  sursa  variației 
genetice și poate fi influențată în mare măsură de procese demografice de tipul imigrărilor (Beaumont, 
2003). 
O a treia abordare, considerată de mulți ca fiind cea mai fiabilă, necesită probe din două sau mai 
multe perioade de timp separate de cel puțin o generație. Câteva metode diferite  pot fi utilizate pentru 
pentru calcularea Ne pe baza variației în frecvența alelelor în  timp. În acest moment,  cea  mai utilizată 
metodă este bazată pe metoda propusă de Nei și Tajima (1981) pentru calcularea varianței modificării 
frecvenței alelelor (Fc): 
 
1⁄ ∑ / ⁄ 2  
K= numărul total de alele 
i = frecvența unei anumite alele la timpii x și y 
 
Această valoare poate fi folosită pentru calcularea valorii Ne cu aplicarea corecției pentru mărimea 
populației și a Nc, utilizând următoarea ecuație (după Waples, 1989): 
 
/2 1/ 2 1/ 2  
t = generația 
S0 = mărimea populației la timpul zero 
St = mărimea populației la timpul t 
 
5.1 Reducerile semnificative ale numărului indivizilor în cadrul populațiilor (population bottlenecks) 
 
Această  “ștrangulare”  a  efectivului  populației  va  reduce  mărimea  efectivă  a  populației  și  implicit 
nivelul diversității genetice. Aceste reduceri bruște ale efectivului, constituie cei mai importanți factori 
determinanți  ai  diversității  genetice.  Metodele  de  cuantificare  ale  efectelor  produse  de  reducerile 
numerice  bruște  în  cadrul  populațiilor  asupra  Ne  și  implicit  asupra  diversității  genetice,  necesită  date 
demografice,  înregistrate  pe  lungi  perioade  de  timp.  Deoarece  astfel  de  date  nu  sunt  întotdeauna 
disponibile,  relațiile  potențiale  existente  între  reducerile  bruște  ale  efectivului  unei  populații  și 
diversitatea  genetică  a  acesteia,  pot  fi  deduse  din  identificarea  populațiilor  degenerate  din  punct  de 
vedere genetic, pentru care nu există astfel de date, încercând să se identifice dacă o posibil astfel de 
reducere a efectivului, care s‐a produs sau nu în trecut, poate explica de ce actuala diversitate genetică 
este prea scăzută. 
Identificarea  unor  reduceri  ale  efectivului  populației,  care  au  avut  loc  în  trecut,  poate  fi  rareori 
identificată  direct.  Dintr‐un  singur  motiv,  gravitatea  oricărei  reduceri  în  efectivul  populației,  depinde 
atât  de  efectivul  cu  care  s‐a  redus  populația,  cât  și  de  viteza  cu  care  se  reface.  În  general,  pierderea 
inițială  de  alele  este  proporțională  cu  reducerea  mărimii  populației.  Driftul  genetic  presupune  că, 
diversitatea  va  continua  să  se  reducă,  în  timp  ce  efectivul  populației  rămâne  scăzut  și  ca  rezultat, 

 
1 
 
populațiile  care  se  refac  mai  greu,  vor  pierde  mai  mult  din  diversitatea  genetică,  comparativ  cu 
populațiile care își refac efectivele mai repede. 
Identificarea  reducerilor  bruște  ale  efectivelor  populațiilor,  se  confundă  cu  faptul  că  nu  toate 
măsurile diversității genetice, vor prezenta o scădere uniformă. Pe de altă parte, de obicei, diversitatea 
alelelor  scade  drastic  după  o  reducere  bruscă  a  efectivului  populației,  deoarece  alelele  rare  se  pierd. 
Acest aspect este adesea asociat cu o reducere în cadrul He deoarece puține alele duc la o reducere a 
nivelului heterozigoției sub influența HWE (echilibrului Hardy‐Weinberg). În același timp, valorile Ho nu 
scad, ci, dimpotrivă, se poate înregistra o creștere temporară a heterozigoției observate, comparativ cu 
presupunerile  privind  HWE.  În  unele  cazuri,  o  creștere  excesivă  a  heterozigoției  observate,  poate 
constitui un indicator util pentru reduceri bruște ale efectivului unei populații, care au avut loc în trecut, 
deși  acest  test  necesită  un  număr  mare  de  loci  polimorfi  si  poate  identifica  doar  reducerile  bruște  ale 
efectivelor, care s‐au produs relativ recent (Luikart and Cornuet, 1998). 
Dacă  există  probe  disponibile  din  două  sau  mai  multe  generații,  atunci  se  poate  realiza  o 
identificare a reducerilor în efectivul populației, care au avut loc în trecut, pe baza variațiilor înregistrate 
de  frecvența  alelelor  între  generații.  Este  cunoscut  faptul  că,  dacă  o  populație  a  fost  supusă  unei 
reduceri  bruște  de  efectiv,  valoarea  lui  Ne  va  fi  scăzută.  Deoarece  rata  driftului  genetic  este  invers 
proporțională cu valoarea Ne a populației, o reducere bruscă a efectivului, va determina o accelerare a 
apariției  driftului.  Acest  aspect,  va  conduce  la  o  variație  crescută  a  frecvenței  alelelor,  care  poate  fi 
considerată  drept  dovadă  pentru  intervenția  unei  reduceri  bruște  de  efectiv,  între  două  perioade  de 
prelevare a probelor. Simulările, sugerează că metoda varianței temporale, furnizează o probabilitate de 
85  procente  de  detectare  a  unei  reduceri  bruște  de  efectiv,  după  o  singură  generație,  cu  condiția  ca 
datele, să fie obținute din cel puțin cinci loci hipervariabili și cel puțin 30 de indivizi pentru fiecare etapă 
de  prelevare  a  probelor  (Luikart  et  al.,  1998).  Experimental,  s‐a  demonstrat  că  testarea  varianței 
temporale,  poate  fi  inutilă  pentru  populații  care  au  fost  supuse  la  reduceri  bruște  de  efectiv  pentru  o 
perioadă  îndelungată  (mai  mult  de  3  –  5  generații),  deoarece  aceste  populații  vor  continua  sa  piardă 
alele. Odată ce o genă alelă este pierdută, frecvența acesteia trebuie să rămână zero, iar prin urmare, nu 
poate să exprime nici o varianță între generații diferite. Reducerile bruște de efectiv, care se întind pe 
mai  multe  generații,  vor  determina  o  eliminare  a  majorității  alelelor  și  implicit,  nu  vor  induce  nici  o 
modificare a frecvenței de‐a lungul timpului, iar ca rezultat, valoarea lui Ne va fi supraestimată.  
 
 
5.2 Efectul fondatorului 
 
Efectele  asupra  diversității  genetice  a  unei  populații,  induse  de  amploarea  reducerii  bruște  a 
efectivului  și  viteza  de  refacere  a  populației,  au  fost  foarte  bine  evidențiate  prin  studiul  unor  specii 
introduse  artificial  î  habitate  noi,  de  tipul  insulelor.  Aceste  introduceri,  implică  un  tip  particular  de 
reducere bruscă a efectivului, numită efectul fondatorului, deoarece, fondatorii noii populații, vor deține 
doar o parte din genele (și implicit diversitatea genetică) prezente în populația sursă. 
Avantajul  utilizării  introducerilor  controlate,  pentru  investigarea  efectelor  reducerilor  bruște  de 
efectiv,  este  dat  de  cunoașterea  perioadei  popularii  noului  areal,  precum  și  a  efectivului  populației 
introduse.  
Efectele  pe  care  le  au  mărimea  populației  fondatoare  și  rata  creșterea  numerice  după  reducerea 
bruscă a efectivului, asupra variabilității genetice, au fost de asemenea cercetate prin introducerea unor 
specii de păsări în insule și investigarea alozimelor pentru a compara diversitatea genetică din populația 
sursă  și  cea  din  populația  în  formare  (Baker,  1992).  Rezultatele  obținute,  ne  arată  că  populațiile 
introduse în insule, nu au neapărat un nivel scăzut al diversității genetice, comparativ cu populația sursă. 
 
2 
 
Diversitatea genetică a acestora, a fost corelată cu mărimea (efectivul) populației fondatoare și rata de 
creștere a populației, concluzie care susține ipoteza conform căreia o reducere bruscă a efectivului unei 
populații, poate induce o scădere a diversității genetice, doar dacă este severă (implică o mare parte a 
populației) și este prelungită. 
 
 
5.3 Selecția naturală 
 
Este  cunoscut  faptul  că  procesele  non‐adaptative  pot  afecta  variabilitatea  genetică  a  populațiilor. 
De  asemenea,  diversitatea  genetică  este  afectată  de  selecția  naturală,  proces  care  conduce  la 
reproducere diferențiată a indiizilor diferiți genetic sau a genotipurilor din cadrul populației (Li, 1997). 
Selecția naturală, poate induce o alterare a frecvenței genelor alele pe diferite căi, care pot determina o 
creștere sau o scădere a variabilității genetice a întregii populații. Atât selecția stabilizatoare cât și cea 
direcțională, vor determina o scădere a diversității genetice. Selecția stabilizatoare determină o scădere 
a  variabilității  prin  favorizarea  fenotipurilor  intermediare  (și  genotipurilor  asociate),  în  defavoarea 
fenotipurilor extreme. Selecția direcțională reduce diversitatea, prin selecție negativă sau de purificare, 
care  presupune  eliminarea  acelor  mutații  implicate  în  reducerea  fitness‐ului  indivizilor  purtători,  sau 
prin  selecție  pozitivă,  care  favorizează  mutațiile  implicate  în  îmbunătățirea  fitness‐ului  indivizilor 
purtători. În timp ce selecția pozitivă determină o creștere a frecvenței unei anumite alele, diversitatea 
va crește temporar, proces cunoscut sub numele de polimorfism tranzitoriu. Odată ce alela favorizată de 
selecție, este fixată în cadrul populației, locusul ocupat de aceasta devine monomorfic, iar variabilitatea 
genetică  se  pierde.  Tipul  de  selecție  care  determină  o  creștere  a  variabilității,  este  selceția  disruptivă 
(numită  și  diversificatoare),  care  intervine  când  două  sau  mai  multe  fenotipuri  sunt  avantajate,  fiind 
dezavantajate fenotipurile intermediare (Figura 3.11). 
 
 
Populație parentală          Descendenți (prima generație F1) 

 
 
Selecție direcțională 
 
 

 
 
Selecție stabilizatoare 
 

 
3 
 
  
Selecție disruptivă 
 
Figura  3.11  Trei  tipuri  de  selecție  care  pot  influența  nivelul  variabilității  fenotipice  și  variabilitatea 
genotipurilor care stau la baza acestora, din cadrul unei populații. În fiecare diagramă, frecvența fenotipurilor este 
ilustrată  prin  curba  de  distribuție,  linia  punctată  reprezintă  valoarea  medie  a  caracterelor  fenotipice,  iar  zonele 
hasurate  cu  roșu,  reprezintă  indivizii  care  au  un  fitness  relativ  scăzut  în  cadrul  populației  parentale.  Selecția 
direcțională  favorizează  un  fenotip  extrem,  selecția  stabilizatoare  favorizează  un  fenotip  intermediar,  iar  cea 
disruptivă, favorizează două sau mai multe tipuri în defavoarea oricărui fenotip intermediar (după Endler, 1986). 
 
Selecția  balansată,  este  un  termen  general  conferit  proceselor  selective  care  mențin  diversitatea 
genetică, deoarece anumite alele sunt favorizate în anumite situații și defavorizate în altele. În populații 
mari,  în  care  driftul  genetic  joacă  un  rol  relativ  scăzut  în  frecvența  alelelor,  selecția  balansată  poate 
influența diversitatea genetică a unor loci non‐neutri. O formă a selecției balansate, este reprezentată 
de avantajul heterozigot, cunoscut ca și supradominanță. Acesta intervine atunci când heterozigoții au 
un  fitness  mai  accentuat,  comparativ  cu  homozigoții  și  asigură  o  menținere  a  ambelor  alele  în  cadrul 
populației.  
O altă formă a selecției balansate care poate influența diversitatea genetică, este reprezentată de 
frecvența  dependentă  de  selecție.  Aceasta  intervine  atunci  când  fitness‐ul  unui  genotip  depinde  de 
frecvența acelui genotip în cadrul populației. 
 
 
5.4 Complexul major de histocompatibilitate 
 
Efectele  potențiale  ale  selecției  balansate  asupra  polimorfismului  genetic,  pot  fi  de  asemenea 
evidențiate  pe  baza  complexului  major  de  histocompatibilitate  (MHC).  Acesta  este  reprezentat  de  o 
familie  mare  de  gene  prezente  la  vertebrate,  implicate  în  răspunsul  imun,  fiind  foarte  importante  în 
protecția organismului împotriva diferitelor boli. 
Moleculele  codificate  de  MHC  fixează  antigenii  (peptide)  și  îi  transportă  la  suprafața  membranei 
celulare, unde, celulele de tip T (receptorii T) vor iniția un răspuns imun dacă antigenii sunt recunoscuți 
ca  fiind  străini  și  vor  împiedica  declanșarea  răspunsului  imun  dacă  antigenii  sunt  recunoscuți  ca  fiind 
proprii. Genele acestui complex, MHC, în cazul omului, cunoscut drept antigenul leucocitar uman (HLA), 
se găsesc pe cromosomul 6 și se întinde pe o lungime de peste 4 milioane de perechi de baze (pb) sau 
nucleotide, conținând aproximativ 100 de gene. Genele din cadrul MHC și produșii lor de sinteză, sunt 
grupate  în  trei  clase,  pe  baza  structurii  lor  chimice  și  proprietăților  biologice.  În  general,  genele  MHC 
prezintă un polimorfism accentuat, cum ar fi în cazul celulelor umane, locusul HLA‐B prezintă 149 alele, 
iar locusul DRB 179 alele (Hedrick and Kim, 2000). 
Există însă și un aspect neelucidat complet, referitor la faptul că polimorfismul MHC este rezultatul 
selecției.  Există anumite alele care  persistă în cadrul populației, de zeci de milioane de ani,  în timp  ce 
alelele neutre, nu au șanse să persiste în cadrul populației, pentru mai mult de 2Ne generații (Takahata și 
Mei,  1990).  Un  rezultat  al  acestei  persistențe  pe  termen  lung,  este  că  unele  alele  sunt  menținute  în 
specii multiple. 
 
4 
 
 Cu toate că există un acord general potrivit căruia selecția balansată menține polimorfismul MHC, 
există  încă  numeroase  controverse  referitoare  la  mecanismul  exact,  ca  fiind  selecția  dependentă  de 
frecvență sau supradominanța. Un individ care are două alele la un anumit locus, trebuie să fie capabil 
să  capteze  de  două  ori  ai  multe  peptide  comparativ  cu  un  individ  cu  o  singură  alelă,  situație  în  care, 
indivizii heterozigoți, vor prezenta un avantaj și va interveni supradominanța. Pe de altă parte, selecția 
dependentă de frecvență, dacă este negativă, înseamnă că indivizii vor fi avantajați dacă dețin gene alele 
rare, la care agenții patogeni nu sunt adaptați. 
 
 
5.5 Reproducerea 
 
Nici  o  discuție  asupra  factorilor  care  influențează  diversitatea  genetică  nu  este  completă,  fără  o 
analiză a modalităților de reproducere. Reproducerea sexuată a fost considerată o perioadă îndelungată 
ca  fiind  un  paradox,  deoarece  predomină  în  cadrul  eucariotelor  multicelulare.  În  cazul  majorității 
speciilor cu reproducere sexuată, jumătate din descendenți sunt masculi, iar cealaltă jumătate femele, în 
timp  ce  în  cazul  unei  femele  cu  reproducere  asexuată,  toți  descendenții  vor  fi  femele.  Producerea  de 
masculi  este  costisitoare,  deoarece  singura  lor  contribuție  pentru  generația  următoare,  constă  în 
fertilizare.  Femelele  care  prezintă  o  reproducere  de  tip  sexuat,  prezintă  o  scădere  a  fitness‐ului, 
comparativ  cu  femelele  care  prezintă  o  înmulțire  asexuată,  deoarece,  acestea,  trimit  doar  50  de 
procente din propriile gene la fiecare urmaș și, deoarece produc atât femele cât și masculi, descendenții 
lor,  reprezintă  jumătate  din  rata  descendenților  clonali  (rezultați  prin  procese  de  înmulțire  asexuată) 
(Maynard  Smith,  1978).  Trebuie  însă  sa  existe  și  unele  avantaje,  care  să  poată  explica  predominanța 
reproducerii  sexuate,  dintre  acestea,  cea  mai  vehiculată,  fiind  recombinarea,  care  generează  în  mod 
continuu,  noi  combinații  de  gene  și  implicit  noi  genotipuri,  care  au  potențialul  de  a  se  adapta 
schimbările de mediu. Acest proces rapid de generare de noi genotipuri, prin intermediul recombinării, 
indică  faptul  că  populațiile  cu  reproducere  sexuată,  de  obicei,  prezintă  un  nivel  ridicat  de  diversitate 
genetică, comparativ cu populațiile cu înmulțire asexuată. 
 
 
5.6 Consangvinizarea 
 
Acest proces, intervine când indivizi înrudiți se reproduc. Consangvinizarea nu alterează frecvența 
alelelor  în  cadrul  unei  populații,  dar  determină  o  creștere  a  proporției  homozigoților  pentru  toți  locii, 
ducând  astfel  la  o  scădere  a  diversității  genetice  individuale.  Astfel,  consangvinizarea  va  reduce 
diversitatea populațională când este măsurată ca H0, deși nu va afecta imediat valoarea lui He; oricum, 
consangvinizarea este un potențial motiv de îngrijorare, deoarece poate reduce nivelul fitness‐ului, iar 
dacă se produce cest fenomen, vor fi ulterior epuizate toate măsurile care conduc la diversitate genetică 
prin creșterea ratei mortalității. 
Referitor  la  istoricul  unei  populații,  singura  modalitate  de  estimare  a  consangvinizării,  este 
reprezentată  de  înregistrările  detaliate  din  cadrul  pedigree‐ului,  metodă  impracticabilă  în  cazul 
populațiilor  naturale.  O  dată  cu  apariția  markerilor  moleculari,  au  fost  identificate  metode  alternative 
pentru  detectarea  consangvinizarii.  Principiul  acestor  metode,  este  de  a  identifica  alelele  care  sunt 
identice în descendență, cum ar fi alele, copii ale unei alele unice, prezentă la un ancestor relativ recent. 
Indivizii care au două gene alele identice în descendență, sunt autozigoți și ar trebui să fie homozigoți 
pentru  un  anumit  locus.  Acest  aspect,  contrastează  cu  indivizii  alozigoți,  care  au  două  alele  diferite  în 
descendență  (Figura  3.12).  Trebuie  remarcat  faptul  că  indivizii  alozigoți,  pot  fi  homozigoți  sau 
 
5 
 
heterozigoți  pentru  un  anumit  locus,  deoarece  un  individ  alozigot  poate  avea  două  copii  ale  aceleiași 
alele  care  nu  provine  de  la  un  ancestor  comun  recent.  Din  acest  motiv,  estimarea  gradului  de 
consangvinizare nu este la fel de precisă, ca măsurarea homozigoției observate. 
 
 
Aa    Aa 
 
 
 
  Aa  aa  AA  Aa 
 
 
  aa  Aa  AA
 
                alozigoți    autozigot 
 
Figure 3.12 Reprezentarea schematică a generării de indivizi alozigoți și autozigoți, în cadrul aceleiași familii. Doi 
indivizi heterozigoți din prima generație, produc patru descendenți cu diferite combinații alelice (generația 2). 
Consangvinizarea intervine între frați din generația 2, rezultând astfel doi indivizi alozigoți și un individ autozigot în 
generația 3. Trebuie remarcat faptul că indivizii alozigoți sunt unul heterozigot, iar celălalt homozigot. 
 
După cum s‐a precizat anterior, primul indiciu potrivit căruia, o populație poate fi consangvină, este 
dat  de  abaterea  de  la  echilibrul  Hardy‐Weinberg,  cauzat  de  deficitul  în  Ho.  Valorile  heterozigoției 
observate și presupuse, constituie baza pentru calcularea coeficientului de consangvinizare (F):  
 
/  
 
HI  =  frecvența  genotipurilor  heterozigote  în  populație,  în  momentul  realizării  investigațiilor  (heterozigoție 
individuală)  
HS = frecvența așteptată a heterozigoților, dacă populația era în HWE  
 
Funcția F, măsoară reducerea heterozigoției, comparativ cu heterozigoția așteptată a se întâlni  în 
cadrul  populației  analizate,  în  care  împerecherile  genitorilor  se  realizează  randomic.  Când  F  =  0,  nu 
există  consangvinizare.  La  cealaltă  extremă,  când  F  =  1,  toți  indivizii  din  cadrul  populației  sunt 
homozigoți, iar populația poate fi complet consangvină. Trebuie totuși, reamintit faptul că, un deficit de 
heterozigoți, nu este întotdeauna cauzat de consangvinizare, deoarece la acest proces poate contribui și 
structura populației (efect Wahlund), alelele nule sau selecția naturală.  
În  cazul  vertebratelor,  care  (cu  câteva  excepții)  sunt  relativ  invariabile  în  ceea  ce  privește 
modalitățile de reproducere, consangvinizarea poate să apară în cazul populațiilor mici, izolate, datorită 
creșterii  probabilității  de  împerechere  între  rude,  chiar  și  atunci  când  acest  proces  este  aleatoriu.  În 
cazul altor taxoni, cum ar fi numeroase plante sau vertebrate,, care prezintă două sau mai multe metode 
de înmulțire, consangvinizarea poate fi influențată de ecologia speciei. 
 
 
 
 

 
6 
 
 SUMAR CURS 4 
 
 Cea  mai  sigură  metodă  de  calcul  a  valorii  Ne  este  bazată  pe  varianța  frecvenței  alelelor,  deși, 
aceasta se poate realiza numai dacă există înregistrări ale frecvenței alelelor din cadrul aceleiași 
populații reprezentând cel puțin două perioade diferite de timp, separate de cel puțin o generație. 
 Reducerile  bruște  de  efectiv  în  cadrul  unei  populații,  care  includ  și  efectul  fondatorului,  adesea 
determină o reducere a diversității genetice; oricum, nu toate măsurile diversității sunt afectate în 
același fel, iar impactul pe termen lung, depinde de severitatea și durata scăderii efectivului. 
 Selecția  naturală,  care  include  selecția  direcțională  și  balansată,  poate  în  egală  măsură  să 
descrească sau să crească nivelul diversității genetice. 
 Populațiile cu reproducere sexuată, în general, prezintă un nivel mai ridicat al diversității genetice, 
comparativ cu populațiile care au o înmulțire asexuată, datorită generării de noi genotipuri, prin 
intermediul procesului de recombinare. Consangvinizarea în cadrul populațiilor cu reproducere 
sexuată, nu alterează în mod direct frecvența alelelor, dar reduce heterozigoția observată (Ho).  
 
 
ÎNTREBĂRI DE VERIFICARE 
 
5.1.  O  populație  trece  printr‐o  etapă  de  reducere  bruscă  a  efectivului,  iar  ca  rezultat  mărimea 
efectivă a populației după șase generații este 104, 104, 104, 103, 104 și 104. 
a. Calculați mărimea efectivului populației pe termen lung. 
b. Calculați raportul Ne/Nc. 
 
5.2. Într‐o populație mică de cinteze , alcătuită din zece masculi și zece femele, care este rata la 
care  diversitatea  genetică  se  va  pierde,  dacă  fiecare  generație  este  supusă  driftului  genetic 
(presupunând că mărimea populației rămâne constantă) din: 
a. genomul nuclear? 
b. genomul mitocondrial? 
 
5.3. Prezentați cinci posibile explicații, pentru o valoare semnificativ mai mică a Ho într‐o populație, 
comparativ cu valoarea He. 

 
7 
 
 6. ANALIZA GENETICĂ A POPULAȚIILOR MULTIPLE 
 
6.1. Studiul populațiilor multiple 
 
Cuantificarea diversității genetice pentru o singură populație, permite o mai bună înțelegere a unor 
procese  variate  ca  reducerea  bruscă  a  efectivului,  reproducerea  și  selecția  naturală.  Trebuie  să 
înțelegem  aceste  procese  înainte  de  a  trece  la  interpretarea  datelor  genetice  în  context  ecologic,  dar, 
genetica  populațională  este  influențată  atât  de  procesele  intrapopulaționale  cât  și  de  cele 
interpopulaționale,  astfel  încât  următorul  pas  va  fi  investigarea  modului  în  care  fluxul  de  gene 
(transferul genelor de la o populație la alta) influențează evoluția populațiilor și speciilor. 
Este dificilă prezicerea efectelor fluxului de gene, fără să se țină cont de driftul genetic și selecția 
naturală, deoarece acestea, sunt cele trei procese care împreună, determină măsura în care populațiile 
vor deveni divergente sau convergente din punct de vedere genetic. În a doua parte a acestui curs, prin 
urmare, vor fi reanalizate driftul genetic și selecția naturală, dar, de această dată, din punct de vedere al 
modalităților de interacțiune cu fluxul de gene, pentru a influența structura genetică a populațiilor unei 
anumite specii 
 
 
6.2. Cuantificarea subdiviziunilor populaționale  
 
Cu excepția speciilor rare sau a celor pe cale de dispariție, care au distribuții limitate, toate speciile 
investigate  până  acum  au  indicat  anumite  nivele  de  diferențiere  gentică  între  populații.  Absența 
diferențierii populaționale ar însemna că toate populațiile au avut aceeași frecvență a alelelor. Această 
situație  ar  fi  posibilă  doar  dacă  intreaga  specie  ar  fi  reprezentată  de  un  singur  grup  de  indivizi  cu 
împerechere  randomică,  situație  ce  nu  poate  fi  întâlnită  în  cadrul  speciilor  formate  din  populații 
multiple. 
 
 
6.2.1. Distanța genetică 
 
O  modalitate  de  măsurare  a  similarității  genetice  dintre  două  populații  este  cea  de  estimare  a 
distanței genetice dintre ele. Aceasta estimare poate fi realizată prin diferite metode, cea mai cunoscută 
fiind distanța genetică standard, D, a lui Nei (1972). Pentru a calcula această distanța genetică standard 
trebuie  să  cunoaștem  valoarea  indicelui  de  identitate  genetică  a  lui  Nei  (I),  care  reflectă  similaritatea 
genetică a populațiilor. Pentru un locus dat, formula de calcul este următoarea: 
 
,

      pix = frecvența alelei i în populația x 
      piy = frecvența alelei i în populația y\ 
      m = numărul alelelor la nivelul locus‐ului 
 
Valorile pentru I se încadrează între zero și unu. O dată calculate, aceste valori pot fi folosite 
pentru a obține valoarea lui D, după cum urmează: 
 
 
 
1 
 
  
 
Valorile  pentru  D  se  încadrează  între  zero  și  infinit.  Dacă  două  populații  au  frecvențele  alelelor 
similare, dacă pix piy, similaritatea genetică (I) între cele două va fi apropiată de valoarea unu în timp ce 
distanța  genetică  (D)  se  va  apropia  de  valoarea  zero.  La  extrema  cealaltă,  dacă  două  populații  nu  au 
alele în comun, I va fi zero și D va fi infinit. 
 
 
6.2.2. Statistica F 
 
Metoda cea mai des utilizată pentru cuantificarea diferențierii genetice dintre populații are la bază 
statistica  F,  elaborată  de  Wright  (1951).  Statistica  F  utilizează  coeficienții  de  reproducere  pentru  a 
descrie  repartizarea  variației  genetice  în  cadrul  populațiilor  și  între  acestea  și  poate  fi  calculată  la  trei 
nivele  diferite.  Prima  statistică  F,  FIS,  măsoară  gradul  de  încrucișare  între  indivizi  ținând  cont  de 
subpopulațiile  existente  în  cadrul  populației.  Acesta  reflectă  probabilitatea  ca  două  alele  ale  aceluiași 
individ să fie identice în descendență. Formula de calcul este următoarea: 
 
/  
HI = gradul de heterozigoție observat într‐o subpopulație la momentul investigării (heterozigoție individuală) 
HS  =  gradul  de  heterozigoție  așteptat  în  cazul  în  care  subpopulația  ar  fi  în  HWE  (heterozigoție 
subpopulațională) 
 
A  doua  statistică  F  este  FST  (index  de  fixare),  și  furnizează  o  estimare  a  gradului  de  diferențiere 
genetică  între  subpopulații.  Este  o  modalitate  de  măsurare  a  gradului  de  încrucișare  în  cadrul  unei 
subpopulații  ținând  cont  de  întreaga  populație  (prin  populație  totală  înțelegem  toate  subpopulațiile 
combinate), și reflectă probabilitatea ca două alele prelevate aleatoriu din cadrul unei subpoulații, să 
fie identice în descendență. Calculul se realizează folosind următoarea formulă: 
 
/  
HS  =  gradul  de  heterozigozitate  așteptat  în  cazul  în  care  subpopulația  ar  fi  în  HWE  (subpopulation 
heterozygosity) 
HT = gradul de heterozigozitate așteptat în populația totală 
 
A  treia  statistică  F,  folosită  mult  mai  rar  decât  celelalte  două,  este  FIT.  Aceasta  furnizează  un 
coeficient  general  de  încrucișare  pentru  un  individ,  prin  măsurarea  gradului  de  heterozigoție  a  unui 
individ, ținând cont de întreaga populație. FIT este deci influențată atât de împerecherile non randomice 
din cadrul unei subpopulații (FIS) cât și de subdiviziunile populaționale (FST), și se calculează astfel: 
 
/  
HT  =  gradul așteptat de heterozigoție al populației totale  
HI = gradul de heterozigoție observat într‐o subpopulație în momentul investigării (heterozigoție individuală) 
 
Relația dintre cele trei statistici este următoarea: 
 
 
 
 
 
2 
 
 6.3. Cuantificarea fluxului de gene 
 
Dispersia    reprezintă  în  general  mișcarea  indivizilor  sau  propagulelor  între  locații  sau  populații 
distincte, în timp ce migrația face referire la mișcările periodice către și de la anumite regiuni geografice; 
aceste mișcări sunt corelate în general cu anotimpurile și urmează o rută constantă. Deși atât dispersia 
cât și migrația trebuie să preceadă fluxul de gene, nici una din cele doua nu se va finaliza cu un flux de 
gene  decât  dacă  indivizii  vor  reuși  să  se  reproducă  o  data  ajunși  în  noua  locație  .  Cu  toate  acestea, 
dispersia  este  uneori  folosită  ca  înlocuitor  al  fluxului  de  gene  și  trebuie  să  conștientizăm  această 
potențială  limitare  în  evaluarea  diferitelor  metode  de  cuantificare.  Înțelegerea  mișcărilor  indivizilor, 
gameților  (polen)  și  genelor  între  populații  este  fundamentală  în  studiile  de  ecologie  și  genetică 
populațională  deoarece  fluxul  de  gene  poate  influența  profund  o  serie  de  variabile  importante, 
incluzând  mărimea  populației,  diversitatea  genetică,  gradul  de  adaptare  locală  și  în  cele  din  urmă 
speciația.  Din  păcate,  cuantificarea  mișcărilor  organismelor  și  genelor  lor  este  rareori  simplă.  Vom 
analiza în cele ce urmează diverse metode utilizate în mod frecvent pentru estimarea dispersării în curs 
de desfășurare și fluxului de gene. Aceste metode pot fi împărțite în trei mari categorii: directe, indirecte 
și teste de atribuire. 
 
 
6.3.1. Metode directe 
 
Colonizarea  de  noi  habitate,  cum  ar  fi  invadarea  de  noi  bălți  sau  lacuri  de  către  zooplanctonul 
dulcicol  (Jenkins,  1995),  furnizează  dovezi  directe  și  incontestabile  pentru  dispersie,  deși  astfel  de 
observații, furnizează foarte puține observații asupra extinderii sau deplasărilor între populații stabile. O 
metodă  directă  care  poate  furniza  estimări  mai  detaliate  asupra  estimărilor,  constă  în  capturare  – 
marcare – recapturare. Indivizii sunt capturați și marcați prin diferite metode, care includ inele în cazul 
păsărilor sau marcaje prin vopsire pe aripile insectelor sau pe carapace la alte organisme. Evidențierea 
directă a dispersiei se obține atunci când indivizii marcați sunt recapturați la o anumită distanță față de 
populația  sursă.  Un  dezavantaj  major  pentru  această  abordare,  este  acela  că,  marcarea  indivizilor 
necesită foarte mult timp și în general valori reduse pentru observațiile ulterioare, deoarece majoritatea 
indivizilor nu vor fi niciodată recapturați. 
Mai des utilizată, constituind a sursă mai abundentă de informații, este utilizarea urmăririi pe bază 
de  radiofrecvență  (radio  tracking)  sau  în  unele  situații,  chiar  urmărirea  cu  dispozitive  radar  (radar 
tracking). Emițătoarele radio (radio tags) au fost utilizate pentru monitorizarea migrațiilor unui anumit 
număr de taxoni, inclusiv păsări și fluturi. Deși prețurile ridicate și dificultatea metodei de urmărire radio 
poate  fi  aplicată  pe  un  număr  relativ  scăzut  de  indivizi,  prezintă  marele  avantaj  de  a  furniza  date 
referitoare la toate deplasările, nu doar în zonele de recapturare. Aceste aspecte pot fi folositoare dacă 
studiul are în vedere comportamentul de hrănire sau reconstruirea căilor de migrare 
Studiile de urmărire radio și marcare – recapturare, furnizează o estimare a dispersiei dar nu un flux 
de  gene,  deoarece  nu  furnizează  informații  dacă  sau  când  imigranții  se  vor  reproduce.  Alte  metode 
directe  de  măsură  ale  dispersiei,  care  reflectă  cu  acuratețe  fluxul  de  gene,  se  bazează  pe  studierea 
filiației, realizate în special la plante.  
Estimarea  fluxului  de  gene  prin  compararea  genotipurilor  descendenților  și  ale  presupușilor 
genitori, poate furniza o imagine de ansamblu asupra dispersiei, dar acest aspect este impracticabil sau 
imposibil de realizat în cazul populațiilor mari sau în cazul speciilor care călătoresc pe distanțe lungi. De 
fapt,  câteva  aspecte  comune  pentru  toate  studiile  directe  asupra  dispersiei,  sunt  acelea  că,  necesită 
fonduri numeroase, se derulează în timp îndelungat și pot fi realizate pe  un număr relativ restrâns de 
 
3 
 
indivizi. Mai mult, cu excepția analizelor asupra filiației, evidențele directe asupra dispersiei, nu necesită 
o conversie în evidențierea fluxului de gene. 
 
 
6.3.2. Metode indirecte 
 
După  ce  Wright  (1951)  a  dezvoltat  statistica‐F,  a  dorit  să  demonstreze  că  există  o  relație  simplă 
între divergența genetică a două populații, măsurată ca FST, și cantitatea fluxului de gene dintre acestea, 
care este dată ca: 
 
1⁄ 4 1  
 
Ne = mărimea efectivă a fiecărei populații  
m = rata de migrație între populații 
Nem = numărul adulților apți de reproducere care sunt implicați în migrație  
 
Din ecuația anterioară, se poate calcula valoare lui Nem, ca fiind: 
 
1⁄ 1 ⁄4 
 
Nem este o valoare uzuală utilizată pentru estimarea fluxului de gene, pe baza datelor genetice, în 
special, datorită ușurinței cu care poate fi calculată. Există însă și unele probleme asociate cu estimarea 
Nem.  Se  bazează  pe  ceea  ce  se  cunoaște  a  fi  modelul  insular  al  structurii  populației.  Acest  model 
presupune că nu acționează selecția sau mutațiile și există un număr infinit de populații, toate fiind de 
aceeași  mărime  și  având  aceeași  probabilitate  de  a  schimba  indivizi  migratori.  Valoarea  lui  Nem, 
presupune  de  asemenea  că  populațiile  se  află  într‐un  echilibru  migrație  –  drift,  care  apare  când 
creșterea diferențierii genetice cauzate de drift este egală cu scăderea diferențierii indusă de fluxul de 
gene. Populațiile ating echilibrul, doar atunci când mărimea populațiilor și ratele de migrare rămân mai 
mult sau mai puțin constante; echilibrul fiind prin urmare negat de un număr de procese demografice, 
inclusiv expansiunile recente, fragmentarea populațiilor și reducerile bruște de efectiv. 
 
 
6.3.3. Teste de atribuire 
 
Există un set de metode recent dezvoltate, pentru cuantificarea dispersiei pe baza datelor genetice, 
numite  teste  de  asumare.  Acestea  atribuie  indivizii  populațiilor  de  origine,  prin  compararea 
genotipurilor  individuale  cu  profilele  genetice  ale  diferitelor  populații.  Această  abordare  diferă  de 
metodele indirecte de evaluare a fluxului de gene (Nem) deoarece permite identificarea indivizilor care 
s‐au dispersat din cadrul populației natale, ca opus al comparării similarităților generale existente între 
populații.  Testele  de  atribuire,  utilizează  metoda  similarității  maxime  (maximum  likelihood)  pentru  a 
calcula  probabilitatea  ca  un  anumit  genotip  să  se  regăsească  în  populații  alternative  pe  baza 
frecvențelor alelice din cadrul acelor populații (Paetkau et al., 1995). În acest caz, indivizii sunt atribuiți 
populației pentru care există probabilitatea cea mai mare ca ei să aparțină, cu excepția cazului în care 
probabilitățile sunt scăzute, de unde reiese că nu au fost prelevate probe și din populația natală. Această 
abordare  conduce  la  ipoteza  că  toate  populațiile  se  află  în  echilibru  Hardy—Weinberg,  iar  locii 
caracterizați se află în echilibru de linkage. 

 
4 
 
 Recent,  au  fost  efectuate  numeroase  modificări,  pentru  a  îmbunătăți  acuratețea  testelor  de 
atribuire.  Una  dintre  aceste  modificări,  constă  în  aplicarea  metodelor  baesiene  (Pritchard  et  al.,  2000; 
Wilson et al., 2003). Abordarea baesiană pentru inferența statistică, se bazează pe declarații subiective 
ale probabilității. Datele se presupune a fi stabile, iar informația anterioară este utilizată pentru a testa 
probabilitatea ca diferiți parametri să poată explica aceste date. Spre deosebire de statistica clasică, care 
furnizează  în  mod  constant  probabilități  multiple,  ceea  ce  înseamnă  că  numeroase  scenarii  (cum  ar  fi 
mai multe populații candidat pentru origine) pot fi comparate simultan. Studii de simulare și aplicații pe 
anumite seturi de date, au dus la concluzia că abordarea baesiană, adesea, întrece metodele originale 
bazate  pe  frecvențe  (Cornuet  et  al.,  1999;  Manel  et  al.,  2002),  deși  această  abordare  presupune  că  în 
fiecare  caz,  au  fost  prelevate  probe  din  adevărata  populație  de  origine,  ceea  ce  se  poate  să  nu  se  fi 
întâmplat în realitate. 
Testele  de  atribuire,  în  general,  se  derulează  mai  bine  când,  profile  genetice  detaliate  ale 
populațiilor, sunt obținute dintr‐un număr relativ crescut de indivizi, utilizând loci multipli (până la 20) cu 
polimorfism ridicat. Din acest motiv, testele de atribuire au fost în general bazate pe date furnizate de 
microsateliți, deși pot fi de asemenea obținute din analize de tip alozime, RAPD și AFLP. 
Deși testele de atribuire, adesea furnizează informații valoroase, performanțele acestora, depind de 
un  număr  de  variabile,  incluzând  gradul  de  diferențiere  al  populației,  mărimea  probei  (numărul  de 
indivizi de la care au fost prelevate probe), numărul de loci și variabilitatea markerilor. 
 
 
6.4. Variabilele fluxului de gene 
 
Dispersia, are în general, atât avantaje cât și dezavantaje. Indivizii care migrează pot beneficia de 
lipsa consangvinizării, identificarea unui nou areal cu relativ puțini competitori sau evitarea patogenilor, 
paraziților sau prădătorilor. Pe de altă parte pot fi incapabili de identificarea unui nou areal sau partener 
și bineînțeles se pot constitui în pradă în timpul migrației. Din perspectivă evolutivă, dispersia trebuie să 
intervină doar dacă beneficiile sunt mai mari decât riscurile, iar această analiză a relației cost – beneficiu 
este  o  parte  a  motivului  pentru  care  frecvența,  modul  și  distanța  dispersiei,  variază  semnificativ  între 
specii. 
Modelele de dispersie sunt în general complexe la plante, fungi și nevertebrate, deoarece acestea 
prezintă  adesea  numeroase  mecanisme  ale  dispersiei.  Un  alt  motiv  important  pentru  existența  unor 
mecanisme relativ complexe la plante, fungi și nevertebrate, constă în abilitatea unora dintre ele să se 
disperseze în timp. Numeroase plante au depozite de semințe, formate în momentul în care semințele 
sunt acoperite de substrat și intră într‐o perioadă de dormanță care, în funcție de specie, poate dura de 
la câțiva ani, până la 100 de ani sau chiar mai mult. Întârzierea germinării determină ca genotipurile care 
au  fost  absente  din  cadrul  populației  pentru  o  perioadă  de  câțiva  ani,  să  fie  reintroduse  în  populație, 
rezultând astfel un flux de gene temporal. 
 
 
6.4.1. Abilitatea de dispersie 
 
Deși  dispersia,  nu  conduce  întotdeauna  la  un  flux  de  gene,  dar  este  însă  un  precursor  necesar, 
există specii cu o mobilitate ridicată care prezintă un nivel ridicat al dispersiei și fluxului de gene.  
 
 
 
 
5 
 
 6.4.1.1. Izolarea prin distanță 
 
Până  acum,  au  fost  comparate  capacitatea  de  dispersie,  cu  estimarea  fluxului  de  gene,  ambele 
având  la  bază  o  singură  valoare  (de  obicei  o  valoare  medie)  FST.  Reducerea  modelelor  complexe  ale 
fluxului  de  gene  la  o  singură  variabilă,  constituie  un  aspect  interesant,  dar  presupune  că  foarte  multă 
informație detaliată despre modelele dispersiei va fi pierdută. De exemplu, în cazul a numeroase specii, 
cantitatea fluxului de gene între populații, este invers proporțională cu distanțele geografice dintre ele, 
deoarece  indivizii  se  vor  dispersa  în  arealele  învecinate.  Acest  proces  este  cunoscut  ca  izolare  prin 
distanță  (IBD;  Wright,  1943),  fiind  cel  mai  adesea  estimată  prin  regresia  logaritmică  a  transformărilor 
estimate  ale  fluxului  de  gene  între  perechi  de  populații  și  distanțele  geografice  corespunzătoare 
transformate logaritmic. Semnificația acestei relații, poate fi dedusă prin utilizarea testului Mantel, care 
se  aplică  pentru  o  corelație  între  distanțele  geografice  și  genetice.  Acest  test  este  aplicabil  în  cazul 
acestei comparații, deoarece nu presupune că realizarea unor comparații între perechi de populații, nu 
sunt independente. Panta și intercepția regresiei IBD, poate fi utilizată pentru a testa puterea relației. 
 
 
6.4.2. Bariere ale dispersiei 
 
Bariere  ale  dispersiei,  pot  fi  ușor  de  recunoscut  în  teren,  de  exemplu,  cursuri  de  apă  sau  lanțuri 
muntoase,  pot  induce  o  limitare  a  distribuției  pentru  numeroase  care  trăiesc  pe  sol,  iar  solul  secetos 
constituie o barieră pentru numeroase organisme care trăiasc de‐a lungul cursurilor de apă. În contrast, 
bariere fizice robuste sunt irelevante pentru oceane, deoarece specii precum stridiile, multe alte bivalve, 
stele de mare, arici de mare și numeroase alte specii ale căror larve sunt planctonice și pot rămâne timp 
îndelungat mobile, sunt teoretic capabile de a fi transportate pe vaste întinderi ale oceanului. 
Urmărirea speciilor de dimensiuni mici, pe suprafețe foarte mari, cum ar fi oceanele, a fost aproape 
imposibilă,  înaintea  dezvoltări  markerilor  moleculari.  Devine  evident  faptul  că,  chiar  dacă  nu  sunt 
vizibile, barierele pot influența fluxul de gene, în aproape orice tip de habitat. 
 
 
6.4.3. Habitate fragmentate și metapopulații 
 
Un alt factor care influențează fluxul de gene, este reprezentat de distribuția habitatelor adecvate 
în  cadrul  unui  areal.  Speciile  care  supraviețuiesc  în  habitate  temporare,  se  pot  frecvent  dispersa  între 
areale,  cum  este  cazul  păianjenului  Geolycosa  pikei,  care  trăiește  pe  dunele  de  nisip,  prezintă  o 
diferențiere genetică foarte scăzută pentru zece populații aparent izolate (Boulton et al., 1998). Se pare 
așadar,  că  neuniformitatea  fragmentării  arealelor,  conduce  la  un  flux  de  gene  accentuat  în  cazul  unor 
specii și scăzut în cazul altora, deși anumite fluxuri de gene sunt necesare pentru supraviețuirea speciilor 
care locuiesc în areale efemere.  
Dacă o specie trăiește într‐un habitat fragmentat și de obicei se dispersează între areale favorabile, 
poate  forma  metapopulații.  Conceptul  de  metapopulație  datează  încă  din  anul  1930,  deși  termenul 
actual este atribuit lui Lewin (1969) care a prezentat un model explicit de metapopulație. Acest model 
cunoscut în prezent ca metapopulația clasică, se referă la o populație de populații, care se află într‐un 
echilibru între extincție și recolonizare, acestea fiind legate între ele prin dispersia aflată în desfășurare 
și fluxul de gene. 
În timp ce conceptul de metapopulație a devenit din ce în ce mai uzual în literatura de specialitate, 
au  apărut  și  unele  variații.  O  ușoară  modificare  a  conceptului  original,  care  presupune  ca  toate 
 
6 
 
populațiile să aibă aceeași probabilitate de a deveni extincte la un anumit moment, se referă la modelul 
insulă – continent. Acesta descrie o metapopulație în cadrul căreia, un număr mic de populații regionale 
(continentale),  rămân  relativ  stabile  în  timp  și  acționează  ca  surse  de  (re)colonizare  pentru  noile 
populații (insulare).  Recent, termenul a fost adaptat de numeroase ori în linii mari, pentru a se referi la 
o serie de populații conspecifice care sunt interconectate prin intermediul dispersiei. În acord cu această 
versiune  modificată,  în  care  extincțiile  localizate  nu  constituie  în  mod  obligatoriu  o  premiză,  au  fost 
create un număr de modele pentru populații alternative. Există totuși, în literatură, unele dezbateri care 
indică faptul că aceste modele reprezintă de fapt populații subdivizate. 
Procesul  intervenției  extincțiilor  repetate  și  recolonizărilor,  poate  afecta  structura  genetică  a 
metapopulațiilor, în diferite moduri. Extincțiile și recolonizările, vor fi adesea însoțite de reduceri bruște 
de  efectiv,  care,  conduc  la  o  reducere  a  mărimii  efectivului  populației  (Ne),  drift  genetic  accelerat  și 
scăderea variabilității genetice. Valoarea lui Ne va fi substanțial redusă dacă toate populațiile existente în 
cadrul  unei  metapopulații,  descind  relativ  recent  dintr‐o  singură  populație  ancestrală  (Figura  6.1). 
Extincțiile și recolonizările, vor afecta de asemenea, măsura în care populațiile sunt diferite genetic, una 
de alta. 
 
  Subpopulații 
       1         2          3         4         5         6 
  Metapopulația 
  inițială 
 
  Extincție 
 
 
Timp

 
  Extincție și 
  recolonizare 
 
 
 
 
Figura 6.1. O metapopulație inițială formată din șase subpopulații trece printr‐o serie de extincții și recolonizări. 
Cercurile colorate reprezintă arealele ocupate iar cercurile albe reprezintă populațiile extincte. Liniile dintre cercuri 
indică sursa indivizilor implicați în colonizare. În prezent metapopulația este formata din patru subpopulații (2, 3, 4 
și 5). Toate aceste subpopulații au descins recent din indivizi care s‐au dispersat dintr‐o singură subpopulație 
(subpopulația 3) și prin urmare valoarea lui Ne va fi semnificativ mai mică comparativ cu valoarea lui Nc 
 
 
SUMAR CURS 6 
 
 Majoritatea  speciilor  sunt  alcătuite  din  populații  multiple.  Măsura  în  care  aceste  subpopulații  se 
diferențiază  între  ele  poate  fi  cuantificată  pe  diferite  căi  inclusiv  distanța  genetică  standard 
propusă de Nei (D). 
 Statistica  F  utilizează  coeficienții  de  consangvinizare  pentru  a  separa  variabilitatea  genetică  în 
cadrul  și  între  populații:  FIT  reflectă  numărul  total  de  consangvini  în  cadrul  unei  populații;  FST 
indică gradul de consangvinizare în cadrul unei populații datorat diferențierii subpopulațiilor; FIS 

 
7 
 
 indică  gradul  de  consangvinizare  din  cadrul  subpopulațiilor.  Cea  mai  utilizată  măsură  este  FST, 
care indică gradul de diferențiere între populații diferite. 
 Volumul  fluxului  de  gene  între  populații  este  un  factor  determinant  foarte  important  al 
diferențierii genetice. Dispersia și fluxul de gene pot fi cuantificate utilizând metode directe (cum 
ar fi urmărirea radio), metode indirecte care furnizează o estimare a valorii pentru Nem și testele 
de atribuire. 
 Modelele  dispersiei  prezintă  variații  largi  între  și  în  cadrul  grupelor  taxonomice.  Dispesia  este 
complexă în special la plante, fungi și nevertebrate deoarece numeroase specii din cadrul acestor 
grupe  prezintă  diferite  mecanisme  de  dispersie  pe  parcursul  ciclului  biologic  putându‐se  de 
asemenea dispersa în timp în urma unor perioade prelungite de diapauză. 
 Deși  dispersia  nu  conduce  neapărat  la  flux  de  gene,  speciile  care  prezintă  abilități  bune  de  a  se 
dispersa  în  general  prezintă  și  nivele  ridicate  corespunzătoare  ale  fluxului  de  gene.  Speciile  cu 
abilități intermediare de dispersie pot adesea prezenta modele de izolare prin distanță. 
 Barierele  dispersiei  vor  influența  pozitiv  diferențierea  genetică  a  populațiilor.  Datele  moleculare 
pot  evidenția  în  unele  cazuri  bariere  ale  dispersiei  neidentificate  anterior  putând  fi  deasemeni 
folositoare în regiuni relativ inaccesibile cum ar fi oceanele. 
 Reproducerea  poate  deaseemnei  influența  fluxul  de  gene  și  diferențierea  populațională.  Atât  la 
plante  cât  și  la  animale  speciile  capabile  de  reproducere  prezintă  un  nivel  crescut  al  fluxului  de 
gene  comparativ  cu  speciile  clonale.  La  plante,  această  diferență  este  în  general  atribuită 
mecanismelor dispersiei polenului. 
 Speciile  care  trăiesc  în  habitate  efemere  sau  fragmentate  pot  fi  în  egală  măsură  considerate  ca 
având  o  dispersie  regulată  sau  rară.  În  cazul  celor  cu  dispersie  rară  acestea  pot  exista  în  cadrul 
unei  metapopulații  la  nivelul  căreia  populațiile  locale  sunt  conectate  prin  flux  de  gene  și  sunt 
subiectul proceselor repetate de extincție și recolonizare. 
 
 
ÎNTREBĂRI DE VERIFICARE 
 
6.1. Un studiu a șase populații de Passer domesticus din vestul Canadei au evidențiat o medie a FST 
de  0,136  și  o  medie  a  FIS  de  0,085.  Care  este  coeficientul  total  de  consangvinizare  între  cele  șase 
populații? 
 
6.2.  Utilizând  datele  de  la  întrebarea  1,  calculați  măsura  medie  indirectă  a  fluxului  de  gene  între 
cele șase populații. 
 
6.3. O analiză în cadrul a patru populații de Coenagrion puella a evidențiat o medie a valorii lui Nem 
de  8,8  per  generație,  în  timp  ce  studiile  de  marcare  ‐  recapturare  au  dus  la  identificarea  a  doar  patru 
imigranți  în  timpul  celor  opt  săptămâni  ale  sezonului  de  împerechere.  Cum  poate  fi  explicată  această 
discrepanță? 
 
 

 
8 
 
 7.1. INTERACȚIUNI INTERSPECIFICE 
 
O cale în care sunt implicate relațiile interspecifice, se întâlnește în cazul relațiilor de tip plantă – 
erbivor  sau  pradă  –  prădător,  un  exemplu  clasic  în  acest  caz,  fiind  cel  al  plantelor  care  produc  fructe, 
consumate  ulterior  de  organismele  frugivore.  De  exemplu  specia  Sorbus  torminalis  este  un  arbore 
caracteristic pădurilor temperate, fiind nativ în Europa. Semințele acestui arbore nu germinează dacă nu 
a fost îndepărtată toată pulpa fructului, proces care are loc doar dacă trece prin intestinul unui animal. 
Numeroase animale, cum ar fi vulpile, bursucii, urșii, câteva specii de păsări, inclusiv sturzii și mierlele, 
reprezintă  vectori  care  contribuie  la  dispersia  semințelor  acestei  plante.  Dispersia  pe  distanțe  lungi 
poate fi realizată în timp (până la 12 ore), perioadă în care plantele rămân în tractul digestiv al păsărilor 
(Oddou‐Muratorio et al., 2001).  
Un  exemplu  de  interacțiune  de  tip  pradă  –  prădător  care  poate  influența  dispersia,  este  cel  al 
abandonării larvelor speciei Pristiphora erichsonii de către animale mici, cum ar fi rozătoarele (Buckner, 
1959).  Oricum,  dispersia  directă  a  prăzii  de  către  prădător,  nu  este  un  fenomen  larg  răspândit,  iar  în 
cazul animalelor, rolul prădătorismului, poate fi foarte important în determinarea dispersiei, și anume, 
dacă indivizii se dispersează pentru evitarea prădătorismului sau în zone libere, fără prădători. 
 
 
7.1.1. Gazde și paraziți 
 
Dispersia, poate fi influențată în mare măsură de către relații de tip gazdă – parazit. Din punct de 
vedere al parazitului, dispersia este controlată de către gazdă. Într‐un studiu efectuat prin analize de tip 
PCR‐RFLP  pentru  trei  loci  polimorfi  pe  reprezentanți  ai  speciei  nematodului  Strongyloides  ratti,  a  fost 
identificat un nivel ridicat al fluxului de gene de la o distanță de aproximativ 480 de kilometri în Anglia. 
Acesta este un parazit al șobolanilor (Rattus norvegicus) și este cel mai probabil, dispersat de masculii 
juvenili  de  șobolan,  care  migrează  din  siturile  natale,  colonizând  noi  areale  și  împiedicând  astfel 
subdivizarea populației parazitului (Fisher et al., 1998). 
Paternurile de dispersie ale gazdelor și paraziților acestora, sunt mai puțin concordante în cazul în 
care paraziții au mai multe gazde. 
În timp ce dispersia parazitului este adesea dependentă de dispersia unei anumite gazde, este de 
asemenea adevărat faptul că dispersia gazdelor poate fi influențată de distribuția paraziților,astfel încât 
o aglomerare de paraziți într‐un anumit situs, determină o migrare a gazdei. 
 
 
7.2. Diferențierea populațioanlă: Driftul genetic și Selecția naturală 
 
Fluxul  de  gene  este  fără  îndoială,  unul  dintre  cele  mai  importante  procese  în  studiul  geneticii 
populaționale. În absența fluxului de gene, o combinație a proceselor mutaționale și driftului genetic, va 
cauza  o  divergență  genetică  a  populațiilor,  deoarece  în  prezența  fluxului  de  gene,  populațiile  pot  fi 
menținute  împreună,  ca  unități  interconectate  care  contribuie  ca  un  tot  unitar,  la  evoluția  speciei.  Cu 
toate acestea, fluxul  de  gene nu  creează neapărat  populații omogene din punct de vedere genetic, ci, 
dimpotrivă, populațiile pot schimba în mod regulat imigranți, menținând astfel un nivel semnificativ al 
divergenței genetice. 
 
 
 
 
1 
 
 7.2.1. Fluxul de gene și driftul genetic 
 
În  absența  fluxului  de  gene,  populații  conspecifice  se  vor  diversifica  și  vor  deveni  populații 
divergente,  ca  rezultat  al  acțiunii  driftului  genetic.  Oricum,  pentru  a  reduce  rata  driftului  genetic  și 
implicit  pentru  a  preveni  subdivizarea  populației,  este  suficient  chiar  și  un  nivel  scăzut  al  fluxului  de 
gene. Luând în considerare relația dintre fluxul de gene și diferențierea populațională (FST), din ecuația 
FST, când populațiile se află în echilibru, rezultă că, deși populațiile sunt complet divergente când Nem = 0 
și  FST  =1,  chiar  și  o  creștere  minimă  a  fluxului  de  gene  (Nem),  va  reduce  semnificativ  diferențierea 
populațională  (FST)  (Figura  7.1).  Cu  un  singur  migrant  la  fiecare  patru  generații  (Nem  =  0,25),  valoarea 
pentru FST  va fi redusă cu 0,5. Dacă un migrant se deplasează între două populații în fiecare generație, 
(Nem  =  1),  atunci  FST  =  0,20.  În  timp  ce  FST  este  o  măsură  a  gradului  de  consangvinizare  în  cadrul  unei 
populații locale, în raport cu  populația colectivă (un grup de populații) și reflectă probabilitatea ca două 
alele oarecare din cadrul populației, să fie identice în descendență, o valoare de 0,2 a lui FST, sugerează 
că o populație locală este doar cu 20 de procente mai consangvină, comparativ cu populația colectivă, 
chiar dacă fluxul de gene este încă foarte scăzut. De fapt, teoretic, se poate spune că valorile pentru Nem 
egale doar cu unu per generație, poate fi suficient pentru a preveni diferențierea populațiilor, prin drift 
genetic (Wright, 1931). 
 
1 
 
 
 
 
FST 
 
 
 
 
0   
  0     2      4       6          8           10
  Nem 
Figura 7.1 Compararea diferențierii genetice între populații (FST) și estimarea indirectă a nivelului fluxului de gene 
(Nem), pe baza relației exprimată de formula: FST = 1/(4Nem+1). Valorile pentru FST scad foarte repede, chiar și cu 
un nivel scăzut al fluxului de gene  
 
În timp ce fluxul de gene, determină o scădere a ratei driftului genetic, este evident că, atâta timp 
cât  toți  ceilalți  parametri  sunt  egali,  populații  izolate,  vor  avea  o  valoare  scăzută  pentru  Ne,  o  rată 
crescută a driftului și o variabilitate genetică scăzută, comparativ cu populațiile care primesc imigranți 
(Tabel  7.1).  Chiar  și  nivele  scăzute  ale  imigrărilor,  pot  determina  introducerea  de  noi  genotipuri, 
creșterea efectivului populației și implicit a diversității genetice a populațiilor locale. 
 
 
 
 
 
 
 

 
2 
 
 Tabel 7.1 Unele cîi, prin care fluxul de gene (sau lipsa acestuia) pot influența genetica populațiilor. Fluxul de gene, 
tinde a fi corelat pozitiv cu diversitatea genetică și valoare lui Ne, și negativ, cu rata driftului genetic în cadrul 
populațiilor și gradul de diferențiere genetică între populații 
Connected populations Isolated populations 
 
(gene flow)  (no gene flow) 
   
Ne 

Genetic drift     

Genetic diversity     

Population differentiation     

 
 
7.2.2. Fluxul de gene și adaptarea locală 
 
Driftul genetic, nu este singura forță care determină o divergență a populațiilor. Mediile de viață nu 
sunt omogene, astfel încât, diferite genotipuri vor fi selectate pentru anumite condiții, proces cunoscut 
sub  numele  de  adaptare.  Coexistența  forțelor  divergente  și  omogenizatoare,  a  condus  la  un  aspect 
foarte interesant al geneticii ecologice – intervenția adaptării, în fața fluxului de gene. 
Analiza  acestor  aspecte,  implică  un  schimb  între  cantitatea  de  flux  de  gene  și  puterea  presiunii 
selective,  acționând  asupra  trăsăturilor  în  cauză.  Presiunea  selectivă,  poate  fi  cuantificată  pe  baza 
nivelului  relativ  al  fitness‐ului.  Fenotipul  (și  genotipurile  determinante)  care  generează  cei  mai  mulți 
urmași  în  cadrul  unei  populații,  este  considerat  ca  având  o  valoare  a  fitness‐ului  (w),  egală  cu  unu.  În 
timp  ce  toate  celelalte  fitness‐uri  au  un  nivel  mai  scăzut,  valorile  acestora,  trebuie  implicit,  să  fie  mai 
mici decât unu. Luând în considerare, o populație ipotetică, în care genotipul A prezintă cel mai ridicat 
fitness (w=1), iar fitness‐ul relativ al genotipului a este 0,75, aceasta înseamnă că, pentru fiecare 100 de 
genotipuri  de  tip  A  care  supraviețuiesc,  doar  75  de  genotipuri  de  tip  a  vor  supraviețui.  Un  parametru 
corelat,  este  coeficientul  de  selecție,  care  se  calculează  pe  baza  valorii  lui  w  și  reprezintă  o  măsură  a 
probabilității reduse a supraviețuirii: 
 
1  
 
Coeficientul  de  selecție  pentru  genotipul  a,  se  poate  calcula  astfel:  s  =  1‐0.75  =  0.25.  rata  de 
supraviețuire  a  genotipului  a  în  cadrul  populației,  se  preconizează  a  fi  cu  25  procente  mai  mică, 
comparativ cu cea a genotipului A, în fiecare generație. Pentru orice genotip din cadrul unei populații, cu 
cât coeficientul de selecție este mai mare și cu cât presiunea selectiva va fi mai ridicată împotriva acelui 
genotip, cu atât șansele sunt mai mari ca acel genotip să devină extinct. 
Dacă  presiunea  selectivă  este  suficient  de  mare,  adaptabilitatea  locală  poate  persista  în  ciuda 
nivelului ridicat al fluxului de gene (Endler, 1977). 
 
 
7.2.2.1. Driftul genetic, versus selecția 
 
Deoarece fluxul de gene poate împiedica adaptarea locală doar dacă rata de migrație (m) depășește 
ca  valoare  puterea  selecției  (s),  rezultă  că,  dacă  fluxul  de  gene  este  scăzut,  chiar  și  presiuni    relativ 

 
3 
 
scăzute  ale  selecției,  pot  accelera  divergența  a  două  populații.  Referitor  la  interacțiunile  dintre  drift  și 
selecție, cel mai important aspect este mărimea populației (Ne). dacă selecția este puternică comparativ 
cu  mărimea  populației adică, dacă are  o valoare mult mai  mare  decât 1/(4Ne), atunci,  efectul driftului 
genetic  va  fi  neglihabil.  Dacă,  valoarea  lui  s,  este  mult  mai  mică  decât  1/(4Ne),  atunci  schimbările  în 
frecvența  alelelor,  va  fi  atribuită  driftului  genetic,  deși  mutațiile,  de  asemenea,  pot  avea  o  contribuție 
importantă. Interacțiunile dintre fluxul de gene, drift și selecție, sunt reprezentate schematic în Figura 
7.2. 
Există  numeroase  motive  pentru  care  dorim  să  cunoaștem  dacă  driftul  genetic  sau  selecția, 
constituie un mobil mai puternic al diferențierii populaționale. Dintr‐un anumit punct de vedere, selecția 
naturală  poate  însemna  că  populația,  pentru  o  parte  dintre  specii,  nu  poate  ajunge  la  un  echilibru  în 
cazul  mutării  în  alte  areale,  aceasta  fiind  o  considerație  importantă  în  cazul  programelor  de 
reintroducere a speciilor. În practică, este în general foarte dificil să se obțină estimări ale valorilor lui s 
și Ne în cazul populațiilor sălbatice (naturale), ceea ce înseamnă că o comparație a acestor două variabile 
nu  este  un  mod  practic  de  evaluare  a  importanței  relative  a  selecției.  O  metodă  alternativă  pentru 
identificarea  adaptării  locale,  este  aceea  realizată  prin  experimente  reciproce  de  mutare  a  indivizilor, 
prin  care  aceștia  sunt  prelevație  din  una  sau  mai  multe  populații,  fiind  ulterior  mutați  în  alte  situri  de 
interes.  Indivizii,  sunt  ulterior  monitorizați  pentru  a  fi  observată  dezvoltarea  comparativ,  între  arealul 
natal și cel nou, în care au fost introduși. Pentru fiecare populație, valorile relative ale fitness‐ului sunt 
comparate pentru indivizii nativi și pentru cei introduși, iar fitness‐ul ridicat al indivizilor nativi, indică o 
mai bună adaptare locală. Experimentele de mutare reciprocă de indivizi, au fost utilizate în special în 
studii ale plantelor și fungilor, fiind considerate irelevante în cazul speciilor cu mobilitate crescută. 
 
 
Nivele ridicate ale fluxului de gene
 
 
 
Da  Nu 
 
 
  Valoare  Migrația (m) > puterea 
Selecția (s) < 1/(4Ne) 
  mare a Ne  selecției (s) 
 
 
Diferențiere minimă 
  Da  Nu Da Nu
a populațiilor prin 
 
drift genetic 
 
  Diferențiere  Populațiile se vor  Populațiile se vor  Populațiile se vor 
  minimă a  diferenția prin  diferenția prin  diferenția prin 
  populațiilor ărin  selecție  selecție  selecție 
  selecție 
Figure 7.2 Diferențierea genetică a populațiilor, depinde de raportul dintre fluxul de gene, mărimea efectivă a 
populației și selecția naturală 
 
 
 
 
 
 
4 
 
 7.2.2.2. Modele ale evoluției moleculare 
 
O  cale  de  a  deduce  influența  selecției,  este  de  a  compara  secvențe  provenite  de  la  indivizi  din 
diferite  populații  urmând  a  fi  calculate  proporțiile  substituțiilor  sinonime  și  non‐sinonime.  Substituțiile 
sinonime,  nu  determină  alterări  (modificări)  ale  aminoacizilor  codificați,  fiind,  prin  urmare,  neutre  din 
punct  de  vedere  selectiv,  în  timp  ce  substituțiile  non‐sinonime  pot  induce  apariția  de  modificări 
fenotipice. Diferite modele ale substituției, pot oferi, prin urmare, o modalitate de identificare a selecţiei 
naturale, deoarece substituțiile non‐sinonime, trebuie să fie proporțional mai mari în genele selectate.  
Un  avantaj  al  identificării  modului  de  acțiune  al  selecției  din  raportul  substituțiilor,  este  acela  că, 
această  metodă,  ne  permite  să  comparăm  două  categorii  de  substituții  nucleotidice,  de‐a  lungul  unei 
singure catene de ADN, spre deosebire de compararea a două sau mai multe regiuni ale unei gene, care 
pot  avea  istorii  evolutive  diferite.  De  asemenea,  există  și  unele  neajunsuri  ale  acestei  metode,  de 
exemplu, nu este infailibilă – modelele de substituție, nu vor permite evidențierea tuturor acțiunilor de 
selecție,  deoarece  în  anumite  cazuri,  modificarea  unei  singure  nucleotide,  poate  avea  consecințe 
fenotipice  semnificative.  Mai  mult,  se  pot  folosi  aceste  metode,  doar  dacă  știm  ce  gene  au  fost 
selectate, identificarea genelor candidat, fiind dificilă. 
 
 
7.2.2.3. Diferențierea genetică discordantă 
 
Migrația  și  driftul  genetic,  se  presupune  că  ar  avea  aproximativ  aceleași  efecte  asupra  tuturor 
locilor neutri din punct de vedere selectiv, în timp ce efectul selecției, va fi variabil între locii neutri și cei 
non‐neutri. Prin urmare, este de așteptat ca, toți locii neutri, să prezinte nivele similare ale divergenței 
genetice  în  cadrul  populațiilor,  în  timp  ce  locii  non‐neutri  (sau  loci  asociați  prin  linkage  la  locii  non‐
neutri)  se  așteaptă  ca  aceștia  să  prezinte  nivele  anormale  de  divergență.  Aceste  nivele  diferite,  pot  fi 
foarte  mari  sau  foarte  scăzute,  în  funcție  de  tipul  selecției,  la  care  au  fost  supuse  genele.  Selecția 
direcțională va induce o creștere a diferențierii populaționale, daca sunt selectate diferite alele pentru 
anumite  populații,  în  timp  ce  selecția  balansată  poate  reduce  diferențierea  între  populații,  prin 
menținerea aceleiași suite de gene alele, în populații multiple. Prin compararea mai multor variabile ale 
diferențierii  populaționale  fiecare  acționând  asupra  unui  alt  locus,  se  poate  identifica  un  marker  care 
prezintă nivele neobișnuite ale diferențierii, și chiar mai mult, care poate indica o regiune genetică aflată 
sub acțiunea selecției. 
Markerii  genetici  discordanți,  sunt  adesea  utilizați    pentru  identificarea  aparentă  a  genelor  non‐
neutre, deși sunt rareori interpretate ca evidențe concluzive pentru selecția naturală, deoarece variații 
ale FST în cadrul a diferiți loci, pot să apară ca rezultat al variației randomice în cadrul driftului genetic. 
Această  varianță  generată  randomic  a  FST  în  cadrul  locilor,  poate  fi  relativ  ridicată  dacă  mărimea 
populației  fluctuează  de‐a  lungul  timpului,  în  timp  ce  pierderea  alelelor  rare  în  timpul  perioadelor  de 
reducere bruscă a efectivului populației, are un impact mai mare asupra unor loci, comaprativ cu alții. 
Trebuie  de  asemenea  ținut  cont  de  faptul  că  markerii  genetici,  pot  suferi  mutații  cu  rate  diferite  de 
producere,  ceea  ce  poate  influența  compararea  valorilor  FST  calculate  pe  baza  unor  astfel  de  markeri. 
Efectele  proceselor  mutaționale  asupra  valorilor  FST  trebuie  să  fie  neglijabile  dacă  populația  se  află  în 
echilibru drift – migrație, în timp ce markerii cu evoluție rapidă pot avea valori ale FST relativ mari, dacă 
noile mutații nu sunt dispersate între populații suficient de repede astfel încât să se ajungă la echilibru 
între fluxul de gene și driftul genetic. Când toate valorile FST sunt mari într‐un anumit set de markeri (de 
exemplu microsateliții), comparativ cu un alt set de markeri (de exemplu alozimele), discrepanțele pot fi 
atribuite unor rate diferite ale mutației comparativ cu selecția naturală. 
 
5 
 
  
 
7.2.2.4. Variații clinale în frecvența alelelor 
 
O altă cale de evidențiere a selecției naturale, este de a examina modificările produse în frecvența 
alelelor de‐a lungul clinelor geografice. Acestea sunt cauzate de modificări graduale în cadrul uneia sau 
mai  multor  variabile  de  mediu,  de  exemplu,  o  modificare  a  fotoperioadei,  de‐a  lungul  gradientului 
latitudinal. Dacă anumite alele sunt asociate cu variabilele de mediu, atunci, acestea pot fi indicatoare 
pentru acțiunea selecției.  
Înainte  ca  acțiunea  selecției  să  fie  invocată  ca  o  explicație  pentru  variațiile  clinale  implicate  în 
frecvența alelelor, trebuie luate în considerare și anumite procese istorice cum ar fi efectul fondatorului 
și  reducerile  bruște  de  efectiv,  deoarece  modificările  produse  în  frecvența  alelelor  pot  reflecta 
genotipurile indivizilor fondatori. 
Evenimente  randomice  cum  ar  fi  reducerile  bruște  ale  efectivului  populației,  constituie  explicații 
puțin probabile pentru variațiile clinale implicate în frecvența alelelor, dacă gradiente genetice similare 
se regăsesc în mai multe regiuni distincte geografic. 
 
 
7.2.2.5. FST versus QST 
 
Selecția poate fi de asemenea dedusă din comparația între FST și variațiile trăsăturilor cantitative, 
trăsături  care  sunt  influențate  de  câteva  gene  diferite.  Numeroase  trăsături  importante  sunt 
cantitative,  cum  ar  fi  înălțimea,  greutatea  și  diferite  variabile  ale  fitness‐ului  reproductiv,  cum  ar  fi 
mărimea  pontei  sau  timpul  de  înflorire  la  plante.  Acestea  contrastează  cu  trăsăturile  calitative  sunt 
discrete și controlate de unul sau câțiva loci, cum ar fi forma boabelor de mazăre (netede sau zbârcite) 
descrise  în  experimentele  lui  Mendel.  Trăsăturile  cantitative  sunt  controlate  de  complexe  de  gene, 
cunoscute  sub  numele  de  loci  ale  trăsăturilor  cantitative  (quantitative  trait  loci  –  QTL).  Aceștia  sunt 
adesea influențați de puternic de către efectele de mediu, cum ar fi, de exemplu, timpul de înflorire la 
plante, care este dependent de factorii externi cum ar fi temperatura și fotoperioada, ca și de anumite 
gene.  Varianța  în  cadrul  caracterelor  cantitative,  poate  fi  împărțită  în  valoarea  varianței  datorată 
factorilor genetici, cunoscută ca varianță genotipică (σ2g) și cea datorată factorilor de mediu, cunoscută 
ca varianță de mediu (σ 2e). 
Diferențierea între acțiunea factorilor de mediu și a celor genetici asupra variațiilor fenotipice ale 
caracterelor  cantitative  poate  fi  problematică,  deoarece  numeroase  astfel  de  caractere  prezintă  o 
plasticitate  fenotipică.  În  condiții  experimentale,  experimentele  de  reproducere  și  analizele  de 
pedigree pot fi utilizate, dar sunt inaplicabile populațiilor naturale. O alternativă și adesea o cale mai 
practică  de  estimare  a  componentelor  genetice  ale  caracterelor  cantitative,  este  cea  de  calculare  a 
heritabilității    (h2).  Valorile  acestui  parametru  sunt  cuprinse  între  zero  și  unu,  situație  în  care,  o 
heritabilitate  de  unu,  înseamnă  că  un  anumit  caracter  este  determinat  doar  genetic,  fără  nici  o 
influență a mediului. O cale de estimare a heritabilității este pe baza regresiei părinți – descendenți, 
care  are  la  bază  o  comparație  între  fenotipurile  genitorilor  și  descendenților.  Dacă  fenotipurile 
genitorilor și descendenților prezintă o puternică similaritate, indiferent de influența mediului, atunci 
varianța genotipică (și implicit heritabilitatea) este mare, iar varianța mediului este scăzută. 
Odată ce estimarea heritabilității a fost realizată, varianța genotipică a QTL poate fi împărțită în 
cadrul aceleiași populații sau între populații. Această variabilă este notată cu QST și este comparabilă cu 
FST deoarece reprezintă gradul la care populațiile sunt diferite genetic, fiind calculată ca: 

 
6 
 
  
2  
 
σ 2g (between) = the amount of genotypic variance between populations 
σ 2g (within) = the amount of genotypic variance within populations 
 
Este  cunoscut  faptul  că  valoarea  FST  când  este  calculată  pe  baza  unor  markeri  genetici  neutri, 
estimează gradul la care populațiile devin divergente, ca rezultat al fluxului de gene și driftului genetic. 
Valorile  QST  trebuie  să  prezinte  nivele  similare  ale  diferențierii  populaționale  dacă  se  bazează  pe 
caractere cantitative neutre din punct de vedere selectiv, dar estimarea valorilor pentru QST și FST sunt 
adesea discordante.  Un studiu bibliografic, sugerează existența a trei situații rezultate din compararea 
valorilor QST și FST între populații aparținând aceleiași specii. În primul caz, QST> FST, ceea ce presupune că 
trăsăturile cantitative s‐au diferențiat într‐o măsură mai mare decât era așteptat doar pe baza driftului 
genetic.  Acest  aspect  evidențiază  faptul  că  selecția  direcțională  favorizează  diferite  fenotipuri,  din 
diferite populații.  
În a doua situație, QST = FST, ceea ce semnifică faptul că trăsăturile cantitative sunt neutre selectiv. 
Trebuie  amintit  faptul  că,  oricum,  egalitatea  dintre  QST  și  FST  nu  înseamnă  neapărat  că  un  caracter 
cantitativ  este  neutru,  deoarece,  în  această  situație,  nu  se  poate  face  o  distincție  clară  între  forțele 
selecției și drift.  
A treia situație posibilă este QST <FST, ceea ce înseamnă că diferențierile la nivel populațional sunt 
mai reduse decât ar putea fi atribuite driftului și prin urmare, același fenotip este selectat în mai multe 
populații 
 
 
SUMAR CURS 7 
 
 Dispersia speciilor poate fi dependentă de distribuția simbionților. Dispersia paraziților urmează de 
obicei deplasările (migrațiile) gazdelor, deși există și situații în care dispersia gazdelor este direct 
influențată de răspunsul la atacul paraziților. 
 Driftul  genetic  și  selecția  naturală  pot  induce  o  divergență  a  populațiilor.  Fluxul  de  gene  are 
tendința  de  omogenizare  a  populațiilor,  deși  divergența  între  populații,  poate  interveni  în  ciuda 
acțiunii fluxului de gene, dacă selecția (s) este suficient de puternică. În schimb, în cazul în care 
rata  migrației  (m)  depășește  puterea  selecției  (s),  atunci  adaptarea  locală  va  fi  împiedicată  prin 
introducerea continuă a alelelor din altă populație. 
 Selecția poate fi dedusă din analiza substituțiilor non‐sinonime care apar în cadrul populației, din 
discrepanțele la nivelul diferențierilor care sunt evidențiate în loci diferiți sau din variațiile clinale 
în frecvența alelelor. 
 QST măsoară varianța genetică a locilor cantitativi (QTL) în cadrul unei populații sau între populații 
diferite. Dacă valoarea QST este mai mică sau mai mare comparativ cu valoarea FST, atunci, poate fi 
evidențiată  o  dovadă  a  selecției.  În  general,  s‐a  demonstrat  că  valorile  QST  sunt  în  general  mai 
mari decît valorile FST.  
 
 
 
 
 
 
7 
 
 ÎNTREBĂRI DE VERIFICARE 
 
7.1. Ce factori pot fi utilizați pentru a determina rata la care două populații devin genetic divergente? 
What factors determine the rate at which two populations diverge genetically from one another? 
 
7.2. Valorile FST între două populații ale unei specii de plantă (Anthoxanthum odoratum) au fost 
estimate pe baza datelor obținute prin tehnici de AFLP, ca fiind:    
 
LOCUS  AFLP  Microsateliți 
Locus 1  0.124 0.327
Locus 2  0.098 0.396
Locus 3  0.103 0.421
Locus 4  0.699 0.372
Locus 5  0.111 0.345
 Locus 6  0.107   
Pot aceste date sugera faptul că selecția naturală acționează în oricare dintre acești loci?  
 
7.3.  Ce  concluzie  se  poate  desprinde  referitor  la  mărimea  QTL  pentru  10  populații  de  floarea 
soarelui (Helianthus annus) situate de‐a lungul gradientului latitudinal, dacă QST < FST?  
 
 

 
8 
 
 8. FILOGEOGRAFIE 
 
Modelele actuale ale fluxului de gene, pot semăna foarte puțin cu legăturile istorice care au existat 
între  populații,  dar  ambele  aspecte  pot  fi  relevante  pentru  distribuția  contemporană  a  speciilor  și  ale 
genelor  acestora.  Înțelegând  cum  evenimentele  istorice  au  ajutat  la  modelarea  actualei  dispersii 
geografice a genelor, populațiile și speciile, sunt principalele aspecte abordate de filogeografie, termen 
introdus  de  Avise  în  anul  1987  (Avise  et  al.,  1987).  Filogeografia  poate  fi  definită  ca  un  domeniu  de 
studiu  al  principiilor  și  proceselor  responsabile  de  distribuția  geografică  a  liniilor  geologice,  în  special 
cele din cadrul anumitor specii sau între specii înrudite (Avise, 2000). Comparând relațiile evolutive ale 
liniilor genetice cu locațiile lor geografice, putem obține o înțelegere mai bună asupra factorilor care au 
avut cea mai mare influență asupra distribuției variațiilor genetice. Prin urmare, filogeografia cuprinde 
aspecte de timp (relații evolutive) și spațiu (distribuția geografică). 
 
 
8.1. Markeri moleculari utilizați în Filogeografie 
 
Filogeografia este orientată către distribuția liniilor genealogice, utilizând secvențe de ADN, acestea 
fiind cei mai buni markeri pentru deducerea genealogiilor. O interpretare mai largă a filogeografiei, ne 
permite  utilizarea  markerilor  de  tipul  microsateliților  și  studiilor  pe  bază  de  AFLP,  care  furnizează 
informații referitoare la similaritatea genetică a populațiilor, pe baza frecvenței alelelor, deși, astfel de 
rezultate, nu coincid cu definiția originală a filogeografiei, propusă de Avise. Frecvența alelelor ne poate 
furniza  informații  referitoare  la  fluxul  de  gene  și  subdiviziunile  genetice  ale  populației  și  prin  urmare, 
aducând adesea contribuții utile la studiul filogeografiei.  
De‐a  lungul  anilor,  markerii  cei  mai  des  utilizați,  cel  puțin  în  cazul  studiului  animalelor,  au  fost 
secvențele mitocondriale, obținute fie prin secvențiere directă sau analiză RFLP; de fapt, înainte de anul 
2000, aproximativ 70% dintre studiile de filogeografie, erau realizate prin analize ale ADN mitocondrial 
(Avise,  2000).  Popularitatea  ADN  mitocondrial  se  bazează  pe  câțiva  factori,  inclusiv  ușurința  cu  care 
poate  fi  manipulat,  rata  relativ  crescută  de  mutație  și  lipsa  de  recombinare,  aspecte  care  duc  la  o 
moștenire clonală efectivă. Mai mult, primeri mitocondriali universali pentru animale sunt disponibili în 
număr tot mai mare, fapt care justifică de ce studiile de filogeografie realizate pe organisme animale, le 
depășesc numeric pe cele realizate pe organisme vegetale. 
În  același  timp,  markerii  mitocondriali  sunt  limitați  de  faptul  că  mitocondria  cuprinde  efectiv,  un 
singur locus. Reconstruirea istoriei populațiilor pe baza unui singur locus, nu este tocmai potrivită dacă 
acest  locus  a  fost  supus  selecției  sau  altor  procese  care  ar  fi  putut  sa‐i  confere  o  istorie  diferită.  Mai 
mult, informațiile furnizate pot fi inexacte dacă ADN mitocondrial a trecut recent de la o specie la alta, 
prin  intermediul  hibridării.  Mai  mult,  sensibilitatea  ADNmt  la  reduceri  bruște  ale  efectivului,  nu 
constituie  întotdeauna  un  avantaj,  existând  și  probabilitatea  ca  modalitatea  sa  de  transmitere  pe  linie 
maternă,  să  conducă  la  o  reconstrucție  incompletă  a  istoriei  populațiilor,  dacă  masculii  și  femelele  au 
urmat diferite modele de dispersie. 
Singura cale de a testa dacă o genealogie realizată pe baza ADNmt reflectă corect istoria populației, 
este  de  a  urmări  concordanța  cu  genealogia  obținută  din  secvențe  de  ADN  având  originea  în  alte 
genomuri.  În  cazul  plantelor,  pot  fi  comparate  date  din  genomurile  mitocondrial,  plastidial  și  nuclear, 
dar în cazul animalelor, ADNmt poate fi înlocuit doar cu date din locii nucleari. Oricum, analiza datelot 
nucleare,  este  mai  puțin  exactă,  comparativ  cu  datele  obținute  din  analiza  genomurilor  organitelor, 
deoarece recombinarea este un proces frecvent întâlnit în genomul nuclar al taxonilor cu reproducere 
sexuată.  Dacă  rata  de  recombinare  pentru  un  anumit  locus  este  similară  cu  rata  de  substituție  a 
 
1 
 
nucleotiodelor, oricare alelă, după toate probabilitățile, va avea mai mult de un ancestor recent, ceea ce 
înseamnă  că  diferite  părți  ale  aceluiași  locus,  vor  avea  istorii  evolutive  diferite.  Deși  trebuiesc  evitate 
astfel  de  complicații,  unele  studii  recente  asupra  filogeografiei  unor  gene  nucleare,  sugerează  că 
recombinările nu trebuiesc privite ca un impediment (Hare, 2001).  
Recombinările pot fi identificate cu ajutorul diferitelor programe pentru calculator (Holmes et al., 
1999;  Husmeier  et  al.,  2001).  O  dată  identificată,  cea  mai  ușoară  cale  de  a  analiza  recombinarea,  cu 
condiția  ca  aceasta  să  fie  prezentă  doar  la  un  nivel  scăzut,  este  de  a  îndepărta  porțiuni  relevante  din 
cadrul secvențelor înainte de a realiza studiile genealogice. 
Un  interes  din  ce  în  ce  mai  mare  este  acordat  utilizării  polimorfismului  la  nivelul  unei  singure 
nucleotide  (SNP)  din  loci  multipli  pentru  reconstruirea  istoriei  unei  populații,  deoarece  reprezintă  cel 
mai  relevant  aspect  al  informației  genetice.  În  acest  moment  SNP  nu  au  fost  caracterizate  adecvat 
pentru a furniza markeri utili pentru majoritatea organismelor care nu constitue modele de analiză deși 
un  studiu  recent  care  a  utilizat  22  de  loci  SNP  pentru  caracterizarea  populațiilor  de  lup  din  peninsula 
Scandinavă indică faptul că neconcordanțele asociate cu SNP vor fi în curând reduse semnificativ timp în 
care se va înregistra o creștere rapidă a numărului studiilor bazate pe acest tip de marker. (Seddon et al., 
2005). 
 
 
8.2. Ceasuri moleculare 
 
Una dintre cele mai ușoare căi de a obține informații referitoare la relațiile evolutive ale diferitelor 
alele,  este  de  a  calcula  măsura  în  care  două  secvențe  sunt  diferite  între  ele  (numită  și  divergența 
secvențelor). Acest aspect este în general prezentat ca procent al situsurilor variabile, deși modele mai 
complexe  iau  în  considerare  procesele  mutaționale,  de  exemplu,  prin  cuantificarea  numărului  de 
tranziții și transversii sau a substituțiilor sinonime si non‐sinonime (Kimura, 1980). Similaritatea a două 
secvențe ne furnizează informații referitoare la timpul scurs din momentul în care au devenit divergente 
deoarece, în general, secvențe cu similaritate ridicată au devenit divergente recent, în timp ce secvențe 
diferite au fost independente evolutiv pentru o perioadă lungă de timp. Se pot obține informații chiar 
mai precise referitoare la timpul de  când secvențele au devenit  divergente dacă se aplică mecanismul 
cunoscut sub numele de ceas molecular. 
Ideea de ceasuri moleculare a fost introdusă în anii 1960 (Zuckerkandl and Pauling, 1965), având 
la  bază  ipoteza  potrivit  căreia  secvențele  de  ADN  evoluează  cu  o  rată  aproximativ  constantă  și  prin 
urmare, diferențele dintre două secvențe, pot fi utilizate pentru calcularea timpului care a trecut din 
momentul  în  care  au  devenit  divergente.  Ceasurile  moleculare  au  fost  utilizate  pentru  a  data 
evenimente ancestrale cum ar fi apariția mamiferelor ancestrale cu cateva milioane de ani înainte de 
extincția  dinozaurilor  (Kumar  and  Hedges,  1998)  sau  evenimente  mai  recente,  cum  ar  fi  separearea 
plantelor alpine circumarctice Saxifraga oppositifolia în două subspecii cu aproximativ 3‐5 milioane de 
ani în urmă (Abbott and Comes, 2004). 
Calibrarea  ceasurilor  moleculare  se  bazează  pe  data  aproximativă  când  două  linii  genetice  devin 
divergente. Aceste date, în mod ideal,  ar trebui să provină din informații care sunt independente de 
datele  moleculare,  cum  ar  fi  fosilele  descuperite  sau  un  eveniment  geologic  cunoscut,  cum  ar  fi 
apariția  unei  insule.  Următorul  pas  este  cel  de  calculare  al  procentului  de  divergență  al  secvențelor 
care a survenit din acel moment. Prin împărțirea timpului estimat, de când liniile au devenit divergente 
la  procentul  de  divergență  dintre  secvențe  se  va  obține  o  estimare  a  ratei  cu  care  apare  evoluția 
moleculară, altfel spus, frecvența cu care bate ceasul molecular. Ceasurile moleculare sunt în general 
reprezentate ca procente de perechi de baze care se presupune a se schimba la fiecare milion de ani. 

 
2 
 
Dacă se va secvenția o genă provenind de la două specii care s‐au separat acum 500000 de ani și se va 
constata  că  490pb  din  500pb  sunt  încă  identice,  ceasul  molecular  va  fi  calibrat  ca  10/500  ¼  ,  două 
procente la 500000 de ani sau patru procente la un milion de ani. 
Cel mai des utilizat ceas molecular este ceasul ADNmt universal de aproximativ două procente de 
secvențe  divergente  pentru  fiecare  milion  de  ani  (Brown  et  al.,  1982).  Acesta  a  fost  inițial  calculat 
utilizând  date  obținute  de  la  primate,  care  au  fost  ulterior  extrapolate  la  o  largă  varietate  de  grupe 
taxonomice. Cu toate acestea, în ultimii ani a devenit tot mai evident faptul că ideea unui ceas universal 
poate  fi  considerată  aberantă,  deoarece  ratele  evoluției  diferă  în  cadrul  diferitelor  regiuni  ale  ADN 
(substituțiile  sinonime  și  cele  non‐sinonime),  între  regiuni  ale  ADN  și  deasemenea  între  grupe 
taxonomice. Diferite rate ale mutației au fost calculate pentru numeroase specii care au fost separate de 
evenimente  geologice  cu  o  vârstă  cunoscută,  cum  ar  fi  formarea  Istmului  Panama  care  a  separat 
Oceanul  Pacific  de  Oceanul  Atlantic  și  Marea  Caraibelor  cu  aproximativ  trei  milioane  de  ani  ăn  urmă. 
Divergența  ulterioară  a  populațiilor  de  fiecare  parte  a  Istmului  a  condus  la  formarea  unui  număr  de 
specii surori cunoscute sub numele de specii gemene. O comparație a secvențelor provenite de la specii 
gemene  de  rechin,  care  au  fost  separate  de  Istmul  Panama,  au  evidențiat  o  rată  de  substituție  a 
nucleotidelor în genele mitocondriale citocrom b și citocrom oxidaza I, care este de șapte sau opt ori mai 
mică  decât  în  cazul  primatelor.  (Martin  et  al.,  1992).  Deși  nu  sunt  stabilite  reguli,  se  pare  că  rata 
mutațiilor  în  cadrul  ADNmt  variază  în  concordanță  cu  anumite  variabile  taxonomice,  incluzând 
temperatura  optimă  a  habitatului,  timpul  între  generații  și  rata  metabolică  (Martin  și  Palumbi,  1993; 
Rand, 1994). Astfel, în prezent se preferă utilizarea unui ceas molecular care a fost calibrat în cadrul unui 
grup taxonomic și a unei  gene care este studiată în locul utilizării așa numitului ceas universal. 
Există  două  aspecte  demne  de  remarcat  cu  privire  la  ceasurile  moleculare.  Primul,  rata  cu  care  o 
secvență  evoluează  nu  este  neapărat  constantă  în  timp;  în  unele  cazuri,  ratele  mutațiilor  sunt  relativ 
ridicate în cazul  taxonilor diferențiați recent, dar scade în timp (Mindell and Honeycutt, 1990). Al doilea 
aspect constă în faptul că deși numeroae estimări prezentate anterior pot părea similare, o diferență în 
rata  mutațiilor  de  doar  0,5  procente  la  un  milion  de  ani  poate  avea  un  impact  semnificativ  asupra 
estimării  timpului  evenimentelor  evolutive.  Dacă  secvențele  a  două  specii  devin  divergente  cu  5 
procente,  aceasta  se  poate  traduce  ca  o  separare  de  cinci  milioane  de  ani,  conform  ceasului  de  un 
procent la un milion de ani, sau o separare de zece milioane de ani conform ceasului de 0,5 procente la 
un  milion  de  ani.  Ceasurile  moleculare  rămân  foarte  răspândite  în  literatură,  dar  sunt  și  foarte 
controversate. De fapt, există afirmații potrivit cărora niciodată nu vor fi identificate ceasuri moleculare 
suficient de exacte astfel încât să permită datarea unor evenimente trecute (Graur and Martin, 2004). 
Ceasurile  moleculare  trebuie  interpretate  cu  precauție  și  în  mod  ideal  trebuie  să  se  bazeze  pe 
evenimente geologice datate cu acuratețe sau fosile și necesită o calibrare specifică pentru o anumită 
genă și pentru grupul taxonomic studiat. 
 
 
8.3. Arbori bifurcați 
 
Un avantaj al ceasurilor moleculare este că acestea sunt relativ ușor de utilizat o dată ce s‐a realizat 
o calibrare corectă, dar cu un efort puțin mai mare, o cantitate mai mare de informații asupra relațiilor 
evolutive a liniilor genetice poate fi obținută din secvențe de ADN, prin reconstrucția filogeniei. În mod 
obișnuit  majoritatea  deducerilor  filogenetice  au  fost  descrise  sub  formă  de  arbori  ierarhici  bifurcați, 
altfel  spus  arbori  care  reflectă  o  serie  de  procese  de  bifurcare  în  care  o  linie  se  separă  în  două  linii 
descendente. Acești arbori se pot baza pe caractere morfologice sau pot fi arbori filogenetici care sunt 

 
3 
 
construiți pe baza caracterelor genetice. Poziționarea organismelor în cadrul unui arbore se bazează în 
general pe similaritatea genetică a acestora. 
Există  numeroase  căi  prin  care  filogeniile  pot  fi  reconstruite  pe  baza  datelor  genetice,  dar 
majoritatea  au  la  bază  una  din  cele  patru  categorii:  distanță,  parsimonie,  probabilitate  și  metode 
baesiene. Toate aspectele prezentate în continuare vor fi focalizate asupra filogeniei unor populații și 
specii  înrudite,  iar  limitările  subliniate  nu  sunt  neapărat  relevante  pentru  filogenii  ale  taxonilor 
îndepărtați. 
 Metodele  bazate  pe  distanță  se  structurează  pe  măsuri  ale  diferențierii  evolutive  între  toate 
perechile  de  taxoni  (Figura  8.1).  Aceste  matrici  pot  fi  calculate  din  numărul  diferențelor  nucleotidice 
dacă au la bază date din secvențe ADN sau din estimări cum ar fi distanța modelului Nei, dacă au la bază 
date  ale  frecvenței  alelelor  cum  ar  fi  cele  furnizate  de  alozime  sau  microsateliți.  Există  numeroși 
algoritmi care pot fi folosiți în reconstrucția arborilor care au la bază distanțe genetice, cea mai comună 
fiind  metoda  Neighbour‐joining.  Deoarece  lungimea  ramurilor  reflectă  distanța  evolutivă  între  două 
puncte  ale  arborelui  această  abordare  trebuie  să  asigure  că  brațele  învecinate  ale  unui  arbore  sunt 
ocupate  de  acele  linii  care  au  descins  cel  mai  recent  dintr‐un  ancestor  comun.  Când  se  aplică  la  linii 
înrudite arborii bazați pe distanță pot fi inexacți deoarece un număr de linii diferite pot fi separate de 
aceeași distanță, caz în care decizia potrivit căreia sunt identificate liniile care trebuie să fie apropiate 
una de alta, în cadrul unui arbore, sunt arbitrare. 
  1 
5  A 
    A  B  C  D 
1 B 
  A  ‐  2  12  12 
  B    ‐  12  12  2  C 
  4 
C      ‐  4  2 
  D 
D        ‐ 
 
Figure 8.1 O metodă generală bazată pe distanțe pentru reconstruirea filogeniei. (a) Perechile de distanțe genetice 
între speciile A‐D sunt furnizate în format de matrice, cu numere care identifică diferențele procentuale între 
fiecare pereche de specii, de exemplu secvența speciei A diferă de a speciei B în proporție de 2%. (b) Distanțele 
genetice sunt ulterior utilizate pentru reconstruirea unui arbore în care speciile care sunt separate prin mici 
distanțe genetice sunt grupate împreună. Trebuie remarcat faptul că lungimea brațelor este proporțională cu 
procentul diferențierilor genetice care au intervenit, acestea adăugându‐se la distanța genetică totală descrisă în 
(a). 
 
UN  arbore  realizat  pe  baza  modelului  parsimoniei  maxime,  contine  un  număr  minim  de  etape 
posibile,  altfel  spus,  cel  mai  mic  număr  de  mutații  care  pot  explica  distribuția  liniilor  în  cadrul  unui 
arbore (Fitch, 1971; Figura 8.2). Parsimonia se bazează pe principiul așa numitului  brici al  lui Ockham, 
propus de Wiliam de Ockham în secolul 14, care presupune că cea mai bună ipoteză pentru explicarea 
unui  proces,  este  cea  care  necesită  cele  mai  puține  presupuneri.  Un  arbore  care  are  la  bază  teoria 
maximei  parsimonii,  va  maximiza  acordul  dintre  subiecții  incluși  în  arbore.  Cu  toate  acestea,  deși 
apelează  la  intuiție,  arborii  construiți  cu  ajutorul  parsimoniei,  pot  rămâne  nerezolvați,  dacă  datele  nu 
sunt  suficient  de  polimorfe,  ceea  ce  adesea  se  întâmplă  în  cazul  liniilor  care  s‐au  diferențiat  relativ 
recent  în  cadrul  populațiilor.  Numărul  minim  de  modificări  mutaționale  care  diferențiază  numeroase 
haplotipuri  conspecifice,  poate  însemna  că  există  arbori  multipli,  egali,  realizați  pe  baza  parsimoniei, 
ceea ce conduce încă o dată la o situație în care poate fi imposibil de determinat care sunt haplotipurile 
care ar trebui sa fie situate adiacent în cadrul unui arbore. 
 

 
4 
 
 Categoriile trei și patru de analize filogenetice sunt Maximum likelihood (ML, probabilitate maximă) 
și  abordările  baesiene,  fiecare  din  acestea  având  la  bază  un  model  specific  care  descrie  evoluția 
caracterelor  individuale.  Fiecare  model  va  crea  un  set  particular  de  presupuneri,  de  exemplu  că  toate 
substituțiile  nucleotidice  sunt  egale  sau  alternativ,  că  fiecare  nucleotidă  este  înlocuită  de  o  anumită 
nucleotidă  alternativă  cu  o  anumită  frecvență.  Modelele  sunt  în  general  complexe,  putând  include 
diferite rate ale tranzițiilor și transversiilor precum și rate ale substituțiilor heterogene de‐a lungul unui 
anumit fragment de ADN. O dată ce presupunerile au fost stabilite, ML determină capacitatea unui unui 
set  de  date  de  a  fi  reprezentat  de  un  anumit  arbore,  prin  calcularea  probabilității  fiecărui  arbore 
filogenetic posibil care se formează în cadrul unui anumit model evolutiv. (Felsenstein, 1981). 
 
a.                  b. 
3 3  1 
Situsurile secvențelor  a 4 5 c 
  1  2  3  4  5 
A  G  T  T  C  b d 
Specia a 
C  G  A  T  C  1
Specia b 
Specia c  C  G  T  A  T  1  4  5 
4 5
Specia d  A  G  A  A  T  a 3 b 
  c d 
  1
 
  4 5 3  4  5 
  a 1 b 
  d c 
  3
 
Figura 8.2 Analiză filogenetică realizată prin parsimonie maximă (MP) pe baza secvențelor de ADN prezentate în 
imaginea (a) ale speciilor a, b, c și d. Trei arbori posibili sunt reprezentați în imaginea (b). Liniile verticale la nivelul 
ramurilor reprezintă mutații care au acționat într‐un anumit situs al secvenței. Arborele care necesită șase mutații 
prezintă un grad mai ridicat al parsimoniei comparativ cu arborii care necesită șapte mutații și prin urmare, 
utilizând analiza MP se va obține arborele corect. 
 
Deși  similare  în  unele  aspecte,  există  diferențe  importante  în  abordările  baesiene  cel  mai  recent 
dezvoltate,  care  înregistrează  o  creștere  a  popularității  deoarece  maximizează  probabilitatea  ca  un 
anumit  arbore  să  fie  cel  corect,  ținând  cont  de  modelul  evolutiv  și  datele  care  sunt  analizate 
(Huelsenbeck  et  al.,  2001).  În  ambele  cazuri  toate  situs‐urile  variabile  sunt  considerate  ca  fiind 
informative,  iar  metodele  pot  fi  precise  dacă  parametrii  modelului  pot  fi  selectați  cu  un  nivel  înalt  de 
confidență. 
Analizele  filogenetice  clasice  au  fost  foarte  importante  în  studiile  de  biologie  evolutivă.  Cu  toate 
acestea,  deși  arborii  bifurcați  sunt  potriviți  pentru  grupuri  taxonomice  la  nivel  de  specie  și  nivele 
supraspecifice, care au trecut printr‐o perioadă de izolare reproductivă suficient de lungă astfel încât să 
permită fixarea unor alele diferite, un arbore bifurcat ierarhic nu este întotdeauna potrivit pentru studii 
populaționale.  Acest  aspect  se  datorează  parțial,  după  cum  a  fost  subliniat  anterior,  existenței  unui 
polimorfism  insuficient  de  accentuat,  înregistrat  prin  compararea  secvențelor  conspecifice.  Mai  mult, 
arborii  bifurcați  nu  permit  nici  coexistența  ancestorilor  și  descendenților  și  nici  reunirea  liniilor  prin 
hibridare sau recombinare (evoluție reticulată), două procese care intervin adesea la nivel populațional. 
 
5 
 
Ca  rezultat  arborii  filogenetici  tradiționali  nu  reprezintă  întotdeauna  metoda  cea  mai  potrivită  pentru 
analiza  genealogiei  în  cadrul  sau  între  populații  conspecifice,  caz  în  care  pot  rezulta  arbori  filogenetici 
care  oferă  o  rezolvare  parțială  sau  uneori  eronată  (Posada  and  Crandall,  2001).  În  ultimii  ani  această 
limitare  a  oferit  un  impuls  cercetătorilor  de  a  dezvolta  noi  metode  de  analiză  filogenetică  special 
adaptate  pentru  a  potrivi  secvențe  similare  care  adesea  rezultă  din  comparații  ale  populațiilor  sau 
speciilor înrudite. 
 
 
SUMAR CURS 8 
 
 Studiile  de  filogeografie  urmăresc  identificarea  acelor  procese  istorice  care  au  influențat  cel  mai 
mult  distribuția  actuală  a  speciilor  și  liniilor  genetice.  Prin  urmare  filogeografia  cuprinde  aspecte 
ale timpului (relații evolutive) și spațiului (distribuția geografică). 
 Secvențele  mitocondriale  au  fost  considerate  ca  markeri  în  studiile  de  filogeografie  deși  markerii 
nucleari sau cloroplastidiali care furnizează secvențe de ADN sau frecvențe ale alelelor sunt din ce 
în ce mai des utilizate. 
 Ceasurile moleculare pot fi utilizate pentru estimarea timpului care s‐a scurs de când populațiile sau 
speciile  au  devenit  divergente,  deși  interpretările  trebuie  realizate  cu  precauție  dacă  nu  sunt 
calibrate specific pentru anumite grupe taxonomice și regiuni genetice care sunt studiate. 
 Analizele  filogenetice  obișnuite,  bazate  pe  distanțe,  parsimonie  sau  metode  ale  probabilității 
maxime  sunt  adesea  utilizate  în  studii  filogeografice,  cu  toate  că  arborii  rezultați  pot  să  nu  fie 
adecvați pentru reconstrucția relațiilor evolutive ale liniilor care au devenit divergente recent. 
 
 
ÎNTREBĂRI DE VERIFICARE 
 
8.1.  O  porțiune  a  regiunii  mitocondriale  aparținând  citocromului  b,  cu  o  lungime  de  750pb,  a  fost 
secvențiată la două specii gemene de pești care trăiesc de fiecare parte a Istmului Panama. După 
alinierea secvențelor s‐a constatat că 23 de nucleotide nu se potrivesc. Calculați ceasul molecular 
pentru citocromul b al acestor specii. Ce ipoteze pot fi formulate înainte de aplicarea acestui ceas 
altor studii care se bazează pe date ale citocromului b? 
 
 
 
 

 
6 
 
 1. ADN nuclear

Alegeti una sau mai multe optiuni:

a. La acest nivel au loc procese de recombinare
b. Este localizat atat in mitocondrii cat si in nucleu
c. Se transmite pe filiatie materna sau paterna
d. Nu se transmite in descendenta
e. In cazul celulelor somatice umane se prezinta sub forma de 23 molecule

2. ADN mitocondrial

Alegeti una sau mai multe optiuni:

a. La acest nivel au loc procese de recombinare
b. Prezinta o singura regiune necodificatoare
c. Contine numeroase spatii intergenice si regiuni necodificatoare
d. Se transmite pe filiatie materna
e. Se transmite pe filiatie paterna

3. Mutatia sinonima:

Alegeti una sau mai multe optiuni:

a. Determina formarea unui codon care codifica un aminoacid recombinat
b. Poate fi o deletie
c. Determina sinteza de proteine identice
d. Determina sinteza unei proteine recombinate
e. Determina formarea unui codon care codifica un aminoacid diferit
f. Poate fi tranzitie sau transversie

4. Selectati markerii codominanti:

a. Microsateliti
b. Secventiere de ADN
c. AFLP
d. RFLP
e. RAPD

5. Gena reprezinta o secventa de ADN care stocheaza informatie genetica necesara pentru sinteza de
proteine AMINOACIZI
La eucariote prezinta o alternanta de secvente codificatoare numite exoni si necodificatoare numite introni
La procariote gena este de tip continuu
Poate fi analizata prin tehnici de secventiere

6. Un heterozigot este un individ ca prezinta PE ACELASI CROMOSOM gene cu structura diferita ,

responsabile de fenotipizarea aceluiasi caracter.

7. Selectati markerii dominanti

Alegeti una sau mai multe optiuni:

a. Secventiere de ADN
b. RAPD
c. RFLP
d. AFLP
e. Microsateliti

8. Principalii factori ai aparitiei variabilitatii genetice sunt:

Mutatiile si
Recombinarile
 9. Indicati in ordine etapele necesare amplificarii genei A prin PCR:

Denaturare
Aliniere
Extensie
Indicati care sunt probele care vor fi testate prin PCR impreuna cu proba ADN de la pacientul X:
Controlul pozitiv si controlul negativ

10. Ampliconul rezultat in urma procesului de amplificare prin PCR cu structura:

5’- CGCGAGCATACCATGGCATGCCACAAAGATTAAG/CTCGCCAGAGGACATCCAAAG/CTATTAGTATTGC-3’

3’- GCGCTCGTATGGTACCGTACGGTGTTTCTAATTCGAGCGGTCTCCTGTAGGTTTCGATAATCATAACG – 5’

Vor avea un numar de 68 perechi de baze, iar daca este supus digestiei enzimatice cu enzima Alul care are
ca situs de restrictie secventa AG/CT vor rezulta 3 fragmente cu lungimi de ADN MONOCATENAR 69pb 13
pb

11. Indicati principalele etape de izolare si purificare ale ADN precum si utilizarea ADN dupa extractie

Extractie
1. liza
2. spalari succesive
3. precipitare
Postextractie
4. PCR Sau electroforeza
Mutati cu drag and drop casutele cu text de mai jos in casutele corespunzatoare pentru a reda etapele
izolarii ADN
Metilare denaturare Aliniere primeri

12. Mutati cu drag end drop casutele cu text de mai jos , in casutele corespunzatoare pentru a reda
etapele izolarii ADN

Precipitare Liza spalari succesive

Denaturare electroforeza
Aliniere primeri metilare ?????????????????????????

13. Se da urmatoarea secventa de ADN: 3’- TCGCTTTAGACATACCGCGCGCGTCATGGCTGCTATC-5’

a. Sa se precizeze structura nucleotidica a catenei sens:
AGCGAAATCTGTATGGCGCGCGCAGTACCGACGATAG
b. Sa se precizeze structura transcriptului primar ARNm
AGCGAAAUCUGUAUGGCGCGCGCAGUACCGACGAUAG
c. Sa se identifice secventa ARNm matur , pe baza transcriptului de la punctul b, in cazul in care in
structura sa exista doi introni: GCGAAAUC si AGUACCGA
AUGUAUGGCGCGCGCCGAUAG
d. Identificati la nivelul transcriptului de ARNm matur secvente codificatoare pe baza codonilor START
si STOP
AGUAUGGCGCGCGCCGAUAG
e. Precum si numarul de aminoacizi rezultati in urma procesului de translatie
6

14. Indicati numarul puntilor de hidrogen existente intre nucleotidele complementare:

a. A = U
b. A x C
 c. C ≡ G
d. U = A
e. T x C

Mutati cu drag and drop numarul liniilor orizontale din partea inferioara corespunzatoare legaturilor dintre
bazele azotate

In cazul impercherilor nepotrivite , marcati cu X ....

- < >

15. Sinteza noii catene in timpul replicarii ADN:

Alegeti una sau mai multe optiuni:

a. Elongarea se desfasoara in directia 3’-5’ fiind realizata de polimeraza
b. Elongarea se desfasoara in directia 5’- 3’prin aditia de noi nucleotide
c. La fiecare etapa de elongare a catenei va fi expusa o noua grupare 3’OH
d. Se realizeaza cu ajutorul ARN polimerazei I

16. Identificati lungimea ampliconilor pentru probele 1 si 2 stiind ca s-a utilizat un marker de 100pb:
1. 10/90/280/350/360/750/800/920
2. 10/90/280/350/750
(se iau valorile din migratia probelor)

17. Etapele reactiei de amplificare genica prin polimerizare in lant (PCR) sunt:
a. Aliniere
b. Denaturare
c. Renaturare
d. Extensie
e. Initiere

18. Analizati imaginea si precizati: tipul probelor migrate prin electroforeza

a. Tipul probelor migrate prin electroforeza ADN total
b. Lungimea fragmentelor migrate 700pb
c. Ce lipseste din proba NTC ADN
d. Sensul migrarii electroforetice de la - la +

19. Ordinea corecta a etapelor ciclului celular este:

a. G0, G1, G2, S, M
b. G1, M S, G2
c. G1, S, G2, M
d. G1, G2, G3, M
e. G1, G2, S, M, G0

20. Biosinteza proteinelorpresupune derularea proceselor de

transcriptie si
translatie

21. Indicati in ordine etapele pentru purificarea ADN , pornind de la o proba biologica prelevata da la
pacientul X:

Liza
Spalari succesive
Precipitare
 22. Verificati produsul PCR prin migrare electroforetica in gel de agaroza
a. Alegeti concentratia optima a gelului de electroforeza 3%
b. Indicati polaritatea si sensul migrarii probelor de la – la +

23. In cazul pacientului X se urmareste identificarea unei mutatii potential patogene la nivelul genei A

Precizati principalele etape , in ordine, pentru realizarea obiectivului propus:

Izolare ADN
Translatie
Revers transcriptie

24. Pornind de la o secventa de referinta a genei A descarcata dintr-o baza de date identificati:
3’- GCGCTCGTATGGTGACCGTACGGTGTTTCTAATTAGCGCGGTCTCCTGTAGGTTTCGTAAATCATAACG -5’
Primerii de 10 perechi de baze necesari amplificarii genei
F= primerul care amplifica secventa 5’- 3’ : 3’- CGCGAGCATA – 5’ 3’- TCATAACG-5’
R = primerul care amplifica secventa 3’- 5’: 5’- GCGCTCGTAT – 3’. 5’-CGCGAGCAT – 3’