Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
C A P. 4. G E N E T I C A D R O J D I I L O R
Introducere
Drojdiile reprezint un grup de microorganisme eucariote, a cror denumire definete grupul
din punct de vedere morfologic, structural i genetic. Studiile recente de filogenie molecular au
demonstrat ns c drojdiile nu reprezint un grup separat, fiind formele unicelulare ale unor fungi
filamentoi.
n prezent, se pstreaz nc gruparea drojdiilor n funcie de prezena/absena i
mecanismele procesului de sexualitate, n : ascomicete, basidiomicete i deuteromicete (fungi
imperfeci). Cu toate acestea, analizele moleculare indic faptul c ascomicetele de tipul
Saccharomyces i Pichia reprezint formele teleomorfe (forme ce prezint meioz i sporulare i,
implicit, sexualitate) ale fungilor imperfeci de tipul Candida, considerai ca forme anamorfe (forme
care se divid vegetativ prin mitoz i nu prezint sexualitate). Dintre ascomicete, drojdia care a
reprezentat modelul experimental pentru majoritatea studiilor biologice este Sacchromyces cerevisiae,
microorganism care constituie i obiectul principal al problemelor teoretice i tehnicilor descrise n
acest manual.
Organizarea unicelular care presupune cretere i multiplicare rapid, propagarea clonal,
posibilitatea de marcare selectiv i analiz genetic, precum i structura eucariot, a permis
descifrarea unor aspecte legate de ciclul celular, structura i replicarea ADN la eucariote, structura
genei eucariote, precum i descifrarea mecanismelor de reglaj genetic, de splicing, de mutaie i
recombinare genetic. Astfel, o serie de aspecte legate de genetica i biochimia celulei eucariote,
explicate iniial pornind de la sisteme procariote, au putut fi nelese mai acurat prin studiile realizate
pe S. cerevisiae.
1
Cap. 4 Genetica drojdiilor
homotalice, n timp ce la tulpinile heterotalice este prezent alela recesiv ho, fapt care nu permite
interconversia tipului de mperechere la aceste tulpini.
Interconversia tipului de mperechere se realizeaz n mai multe etape care presupun:
- realizarea unei incizii dublucatenare la jonciunea Y/Z;
- degradarea segmentului Y din locusul MAT;
- formarea unor capete libere 3 care reprezint primeri pentru o polimeraz reparatorie care copiaz
informaia de pe segementul Y aparinnd casetei cu informaie corespunztoare tipului opus de
mperechere;
- sinteza reparatorie determin, n final, nlocuirea unui segment Y, de exemplu Ya, cu segmentul
complementar Y. Fiecare diviziune mitotic presupune parcurgerea procesului de interconversie,
fapt care determin formarea culturii mixte de haploizi caracteristic tulpinilor homotalice.
2
Genetica microorganismelor i inginerie genetic microbian
Note de curs i tehnici de laborator
W X Z
H M L
M A Ta
W X Y a In c iz ie d u b lu - c a t e n a ra
In v a z ia re g iu n ii (e n d o n u c le a z a H O Y / Z )
z o m o lo a g e
Z
W X
W
Y a (D e g ra d a t )
D e g ra d a re a Y a
s i in v a z ia re g iu n ii
X o m o lo a g e
X Z
W
5 3
3
5
E x tin d e re a c a p e t e lo r 3
(s in te z e re p a ra t o rii)
Z
W X
S t ru c tu ri e c h iv a le n t e
W X Z
R e f a c e re a c ro m o s o m u lu i
lin ia r c u s e c v e n ta Y in lo c u s u l
W Z M A Ta
X
W X Z
M A T
IN T E R C O N V E R S IA T IP U L U I D E IM P E R E C H E R E L A D R O J D II
Fig.4. 2. Interconversia tipului de mperechere la Saccharomyces cerevisiae
Definirea complexitaii ciclului celular la drojdii a pus problema identificarii genelor implicate n
controlul diferitelor ciclicuri. Aceste gene au putut fi caracterizate prin analiza unor mutante specifice
aa numitele mutante cdc (cell division cycle). Acestea sunt mutante condiionale care la temperaturi
permisive exprim fenotipul de tip slbatic. Studiul mutantelor cdc a permis stabilirea faptului c
celulele haploide pot intra n mitoz sau meioz n funcie de genele cdc activate. Astfel, n cazul n
care naintea punctului START, sub aciunea factorilor de mperechere a sau , sunt activate genele
cdc36 i cdc39, celulele haploide sunt blocate n G1, se mperecheaz (a x ) formndu-se diploizi
care intr ntr-un proces de sporulare i meioz (Fig. 4. 3.).
3
Cap. 4 Genetica drojdiilor
Factor a/
blocare
blocare in G1
kariogamie
meioza
sporulare
Gena crucial care determin trecerea peste punctul START i desfurarea mitozei, este
gena cdc28, al crui produs este o proteinkinaz, fosforilarea proteinelor fiind esenial n
desfurarea diviziunii celulare. Funciile cdc28 sunt activate de acumularea ciclinelor (Cln 1, 2, 3) la
sfritul fazei G1, fiind facilitat trecerea n faza S. Trecerea din S n G2/M este controlat tot de gena
cdc28, activarea fiind realizat ns, de ciclinele de tip B Clb 1, 2. (Fig 4. 4.).
Alte gene cdc care se exprim n etapa de trecere de la G1 la S sunt: cdc7 (proteina codificat
este o proteinkinaz implicat n fosforilarea proteinelor ce particip n replicare), cdc17 (produsul ei
este polimeraza ), cdc2 (polimeraza ), cdc21 (codific o timidilatsintetaz), cdc8 (timidinkinaz) i
cdc9 (ADN ligaz) (Fig. 4. 4.).
4
Genetica microorganismelor i inginerie genetic microbian
Note de curs i tehnici de laborator
M it o z a
n e c e s it a a c t iv a re a
C D C 2 8 -C LB 1 -4
S TA R T
n e c e s it a p re z e n t a P
u n u ia d in t re c e le 3
c o m p le x e Ty r Th r
C D C 2 8 -C LN 1 -3
C DC 28
Ty r Th r
C DC 28
P Ty r Th r
C DC 28
Ty r Th r
P
Ty r Th r
C DC 28
Ty r Th r
C DC 28
Ty r Th r
C DC 28
Ty r Th r
C DC 28
Fig. 4. 4. Activarea Cdc28 de ctre diferite cicline determin trecerea de START sau intrarea n
mitoz la Saccharomyces cerevisiae
5
Cap. 4 Genetica drojdiilor
n afara genelor structurale ce codific pentru proteine, genomul drojdiilor conine 140 gene
pentru ARNribozomal (ARNr) prezente ntr-un numar variabil de copii (100 - 200) pe cromozomul XII,
circa 40 de gene repartizate pe diferii cromosomi care codific small nuclear ARN i circa 400 de
gene pentru ARNtransfer (ARNt). Dintre toate aceste gene numai 4% prezinta introni, acestea fiind,
gena pentru actin (care conine 1 intron), gena MAT1 i 40 gene pentru ARNt.
Principalele substructuri cromosomale evideniate i studiate la drojdii sunt secvenele ARS
(autonomously replicating sequence) echivalente cu originile de relicare (ORI), secvenele CEN
(centromerice) i TEL (telomerice).
Secvenele ARS
Replicarea ADN ncepe de la nivelul originilor de replicare ARS, prima secven identificat
fiind ARS 1 (Bel i Stillman ,1979). La nivelul genomului drojdiilor exist aproximativ 400 ARS, care se
succed la circa 35 kpb, replicarea ADN ncepnd la momente diferite la nivelul unor clustere formate
din 20 80 secvente ARS care formeaza uniti replicative. Secvena ARS1, cu o dimensiune de 50
pb, este structurat n mai multe uniti: A i B, cea din urma fiind structurat, la rndul ei, n 3
subuniti: B11, B21 i B31. Secvena esenial este ACS (ARS consensus sequence) de 11 pb, la
nivelul creia se leag complexul proteic ORC (origin recognation complex) cu rolul de iniiere a
replicrii. Cele 3 subuniti B sunt secvene adiionale ale ACS, parial identice: B1 1 este secvena
suplimentar de legare a ORC, B21 are rol structural i B31 este o secven de legare pentru factorul
de transcriere OBF/ABF (origin/ARS binding factor) care stimuleaz replicarea prin domeniul activator
transcripional (Fig. 4. 5.).
B3 1 B2 1 B1 1 AC S
Fig. 4. 5. Structura secvenei ARS1 de la Saccharomyces cerevisiae
Secvenele CEN
Prima secvena centromeric descris a fost CEN3 de la nivelul cromosomului III (Clarke i
Carbon, 1980). La S. cerevisiae centromerii sunt formai din 3 secvene: CDE I (9 pb) - secven de
baze nalt conservat, plasat n partea stng, CDE II (78 89 pb) - cu un coninut de peste 90% AT,
prezent la toi centromerii, cu o constituie asemntoare cu ADN satelit de la eucariotele superioare
i CDE III (11pb) - secven nalt conservat (TGATTTCGGAA), secvena consens de legare a
factorului CBF (centromer binding protein). Factorul CBF este un complex proteic de aproximativ 6
proteine eseniale n structurarea kinetocorului.
Actualmente, cel mai bine caracterizate sunt secvenele CEN3, CEN4 i CEN11 (Fig. 4. 6.)
Secvenele TEL
Secvenele TEL i la drojdii sunt secvene scurte repetate n tandem, plasate la captul
cromosomilor, cu o structura non-cromatidic, denumit telosom. Fiecare secven TEL este
structurat n:
- unitate repetitiv - are secvena C1-3A/TG1-3;
- adiional acestor repetri la capetele extreme ale cromosomilor, telomerele prezint i ADN
mediu repetitiv reprezentat de elemente ADN asociate (telomere associated - TA): Y i X. Y este un
element nalt conservat care poate avea 2 dimensiuni diferite 6.7 kpb i 5,2 kpb i poate exista ntr-
un numar variabil de copii (0 4 copii/telomer). X cuprinde mai multe secvene repetitive mici de 35
560 pb, dimensiunea elementului X variind ntre 0.3 kpb i 3.75 kpb;
- ntre cele 2 elemente X i Y exist un numr mic de secvene repetitive TG 1 3 (Fig. 4. 7.).
c a t re (TG 1 - 3 ) m ( TG 1 - 3 ) n - (TG 1 -3 )- 3
c e n tro m e r X Y (0 - 4 c o p ii) (A C 1 - 3 ) n
(0 - n c o p ii)
(A C 1 - 3 ) m -5
Fig. 4. 7. Structura regiunii TEL la Saccharomyces cerevisiae
6
Genetica microorganismelor i inginerie genetic microbian
Note de curs i tehnici de laborator
4. 3. Plasmida 2 m
Denumit astfel dup lungimea conturului, determinat prin studii de microscopie electronic,
plasmida 2 m este format dintr-o molecul de ADN dublu catenar circular covalent nchis, avnd o
dimensiune de 6.3 Kpb (4.2 MD). Aceast plasmid este prezent la majoritatea tulpinilor de S.
cerevisiae n 60 - 100 copii / celul.
n studiile iniiale, plasmida 2 m a fost considerat un element genetic citoplasmatic, dar,
analizele ulterioare au demonstrat, pe de o parte, localizarea sa nuclear, iar pe de alt parte,
structura sa nucleozomal.
Trstura cea mai important a plasmidei 2 m este reprezentat de 2 secvene invers
repetate (IR) de 599 pb fiecare, care separ molecula n dou regiuni cu secven unic, de 2774 pb,
i respectiv, 2346 pb (Fig. 4. 8). Cele 2 regiunile repetate invers permit recombinri intramoleculare i,
ca o consecin, plasmida se poate gsi n dou forme echivalente, A i B, care difer prin orientarea
relativ a celor 2 secvene unice.
n urma recombinrilor intermoleculare la nivelul regiunilor repetate invers pot s apar
multimeri de 4 m i 6m. Trecerea de la o form molecular la alta (proces denumit flipping) nu
se realizeaz printr-un proces care s implice i o transpoziie a plasmidei pe ADN cromosomial,
deoarece nu s-au identificat secvene corespunztoare plasmidei 2 m n ADN cromosomial.
Plasmida 2 m prezint 4 gene:
gena FLP (flipping) - codific o protein ce catalizeaz recombinarea situs-specific la
nivelul secvenelor repetate invers;
genele REP 1 i REP 2 (replication) - codific proteine ce controleaz, pe de o parte,
stabilitatea i segregarea plasmidei 2 m, iar pe de alt parte, exprimarea genelor plasmidiale (4);
gena RAF 1 - codific o protein implicat tot n reglarea exprimrii genice.
n structura plasmidei 2 m au mai fost identificate urmatoarele secvene funcionale:
- secvena ARS (autonomously replicating sequence) reprezint originea replicrii plasmidei i
este plasat la nivelul jonciunii dintre regiunea unic mic i una din regiunile repetate invers, astfel
nct cuprinde o parte din regiunea IR i 100 bp din regiunea unic mic ; regiunea FRT (FLP
recognition target - int de recunoatere pentru FLP) la nivelul creia acioneaz recombinaza FLP;
regiunea FRT este situat n interiorul uneia din cele 2 IR ; secvena STB (stability) necesar
segregrii stabile a plasmidei n mitoz, situs de aciune pentru produii genelor REP 1 i REP 2.
7
Cap. 4 Genetica drojdiilor
ADNmt la drojdii cuprinde urmatoarele gene (Fig. 4. 9.): circa 24 specii moleculare de ARN
(aceste gene sunt grupate ntr-un cluster); 2 specii moleculare de ARNr: 15S n subunitatea de 30S,
21S n subunitatea de 50S (ARNr de 5S este absent); gena pentru ARN 9S (ARN-9S va complexa o
protein, formnd o ribozim denumit RNaza P care particip la maturarea ARNt, avnd ca situs de
aciune capetele 5); gene pentru subuniti ale citocrom-oxidazei: CO I, II i III; gena pentru
apoproteina citocromului b (partea complexului b-c1, complexul III); genele pentru 3 subuniti ale
complexului de sintez ATP (subunitile 6, 8 i 9 ale ATPazei mitocondriale); proteine ce
interacioneaz cu acizii nucleici. Aceste gene sunt separate (ADN spacer) prin regiuni bogate n A+T.
8
Genetica microorganismelor i inginerie genetic microbian
Note de curs i tehnici de laborator
9
Cap. 4 Genetica drojdiilor
Mutantele petite au fost obinute att cu mutageni fizici (de exemplu, radiaiile ultraviolete), ct
i cu mutageni chimici (nitrosoguanidina). Genomul mitocondrial a fost notat factor i, ca urmare,
tulpinile de tip salbatic sunt + .
Agenii mutageni specifici pentru ADN prokariot (de exemplu, acriflavina, bromura de etidium)
au aciune primar asupra mitocondriilor, determinnd 2 tipuri de mutaii: o - petite neutre ; - - petite
supresive; o - apar n urma deleiei complete a ADN mitocondrial.
Mutantele petite supresive apar n urma unor deleii partiale ce sunt urmate de duplicaii.
10
Genetica microorganismelor i inginerie genetic microbian
Note de curs i tehnici de laborator
11
Cap. 4 Genetica drojdiilor
Particulele M
Dac particulele L pot conine fie o molecul ARN d.c.-L, fie una m.c.-L (+), particulele M pot
conine una sau dou molecule ARN d.c.; n ambele cazuri, particulele M au aceeai dimensiune i
compoziie proteic, care este cvasi-identic cu particulele L.
Transcrierea genomurilor M
ARN d.c. al particulelor M codific pentru toxin i pentru imunitate la aceasta.
Activitatea killer a tulpinilor de S.cerevisiae aparine la 3 tipuri - K1, K2 i K3 - codificate de
genomurile M1, M2 i, respectiv, M3: K1 - tulpinile de laborator; K 2 i K3 - tulpinile de vin i de bere.
Tulpinile K1 i K2 sunt sensibile la toxina fiecruia, n timp ce K 2 i K3 sunt cros-imune. Lipsa total a
particulelor killer a fost notat drept K0. Rezistena este notat cu R.
Genomul M1 are un singur ORF ce se extinde de la codonul AUG (aflat n poziia 14) p na la
codonul UAG (aflat la pozitia 963).
L M
(100 copii/cel) (10-12 copii/cel)
K1 2.44 x 106 Da 1.28 x 106 Da
6
K2 2.54 x 10 Da 1.00 x 106 Da
Att particulele M, ct i cele L, nu au caracter infecios i nu prezint ciclu litic. Ele sunt
virusuri latente (cu o serie de caractere de plasmide) i pot fi transmise prin mperechere sexual sau
prin fuziune de protoplati.
ARN d.c.-M cuprinde un fragment de 1kb separat prin 200 bp (regiune bogata n AU) de un
fragment de 0.6 kbp. Fragmentul de 1 kbp poart informaia genetic pentru precursorul toxinei de
34000 Da.
12
Genetica microorganismelor i inginerie genetic microbian
Note de curs i tehnici de laborator
13