Noţiunea de entropie a fost introdusă în în 1985 de către R.
Clausius care a definit-o din punct de vedere matematic când L. Boltzmann a legat această noţiune de alcătuirea moleculară a sistemului. Cu cât sistemul este mai bine structurat, mai organizat, cu atât entropia sa este mai mică. Organismele vii heterotrofe iau din mediu ca alimente substanţe organice macromoleculare cu entropie scăzută şi excretă produşii de dezasimilaţe care sunt substanţe micromoleculare cu entropie mai ridicată. De asemenea, este eliminată acea parte din energia eliberată prin respiraţie care este degradată în mod ireversibil la căldură. Organismele vii sunt sisteme deschise în care au loc schimburi permanente cu exteriorul, iar aceste “curgeri” sau “fluxuri” sunt în mod esenţial procese ireversibile. Aceasta face ca pentru aplicarea corectă la studiul proceselor ce au loc în sistemele biologice, să fie adecvată numai termodinamica proceselor ireversibile. Desfăşurarea unui proces ireversibil într-un loc dat este întotdeauna legată de producerea de entropie chiar în acel loc. În orice domeniu arbitrar de mic al sistemului, în care se petrec procese ireversibile, are loc o producere 0.de entropie exprimată de variaţia pozitivă: diS În acord cu această formulare rămâne însă posibilitatea ca într-un acelaşi domeniu să se desfăşoare două ( sau mai multe) procese din care unul poate 0) cu condiţia ca prinproduce o scădere a entropiei sistemului (diS(1) 0 şi astfel încât înal doilea proces să se producă entropie: diS(2) ansamblu să fie o producţie pozitivă de entropie: 0diS(1) + diS(2) Procesul iereversibil producător de entropie se numeşte proces cuplant, iar procesele însoţite de o scădere a entropiei, care decurg pe seama lui, se numesc procese cuplate. Pentru biologie procesele cuplate şi cuplante au o deosebită semnificaţie. Existenţa lor permite să înţelegem posibilitatea fenomenelor biologice şi biochimice ce se desfăşoară în sens opus tendinţei “entropice” de atingere a stării de echilibru termodinamic. Din punct de vedere al termodinamicii clasice, organismele vii sunt sisteme instabile a căror existenţă, şi cu atât mai mult de dezvoltare şi creştere, însoţiotă de o continuă ordonare, apar drept un fenomen inexplicabil. Termodinamica proceselor ireversibile a depăşit această dificultate. Toate procesele în legătură cu creşterea organismului, cu producerea unor substanţe termodinamic instabile, sunt procese cuplate care absorb entropie şi se desfăşoară pe seama reacţiilor de ardere având sursa de entropie pozitivă. Din acest punct de vedere, se poate spunecă viaţa reprezintă cuplajul dintre catabolism ca proces cuplant şi anabolism ca proces cuplat. Intensitatea producerii de entropie în unitatea de timp pe unitatea de volum din sistemul considerat: se numeşte sursă de entropie şi ea exprimă direct viteza producerii de entropie în sistem datorită proceselor ireversibile ce au loc în el. Este evident că întotdeauna: . Astfel, dacă într-un sistem avem flux al unei substanţe A, notat cu JA, produs de un gradient de concentraţie al unei substanţe, exprimat prin forţa XA şi un flux de căldură notat Jq produs de un gradient de temperatură exprimat prin forţa termică Xq atunci sursa de entropie în sistem va fi:
Paradoxul lui Maxwell: se introduce două volume de gaz
la temperaturi diferite în două compartimente care comunică unul cu celălalt printr-un orificiu. În urma difuziei, temperatura în cele două compartimente se va egaliza, căci moleculele rapide din compartimentul cald vor trece în compartimentul rece vor difuza în cel cald până la deplina omogenizare a compoziţiei celor două volume în ceea ce priveşte viteza moleculelor. Iniţial sistemul avea o entropie mică; în timp, el a evoluat către starea de entropie maximă. Egalizarea temperaturilor înseamnă că viteza medie a moleculelor e egală în cele două compartimente. Cu toate acestea, în fiecare compartiment vor exista molecule cu viteze mai mici sau mai mari decât viteza medie, majoritatea, însă, având viteze apropiate de viteza medie. Atunci când un sistem efectuează travaliu (mecanic, electric, etc) micşorându-şi energia internă cu o cantitate , lucrul mecanic efectuat, -L, este întotdeauna mai mic decât , deoarece o parte din energia internă trece în căldură (Q). Această “degradare” de energie este egală cu produsul dintre temperatura absolută T a sistemului şi creşeterea a unui parametru de stare S, numit entropia sistemului. Astfel, principiul II al termodinamicii introduce un nou parametru ce caracterizează starea sistemelor-entropia-, a cărui particularitate este, că prin orice proces spontan, creşte. Dacă sistemul este izolat entropia sa creşte în timp, evoluţia sistemului fiind către starea de entropie maximă în care toată energia internă a sistemului a fost degradată până la caldură, nemaiputând fi convertită într-o formă de travaliu util. Din cele de mai sus rezultă că, din energia internă U a unui sistem, poate fi integral convertită în travaliu numai o parte:
Aceasta este energia liberă a sistemului şi ea exprimă
capacitatea efectivă a acestuia de a efectua diferite acţiuni. În sistemele izolate, în care energia internă U este constantă, creşterea entropiei implică în mod evident scăderea energiei libere: 0, deoarece 0. Aceste relaţii constituie diferite formulări ale principiului II al termodinamicii. În mod practic, variaţia energiei interne în cursul transformărilor chimice poate fi măsurată prin intermediul schimbului de căldură al sistemului considerat cu exteriorul, atunci când nu efectuează nici un lucru mecanic, volumul său rămânând constant. Pentru procesele care au loc în atmosferă liberă, aşa cum sunt în sistemele biologice, presiunea este constantă (condiţii izobare). În acest caz, în locul energiei interne U se introduce mărimea numită entalpie (H), care este suma dintre energia internă a sistemului şi produsul dintre presiune (p) şi volumul (V):