Lucrari polemice: Trei cuvantari apologetice contra celor care resping

sfintele icoane, una din primele lucrari ale Sf. Ioan in care concentreaza
invatatura ortodoxa despre icoane. Contra maniheilor sau Discutia lui
Ioan cu un maniheu; Dialog intre un saracen si un crestin; Contra
nestorienilor; Contra iacobitilor; Despre cele doua vointe in Hristos,
impotriva monotelitilor; Despre zmei si vrajitoare, impotriva
superstitiilor; Scrisoare catre Iordanes, despre Trisagion (Sfinte
Dumnezeule, intreit), in care ii atrage atentia acestuia ca Trisagionul este
adresat deopotriva celor Trei Persoane ale Sfintei Treimi, nu doar Fiului
si de aceea adaosul "cela ce te-ai rastignit pentru noi" nu poate fi
acceptat.