Protocol de cercetare al tezei 

cu :
1. Titlu :

Cercetari privitoare la determinismul genetic al procesului de crestere la unele

rase Cyprius carpio cu simularea conditiilor naturale de mediu

2. Obiectivele

In cadrul tezei de doctorat :

Cercetari privitoare la determinismul genetic al procesului de crestere la unele
rase Cyprius carpio cu simularea conditiilor naturale de mediu mi-am propus
atingerea urmatoarelor obiective de cercetare :

1. Astfel, prin statia de reproducere si crestere a ciprinidelor cu simularea

conditiilor naturale, se doreste determinarea factorilor de mediu care
afecteaza heritabilitatea.
2. Obtinerea de puiet selectionat cu caracteristici valoroase din punct de vedere
genetic, adaptat perfect la conditiile mediului acvatic din bazinul sau
acumularea piscicola tinta (cea pregatita pentru repopulare).
3. Noi metode de selectie a urmasilor valorosi genetic cu ajutorul echipamentelor
de recunoastere computerizata a formei,
4. Procesul de selectie va fi unul automatizat si va putea fi ales de catre
utilizatorul statiei
5. Simularea conditiilor naturale de de mediu ale statiei de crestere a ciprinidelor
va fi un proces continuu si va urmarii exact schimbarile fizico-chimice si
biologice ale mediului acvatic din bazinul sau acumularea piscicola tinta iar
parametrii acestuia vor fi monitorizati, achizitionati si memorati in vederea
analizei ulterioare.
6. Cercetari privind influenta factorilor fizico-chimici si biologici asupra
determinismului genetic in conditii de mediu naturale.
7. Determinarea factorilor de mediu care influenteaza radical transmiterii
calitatilor fenotipice de la parinti la urmasi, si afecteaza heritabilitatea.
8. Creerea de modele matematice care sa descrie exact procesele si influenta
factorilor de mediu asupra determinismului genetic
9. Brevetarea instalatiei statiei de reproducere si crestere a ciprinidelor cu
simularea conditiilor naturale .
10. Brevetarea sistemului de recunoastere vizuala si selectie automata a puietului
in functie de criteriile selectate de utilizator
11. Algoritmii de culegere a datelor, a informatiilor culese de placile de achizitie de
date si de comanda si control a elementelor de actionare, a actuatorilor si a
altor dispozitive.
12. Crearea unei baze de date dinamice pentru analiza datelor inclusiv si a
testelor PCR facute pe parinti si puiet.

1
 3. Justificarea studiilor din cadrul tezei de doctorat

Teza de doctorat :Cercetari privitoare la determinismul genetic al

procesului de crestere la unele rase Cyprius carpio cu simularea conditiilor
naturale de mediu se incadreaza datorita temei propuse in directia de dezvoltare
propusa de Raportului privind dezvoltarea bioeconomiei in Romania pentru perioada
2016-2030, pentru piscicultura si acvacultura, care contribuie la asigurarea securitatii
alimentare si ofera solutii de utilizare durabila a resurselor din zonele umede, a
carui , prioritati de cercetare sunt urmatoarele:

1. Dezvoltarea de puiet cu valoare ridicata din punct de vedere genetic

perfect adaptat la conditiile de mediu din bazinul sau acumularea
piscicola tinta.
2. Determinarea factorilor de mediu care influenteaza radical transmiterii
calitatilor fenotipice de la parinti la urmasi, si afecteaza heritabilitatea.
3. Ridicarea la scara si comercializarea inovarii pentru obtinerea de
produse durabile din zone umede ( inclusive Lunca si Delta Dunarii si
zona litorala)
4. Dezvoltarea sistemelor integrate de agro-acvacultura, cu prevenirea si
reducerea eroziunii si eutrofizarii
5. Dezvoltarea sistemelor de management de precizie a sistemelor
piscicole si de acvacultura
6. Noi solutii innovative pentru cresterea contributiei la securitatea
alimentara
Prin intelegerea limitelor ecologice ale bioeconomiei, prezentul proiect de
cercetare va spori baza de cunostinte si intelegerea domeniului specific al
determinismului genetic si a heribilitabilitatii speciilor de crap. putind fii extins si la
alte specii. Asigurarea perenitatii sistemelor alimentare si agricole (terestre si
acvatice), cu o pondere mai mare a productiei din sectorul acvaculturii al UE si cu o
mai mare absorbtie pe piata, bazandu-se pe informatiile puse la dispozitia
cercetatorilor de catre de baza de date, si a celor provenite din analiza sistemica a
datelor si informatiilor, inclusiv starea si rezilienta a ecosistemelor acvatice si a
biodiversitatii lor.
La ora actuala nu exista nici un studiu care sa puna accent pe selectia
puietului valoros genetic, nu exista nici o metoda de selectie automata, iar
reproducerea si cresterea nu se fac in functie de conditiile mediului acvatic din
bazinul sau acumularea piscicola tinta.
In plus puietul cu care este populat bazinul sau acumularea piscicola tinta va
avea si o contributie majora la repopularea naturala si o rata de mortalitate mult mai
mica.
Proiectul isi propune sa aduca o alta abordare in industria piscicola, punind pe
prim plan economia circulara, demonstrand ca se pot atinge mai multe obiective
urmarind un singur scopiar prin intregul proces de crestere, care presupune implicit si
hranirea materialului genetic, va urmari recircularea materiilor prime in interiorul
statiei cu aporturi minime din exterior si folosind doar pe cele din mediul de referinta.

2
 4. Ipotezele care au stat la baza studiilor din cadrul tezei de doctorat

Studiile din teza de doctorat cu tema :Cercetari privitoare la determinismul

genetic al procesului de crestere la unele rase Cyprius carpio cu simularea
conditiilor naturale de mediu se bazeaza pe urmatoarele ipoteze si premise :
1. Crapul comun este una dintre cele mai importante ape dulci de fermă
specii de pești din lume (FAO, 2008) dar cu toate acestea, spre deosebire
de altele specii de acvacultura, nu exista programe de reproducere
selectivă sinu sunt implementate in functie de conditiile mediului acvatic.
2. Motivul abordarii temei de cercetare il descrie insasi lipsa de inovare in
domeniul pescuitului si acvaculturii, intregul flux tehnologic din cadrul
oricarei ferme piscicole desfasurandu-se in conditiile descrise intre anii
1950-1990, utilizandu-se ca date de referinta informatii din aceeasi
perioada, atat in cazul procesului de crestere si dezvoltare, cat si in cazul
reproducerii speciilor de interes.
3. .Programele de reproducere la crapul comun sunt caracterizate în general
prin dezvoltarea de tulpini diferite, care sunt folosit pentru încrucișare.
Există un nivel ridicat de heteroză pentru trăsăturile legate la creștere (de
exemplu, Hulata, 1995; Linhart și colab., 2002; Vandeputte, 2003), ceea ce
poate explica de ce încrucișarea a primit multă atenție în această specie.
4. Cu toate acestea, unele tulpini pure par să funcționeze aproximativ ca
precum și cele incrucisate (Wohlfarth și colab., 1975).
5. Una dintre probleme legat de încrucișarea la crapul comun este că o mare
parte din heteroza observată este cel mai probabil cauzată de faptul că
tulpinile parentale sunt la rindul lor foarte consangvinizate.
6. Consangvinizarea implică de obicei performanțe reduse ale productiei
piscicole cum ar fi : supraviețuirea, rezistența la boli și reproducere, rata de
creștere mica adăugând astfel costuri suplimentare pentru menținerea
tulpini.
7. Rezultatele pe termen lung din studiile facute pina in prezent, arata ca
încrucișarea însăși nu da rezultate pe termen lung și, prin urmare, ar trebui
privita ca un supliment la reproducerea pură, adică selecția pentru efecte
genetice aditive în cadrul tulpinilor parentale (de ex. Bowman, 1959; și
discuții în Gjerde, 1988).
8. Nu exista nici un studiu bine fundamentat a influentelor mediului acvatic
asupra heritabilitatii
9. Nu exista nici un studiu bine fundamentat asupra dezvoltarii si heritabilitatii
crapilor salbatici din riuri si fluvii in special datorita dificultatilor de ordin
tehnologic.
10. Dezvoltarea tulpinilor îmbunătățite genetic de crap comun au astfel o mare
potențial pentru o producție mai eficientă. Programele de îmbunătățire
genetică pentru crapul comun ar trebui să fie adaptate pentru a îmbunătăți
trăsăturile legate de producție inclusiv a trasaturilor ce tin de supraviețuirea
și rezistența la virusul herpes koi care are devin o problemă în producția
comună europeană de crap care are (Hedrick și colab., 2000; Haenen și
colab., 2004).
11. Introducand programele de reproducere selectivă in functie de conditiile

3
 mediului acvatic tinta pentru crapul comun european ar creste potentialul
pentru o productivitate sporita si eficienta mult mai ridicata productiei în
industria piscicola si acvacultura.

5. Tipurile de studii care vor fi facute in cadrul tezei de doctorat

Studiile din teza de doctorat cu tema :Cercetari privitoare la determinismul

genetic al procesului de crestere la unele rase Cyprius carpio cu simularea
conditiilor naturale de mediu vor fi din urmatoarele categorii :
1. Studii descriptive, esenţialmente studii transversale sau studii de
prevalență.
2. Studii analitice: studii de observaţie cu studii caz-martor şi studii de
cohortă, şi studii experimentale, cu trial liber şi trial comparativ.
Pentru a intelege de ce sint necesitatile si categoria studiilor voi face o scurta
descriere a instalatiei experimentale de reproducere si inmultire a crapilor cu
simularea conditiilor de mediu
Conditii initiale :
1. Se vor cartografia si se vor indentifica porrtiuni din bazinul sau acumularea
piscicola tinta, cu ajutorul sonarului zonele de reproducere, zonele de
stationare a alevinei si zonele de stationare si hranire a puietului pentru a fi
reproduse in bazinele instalatiei.
Aceasta etapa va fi un studiu de prevalenta

2. Se vor masura si urmari, cu ajutorul unei statii meteo-hidrologice, parametrii

calitativi ai mediului de referinta (ce urmeaza a fi repopulat) in vederea recrearii
acestuia in statia de reproductie.
Aceasta etapa va fi un studiu de prevalenta.

3. Toate materialele utilizate pentru redarea mediului natural vor fi preluate din
mediul de referinta, iar inclusiv bazinele vor fi facute din materiale care nu
degaja compusi chimici deoarece acestia vor putea afecta corectitudinea
experimentului. Acestea vor fi din beton, lemn sau sticla, nefiind utilizata fibra
de sticla sau materialele plastice datorita faptului ca acestea pot degaja in apa
fenoli, aldehide si vor modifica mediul de cultura.
Aceasta etapa necesita un studiu de piata pentru obtinerea costurilor minime.

4. Echipamentele si instalarea lor in interiorul statiei de reproducere si inmultire in

conformitate cu obiectivele proiectului tehnic, instalarea statiei de pompare, a
echipamentelor de comunicatie , a placilor de achizitie si a computerelor.
Aceasta etapa necesita un studiu de piata.

5. Popularea cu material reproducator (crapi parinti) , se vor face teste genetice

PCR si se vor studia caracteristicile genelor.
Aceasta etapa va fi un studiu de observatie.

6. Se vor pune in bazinul de reproducere parintii si se vor urmari si inregistra cu

ajutorul sistemului video cu recunoasterea formei toate etapele incepind cu
depunerea icrelor si a laptilor, fecundarea, eclozarea si dezvoltarea alevinei.
Aceasta etapa va fi un studiu de observatie combinat cu un studiu de cohorta.

4
 7. Se va urmari dezvoltarea puietului , se vor selecta diverse exemplare in functie
de necesitatile experimentale si se vor efectua teste PCR. Rezultatele vor fi
comparate cu cele ale parintilor si se va incerca determinarea factorilor de
mediu care influenteaza determinismul genetic.
Aceasta etapa este un studiu de observatie combinat cu un studiu de
prevalenta.

8. Se vor selecta un numar de exemplare egal cu a parintilor si vor fi crescute si

se vor incricisa intre ei si cu parintii pentru a studia factorii fizico-chimici si
biologici care influenteaza heritabilitatea si determinismul genetic.
9. Aceasta etapa va fi un studiu de observatie combinat cu studii caz-martor,
studii de cohortă, cu studii experimentale, cu trial liber şi trial comparativ
Procesul va fi reluat pina la stabilirea rezultatelor concludente

6. Factorii studiati in cadrul tezei de doctorat

Studiile din teza de doctorat cu tema :Cercetari privitoare la determinismul

genetic al procesului de crestere la unele rase Cyprius carpio cu simularea
conditiilor naturale de mediu vor axate pe studiere urmatorilor factori :

1. Influenta factorilor fizico-chimici si biologici ai mediu acvatic asupra

determinismului genetic

2. Influenta factorilor fizico-chimici si biologici ai mediu dezvoltarii crapului

incepind de la eclozare si terminind cu exemplarele adulte, valoroase din
punct de vedere genetic

3. Influenta factorilor fizico-chimici si biologici ai mediu asupra heritabilitatii.

4. Influenta factorilor fizico-chimici si biologici ai mediu asupra populatiei de

alevina si puiet

5. Algoritmii de calcul ai determinismului genetic care sa includa in expresia lor si

variabilele datorate influentei factorilor fizico-chimici si biologici.

6. Algoritmi de calcul ai heritabilitatii care sa includa in expresia lor si variabilele

datorate influentei factorilor fizico-chimici si biologici.

7. Algoritmi pentru rata de crestere care sa includa in expresia lor care sa

includa in expresia lor si variabilele datorate influentei factorilor fizico-chimici si
biologici.

8. Algoritmi de calcul pentru rata mortalitatii care care sa includa in expresia lor si
variabilele datorate influentei factorilor fizico-chimici si biologici.

9. Algoritmi care sa calculeze ratele de mortalitate care care sa includa in

expresia lor si variabilele datorate influentei factorilor fizico-chimici si biologici
in diverse stadii de dezvoltare si la intervalle de timp prestabilite

5
 7. Criteriile rationarii in cadrul tezei de doctorat

Rationamentul care a condus la abordarii temei tezei de doctorat este datorat

lipsei de inovare in domeniul pescuitului si acvaculturii, fluxurile tehnologice din
cadrul oricarei ferme piscicole desfasurandu-se in conditii si ipoteze aproape
neschimbate de 50 de ani, utilizandu-se ca date de referinta informatii din aceeasi
perioada, atat in cazul procesului de crestere si dezvoltare, cat si in cazul
reproducerii speciilor de interes. Pina in prezent se prefera o suprapopulare cu puiet
cu calitate genetica incerta, in speranta ca o parte din acesta va supravietui noilor
conditii si va asigura productivitatea estimata
Desi din punct de vedere genetic a fost demonstrat fara tagada ca factorii de
mediu au o influenta semnificativa asupra determinismului genetic acestia nu a fost
niciodata luati in calcul, pentru a dezvolta noi metode de reproducere si inmultire.
Heritabilitatea, fiind un parametru important in ameliorarea genetica a
populatiilor piscicole si fiind determinata si de conditiile de mediu in care traieste
populatia. Ea este diferita de la un exemplar la altul, in functie de proportia in care
variatia caracterelor este influentata de factorii genetici, iar prin actualul proiect de
cercetare se va urmari ca cele mai importante calitati ale productivitatii ( greutate,
rata de supravietuire) sa devina independente de factorii de mediu prin determinarea
influentelor lor in cazul ameliorarii genetice.
Impactul proiectului se va resimti in domeniul de mediu al dezvoltarii durabile,
prin amplificarea serviciilor de mediu, aduse de acvacultura extensiva si limitarea
impactului negativ al activitatii sectorului pescaresc, mai ales prin gestionarea
durabila a resurselor, dar si prin domeniul social al dezvoltarii durabile.

8. Cauzele erorilor care pot aparea in cadrul tezei de doctorat

Datorita complexitatii cercetarii din teza de doctorat cu tema: Cercetari

privitoare la determinismul genetic al procesului de crestere la unele rase
Cyprius carpio cu simularea conditiilor naturale de mediu in cadrul studiilor care
se vor efectua pot aparea urmatoarele tipuri de erori :

1. Erorile cauzate de om din care enumeram:

- erori de manipulare incorecta a materialului de testare genetica.
- erori de programare a parametrilor de functionare
- erori de selectare a exemplarelor de crap atit pentru materialul
reproducator cit si pentru puiet
- erori de procedura
- erori de culegere a datelor.

2. Erori cauzate de echipamentul tehnic

- defectiuni ale echipamentului de video cu recunoastere a formei
- defectiuni ale placilor de achizitie si a senzorilor

6
 - defectiuni ale elementelor de actionare: pompe electrovalve etc
- defectiuni ale calculatoarelor atit hardware cit si software
- defectiuni in transmisia datelor
- defectiuni in achizitia datelor

9. Subiectii studiilor din cadrul tezei de doctorat

Se povesteste despre exemplarele de crap si ce caracteristici trebuie sa

aiba
Se motiveaza de ce i-ai ales
Se motiveaza ce caracteristici va avea puietul pentru studiul heritabilitatii

10. Marimea esantionului populatiei de crapi studiate in cadrul tezei de

doctorat

Ciclu 1 : ce crapi femele si masculi

Ciclu 2 :ce puiet ai ales si cum ii pui sa se reproduca, eventual daca ii
imultesti cu parintii
Eventual ciclu 3

11. Culegerea si gestionarea datelor culese din studiile tezei de doctorat

Studiile din teza de doctorat cu tema :Cercetari privitoare la determinismul

genetic al procesului de crestere la unele rase Cyprius carpio cu simularea
conditiilor naturale de mediu vor pune diverse date la dispozitia cercetatorilor.
Astfel ele pot fi clasificate si ordonate in functie de mai multi factori :

1. Date culese in functie de timp (esantionat) :

- temperaturi, ( statie hidro-meteorologica)
- continut de oxigen
- continut de CO si CO2
-continut de nitriti
- continut de alte substante.
Aceste date se pot culege in format xml ( Microsoft Excel) si pot fi utilizate
pentru determinarea de algoritmi si modele cu ajutorul programului MatLab

2. Marimi electrice si electronice

Aceste marimi pot fi culese continuu sau esantionat ( la diverse
intervale de timp) prin conectarea senzorilor la placile de achizitie CardDaq
produse de compania National Instrument, Datorita software-ului LabView
semnalele primite (marimi electrice si electronice) pot fi prelucrate intern
aplicindu-se diversi algoritmi de tratare a erorilor, de esantionare in timp,
de urmarire a unei anumite caracteristici si genereaza semnale de iesire
sau semnale de alarma. Semnalele de iesire se adapteaza perfect

7
 comenzii echipamentelor ce intra in functionarea instalatiei : pompe,
electroventile elemente de selectie etc. In plus programul implementat are
capabilitatea de a sesiza ce senzor e defect si de a comanda functionarea
instalatiei in regim de avarie cu valori de substitutie pentru senzorul defect.
In plus datele de interes pot fi exportate in format xml si afisate cu
programul Microsoft Excel.
3. Imagini de captura ale sistemului cu recunoastere a formei video datorita
marimii lor vor fi compactate si retinute numai cele de interes. Imaginile vor
fi furnizate in format HDMI pentru a vedea daca caracteristicile sint cele
alese de operator

4. Datele culese in urma testelor PCR vor fi analizate si exportate in functie

de formatul ales de producatorul echipamentului. Uzual sint exportate in
format pdf necesitint punerea acestora manual intr-un tabel in format xml –
Microsoft Excel.

5. Alte date de interes vor fi puse intr-un tabel xml – Microsoft Excel.

6. Informatiile culese vor fi puse intr-o baza de date indexata si vor putea fi
folosite dupa anumite criterii de cautare stabilite de cercetator

12. Analiza datelor culese din studiile tezei de doctorat

Pentru analiza datelor culese din experimentele si observatiile

efectuate asupra populatiilor de pesti, embrioni, alevina si puiet rezultatele din
baza de date indexate pot fi folosite pentru determinarea diferitelor modele
matematice cu ajutoru l programului MatLab. De asemenea pentru determinari
statistice se poate folosi si programul Microsoft Excel apelind la optiunea
function.
Totusi pentru coroborarea corecta a a rezultatelor si o precizie cit mai mare se
va folosi MatLab.

13. Studiul pilot

Datorita complexitatii cercetarii din teza de doctorat cu tema: Cercetari

privitoare la determinismul genetic al procesului de crestere la unele rase
Cyprius carpio cu simularea conditiilor naturale de mediu in cadrul studiilor care
se vor efectua nu se justifica efectuarea uui studiu pilot din urmatoarele motive:
1. Cercetarea initiala deja a fost facuta in urma a 9 ani de observatii
amanuntite in cadrul acumularii piscicole birca
2. Instalatia proiectata poate produce din start puiet cu valoare ridicata din
punct de vedere genetic
3. Studiul pilot ar dura cel putin 3 ani si s-ar pierde timp si resurse pretioase.

8
 14. Implicatii etice

In cadrul studiilor si cercetarilor care se vor face in cadrul tezei de doctorat cu

tema: Cercetari privitoare la determinismul genetic al procesului de crestere la
unele rase Cyprius carpio cu simularea conditiilor naturale de mediu se va
urmari si se va pune accentul respectarea tuturor pricipiilor etice :

1. Minimizarea riscurilor si a pericolelor care pot afecta participantii la studiu

2. Măsurile de securitate a datelor .
3. Masuri de verificare a datelor si a rezultatelor
4. Protectia mediului

15. Personalul

In cadrul studiilor si cercetarilor care se vor face in cadrul tezei de doctorat cu

tema: Cercetari privitoare la determinismul genetic al procesului de crestere la
unele rase Cyprius carpio cu simularea conditiilor naturale de mediu va fi
nevoie de urmatorul personal :

Cercetare stiintifica :
1. Doctorand
2. Profesor indrumator
3. Biochimist- eventual contract de colaborare
4. Genetician – eventual contract de colaborare
 
Personal auxiliar:
1. Mecanic instalator
2. Operator instalatie
3. Paznic – eventual contract cu o firma de paza
4. Electrician intretinere si reparatii

16. Bugetul si calendarul

Instalatia propusa in cadrul tezei de doctorat cu tema: Cercetari privitoare la

determinismul genetic al procesului de crestere la unele rase Cyprius carpio cu
simularea conditiilor naturale de mediu va fi nevoie de urmatorul buget pentru
punere in functiune si operare :

9
 1. Realizarea si punerea in functiune:

Instalatia se compune din doua mari subansamble :

Modulul 1

Statia de pompare cu monitorizare parametrilor calitatii apei si a parametrilor

meteo

Statia va fi montata si pusa in functiune in maxim 1 luna

Cost statie 10000 euro
Complet automatizata si cu transmitere de date la distanta

10
Modulul 2

Instalatia de inmultire ,selectie si crestere a puietului de peste cu simularea

conditiilor naturale de mediu controlat electronic si cu transmitere de date la
distanta care poate replica conditiile naturale de inmultire a pestilor, cu
posibilitate de identificare si selectie a puietului valoros din punct de vedere
genetic

11
Cost pe modul 15000 euro pe container ( 5000 euro containerul+ 10000
echipamentul)
8 containere x 15000 euro=120000 euro
Cost container centru de comanda si control plus laborator 112000 euro (7000
container+ 105000 euro aparatura laborator)
Punere in functiune maximul 6 luni
Complet automatizata

Total Modul 1 + Modul 2 = 332000 euro

2. Populare si operare

Populare 300 euro

Cheltuieli cu energie, taxe, etc : 2500 euro/ luna
Cheltuieli salarii personal cercetare 6000 euro/ luna
Cheltuieli salarii personal auxiliar 4000 euro/ luna
Cheltuieli consumabile 1500 euro/ luna
Total operare pe luna : 14000
Total operare 36 luni : 504000 euro

Total buget 36 luni/ 3 ani :

504000+ 332000 = 836000 euro

17. Anexe
Cerere de brevet de inventie

12