Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
CAP.1. C R O M O Z O M U L
BACTERIAN
c r o m o so m
b a cter ia n
p l i er e
c i r ca 5 0 d o m e n i i
p e r c r o m o so m
b a cter ia n
REP
su p r a r a su c i r e
REP
d o m en i i
su p r a sp i r a l i z a t e
n ega tiv
A D N gir a z a
Compoziia n nucleotide
n majoritatea cazurilor, compoziia global n nucleotide a unei molecule de ADN se exprim
prin procentul molar de guanin + citozin (%mol GC), restul pn la 100% fiind, evident, reprezentat
de adenin + timin (datorit criteriului de complemntaritate ntre cele dou catene ADN, respectiv
ntre bazele purinice i cele pirimidinice). Compoziia n nucleotide a cromozomului bacterian variaz n
limite foarte largi: 25 %mol GC la Mycoplasma capricolum i 75 %mol GC la Micrococcus luteus.
Procentul molar de guanin + citozin este corelat i cu compoziia n codoni a genomului.
Aceasta variaz n sensul preferinei pentru 1-2 codoni dintr-un grup de codoni sinonimi. Se constat
astfel c la Mycoplasma capricolum este favorizat prezenta A/T n poziia 3-a a codonilor sinonimi.
S-a mai constatat c n cromosomul bacterian exist i o serie de gene a cror activitate
poate afecta compoziia total n nucleotide a unei molecule de ADN. Astfel, la E.coli au fost descrise
dou gene (mut T i mut Y) care afecteaz frecvena transversiilor A-T / C-G i, respectiv, C-G / A-T.
Echilibrul ntre exprimarea acestor dou gene afecteaz compoziia global n nucleotide a moleculei
de ADN ce reprezint cromosomul de E.coli.
n mod evident, codonii favorizai se coreleaz cu abundena moleculelor de ARNt cognate din
microorganismul respectiv. Astfel, exist codoni optimi ce sunt cel mai corect i eficient recunoscui
de ctre cele mai abundente molecule de ARNt.
O alt problem o reprezint contextul de citire a unui anumit codon, n spe, configuraia
codonilor adiaceni. Numrul teoretic posibil de codoni (sens) adiaceni este foarte mare (612 = 3721),
dar, examinnd 237 de gene de la E.coli s-a constatat c perechile de codoni adiaceni nu sunt
distribuite randomizat, ci anumite perechi de codoni sunt mai abundente dect altele. S-a dedus astfel
c, compoziia n nucleotide a unui codon este corelat i cu compoziia codonilor adiaceni, corelat
probabil cu procesele de ataare la situsurile A (Aminoacil) i P (Peptidil) ale ribozomilor. Se pare
deci, c aparatul de traducere a informaiei genetice ar fi putut s determine evoluia unor anumite
trsturi ale matriei genetice.
serie de microorganisme din grupul Archaea prezint proteine histone-like cu structur intermediar
ntre cele de la Bacteria i histonele de la Eukarya.
C. Secvene repetate
n cromosomul bacterian au fost identificate secvene ADN repetate, dintre care unele nu
codific proteine/ARN (secvene repetate necodificatoare), iar altele codific o serie de proteine sau
specii moleculare de ARN (ARNr, ARNt) secvene repetate codificatoare.
1) Secvene repetate necodificatoare = ADN repetitiv
Acestea sunt reprezentate de secvene scurte ce apar de regul n afara ORF-urilor (Open
Reading Frames). n mare majoritate a cazurilor, asemenea secvene servesc ca situsuri de
interaciune ADN-proteine (inclusiv n procese de recombinare, inversie, excizie, transpoziie) i ca
situsuri modificate ce identific catena matri n timpul replicrii semiconservative a cromozomului
bacterian. Dintre cele mai cunoscute asemenea secvene sunt secvenele REP, Chi, Dam.
Secvene REP (Repeated Extragenic Palindromes)
Secvenele REP sunt formate din palindroame repetate, majoritatea aflate n regiuni
extragenice. O secven REP conine o secven consensus de 38 bp. Clusteri de 2-4
secvene REP separate ntre ele prin 20 pb formeaz un element REP (REPE = REP
Element, Fig.1.2.). La E.coli i Salmonella typhimurium exist 100-200 structuri REPE
(reprezentnd deci, aproximativ 0.5% din cromozomul bacterian), localizate nsa diferit.
La secvenele REP se leag molecule de protein HU i de ADN giraz, aceste secvene
avnd deci rol n mpachetarea nucleoidului. Tot la aceste secvene se leag i ADN
polimeraza intervenind n procese de replicare i reparare ADN.
R E P 38pb
20pb
R E P 38pb
20pb
R E P 38pb
R E PE
Fig.1.2. Organizarea elementelor REP la Escherichia coli.
Distribuia locilor rrn pe cromosom variaz la diverse specii bacteriene: la E.coli, majoritateta
locilor rrn sunt localizai n jumtatea cromosomal ce are n centru regiunea oriC; la
B.subtilis, locii rrn sunt grupai ntr-o zon ce reprezint 30% din cromosom.
genele pentru ARNt
Cromosomul de E.coli conine 41 de gene/operoni pentru ARNt distribuii n tot cromosomul.
Unii din aceti operoni codific pentru o molecul de ARNt, alii pentru mai multe molecule de
ARNt, iar alii au i secvene ce codific diverse proteine.
secvene rhs (rearrangement hot-spots) sunt capabile s genereze duplicaii genice prin
procese de crossing-over inegal ntre secvene repetate. La E.coli K-12 au fost identificate 4
secvene rhs, notate rhs A, B, C i D. Fiecare din aceste 4 secvene au dimensiuni ntre 8 i
9 kbp i sunt compuse dintr-o regiune core (miez) (cu secven conservat de aproximativ
3700 bp) i din segmente flancatoare. Prin exprimarea regiunilor core ale secventelor rhs A,
B i C sunt sintetizate 2 proteine cu funcie deocamdat necunoscut. n contrast cu E.coli K12, la E.coli B i E.coli C, precum i la S.typhimurium, nu au fost descrise secvene rhs.
+1
cy sX
cy sE
+1
2. secvene codificatoare ce sunt folosite de mai multe ori, pornind transcrierea din poziii
diferite; de exemplu, locusul McrB (restricia ADN la 5-metil-citozin) conine 3 ORF-uri pe aceeai
caten ADN, pornind din 3 situsuri diferite de iniiere a transcrierii (Fig.1.4.). Traducerea celor 3
transcripte duce la formarea a 3 proteine (de 51, 53 i, respectiv, 54 kdal) cu secven carboxiterminal identic, dar diferit n regiunea amino-terminal.
+1
+1
+1
O RF1
O RF2
O RF3
Fig.1.4. Structura locusului mcrB.
3. gene suprapuse total, cu molecule transcript identice, dar traduse diferit prin procese de
frameshift translaional (Fig.1.5.): de exemplu, gena trpR (codific 2 proteine, dintre care una este
TrpR ce are funcie de represor multiplu al exprimrii unor diverse gene, inclusiv pentru operonul trp
implicat n biosinteza triptofanului); alt exemplu l constituie gena dnaX, care codific 2 subuniti
(gamma i tau) ale ADN polimerazei III.
dna X
t r an sc r i er e
A RN m
f r a m e sh i f t
t r an sl at i o n al
su b u n i t a te a
g am m a
su b u n i t a te a
t au
Asemenea gene cu grad ridicat de suprapunere sunt foarte bogate n informaie genetic
(unele au chiar informaie dubl). Multe din ele (de exemplu, genele mcrB i dnaX) nu sunt tipice
pentru cromosomul de E.coli, n ceea ce privete procentul molar de guanin + citozin. Astfel, gena
mcrB are 48% mol GC, iar gena dnaX are 58 % mol GC, n timp ce cromosomul de E.coli are, in toto,
51-51.5 % mol GC. S-a emis ipoteza c asemenea gene care prezint un procent molar de guanin +
citozin extrem de diferit fa de media cromosomal, ar fi fost achiziionate de E.coli din alte
genomuri, prin procese de transfer de material genetic pe orizontal (transformare, conjugare,
transducie).
Un alt parametru legat de densitatea informaiei biochimice n cromosomul bacterian este
determinat de redundana genelor i a produselor genetice. Astfel, la E.coli, pentru foarte multe
funcii celulare, exist cte 2 gene, ca i cum programul genetic al acestor bacterii ar avea sisteme de
backup (copii de siguran). Aceast redundan ar putea fi considerat ca fiind o densitate redus a
informaiei genetice. Cu toate acestea, cel puin n unele cazuri, aceast informaie este reglat diferit
i folosit n scopuri metabolice diferite. Astfel, n cromosomul de E.coli exist 58 de perechi (2 gene)
sau clusteri (mai mult de 2 gene), ce codific 125 de produse genice. Din acestea, n 56 de
perechi/clusteri reaciile catalizate sunt identice. n cazul anumitor grupuri genice, reglajul exprimrii
lor este diferit, de exemplu:
- genele aroF, aroG i aroH codific, toate trei, o aceeai enzim: 3-deoxi-D-arabinoheptulosonat 7 fosfat-sintetaza (DAHPaza). Enzima codificat de aroF este sensibil la
concentraia de tirozin, cea codificat de aroG este sensibil la concentraia de fenil-alanin, iar cea
codificat de aroH este sensibil la concentraia de triptofan ;