Origine și evoluție

Strămoșii bacteriilor care trăiesc în ziua de azi erau microorganisme unicelulare, cel mai probabil primele
forme de viață de pe Pământ, și au apărut acum aproximativ 4 miliarde de ani. Timp de 3 miliarde de
ani, majoritatea organismelor vii erau microscopice, iar bacteriile și arhebacteriile erau formele
dominante de viață.[39][40] Deși au fost identificate bacterii fosile, precum sunt stromatolitele, acestea
nu oferă niciun detaliu distinctiv legat de morfologia lor, ceea ce duce la imposibilitatea de a examina
istoria evolutivă a bacteriilor. Totuși, secvențele de gene pot fi folosite pentru reconstrucția filogeniei
bacteriene, iar aceste studii indică faptul că bacteriile au evoluat din ramura arhebacterii/eucariote.[41]

În prezent se pune întrebarea dacă primele organisme procariote care au apărut au fost bacteriile sau
arheele. Unii oameni de știință sunt de părere că domeniul Bacteria este mai vechi decât domeniul
Archaea și că domeniul Eukarya a derivat de la acesta,[42] în timp ce alții consideră că domeniul cel mai
vechi este Archaea.[43] Se crede că cel mai recent strămoș comun al bacteriilor și arhebacteriilor este un
organism hipertermofil care a trăit acum 2,5-3,2 miliarde de ani.[44][45] În schimb, alți savanți susțin
faptul că ambele domenii sunt relativ recente (de aproximativ 900 de milioane de ani)[46][47] și că au
evoluat pornind de la o bacterie Gram-pozitivă (cel mai probabil o actinobacterie), care a dat naștere
cladei Neomura prin înlocuirea peretelui de peptidoglican cu un perete glicoproteic.[48][49]

Bacteriile au luat parte la a doua divergență evolutivă majoră, anume cea a arhebacteriilor și
eucariotelor. În cazul organismelor eucariote, evoluția a avut loc prin asocierea endosimbiotică a
bacteriilor.[50][51] Acest fenomen a însemnat ingerarea de către celulele proto-eucariote a unor
simbionți alfa-proteobacterieni, ceea ce a dus la transformarea acestora în organite precum mitocondrii
sau hidrogenozomi, încă prezente în celulele eucariote. Ulterior, unele celule eucariote care deja
conțineau mitocondrii au ingerat organisme de tip cianobacterii, ceea ce a dus la formarea cloroplastelor
la alge și la plante.[52][53] Acest fenomen este cunoscut sub denumirea de endosimbioză primară.[54]
Prin fenomene ulterioare de endosimbioză secundară, au apărut organisme autotrofe eucariote,
organisme cheie în dezvoltarea vieții marine.[55]