Abordarea transdisciplinară

Dezvoltarea și aplicarea bioinformaticii a crescut constant, dar

învățarea și formarea acesteia au rămas în urmă. Am abordat
această problemă printr-un eveniment bianual, numit EGB
(Escola Gaúcha de Bioinformática), dedicat studenților și
absolvenților (în principal din biologie, biomedicină, chimie,
fizică și informatică), precum și profesioniștilor, pentru a se
amesteca și să fie prezentate bioinformaticii din secvență,
structură și puncte de vedere computaționale simultan. Mediul
interactiv oferit de EGB permite participanților să se amestece,
independent de pregătirea lor, încurajând învățarea
colaborativă și schimbul de experiență. Atât lectorii, cât și
studenții sunt încurajați să colaboreze și să comunice, fără o
recunoaștere formală a „diferențierii statutului”.
Introducere
Bioinformatica poate fi definită ca fiind pur și simplu „aplicarea
instrumentelor de calcul și analiză la captarea și interpretarea datelor
biologice” ( Bayat, 2002 ). Cu toate acestea, o astfel de definiție nu este
atât de clară pe cât pare, unii autori fiind mult mai detaliați în
descrierea lor, de exemplu, „Bioinformatica conceptualizează biologia
în termeni de macromolecule (în sensul chimiei fizice) și apoi aplică
tehnici de „informatică” (derivate din discipline precum matematica
aplicată, informatica și statistica) pentru a înțelege și organiza
informațiile asociate cu aceste molecule, la scară largă” ( Luscombe et
al., 2001).). Mai recent, a fost propusă o definiție a bioinformaticii ca
„un domeniu interdisciplinar care se preocupă de dezvoltarea și
aplicarea algoritmilor care analizează datele biologice pentru a
investiga structura și funcția polimerilor biologici și relațiile lor cu
sistemele vii” ( Tapprich et al. , 2021 ). Spre deosebire de gama sa de
definiții, nu se poate susține că bioinformatica a crescut constant, atât
în utilizarea sa, cât și ca domeniu de cercetare, cel puțin de la
începutul anilor 2000 ( Hodcroft et al., 2021 ; Wilson Sayres et al.,
2018 ; Brusic, 2007 ; Perez-Iratxeta et al., 2007). Această lipsă de
acord reflectă dezvoltarea rapidă a unei discipline în evoluție a cărei
țintă nu este încă bine definită. Această lipsă de focalizare stabilă este
una dintre problemele majore în predarea bioinformaticii: în ciuda
istoriei de jumătate de secol a bioinformaticii ( Gauthier et al., 2019 ),
învățarea și predarea acesteia par să fie în urmă în urma creșterii și
utilizării observate ( Hack și Kendall ). , 2005 ; Wilson Sayres et al.,
2018 ). Această tendință este observată în special la cursurile de
licență axate pe științe biologice și sănătății ( Madlung, 2018 ), dar
cursurile de științe computaționale nu au nicio intersecție cu
aplicațiile și implicațiile biologice ( Atwood et al., 2019).). Astfel, în
timp ce studenții de la științele vieții nu au o pregătire formală în
managementul și programarea datelor, studenții la informatică nu au
contact cu datele biologice și cu variabilitatea intrinsecă a
acestora. Aceasta pune problema imediată: cum să remediem
deficiențele în predarea și învățarea bioinformaticii atunci când avem
de-a face cu un set atât de divers de actori? Având în vedere o astfel de
problemă, prezentăm aici rezultatele unui model de învățare a
bioinformaticii bazat pe: 1) un spațiu pentru licență și interacțiunile
studenților absolvenți, între ei și cu profesioniști; 2) integrarea
participanților provenind din medii diferite; 3) expunerea
participanților, concomitent, la bioinformatică din punct de vedere al
secvenței, structurii și computaționale, prin 4) atât prelegeri teoretice,
cât și cursuri practice, de la introducere și avansată, puncte de vedere
metodologice și aplicate. Cuprinzând până acum trei ediții ale Escola
Gaúcha de Bioinformática (EGB) sau „Școala de bioinformatică din
Brazilia cea mai sudice”, într-o traducere liberă, un astfel de model a
fost aplicat cu variații în Brazilia începând cu anii 1980 în mai multe
domenii, cum ar fi fizica, chimia, simulare moleculară și altele și a
reușit să ofere un impact generațional asupra formării de cercetători
de înaltă calificare.

EGB: Escola Gaúcha de Bioinformática

fundal
De-a lungul anilor au fost propuse diferite strategii de consolidare a
bioinformaticii ca parte a curriculum-ului principal al diferitelor
cursuri, în special în științe biologice. Acestea includ definirea
competențelor sale de bază ( Welch et al., 2014 ), elementele sale
definitorii ( Tapprich și colab., 2021 ), inspecția cazurilor de predare
de succes în SUA și Regatul Unit ( Hack și Kendall, 2005 ), trebuie să
depășească cursurile scurte tradiționale în clasă ( Atwood et al., 2019 )
și analiza unui modul de învățare dedicat bioinformaticii pentru
studenții la biologie ( Madlung, 2018).). Cu toate acestea, natura
transdisciplinară frecvent menționată a domeniului rămâne mai
degrabă observațională decât practică în majoritatea acestor
propuneri, disciplinele împrumutând tehnici unele de la altele, dar
fără a forma o singură zonă majoră de cunoaștere. Astfel, pentru a
arăta în mod explicit combinația de domenii tehnice care alcătuiesc
acest domeniu în ritm rapid, am decis ca, în cadrul EGB,
transdisciplinaritatea să fie prezentată ca o experiență vie, reunind
participanți din mediile multiple care cuprind definiția. a
bioinformaticii.

Dezvoltarea rapidă a Bioinformaticii este adesea inegală din punct de

vedere spațial, unele regiuni dezvoltându-se mai rapid decât altele și,
adesea, fiecare grup specializat într-un domeniu foarte limitat al
domeniului de interes temporar pentru cercetarea lor, neglijând alte
posibilități care ar putea ‒ dacă sunt luate în considerare ‒ să-și
îmbunătățească capacități. De exemplu, ca domeniu de cercetare,
bioinformatica a fost concentrată în regiunea de sud-est a Braziliei, în
special în statele São Paulo și Minas Gerais ( Bicudo, 2016 ). Chiar și
cu inițiativele guvernamentale de a răspândi facilitățile de cercetare în
toată țara (din 2007 încoace), cum ar fi efortul de nucleare BioMicro
( CAPES, 2008 ) și o cerere financiară majoră de biologie
computațională ( CAPES, 2013 ), alte regiuni au rămas
subreprezentate (Bicudo, 2016 ). Acest lucru are ca rezultat, de
asemenea, numeroase grupuri care lucrează în subdomenii
specializate, cu puține cunoștințe despre alte domenii, ceea ce
împiedică și mai mult dezvoltarea unor programe de bioinformatică
util complete. Profitând de grupurile de bioinformatică în devenire din
regiunea de sud a Braziliei, în special cele din cel mai sudic stat Rio
Grande do Sul, și conectându-le cu profesioniști din toată Brazilia și
America Latină, EGB se prezintă ca un mediu de rețea pentru cei
supravegheați. dezvoltarea abilităților necesare navigării în
domeniu. Este de remarcat faptul că AB3C (Asociația Braziliană
pentru Bioinformatică și Biologie Computațională) prinevenimentul
său anual X-meeting, oferă oportunități de formare și creare de
rețele. De asemenea, grupul regional de studenți brazilian ISCB a
conectat studenții de bioinformatică la nivel regional. Cu toate acestea,
aceste inițiative vizează subiecții care lucrează deja cu bioinformatica,
nu în special utilizatorii începători, fără experiență. EGB funcționează
atât ca eveniment științific (cum ar fi un simpozion), cât și ca mediu de
predare-învățare (cum ar fi o „școală”). Acest model a fost aplicat cu
succes în domenii de studiu mai specifice din Brazilia, de exemplu în
Școala Braziliană de Structură Electronică (din 1987) ( dos Santos și
colab., 2003 ; EBEE, 2018 ) și în Școala de Modelare Moleculară în
Sisteme Biologice. (din 2002) ( EMMSB, 2021). Participarea poate
include depunerea lucrărilor de cercetare și prezentarea posterului,
dar acestea nu sunt activități obligatorii. Integrarea tuturor
participanților într-un mediu de împărtășire a experienței cu idei
provocatoare este scopul principal al EGB. O zi obișnuită la „școală” ar
include trei până la patru prelegeri dimineața, urmate de o pauză de
prânz și cursuri flash după-amiaza, cu perioadele de dimineață și
după-amiază având pauze de cafea. Aceste pauze sunt deosebit de
relevante pentru a permite participanților să se amestece într-un
mediu prietenos, informal. Durata școlii se propune să fie de 5 zile (de
luni până vineri), având loc în vacanța de iarnă a colegiului brazilian
(în iulie). Din punct de vedere practic, școala are nevoie de un
auditoriu mare pentru prelegeri, săli deschise pentru activități de
pauză și mici laboratoare individuale de calculatoare pentru cursuri
flash. Participanții au opțiunea de a-și valida participarea ca credit la
programele de licență și postuniversitare partenere. Până acum, au
fost organizate trei ediții ale EGB (în 2015, 2017 și 2019), având loc la
Institutul de Informatică al Universității Federale din Rio Grande do
Sul, în Porto Alegre, Brazilia. Spații de sprijin de laborator au fost
asigurate și de Centrul de Biotehnologie și Institutul de Bioștiințe din
aceeași universitate. Managementul financiar și asistență pentru
înscriere au fost oferite Societății de Genetică din Brazilia (SBG). care
are loc la Institutul de Informatică al Universității Federale din Rio
Grande do Sul, în Porto Alegre, Brazilia. Spații de sprijin de laborator
au fost asigurate și de Centrul de Biotehnologie și Institutul de
Bioștiințe din aceeași universitate. Managementul financiar și
asistență pentru înscriere au fost oferite Societății de Genetică din
Brazilia (SBG). care are loc la Institutul de Informatică al Universității
Federale din Rio Grande do Sul, în Porto Alegre, Brazilia. Spații de
sprijin de laborator au fost asigurate și de Centrul de Biotehnologie și
Institutul de Bioștiințe din aceeași universitate. Managementul
financiar și asistență pentru înscriere au fost oferite Societății de
Genetică din Brazilia (SBG).

Din punct de vedere conceptual, caracteristica transdisciplinară a

bioinformaticii este abordată printr-o expunere simultană a
studenților la prelegeri de la niveluri introductive până la nivel avansat
de absolvent și din punct de vedere metodologic până la aplicativ. Se
acordă o atenție deosebită includerii, în aceeași dimineață, a lectorilor
din mai multe domenii în bioinformatică, precum cei care lucrează cu
abordări bazate pe secvențe sau structură, de la mediul biologic la
mediul informatic. În consecință, de exemplu, un student de licență la
biologie va fi familiarizat cu codificarea, în timp ce un student
absolvent de informatică va fi prezentat la biochimia proteinelor și
biologia moleculară. În timpul pauzelor, un student mai experimentat
ar putea ajuta un nou venit într-o anumită zonă a bioinformaticii să
înțeleagă mai bine conceptele discutate anterior, în timp ce lectorul ar
putea atât să aprofundeze unele detalii metodologice, cât și să explice
la un nivel și mai de bază un anumit aspect pentru participanți. În
final, după-amiaza, aspectele din bioinformatică discutate în
prelegerile de dimineață vor fi sedimentate în cursuri practice pe
laboratoare de informatică, de asemenea, de la niveluri de bază până
la niveluri mai avansate. Deși poate fi deosebit de dificil pentru unii
studenți să aibă un prim contact cu codificarea avansată, modelarea
structurii proteinelor sau adnotarea genomului folosind această
abordare, este simultan o introducere extrem de contextualizată a
unui astfel de domeniu susținută de familiaritatea studenților cu unele
dintre celelalte domenii discutate. în timpul evenimentului. În plus,
aceste interacțiuni au avantajul încurajării și promovării cooperării
între grupuri.
Datele demografice ale participanților
Publicul țintă pentru EGB a fost conceput pentru a fi larg, de la
studenți la absolvenți și profesioniști. Astfel, de la prima ediție din
2015, la eveniment au participat cantități similare de studenți de
licență și absolvenți ( Figura 1 ), concomitent cu o creștere constantă a
interesului pentru școală, la o rată de aproximativ 25% pe ediție,
variind de la 174 participanți în 2015 la 251 de participanți în 2019.
Am observat o ușoară creștere a studenților absolvenți pe măsură ce
edițiile evenimentului au progresat ( Figurile 1A,C ). Aceeași tendință a
fost observată pentru interesul pentru cursurile flash focalizate
( Figura 1A). Sunt necesare mai multe date pentru a interpreta aceste
tendințe, dar emitem ipoteza că cursurile postuniversitare (în special
cele din domeniile biologice) sunt insuficiente pentru a oferi
studenților lor pregătirea bioinformatică de care au nevoie sau de care
aspiră. Deoarece nu este aplicat direct, publicul variat apare ca
reflectare a interesului public în subiect. Admiterile sunt procesate pe
principiul primul venit, primul servit, singurele criterii de selecție
existente fiind preferința pentru noi participanți (în locul celor care se
întorc). Până acum, nu a avut loc nicio excludere în procesul de
admitere.
FIGURA 1

FIGURA 1 . Datele demografice ale participanților la

EGB. (A) Graficul radar care evidențiază schimbările în profilurile
participanților; (B) raportul participanților care se întorc de la edițiile
EGB anterioare; (C) Valoarea totală a participanților pe an, indicând
creșterea participării la fiecare ediție a evenimentului.

Aproximativ 90% dintre participanți au fost brazilieni, trei sferturi

dintre ei fiind din statul Rio Grande do Sul. Acești participanți au
enumerat orașele universitare tradiționale ca origine, cu o concentrare
în capitala Porto Alegre și în împrejurimi. Participanții non-brazilieni
au fost latino-americani, veniți din Argentina, Bolivia, Chile,
Columbia, Mexic, Peru și Uruguay ( Figura 2). Implicarea directă a
participanților internaționali rămâne dependentă de finanțare
suplimentară pentru cheltuielile de călătorie, lucru care nu a fost încă
asigurat. Au fost enumerate și instituțiile de origine ale participanților
(universitați, centre de cercetare etc.), formând un total de 42 de
afilieri diferite. La sfârșitul fiecărui eveniment, toți participanții au
fost invitați să ofere evaluări anonime asupra multiplelor aspecte ale
școlii. Aceste date calitative au fost folosite pentru a ajusta și
îmbunătăți edițiile ulterioare ale EGB. Aceste observații sunt raportate
în Secțiunea 3. Chestionarul demografic al participanților și rezultatele
obținute sunt prezentate în Materialul suplimentar. Chestionarul
integral nu a fost aplicat în prima ediție a evenimentului.
FIGURA 2

FIGURA 2 . Acoperirea participanților EGB. Diagrama circulară are

coduri de culori, așa cum este ilustrat pe hartă și reflectă proporția
relativă de participanți din fiecare locație. Este evidențiat statul Rio
Grande do Sul, evidențiind orașele universitare care au contribuit cel
mai mult participanților la eveniment. (Incorporează „Harta pentru
comunitatea statelor din America Latină și Caraibe”, licențiat sub
Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 International, de
Roblespepe).
Prelegeri și Cursuri Flash
Urmând conceptul general de „amestecare și potrivire”, prelegerile au
fost planificate pentru a extinde perspectivele participanților asupra
terenului. În consecință, în fiecare dimineață au fost susținute
studenților discuții de la specialiști care acopereau multiple aspecte
bioinformatice, sub trei puncte de vedere principale: metode bazate pe
secvențe sau structura, aplicații și întrebări biologice și abordări
computaționale pentru rezolvarea acestora. Scopul principal aici este
ca studenții să se familiarizeze cu multiple perspective ale
bioinformaticii, care sunt consolidate în timpul evenimentului. Astfel,
un ciclu de prelegeri ar putea începe cu observații asupra modalităților
în care bioinformatica a ajutat zoologii să rezolve modul în care tigrii
și-au obținut dungile (pe baza, de exemplu, pe date genomice), urmate
de descoperirea unui medicament împotriva unei ținte farmacologice
specifice (sprijinită de andocare, de exemplu), și terminând cu
exemple de clustere de computere utilizate pentru îmbunătățirea
culturilor prin biologie sintetică. Temele abordate de prelegeri au
inclus (pentru a cita câteva) îmbunătățiri agricole prin manipulare
genetică, date mari în sănătate și ecologie, chimioinformatică,
evoluție, aplicații criminalistice ale bioinformaticii, procesare paralelă
masivă pentru bioaplicații, andocare moleculară, modelare și simulare
moleculară multiscală, ingineria proteinelor , și vaccinologie. Temele
au fost schimbate la fiecare eveniment, iar în timp ce o temă a fost
oferită la un nivel de bază într-o ediție, în cealaltă ediție a putut fi
oferită la un nivel intermediar. O astfel de abordare găzduiește
studenți din medii multiple și stimulează revenirea participanților
pentru o nouă adăugare a evenimentului cu, în consecință, o învățare
continuă pe teren. O abordare similară a fost folosită pentru cursurile
flash, care includ în mod obligatoriu un anumit nivel de activitate
practică, de la modelarea fizică a structurilor proteinelor până la
asamblarea genomului viral. Principalele teme acoperite de cursurile
flash au inclus biochimie introductivă, asamblarea și adnotarea
genomului, dinamica moleculară, programarea Python, biologia
structurală, biologia sistemelor și procesarea datelor
transcriptomului. Toate cursurile flash au alocat timp la sesiunea lor
inițială pentru familiarizarea cu utilizarea computerului și (dacă este
necesar) cu interfețele nongrafice. Raportul de 1 asistent pentru
fiecare cinci participanți la cursul flash este preconizat. O zi a
evenimentului a fost rezervată prelegerilor de la cercetători din
industrie, punând accent pe aplicații comerciale și oportunități pentru
studenți. De asemenea, acești antreprenori și-au rezervat o parte din zi
pentru a se amesteca cu participanții. Instructorii de curs și lectorii au
inclus experți brazilieni și latino-americani din diverse domenii legate
de bioinformatică. Acestea au inclus profesori, cercetători, manageri
de produs și reprezentanți ai industriei. Fiecare prelegere a avut o
durată estimată de 50 de minute, urmată de aproximativ 10 minute de
întrebări, în timp ce cursurile flash au durat în total aproximativ 15 ore
(3 ore/zi), participanții optând pentru un curs de urmat pe parcursul
celor 5 zile. Prelegerile sunt de prezență generală, în timp ce
participanții sunt invitați să aleagă un curs flash de urmat. Lectorii au
fost selectați pe baza sugestiilor comitetelor organizatorice și științifice
și au fost aprobate la votul membrilor. Asistenții de formare pentru
cursuri flash au fost selectați dintre voluntari cu un istoric de lucru cu
instrumentele de calcul.

Observații și perspective
Evaluarea calitativă de către participanții la eveniment a fost extrem
de pozitivă, cursurile și prelegerile fiind considerate „excelent” sau
„bune” de peste 90% dintre participanți. De asemenea, programul
științific și locația au fost considerate excelente, iar aproximativ trei
sferturi dintre participanți și-au exprimat interesul de a participa la
edițiile viitoare ale EGB. Acest interes este confirmat de numărul de
participanți care revin la fiecare nouă ediție ( Figura 1B). Din
chestionarul deschis, au fost aduse în discuție unele aspecte care au
contribuit la formarea unui program mai incluziv în
bioinformatică. Astfel de aspecte cuprind cerința pentru un auditoriu
mai accesibil din punct de vedere fizic pentru persoanele cu mobilitate
redusă, opțiunea pentru interpreți în limbajul semnelor și
angajamentul pentru o gamă echilibrată de gen de lectori și
instructori. Având în vedere nevoia de pregătire în bioinformatică și
succesul observat al strategiei EGB, impactând direct în jur de 200 de
persoane pe ediție, sunt în curs de desfășurare planuri de extindere a
acoperirii sale geografice. Aranjamentele inițiale sunt în curs de
desfășurare pentru furnizarea de instanțe simultane ale evenimentului
în diferite regiuni/țări, cu difuzare live pe web a prelegerilor și oferte
locale de cursuri flash. Cu toate acestea, odată cu prelungirea
pandemiei de COVID-19 și a efectelor acesteia în curs (Zoumpourlis și
colab., 2020), aceste planuri au fost oprite. Având în vedere amestecul
social care a fost considerat punctul culminant al EGB, prin oferirea de
modalități de conectare a persoanelor din medii diferite, cu un interes
comun în bioinformatică, și nevoia suplimentară de activități
supravegheate în cursurile flash, conversia totală a evenimentului în
activități la distanță a fost considerată inadecvată de către comitetul
de organizare. În ciuda lipsei unei evaluări adecvate, informațiile
oferite de foștii participanți indică faptul că oportunitățile de
interacțiune oferite de EGB au favorizat colaborări între cercetători și
studenți din diferite instituții, permițând mai multe grupuri să își
unească forțele pentru proiecte de cercetare de actualitate. Astfel de
colaborări au fost stimulate, de asemenea, prin conectarea dintre
mediul academic și diferite sectoare economice, cu elevii
familiarizandu-se cu mediul antreprenorial. Studenții de la licență au
putut, de asemenea, să socializeze cu studenții absolvenți, stârnind
interesul pentru a urma alte căi de carieră academică. Totuși, studenții
înscriși proveneau în mare parte din medii în științele vieții, studenții
la informatică reprezentând o mică parte din publicul
participant. Chiar dacă componenta socială a evenimentului s-ar putea
să nu se aplice tuturor participanților, cunoștințele adunate pot
completa curricula actuală, oferind prelegeri actualizate și discuții la
nivel înalt. Sperăm că aceste strategii pot ajuta alte eforturi pentru
consolidarea bioinformaticii ca o cunoaștere perenă atât la studenți,
cât și la profesioniști. interes strălucitor pentru a urma alte căi de
carieră academică. Totuși, studenții înscriși proveneau în mare parte
din medii în științele vieții, studenții la informatică reprezentând o
mică parte din publicul participant. Chiar dacă componenta socială a
evenimentului s-ar putea să nu se aplice tuturor participanților,
cunoștințele adunate pot completa curricula actuală, oferind prelegeri
actualizate și discuții la nivel înalt. Sperăm că aceste strategii pot ajuta
alte eforturi pentru consolidarea bioinformaticii ca o cunoaștere
perenă atât la studenți, cât și la profesioniști. interes strălucitor pentru
a urma alte căi de carieră academică. Totuși, studenții înscriși
proveneau în mare parte din medii în științele vieții, studenții la
informatică reprezentând o mică parte din publicul participant. Chiar
dacă componenta socială a evenimentului s-ar putea să nu se aplice
tuturor participanților, cunoștințele adunate pot completa curricula
actuală, oferind prelegeri actualizate și discuții la nivel înalt. Sperăm
că aceste strategii pot ajuta alte eforturi pentru consolidarea
bioinformaticii ca o cunoaștere perenă atât la studenți, cât și la
profesioniști. cunoștințele adunate pot completa programele actuale
prin furnizarea de prelegeri actualizate și discuții la nivel înalt. Sperăm
că aceste strategii pot ajuta alte eforturi pentru consolidarea
bioinformaticii ca o cunoaștere perenă atât la studenți, cât și la
profesioniști. cunoștințele adunate pot completa programele actuale
prin furnizarea de prelegeri actualizate și discuții la nivel înalt. Sperăm
că aceste strategii pot ajuta alte eforturi pentru consolidarea
bioinformaticii ca o cunoaștere perenă atât la studenți, cât și la
profesioniști.

În concluzie, oportunitatea de interacțiune între oameni din mediul

științei biologice și computaționale într-un mediu ocazional apare ca
principalul avantaj al modelului de formare, predare și învățare în
bioinformatică prezentat în evenimentele școlare EGB.
v