UNIVERSITATEA DE VEST DIN TIMIȘOARA – FACULTATEA DE

CHIMIE, BIOLOGIE, GEOGRAFIE

DEPARTAMENTUL DE BIOLOGIE-CHIMIE

REFERAT DIN ARTICOLUL STIINTIFIC:

NUME ARTICOL (REFEREINTA COMPLETA):
Andrey A. Toropov and Emilio Benfenati QSAR models for Daphnia toxicity of pesticides based
on combinations of topological parameters of molecular structures. Bioorganic & Medicinal
Chemistry 14 (2006) 2779–2788

CHIMIA SI TOXICOLOGIA PESTICIDELOR

Aplicatie la METODA SPECTRAL-SAR
(© Prof. Dr. Dr.-Habil. Mihai V. PUTZ)

NUME STUDENT:__ Diana Anghel (Răcănel)

Specializarea ___CHIMIE CLINICA SI DE LAB. SANITAR (MASTER),
anul ____I_/Sem. II / 2018-2019________

I. Cadrul de Studiu

Toxicitatea poate fi descrisă ca și o funcție matematicăa diferitelor

fenomene fizice și chimice. Fenomenul biochimic complex ce
afectează toxicitatea poate fi descris în termeni matematici și
chimici. Toxicitatea este afectată de condiții foarte complexe,
precum interacțiile legăturilor de hidrogen, posibiliatea câtorva
configurații stereo-chimice, posibilitatea câtorva transformări
chimice ale membranelor și mediul sistemelor vii.
Parametrii topologici (sau topochimici) globali pot fi utilizați în
modelarea toxicității. Prezența ciclurilor ce diferă ca și mărime și
compoziție atomică pot fi exprimate printr-un întreg[1].
XlogP este un program ce permite prezicerea coeficienților de
partiție a octanol/apă din compușii organici. xLogP a fost
dezvoltat de către Institute of Physical Chemistry, of the Peking
University. Este cel puțin la fel de precis și mai versatil decât
programele comerciale disponibile precum ClogP. A fost testat de
către cercetătorii de la Pharmaceutical Products Division of
Abbott Laboratories și s-a găsit a fi unul dintre cele mai bune

PAGIN 1 (din 7) Str. J. H. Pestalozzi, Nr. 16, 300115 Timişoara, România.

A
Tel (Fax): +4 0256-592.638 (20), www.cbg.uvt.ro
 UNIVERSITATEA DE VEST DIN TIMIȘOARA – FACULTATEA DE
CHIMIE, BIOLOGIE, GEOGRAFIE
DEPARTAMENTUL DE BIOLOGIE-CHIMIE

programe de predicție a logP. XlogP este bazat pe o metodă de

contribuție a grupului, dar cu anumite corecții. Contribuția de grup
a fost dezvoltată utilizând un set de antrenament de 1831 compuși
organici [2].
Zona suprafeței polare (PSA) sau zona topologică a suprafeței
polare (tPSA) a unei molecule este definită ca suma suprafețelor
tuturor atomilor sau moleculelor polare, primând oxigenul și
azotul, incluzând de asemenea atracția lor pentru atomii de
hidrogen. PSA este o măsură utilizată deseori în chimia medicală
pentru optimizarea abilității unui medicament de a penetra
celulele. Moleculele cu o zonă cu suprafață polară mai mare de
140 Å2 tins să fie sărace la permeabilizarea membranelor celulare
[3]. Pentru ca moleculele să penetreze bariera sânge-creier (și în
plus să acționeze la receptori în sistemul nervos centeral ), un PSA
mai mic decât 90 Å2 este de obicei nevoie [4].

(pana Aprilie 12 Aprilie 2019)

II. Aplicaţii Spectral-SAR în Ecotoxicologie

Mendeleyev a fost primul care a plasat relațiile structură-activitate

(SARs) în centrul chimiei cu versiunea sa de tabel periodic [5].
Metoda actuală S-SAR interpretează descriptori structurali ca
vectori într-un spațiu generic de date care este în continuare
cartografiat într-un spațiu complet ortogonal prin intermediul
algoritmului Gram-Schmidt [6].
Tehnicile QSAR/QSPR (relatii cantitative
structura-activitate/proprietate) reprezinta modelarea proprietatilor
compusilor organici sau organometalici fie ele biologice sau

PAGIN 2 (din 7) Str. J. H. Pestalozzi, Nr. 16, 300115 Timişoara, România.

A
Tel (Fax): +4 0256-592.638 (20), www.cbg.uvt.ro
 UNIVERSITATEA DE VEST DIN TIMIȘOARA – FACULTATEA DE
CHIMIE, BIOLOGIE, GEOGRAFIE
DEPARTAMENTUL DE BIOLOGIE-CHIMIE

fizico-chimice. Scopul acestor tehnici este de a prezice

proprietatile compusilor ce urmeaza a fi sintetizati.
(pana Aprilie 12 Aprilie 2019)

-Analiza SPECTRAL-SAR
Alegerea Tipului de parametrii Structurali QSAR

(pana Aprilie 12 Aprilie 2019)

Tabelul 1. (pana Aprilie 12 Aprilie 2019)

Seria de pesticide a căror activitate toxică EXPERIMENTALA A= .... a fost considerată avansând
parametrii structurali XLogP , Apolar desolvation (kcal/mol), tPSA (A2) pentru efectele de ____,
____, ___, respectiv.

Nr. Compus A
CAS, Formula
Nume (cel Structurala
mai scurt), (2D)
Stoechiome
tria
H H
1 53939-28-9, 2.377 1 7.38 3.26 17
H
(Z)-11- O

Hexadecenal,

2 118-52-5, Cl 2.595 1 1.39 3.23 41

DCDMH, N O

N
O Cl
3 542-75-6, H H 3.091 1 1.70 3.92 0
Dichloroprop Cl Cl
ene,
H

PAGIN 3 (din 7) Str. J. H. Pestalozzi, Nr. 16, 300115 Timişoara, România.

A
Tel (Fax): +4 0256-592.638 (20), www.cbg.uvt.ro
 UNIVERSITATEA DE VEST DIN TIMIȘOARA – FACULTATEA DE
CHIMIE, BIOLOGIE, GEOGRAFIE
DEPARTAMENTUL DE BIOLOGIE-CHIMIE

4 1918-02-1, H H 0.548 1 2.39 2.56 79

N
Picloram, Cl Cl

O
N Cl
O
H
5 94-75-7, H 0.946 1 2.52 6.37 49
2,4-D-Acid, O O

O
Cl

Cl
6 1929-73-3, 1.649 1 4.37 9.12 45
2,4-D-butotyl,

O O

O
Cl

Cl
7 120-32-1, 2.569 1 4.49 6.71 20
Clorophene,

O
H

Cl
8 7745-89-3, 3.405 1 2.07 3.47 26
p-Toluidine, H H
N

Cl H
Cl

9 88-04-0, Cl 1.308 1 2.89 3.32 20

Chloroxyleno
l,

O
H

PAGIN 4 (din 7) Str. J. H. Pestalozzi, Nr. 16, 300115 Timişoara, România.

A
Tel (Fax): +4 0256-592.638 (20), www.cbg.uvt.ro
 UNIVERSITATEA DE VEST DIN TIMIȘOARA – FACULTATEA DE
CHIMIE, BIOLOGIE, GEOGRAFIE
DEPARTAMENTUL DE BIOLOGIE-CHIMIE

10 34256-82- 1.517 1 3.58 8.66 30

1, O
Cl
Acetochlor,
N O

Ecuatiile S-SAR

Tabelul 2 Relaţii structură-activitate spectrală (S-SAR) pentru toate modelele de corelări posibile
considerate, din datele Tabelului 1.

Modele Vectori Ecuaţia S-SAR

Ia , = 3.59655 +0.0705925

Ib , = 3.59655 + 0.0660163
Ic , = 3.59655 + 0.0317149
IIa , , = 3.59655 + 0.0705925 +0.0660163
IIb , , = 3.59655 + 0.0705925 + 0.0317149
IIc , , = 3.59655 + 0.0660163 + 0.0317149
III , , , =3.59655 + 0.0705925 + 0.0660163
+ 0.0317149

Intensitatea si Corelarea S-SAR

Tabelul 3. Norma spectrală prezisă, factorul de corelare statistic şi algebric, al modelului S-SAR
din Tabelul 2, cu datele de intrare din Tabelul 1.

Ia Ib Ic IIa IIb IIc III

6.32677 6.35498 6.63693 6.35546 6.65646 6.66455 6.674
0.031552 0.2133 0.70794 0.215072 0.730393 0.739511 0.75004
0.912632 0.916701 0.957373 0.91677 0.96019 0.961356 0.96272

Drumurile S-SAR

PAGIN 5 (din 7) Str. J. H. Pestalozzi, Nr. 16, 300115 Timişoara, România.

A
Tel (Fax): +4 0256-592.638 (20), www.cbg.uvt.ro
 UNIVERSITATEA DE VEST DIN TIMIȘOARA – FACULTATEA DE
CHIMIE, BIOLOGIE, GEOGRAFIE
DEPARTAMENTUL DE BIOLOGIE-CHIMIE

Tabelul 4 Valorile statistice şi algebrice ale căilor ce conectează modelele S-SAR din Tabelul 3 în
spaţiul spectral de corelare al normei, cu evidentierea cailor minime de actiune toxicologica inter-
punctele finale din Tabelul 2.

Cale Valoare
Statistică Algebrică
Ia-IIa-III 0.808374 0.350827
Ia-IIb-III 0.799045 0.350827
Ia-IIc-III 0.798561 0.350827
Ib-IIa-III 0.62446 0.322327
Ib-IIb-III 0.624668 0.322327
Ib-IIc-III 0.624901 0.322327
Ic-IIa-III 1.1902 0.606229
Ic-IIb-III 0.0560957 0.0374534
Ic-IIc-III 0.0560955 0.0374534

Modurile de Actiune S-SAR

Figura 1. Modele structural-spectrale, construite prin regula căii minime spectral-SAR a Tabelului
4, cuprinzând ierarhia primară, secundară şi terţiară, urmând punctele finale ale activităţilor
ecotoxicologice la ___(specia cu actiunea pesticida aleasa)_____ funcţie de datele normelor
spectrale asociate din Tabelul 3.

III. Concluzia Toxicologica pe seria de Pesticide in Studiu

Bibliografie

PAGIN 6 (din 7) Str. J. H. Pestalozzi, Nr. 16, 300115 Timişoara, România.

A
Tel (Fax): +4 0256-592.638 (20), www.cbg.uvt.ro
 UNIVERSITATEA DE VEST DIN TIMIȘOARA – FACULTATEA DE
CHIMIE, BIOLOGIE, GEOGRAFIE
DEPARTAMENTUL DE BIOLOGIE-CHIMIE

1. Andrey A. Toropov, Emilio Benfenati. QSAR models for

Daphnia toxicity of pesticides based on combinations of
topological parameters of molecular structures. Bioorganic &
Medicinal Chemistry 14 (2006) 2779–2788
2. J.Chem.Inf.Comput.Sci., 1997, 37, 615
3. Pajouhesh H, Lenz GR (Oct 2005). "Medicinal Chemical
Properties of Successful Central Nervous System Drugs".
NeuroRx. 2 (4): 541–553. doi:10.1602/neurorx.2.4.541
4. Hitchcock SA, Pennington LD (May 2006). "Structure -
Brain Exposure Relationships". J. Med. Chem. 49 (26):
7559–7583. doi:10.1021/jm060642i
5. Pogliani L. Mathematical Chemistry Monographs. Vol. 2.
University of Kragujevac-Faculty of Science; Kragujevac:
2006. Numbers Zero, One, Two, and Three in Science and
Humanities
6. Mihai V. Putz, Ana-Maria Lacrămă. Introducing Spectral
Structure Activity Relationship (S-SAR) Analysis.
Application to Ecotoxicology. Int J Mol Sci. 2007 May; 8(5):
363–391

PAGIN 7 (din 7) Str. J. H. Pestalozzi, Nr. 16, 300115 Timişoara, România.

A
Tel (Fax): +4 0256-592.638 (20), www.cbg.uvt.ro