UNIVERSITATEA „DUNĂREA DE JOS” DIN GALAȚI

FACULTATEA TRANSFRONTALIERĂ
SPECIALITATEA ECOLOGIE ȘI PROTECȚIA MEDIULUI
CURSUL CIRCUITE BIOGEOCHIMICE

Referat
„Circuitul biologic
al elementelor
chimice”

A REALIZAT: CIORUȚA ANDREANA

PROFESOR COORDONATOR: COROPCEANU EDUARD
Сhișinău, 2023
Cuprins
INTRODUCERE: O VIZIUNE PROPRIE ÎN BIOCHIMIE: RĂSPÂNDIREA
ELEMENTELOR NEMETALICE ȘI SEMNIFICAȚIA ELEMENTELOR
METALICE PENTRU VIAȚĂ..............................................................................3

CONCEPTUL DE BIOMETALE/ BIOELEMENTE INCLUDE ATÂT

ELEMENTE ESENȚIALE, CÂT ȘI NEESENȚIALE........................................5

SEMNIFICAȚIA ELEMENTELOR CARE NU SUNT ÎN STOC:

INTEGRAREA BIOLOGIEI ELEMENTALE ÎN BIOLOGIA
MOLECULARĂ ȘI BIOCHIMIE.........................................................................6

PROGRESELE ÎNREGISTRATE ÎN DOMENIUL INSTRUMENTARULUI

ANALITIC IMPORTANT PENTRU STUDIUL BIOMETRELOR: DE LA
METALE LA METALOAME ȘI METALOMICĂ............................................8

Chimie pentru biolog...........................................................................................9

Biologie pentru chimist.......................................................................................9

Alte discipline.......................................................................................................9

Competențe practice și de calcul......................................................................10

MARILE CIRCUITE BIOCHIMICE ALE BIOSFEREI. CIRCUITUL

MATERIEI IN ECOSISTEME...........................................................................10

Circuitul apei.....................................................................................................11

Circuitul carbonului..........................................................................................11

Circuitul oxigenului...........................................................................................12

Circuitul azotului...............................................................................................12
 INTRODUCERE: O VIZIUNE PROPRIE ÎN BIOCHIMIE: RĂSPÂNDIREA
ELEMENTELOR NEMETALICE ȘI SEMNIFICAȚIA ELEMENTELOR METALICE
PENTRU VIAȚĂ

Fizica, chimia și biologia par a fi discipline destul de bine definite pentru mulți dintre noi.
În schimb, disciplinele hibride din cadrul științelor vieții sunt puțin mai greu de înțeles în ceea ce
privește conținutul și acoperirea lor. O scurtă privire asupra cronologiei ar trebui să fie
instructivă. Odată cu sinteza ureei în 1828, Friedrich Wöhler a risipit mitul că numai organismele
vii pot sintetiza compuși organici. Descoperirea a respins vitalismul și a fost un pionier al
chimiei organice, care s-a ramificat ulterior în chimie fiziologică și chimie biologică. În prima
jumătate a secolului al XX-lea, de chimia proceselor vitale s-a ocupat o nouă ramură a științei –
biochimia. Acesta s-a întâmplat odată cu descoperirea vitaminelor și mineralelor ca și coenzime
și cofactori, a funcțiilor și structurilor enzimelor și a implicării acestora în transformările
metaboliților din căile metabolice și a asamblării moleculelor cu greutate moleculară mică ale
vieții în macromolecule.

În a doua jumătate a secolului al XX-lea, biologia moleculară a apărut ca disciplină.

Descoperirea funcțiilor ADN/ARN a pus bazele pentru: un cod genetic pentru proteine, o
explicație moleculară a geneticii și dezvoltarea tehnologiilor de clonare și de inginerie a genelor.
Biologia celulară a apărut, de asemenea, ca disciplină. Aceasta urmărește o înțelegere a modului
în care căile și rețelele de transducție a semnalelor - și compartimentele celulare din eucariote -
acționează pentru a organiza complexitatea, versatilitatea și robustețea funcțiilor celulare. În
general, progresele în tehnici și metode au permis domeniilor să se dezvolte de la molecule mici
la molecule mai mari și la structuri din ce în ce mai complexe, umplând golul dintre scara
nanometrică și microscală. În terminologia actuală, a fost o abordare de jos în sus care a
dezvăluit încet-încet organizarea ierarhică în structurile biologice, de la molecule izolate la
complexe macromoleculare, celule și organisme.

Biochimia, ca disciplină de bază în științele vieții și în medicină, predă structura, funcția

și metabolismul celor patru elemente constitutive: zaharuri (carbohidrați), grăsimi (lipide),
aminoacizi și nucleotide, precum și modul în care acestea se combină pentru a forma
macromoleculele biologice, polizaharidele, membranele balistice, proteinele și acizii nucleici.
Aceasta implică elementele carbon (C), hidrogen (H) - considerat teoretic ca fiind un metal
deoarece are proprietățile unui metal la presiuni foarte mari -, azot (N), oxigen (O), fosfor (P) și
sulf (S), denumite colectiv cu acronimul SPONCH (Sulf, Fosfor, Oxigen, Azot, Carbon,
Hidrogen). Biochimia combină studiul ideilor și al compușilor din domeniile chimiei organice și
anorganice. Atunci când se predă biochimia, trasarea unei dihotomii clare între chimia organică
și cea anorganică sau omiterea studiului sau, cel puțin, menționarea secțiunilor corespunzătoare
din chimia anorganică, precum și din chimia organică, este nepotrivită și nefolositoare. Aceasta
nu face dreptate diversității elementelor chimice utilizate de organismele vii și esențiale pentru
acestea. Această dihotomie a supraviețuit, deși nu a trecut neapărat testul timpului. Propagarea ei
în domeniile separate ale chimiei bioorganice și bioorganice necesită înțelegerea implicațiilor.
Atunci când studiile biochimice se concentrează exclusiv pe nemetale, acestea se concentrează
doar pe un buzunar din partea dreaptă a tabelului periodic al elementelor. Cu toate acestea, cel
puțin 10 metale din partea stângă și din centrul Tabelului Periodic au funcții cruciale în procesele
vieții umane. Printre acestea se numără sodiul, potasiul, magneziul, calciul, manganul, fierul,
molibdenul, cobaltul, zincul și cuprul. Astfel, în plus față de SPONCH, cele șase elemente
nemetalice masive de mai sus, 10 elemente metalice sunt esențiale, ceea ce duce numărul total la
20 de elemente chimice esențiale pentru om, dacă includem cele patru elemente nemetalice
suplimentare: halogenii clor, brom, iod și seleniul calcogen (a se vedea figura 1). Aici sunt
prezentate elementele esențiale pentru oameni, inclusiv incertitudinile privind rolul cromului în
biochimie (indicat cu gri). Metalele (inclusiv hidrogenul) sunt indicate cu roșu, iar nemetalele cu
verde. Elementele SPONCH sunt încercuite. Acronimul SPONCH este ușor de recunoscut atunci
când se citește invers, pornind de la sulf (S).

Figura 1. Tabelul periodic biologic al elementelor chimice.

Pentru alte forme de viață, alte elemente metalice sunt esențiale: vanadiu, wolfram, nichel
și chiar cadmiu și unele dintre lantanide. Nu este clar dacă această listă de elemente chimice
esențiale este completă. Natura esențială a unor elemente a fost descoperită destul de recent, de
exemplu, bromul pentru oameni și lantanidele pentru unele bacterii în 2014. În plus, persistă
incertitudinea cu privire la caracterul indispensabil și la funcțiile unora, de exemplu, cromul,
pentru care structura complexului său biologic și ținta (țintele) moleculară(e) precisă(e) rămân
necunoscute.

Fără ioni metalici, viața nu ar fi posibilă sau nici măcar nu ar fi evoluat din interacțiunile
biosferei cu atmosfera, geosfera și hidrosfera. Ionii metalici au o importanță critică în
numeroasele procese metabolice care implică gaze. În fiziologia umană, chimia oxigenului este
legată de fier și cupru, chimia oxidului de azot de fier, iar chimia dioxidului de carbon de zinc. În
plante, evoluția oxigenului are loc prin intermediul unui cofactor de tip cluster de mangan care
catalizează oxidarea apei. La unele microorganisme, fixarea azotului are loc prin intermediul
unui cluster de fier/molibden sau, în unele cazuri, al unui cluster de fier/vanadiu. Unele
microorganisme (metanotrofe) utilizează sau produc (metanogene) metan, utilizând în acest
proces cofactori de cupru și nichel. Toate acestea impun necesitatea ca în cadrul cursurilor de
biochimie și biologie moleculară să se ia în considerare rolul biologic al metalelor.
 În manualele de nutriție, în special, metalele și elementele esențiale suplimentare sunt
adesea predate ca minerale împreună cu vitaminele care nu pot fi sintetizate. În mod evident, nu
putem sintetiza niciun element și toate elementele esențiale trebuie să fie furnizate unui organism
pentru a crește și a supraviețui.

Alimentația noastră, aerul pe care îl respirăm și apa pe care o bem sunt sursele celor șase
elemente SPONCH vrac, nemetalice, la fel ca și pentru celelalte elemente.Singura diferență este
cantitatea și nu calitatea.Cantitățile de elemente chimice esențiale prezente într-un corp uman
variază pe cel puțin șapte ordine de mărime, variind de la 43 kg de oxigen până la 5 mg de
molibden. 6 Cantitățile mici ale unor elemente sunt la fel de esențiale ca și cantitățile mari ale
altora. Conceptul de oligoelemente a apărut ca urmare a sensibilității limitate a metodelor de
analiză a acestor elemente în trecut. 7 Faptul că unele sunt sau nu simple urme nu este relevant
pentru funcție sau importanță. Concentrarea în biochimie doar asupra elementelor în vrac, care
reprezintă 97,5% din compoziția corpului uman, este o pură discriminare chimică împotriva unei
minorități esențiale!

Între metale și nemetale din tabelul periodic se află metaloizii, un termen slab definit
pentru elementele care au atât caracteristici metalice, cât și nemetalice. Printre acestea se numără
următoarele elemente, care au o importanță cunoscută sau potențială în sistemele biologice: bor,
siliciu, germaniu, arsenic, antimoniu și telur.

Borul este esențial pentru plante, iar siliciul este un constituent al citoscheletului unor
organisme marine. Metaloizii nu par a fi esențiali pentru oameni. Cu toate acestea, unii dintre ei
sunt prezenți în celulele vii și trebuie examinat modul în care prezența lor afectează procesele
biologice.

CONCEPTUL DE BIOMETALE/ BIOELEMENTE INCLUDE ATÂT ELEMENTE

ESENȚIALE, CÂT ȘI NEESENȚIALE

În corpul nostru sunt prezente multe alte elemente metalice. Unele, cum ar fi stronțiul și
rubidiul, apar în concentrații mai mari decât unele elemente esențiale. Cu ajutorul
instrumentarului modern, aproape toate elementele naturale pot fi măsurate în țesuturile
biologice. Astfel, toate aceste elemente sunt bioelemente sau biometale atunci când sunt prezente
în organismele biologice. Multe dintre elementele neesențiale sunt considerate nefuncționale,
deoarece nu știm care sunt funcțiile lor. Este un caz tipic de a lua absența dovezilor drept dovadă
a absenței. Prin urmare, considerăm că omul de știință din domeniul vieții ar trebui să aibă cel
puțin o înțelegere rudimentară a proprietăților fiecărui element chimic, inclusiv a motivelor
pentru care un element a fost selectat de evoluție pentru funcțiile sale biologice sau a fost
respins, care sunt intervalele de concentrații pentru elementele prezente și care sunt
concentrațiile considerate adecvate, sigure și tolerabile înainte de apariția efectelor adverse.
Înțelegerea ar trebui să includă faptul că bioelementele esențiale pot avea efecte adverse la
concentrații excesiv de ridicate, în timp ce concentrațiile scăzute pot duce la deficiențe. De
asemenea, ar trebui să se înțeleagă că bioelementele neesențiale nu au un astfel de comportament
bifazic.

Acestea au doar efecte adverse peste un anumit prag. Paracelsus ne-a învățat că doza
determină dacă un agent este un medicament sau o otravă. Prin urmare, înainte ca elementele să
devină toxice la concentrații mai mari, elementele neesențiale pot avea funcții benefice, de
exemplu, fluorura pentru sănătatea dinților, iar elementele esențiale pot avea funcții
farmacologice. Totuși, faptul că au loc transformări metabolice nu este un indiciu că un element
este necesar pentru o funcție esențială. Metalele și metaloizii neesențiali pot suferi transformări
metabolice specifice, de exemplu, metilații pentru mercur sau formarea de compuși ai
arsenicului, cum ar fi arsenosugarii sau arsenolipidele. Poate exista, de asemenea, o încorporare
"la întâmplare" a unui element esențial în macromoleculele biologice. De exemplu, încorporarea
facultativă a seleniului în proteine poate avea loc la un aport alimentar mai mare, cu consecințe
funcționale care nu au fost încă pe deplin înțelese.

Predarea a ceea ce fiecare element chimic poate realiza într-un sistem biologic, adică
predarea biologiei elementare, diferă de-a lungul arborelui vieții. De asemenea, este demn de
remarcat faptul că, din cauza limitărilor valorilor pH-ului și a potențialelor redox din celulele vii,
nu se realizează întreaga chimie posibilă a unui element chimic atunci când acesta devine un
bioelement. Un bioelement adoptă doar unele dintre caracteristicile chimice ale unui element
pentru a servi funcțiilor sale biologice. De exemplu, zincul este un element redox-activ în
chimie, dar în biologie rămâne întotdeauna Zn(II), iar proprietățile sale redox nu sunt relevante.
Sau, după cum ilustrează cazul cromului, diferite stări redox au proprietăți foarte diferite. Cr(III)
este considerat a fi esențial, în timp ce Cr(VI) este toxic și cancerigen.

SEMNIFICAȚIA ELEMENTELOR CARE NU SUNT ÎN STOC: INTEGRAREA

BIOLOGIEI ELEMENTALE ÎN BIOLOGIA MOLECULARĂ ȘI BIOCHIMIE

Având în vedere importanța unui număr destul de mare de elemente chimice în biologie,
educația ar trebui să vizeze integrarea biologiei elementare a metalelor și a altor elemente
nemetalice adecvate în biologia moleculară și biochimie, iar aici se impune o predare importantă
și instructivă. Fiecare element are chimia și biochimia sa individuală, care nu se referă doar la
funcția sa, ci și la modalitățile specifice care au evoluat pentru achiziție, distribuție, excreție și
control sistemic și celular. Ca și în cazul biomoleculelor, se poate formula o cale metabolică
pentru fiecare bioelement. Unii ioni metalici sunt gestionați de grupări protetice ale căror
fracțiuni organice trebuie sintetizate, de exemplu, protoporfirina IX pentru fier, piranopterina
pentru molibden sau corrina pentru cobalt, așa cum este cazul vitaminei B 12. În plus,
microorganismele sintetizează compuși cu funcția specifică de a achiziționa ioni metalici din
mediul înconjurător, de exemplu, metaloforii: sideroforii pentru fier, zincoforii pentru zinc și
calcoforii pentru cupru.

Căile metabolice pentru sinteza acestor agenți biologici de chelatizare fac parte, de
asemenea, din metabolismul metalelor. Apoi, există proteine transportoare, de stocare și
senzoriale specifice, ca parte a sistemului de control homeostatic pentru fiecare ion metalic.
Aceste proteine contribuie la asigurarea faptului că fiecare ion metalic funcționează fără
interferențe din partea celorlalți. Ele sunt separate de proteinele în care fiecare ion metalic își
îndeplinește funcțiile sale primare. Numai în cazul zincului, cel puțin trei duzini de proteine sunt
necesare pentru import, export, distribuție celulară și control, fiecare cu propria sa chimie
biologică remarcabilă pentru manipularea ionilor de zinc (II). Sintetizarea tuturor proteinelor
auxiliare și a factorilor care controlează metabolismul metalelor și achiziționează ioni metalici
din medii cu o abundență de metale uneori extrem de scăzută are costuri energetice și entropice
semnificative. Ca un exemplu al domeniului de aplicare al metaloproteinelor, puterea catalitică a
cel puțin jumătate din toate enzimele depinde de ionii metalici. Enzima cu cel mai mare număr
de rotații - aproape un milion pe secundă - este o metaloenzimă de zinc, anhidraza carbonică. Cel
puțin 3000 de proteine umane depind de zinc, mai mult decât fiecare a zecea proteină. Zincul
este necesar pentru funcții catalitice, structurale sau de reglare, iar utilizarea sa omniprezentă a
dus la inventarea expresiei că zincul galvanizează biologia, care reprezintă ideea că cantități
relativ mici de zinc (2-3 g) din corpul uman au un impact major asupra aproape tuturor funcțiilor
celulare. Funcțiile catalitice ale zincului sunt observate în fiecare clasă de enzime, cu o
preponderență a zincului ca și cofactor al enzimelor hidrolitice. Funcțiile structurale ale zincului
sunt foarte importante pentru organizarea domeniilor proteice. Legarea zincului face parte din
construirea unei structuri terțiare care nu este posibilă altfel, inclusiv legarea lanțurilor laterale de
cisteină și, astfel, substituirea punților disulfură care sunt rare în interiorul celulelor. Ea
înzestrează proteinele cu forme și suprafețe specifice pentru interacțiunea cu alte proteine,
ADN/ARN sau lipide. Pe lângă contribuția lor la structura terțiară a proteinelor, ionii de zinc(II)
pot servi, de asemenea, ca punți între subunitățile aceleiași proteine sau ale unor proteine diferite,
construind astfel structura cuaternară și chinară în interacțiunile proteină-proteină. Cel puțin
1000 de factori de transcripție necesită domenii de zinc (numite "degete de zinc") atunci când
controlează expresia genelor. Funcțiile de reglementare ale zincului implică legarea tranzitorie la
proteine. Astfel, nu numai că un număr semnificativ de proteine controlează ionii metalici, dar și
ionii metalici controlează proteinele. Iar acest întreg proces este pe deplin integrat în celelalte căi
metabolice și de semnalizare care guvernează funcționarea unei celule. Aceasta înseamnă că
multe căi care nu au o relație evidentă cu un ion metalic sunt totuși implicate în controlul ionilor
metalici sau stau la baza unui anumit control al ionilor metalici.

Cele mai multe interacțiuni stabilite ale ionilor metalici se referă la proteine. Ca atare,
domeniul biometalilor este centrat pe proteine, ceea ce îl leagă strâns de proteomică.
Metaloproteinele reprezintă un aspect fundamental al științei proteinelor. Cu toate acestea,
există, de asemenea, un interes pentru interacțiunea biometalilor cu alte biomolecule și pentru
fondul de ioni biometalici atunci când aceștia nu sunt legați de proteine sau în tranzit spre,
dinspre sau în interiorul celulei. Cu toate acestea, caracterizarea mediului de coordonare al
biometalilor în acest grup nelegat de proteine nu este simplă din cauza concentrațiilor scăzute ale
ionilor implicați, a multiplicității și a cineticii de schimb, în general rapide, a liganzilor biologici
implicați. Ionii metalici eliberați din proteine sau din depozitele veziculare pot fi folosiți pentru
reglarea intracelulară ca al doilea sau al treilea mesager. Ca 2+ este bine stabilit ca ion de
semnalizare. Mai recent, s-au acumulat suficiente dovezi pentru a considera ionii de zinc(II) ca
fiind ioni de semnalizare. Aceștia servesc ca mesageri intracelulari și ca mesageri extracelulari
atunci când sunt secretați din celule prin exocitoză veziculară. Acest aspect fascinant al reglării
biologice cu ioni metalici implică aproximativ 12-15 ordine de mărime în gama de concentrații
ale diferiților ioni metalici, de la concentrații milimolare de sodiu (Na+) și potasiu (K+) care
controlează impulsurile nervoase, la concentrații micromolare/nanomolare de calciu (Ca2+), la
concentrații nanomolare/picomolare de zinc (Zn2+) și chiar la concentrații
femtomolare/attomolare de ioni de cupru, care sunt considerați a fi și ei ioni de semnalizare.
Tranzitorii acestor ioni metalici controlează evenimente de semnalizare și procese fiziologice
specifice.

Un ultim aspect important în ceea ce privește semnificația ionilor metalici este rolul lor în
biomineralizare. Un capitol dintr-un manual școlar servește bine ca referință pentru următoarele
exemple. Rolul calciului în formarea oaselor și a dinților este poate cel mai proeminent exemplu,
principalul constituent fiind fosfatul de calciu, hidroxiapatita [Ca 10(PO4)6(OH)2]. Carbonatul de
calciu este utilizat în formarea scoicilor la moluște. Oxidul de fier este utilizat ca senzor
magnetic în magnetosomii bacteriilor. Există, de asemenea, senzori de gravitație care pot include
bariu în plus față de calciu. Organismele marine folosesc silicații și, uneori, sulfatul de stronțiu în
biomineralizare. Ferritina, proteina de stocare a fierului, are un miez mineral de oxid de fier (III)
(Fe2O3). Deși acesta este un exemplu de proteină specifică implicată în mineralizarea ionilor
metalici, este adevărat și reversul: ionii metalici participă la biocristalizarea proteinelor. Insulina
este stocată în celulele β pancreatice sub formă cristalină ca hexameră cu ioni de zinc și calciu
legați. Biomineralizarea face parte, de asemenea, din interfața dintre ciclurile biochimice și
geochimice ale ionilor metalici. Bacteriile au roluri în biomineralizare, precipitând nanoclusteri
de sulfură de zinc (ZnS) prin reducerea sulfatului în sulfură și, de asemenea, dizolvând ionul
metalic dintr-un mineral precum ZnS prin oxidarea sulfului într-o reacție dependentă de fier.

Nu în ultimul rând, un exemplu interesant al importanței bioelementelor nemetalice este

biochimia seleniului (un congener al sulfului din tabelul periodic) și a selenocisteinei, denumită
uneori al 21-lea aminoacid. Acest aminoacid este încorporat în cel puțin 25 de selenoproteine
umane (multe dintre ele enzime de oxidare-reducere) prin codonul UGA din ARNm, în mod
normal un codon de oprire. Alți compuși importanți pentru metabolismul seleniului includ: 1.
anionul hidroselenidă (HSe-) - important în metabolismul tiroidian - și 2. selenozaurii și speciile
metilate care sunt importante pentru secreția de seleniu.

PROGRESELE ÎNREGISTRATE ÎN DOMENIUL INSTRUMENTARULUI ANALITIC

IMPORTANT PENTRU STUDIUL BIOMETRELOR: DE LA METALE LA
METALOAME ȘI METALOMICĂ

Progresele în domeniul analizei instrumentale, în special spectrometria de masă cu

plasmă cuplată inductiv, au adus o nouă eră în analiza metalelor. Metodele spectrometrice de
masă au înlocuit spectroscopiile de absorbție atomică și de emisie, care fuseseră până atunci
mijloacele de lucru în analiza elementară. Acestea au o sensibilitate îmbunătățită și suferă mai
puține interferențe din partea matricei biologice. De asemenea, sunt potrivite pentru imagistică
atunci când spectrometria de masă este cuplată la ablația materialului cu ajutorul laserelor. O
astfel de imagistică a furnizat dovezi privind distribuția neuniformă a ionilor metalici în unele
țesuturi și celule. Aceste progrese au dus la definirea unui nou domeniu, metalomica 32 , bazat
pe conceptul de metalom, "ansamblul tuturor biomoleculelor dintr-un sistem care se leagă de un
anumit ion metalic". Metalomica este o abordare la nivel de sistem a biometalelor și a
bioelementelor în științele vieții și adaugă un al cincilea pilon la cei patru piloni actuali ai
științelor moleculare: glicomica, lipidomica, proteomica și genomică.

PERSPECTIVE DE UTILIZARE A METALOMICII PENTRU A EXTINDE ARIA

DE CUPRINDERE A CURSURILOR DE BIOLOGIE ȘI CHIMIE ȘI PENTRU A AJUTA
ȘI ILUSTRA PRINCIPIILE CHIMICE

Metalomica, integrată în științele biologice, poate introduce, îmbogăți și extinde

abordările interdisciplinare și multidisciplinare ale predării. Domeniile neexplorate în cercetare și
deficiențele în predarea biologiei elementare au condus la mari lacune în discuțiile publice pe
teme precum toxicitatea aluminiului din vasele de gătit, efectul mercurului din vaccinuri sau
eficacitatea suplimentelor de zinc în tratarea pacienților cu Covid-19. Predarea principiilor și
conceptelor chimice, fizice și biologice așa cum se aplică în teorie și practică poate ajuta la
înțelegerea fundamentelor științelor vieții.

Chimie pentru biolog

Cea mai mare parte a chimiei organice a elementelor de bază din biochimie se referă la
legăturile covalente. Cu toate acestea, elementele nemetalice în masă (oxigen, azot și sulf) sunt
liganzii donatori ai ionilor metalici și utilizează în principal interacțiuni ionice, inerent mai slabe,
deși electronii externi ai sulfului, un element din perioada 3 a Tabelului periodic, pot accesa
orbitalii 3d și, astfel, sulful poate forma legături metal-ligand puternic polarizabile, oarecum
covalente. Acest lucru evidențiază necesitatea predării afinităților de legătură atât la cursurile de
chimie, cât și la cele de biochimie și sugerează unii compuși interesanți din punct de vedere
biologic, care pot fi utilizați ca exemple atunci când se discută despre necesitatea unei abordări
cantitative atunci când se aplică principiile chimice pentru a explica procesele biologice. Este
important ca studenții să realizeze că înțelegerea reactivității ionilor metalici este crucială pentru
înțelegerea catalizei, a reacțiilor redox și a funcțiilor radicalilor liberi în procesele biologice.
Coordonarea și chimia fizică (atât termodinamica, cât și cinetica), afinitățile liganzilor (atât
ratele de asociere, cât și cele de disociere), proprietățile electronice (aplicate la culoare) și stările
de spin (aplicate la sensibilitățile magnetice) sporesc înțelegerea de către student a structurii și
funcției în biochimie.
Biologie pentru chimist

Pentru studenții de la chimie, este important să înțeleagă principiile chimice așa cum se
întâlnesc în sistemele biologice. Multe publicații din domeniul chimiei bioinorganice au o
relevanță limitată pentru biologie, deoarece condițiile standard (de exemplu, pH-ul, temperatura
și concentrațiile de reactanți) sunt rareori întâlnite în celulele vii. Un obiectiv major în chimia
bioinorganică a fost chimia de coordonare a biomoleculelor. Aspectele dinamice ale schimbului
de metale și redistribuirea metalelor în celulele vii oferă aspecte încă în mare parte neexplorate
ale chimiei de coordinare.

Alte discipline

Luarea în considerare și cunoașterea biologiei elementare este importantă pentru

bioștiințele aplicate, cum ar fi valorificarea proceselor biologice pentru bioenergie, bioindustria
pentru conversia deșeurilor sau producția și prelucrarea alimentelor, biologia sintetică și
bioingineria, inclusiv materialele funcționale avansate biomimetice sau bioinspirate.

Ionii metalici sunt, de asemenea, utilizați în terapeutică și diagnosticare. De exemplu,

radionuclizii utilizați în medicamentele radioactive (radiofarmaceutice) pentru a trata sau pentru
a crea imagini ale bolilor în medicina nucleară, sunt cel mai adesea metale; identitatea lor
metalică poate să nu aibă legătură cu patologia și să fie relevantă doar pentru procesul de
detectare sau poate fi direct relevantă pentru biologia metalului care stă la baza patologiei
diagnosticate.

Metalele au o gamă largă de acțiuni, iar acțiunile lor sunt predate în moduri diferite: în
nutriție ca micronutrienți, în farmacologie și chimie medicală ca metalo-medicamente și în
toxicologie ca substanțe toxice.

De asemenea, este importantă și metalomica atât a ecologiei (ca domeniu în cadrul

biologiei), cât și a sistemelor de mediu, a speciației metalelor și a transformărilor chimice ale
metalelor în aer, sol și apă. Trăim într-o lume care este din ce în ce mai mult provocată de
poluare și de schimbările climatice. Prin urmare, este extrem de important să introducem
ecologia elementelor chimice în programele noastre de studii, deoarece se află în centrul
evoluției vieții și al susținerii acesteia în viitor.

Competențe practice și de calcul

Biologia elementară are nevoie de o "cutie de instrumente" diferită de cea din biologia
moleculară. Aceasta generează oportunități suplimentare de predare și învățare prin învățarea
bazată pe proiecte și pe investigații în cadrul cursurilor de laborator. În domeniul bioinformaticii,
au fost dezvoltate metode de explorare (sic) a genomurilor și proteomelor pentru a găsi
semnături ale mediilor de coordonare a metalelor în proteine, ceea ce conduce la o mai bună
înțelegere a relațiilor structură/funcție în cazul metaloproteinelor. Predicția situsurilor metalice,
mai degrabă decât izolarea unei proteine și analiza conținutului său de metale, s-a transformat
într-un instrument metalomic esențial pentru estimarea numărului de metaloproteine dintr-un
organism. 45 Modul în care aceste tehnici permit oamenilor de știință din domeniul vieții să
caracterizeze biomoleculele care conțin metale îi ajută pe studenți să aprecieze puterea și
utilitatea metodologiilor predate în discipline conexe.
 MARILE CIRCUITE BIOCHIMICE ALE BIOSFEREI. CIRCUITUL MATERIEI IN
ECOSISTEME.

Spre deosebire de energie, care circula prin ecosistemele terestre într-o singură direcție, și
anume de la Soare la producatori primari și de la acestia la consumatori, disipandu-se, adica
pierzandu-se, fiind mereu necesară sursa solară de energie, componentele fizice-materiale
(substantele) circula și sunt reciclate, reutilizate în cadrul ecosistemului, realizandu-se marile
circuite sau cicluri biogeochimice. Toate substantele chimice anorganice (necarbonice) din sol,
apa, aer, sunt reciclate, dar cele mai importante in economia unui sistem sunt apa, carbonul,
nutrientii solului, azotul si fosforul. Prin circulatia acestor substante din mediu in organismele vii
si din acestea,inapoi, in mediu, se constituie veritabile circuite sau cicluri, trecand din mediu intr-
un anumit organism si din acesta in alt organism, apartinand altui nivel trofic etc., pentru ca in
final sa revina in mediu. In aproape toate cazurile, numai o infima fractie din asemenea substante
devine legata de structurile organismelor vii, in orice moment al vietii acestora.

Circuitul apei.

Apa este cel mai important solvent din organismele vii si o componenta esentiala a
materiei vii. Si pentru existenta oricarui ecosistem, apa este o conditie sine-qua-non,esentiala.
Diversitatea speciilor dintr-un ecosistem,precum si densitatea populatiilor acestora sunt
conditionate de cantitatea de apa din ecosistem.

Viata este posibila pe pamant deoarece aceasta planeta are atmosfera. In compozitia atmosferei
terestre intra gaze simple,precum azotul 78%, oxigenul 20,95%, gaze rare -argon, krypton, neon,
heliu, radon (gaz radioactiv), hidrogen, substante gazoase compuse (dioxid de carbon, metan,
amoniac),vapori de apa reprezentand toate, restul de 1.05%. O asemenea compozitie a tmosferei
terestre este specifica partii sale inferioare, adica aceleia care este in nemijlocit contact cu
suprafata terestra (litosfera), comopizitia ei schimbandu-se pe verticala, devenind din ce in ce
mai rarefiata.

Azotul si oxigenul sunt intalnite in toata atmosfera terestra, pe orizontala si pe verticala.

In partea inferioara, aceste elemente se afla sub forma lor moleculara, pe cand in partea
superioara, ele se afla sub forma lor atomica, Azotul este cel mai raspandit gaz din atmosfera
terestra si are menirea de a neutraliza puterea de oxidare a oxigenului. La randul sau, oxigenul
determins insusirile fizice si chimice ale aerului. Oxigenul participa in toate procesele de ardere
si descompunere a substantelor organice si din el ia nastere si ozonul (O3)-in straturile
superioare ale atmosferei, in urma actiunii razelor ultraviolete si a descarcarilor electrice
puternice constituindu-se straul de ozon, protector al vietii pe Pamant. Ozonul se produce si in
procesul de oxidare a rasinii de conifere si a substantelor din corpul unor alge marine. Stratul de
ozon are in stratosfera 20-40 km grosime. Acesta devine un ecran eficient care opreste radiatia
UV puternica, ucigatoare, aceasta neputand sa patrunda spre Pamant. Din pacate, prin activitatile
industriale ale omului modern, acest strat de ozon este alterat in unele zone ale globului,
observandu-se veritabile gauri produse in el.

In circuitele biogeochimice sau ciclurile globale ale biosferei sunt antrenate aproximativ
40 de elemente importante din punct de vedere biologic si aceste circuite asigura echilibrul
structural si stabilitatea functionala relative a componentelor mediului inconjurator: ape, soluri,
atmosfera.

Exista doua categorii fundamentale de asemenea circuite gazoase si sedimentare, in

primul caz rezervorul principal al elementelor fiind reprezentat de atmosfera, in cel de al doilea
caz, acest rezervor fiind reprezentant de litosfera. Cele mai importante elemente penrtu viata
(carbon, azot, oxigen) participa in circuitul gazos.

Circuitul carbonului.

Puțină fotosinteză se realizează anual fixarea a 1/35 din continutul de dioxid de carbon al
atmosferei terestre. Prin arderea de substante organice in celulele vii (oxidarea biologica) care
realizeaza respiratia biologica a plantelor si animalelor, dar mai ales prin respiratia organismelor
descompunatoare (care produc de 100 de ori mai mult CO 2, decat toate animalele si plantele
impreuna) se produce Co2de natura biologica, la acesta adaugandu-se CO2 produs in cadrul
arderilor industriale sau casnice, precum si prin eruptii vulcanice. Astfel se restituie atmosferei
CO2 fixat prin fotosinteza.

Eliminarea unor cantitati prea mari de CO2 in atmosfera, in special prin arderea padurilor,
in zonele ecuatoriale, spre a fi redate agriculturii portiunile respective de paant precum si prin
activitatile industriale, este dezechilibrata compozitia atmosferei terestre si apare asa-numitul
efect de sera. In cdrul caruia caldura solara iradianta, reflectata de suprafata Terrei, nu se mai
poate intoarce in cosmos si este din nou proiectata pe suprafata Pamanatului, ceea ce face ca
acesta sa fie mai incalzit decat in mod normal, aparand fenomenul de schimbare a climei cu
efecte pe care deja le simtim (cresterea temperaturii medii anuale, perturbatii atmosferice
violente, modificarea alternanatei anotimpurilor in zonele temperate,etc.).

Circuitul oxigenului.

Pastrarea cantitatii de oxigen din atmosfera este asigurata de producerea gazului metan in
procesele de fermentatie anaerobe, aceasta fixand oxigenul in exces. Daca concentratia de oxigen
atmosferic ar creste de la 21% la 25%, planeta ar fi teatrul unei catastrofe globale, deoarece un
singur trasnet ar declansa un incendiu pustiitor. Oxigenul produs prin fotosintea in urma fotolizei
apei este utilizat in procesle respiratiei aerobe (arderea de substante organice), in reactiile
metabolice dependente de oxigen ale tuturor organismelor vii, astfel ca el se mentine in
atmosfera Pamantului si in ape, la concentratii cvasiconstante.

Circuitul azotului.

Atmosfera Pamantului este un rezervor inepuizabil de azot, el ocupand aproximativ 79%

din volumul acesteia. Numai ca, acest azot molecular este inaccesibil covarsitoarei majoritai de
specii biologice. Pentru plante, azotul este accesibil numai sub forma de saruri de azot (azotati si
azotiti) sau de ioni de amoniu (NH4), pe cand animalele il folosesc sub forma compusilor
organici cu azot (aminoacizi, baze azotate, etc.). Sub influenta fulgerelor azotul molecular este
oxidat sub forma de oxizi de azot. Dar cea mai importanta cale de fixare a azotului atmosferic
(molecular) o reprezinta activitatea de fiare a sa, sub actiunea enzimelor nitrogenazice, de catre
bacteriile fixatoare de azot aflate in sol sau in simbioze cu leguminoasele, la care se formeaza
nodozitati radiculare. Azotul este esential in organizarea si functionarea materiei vii. Cand
plantele si animalele mor, din cadavrele acestora sunt eliberate componentele lor si descompuse
in substantele simple. Proteinele sunt descompuse in aminoacizi, acizii nucleici in nucleotide si
apoi in baze azotate, lipidele in acizi grasi si gliceride, etc. Aminoacizii sunt supusi procesului de
amonificare, cu formare de ammoniac si saruri amoniacale. Procesul continua prin nitrificare,
prin care amoniacul este transformat in azotati si azotiti. Sarurile amoniacale sunt preluate direct
de catre plante prin radacinile lor.

Totusi, cea mai mare parte a amoniului produs prin descompunerea substantelor organice
ce contin azot este convertit in nitrati, in doua etape. Bacteriile din genul Nitrosomonas oxideaza
NH3 la nitriti (NO2) care apoi sunt oxidati la nitrati (NO3), de catre bacteriile din genul
Nitrobacter, din care cauza acestea se numesc bacterii nitrificatoare. Prin activitatea lor, azotul
este readus in circuit si pus la dispozitia plantelor. Un alt proces este denumit denitrificare si prin
el nitratii sunt redusi la azot molecular (gaz) care revine in atmosfera. Acest proces este realizat
de catre bactriile denitrificatoare aflate in adancimea solului si in sedimentele acvatice, in care
oxigenul se afla in cantitate mica. Ele utilizeaza nitratii ca alternativa la oxigen pentru acceptorul
final de electroni din respiratia lor celulara. Aceste bacterii de nitrificatoare inchid astfel ciclul
azotului. In cadrul circuitelor sedimentare, care nu implica si o etapa atmosferica, se recicleaza
fosforul si sulful. Rezerve mari ale acestor elemente se afla in rocile scoartei terestre. Fosforul
este asimilat de catre plante, acestea preluandu-l din sol sau din apa. In conditiile deversarii de
detergenti pe baza de fosfor are loc dezvoltarea luxurianta a algelor mai ales in apele statatoare,
aceasta inflorire a apelor fiind semnalul sigur al unei asemenea poluari. Sulful este intalnit atat in
sol cat si in atmosfera, ca dioid de sulf. El are astfel un circuit dublu, fiind un element important,
deoarece intra in compozitia chimica a unor aminoacizi.