TRANSCRIEREA

Structura materialului genetic : ADN si ARN

Transcrierea reprezinta procesul de sinteza catalizata enzimatic a moleculelor de ARN, ca
urmare a citirii informatiei genetice codificate la nivelul ADN-ului, prin formarea legaturilor
fosfodiesterice intre ribonucleotide. Acest proces se desfoar pe baza legilor de
complementaritate chimic dintre cele dou catene ale unei molecule de acid nucleic dublu
catenar.
Prin transcriere se sintetizeaza toate tipurile de ARN : ARNm, ARNr, ARNt, ARNhn.
Transcrierea urmata de traducere reprezinta procesele ce fundamenteaza dogma biochimiei :
ADN ARN proteine

Molecula rezultata in urma transcrierii, inainte de orice alta procesare se numeste ARN
transcript. Procesul este catalizat de ARN polimeraze : la PK 1 tip, la EK 3 tipuri. Acestea se
atasaza la o regiune numita promotor, avand capacitatea de a recunoaste anumite secvente de
nucleotide, fiind atasare situs-specifica. Spre deosebire de ADN polimeraze, acestea nu au
nevoie de primeri, atasand si primul nucleotid.
In general, gena codificatoare este delimitata de un promotor, unde se atasaza polimeraza
si de la care se incepe transcrierea si de un terminator, regiunea care se inceteaza transcrierea, arn
polimeraza detasandu-se de molecula. Zona dintre promotor si terminator se numeste unitate de
transcriere.
Catena folosita drept matrita pentru transcript este complementara cu acesta si se
numeste catena antisens. Catena cealalta este numita catena sens, sau catena codificatoare.
Conventii de notare : secventa de pe promotor la care se atasaza polimeraza se numeste
Punct START, notat +1 si este locul de unde se sintetizeaza primul nucleotid al transcriptului.
Urmatoarele nucleotide in directia carora se continua transcrierea, sunt situate downstream sunt
notate +2..+n. Nucleotidele situate upstream sunt notate -1..-n.
Represorii se leag la secvenele de ADN numite operatori, care se suprapun parial cu
regiunea promotoare la nivelul creia se leag ARN polimeraza. Legarea represorului interfer
cu legarea ARN polimerazei i cu iniierea transcripiei exemplu : operonul lac este activat prin
atasarea cAMP-CAP si ARN polimerazei la regiunea promotor si inactivat prin legarea
represorului Lac la nivelul operatorilor.

Caracteristici :

1.Transcriere policistronica: acelasi promotor este utilizat pentru transcrierea mai multor gene,
ce urmeaza una dupa alta, de obicei care codifica pentru proteine implicate in aceleasi procese
(operonul lac ex). Transcriere monocistronica se intalneste mai des in cazul genelor reglatoare.
2.Promotorul (~60 pb) prezinta 3 regiuni importante pentru atasarea ARN polimerazei :
2 hexameri : unul in pozitia -35 (TTGACA) si unul in pozitia -10
(TATAAT)- secvente consensus
Situsul UP - la o distanta de 30-60pb

ARN polimeraza
La celulele PK exista un singur tip de ARN polimeraza, prezenta in numar de 7000 per celula.
Transcrie ARN transcript pt toate tipurile de ARN; are 4 subunitati : 2---

-
Subunitatea : este implicata in atasarea la catena ADN si asamblarea tuturor
subunitatilor; functioneaza ca dimer; prezinta 2 regiuni:
o CTD - se atasaza la situsul UP
o -NTD se atasaza la subunitatea
o un linker peptidic leaga cele doua domenii
Subunitatea : rol in atasarea initiala a enzimei la molecula ADN prin formarea unor
legaturi nespecifice pe baza afinitatii chimice (atasare situs-nespecifica)
Subunitatea : formeaza legaturi fosfodiesterice, deci sintetizeaza transcriptul ARN
Subunitatea : functie de atasare la molecula de ADN, la nivelul celor doi hexameri din
pozitiile -10 si -35; este esentiala in initierea transcrierii

La toate organismele transcrierea are loc, precum si la replicare, in 3 etape : initierea, elongatia,
terminarea.

Initierea
La randul ei este impartita in 3 subetape :

1 promotor inchis I : Subunitatea se atasaza la hexamerul din pozitia -35

2 promotor inchis II : Subunitatea se atasaza si la hexamerul din pozitia -10, dar cei 2
hexameri nu sunt situati optim pentru atasarea subunitatii . Pentru o atasare stabile, subunitatea
distorsioneaza molecula ADN, care devine curbata si torsionata.

3 promotor deschis Tensiunea torsionala este eliberata prin deschiderea dublui helix pe o
distanta de 15-20 de pb, creeandu-se altfel bucla de transcriere, regiune ce cuprinde si situsul
start +1.

La PK primul ribonucleotid al catenei de transcript ARN sintetizata este ATP/GTP. Dupa sinteza
a 8-10 ribonucleotide, subunitatea se desprinde din structura enzimei, iar miezul arn
polimerazei sintetizeaza in continuare transcript prin formarea legaturilor fosfodiesterice.

Elongatia
Molecula de ARN creste in directia 5->3, bucla de transcriere deplasandu-se pe catena ADN.
Subuntatea beta catalizeaza aceste reactii. Transcriptul ARN este mentinut in hybrid doar pe o
lungime de 12 pb.
ARN polimeraza realizeaza si functie de proofreading in 2 feluri :
- editare pirofosforolitica desprinde nucleotidul cu eroare
- editare hidrolitica taie si indeparteaza o regiune in care este cuprinsa si eroarea
si apoi reia procesul de sinteza, fiind asistata de proteina GRE
O alta proteina auxiliara, care creste procesivitatea ARN polimerazei este protein NusG, un
echivalenet al peptidului beta de la replicare (beta clamps)

Terminarea
ARN polimeraza transcrie pana ajunge in regiunea terminator, alcatuit din :
2 copii poli-G-C repetate invers, ce prezinta complementaritate intracatenara
4-10 adenine, ce formeaza semnalul de terminare
In molecula, interactiile G-C formeaza o structura ac-de-pin ce blocheaza ARN polimeraza.
Adeninele se leaga de Uracilul din transcript prin legaturi instabile ce determina expulzarea
transcriptului din bucla de transcriere. Bucla se inchide, si arn polimeraza este si ea detasata.

Au fost identificate 2 tipuri de terminatori :
Rho-independenti structura in ac-de-pin este stabile, complementaritatea dintre catene
fiind perfecta, astfel nu e nevoie de protein externe pt stabilizare
Rho-dependenti structura in ac-de-pin este instabila, din cauza complementaritatii
imperfect; este astfel nevoie de proteina Rho ce stabilizeaza structura
Caracteristici:

1. Transcriere monocistronica : genele au un promotor propriu si sunt traduse ca o unitate
distinctiva, deci o gena = 1 unitate
2. ARN Polimeraze
Sunt de 3 tipuri:
1) ARN pol I este localizata in nucleoli, sintetizand aproape toate tipurile de ARNr
ARNr 5.8S, 18 S, 28S
- Traducere policistronica un singur ARN transcript are info de la mai multe gene
2) ARN pol II localizata in nucleu, sintetizeaza toate tipurile de ARNm, ARNmi,
ARNsn, ARNi
- Traducere monocistronica un transcript are info de la o singura gena
- Transcritul ARN sn ARN pre-mesager, se proceseaza si ARNm, parasind
nucleul prin pori si ajungand in citoplasma
3) ARN pol III localizata la interfata dintre nucleol si nucleu, sintetizeaza pentru
toate tipurile de ARNt, ARNr 5S, ARN TER, SRP ARN
- Traducere monocistronica

3. Promotorul. La EK, promotorii sunt multi-modulari si mult mai complexi decat la PK.
Promotorii de care se leaga ARN pol I si II sunt upstream fata de situsul Start, iar cei de
care se leaga ARN pol II sunt downstream fata de situsul start.

Promotorii genelor transcrise de ARN pol II prezinta 3 regiuni tip promotor :
Promotor primar este multi-modular, prezentand mai multe module/regiuni la
care se atasaza factorii de transcriere (care vor recruta ARN polimerazele). Sunt
module asezate atat upstream cat si downstream, un modul fiind chiar pe situsul
start

unii promotor au structura : fara modulul TATA in upstream, si un modul DPE
downstream, intre DCE II si DCE III
Promotor proximal la 250 pb de situs start, upstream, se leaga STF
Promotor distal la mai mult de 250 pb de start, upstream, se leaga STF, influenta
mai mica decat P proximal

4. Existenta factorilor de transcriere acestia se leaga la anumite situsuri ale promoturului,
creand un complex recunoscut de arn polimeraze;
- exista factori de transcriere generali (GTF) funct. in majoritatea transcrierilor si
se atasaza la P primar- sau specifici (STF) se atasaza la P proximal si distal
- Sunt proteine cu structura tipica pt atasarea la ADN
- Notatie : TF (transcription factor) TFI daca recruteaza ARN pol I; TFII ARN
pol II, TFIII- ARN pol III
- GTF sunt : TFIID, TFIIB, TFIIE, TFIIF, TFIIH. TFIID se atasaza la situsul
TATA, TFIIB la situsul BRE, iar celelalte TFII se atasaza la TFIID sau B sau
ARN polimeraze

Initierea

TFIID, asociat cu TBP, se leaga la situsul TATA, indoind molecula de ADN la 180
0
, ceea
ce repr semnal pt atasarea in cascada a altor proteine. Se atasazeaza TFIIB asociat cu TFIIA la
situsul BRE, si TAF (prin TFIID) la Inr, DCEI, DCE II, DCE III. De TBP se asociaza TFIIF,
care face legatura intre TFIID si ARN pol II. Se atasaza si TFIIE care recruteaza TFIIH ce
indeplineste urmatoarele functii : 1 - ATP-azica desface dublul helix si formeaza bucla de
transcriere si 2 activitate protein kinazica fosforileaza capatul C al ARN pol II.
La nivelul acestor factori de transcriere se atasaza alte protein numite coactivatori, de care
la randul lor se atasaza niste TF numiti activatori (protein reglatoare) ce se leaga si la secventele
enhancer, crescand rata transcriptiei. Daca intervin protein represoare ce se leaga la secventa
silencer este blocata legarea activatorilor la engancer.
Dupa ce toate aceste reactii au avut loc, se incepe sinteza transcriptului ARN prin atasarea
de ribonucleotide.

Elongarea

Incepe cand ARN pol II trece de sectiunea promotor. TF sunt inlocuiti de alte proteine :
Factori de elongare (EF) : - TFIIS auxiliar ARN pol II in activitatea de
proofreading, similar proteinei GRE de la PK
- SPT5 creste procesivitatea ARN pol II, similar
proteinei NusG, singurul factor de transcriptie conservat in toate cele 3 domenii :
Bacteria, Archebacteria, Eubacteria.

Proteine de dezasamblare -FACT ( Facilitates Chromatin Transcription)
dezasambleaza nucleozomii inaintea ARN pol II pentru a putea transcrie si ii
asambleaza la loc dup ace s-a facut transcrierea

Spre deosebire de PK, unde ARN-ul este tradus chiar in timp ce este sintetizat, la EK,
transcriptul este intai procesat si apoi tradus. Procesarea se realizeaza prin 2 mecanisme :
a) Adaugarea unei guanine mutilate in capatul 5 al ARN-ului (CAPPING), cu ajutorul unei
guanilil transferaza ce se atasaza initial la capatul carboxi-terminal al ARN pol ; process
inceput in timpul transcrierii
b) Adaugarea unei cozi poli A la capatul 3OH liber- ~200 adenine; procesul are loc dupa
elongare, sunt implicate proteinele PT (procesare transcript) de taiere a ARN-ului si
PAP ce adauga adeninele.

Terminarea
Terminarea transcriptiei este declansata cand ARN pol II ajunge in sectiunea semnal poli
A, moment in care proteina PT se desprinde de ARN pol II si se atasaza pe secventa
semnal a ARN-ului, clivand molecula. Restul molecule ARN ce nu are un capat Met-G
este digerat de o RNA-aza. Bucla de trancriere se inchide si ARN pol II se desprinde de
pe ADN.