ARN – structura + transcriere

Structura ARN
• ARN sunt produși de policondensare a ribonucleotidelor
• Cantitatea de ARN variază atât de la o celulă la alta cât și în cadrul aceleiași celule,
în funcție de intensitatea procesului de biosinteză a proteinelor la momentul dat
• În funcție de rolul pe care îl au în biosinteza proteinelor se clasifică:
– ARN ribozomal – ARNr
– ARN de transport – ARNt
– ARN mesager – ARNm
– ARN de mici dimensiuni - ARNsn
• Structura primară – asemănătoare cu cea a ADN, cu deosebirea că pentoza este
riboza iar în locul T avem U; conținutul în A ≠ de cel de U (U formează 2 legături de
hidrogen cu A) și de G ≠ de cel de C
• Structura secundară – în general, ARN este monocatenar; pe anumite porțiuni, unde
permite complementaritatea bazelor, se organizează în structuri dublu helicoidale;
porțiunile de baze necomplementare sunt expulzate ca bucle în afara zonelor
helicoidale
• Structura terțiară – ARNt adoptă o structură în forma literei L; brațul care leagă
aminoacidul și brațul TYC se află pe o latură iar anticodonul și brațul DHU pe cealaltă
latură

ARNr
• Reprezintă 80% din totalul ARN
 • Molecule flexibile, deformabile, heterogene ca mărime și formă având zone dublu
catenare întrerupte de zone monocatenare
• Este cel mai stabil metabolic
• În funcție de coeficientul de sedimentare (1 S = 10-13 sec ; depinde de forma și
mărimea moleculei)
– la procariote se întâlnesc 3 tipuri de ARNr: 23 S, 16 S și 5 S
– la eucariote 4 tipuri de ARNr: 28 S, 18 S, 5,8 S și 5 S
• Nucleotidele din ARNr au metilată gruparea 2’-OH din riboză ceea ce le conferă
rezistență la antibiotice
• Intră în constituția ribozomilor având rol catalitic (ARNr 23 S reprezintă centrul
activ al formării legăturii peptidice)
• Ribozomii reprezintă sediul biosintezei proteinelor și sunt complexe
ribonucleoproteice
• După valoarea constantei de sedimentare, la bacterii ribozomii sunt 70 S iar la
eucariote sunt 80 S
Ribozomii
• Permit conlucrarea ARNm, ARNt și ARNr în vederea desfășurării biosintezei proteice
• Pe suprafața fiecărui ribozom
există 3 situsuri: situsul
aminoacid (A) care leagă ARNt
purtător al unui aminoacid,
situsul peptid (P) care leagă
ARNt purtător al unui peptid și
situsul de eliminare (E) de pe
care este eliberat ARNt liber
• La ARNm se leagă subunitatea
mică a ribozomului astfel încât
locusul P să se afle în dreptul
codonului ce specifică
aminoacidul inițiator; legarea
subunității mari la acest complex
determină formarea ribozomului
funcțional
ARNt
• Reprezintă 15% din ARN total și conține aprox. 75 -90 nucleotide
• Procentul de baze complementare este mare; raportul A+G / U+C este aprox.1
• Are aspect de foaie de trifoi, având 4 zone de perechi complementare și 3
necomplementare, expulzate ca bucle
• Molecula de ARNt are cel mai mare conținut de baze minore: dihidrouridină (DHU),
ribotimidină (T), pseudouridină (Ѱ), etc
• La capătul 3’ toți ARNt maturi au secvența CCA la care se leagă aminoacidul iar
la capătul 5’ un rest guanilic
• În partea opusă brațului aminoacid se află brațul anticodon care conține o secvență
de 3 nucleotide numită anticodon, care variază cu natura ARNt
• Brațul DHU are rol în recunoașterea și legarea aminoacil-ARNt-sintetazei, brațul T
Y C asigură legarea la ribozom a complexului aminoacil-ARNt (pe aceste brațe se
află baze azotate minore);
• brațul variabil cuprinde 4-21 nucleotide
• Funcții:
– Asigură legarea
aminoacizilor specifici,
activați, la restul adenilic
din secvența CCA și
transportul lor la ribozomi;
există cel puțin 20 tipuri
diferite de ARNt (un
aminoacid poate fi specificat de mai mulți codoni)
– Adaptarea aminoacidului transportat în dreptul codonului de pe ARNm
corespunzător, prin recunoașterea codon-anticodon (pe baza
complementarității bazelor)
ARNm
• Monocatenar, de lungimi variabile, sintetizat prin transcriere utilizând una din
catenele ADN ca matriță
• Informația depozitată în ARNm sub forma tripletelor de nucleotide numite codoni
este decodificată la nivelul ribozomilor
• La capătul 3’ se află o secvență netradusă numită leader iar la capătul 5’ o secvență,
deasemeni netradusă, numită trailer
• ARNm procariot este monocistronic /monogenic (conține informația privind sinteza
unui singur polipeptid) sau policistronic /poligenic (conține informația privind sinteza
mai multor proteine implicate în aceeași cale metabolică)
• La procariote între gena transcrisă, ARNm și proteină există o relație de coliniaritate
(succesiunea de nucleotide dintr-o genă corespunde exact celei de aminoacizi din
proteină)
• ARNm eucariot este monocistronic și de cele mai multe ori ARNm transcris este cu
mult mai mare decât ARNm citoplasmatic (matur)
 • La eucariote, gena este mult mai lungă decât proteina obținută; ea cuprinde secvențe
codificatoare, exoni (expressed regions) și secvențe necodificatoare, introni
(intervening sequences)
ARNsn
• Există în nucleu, citosol și mitocondrie
• Se prezintă sub forma mai multor specii moleculare, bogate în uridină (U1-U6)
• Asociate cu proteine formează particule ribonucleoproteice (small nuclear
ribonucleoproteins), snRNP sau “snurps”, cu rol în excizia intronilor din
transcriptele primare ale ARNm, controlul traducerii sau recunoașterea proteinelor ce
urmează a fi exportate
Transcrierea
• Este procesul prin care se sintetizează ARN pe matriță de ADN
• Acest proces are loc ori de câte ori este nevoie în viața unei celule
Elementele necesare transcrierii
• Substraturi – ATP, GTP, CTP, UTP
• Matrița – UNA din cele două catene ale ADN, numită și catena necodificatoare
(catena codificatoare va fi cealaltă și este identică cu catena de ARN sintetizată, cu
excepția înlocuirii T cu U); transcrierea este asimetrică; dacă pe molecula de ADN
se află mai multe gene, catenele ADN vor fi catene matriță pentru unele gene și catene
codificatoare pentru altele
• Enzime – ARN polimeraze-ADN dependente
• Nu necesită prezența primerului pentru că pot iniția catene
• Au acțiune asemănătoare cu a ADN polimerazelor ADN dependente
• Sintetizează catene cu direcția 5’3’ (ca și ADN polimerazele)
• Nu au activitate de corector
• La procariote există o singură enzimă pentamerică a2bb’s:
– Enzima miez a2bb’ - importantă în procesul de elongare
– Subunitatea s – esențială pentru inițierea transcrierii
• La eucariote:
– ARN polimeraza mitocondrială – localizată în matrixul mitocondrial,
sintetizează toate tipurile de ARN mitocondrial
– ARN polimeraza I – în nucleoli, sintetizează ARNr 45 S
– ARN polimeraza II – în nucleoplasmă, sintetizează ARNm, ARNsn
 – ARN polimeraza III – în nucleoli, sintetizează ARNt, ARNr 5S, ARN
sn
• Secvențe promotor P – orientează corect polimeraza la situsul de inițiere; punctul de
start este notat +1, secvențele situate “în amonte” se notează cu – iar secvențele “în
aval”, cu +
• La procariote – sunt situați în amonte, pe catena codificatoare; sunt foarte
bine conservate în evoluție
– Caseta -10 = caseta Pribnow = 5’ –TATAAT- 3’
– Caseta -35 = caseta TATA = 5’ –TTGACA- 3’
• La eucariote – sunt diferite pentru fiecare polimerază în parte; pentru ARN
polimeraza I și II se află în amonte iar pentru polimeraza III în aval față de
punctul start al transcrierii
– Caseta TATA, asemănătoare casetei Pribnow, centrată la 25-35
perechi de baze de start – responsabilă de acuratețea inițierii transcrierii
– Casetele CAAT și GC – responsabile de frecvența transcrierii
 Factorii de
inițiere:

– La procariote – factorul s
– La eucariote – 6 factori diferiți

Promotorul la procariote

Promotorul la eucariote

Etapele transcrierii
 • Inițierea
• Subunitatea s orientează corect enzima față de punctul de start, recunoscând
regiunea -35; se formează “complexul închis”
• Deschiderea ADN pe o porțiune de aprox. 10 perechi de baze și formarea,
datorită subunității s, a unei bucle care se întinde până la punctul de inițiere a
transcrierii; se formează “complexul deschis”
• Formarea primei legături fosfat diesterice dintre nucleotidul +1 (întotdeauna
purinic) și nucleotidul +2
• După legarea a 10 nucleotide subunitatea s se disociază ( se poate asocia cu
alte ARN polimeraze miez și începe o nouă rundă de transcriere)
• Elongarea
• Are loc în bucla de transcriere (12-17 perechi de baze); ADN se desface în
fața buclei de transcriere și se renaturează în spatele buclei
• Pe măsură ce se sintetizează catena de ARN, are loc disocierea ei din duplexul
hibrid ADN-ARN permițând refacerea ADN dublu catenar
• Viteza de elongare nu este constantă, depinzând de secvențele de ADN
transcrise
• Terminarea la procariote
• Rho–independentă – catena matriță de ADN conține secvențe stop =
secvențe palindromice bogate în perechi GC, urmate de o zonă bogată în
perechi AT; prin transcrierea acestei zone se formează o structură în “ac de
păr” a transcriptului ARN care se termină cu o coadă poli U; din cauza
împrecherii mai sumare cu catena de ADN, are loc disocierea ARN din
hibridul rezultat la transcriere
• Rho–dependentă – în cazul în care nu avem secvențe stop; factorul proteic
rho (r) se leagă la o secvență specifică a ARN monocatenar și glisează pe el
spre bucla de transcriere (proces care necesită hidroliza ATP), desprinzându-l
de catena matriță și de enzimă

Terminarea rho-independenta Terminarea rho-dependenta

Modificarea transcriptelor primare - prelucrări post-transcriere
• Eliminarea exo- și endonucleazică a unor fragmente polinucleotidice
• Adăugarea unor fragmente polinucleotidice la capetele 3’ și 5’
• Modificări covalente la nivelul unor resturi de nucleotide (obținerea bazelor minore)

Prelucrări post-transcriere
• Eliminarea intronilor
– Intronii au dimensiuni mult mai mari decât exonii; doar 5-10% din genom
reprezintă secvențe codificatoare
– Se realizează în nucleu pentru toate tipurile de ARN
– Enzime specifice recunosc joncțiunea intron-exon, taie intronul și leagă apoi
exonii rezultați
– La ARNr – se face autocatalitic (molecule de ARN au activitate catalitică)
– La ARNm – este realizată de un complex asemănător ribozomului, numit
splicozom format din snurps și transcriptul primar ARNm
– La ARNt – este realizată de un complex multienzimatic care prezintă activitate
endonucleazică și de ligază
• Modificări suplimentare
– La ARNm eucariot (ARNm procariot se naște matur)
• formarea capătului 5’ = adăugarea unui rest de 7-metil guanozină
(acesta protejează moleculele de acțiunea 5’3’ exonucleazelor și este
recunoscut de ribozomi ca semnal de inițiere a sintezei proteinelor)
• formarea unei cozi poli A de 200-300 nucleotide la capătul 3’- ajută
la stabilizarea moleculei de ARNm
– La ARNt
• Transcriptul primar este multimeric și este tăiat de ribonucleaze,
rezultând mai mulți ARNt monomerici
• Formarea capătului 5’ – cu ajutorul ribonucleazei P = un ARN de
câteva sute de nucleotide, având rol catalitic, și o proteină bazică
• Formarea capătului 3’ (CCA)– la procariote este relevat de către o
enzimă cu activitate exonucleazică; la eucariote este adăugat
– La ARNr
• La eucariote - are loc clivarea unui transcriptul primar 45 S rezultând
toate ARNr mature (fără ARNt 5 S)
 • La procariote – dintr-un transcript 30 S se obțin prin clivare ARNr 23
S, 16 S și ARN t iar ARNr 5 S (dintr-un alt transcript)

Eliminarea intronilor în ARNt Modificări suplimentare la ARNr

Inhibitorii transcrierii
• Antibioticul - actinomicina D și colorantul - acridina se intercalează între perechile de
GC și distorsionează molecula de ADN împiedicând replicarea și transcrierea
• a-amanitina – o substanță din ciupercile otrăvitoare este inhibitor al ARN polimerazei
• Antibioticele din clasa rifamicinelor - inhibă inițierea transcrierii la bacterii prin
legarea la subunitatea b a ARN polimerazei
Reglarea transcrierii la procariote
• Enzime constitutive – enzime la care Ks =Kd; ele catalizează procese
fundamentale pentru existenţa celulei. Se găsesc în celule în cantităţi relativ
constante. Nu suferă fluctuaţii semnificative în raport cu factorii de
mediu.
• Enzime inductibile – sunt enzimele pentru care Ks>Kd; sunt implicate în
general în căi catabolice. Enzima este sintetizată numai dacă există
substratul asupra căruia să acţioneze. Substratul acţionează ca inductor,
accelerând sinteza enzimei.
• Enzime represibile – sunt enzimele pentru care Ks<Kd; pot fi implicate în
procese de sinteză a unor constituenţi celuari (căi anabolice). Sinteza lor este
încetinită de produsul final al reacţiei catalizate.
• Jacob și Monod au propus teoria operonului pentru a explica inducția și
represia genelor
• Operonul lac = un grup de gene reglate coordonat ai căror produși au rol în
metabolizarea lactozei
 – Gene structurale (x, y și z) conțin informația pentru sinteza a 3 enzime
(cele 3 gene sunt adiacente și au un singur promotor)
– Gena reglatoare (i) – conține informația pentru sinteza proteinei
represor
– Operatorul (o) – permite transcrierea genelor structurale atunci când
este liber
Operonul lac
• În absența glucozei E.Coli poate utiliza
lactoza ca sursă alternativă de energie
• În absența lactozei (inductorul),
represorul se leagă la operator blocând
transcrierea genelor structurale
• În prezența lactozei, aceasta se leagă la
represorul atașat de operator și inducând o
tranziție alosterică, îi schimbă
conformația, acesta desprinzându-se de
operator; în această situație ARN
polimeraza poate face transcrierea celor 3
gene; ca urmare se sintetizează cele 3
enzime necesare bacteriei pentru a utiliza
lactoza

Operonul triptofanului
• Operonul conține 5 gene care codifică
enzime necesare biosintezei triptofanului,
promotorul, operatorul și gena reglatoare
• În absența triptofanului, represorul
sintetizat este inactiv, permitând
transcrierea genelor și deci sinteza
triptofanului
• La concentrații mari de triptofan, acesta
va funcționa ca un corepresor, se leagă la
represor, îi determină schimbarea
conformației ceea ce va favoriza legarea
sa la operator; ca urmare genele
structurale nu mai pot fi transcrise,
prevenind acumularea în exces a
triptofanului