ADN

Transcriere

Pre ARNm Pre ARN m Pre ARNt

Maturare

ARNm
Deplasare n citoplasm

ARN r ARN t

ARNm

ARNr ARNt ribozomi

Translaie / Sinteza proteinelor

Protein
Maturare mpachetare / localizare

Protein activ funcional

Degradare

Aminoacizi

Caracterizarea ARN polimerazelor nucleare

Tipul polimerazei

Localizare celular
nucleol nucleoplasm Clasa1 Clasa 2 Clasa 3 nucleoplasm nucleoplasm nucleoplasm

Produi finali

ARN polimeraza I ARN polimeraza II ARN polimeraza III

ARNr 28S, 18S i 5,8S ARNm, U1, U2, U4, U5 ARNr 5S ARNt U3, U6, alte molecule de ARN de dimensiuni mici

SINTEZA MOLECULELOR DE ARN

ARN polimeraza I

ARN ribozomal

ARN polimeraza III

ARN transport

Bucla 1 cuprinde situsul pentru fixarea temporar la ribozom, n timpul sintezei proteice Bucla 4 reprezint situsul de recunoatere pentru enzimele ~ ARN sintetaze, care sunt implicate n formarea complexului aminoacil~ ARNt Bucla 3 este numit i bucla anticodonului, la nivelul su fiind localizat tripletul care realizeaz recunoaterea specific a codonului din ARNm, cu care poate forma legturi de hidrogen n timpul fixrii ARNt pe complexul ARNm ribozom.

ARN polimeraza II
ARN mesager

O molecul tipic de ARNm citosolic matur conine cinci regiuni distincte:

un capt 5 specific - m7Gppp; regiune netranscriptibil 5 (UTR); regiunea codificatoare: codonul de iniiere a translaiei AUG, secvena de nucleotide (codoni) pentru sinteza polipeptidului i o secven stop, reprezentat de unul dintre codonii stop- UAA, UGA sau UAG regiune netranscriptibil 3 (UTR); un capt 3 poly A

Modificarea capatului 5 la precursorii ARNm

Acest capt m7GpppAp , are un rol important n legarea ARNm de ribosom i n iniierea sintezei lanului polipeptidic.

Modificarea capatului 3 la precursorii ARNm

Dup transcrierea complet, la captul 3 al moleculei de ARNm se adaug 100-200 de resturi de acid adenilic (poly A).
Complex enzimatic - alctuit dintr-o endonucleaz i o polimeraz poly A Recunoaste secventa semnal 5 AAUAAA - 3 din apropierea captului 3 al transcriptului primar, secioneaz pre-ARNm n aval de acest semnal i apoi adaug 20-250 de resturi adenilate Captul poly A ajut la exportul ARNm din nucleu, stabilizeaz ARNm mpotriva degradrilor exonucleolitice i pare s fie implicat n iniierea translaiei.

Eliminarea intronilor ARN splicing

1977

SINTEZA PROTEINELOR
Compui implicai n sinteza proteinelor ARNm cod genetic ARNt- molecul adaptor Ribosomii, situsul de sintez a proteinelor

Reprezentarea grafic a unui ribosom, cu situsurile specifice de legare

Reacia de activare a aminoacizilor

MATURAREA, MPACHETAREA I REGLAREA PROTEINELOR DUP SINTEZ

1. Maturarea lanurilor polipeptidice

Clivarea lanului polipeptidic sau proteoliza Glicozilarea - modificarea proteinelor prin adiia oligozaharidelor, (proces specific celulelor eucariote ) Ataarea lipidelor la proteinele asociate pe faa citosolic a membranei plasmatice a celulelor eucariote

2. Plierea, mpachetarea lanurilor polipeptidice

Informaia necesar pentru ca o protein s adopte conformaia tridimensional corect este furnizat de secvena sa de aminoacizi n plus, exist macromolecule specializate, care faciliteaz plierea corect a lanurilor polipeptidice. Acestea pot fi chaperone (nsoitori moleculari) sau enzime.

2.1. Chaperonele, sau nsoitorii moleculari

corect a altor proteine

au rolul de a facilita plierea

chaperonele stabilizeaz lanurile polipeptidice deja formate n timpul transportului lor spre organite celulare. stabilizeaz lanurile polipeptidice n formare, a cror translaie se desfoar nc la nivelul ribosomilor. Legarea chaperonelor menine poriunea aminoterminal a lanului polipeptidic ntro conformaie nepliat, pn cnd restul lanului polipeptidic este sintetizat, iar proteina se poate plia corect. Totodat chaperonele menin proteinele nepliate, pentru a media transportul lor prin canale transmembranare specifice.

2.2. Enzimele implicate n mpachetarea corect a lanurilor

polipeptidice catalizeaz ruperea i refacerea unor legturi specifice.

Protein disulfid izomeraza catalizeaz ruperea i refacerea legturilor disulfurice ntre resturile de cistein, permind plierea corect

Legturile disulfurice sunt specifice proteinelor de secreie i pentru unele proteine membranare. Formarea legturilor disulfurice n citosol nu este posibil datorit agenilor reductori care menin resturile de cistein n forma lor redus. Legturile S-S se formeaz n reticulul endoplasmatic deoarece aici se menine un mediu oxidant.

Aciunea protein disulfid-izomerazei (PDI) n procesul de rearanjare a legturilor disulfurice

TRANSPORTUL I PRELUCRAREA PROTEINELOR DUP SINTEZ

domeniu de localizare specific: peptide scurte
- localizare: de obicei localizate la captul aminoterminal al proteinei, alteori pot s fie localizate la captul carboxil, sau chiar n mijlocul lanului polipeptidic. Domeniul de localizare este esenial pentru transportul proteinei, dar de obicei nu face parte din forma activ a proteinei. De aceea, dup atingerea destinaiei aceste domenii sunt clivate de proteaze specifice dnd natere proteinei active, mature. n cazul proteinelor care rmn n citosol (ex. actina, tubulina) nu sunt prezente domenii de localizare dar exist domenii informaionale care permit monomerilor s dea natere unei structuri organizate.

Lan polipeptidic stabilizat cu chaperone, n vederea traversrii membranei

Sortarea proteinelor n funcie de destinaie

RIBOZOMI LIBERI TRANSPORT POST TRANSLATIONAL

RIBOZOMI ATASATI LA RE
TRANSPORT COTRANSLATIONAL

TRANSPORTUL POST-TRANSLAIONAL SAU CALEA URMAT DE PROTEINELE SINTETIZATE PE RIBOSOMII LIBERI

Ribosomii care nu se ataeaz la membrana RE sunt denumii ribosomi liberi, dei uneori ei sunt asociai cu citoscheletul. Cu ajutorul acestor ribosomi sunt sintetizate att proteine solubile ct i proteine membranare.

Proteinele localizate n citoplasm Proteinele localizate n plastide

Proteinele localizate n mitocondrii

Proteinele localizate n peroxizomi

Proteinele localizate n nucleu

Proteinele localizate n plastide

Secventa semnal peptida de tranzit localizat la captul amino al proteinei alctuit din 40-50 de aminoacizi, rol att n orientare ct i n procesul de translocare prin nveliul cloroplastului

Proteinele localizate n mitocondrii

Secventa semnal presecventa

Presecvenele au structuri de helixuri cu caracter amfipatic, deoarece posed aminoacizi hidrofobi pe una dintre fee i resturi de aminoacizi ncrcai pozitiv pe cea de-a doua latur

Proteinele localizate n peroxizomi

Cel puin dou domenii de localizare PTS1 i PTS 2 sunt implicate n importul proteinelor n matrixul mitocondrial.

Secvena semnal PTS1 este foarte scurt (tripeptid) i spre deosebire de alte domenii de localizare se gsete la captul carboxiterminal al lanului polipeptidic i nu este ndeprtat dup translocarea n peroxizomi.
Secvena semnal PTS2 se afl la captul aminoterminal al lanului polipeptidic, este ndeprtat dup translocarea proteinei n matrixul peroxizomului i marcheaz proteinele prezente n matrix.

Proteinele localizate n nucleu

Moleculele mici (sub 40 KDa) difuzeaz activ prin cele opt canale deschise, cu diametru de 9 nm, care sunt delimitate de ansamblul spie-inele din structura porului nuclear.

Macromoleculele (proteine, ADN) trec prin canalul central printr-un proces activ, n care proteinele specifice i ARN sunt recunoscute i transportate selectiv ntr-o singur direcie

CALEA TRANSPORTULUI CO-TRANSLAIONAL SAU CALEA URMAT PROTEINELE SINTETIZATE PE RIBOSOMII ATAAI LA MEMBRANA RETICULULUI ENDOPLASMATIC
Proteinele care urmeaz aceast cale sunt orientate spre reticulul endoplasmatic nc din timpul sintezei proteice, proces denumit transport cotranslaional. Dup ce au fost sintetizate, proteinele sunt modificate, asamblate, sortate i orientate spre diferite destinaii i anume: perete celular, plasmalem, vacuole i tonoplast, sau sunt eliminate din celul. Proteinele care urmeaz calea secretorie pot fi mprite la rndul lor n dou categorii: Proteinele care sunt orientate spre vacuole sau spre exteriorul celulelor (perete celular i proteine de secreie) traverseaz membrana total; Proteinele integrale, care vor intra n alctuirea plasmalemei, tonoplastului, complexului Golgi, n membrana RE i nuclear rmn ncastrate n membrana RE.

Mecanismul care asigur ataarea ribosomilor la reticulul endoplasmatic n cazul proteinelor orientate spre vacuole sau spre exteriorul celulelor Lanul polipeptidic nou sintetizat posed la captul aminoterminal un domeniu de localizare care poart numele de peptid semnal cu o lungime de 16-30 de aminoacizi, care orienteaz lanul polipeptidic care se formeaz spre membrana RE. Peptida semnal este recunoscuta de o particula de recunoastere a semnalului - SRP

Procesul de recunoatere ntre peptida semnal i particula de recunoatere a semnalului are loc atunci cnd polipeptidul nou sintetizat are o lungime de aproximativ 70 aminoacizi cu aproximativ 40 de aminoacizi ieii din ribosom. Legarea particulei de recunoatere a semnalului (SRP) la lanul polipeptidic n formare blocheaz sinteza i evit mpachetarea greit a polipeptidului deja sintetizat

Translocarea proteinelor n lumenul RE implic: particula de recunoatere a semnalului (SRP) receptorul acestei particule i

o protein canal (complex de translocare) din membrana RE.

Mecanismul de transport cotranslaional al proteinelor membranare integrale

Tipul I de proteine de membran

Proteine care au un singur domeniu transmembranar (domeniul care rmne localizat n citosol se afl la captul carboxil)
n acest caz peptida semnal localizat la captul amino, care ptrunde n lumenul RE, este clivat imediat dup ce proteina ncepe s traverseze membrana RE. Translocarea este oprit nainte de finalizarea translaiei, n momentul apariiei unei secvene de stopare a transferului (secven hidrofobic) Dimensiunile domeniului polipeptideic care rmne n citosol depinde de localizarea domeniului transmembranar n interiorul proteinei.

Tipul II de proteine de membran

Proteine care au un singur domeniu transmembranar, iar domeniul care rmne localizat n citosol se afl localizat la captul amino al lanului polipeptidic.

Nu posed o peptid semnal care s fie eliminat dup ptrunderea n lumenul RE. Se pare c domeniul transmembranar de natur hidrofobic acioneaz ca o secven semnal i direcioneaz integrarea proteinei n membrana RE lsnd o mare poriune a regiunii aminoterminale n citosol. Segmentul carboxi - terminal al proteinei se gsete n lumenul RE.

EX: proteinele membranare ale Complexului Golgi

Tipul III de proteine de membran

Proteine care posed mai multe domenii transmembranare. n structura acestor lanuri polipeptidice alterneaz regiuni hidrofobe, care alctuiesc domeniile transmembranare cu regiuni hidrofile care alctuiesc buclele de legtur. Acestea din urm sunt poziionate fie n citosol, fie n lumenul RE.
n cazul acestor proteine primul domeniu transmembranar acioneaz ca o peptid semnal iar cel de-al doilea funcioneaz ca o secven de ancorare. Al treilea domeniu acioneaz din nou ca o peptid semnal, al patrulea ca o secven de ancorare, etc. Dei att SRP ct i receptorii pentru SRP sunt necesari pentru integrarea primului domeniu transmembranar ele nu sunt necesare pentru urmtoarele domenii transmembranare.

O dat ce aceste proteine sunt inserate n membrana RE ele pot s fie reinute acolo (rezidente RE) sau s fie ndreptate spre alte destinaii. Pn n prezent nu exist cunotine despre domeniile care orienteaz proteinele spre alte destinaii sau le menin n calea de transport.

PRELUCRAREA PROTEINELOR N LUMENUL RETICULULUI ENDOPLASMATIC

Modificrile proteinelor care au loc n lumenul reticulului endolasmatic permit proteinelor s se mpacheteze corect i s fie orientate spre compartimentul celular n care i vor ndeplinifuncia. Lumenul reticulului endoplasmatic conine un numr de enzime i chaperone care asigur mpachetarea corect i care au posibilitatea s degradeze polipeptidele sintetizate greit. Astfel exist certitudinea c numai proteinele corect mpachetate i asamblate sunt transportate pe calea secretorie spre destinaia lor final. Proteinele care se regsesc n lumenul RE (proteinele orientate spre vacuole, perete celular i proteine de secreie) pot s sufere urmtoarele modificri: Adoptarea conformaiei spaiale corecte a proteinelor care are loc cu ajutorul proteinelor nsoitoare (chaperoane), prin formarea legturilor disulfidice ntre gruprile SH ale resturilor cisteinice sau oligomerizarea i ataarea unor glicani N-linkai . Glicozilarea proteinelor

Fiecare protein sufer o parte dintre aceste modificri, dar pot s apar i altele, dup ce proteina prsete RE. Proteinele care nu sunt corect mpachetate sau asamblate pot s fie reinute n RE unde ele pot s fie distruse de proteaze.

Adoptarea conformaiei spaiale corecte a proteinelor mpachetarea proteinelor

Procesul este mediat de o chaperon BiP Binding protein (70 kDa) BiP se leag la: proteina n formare lanul polipeptidic parial mpachetat
Legare la segmente bogate n aminoacizi hidrofobici care nu sunt expuse n mod normal la suprafaa unei proteine mpachetate corect. Este o enzim dependent de ATP (energia este furnizat de hidroliza ATP-ului).

Rol: previne interaciunile nespecifice ale acestor segmente, prevenind n final mpachetarea incorect Formarea legaturilor disulfurice protein-disulfid-izomeraza (PDI), o enzim prezent n lumenul reticulului endoplasmatic. Formarea oligomerilor Multe proteine nu sunt alctuite dintr-un singur lan polipeptidic ci sunt oligomeri cu dou, trei, patru sau mai multe subuniti care iau natere n lumenul RE. De exemplu proteinele de rezerv (vicilin i faseolin) acumulate n vacuolele de stocare sunt trimeri cu dimensiuni de 45 kDa, formai n lumenul RE. Dac nu are loc formarea trimerilor subunitile sunt degradate de ctre proteaze.

Glicozilarea proteinelor n reticulul endoplasmatic

Adiia covalent a zaharidelor la proteine este una dintre funciile majore ale RE. Majoritatea proteinelor din lumenul RE sunt glicozilate nainte de a fi transportate la complexul Golgi. Reaciile de glicozilare sunt importante pentru c produc markeri, care asigur transportul proteinelor prin diferite compartimente celulare, iar radicalii oligozaharidici asigur sortarea proteinelor i direcionarea lor corect ctre alte organite celulare.

Glicozilarea impune parcurgerea in mai multe etape importante i anume:

Sinteza lipidei purttoare dolicol pirofosfat (dolicol -PP)

Asamblarea intermediarului oligozaharid lipid dolicol-PP-oligozaharid

Transferul oligozaharidului de la dolicol la enzima int

Enzima glicozil transferaz transfer gruparea oligozaharidic ancorat pe dolicol pirofosfat la un rest de asparagin prezent n protina int. Aceast reacie are loc pe faa lumenal a membranei reticulului endoplasmatic i necesit prezena secvenei de recunoatere Asn-X-Ser/Thr. Un rest de asparagin, care nu este urmat de serin sau treonin, fiind separate de orice alt aminoacid nu va fi recunoscut de transferaz.

Deci, oligozaharidul precursor este legat la membrana RE prin intermediul unei molecule lipidice speciale denumite dolicol pirofosfat. Oligozaharidul este sintetizat pe acest lipid, treapt cu treapt dup care este transferat in bloc pe asparagina unei molecule proteice.

TRANSPORTUL I PRELUCRAREA PROTEINELOR N COMPLEXUL GOLGI Structura complexului Golgi

Complex Golgi - ansamblu de saci membranoi aplatizai - partea esenial i totodat reeaua Golgi, alctuit din vezicule
Partea esentiala este alcatuita din n saci cis, mediali i trans n funcie de poziia lor n complex i de proprietile lor funcionale.
Cisternele cis funcioneaz ca staie de primire pentru produii transportai n vezicule, dinspre reticulul endoplasmatic. Dup prima etap de procesare produii provenii din RE ca i produii nou formai n complexul Golgi sunt transferai spre sacii mediani i cei trans i n final trimii spre reea Golgi trans. Astfel, n complexul Golgi moleculele se deplaseaz n direcia cis-trans prin saci.

Fiecare unitate esenial este alctuit dintr-un set de cinci-opt saci aplatizai. Reeaua trans tinde s aib o structur mai mult turbovezicular i este ntotdeauna asociat cu partea trans a sacilor.

Complexul Golgi ocup o poziie central n calea secretorie, primind noile proteine i lipide sintetizate n reticulul endoplasmatic i le direcioneaz fie spre suprafaa celular fie spre vacuole. Numrul unitilor per celul variaz foarte mult i depinde de specie, mrimea i etapa de dezvoltare a celulei i volumul i tipul materialelor de secreie / stocare produse. De exemplu, celulele din meristemul apical Epilobium conin aproximativ 20 de complexe Golgi, pe cnd celulele gigant din fibrele de bumbac conin mai mult de 10000. Celulele meristematice din rdcina de ceap conin aproximativ 400 de uniti Golgi. Localizarea n celul a complexului Golgi se difereniaz n funcie de tipul de celule. n celulele animale complexul Golgi ocup o poziie central. n celulele vegetale complexul Golgi se gsete n mai multe copii, dispersate n citoplasm sau asociate n grupuri mici. Datorit acestei organizri dispersate i a transportului complexului Golgi de ctre curenii citoplasmatici, produii de secreie i ating destinaia chiar i n celulele mari, vacuolate. Analiza dinamicii complexului Golgi a evideniat c acestea se mic dup o maniera oprit/pornit. Deci, partea esenial poate s se opreasc n dreptul situsurilor de export ale reticulului endoplasmatic pentru a prelua moleculele care urmeaz s fie modificate i apoi se deplaseaz spre peretele celular pentru a elibera produii de secreie. Complexul Golgi rmne intact structural i activ n timpul mitozei astfel nct poate s furnizeze moleculele necesare pentru formarea plasmalemei i peretelui celular la celulele fiice. Noii saci apar prin fisiune de obicei n timpul fazei G2 a ciclului celular.

Funciile ndeplinite de complexul Golgi sunt urmtoarele:

Funcii legate de secreia celular; Biogeneza lizozomilor i Dirijarea traficului de membrane

A. Funcii legate de secreia celular
n sacii complexului Golgi are loc concentrarea produilor de secreie sintetizai n reticulul endoplasmatic i totodat prelucrarea biochimic a acestora, care const n glicozilarea terminal, scindarea lanurilor polipeptidice precum i alte modificri cum ar fi sulfatarea urmat de sortare i livrare spre diferite destinaii.
a) Glicozilarea n reticulul endoplasmatic proteinele sunt glicozilate de ctre un singur tip de oligozaharid, n special manoz. n complexul Golgi, proteinele sunt supuse unor modificri mai complexe. n realizarea glicozilrii sunt implicate glicoziltransferazele i glicozidazele care sunt proteine integrale cu zona activ orientat spre interiorul sacilor membranoi. Cele mai importante sunt: glicoziltransferazele i anume sialtransferaza, galactoziltransferaza; manozidazele, care ndeprteaz manoza pentru adugarea N-acetilglucozaminei

O categorie special de proteine, care sunt glicozilate n aparatul Golgi este reprezentat de proteogicani, la care lanul glucidic rezult printr-o polimerizare extensiv. Dintre proteoglicanii secretai o parte intr n componena matrix-ului extracelular, iar restul rmn ancorate n membrana plasmatic

b) Clivajul proteolitic specific

Numeroi hormoni peptidici, enzime, sunt sintetizai n form inactiv, sub form de precursori. Produsul activ apare numai dup proteoliza moleculei precursor, proces care ncepe n reticulul Golgi trans.

Se pune ntrebarea de ce n unele cazuri sunt sintetizai precursori ai proteinelor. Uneori, proteinele sunt foarte mici i sinteza lor pe ribosomi nu ar fi eficient, iar mpachetarea n vezicule de secreie ar eua. Alte proteine, cum ar fi hormonii sunt sintetizate sub aceast form n reticulul endoplasmatic pentru a nu aciona asupra celulei n care sunt sintetizai. Sunt apoi modificate n complexul Golgi, dup care, n forma lor activ sunt exportate sb forma unor vezicule spre celulele int.

c) Sortarea produilor de secreie

n compartimentele complexului Golgi are loc separarea proteinelor de secreie de enzimele lizozomale i de alte tipuri de proteine, dup care sunt ambalate n membrane compatibile pentru a fuziona cu plasmalema i exportate n exteriorul celulei. Acestea pot s urmeze dou ci. - Calea secretorie reglat este o cale urmat de proteinele care necesit un stimul sau un mecanism de declanare pentru a fi secretat. Unii stimuli regleaz sinteza proteinei i de asemenea eliminarea ei din celul. - Calea secretorie constitutiv permite secretarea proteinelor care sunt necesare n afara celulei, cum ar fi matrix-ul extracelular. Ele nu necesit stimuli, dei procesul poate fi stimulat de ctre factorii de cretere.

Cile urmate de proteinele de secreie nainte de a fi eliberate din celul

B) Biogeneza lizozomilor
n compartimentele complexului Golgi are loc prima dat segregarea enzimelor lizozomale de ceilai produi de secreie. Enzimele lizozomale au grupri gluidice terminale manoza-6-fosfat care funcioneaz ca marker. Acest marker este recunoscut de un receptor specific din membrana reticulului endoplasmatic i a complexului Golgi i determin separarea enzimelor lizozomale n zona trans, de unde se desprind vezicule, care formeaz apoi liozomii primari.

C) Dirijarea traficului de membrane

Complexul Golgi este implicat n biogeneza membranelor celulare. Proteinele integrale de membran, sintetizate n reticulul endoplasmatic rugos sosesc pe calea veziculelor la complexul Golgi unde sunt maturate i eliberate sub forma unor vezicule care furnizeaz membranelor att proteine ct i lipide. Totodat complexul Golgi este implicat n reciclarea membranelor, ca un proces de reutilizare a componentelor plasmalemei. Pe parcursul procesului de exocitoz plasmalema i mrete permanent suprafaa, datorit veziculelor cu care fuzioneaz. Pentru a contracara acest fenomen, din plasmalem se desprind vezicule care se ntorc la complexul Golgi unde are loc reciclarea componentelor membranare. Deci, la complexul Golgi sosesc vezicule care pot s conin i proteine de membran, enzime, receptori ce pot fi modificate, separate i refolosite.

Transportul intercompartimental al moleculelor

Compartimentul cis primete moleculele de la reticulul endoplasmatic i apoi le transmite compartimentului median. Acest compartiment are o participare redus n procesul de modificare a proteinelor. Se ndeprteaz parial manoza i se fosforileaz oligoglucidele coninute de proteinele lizozomale. Compartimentul median are ca funcie primar glicozilaea prin adugarea N-acetilglucozaminei la moleculele proteice i lipidice. n compartimentul trans i reticulul Golgi trans se adaug acid sialic la oligozaharide. El reprezint sediul sortrii finale i a exportrii moleculelor cu destinaii bine orientate. Transportul moleculelor prin complexul Golgi este direcional.

Cisternele complexului sunt asociate cu o mulime de vezicule mici. Aceste vezicule transport proteinele i lipidele de la reticulul endoplasmatic care intr prin compartimentul cis n aparatul Golgi i avanseaz n toate compartimentele pn sunt eliminate prin reeaua Golgi trans. Aceste vezicule sunt acoperite de o protein de nvelire (coating protein) care se consider c ar juca un rol de semnal n direcionarea transportului. Ele regleaz tipul de molecule care sunt mpachetate ntr-un anumit tip de vezicule, controleaz procesul de asamblare a veziculelor indicnd att membrana int ct i sistemul care permite veziculelor s fuzioneze cu inta.

DEGRADAREA PROTEINELOR
Proteinele anormale apar n celule ca rezultat al:
mutaiilor, erorilor aprute n sinteza sau mpachetarea proteinelor, denaturrii spontane, bolilor, stresului degradrii oxidative.

Degradarea proteinelor are ca scop :

Reglarea activitii proteice prin eliminarea moleculelor care nu mai sunt utile n celul Reciclarea aminoacizilor.

Aproximativ jumtate dintr-un set complet de proteine vegetale sunt nlocuite la fiecare 4-7 zile. n multe cazuri sunt sintetizate proteine noi, din aminoacizii recirculai. O exemplificare a rolului proteolizei n furnizarea de aminoacizi este germinarea seminelor. La germinare majoritatea aminoacizilor necesari creterii sunt obinui n urma degradrii proteinelor de rezerv.

DEGRADAREA PROTEOLITIC CITOSOLIC Proteinele care nu mai sunt utile n celul sau cele care au fost sintetizate sau mpachetate greit, posed sisteme de recunoastere specifica:
Proteinele citosolice destinate a avea o via scurt sunt marcate la captul aminoterminal prin apariia unor secvene scurte de aminoacizi, care par s funcioneze ca semnal proteolitic. n alte cazuri cile proteolitice sunt activate de condiiile de mediu temperatura ridicat, expunerea la metale grele sau infecia cu patogeni. n alte cazuri proteinele aberante sau mpachetate incorect implic probabil o cretere semnificativ a numrului de reziduuri hidrofobice prezente pe suprafaa proteinei. De obicei, secvenele hidrofobe sunt ngropate n interiorul proteinei, pentru a preveni interaciunea lor cu mediul apos. Atunci cnd o protein a fost sintetizat sau mpachetat incorect, lanurile hidrofobe sunt expuse spre exterior. Aceste zone hidrofobe furnizeaz situsuri de legare pentru proteinele care regleaz activitatea diverselor enzime proteolitice.

Calea cea mai important a degradrii proteolitice selective n celulele eucariote utilizeaz ubiquitina ca marker pentru proteinele citozolice, care devin inte pentru o proteoliz rapid. Ubiquitina este un polipeptid mic, alctuit din 76 de aminoacizi, nalt conservai n archebacterii i eucariote. Ea se ataeaz la gruparea amino lateral a unui rest de lisin i n acest fel marcheaz proteina respectiv.

Apoi ubiquitine adiionale sunt adugate pentru a forma un lan poliubiquitinic. Asemenea proteine poliubiquitinice sunt recunoscute i degradate de un complex proteazic de dimensiuni mari, numit proteazom (M=1,5 MDa)
Ubiquitina este eliberat n procesul degradrii proteice, astfel nct ea poate fi utilizat ntr-un alt ciclu. Se cunoate c procesul de proteoliz n celulele eucariote necesit energie furnizat prin hidroliza ATP-ului. Deoarece hidroliza legturilor peptidice este favorizat din punct de vedere energetic, se consider c ATP-ul este necesar pentru reglarea activitii proteolitice i anume are rol n recunoaterea i marcarea proteinelor care urmeaz s fie degradate.

Proteasomul este o structur proteic complex (26 S) alctuit din trei subuniti: un miez (20 S) cu care sunt asociate dou subuniti reglatoare (19S) Miezul este alctuit din 4 inele suprapuse, fiecare inel coninnd apte subuniti. Inelele formeaz la interior un canal, care conine situsurile active pentru proteoliz. Amplasarea centrilor catalitici n canal protejeaz proteinele nemarcate mpotriva degradrii. Subunitile reglatoare funcioneaz ca o cale de intrare n proteasom, dirijnd ptrunderea proteinei marcate n canal.

Proteinele marcate cu ubiquitin, ptrund n canalul proteazomului, unde sunt amplasai centri catalitici, fiind degradate. Dup finalizarea procesului de degradare, proteazomul se disociaz, iar aminoacizii i ubiquitinele sunt eliberate n citoplasm.
Ubiquitinele se ntorc n alte procese de marcare, iar aminoacizii vor sta la baza sintezei altor lanuri polipeptidice.

DEGRADAREA PROTEOLITIC N LIZOZOMI Lizozomii intervin n metabolismul celular prin digestia proteinelor extracelulare preluate prin endocitoz, precum i datorit nlocuirii permanente a organitelor citoplasmatice i a proteinelor citosolice. n interiorul lizozomilor sunt prezente aproximativ 50 de enzime, care sunt active numai la pH-ul acid din interiorul lizozomilor.

n celulele eucariotelor lizozomii ndeplinesc urmtoarele funcii: Heterofagia, n care degradeaz moleculele ptrunse n celul din exterior Autofagia, n care zone mici din citoplasm i chiar organite citoplasmatice sunt nconjurate de membrane provenite de la reticulul endoplasmatic pentru a forma vezicule. Aceste vezicule fuzioneaz cu lizozomii, iar enzimele lizozomale diger coninutul veziculelor.

Heterofagia

Autofagia

A fagocitoza B- endocitoza mediata de receptori C- autofagia D- digestia extracelulara

n unele situaii speciale, cnd celula este lipsit de hran, lizozomii preiau i degradeaz n mod selectiv anumite proteine citosolice. Sunt degradate n special proteine care conin secvena Lys-Glu-Arg-Gln, care se pare c le orienteaz ctre lizozomi. n procesul de degradare este implicat i chaperona Hsp 70, care menin lanurile polipeptidice nepliate n timpul transportului lor prin membrana lizozomal. Pe aceast cale sunt degradate proteine de care celula se poate lipsi i astfel se furnizeaz aminoacizi i energie, care permit derularea proceselor metabolice fundamentale.

Vacuolele sunt bogate n enzime hidrolitice i ndeplinesc mai multe funcii n celule. Una dintre funciile de baz const n degradarea proteinelor, funcie similar cu cea a lizozomilor din celulele animale.

Unii cercettori sugereaz c n timpul lipsei nutrienilor plantele transport o serie de proteine citosolice n vacuole, unde sunt degradate pentru a genera aminoacizii necesari sintezei altor proteine.

Fosforilarea oxidativ, n cadrul creia energia eliberat de oxidarea produilor metabolici este transformat n energie chimic (ATP) proces care se desfoar n mitocondrii

Fotosinteza n cadrul creia energia luminoas este transformat n energie chimic (ATP) proces care are loc n cloroplaste

Mitocondriile sunt delimitate de un nveli dublu membranar alctuit dintr-o membran extern i una intern. Cele dou membrane (fiecare de 6 nm grosime) subdivid spaiul mitocondrial n dou compartimente distincte: Compartimentul periferic spaiul intermembranar (6-8 nm grosime), este situat ntre cele dou membrane mitocondriale. Compartimentul central, nconjurat de membrana intern poart numele de matrice mitocondrial.

Din punct de vedere funcional PROTEINELE CE COMPUN MEMBRANA INTERNA MITOCONDRIALA se clasific n trei grupe:
Proteinele implicate n reaciile de oxidoreducere, ce se desfoar la nivelul catenei respiratorii; Proteine transportoare, ce asigur intrarea metaboliilor n matricea mitocondrial sau deplasarea lor n afara spaiului matriceal;

Complexul enzimatic ATP sintetaz, sau complexul F0F1, care este vizibil pe faa membranei interne, spre interior sub forma unor proeminene sferice cu dimensiuni de aprox. 8 nm.

n COMPARTIMENTUL CENTRAL se gsesc:

genomul mitocondrial (n mai multe copii); ribosomii mitocondriali; moleculele de ARN de transport; granulaii cu densiti electronice diferite (depozite de Ca 2+); numeroase enzime implicate n: replicarea i funcionarea aparatului genetic mitocondrial, oxidarea piruvatului i a acizilor grai la acetil coenzima A i ciclul acizilor carboxilici.

Procesele metabolice desfurate n mitocondrii Procesele metabolice localizate n mitocondrii pot fi ncadrate n dou mari clase: procesele biosintetice interne pentru mitocondrii i respiraia celular, n cadrul creia are loc degradarea aerobic a glucidelor i a acizilor grai, avnd ca produi finali CO2, H2O i o cantitate mare de energie

Reacia global a procesului de respiraie este:

C6H12O6 + 6 O2 + 30 ADP +30 Pi 6 CO2 + 36 H2O+ 30 ATP

Etapele care compun metabolismul mitocondrial pot fi sistematizate n trei grupe principale:

Oxidarea piruvatului i a acizilor grai la dioxid de carbon, cuplat cu reducerea nicotin-amid-dinucleotidului (NAD+) i a flavi-adenin-dinucleotidului (FAD).

Transportul electronilor prin catena respiratorie mitocondrial, cuplat cu generarea unui gradient electrochimic de protoni;
Utilizarea energiei stocate n gradientul electrochimic de protoni pentru sinteza ATP.

Procesele de oxidare a glucidelor A - n citosol B n matricea mitocondrial

 O2 + 2 + 2 H+ H2O

CLOROPLASTE

Structura clorofilei a

Procesele metabolice desfurate n cloroplaste

Procesele fotosintetice care au loc n plante pot fi mprite n patru etape, fiecare localizat ntr-o anumit regiune a cloroplastului: Captarea energiei luminoase de ctre sistemul pigmentar (1); Oxidarea (fotoliza) apei, adic descompunerea ei cu formare de O2, reducerea NADP+ la NADPH i generarea unui gradient de protoni (2); Fotofosforilarea, adic formarea ATP din ADP i fosfat (3); Fixarea CO2, reducerea lui i sinteza glucidelor (4). Toate reaciile din etapele 1-3 sunt catalizate de proteine din membrana tilacoid i alctuiesc faza luminoas a fotosintezei. Enzimele care ncorporeaz CO2 n intermediari chimici i conduc apoi la sinteza amidonului sunt constituieni solubili din stroma tilacoid, iar procesele care au loc alctuiesc faza ntunecat a fotosintezei. Enzimele care sintetizeaz zaharoz din intermediarii cu trei atomi de carbon sunt prezente n citosol.

Localizarea pigmenilor clorofilieni i accesorii

Pentru a fi posibil o absorbie eficace a radiaiei luminoase (care s reprezinte cel puin 90% din radiaia incident) n timpul asimilaiei clorofiliene este absolut necesar ca n aparatul fotosintetic celular concentraia moleculelor de clorofil s fie foarte mare.

PS I poate fi iniiat de radiaii cu =700nm i este localizat n lamelele stromatice.

PS II, necesit energie luminoas cu = 680nm i este localiza preferenial n grana.

Cele dou sisteme sunt separate din punct de vedre spaial, deci o alt particul multiproteic, i anume complexul citocromic b/f este utilizat pentru a transfera electronii ntre cele dou sisteme. Acest complex este prezent att n lamelele stromatice ct i n grana.

Fiecare fotosistem conine cteva sute de molecule de clorofil, dar numai una per sistem este capabil s iniieze transferul de electroni. Aceast molecul acioneaz ca un centru de reacie i poart numele de P700 pentru fotosistemul I (PS I) i P680 pentru potosistemul II (PS II). P semnific pigment care absoarbe lumina la =700nm , respectiv =680nm). Fiecare dintre aceste molecule specializate de clorofil este legat de o protein membranar integral, rezultnd un complex protein-clorofil. Asociat cu fiecare fotosistem exist o structur denumit complexul antena, sau complexul cu rol n captarea energiei luminoase LHC light harvesting complex. Funcia primar a acestuia este de a capta energia luminoas i de a dirija aceast energie spre moleculele de clorofil care constituie centrul de reacie, att n cadrul PS I ct i PS II.

Desfurarea procesului de fotosintez

Energia luminoas este absorbit de complexul antena i apoi este transferat rapid (10-9 s) la molecula specializat de clorofil, care constituie centrul de reacie al fotosistemului II (PS II). Absorbia luminii cu =680 nm, duce la cedarea unui electron de ctre molecula de clorofil P680, rezultnd forma oxidat a acesteia. Revenirea acestei molecule la forma iniial, deci reducerea ei, necesit un aport de electroni. Aceti electroni rezult prin oxidarea unei molecule de ap. Aceast reacie de oxidare are loc n prezena unei proteine care conine un ion Mn2+ i care este ataat centrului de reacie:

H2O O2 + 2 H+ + 2

Deci, n cadrul procesului de fotosintez energia luminoas este utilizat pentru oxidarea apei, n cadrul acestui proces fiind pui n libertate electroni cu o energie liber foarte ridicat. Acetia strbat apoi un ntreg sistem enzimatic de transport, n fiecare etap pierznd o parte din energie. n final, acceptorul de electroni este NADP+, care este redus la NADPH.

Deplasarea electronilor prin sistemul enzimatic de transport este cuplat cu o acumulare de H+ n lumenul tilacoid, genernd un gradient de protoni prin membrana tilacoid. Datorit acestui gradient, protonii vor avea tendina de a se deplasa (n gradient de concentraie) din lumenul tilacoid n strom. Energia rezultat n urma acestui proces este utilizat pentru sinteza ATP. Complexul proteic care catalizeaz sinteza ATP este denumit complexul CF0 -CF1; acest sistem formeaz protuberane pe membrana tilacoid i are proprietatea de a nmagazina energia degajat de transportul protonilor n gradient de concentraie i de a o utiliza pentru sinteza ATP.

ATP i NADH rezultate n urma fazei luminoase a procesului de fotosintez sunt utilizate n continuare pentru a genera glucoza. Procesul are loc n strom, fiind catalizat de enzime specifice.

6 CO2 + 18 ATP + 12 NADPH + 12 H2O C6H12O6 + 18 ADP + 18 Pi + 12 NADP+ + 6H+

Enzima care fixeaz CO2 n carbohidrai este ribuloz 1,5 bifosfat carboxilaza (denumit rubisco), care este localizat n stroma cloroplastului. Aceast enzim adaug CO2 la ribuloz 1,5 bifosfat pentru a forma dou molecule de fosfoglicerat. Doarece CO2 este ncorportat iniial n compui cu trei atomi de carbon, ciclul lui Calvin mai poart numele de calea metabolic C3 de fixare a carbonului. 3-fosfogliceratul este convertit apoi n amidon sau zaharoz, dar o parte este utilizat pentru a regenera ribuloz 1,5 bifosfatul.

Reaciile care alctuiesc ciclul Calvin

Reaciile care au loc n citosol, pentru formarea zaharozei

Procesele metabolice desfurate n peroxizomi

n celulele animale peroxizomii ndeplinesc mai multe funcii i anume:

OXIDAREA ACIZILOR GRAI

Degradarea acizilor grai, cu catene care conin cel putin 20 de grupri CH2,
Acizii grai cu lungime medie 10-20 de grupri CH2 pot fi degradai att n peroxizomi ct i n mitocondrii. - Oxidarile produse in peroxizomi nu produc ATP, ci produc caldura ACIZI GRASI FADH2 acetil CoA + FADH2 FAD + electroni + H+ +O2 H2O2

Acetil-CoA produs n timpul degradrii acizilor grai nu poate s fie oxidat mai departe. n schimb este transportat n citosol pentru a fi utilizat n sinteza colesterolului i a altor metabolii.

DETOXIFIEREA ORGANISMELOR

Peroxizomii au de asemenea un rol important n detoxifiere. Aproape jumatate din alcoolul prezent n organismul animal este oxidat n acetaldehid. Oxidazele din peroxizomi sunt flavoproteine care produc H2O2 prin transferarea electronilor sub forma atomilor de hidrogen, de la un substrat la oxigen.

RH2 + O2 R + H2O2

n plante, rolul peroxizomilor depinde de organul sau esutul n care se afl: MOBILIZAREA LIPIDELOR
n procesul de germinare a seminelor enzimele din peroxizomi particip la mobilizarea lipidelor.

OXIDAREA ACIZILOR GRAI

n peroxizomi are loc oxidarea acizilor grai cu caten lung, pn cnd ajung la catene cu ase atomi de carbon. Se formeaz astfel ap oxigenat (H2O2) i acetil-CoA, care este transportat n mitocondrii pentru a intra n ciclul acidului citric.

n peroxizomi au loc - 1/5 din totalul oxidrilor acizilor grai, restul avnd loc n mitocondrii

TRANSFORMAREA AZOTULUI ANORGANIC n nodoziti peroxizomii sunt implicai n transformarea azotului fixat n compui organici bogai n azot, reacii care sunt catalizate de urat-oxidaz.

Peroxizomii din toate tipurile de celule conin o mare cantitate de catalaz, care oxideaz H2O2 generat de oxidaz prin procesele de oxidare a azilor grai sau a substanelor toxice. Deoarece catalazele sunt prezente ntotdeauna n peroxizomi, H2O2 un metabolit cu o citotoxicitate ridicat, este distrus imediat n peroxizomi neajungnd niciodat n citoplasm. Poate fi urmat calea catalitic: 2H2O2 2H2O + O2 sau Calea peroxidic: H2O2+ RH2 R + 2H2O Unde R, R sunt radicali alchilici.

REPRODUCEREA CELULAR

Procesele desfurate n cadrul ciclului celular, urmrindu-se comportarea unui singur cromosom

Ciclul celular