ARN

Structura ARN Transcriere

Structura ARN
ARN sunt produi de policondensare a ribonucleotidelor Cantitatea de ARN variaz att de la o celul la alta ct i n cadrul aceleiai celule, n funcie de intensitatea procesului de biosintez a proteinelor la momentul dat n funcie de rolul pe care l au n biosinteza proteinelor se clasific:
ARN ribozomal ARNr ARN de transport ARNt ARN mesager ARNm ARN de dimensiuni mici - ARNsn

Structura ARN
Structura primar asemntoare cu cea a ADN, cu deosebirea c pentoza este riboza iar n locul T avem U; coninutul n A de cel de U (U formeaz 2 legturi de hidrogen cu A) i de G de cel de C Structura secundar ARN este monocatenar; pe anumite poriuni, unde permite complementaritatea bazelor, se organizeaz n structuri dublu helicoidale; porinuile de baze necomplementare sunt expulzate ca bucle n afara zonelor helicoidale

Structura secundar a ARNt

Structura ARN
Structura teriar ARNt adopt o structur n forma literei L; braul care leag aminoacidul i braul TYC se afl pe o latur iar anticodonul i braul DHU pe cealalt latur

ARNr
Molecule flexibile, deformabile, heterogen ca mrime i form avnd zone dublu catenare ntrerupte de zone monocatenare Este cel mai stabil metabolic Reprezint 80% din tolalul ARN n funcie de coeficientul de sedimentare (1 S = 10-13 sec)(depinde de forma i mrimea moleculei) la procariote se ntlnesc 3 tipuri de ARNr: 23 S, 16 S i 5 S iar la eucariote 4 tipuri de ARNr: 28 S, 18 S, 5,8 S i 5 S

ARNr
Nucleotidele din ARNr au metilat gruparea 2-OH din riboz ceea ce le confer rezisten la antibiotice Intr n constituia ribozomilor avnd rol catalitic (ARNr 23 S reprezint centrul activ al formrii legturii peptidice) Ribozomii reprezint sediul biosintezei proteinelor i sunt complexe ribonucleoproteice Dup valoarea constantei de sedimentare, la bacterii ribozomii sunt 70 S iar la eucariote sunt 80 S

Ribozomii

Permit conlucrarea ARNm, ARNt i ARNr n vederea desfurrii biosintezei proteice

Ribozomii
Pe suprafaa fiecrui ribozom exist 3 situsuri: situsul aminoacid (A) care leag ARNt purttor al unui aminoacid, situsul peptid (P) care leag ARNt purttor al unui peptid i situsul de eliminare (E) de pe care este eliberat ARNt liber La ARNm se leag subunitatea mic a ribozomului astfel nct locusul P s se afle n dreptul codonului ce specific aminoacidul iniiator; legarea subunitii mari la acest complex determin formarea ribozomului funcional

ARNt
Reprezint 15% din ARN total i conine aprox. 75 -90 nucleotide Procentul de baze complementare este mare; raportul A+G / U+C este aprox.1 Are aspect de foaie de trifoi, avnd 4 zone de perechi complementare i 3 necomplementare, expulzate ca bucle Molecula de ARNt are cel mai mare coninut de baze minore: dihidrouridin (DHU), ribotimidin (T), pseudouridin (Y), etc

ARNt
La captul 3 toi ARNt maturi au secvena CCA la care se leag aminoacidul iar la captul 5 un rest guanilic. n partea opus braului aminoacid se afl braul anticodon care conine o secven de 3 nucleotide numit anticodon, care variaz cu natura ARNt Braul DHU are rol n recunoaterea i legarea aminoacilARNt-sintetazei, braul TC asigur legarea la ribozom a complexului aminoacil-ARNt (pe aceste brae se afl baze azotate minore); braul variabil cuprine 4-21 nucleotide n soluie adopt forma literei L

ARNt

ARNt
Funcii:
Asigur legarea aminoacizilor specifici, activai la restul adenilic din secvena CCA i transportul lor la ribozomi; exist cel puin 20 tipuri diferite de ARNt (un aminoacid poate fi specificat de mai muli codoni) Adaptarea aminoacidului transportat n dreptul codonului de pe ARNm corespunztor, prin recunoaterea codon-anticodon (pe baza complementaritii bazelor)

ARNm
Monocatenar, de lungimi variabile, sintetizat prin transcriere utiliznd una din catenele ADN ca matri Informaia depozitat n ARNm sub forma tripletelor de nucleotide numite codoni este decodificat la nivelul ribozomilor La captul 3 se afl o secven netradus numit leader iar la captul 5 o secven, desemeni netradus, numit trailer ARNm procariot este monocistronic (monogenic; conine informaia privind sinteza unui singur polipeptid) sau policistronic (poligenic; conine informaia privind sinteza mai multor proteine implicate n aceeai cale metabolic)

ARNm
La procariote ntre gena transcris, ARNm i protein exist o relaie de coliniaritate (succesiunea de nucleotide dintr-o gen corespunde exact celei de aminoacizi din protein) ARNm eucariot este monocistronic i de cele mai multe ori ARNm transcris este cu mult mai mare dect ARNm citoplasmatic (matur) La eucariote, gena este mult mai lung dect proteina obinut; ea cuprinde secvene codificatoare, exoni (expressed regions) i secvene necodificatoare, introni (intervening sequences)

ARNsn
Exist n nucleu, citosol i mitocondrie Se prezint sub forma mai multor specii moleculare, bogate n uridin (U1-U6) Asociate cu proteine formeaz particule ribonucleoproteice (small nuclear ribonucleoproteins), snRNP sau snurps, cu rol n excizia intronilor din transcriptele primare ale ARNm, controlul traducerii sau recunoaterea proteinelor ce urmeaz a fi exportate.

Transcrierea
Este procesul prin care se sintetizeaz ARN pe matri de ADN Acest proces are loc ori de cte ori este nevoie n viaa unei celule

Elementele necesare replicrii

Substraturi ATP, GTP, CTP, UTP Matria una din cele dou catene ale ADN, numit i catena necodificatoare (catena codificatoare va fi cealalt i este identic cu catena de ARN sintetizat, cu excepia nlocuirii T cu U); transcrierea este asimetric; dac pe molecula de ADN se afl mai multe gene, catenele ADN vor fi catene matri pentru unele gene i catene codificatoare pentru altele

Elementele necesare replicrii

Enzime ARN polimeraze-ADN dependente
Nu necesit prezena primerului pentru c poate iniia catene Are aciune asemntoare cu a ADN polimerazelor ADN dependente Sintetizeaz catene cu direcia 53 (ca i ADN polimerazele) Nu au activitate de corector La procariote exist o singur enzim pentameric a2bbs:
Enzima miez a2bb - important n procesul de elongare Subunitatea s esenial pentru iniierea transcrierii

Elementele necesare replicrii

Enzime ARN polimeraze-ADN dependente
La eucariote:
ARN polimeraza mitocondrial localizat n matrixul mitocondrial, sintetizeaz toate tipurile de ARN mitocondrial ARN polimeraza I n nucleoli, sintetizeaz ARNr 45 S ARN polimeraza II n nucleoplasm, sintetizeaz ARNm, ARNsn ARN polimeraza III n nucleoli, sintetizeaz ARNt, ARNr 5S, ARN sn

Elementele necesare replicrii

Secvena promotor P orienteaz corect polimeraza la situsul de iniiere; punctul de start este notat +1, secvenele situate n amonte se noteaz cu iar secvenele n aval, cu +
La procariote sunt situai n amonte, pe catena codificatoare; sunt foarte bine conservate n evoluie
Caseta -10 = caseta Pribnow = 5 TATAAT 3 Caseta -35 = caseta TATA = 5 TTGACA 3

Promotorii la procariote

Elementele necesare replicrii

Secvena promotor P
La eucariote sunt diferite pentru fiecare polimeraz n parte; pentru ARN polimeraza I i II se afl n amote iar pentru polimeraza III n aval fa de punctul start al transcrierii
Caseta TATA, asemntoare casetei Pribnow, centrat la 2535 perechi de baze de start responsabild e acurateea iniierii transcrierii Casetele CAAT i GC responsabile de frecvena transcrierii

Factorii de iniiere:

La procariote factorul s La eucariote 6 factori diferii

Promotorii la eucariote

Etapele transcrierii
Iniierea
subunitatea s orienteaz corect enzima fa de punctul de start, recunoscnd regiunea -35; se formeaz complexul nchis Deschiderea ADN pe o poriune de aprox. 10 perechi de baze i formarea, datorit subunitii s a unei bucle care se ntinde pn la punctul de iniiere a transcrierii; se formeaz complexul deschis Formarea primei legturi fosfat diesterice dintre nucleotidul +1 (ntotdeauna purinic) i nucleotidul +2 Dup legarea a 10 nucleotide subunitatea s se disociaz ( se poate asocia cu alte ARN polimeraze miez i ncepe o nou rund de transcriere)

Etapele transcrierii
Elongarea
are loc n bucla de transcriere (12-17 perechi de baze); ADN se desface n faa buclei de transcriere i se renatureaz n spatele buclei Pe msur ce se sintetizeaz catena de ARN are loc disocierea lui din duplexul hibrid ADN-ARN permind refacerea ADN dublu catenar Viteza de elongare nu este constant, depinznd de secvenele de ADN transcrise

Animaie transcriere

Etapele transcrierii
Terminarea la procariote
Rho independent catena matri de ADN conine secvene stop = secvene palindromice bogate n perechi GC, urmate de o zon bogat n perechi AT; prin transcrierea acestei zone se formeaz o structur n ac de pr a transcriptului ARN care se termin cu o coad poli U; din cauza mprecherii mai sumare cu catena de ADN, are loc disocierea ARN din hibridul rezultat la transcriere Rho dependent n cazul n care nu avem secvene stop; factorul proteic rho (r) se leag la o secven specific a ARN monocatenar si gliseaz pe el spre bucla de transcriere (proces care necesit hidroliza ATP), desprinzndu-l de catena matri i de enzim

Terminarea rho-independent

Terminarea rho-dependent

Modificarea transcriptelor primare (prelucrri post-transcriere)

Eliminarea exo- i endonucleazic a unor fragmente polinucleotidice Adugarea unor fragmente polinucleotidice la capetele 3 i 5 Modificri covalente la nivelul unor resturid e nucleotide

Prelucrri post-transcriere
Eliminarea intronilor
Intronii au dimensiuni mult mai mari dect exonii; doar 5-10% din genom reprezint secvene codificatoare Se realizeaz n nucleu pentru toate tipurile de ARN Enzime specifice recunosc jonciunea intron-exon, taie intronul i leag apoi exonii rezultai La ARNr se face autocatalitic (molecule de ARN au activitate catalitic; ele se numesc ribozimi)

Prelucrri post-transcriere
Eliminarea intronilor
La ARNm este realizat de un complex asemntor ribozomului, numit splicozom format din snurps i transcriptul primar ARNm La ARNt este realizat de un complex multienzimatic care prezint activitate endonucleazic i de ligaz

Eliminarea intronilor n ARNt

Prelucrri post-transcriere
Modificri suplimentare
La ARNm eucariot (ARNm procariot se nate matur)
formarea captului 5 = adugarea unui rest de 7-metil guanozin (acesta protejeaz moleculele de aciunea 53 exonucleazelor i este recunoscut de ribozomi ca semnal de iniiere a sintezei proteinelor formarea unei cozi poli A de 200-300 nucleotide la captul 3- ajut la stabilizarea moleculei de ARNm

Prelucrri post-transcriere
Modificri suplimentare
La ARNt
Transcriptul primar este multimeric i este tiat de ribonucleaze, rezultnd mai muli ARNt monomerici Formarea captului 5 cu ajutorul ribonucleazei P = un ARN de cteva sute de nucleotide, avnd rol catalitic i o protein bazic ) Formarea captului 3 (CCA) la procariote este relevat de ctre o enzim cu activitate exonucleazic; la eucariote este adugat

Prelucrri post-transcriere
Modificri suplimentare
La ARNr
La eucariote - are loc clivarea unui transcriptul primar 45 S rezultnd toate ARNr mature La procariote dintr-un transcript 30 S se obin prin clivare ARNr 23 S, 16 S i ARN t iar ARNr 5 S (dintr-un alt transcript)

Modificri suplimentare la ARNr

Inhibitorii transcrierii
Antibioticul actinomicina D i colorantul acridina se intercaleaz ntre perechile de GC i distorsioneaz molecula de ADN mpiedicnd replicarea i transcrierea a-amanitina din cipercile otrvitoare este inhibitor al ARN polimerazei Antibioticele din clasa rifamicinelor inhib iniierea transcrierii la bacterii prin legarea la subunitatea b

Reglarea transcrierii la procariote

Enzime constitutive enzime la care Ks =Kd; ele catalizeaz procese fundamentale pentru existena celulei. Se gsesc n celule n cantiti relativ constante. Nu sufer fluctuaii semnificative n raport cu factorii de mediu. Enzime inductibile sunt enzimele pentru care Ks>Kd; sunt implicate n general n ci catabolice. Enzima este sintetizat numai dac exist substratul asupra cruia s acioneze. Substratul acioneaz ca inductor, accelernd sinteza enzimei Enzime represibile sunt enzimele pentru care Ks<Kd; pot fi implicate n procese de sintez a unor constitueni celuari (ci anabolice). Sinteza lor este ncetinit de produsul final al reaciei catalizate.

Reglarea transcrierii la procariote

Jacob i Monod au propus teoria operonului pentru a explica inducia i represia genelor Operonul lac = un grup de gene reglate coordonat ai cror produi au rol n metabolizarea lactozei
Gene structurale (x, y i z) conin informaia pentru sinteza a 3 enzime (cele 3 gene sunt adiacente i au un singur promotor) Gena reglatoare (i) conine informaia pentru sinteza proteinei represor Operatorul (o) permite transcrierea genelor structurale atunci cnd este liber

Operonul lac
n absena glucozei E.Coli poate utiliza lactoza ca surs de energie n absena lactozei (inductorul), represorul se leag la operator blocnd transcrierea genelor structurale n prezena lactozei, aceasta se leag la represorul ataat de operator i inducnd o tranziie alosteric, i schimb conformaia, acesta desprinzndu-se de operator; n aceast situaie ARN polimeraza poate face transcrierea celor 3 gene; ca urmare se sintetizeaz cele 3 enzime necesare bacteriei pentru a utiliza lactoza

Operonul lac

Operonul triptofanului
Operonul conine 5 gene care codific enzime necesare biosintezei triptofanului, promotorul, operatorul i gena reglatoare n absena triptofanului, represorul sintetizat este inactiv, permitnd transcrierea genelor i deci sinteza triptofanului La concentraii mari de triptofan, acesta va funciona ca un corepresor, se leag la represor, i determin schimbarea conformaiei ceea ce va favoriza legarea sa la operator; ca urmare genele structurale nu mai pot fi transcrise, prevenind acumularea n exces a triptofanului

Operonul triptofan