Explorați Cărți electronice
Categorii
Explorați Cărți audio
Categorii
Explorați Reviste
Categorii
Explorați Documente
Categorii
SINTEZA PROTEINELOR
Abilitatea celulelor de a menţine un înalt nivel de ordine într-un univers haotic depinde de
informaţia genetică, informaţie care este exprimată, menţinută, replicată şi ocazional
ameliorată printr-o serie de procese specifice cum ar fi: sinteza ARN şi a proteinelor,
repararea ADN, replicarea ADN şi recombinarea genică.
În cadrul acestor procese, informaţia dintr-o secvenţă lineară de nucleotide este transpusă fie
într-un alt lanţ de nucleotide (ADN sau ARN) fie într-un lanţ de aminoacizi (peptid).
Proteinele constituie mai mult de 50% din masa uscată a unei celule iar sinteza lor este
esenţială pentru menţinerea statusului celular ca şi pentru creştere şi dezvoltare. Sinteza
proteinelor reprezintă cel mai complex proces biosintetic descris până la momentul de faţă;
aceasta deoarece, la eucariote, procesul de sinteză a proteinelor implică activitatea a 70
proteine ribozomale diferite, a peste 20 de enzime necesare activării aminoacizilor
precursori, a zeci de proteine auxiliare alături de factori de iniţiere, elongare şi
terminalizare, a aproximativ 100 enzime adiţionale pentru procesare finală a diferitelor
proteine, a peste 40 de tipuri de ARNt. Circa 300 de macromolecule sunt implicate în
cooperarea necesară sintezei proteinelor.
NECESAR DE „MATERIALE”
Sinteza proteinelor necesită, ca şi construcţia unei clădiri,
- “cărămizi” care în acest caz sunt reprezentate de aminoacizi
- “transportorii” – ARNt specifici
- “constructori” – ribozomii
- “un plan”, aici reprezentat de informaţia cuprinsă în ARNm, copiat pe baza codului
genetic cuprins în ADN
ARNt, transportorii aminoacizilor care vor constitui viitorul lanţ peptidic, acţionează
ca şi adaptori ce vor transla secvenţa nucleotidică în secvenţă proteică.
Molecula de ARNt este o moleculă mică, având circa 70-90 nucleotide. Are o structură
specifică, o extremitate posedând sistemul de conectare la secvenţa codonului de pe ARNm
(deci un anticodon) şi alta care cuprinde sistemul de conectare la un aminoacid specific.
O a doua funcţie a ARNt este aceea de a activa un aminoacid (AA) specific, cuplându-l la
capătul carboxi–terminal printr-o legătură de înaltă energie; astfel, capătul carboxi-terminal
“încărcat” din punct de vedere energetic va putea să se cupleze cu regiunea amino-terminală
a următorului aminoacid adus de un alt ARNt. Activarea este necesară, deoarece un AA
neactivat nu va putea fi adăugat unui lanţ polipeptidic în creştere.
Activarea AA necesită energia furnizată de hidroliza ATP.
2
Ribozomii
Structură. Ribozomii nu pot fi observaţi în microscopia fotonică.
Ultrastructură. În microscopia electronică au fost descrişi ca şi corpusculi elipsoidali cu
diametrul mare de 20-25 nm iar cel mic de 15-17 nm.
Din punct de vedere ultrastructural cuprind 2 subunităţi:
• Subunitatea mică la eucariote au un coeficient de sedimentare 40S (30S la
procariote)
• Subunitatea mare la eucariote au un coeficient de sedimentare 60S (50S la
procariote)
Subunitatea mică prezintă o proeminenţă numită cap, o platformă şi o bază sau corp
(platforma şi baza reprezintă 2/3 din unitate). Între cap şi bază se găseşte o strangulaţie.
Subunitatea mare prezintă 3 proeminenţe din care una centrală numită protuberanţă
centrală iar celelalte – tulpină şi creastă. Între protuberanţa centrală şi creastă există o
depresiune şi un canal prin care se scurge lanţul polipeptidic în reticulul endoplasmatic
rugos.
La începutul şi finalul sintezei unui peptid, subunităţile sunt separate.
3
Deoarece numai un anumit ARNt poate fi complementar unui anumit codon de pe ARNm,
acesta din urmă va determina aminoacidul specific ce va fi adăugat.
Având în vedere că ARN este compus din 4 tipuri de nucleotide, există 64 de posibilităţi de
a aranja câte 3 nucleotide într-un codon (4x4x4). Trei secvenţe din aceste 64 nu codifică
pentru aminoacizi, reprezentând codonii stop. Rămân deci, 61 de codoni care vor codifica
pentru 20 de aminoacizi. De aceea majoritatea AA sunt reprezentaţi de mai mult de 1 codon,
motiv pentru care codul genetic este denumit degenerat. Doi AA, Met şi Trp sunt
reprezentaţi de un singur codon şi în acelaşi timp sunt cei mai puţin abundenţi AA dintr-o
celulă.
5
Degenerarea codului genetic constă fie în faptul că există mai mulţi ARNt specifici pentru
acelaşi aminoacid fie în acela că un ARNt poate cupla mai mulţi codoni diferiţi. De fapt,
ambele situaţii sunt valabile. Pentru unii aminoacizi există mai mult de un ARNt, iar unele
molecule de ARNt sunt astfel construite încât necesită o omologie numai la nivelul primelor
2 nucleotide din codon, tolerând o nepotrivire la cel de-al treilea – ipoteza wobble –
şovăială.
De exemplu, alanina (Ala) este codată de tripletele GCU, GCC, GCA sau GCG. Primele 2
perechi de baze (GC şi AT) la nivelul cuplului codon-anticodon formează legături puternice
de hidrogen (numite legături Watson-Crick); în schimb, a treia bază azotată din codon (A, U
sau C) formează punţi de hidrogen slabe cu reziduul inosinat, localizat în prima poziţie a
anticodonului (vezi figura de mai sus).
Pe scurt
ETAPA I – ACTIVAREA PRESINTETICĂ A PRECURSORILOR
Pentru sinteza unui polipeptid cu o secvenţă definită sunt necesare 2 condiţii biochimice:
- grupul carboxil al fiecărui aminoacid trebuie să fie activat pentru a facilita formarea
legăturii peptidice
- trebuie stabilită o legătură între fiecare nou AA şi informaţia din ARNm-ul care îl
codează.
Ambele necesităţi sunt îndeplinite de ataşarea unui AA la un ARNt specific în prima etapă a
sintezei proteice. Ataşarea AA corect este esenţială. Această reacţie are loc în citoplasmă şi
nu în ribozom. Fiecare din cei 20 de aminoacizi este cuplat covalent la ARNt specific prin
energia furnizată de hidroliza ATP, în prezenţa unor enzime de activare dependente de Mg,
6
ETAPA II - INIŢIEREA
ARNm care transportă codul pentru polipetidul de sintetizat se cuplează la subunitatea
ribozomală mică şi la AA-ARNt. Apoi are loc cuplarea subunităţii mari pentru a forma
complexul de iniţiere. AA-ARNt de iniţiere şi codonul AUG de pe ARNm semnalizează
debutul sintezei polipeptidului. Acest proces necesită GTP şi este indus de o serie de factori
numiţi factori de iniţiere.
ETAPA III-a – ELONGAREA
Polipeptidul nascent este alungit prin legarea covalentă succesivă a unităţilor AA, fiecare
fiind transportat la ribozom în poziţia corectă de către ARNt specific. Elongarea necesită
proteine citoplasmatice numite factori de elongare. Ataşarea fiecărui AA-ARNt şi mişcarea
ribozomului de-a lungul ARNm este determinată de hidroliza GTP (1 GTP la fiecare
reziduu AA adăugat la polipeptid).
ETAPA IV-a – TERMINALIZAREA ŞI ELIBERAREA
Completarea lanţului polipeptidic este semnalizată de codonii stop din ARNm. Polipeptidul
este eliberat din ribozom cu ajutorul factorilor de eliberare.
ETAPA V – PLIERE ŞI PROCESARE POSTTRANSLAŢIONALĂ
Pentru determinarea formei active biologic, polipeptidul trebuie pliat pentru determinarea
conformaţiei tridimensionale. Înainte sau după pliere, polipeptidele suferă procesare
enzimatică care include înlăturarea unor aminoacizi (de obicei de la capătul amino-
terminal), adiţia grupărilor acetil, fosforil, metil, carboxil etc.), ataşarea unor grupări
carboxilice sau prostetice.
Recent, s-a determinat structura ARSs din E.Coli şi din multe eucariote, observându-se că
fiecare tip de enzimă are un anumit model (secvenţă de AA) caracteristic fiecărei clase.
Determinarea structurii tridimensionale a celor 2 tipuri de ARSs a arătat diferenţe în ceea ce
priveşte contactarea ARNt.
INIŢIEREA
Semnalul de iniţiere la nivelul ARNm este codonul AUG.
Primul eveniment al etapei de iniţiere este ataşarea unei molecule libere de Met la ARNtMet
(specific) sub acţiunea unei aminoacil-ARNt-sintetaze specifice. Există cel puţin 2 tipuri de
ARNtMet. Primul tip, desemnat sub sigla ARNtiMet, poate iniţia sinteza proteică în timp ce al
doilea poate incorpora Met dar nu participă la creşterea lanţului polipeptidic. Aceeaşi
enzimă, metionil-ARNt-sintetaza poate ataşa Met la ambele tipuri de ARNt dar numai
complexul metionil-ARNtiMet poate cupla subunitatea ribosomală mică în vederea iniţierii
sintezei proteice. (la bacterii, grupul amino al Met este formilat). Complexul Met-ARNtiMet
(asistat de un complex proteină-GTP) împreună cu subunitatea ribosomală mică se leagă la
ARNm, pe un situs specific, localizat adesea în imediata vecinătate a codonului de iniţiere
AUG.
La majoritatea bacteriilor, subunitatea ribosomală mică identifică situsul de iniţiere prin
interacţiunea dintre anumite secvenţe din ARNr16s şi ARNm. La nivelul ARNm există aşa
numita secvenţă Shine-Delgarno chiar lângă situsul de start al sintezei proteice, secvenţă
care este complementară cu o secvenţă la sau imediat lângă capătul 3’ al moleculei de
ARNr16s. Astfel:
Semnalele start pentru sinteza proteică nu se potrivesc exact cu secvenţa din ARNr dar în
general există o corespondenţă la 6 din 8 nucleotide. Astfel, ARNr bacterian joacă un rol
esenţial în selectarea unui situs de start al sintezei proteice la nivelul ARNm. Astfel,
ribosomii bacterieni pot iniţia sinteza proteică la nivelul acestor situsuri chiar dacă acestea
sunt situate in mijlocul unor molecule de ARNm foarte lungi.
La eucariote, mecanismul prin care subunitatea ribosomală mică recunoaşte situsul de
iniţiere nu este precizat. Primul semnal recunoscut este capătul 5’, prezent la toate
moleculele ARNm la eucariote. Totuşi, unele molecule de ARNm viral care sunt translate
prin mecanismul celulă gazdă în eucariotele infectate, nu posedă capăt 5’. În acest caz,
recunoaşterea are loc cu ajutorul unor factori proteici adiţionali. De obicei, după
recunoaşterea capului 5’, are loc o glisare a subunităţii mici de-a lungul moleculei de
ARNm în vederea localizării AUG. De obicei este utilizat primul codon AUG dar eficienţa
iniţierii este accentuată considerabil de prezenţa unor anumite nucleotide în preajma AUG.
Această secvenţă, esenţială pentru iniţiere, situată la capătul 5’ al ARNm se numeşte
secvenţă Kozak (Marilyn Kozak).
mRNA 5’-ACCAUGG-
Ca şi suport al acestei ipoteze, menţionăm că un ARNm circular artificial care nu are capete
nu va fi translat. De asemenea, ARNm fără capătul 5’ sunt slab translate iar mutaţii
survenite la nivelul secvenţei Kozak duc la o scădere a iniţierii sintezei proteice. Totuşi,
chiar dacă în cazul virusului poliomielitei, lipseşte capătul 5’, ribosomul găseşte situsul de
iniţiere la 600 de nucleotide de acest capăt. Se pare că, la eucariote, translaţia ARNm are loc
după recunoaşterea capului 5’ fie prin utilizarea primului AUG fie prin recunoaşterea unui
AUG proximal datorită secvenţei Kozak specifice.
10
• Transferul. Aici, lanţul peptidic de pe locul P (în acest caz, doar Met) este desprins de
ARNt de pe locul P şi cuplează AA de pe locul A printr-o legătură peptidică. Locul P va
fi ocupat de un ARNt deacilat iar locul A de un dipeptidil ARNt.
13
Prin acelaşi mecanism se adaugă, pas cu pas câte un nou aminoacid, conform codonilor
respectivi, la lanţul polipeptidic în creştere.
14
Terminalizarea.
Are loc în momentul când citirea ARNm întâlneşte pe acesta unul din cei 3 codoni stop,
UAA, UAG, UGA. Aceştia nu fixează nici un ARNt ci unul din cei 2 factori specifici, RF 1
sau RF2. Aceştia, induc hidroliza legăturii lanţului peptidic cu ultimul ARNt, cu regenerarea
COOH terminal. Sinteza a luat sfârşit.
17
POLIRIBOSOMII
Reprezintă complexe mari de 10-100 ribozomi care se formează mai ales în celulele cu
capacitate crescută de sinteză a proteinelor. Aceste complexe care pot transla simultan
regiuni dintr-o singură moleculă de ARNm reprezintă un poliribozom sau polizom. Astfel,
citirea ARNm este mult mai eficientă făcând posibilă sinteza simultană a unor copii multiple
din polipeptidul specificat.
Puromicina. Sintetizată de fungii Streptomyces alboniger este unul din cele mai bine
studiate antibiotice. Structura sa este asemănătoare cu capătul 3’ al unui AA-ARNt, ceea ce
îi permite cuplarea pe locul A şi participarea la formarea legăturii peptidice cu formarea
unui peptidil-puromicin. Deoarece puromicina seamănă numai cu terminaţia 3’ a ARNt, ea
nu se angajează în translocare şi se disociază de ribozom scurt timp după cuplarea cu
capătul caroxi-terminal al peptidului. Acest eveniment opreşte sinteza proteică.
Tetraciclinele inhibă sinteza prin blocarea locului A, prevenind cuplarea AA-ARNt
Cloramfenicolul inhibă sinteza proteică prin blocarea peptidil transferazei, cea care
mediază formarea legăturii peptidice. Nu afectează sinteza citoplasmică la eucariote.
Cicloheximida blochează peptidil-transferaza la ribozomii eucariotici dar nu şi la cei
bacterieni.
Streptomicina, un trizaharid, determină erori de citire a codului la concentraţii scăzute; la
concentraţii crescute inhibă iniţierea.
Unii inhibitori sunt toxici pentru organismul uman şi pentru eucariote în general.
Toxina difterică catalizează ADP-ribozilarea unei diftamide (histidină modificată) de la
nivelul factorului de elongare eEF2 pe care îl inactivează.
Ricinul, o proteină extrem de toxică, inactivează subunitatea S60 a ribozomilor eucariotici
prin depurinarea unei adenozine specifice din ARNr de 23S.
18
RER
RER este format din saci (cisterne) şi tuburi care au un lumen comun, având la suprafaţă
ataşaţi ribosomi.
REN
Este reprezentat de o reţea de canalicule (canale mai mici) care comunică cu sacii care
formează RER. Nu prezintă ribozomi la suprafaţă. Se poate găsi în toate tipurile celulare,
dar este mai bine dezvoltat în:
- celule care sintetizează hormoni steroizi: suprarenală, celule interstiţiale din testicul
şi ovar;
- celule care sintetizează mari cantităţi de glicogen: hepatocite, miocite;
- celule care sintetizează pigmenţi: melanocite.
Structura chimică a RE
- 60% proteine
- 40% lipide – fosfolipide şi colesterol
Enzimele cele mai frecvent întâlnite la RE sunt: NADH citocromul b5, ATPaza, şi enzima
marker – glucozo-6-fosfatază.
Originea RE nu este clară: este posibil să provină prin înmugurirea membranei nucleare
externe.
19
Funcţiile RE
Putem descrie trei tipuri de funcţii:
Sinteza polipeptidelor începe în citoplasmă. În momentul în care polipeptidul are circa 30 de aminoacizi, sinteza
poate urma două căi:
Funcţiile CG