Sinteza proteinelor

Este activitatea fundamentala a fiecarei celule din organism Ea reprezinta expresia informatiei genetice din ADN si este un fenomen care se desfasoara intr-un singur sens: ADNARNproteine Datorita universalitatii sale, acest proces este cunoscut sub denumirea de dogma centrala a biologiei moleculare

Dogma centrala a biologiei moleculare

Descrie procesul format din doua etape, transcriptia si translatia prin care se produce fluxul informatiei genetice din ADN genic pana la proteina nousintetizata.

Fluxul informatiei genetice - Etape

I. Transferul informatiei genetice din ADN-ul cromozomial in citoplasma celulei. Acest transfer este realizat prin sinteza moleculelor de ARN mesager care, conform principiului complementaritatii bazelor azotate, respecta riguros structura primara a ADN-ului; II. Formarea nisei polizom unde se asambleaza specific aminoacizii in lanturile polipeptidice(pe baza ARNm,ARNt si ARNr)care duc la edificarea unei proteine ale carei structura si functie sunt specifice fiecarui individ si fiecarei specii; III. Materializarea informatiei genetice sub forma de molecule proteice, enzimatice, imunologice; IV. Finalizarea caracterelor anatomo-structurale. Realizate ontogenetic, controlate genetic si influentate de factorii de mediu, caracterele morfologice sunt particulare fiecarui individ si fiecarei specii.

Teoria semantica a fluxului informatiei genetice

Biopolimerii celulari pot fi clasificati dupa gradul semnificatiei genetice si participarea la edificarea caracterului(Zuckernandl si Pauling).

Semantida primara - ADN-ul cromozomial are drept caracteristica dispunerea liniara a informatiei genetice detine informatia primara a genelor; Semantida secundara ARN-ul celular are rolul de mesager intre nucleu si citoplasma - copiaza informatia genetica din ADN, folosita apoi in citoplasma pentru ordonarea aminoacizilor din structura polipeptidului; Proteinele, formate din lanturi polipeptidice sunt considerate semantide tertiare; Molecule episemantice - Glucidele si lipidele se sintetizeaza sub controlul unor enzime specifice; ele ca produs final nu exprima in totalitate informatia obtinuta din primele trei tipuri de semantide.

CODUL GENETIC
Intelegerea fluxului de informatie genetica cere cunoasterea modului particular in care sunt codificate mesajele in structura ADN-ului cromozomial; Informatia genetica este inregistrata in moleculele acizilor nucleici sub forma unui cod genetic. Codul genetic este determinat de ordinea bazelor azotate in structura primara a ADN-ului. Orice informatie genetica este reprezentata conventional prin semne simboluri (A, G, C, T/U); Totalitatea semnelor conventionale care servesc la obtinerea unui mesaj genetic reprezinta alfabetul genetic;

CODUL GENETIC GENERALITATI 4 simboluri(A, G, C, T/U) = 20 aminoacizi?

Watson Crick a introdus in 1961 notiunea de codon unitatea de functie a codului genetic, format dintr-o succesiune de baze azotate, necesare pentru codificarea unui aminoacid din structura proteinelor; Initial s-a crezut ca unitatea de functie este reprezentata de un singur nucleotid, adica codonul univoc. Daca codonul ar specifica strict un aminoacid, numarul codonilor obtinuti ar fi de 4 x 1 = 4, deci ar fi specificati numai 4 aminoacizi, iar restul de 16 ar ramane nespecificati; Acelasi rationament poate fi aplicat si in cazul codonului biunivoc 4 x 4 = 16 codoni, respectiv 16 aminoacizi, admitand faptul ca ordinea bazelor modifica tipul de aminoacid; Nierenberg si Matthaei(1961) au demonstrat ca, dimensional, codonul este triunivoc, iar fiecare aminoacid este codificat de o tripleta, succesiunea a trei nucleotide adiacente; Prin aceasta asociere numarul combinatiilor posibile este de 4 x 4 x 4 = 64, care acopera si depaseste numarul aminoacizilor din structura proteinelor.

CODUL GENETIC Structura codului genetic

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC

Unitatea de functie a codului genetic este codonul. El este format din secventa liniara a trei nucleotide; Codul genetic este degenerat. Numarul combinatiilor posibile este 4 = 64 codoni. Fata de numarul aminoacizilor avem un surplus de 44 de codoni. Dintre aceste triplete, multe participa la codificarea aceluiasi aminoacid. De exemplu, leucina este codificata de 6 codoni diferiti: UUA, UUG, CUU, CUC, CUA si CUG, iar arginina de 6 codoni: CGU, CGC, CGA, CGG, AGA si AGG. Exista codoni sinonimi iar codul genetic este degenerat, adica un aminoacid este specificat de mai multi codoni. Acest aspect se numeste redundanta informationala;

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC

Codul genetic inscris in molecula ADN-ului este recunoscut in structura ARN-ului mesager prin complementaritatea bazelor: C G, G C, T A, A U. Codul genetic nu este ambiguu. Un codon dat recunoaste un singur tip de aminoacid. Codificarea este inepuizabila. De exemplu, secventa de 10 dezoxiribonucleotide realizeaza 1 milion de combinatii sau fraze diferite, iar dintr-o secventa de 15 dezoxiribonucleotide pot rezulta cateva sute de milioane de combinatii diferite. Mesajele au punctuatie. Semnele de punctuatie sunt reprezentate de un codon start sau initiator AUG, care specifica metionina si 3 codoni denumiti non-sens(UAA, UAG, UGA) care semnifica oprirea sintezei proteice.

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC Mesajele au punctuatie. Semnele de punctuatie sunt reprezentate de un codon start sau initiator AUG, care specifica metionina sau la bacterii formil-metionina si 3 codoni denumiti non-sens(UAA, UAG, UGA) care semnifica oprirea sintezei proteice. Codoni start alternativi pot fi GUG sau UUG; acestia in mod obisnuit reprezinta valina si leucina dar in prezenta unor factori initiatori ai translatiei sunt tradusi drept metionina si formilmetionina

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC

Mesajele au punctuatie. Semnele de punctuatie sunt reprezentate de un codon start sau initiator AUG, care specifica metionina si 3 codoni denumiti non-sens(UAA, UAG, UGA) care semnifica oprirea sintezei proteice. Intre codoni nu exista semne de separare sau virgule. Citirea mesajului se face in flux continuu pana la codonul terminator. Intre codoni nu raman dezoxi-ribonucleotide izolate, neintegrate in componenta unui triplet functional. Codul genetic nu accepta suprapunere. Fiecare codon poseda bazele proprii, care nu participa in acelasi timp la structurarea altui codon.

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC

Codul genetic este universal. Aceeiasi codoni codifica aceiasi aminoacizi la marea majoritate a genelor la animale, plante si micoorganisme, iar semnalele START si STOP sunt universale si ele. Exceptii de la universalitate ale codului genetic Acestea se refera mai ales la desemnarea unuia sau doi codoni terminatori drept codoni codificatori la nivelul: Genelor mitocondriale Aminoacizilor nestandardizati

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC

Gene mitocondriale Daca se plaseaza intr-un tub ARNm mitocondrial de la animale sau microorganisme impreuna cu celelalte componente ale complexului citozolic de sinteza proteica(aminoacizi, enzime, ARNt, ribozomi) acesta nu va fi translat in proteine, deoarece codonul UGA codifica triptofan si nu oprirea sintezei lantului polipeptidic. Sinteza se opreste unde trp ar fi trebuit sa fie inserat, cand se realizeaza translatia Majoritatea mitocondriilor animale folosesc AUA pentru codificarea metioninei si nu a izoleucinei; Toate vertebratele au mitocondrii ce folosesc codonii AGA si AGG drept terminatori ai lantului polipeptidic; Mitocondriile de drojdie folosesc toti codonii care incep cu CU pentru desemnarea treoninei in locul leucinei.

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC Aminoacizi nestandardizati Marea majoritate a proteinelor este asamblata din cei 20 de aminoacizi, chiar daca unii pot fi alterati prin fosforilare uneori; Cu toate acestea, au fost identificate doua cazuri in care un aminoacid care nu face parte dintre cei douazeci este inserat printr-un ARNt in lantul polipeptidic: Selenocisteina(aa 21) Acest aminoacid este codificat prin UGA. UGA este utilizat si ca terminator al lantului, dar complexul ribozomal este capabil sa discearna cand trebuie folosit ca selenocisteina, respectiv secventa terminator. Aceasta utilizare diferita a codonului a fost semnalata la Archea, eubacteria. La om s-au evidentiat 25 de proteine diferite continand seleniu. Pirolisina(aa 22) La cateva specii de Archea si de bacterii acest aminoacid este codificat prin UAG, dar poate opri si sinteza lantului proteic.

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC

Amplificarea codului genetic Din 2001 au fost creati 40 de aminoacizi de sinteza H. Murakami si M. Sisido au emis teoria codonului format din 4 si 5 baze Steven A. Benner a construit al 65-lea codon functional(in vivo). Codul genetic se modifica prin mutatie. Principalele tipuri de mutatii, limitate la un singur cistron constau din: insertia repetitiva, substitutia sau deletia unei baze din structura ADN-ului

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC

Repetitii trinucleotidice Boala Huntington: insertii CAG care adauga serii de glutamina Ataxia Friedreich: repetitii GAA in primul intron Atrofia dentatorubral-pallidoluysiana (DRPLA), produsa prin amplificarea unor secvente CAG ce produce poliglutamina in proteina atrofina-1 Boala Kennedy, produsa prin amplificarea trinucleotidica a secventei CAG in primul exon al genei receptorului androgenic Sindromul X Fragil: insertii CGG pe cromozomul X; practic acestea nu sunt legate de arginina deoarece mutatia este localizata in regiunea 5 netranslata; CTG in distrofia miotrofica ; Ataxia spinocerebelara, cu repetitii CAG

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC Mutatii missense Anemia Sickle-cell: GAG se transforma in GTG in gena beta a hemoglobinei; APC: varianta missense GAC la GTC Cancer prostatic: mutatie missense GCC la ACC in gena steroid 5 alfa-reductaza Mutatii nonsens: -thalassemia (-globin gene) Boala McArdles glicogenoza prin mutatie nonsens in gena miofosforilazei Deletia: Fibroza chistica deletia UUU

SINTEZA DE PROTEINE SI POLIPEPTIDE

poate fi impartita in 2 etape Transcriptia informatiei genetice de la ADN catre moleculele de ARNm; Translatia/ Traductia informatiei genetice intr-un lant polipeptidic.

TRANSCRIPTIA INFORMATIEI GENETICE

Prin asamblarea ribonucleotidelor in structura ARN-m, respectandu-se principiul complementaritatii bazelor se reproduce fidel, in negativ, informatia genetica din segmentul cistronului de ADN. Transcriptia ARN-m are loc in 3 etape:

Initierea; Elongatia; Terminarea.

Diferente ntre replicare si transcriere

ranscrierea, spre deosebire de replicare,care T angajeaza simultan ntregul cromozom, vizeaza numai anumite portiuni de ADN; Transcrierea are loc ori de cite ori este necesara o anumita proteina, deci nu este un eveniment unic, spre deosebire de replicare, care este un eveniment unic n viata celulei.

Cum poate ADN-ul sa codifice informatia cu privire la sinteza proteinelor?

Ideea ca ARN-ul actioneaza ca intermediar a fost sugerata de urmatoarele constatari experimentale realizate la eucariote: 1.ADN-ul este n principal asociat cu cromozomii si se gaseste n nucleu, n timp ce ribozomii au sediul sintezei proteinelor n citoplasma; 2.ARN este sintetizat n nucleu; 3.ARN migreaza n citoplasma, unde sunt sintetizate proteinele; 4.Cantitatea de ARN este n general direct proportionala cu cantitatea de proteine din celula.

ARN polimeraza
Sinteza ARN implica existenta unei enzime Enzima capabila sa sintetizeze ARN se numeste ARNpolimeraza(ARNpol), mai exact ARNpolimeraza-AND-dependenta; ARN-P pentru a functiona necesita: 1.ADN dublu catenar 2.Cele 4 ribonucleozide5-trifosforilate NTP(ATP, GTP, CTP, UTP) 3.Mg2+.

Comparatie ARN-pol si ADN-pol

Asemanari ntre ARN-polimeraza si ADN-polimeraza Sensul sintezei este ntotdeauna 5-3. Necesita o matrita, 4 nucleotide si Mg2+. Diferente ntre ADN-polimeraza si ARN-polimeraza Spre deosebire de ADN-pol, ARNpol: -nu necesita primer pentru a initia sinteza -are o fidelitate mai mica (1 eroare la10.000 baze): face mai multe erori decat ADN-pol (dar eroarea persista doar o generatie de proteine, nu toata viata celulei, ca n cazul ADN-pol)

Tipuri de ARN-polimeraze
Procariote Toate cele 3 tipuri de ARN sunt transcrise de aceeasi ARN-polimeraza Eucariote Fiecare tip de ARN este transcris de catre un tip diferit de ARN-polimeraza ARN-pol I(localizata n nucleol): ARNr 45 S ARN-poI II(localizata n nucleoplasma): ARNm, ARNsn ARN-pol III(localizata n nucleoplasma): ARNt si ARN 5S, ARNsn.

FAZA DE INITIERE A TRANSCRIPTIEI Incepe cu o secventa particulara de ADN denumita situs promotor, unde se ataseaza enzima ARN-polimerazaADN-dependenta, care initiaza transcriptia; ARN-polimeraza sintetizeaza acid nucleic in directia 5 la 3, iar citirea matritei de ADN se face in directia 3 la 5; La acest nivel se gaseste si o subunitate proteica denumita factor sigma, care are rolul de a mentine conformatia de dublu helix necesara recunoasterii situsului promotor; In momentul in care complexul ARN-polimeraza/factor sigma recunoaste corect promotorul, factorul sigma se disociaza de ARN polimeraza si enzima incepe sa despiralizeze helixul de ADN, formand o regiune de dezoxiribonucleotide neimperecheate, care serveste drept matrita pentru sinteza ARN-ului.

Initiation

Faza de initiere a transcriptiei

ARN polimeraza de la E. coli este formata din 6 subunitati polipeptidice: 2 subunitati alfa; 1 beta; 1 beta prim; 1 omega Subunitatea sigma-asigura legarea specifica a ARN-pol la anumite secvente de ADN numite promotor fata de care creste afinitatea ARNpol si scade afinitatea enzimei pentru catena non-matrita; Primele 5 subunitati sunt strans unite in miezul enzimei Enzima miez se poate lega nespecific la AND; Holoenzima ARN polimeraza recunoaste secventa initiala a unei gene, regiunea de start, care este cunoscuta sub denumirea de regiunea promotor; Informatia continuta de promotor face enzima ARN polimeraza capabila sa recunoasca precis punctul initial de la care incepe transcriptia;

ARN polimeraza - Rol subunitati

-leaga ADN(secvente reglatorii), proteine, ARN-pol; -catalitic(leaga NTP si formeaza legaturile fosfatdiesterice; - leaga ADN; recunoaste promotorul; asambleaza ARN-pol. Beta si beta prim formeaza impreuna centrul activ al enzimei.

Structura promotorului
Este alcatuit din regiunea de recunoastere situata in pozitia 35 pb fata de situsul initial de transcriptie(tss). Are structura TTGACA si la nivelul ei se ataseaza ARN polimeraza. Aceasta structura se refera la catena superioara care nu va fi transcrisa. Polimeraza paraseste secventa -35 si se deplaseaza in aval spre o alta regiune conservata. Aceasta este a doua secventa de consens(TATAAT) si este situata in pozitia -10 fata de tss. Este denumita PRIBNOW BOX(PB)

 Distanta dintre PB si secventa -35 este de aproximativ 16-18b; PB este regiunea unde polimeraza se ataseaza ferm de ADN si se considera ca este pozitia in care helixul de ADN se deschide pentru a permite imperecherea de recunoastere intre matrita de ADN si ARNm; Atasarea ARN-polimerazei este conditionata de o serie de factori de transcriptie; Regiunea deschisa se intinde de la PB pana la cateva pozitii inaintea punctului +1(tss); Numai una dintre cele doua catene de ADN este folosita drept matrita, catena numita antisens(35); Se obisnuieste sa se descrie secventa genica de pe catena sens; Transcriptul de ARN(53) va fi complementar ca directie si structura( cu exceptia U care inlocuieste T) cu catena sens; Primul nucleotid al transcriptului de ARN este de obicei o purina(A sau G) situata la capatul 5; Aceasta inseamna ca pe catena antisens a secventei de ADN care va fi transcrisa se va gasi la capatul 3 o pirimidina(T sauC).

Faza de initiere a transcriptiei

Faza de initiere a transcriptiei

Initierea transcriptiei se incheie odata cu formarea primei legaturi fosfat diesterice intre NTP+1 si NTP+2

Complexul de elongare-elementul cheie al elongarii lantului polinucleotidic

C omplexul de elongare cuprinde: -ARNpol (enzima miez, fara subunitatea ) -ADN matrita, -ARN n crestere -topoizomeraza

Faza de elongatie
In timp ce polimeraza se deplaseaza de-a lungul catenei antisens, pe lantul de ARN sunt adaugate resturi de ribonucleozid monofosfati(AMP, CMP, GMP, sau UMP) la capatul 3; Aceste nucleotide rezulta din clivarea precursorilor ribonucleozid trifosfati(ATP, CTP, GTP si UTP) de o molecula de pirofosfat(PPi); Aceasta inseamna ca la capatul 5 al transcriptului ARN se va gasi un nucleotid initiator diferit, cu un grup trifosfat la 5; Produsul transcriptiei este totdeauna un ARN(ARNt, ARNm, ARNsn); Pe masura ce lantul de ARN se elongheaza, enzima despiralizeaza ADN-ul, ataseaza ribonucleozidmonofosfati si elibereaza difosfatul;

Faza de elongatie

Faza de elongatie
Subunitatea sigma se detaseaza de pe restul enzimei dupa ce s-au format 6-10 legaturi fosfodiesterice de NTP si se poate atasa la un alt complex polimerazic; Regiunea deschisa a ADN-ului se extinde pe o portiune de aprox. 15pb, deoarece dublul helix de ADN se reface in spatele enzimei sub actiunea topoizomerazei; Fiecare transcript in crestere va avea un capat 3 liber la care se poate atasa capatul 5 al unui nou nucleotid

Faza de elongatie

Etapa de terminare a transcriptiei

Se realizeaza prin doua mecanisme: Ro dependent Ro independent Mecanismul ro dependent Ro este o helicaza ATP-dependenta care are rolul de a desface duplexul ADN-ARN; ARN-pol intalneste o zona bogata in GC si incetineste transcrierea; Proteina ro ajunge ARN-pol si disociaza ARN de ADN.

Etapa de terminare a transcriptiei

Mecanismul ro independent: Situsurile ter sunt bogate in secvente palindromice GC cu structura simetrica in oglinda urmate de regiuni bogate in secvente AT(aprox. 6-8 resturi A) pe catena codificatoare); Secventa inversata, prin transcriere, genereaza un ARN in ac de par(prin formarea unei regiuni dicatenare), care se termina cu numeroase secvente uridilice(complementare cozii poli-A); ARN-pol se opreste cand ajunge la un situs ter; Pauza permite ARN sa formeze un ac de par; Acul de par cu coada poli-U distruge legaturile spatiale intre ARN si ARN-pol; Complexul de elongare este astfel disociat si elongarea se termina

TERMINATOR SEQUENCE

Transcriptia la eucariote
Diferita fata de procariote Eucariotele au 3 ARN-polimeraze diferite, in vreme ce procariotele au decat una Eucariotele nu sintetizeaza ARNm policistronic; ARNm eucariot este prelucrat inainte de a fi utilizat pentru sinteza proteinelor.

Transcriptia la eucariote
ARN polimeraza I (nucleol) ARNr 20S si ARNr 50S;); ARN polimeraza II sintetizeaza ARNm codificat in toate genele structurale si ARNsn; ARN polimeraza III - ARNt, ARNsn si ARNr 5S

Transcriptia la eucariote
Cele trei polimeraze nu sunt capabile sa recunoasca si sa se lege de secvente specifice din promotori; Ele au nevoie de factorii de transcriptie, de care depind in totalitate; FT sunt proteine care recunosc specific secventele promotorilor si initiaza transcriptia; Majoritatea promotorilor care interactioneaza cu ARN polimeraza II contin o secventa conservata numita caseta HOGNESS( TATA box).

Transcriptia la eucariote-structura promotorului

Este localizat in pozitia -25pb in amonte fata de tss(+1) si are secventa de consens 5-TATAAA3; Este inconjurat de secvente GC; Factorii de transcriptie care se leaga in vecinatatea casetei TATA se atasaza pe rand; Primul care se atasaza este TF IID, cunoscut sub denumirea de proteina TATA deoarece recunoaste secventa TATA; Dupa atasarea TF IID este permisa atasarea TF A, TF B, ARNpolimeraza si TF IIE

Transcriptia la eucariote
Secventa TATA determina situsul exact pentru initierea transcriptiei, dar nu este singurul; Alte doua secvente sunt caseta CAAT si caseta GC. Acestea au rol in modificarea expresiei genice prin controlul transcriptiei; I.CAAT box are secventa de consens GGCCAATCT si este localizata in pozitia -80 in amonte fata de +1. Mutatiile in CAAT reduc nivelul transcriptiei de la promotor in aval; Mutatiile in TATA box reduc partial activitatea transcriptionala, dar altereaza major situsul initial de transcriptie.

Transcriptia la eucariote
II.GC box cuprinde 2 casete, fiecare cu secventa de consens GGGCGG; Una dintre casete este situata in amonte si cealalta in aval fata de caseta CAAT; TATA box si CG box interactioneaza cu cativa factori de transcriptie bine definiti; CAAT box este recunoscuta de diferite molecule proteice, unele dintre ele facilitand transcriptia; Secventele enhancer sunt situsuri de legare pentru o mare varietate de FT. Ele au rolul de a stimula rata transcriptiei.

Transcriptia la eucariote

TRANSCRIPTIA INFORMATIEI GENETICE PROCESAREA/MATURATIA ARN MESAGER Precoce in transcriptie este adaugat un nucleotid neobisnuit 7-metilguanilat la capatul 5 al ARN-pm, numit cap; Acesta are rolul de atasare a ribozomilor pentru translatie; In momentul in care transcriptia este aproape completa, la capatul 3 este atasata o serie de 100-250 nucleotide cu adenina, numita coada poli-A;

TRANSCRIPTIA INFORMATIEI GENETICE PROCESAREA/MATURATIA ARN MESAGER

Rolul sau este de a transporta ARN-m in afara nucleului si de a-l stabiliza impotriva degradarii in citoplasma; Dupa transcriptia ARN-pm, regiunile non-codante sunt excizate iar regiunile codante sunt unite prin complexe de ribonucleoproteine numite spliceozomi pentru a forma ARN-m matur, care trece apoi in citoplasma pentru a fi translat in proteine.

TRANSCRIPTIA INFORMATIEI GENETICE SEMNIFICATIE

ARN-m, desi se gaseste in proportie de 1-2% din totalul ARN-ului celular, transcrie aproximativ 98% din totalul informatiei genetice existente in ADN-ul cromozomial. O molecula de ARN-m transcrie informatia care asigura sinteza unui polipeptid celular.Teoretic exista atatea tipuri de ARN-m cati cistroni functionali sunt in genotip; ARN-t si ARN-r, desi reprezinta 15% si 80% din totalul ARN-ului celular, utilizeaza ca matrice numai 2% din totalul informatiei genetice existenta in AND-ul cromozomial. Aceste tipuri de ARN, in cantitati mari si putin diversificate au rol in translatia mesajului genetic, adoua etapa in sinteza proteinelor celulare.

TRANSLATIA/TRADUCTIA INFORMATIEI GENETICE

Elementele implicate in realizarea translatiei sunt: ARN-r ARN-t Aminoacizi Enzime Donatorii de energie

Elementele implicate in realizarea translatiei: ARN-t, aminoacizi In timpul translatiei ARN-t specifici fixeaza aminoacizii specifici, ii transfera pe ribozomi si ii insera intr-o pozitie specifica , in functie de mesajul din ARN-m;

Cuplarea si transportul specific se fac in prezenta ATP-ului si a aminoacil-ARN-t-sintetaza specifica;

Activarea aminoacidului si transportul sau specific se desfasoara in doua etape:

Elementele implicate in realizarea translatiei: Etapele activarii aminoacidului

- prima etapa corespunde activarii aminoacidului: R-CH-COOH + Enzima + ATP = R-CH-CO-O-AMP-E + PP NH2 NH2 aminoacid aminoacid activat - in etapa a doua are loc cuplarea aminoacidului activat cu ARN-t: R-CH-CO-O-AMP-E + ARN-t = R-CH-CO-O-ARN-t + AMP + E NH2 aminoacil-ARN-t

Aminoacid activation

Elementele implicate in realizarea translatiei: ARN-t

Acest proces este efectuat de catre portiunea anticodon a moleculelor de ARN-t complementare cu secventa de codoni de pe ARN-m; ARN-t este o molecula tridimensionala cu forma de frunza de trifoi inversata, cu lungime de aprox. 70 nucleotide;

Elementele implicate in realizarea translatiei: ARN-t

La capatul 3 se poate atasa un aminoacid specific; La capatul opus se gaseste bucla anticodon, care contine o serie de trei baze complementare cu codonul de pe ARN-m, numit capatul de citire; Una dintre buclele laterale fixeaza enzima de activare, iar cealalta se ataseaza la subunitatea ribozomala de 50S.

Elementele implicate in realizarea translatiei: ARN-r, ribozomi

Ribozomii, descrisi de E. Pallade in 1953, au un diametru de 150-200 , fiind formati din doua subunitati inegale, cuplate intre ele prin legaturi stabilizate de ionii de Mg+;

Elementele implicate in realizarea translatiei: ARN-r, ribozomi

La bacterii sunt formati din doua subunitati, diferite prin constanta de sedimentare: marea subunitate are 50S(ARNr 23S, 5S, 34 proteine) iar mica subunitate are constanta 30S(ARNr 16S, 21 tipuri de proteine); La om, subunitatile sunt 60S(ARNr 5S, 5,8S, 28S, 46 tipuri de proteine) si 40S(ARNr 18S, 33 tipuri de proteine).

Fiecare subunitate este constituita din complexe de proteine(40%) si ARN-r(60%);

O molecula de ARN-m poate fi explorata de mai multi ribozomi, formand poliribozomul sau polizomul; Fixarea ARN-m de ribozomi se face la la subunitatea de 30S.

Polyribosome

TRANSLATIA/TRADUCTIA INFORMATIEI GENETICE FAZA DE INITIERE

Pentru a initia translatia o unitate ribozomala de 30 S se leaga la o secventa scurta de ARNm numita situsul de legatura ribozomal; Secventa incepe intotdeauna cu semnalul AUG, denumit codon initiator; Anticodonul complementar de pe ARN-t va fi UAC si transporta specific numai metionina; Aceasta cuplare se realizeaza in prezenta a doi factori de initiere de natura proteica(Fc si Fb);

TRANSLATIA/TRADUCTIA INFORMATIEI GENETICE FAZA DE INITIERE

Subunitatea ribozomala de 50S se ataseaza apoi la complexul de initiere, iar factorii de initiere se desprind si se formeaza ribozomul de 70S; Se formeaza astfel capul de citire, favorizat de un alt factor de initiere Fa, in prezenta unei molecule de GTP; Subunitatea mare are doua situsuri alaturate: situsul aminoacil-A si situsul peptidil-P; Situsul P este primul ocupat de ARN-t adaptor.

TRANSLATIA/TRADUCTIA INFORMATIEI GENETICE FAZA DE ELONGATIE

Soseste al doilea ARN-t adaptor, care transporta un aminoacid care care se fixeaza de ribozom in situsul A; In prezenta peptidiltransferazei din ribozom se stabileste o legatura peptidica intre cei doi aminoacizi; Dupa legarea aminoacizilor, ARN-t initiator paraseste situsul P ribozomal prin situsul de iesire E; Ribozomul avanseaza trei baze pe secventa ARN-m;

TRANSLATIA/TRADUCTIA INFORMATIEI GENETICE FAZA DE ELONGATIE

Prin avansare , al doilea ARN-t trece pe situsul P; Situsul A este eliberat prin avansare, cuprinzand codonul urmator din secventa ARN-m;

Soseste al treilea ARN-t adaptor, care ocupa situsul A;

Se formeaza o noua legatura peptidica intre aminoacizii 2 si 3, dupa care ARN-t paraseste ribozomul; Lantul polipeptidic in crestere strabate un tunel in interiorul subunitatii 50S;

TRANSLATIA/TRADUCTIA INFORMATIEI GENETICE FAZA DE TERMINARE

Acest proces continua de nenumarate ori in directia 3-5 pana cand ribozomul atinge un codon stop(UAA, UAG, UGA); Factorii eliberatori elibereaza lantul polipeptidic de pe ARN-t, iar cele doua subunitati ribozomale vor fi reciclate; In timpul fazei de elongatie proteina ia o forma functionala tridimensionala;

TRANSLATIA/TRADUCTIA INFORMATIEI GENETICE

Acest mecanism asigura adaugarea ordonata si repetata a aminoacizilor pana la formarea lantului polipeptidic; Legarea aminoacizilor nu se face la intamplare, ci conform ordonarii codonilor din structura ARN-m, care asigura astfel specificitatea structurala si functionala a polipeptidului; Sinteza unui polipeptid in celula se desfasoara foarte rapid; de exemplu, pentru constituirea lantului polipeptidic al hemoglobinei cu 150 de aminoacizi este necesar un timp de aprox. 9 minute.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE

Genele implicate in sinteza proteinelor sunt numite gene structurale; Intr-o celula nu toate genele functioneaza in acelasi timp; Activitatea acestora este reglata in functie de necesitatile celulei, care nu sintetizeaza si nici nu metabolizeaza mai mult material decat este nevoie; Mecanismele de reglare au fost descrise pentru procariote si eucariote; Enzimele care intervin in reglarea sintezei proteice pot fi controlate prin 2 mecanisme: 1. Controlul genetic al sintezei enzimei; 2. Controlul activitatii enzimatice(inhibitie de feedback)

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE A). CONTROL GENETIC

Controlul genetic al sintezei enzimatice se refera la controlul transcriptiei ARN-m necesar pentru sinteza unei enzime; Acest control se realizeaza prin intermediul proteinelor reglatoare care se pot atasa la ADN si pot bloca sau amplifica functia ARN-polimerazei; Proteinele reglatoare pot functiona ca: -Represori(control genetic negativ) - Corepresori(operonul trp); - Inductori(operonul lac); -Activatori(control genetic pozitiv).

Genele din operon sunt gene structurale-acestea codific sinteza diferitelor catena polipeptidice din care se formeaz proteinele.

.n afara genelor structurale in operon exist i situsuri cu diferite roluri:

Situsul operator este situat naintea situsului atenuator, la nivelul cruia acioneaz proteina represor pentru a bloca procesul de transcripie. Situsul promotor este situat naintea operatorului, unde se ataeaz enzima ARN polimeraza pentru a iniia procesul de transcripie. Unele grupari de gene mai conin si un situs atenuator localizat in faa primei gene structurale i avnd rolul de a interveni in procesul de transcripie fie prin accelerarea acestuia, fie prin

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE 1). CONTROL GENETIC NEGATIV

Represorii sunt proteine reglatoare care blocheaza transcriptia ARN-m; Represorii se leaga la o portiune de ADN numita operator care se gaseste in aval de promotor; Legarea proteinei reglatoare la operator blocheaza trecerea ARNpolimerazei de operator si transcrierea secventei de gene structurale ale enzimei control genetic negativ; Represorii sunt proteine alosterice care au un situs de legare pentru o molecula specifica numita: - corepresor- care modifica forma proteinei represor astfel incat ea sa se poata cupla cu operatorul si sa blocheze transcriptia; - inductor- altereaza forma proteinei reglatoare, blocheza cuplarea cu operatorul si permite transcriptia.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE PRIN COREPRESOR

Corepresor - modifica forma proteinei represor astfel incat ea sa se poata cupla cu operatorul si sa blocheze transcriptia Este produsul final al sintezei proteice

E. Coli - 4403 genes

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE PRIN COREPRESOR Operonul represibil in absenta corepresorului (operon Trp)

Pasul 1: Gena reglatoare codifica o proteina represoare inactiva; Pasul 2: Proteina represor inactivata nu se poate lega de regiunea operator a operonului;

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE PRIN COREPRESOR Un operon represibil in absenta corepresorului (operon Trp)
Pasul 3: deoarece proteina represor inactiva nu este capabila sa se ataseze de regiunea operator, ARN polimeraza (enzima responsabila pentru transcrierea genei) este capabila acum sa se lege de regiunea promotor a operonului; Pasul 4: ARN polimeraza este capabila acum sa transcrie cele 5 gene ce codifica enzima in ARNm; Pasul 5: prin transcrierea acestor gene sunt sintetizate cele 5 enzime necesare bacteriei pentru sinteza aminoacidului triptofan.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE PRIN COREPRESOR Un operon represibil in prezenta unui corepresor(operon Trp)
Pasul 1: Gena reglatoare codifica o proteina represor inactiva; Pasul 2: Daca corepresorul triptofan este prezent, el se leaga de proteina represor inactiva; Pasul 3: Legarea corepresorului produce activarea proteinei represor inactive; Pasul 4: Proteina represor activata se leaga apoi la regiunea operator a operonului;

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE PRIN COREPRESOR Un operon represibil in prezenta unui corepresor (operonul Trp)
Pasul 5: Odata cu legarea proteinei represor active la regiunea operatoare, ARN polimeraza (enzima responsabila pentru transcrierea genelor) nu mai este capabila sa se lege la regiunea promotoare a operonului; Pasul 6: Daca ARN polimeraza nu se mai leaga la regiunea promotoare, cele 5 gene enzimatice nu vor mai fi transcrise in ARNm; Pasul 7: In lipsa transcriptiei celor 5 gene, cele 5 enzime necesare pentru ca bacteria sa sintetizeze aminoacidul triptofan nu mai sunt sintetizate.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE PRIN INDUCTOR

Inductor- altereaza forma proteinei reglatoare, blocheza cuplarea cu operatorul si permite transcriptia Este substanta care trebuie metabolizata

The lactose (lac) operon

Operonul lac este necesar pentru transportul si metabolizarea lactozei la E.coli

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE PRIN INDUCTOR Un operon inductibil in absenta inductorului (operonul lactoza) Pasul 1: Gena reglatoare codifica o proteina represor activa; Pasul 2: Proteina represor se leaga apoi la regiunea operator a operonului;

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE PRIN INDUCTOR Un operon inductibil in absenta inductorului (operonul Lac)
Pasul 3: ARN polimeraza nu se poate lega de regiunea promotor a operonului cind proteina represor activa este legata de regiunea operator; Pasul 4: Daca ARN polimeraza nu se leaga la regiunea promotor genele celor 3 enzime (Z, Y si A) nu sunt transcrise in ARNm; Pasul 5: In lipsa transcriptiei celor 3 gene enzimatice, cele 3 enzime necesare pentru utilizarea lactozei de catre bacterie nu sunt sintetizate.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE PRIN INDUCTOR Un operon inductibil in prezenta inductorului (operonul
Lac)
Pasul 1: Gena reglatoare codifica o proteina represor activa; Pasul 2: Lactoza, molecula inductoare se leaga de proteina represor activa; Pasul 3: Legarea inductorului inactiveaza proteina represor;

Pasul 4: Proteina represor inactiva nu se mai poate lega la regiunea operatoare a operonului;

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE PRIN INDUCTOR Un operon inductibil in prezenta inductorului(operonul Lac)
Pasul 5: Deoarece proteina represor inactiva nu este capabila sa se lege la regiunea operatoare, ARN polimeraza va fi din nou capabila sa se lege la regiunea promotor a operonului;

Pasul 6: ARN polimeraza este acum capabila sa transcrie cele 3 gene enzimatice (Z, Y si A) in ARNm;
Pasul 7: Odata cu transcrierea acestor gene sunt sintetizate cele 3 enzime necesare bacteriei pentru a utiliza lactoza.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE 2). CONTROL GENETIC POZITIV

Activatorii sunt proteine reglatoare care promoveaza sau initiaza transcriptia; Activatorii controleaza gene care au un promotor la care ARN-polimeraza nu se poate atasa; Activatorul este o proteina allosterica care se poate lega de situsul activator de legatura; ARN-polimeraza nu se va putea lega de promotor si nu va putea transcrie genele; Legarea unei proteine inductor la activator ii va modifica forma si aceasta se va atasa la situsul activator de legatura; ARN-polimeraza se leaga de promotor si initiaza transcriptia control genetic pozitiv.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE CONTROL GENETIC POZITIV

O proteina activatoare in absenta inductorului Gena reglatoare produce o proteina activatoare inactiva; Proteina activatoare nu se poate lega de situsul de legare activator;

ARN polimeraza nu se poate lega la promotor;

Gena X nu se transcrie iar enzima nu se sintetizeaza.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE O proteina activatoare in prezenta inductorului pasul 1

Gena reglatoare produce o proteina activatoare inactiva; Inductorul se leaga la activator;

Legarea inductorului produce modificarea formei activatorului;

Activatorul se poate lega la situsul activator de reglare.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE

O proteina activatoare in prezenta inductorului pas 2
Legarea activatorului evidentiaza situsul de legare al ARN polimerazei la promotor; ARN polimeraza se leaga la promotor si este capabila sa transcrie gena X in ARN-m; Sinteza enzimei.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE B). CONTROLUL ACTIVITATII ENZIMATICE (Inhibitie prin feed-back)

Inhibitie non-competitiva;

Inhibitie competitiva.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE

Inhibitia noncompetitiva prin enzime allosterice Produsul final (inhibitor) al caii metabolice se combina cu situsul allosteric al enzimei, aceasta altereaza situsul activ al enzimei astfel incit ea nu se mai poate lega la substratul initial al caii; Aceasta blocheaza sinteza produsului final.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE

Inhibitia competitiva a activitatii enzimatice

Produsul final (inhibitor) al caii metabolice se leaga la situsul activ al primei enzime a caii;
Ca rezultat enzima nu se mai poate lega la substratul initiator al caii metabolice.

Exista diferente majore intre reglarea sintezei la eucariote si procariote

Eucariotele au histone si cromozomii sunt stans infasurati in cromatina, iar procariotele au proteine legate direct de ADN care se poate exprima mult mai usor; Procariotele nu au introni iar fiecare gena are propria sa regiune reglatoare; Eucariotele folosesc factori de transcriptie si regiuni promotoare pentru reglarea controlata a fiecarei gene; Eucariotele au introni; ca urmare se produce procesarea ARNm, care este folosit mai ales in reglarea expresiei genice la eucariote.

Reglarea expresiei genice se produce la mai multe niveluri

CONTROL TRANSCRIPTIONAL

CONTROL POSTTRANSCRIPTIONAL

CONTROL TRANSCRIPTIONAL
Punctul primar de control este reglarea sintezei ARN dintr-un ADN matrita. Toate celulele poseda secvente specifice de proteine reglatoare care actioneaza printr-un mecanism turn on sau off la nivel transcriptional; Proteinele care se atasaza de ADN poseda structuri specifice care se leaga la secvente specifice de ADN.

CONTROL POSTTRANSCRIPTIONAL
Sunt mecanisme secundare care controleaza expresia genica dupa transcriptie. Acestea cuprind: Controlul procesarii ARN; Controlul translational; Controlul degradarii mRNA; Controlul activitatii proteice;

I. Controlul procesarii ARN

Este limitat la eucariote si determina cum si cand este splitat sau procesat transcriptul primar pentru a forma ARNm; De exemplu, unele transcripturi de ARN produc diferite tipuri de ARNm din aceeasi gena, in diferite tipuri de celule numai prin folosirea selectiva a intronilor.

II. Controlul translational

Determina care ARNm va fi translat in proteine si cand; De exemplu, translatia poate fi inhibata de ARNm cuplat cu diferite proteine specifice sau stimulata de secvente nucleotidice speciale de la capatul ARNm, care faciliteaza cuplarea ribozomilor.

II.Controlul translational
Se realizeaza prin urmatoarele mecanisme: Adaugarea secventei cap la extremitatea 5 a ARNm cu rolul de a-l proteja de actiunea 5 a exonucleazelor si de atasare a ribozomilor. Procesul de splicing Adaugarea cozii poli-A(poliadenilare) la capatul3 actioneaza protector impotriva exonucleazelor si stimuleaza viteza translatiei; Procesul de editare al ARNm este un mecanism evolutiv prin care se modifica structura ARNm in timpul procesului de maturare(modificari nucleozidice, deaminare, editare la virusuri)

III. Controlul degradarii ARNm

Se realizeaza prin stabilizarea sau destabilizarea selectiva unor tipuri diferite de ARNm. O proteina care este necesara in cantitati mari pe o perioada lunga de timp are un ARNm foarte stabil. De exemplu, ARNm al globinei are un timp de injumatatire de 10 ore(timp de injumatatire timpul necesar pentru ca 50% dintr molecule sa fie degradate).Alte proteine sunt necesare numai tranzitor si au un ARNm cu timp de injumatatire de cateva minute.

IV. Controlul activitatii proteice

Presupune activarea si inactivarea selectiva, modificarea moleculelor proteice specifice dintro celula sau un anumit tip de celula, influentand cand si cum actioneaza o proteina. De exemplu - unele proteine sunt necesare pentru evenimente legate de dezvoltare si actioneaza numai in anumite celule sau intr-un moment specific al dezvoltarii(HbE, HbF). Aceste proteine produc efecte profunde asupra altor celule si trebuie sa fie inactivate imediat dupa ce au actionat, deoarece pot produce anomalii de dezvoltare.