1

Tipuri de legaturi chimice implicate in stabilizarea structurii acizilor nucleici

O legatura chimica e reprezentata de forta de atractie care grupeaza impreuna atomii unei
molecule. In functie de energia necesara pentru scindarea acestora, legaturile chimie pot fi tari (legatura
covalenta) si slabe (legatura de hidrogen).
Caracteristici:
a) Flexibilitatea = taria unei legaturi chimice e data pe de o parte de energia eliberata de
atomii participanti la formarea legaturii, iar pe de alta parte e data si de distanta dintre atomii implicati.
Cu cat o legatura chimica e mai slaba, cu atat posibilitatea ca aceasta sa fie rupta si apoi refacuta in
conditii fiziologice e mai mare.
b) Legaturile chimice slabe prezinta putine limitari legate de posibilitatile de formare. De
exemplu, in cazul legaturii covalente, un factor de limitare e valenta atomilor. In cazul interactiilor
slabe de tip Van der Waals, factorul limitant pentru formarea acesteia e pur steric.
c) Legaturile chimice puternice si slabe difera din punct de vedere al libertatii de rotatie in
jurul acesteia. Spre exemplu, in cazul legaturii covalente simple e permisa doar rotatia atomilor in jurul
axului molecular. In cazul legaturii covalente duble sau triple nu exista nicio libertate de miscare. Un
grad de libertate in jurul legaturii chimice slabe e dat de unghiul pe care-l formeaza doua legaturi
adiacente.
d) Toate legaturile chimice slabe se bazeaza pe atractiilor dintre sarcinile electronice ale
moleculei. Unele molecule prezinta o distributie simetrica a electronilor, in timp ce altele au distributie
neuniforma. Exemplul moleculei de apa; electronii implicati in formarea legaturii covalente sunt mult
mai puternic atrasi de oxigen, care in acest fel in interiorul moleculei va capata o densitate de sarcina
negativa mai mare. In contrapondere, cei doi atomi de hidrogen vor beneficia de o sarcina pozitiva mai
mare distribuita in mod egal intre cei doi atomi. Prin acest fenomen, molecula de apa va fi polarizata
electric avand un centru de incarcare negativ intr-o parte si unul pozitiv in alta parte. O astfel de
combinatie a centrilor de incarcare electrica se numeste dipol. Toate moleculele care prezinta moment
de dipol sunt molecule polare, in timp ce toate moleculele care au o distributie simetrica a electronilor
in formarea legaturii covalente se numesc molecule nepolare.

1. Legaturile chimice slabe din structura acizilor nucleici

Legături cu energie scăzută, a căror multiplicitate determină apariţia unor forţe destul de puternice
pentru a stabili şi menţine coeziunea de ansamblu, în spaţiu, şi pentru a autoriza modificările plastice

a) Interactiile Van der Waals

Interactiile van der Waals apar cu predilectie in cazul moleculelor biologie fara moment de
dipol, atunci cand doi atomi neutri, fara incarcare electrica, aflati in proximitate sunt atrasi unul de
celalalt. Acest tip de interactie are cel mai scazut tip de energie dintre toate legaturile chimice slabe.
Stabilitatea legaturii Van der Waals depinde de distanta dintre molecule. S-a observat ca odata
cu micsorarea distantei dintre molecule, taria interactiei creste pana la un anumit punct. Daca aceasta
limita este depasita, vor aparea forte repulsive intre atomii implicati in interactie. Fortele de atractie
Van der Waals si interactiile repulsive se vor echilibra la o distanta specifica pentru fiecare atom in
parte. Acesta distanta se numeste raza Van der Waals.
 2

b) Interactiiile hidrofobe
Termenul de interactie hidrofoba se refera la relatia care apre intre moleculele nepolare in
mediu apos. S-a observat ca in momentul in care o substanta nepolara e adaugata in apa, moleculele
tind sa se agrege pentru a nu intra in contact cu meleculele polare de apa, acest fenomen fiind cunoscut
ca interactie hidrofoba.
In sistemele biologice, interactiile hidrofobe intervin in formarea bistraturilor lipide
caracteristice tuturor membranelor celulare, in cazul stabilizarii diferitelor conformatii biologice ale
proteinelor, in stabilitatea structurii dublu helicale a acizilor nucelice, la nivelul interactiilor dintre
proteinele bimembranare si bistratul lipidic.
Taria interactiilor hidrofobe e mai mare decat a interactiilor Van der Waals, a legaturii de
hidrogen si a legaturii ionice. Taria interactiilor hidrofobe creste odata cu temperatura si numarul de
atomi de carbon in cazul moleculelor biologice. Ramificatiile care apar la nivelul lantului atomilor de
carbon pot conduce la slabirea interactiilor hidrofobe.

c) Legaturile de hidrogen
Tip particular de interactie dipol-dipol, care apare intr-un atomul de hidrogen legat covalent de
un atom cu un puternic caracter electronegativ si un alt atom cu caracter electronegativ aflat in
proximitate.
La nivelul unei legaturi de hidrogen exista un atom donor care leaga prin legatura covalenta
atomul de hidrogen si un atom acceptor care trebuie sa aiba o pereche de electroni participanti capabili
sa participe la formarea legaturii de hidrogen. Atomul donor puternic electronegativ atrage electronii
implicati in dormarea legaturii covalente si lasa hidrogenul cu o incarcare electrica partial pozitiva. In
acest moment apare o interactie dipol-dipol intre hidrogenul partial pozitiv si atomul acceptor din
proximitate care pune la dispozitie o pereche de electroni.
In sistemele biologice, cele mai intalnite legaturi de hidrogen implica atomii de hidrogen legati
la oxigen sau azot.

2. Legaturile chimice tari din structura acizilor nucleici - legatura covalenta

Cea mai puternica legatura din lumea vie, se formeaza prin punerea in comun a doi electroni
intre doi atomi adiacenti identici sau diferiti. Pot fi simple, duble, triple, atomii participanti la legaturile
duble sau triple punand in comun mai mult de o pereche de electroni. Distanta dintre doi atomi de
carbon care formeaza o legatura simpla e de 1,5 A.
In structura moleculelor biologice exista si legaturi macroergice. In momentul in care o astfel de
molecula e schindata de obicei printr-un proces de hidroliza, ea va pune in libertate o foarte mare
cantitate de energie libera. De obicei, in structura moleculei biologice, legaturile macroergice apar intre
atomii de fosfor si oxigen.
 3

Baze modificate
Dupa sinteza acizilor nucleici, in structura acestora sunt prezente o serie de forme modificate
sau substituite ale bazelor azotate ce reprezintă adesea semnale chimice de protecţie şi control.
Situsurile de modificare sunt prezente la nivelul ciclului sau sunt exociclice. Pentru nomenclatură, în
primul caz, este suficient indicarea numărului atomului (5-metil-citozină), în timp ce în al doilea caz
sunt necesare indicaţii privind natura grupării modificatoare şi poziţia în ciclu a atomului pe care
aceasta se grefează (6-N-metil-adenina).
De exemplu, 5-metil-citozina din structura ADN de la plante şi animale este un semnal negativ
de reglare a expresiei genelor. Gruparea metil favorizează conformaţia inactivă a ADN în formă
condensată şi împiedică fixarea factorilor de transcripţie, deci copierea informaţiei în structura ARN.
Un alt exemplu e cel al moleculele de citozină metilate din structura ADN bacterian care
constituie un sistem de distincţie şi de protecţie a ADN bacterian faţă de ADN străin. Celula activează
de fapt enzime de restricţie (endonucleaze) pentru a distruge ADN viral nemetilat, cel puţin în cazul
primei infectări. Acest sistem de apărare este cunoscut sub numele de restricţie-modificare.
În aceeaşi categorie cu produşii amintiţi mai sus putem introduce alcaloizii vegetali, cu structură
de metil-xantine, care au şi utilizări farmacologice: teofilina: 1,3; teobromina: 3,7; cafeina: 1,3,7

Proprietatile bazelor azotate

a) În structura heterociclurilor purinice şi pirimidinice starea de rezonanţă care apare între

atomi, delocalizează electronii π ai dublelor legături, creand sisteme conjugate cu consecinţe structurale
şi fizice specifice caracterului aromatic: stabilizarea puternică a moleculei (intarita si de absenta
ionizarii la pH fiziologic), structurile pirimidinelor sunt perfect plane, iar ale purinele uşor inclinate,
pliate, moleculele există sub diferite forme tautomere in functie de valoarea de pH (tautomeria se
manifesta numai la nivelul gruparilor substituente ale bazelor si se datoreaza deplasarii de electroni la
nivelul atomilor din structura; la pH fiziologic exista o preferinta pentru formele ceto/amino).
b) La fel ca toate componentele celulare care contin baze purinice sau pirimidinice si nucleoti-
dele pot fi usor detectate datorita absorbtiei puternice a acestora a luminii ultraviolete. Lungimea de
unda la care se inregistreaza absorbtia maxima variaza în particular cu baza din compoziţia moleculei si
de pH, dar în majoritatea cazurilor este apropiată de 260 nm. Absorbanţa derivaţilor purinici este mai
importantă decât a celor pirimidinici datorita existentei celor două cicluri care determină o condensare
mai densă a sarcinilor, deoarece acestea sunt mai dens conjugate. Absorbţiile UV puternice şi diferen-
ţele datorate structurii specifice a bazelor din structură, furnizează metode sensibile de dozare a acestor
compuşi atât din punct de vedere calitativ cât şi cantitativ. De exemplu, deaminarea citozinei din struc-
tura nucleozidului sau nucleotidului la derivaţii uracil corespunzători, determină a deplasare a λ maxim
de la 271 nm la 262 nm, care este uşor de determinat. Raportul absorbanţelor la lungimi de undă de 260
şi 280 nm ne oferă informaţii importante privind puritatea compuşilor nucleotidici şi eventuala lor
contaminare cu proteinele. Aminoacizii aromatici: triptofan, tirozină, fenilalanină, prezenţi în proteine,
conferă acestora absorbanţă la 280 nm.
c) Caracter slab bazic: la pH fiziologic nucleele aromatice nu prezinta incarcare ionica; bazele
azotate poseda situsuri potentiale donoare/acceptoare de electroni localizate fie la nivelul heterocicluri-
lor fie la nivelul substituentilor.
d) Bazele azotate mai prezinta o caracteristica si anume moleculele au un caracter dual: in timp
ce heterociclii sunt puternic hidrofobi, gruparile substituente prezinta caracter polar. Caracterul dual sta
la originea principalelor interacţii din structura polinucleotidelor şi determină funcţiile acestora; in
 4

ambele tipuri de acizi nucleici, bazele azotate sunt implicate in formarea de legaturi de hidrogen in
special prin intermediul gruparilor substituente (grupele polare fixe, carbonil, CO, şi amino, NH2 şi
atomii de azot, N, ai ciclurilor sunt adecvate pentru stabilirea legăturilor de hidrogen între baze, de tip
O---H şi N---H). Formarea puntilor de hidrogen e esentiala in cazul ambelor tipuri de acizi nucleici
pentru stabilitatea moleculei, pentru sinteza corecta a acesteia sau pentru asigurarea conformatiei
spatial optime pentru indeplinirea rolului biologic.
e) La pH si temperatura fiziologica, bazele azotate sunt aproape insolubile in apa, prezenta
heterociclurilor aromatice in structura bazelor azotate confera acestora un puternic caracter hidrofob (la
pH acid sau bazic, dizolvarea acestora in mediu apos este favorizata de ionizare). Acest caracter condu-
ce la o solubilitate extrem de redusa a bazelor azotate in apa precum si generarea unei tendinte de agre-
gare si suprapunere a heterociclurilor plan peste plan, cu un decalaj caracteristic între planuri (fenome-
nul de stivuire sau stacking). Atunci cand sunt puse in contact, nucleele aromatice ale bazelor azotate
genereaza un fenomen de indepartare a tuturor moleculelor de apa dintre ele ceea ce va genera o
apropiere a acestora si aparitia unei interactii de tip Van der Waals si dipol-dipol (legaturile de hidro-
gen sunt total excluse). Aceasta modalitate de interacțiune între baze este un factor primordial de stabi-
lizare a structurii spatiale a acizilor nucleici și e responsabila de efectul hipocrom al acestora (stivuire
bazelor are drept consecință scăderea absorbției în UV a unui acid nucleic fata de o solutie echivalenta
de nucleotide libere).
f) Reactivitatea bazelor azotate este in mod normal foarte scazuta. Totusi, la nivel celular, acizii
nucleici pot suferi modificari spontane sub efectul diferitilor agenti fizici, chimici, enzimatici. Daca
aceste modificari nu sunt reparate ele pot sta la originea mutatiilor, ADN fiind singura molecula
reparata/supravegheata de catre sisteme enzimatice specifice (dezaminările accidentale (oxidative) fac
ca citozina (C) să poată pierde spontan gruparea sa amino (înlocuită de OH) şi să se transforme în
uracil, deci să stea la originea unei mutaţii. Din fericire, există enzime de reparare care recunosc U,
deoarece U nu este prezent în mod normal în structura ADN. Acestea înlătură U prin excizie şi o pot
înlocui cu C. În ADN, baza T poate fi deci considerată ca un semnal care indică normalitatea, şi că
orice apariţie a lui U trebuie considerată o greşeală. Dacă ADN ar fi avut U în stare normală, enzimele
de reparare nu ar fi putut distinge între „U normal” şi U provenind din dezaminarea citozinei).

Conformaţia nucleozidelor

Deoarece heterociclul plan al bazelor nu este deformabil, izomeria de conformaţie este dată de
glucid şi de legătura glicozidică.
În cazul pentozelor, ciclul furanozic nu este perfect plan ci capătă o structură spațială ușor
curbată. În marea majoritate a cazurilor exista un singur atom care se abate de la structura plan a
ciclului: C2' sau C3'. Astfel vorbim de o conformație endo dacă unul dintre atomii excentrici este de
aceeași parte cu C5' și exo dacă este de parte opusă.
Cele mai întâlnite conformații sunt C2' endo/exo (mai rar C3' endo/exo). S-a observat ca în
cazul moleculei de ADN adoptarea structurii regulate dublu helicale se poate realiza pe distante lungi
doar dacă atomii excentrici sunt în conformatie endo. Aceasta conformatie spațială este esențială
deoarece impune orientarea corecta a resturilor fosfat din structura nucleotidelor.
In cazul nucleotidelor si nucleozidelor derivate, legatura N-glicozidica permite rotatia libera a
bazelor si situarea sa în două poziţii diametral opuse în raport cu pentoza: dispunerea acesteia de
aceeasi parte sau de parte opusa a pentozei. In cazul conformatiei syn (impreuna), planul bazei azotate
e dispus de aceeasi parte cu cel al pentozei. In cazul conformatiei anti (contrar), planul bazei e dispus in
pozitie opusa cu planul pentozei. In celule, in cazul nucleotidelor si nucleozidelor pirimidinice singura
 5

conformatie natural posibila este cea anti deoarece gruparea carbonilica de la nivelul C2 respectiv
atomul de oxigen de la nivelul ciclului furanozic determina aparitia unor forte de respingere.
Nucleozidele si nucleotidele purinice pot adopta atat conformatia de tip syn cat si anti, dar cele din
urma sunt predominante.

Proprietatile fizico-chimice ale nucleotidelor

- La pH fiziologic, pentoza si baza azotata ramane neincarcata electric, doar gruparea fosfat
prezinta o densitate de sarcina negativa, aparand sub forma unui polianion (constantele de disociere
acide (pKa) ale grupărilor fosforice fixe fac ca la temperatură şi pH fiziologic grupările să conţină doua
sarcini negative pentru monofasfati, trei difosfat, patru pentru trifosfati). Datorită grupărilor fosfat
foarte polare, nucleotidele purinice si pirimidinice sunt mult mai stabile in solutii apoase decat
nucleozidele si bazale libere din care deriva.
- Aceşti compuşi au un înalt potenţial energetic, legaturile existente intre gruparile fosfat
(legaturi fosfoanhidrice) sau intre gruparea fosfat si gruparea hidroxil (legatura fosfoester) sunt legaturi
macroergice, adica o legatura capabila sa elibereze o cantitate mare de energie prin schindarea ei (ATP
este molecula selecţionată evolutiv de către organisme pentru a constitui rezerva temporară şi sursa de
energie utilizabilă de către materia vie).
- La fel ca toate componentele celulare care contin baze purinice sau pirimidinice si
nucleotidele pot fi usor detectate datorita absorbtiei puternice a acestora a luminii ultraviolete.
Lungimea de unda la care se inregistreaza absorbtia maxima variaza în particular, cu baza din
compoziţia moleculei, dar în majoritatea cazurilor este apropiată de 260 nm. Spectrul UV pentru fiecare
dintre aceste nucleozide sau derivaţi nucleotidici poate fi diferit în funcţie de pH. Absorbanţa
derivaţilor purinici este mai importantă decât a celor pirimidinici datorita existentei celor două cicluri
care determină o condensare mai densă a sarcinilor, deoarece acestea sunt mai dens conjugate.
Absorbţiile UV puternice şi diferenţele datorate structurii specifice a bazelor, din structură, furnizează
metode sensibile de dozare a acestor compuşi atât din punct de vedere calitativ cât şi cantitativ. De
exemplu, deaminarea citozinei din structura nucleozidului sau nucleotidului la derivaţii uracil
corespunzători determină a deplasare a λ max. de la 271 nm la 262 nm, care este uşor de determinat.
Raportul absorbanţelor la lungimi de undă de 260 şi 280 nm ne oferă informaţii importante privind
puritatea compuşilor nucleotidici şi eventuala lor contaminare cu proteinele. Aminoacizii aromatici:
triptofan, tirozină, fenilalanină, prezenţi în proteine, conferă acestora absorbanţă la 280 nm.
- Legătura N-glicozidică, din structura nucleozidelor purinice şi pirimidinice, rezistă la
tratament alcalin. Totuşi, stabilitatea acestei legături la hidroliză acidă diferă marcant. Reacţia sa cu
acizii depinde de baza azotată: nucleozidele purinice se hidrolizează uşor conducând la purine libere şi
glucide sau glucide-fosforilate, în timp ce pentru a degrada nucleozidele pirimidinice este necesară
acţiunea prelungită a unui acid concentrat, pentru eliberarea pirimidinelor libere şi completa distrugere
a restului glucidic sunt necesare condiţii drastice de hidroliză.
- Nucleotidele sunt esteri fosfat ai nucleozidelor. rezultatul atașării covalente a uneia sau mai
multe grupări fosfat la nivelul unui nucleozid, legătură ce se poate realiza la nivelul oricărei grupări
hidroxil liberă a acestuia. Pot exista atât ribonucleotide cât și deoxiribonucleotide. În celulă putem
întâlni nucleotide mono-, di-, tri- sau poli-fosfat în funcție de numărul de grupări fosfat adiționate la
nucleozid. Totodată în celula întâlnim și nucleotide ciclice în care apare o ciclizare moleculară prin
intermediul grupării fosfat între doi atomii de carbon. În stare liberă, cele mai des întâlnite nucleotide în
interiorul celulei sunt tri-fosfat-nucleotidele, NTP, iar esterificarea se realizează cu precădere la nivelul
grupării OH atașate la C5'.
 6

Funcţii metabolice ale nucleotidelor

- Toate tipurile de celule (mamifere, bacterii, plante) conţin o varietate foarte mare de
nucleotide şi de derivaţi ai acestora. Unele dintre aceste nucleotide se găsesc în cantităţi importante în
celule (de ordin mili-molar). Raţiunea existenţei unui număr mare de nucleotide şi de derivaţi ai
acestora, în celulă, este faptul că acestea sunt implicate într-un număr foarte mare de procese
metabolice care asigură creşterea şi funcţionarea normală.
- Unităţi monomere ale acizilor nucleici: acizii nucleici, ADN şi ARN, sunt compuşi din unităţi
monomere, nucleotide. În reacţiile de sinteză ale acizilor nucleici, nucleozidele 5’-trifosfat sunt
substrate care participă la formarea legăturilor 3’, 5’- fosfodiester cu eliberarea unei molecule de
pirofosfat la fiecare condensare.
- Rol major in metabolismul energetic al celulei: ATP este principalul compus macroergic cu
rol de stocare la nivel celular si e considerata molecula universala purtatoare de energie in lumea vie.
Cantitativ, ATP este generat în celule prin fosforilare oxidativă şi fosforilare la nivel de substrat si
servesc ca donor de energie in marea majoritate a reactiilor metabolice (si celelalte ribonucleotide
prezinta un inalt potential energetic si pot functiona ca donor de energie intr-un numar restrans de
reactii metabolice).
- Mediatori fiziologici – s-a descoperit ca moleculele nucleotidelor ciclice (in structura acestor
derivaţi, un fosfat formează o punte fosfodiesterica intramoleculară care ciclizează molecula: cAMP,
cGMP) functioneaza ca mediatori celulari in procesul de semnalizare celulara. Nucleotidele ciclice sunt
sintetizate printr-o singura reactie chimica pornind de la NTP. Dupa indeplinirea rolului fiziologic de
semnalizare, moleculele de nucleotide ciclice sunt degradate cu ajutorul unei fosfodiesteraze care
scindeaza puntea intramoleculara si genereaza AMP sau GMP. Aceşti compuşi au fost selecţionaţi
pentru funcţiile lor în comunicare şi semnalizare celulară fiind repartizaţi în compartimentul
intracelular.
- O serie de nucleotide sunt constituenţii ai coenzimelor, ex. ADP intra in structura a doua
coenzime implicate in reactii de oxido-reducere: nicotinamid-adenin-dinucleotid, NAD si flavin-
adenin-dinucleotid, FAD. De asemenea nucleotidele intra si in structura fosfo-adenozin-fosfo-sulfatului
(PAPS), folosit ca donor de grupări sulfat pentru sulfatarea biomoleculelor de tipul proteoglicanilor şi
sulfatidelor.
- Intermediari activati, nucleotidele au şi rolul de transportori („carriers”) ai intermediarilor
„activaţi” într-o serie de reacţii metabolice (ex. UDP-glicoza este un intermediar activat implicat in
sinteza glicogenului si a glicoproteinelor).
- Efectori alosterici: o serie din etapele metabolice reglatoare sunt controlate prin intermediul
concentraţiilor intracelulare ale nucleotidelor.
- Distributia la nivel celular a nucleotidelor: in celule, cele mai raspandite tipuri de nucleotide
sunt NTP, iar ATP e nucleotidul cu cea mai mare concentratie. De asemenea in interiorul celulei cele
mai multe nucleotide sunt esterificate la nivelul gruparii OH 5’ in timp ce esterii la nivelul gruparii OH
2’ sau 3’ sunt foarte rar intalniti. Cele mai crescute concentratii sunt in cazul ribonucleotidelor
(concentratii milimolare), in timp de concentratia deoxiribonucleotidelor e de obicei cu un ordin de
marime mai mica (concentratii de ordin micromolar).
 7

Structura primara a acizilor nucleici

Acizii nucleici sunt, asemeni proteinelor, polimeri neramificaţi care pot fi liniari sau circulari.
In cazul acizilor nucleici, termenul de structura primara se refera la ordinea unitatilor nucleotidice
componente si la legaturile chimice stabilite intre aceastea. Din punct de vedere al structurii primare,
acizii nucleici sunt lanturi nucleotidice avand diferite lungimi, prin reactia de policondensare a
unitatilor nucleotidice diferite. In strucutra primara a ambelor tipuri de acizi nuclici, nucleotidele sunt
inlantuite prin legaturi covalente 3’-5’ fosfodiesterice stabilite intre grupara fosfat din pozitia 5’ a unui
nucleotid si respectiv grupara hidroxil din pozitia 3’ a altui nucleotid. Fiecare punte fosfodiesterica
formata va prezenta la pH fiziologic o densitate de sarcina engativa.

Consecintele adoptarii structurii primare in cazul acizilor nucleici sunt:

- Catenele acizilor nucleici sunt vectorizate, adica sunt orientate dinspre capatul 5` fosfat catre
capatul 3` hidroxil; citirea secventelor nucleotide a orcarui tip de acizi nucleici se face in sensul 5`-3`
deoarece acesta este sensul in care ele sunt sintetizate in vivo.
- Lanturile polinucleotidice prezinta la pH fiziologic o densitate de sarcina negativa mare,
datorita gruparilor fosfat din structura, ceea ce ii face pe acizii nucleici sa se comporte ca niste
polianioni.

Cele două tipuri de acizi nucleici se deosebesc prin două caracteristici calitative fundamentale:
- prezenţa unei pentoze diferite (riboză sau deoxiriboză); tipul de glucid dă
numele celor două tipuri de acizi nucleici deoarece nu există structuri naturale mixte
ADN/ARN în afară de hibrizii care apar tranzitoriu în timpul replicării şi transcripţiei;
- diferenţe privind cele patru baze care intră în constituţia ADN şi ARN, unadintre pirimidine
fiind diferită.

Indiferent de tipul de acid nucleic (ribonucleic sau deoxiribonucleic), reacţia de asamblare

polinucleotidică este aceeaşi: hidroxilul din poziţia 3’ al unui nucleozid monofosfat este esterificat de
către 5’-fosfatul din structura nucleozid trifosfatului care participă la formarea legăturii. Faptul că acizii
nucleici sunt polimeri fosfodiesterici ai NMP are următoarele consecinţe directe:
a) asemeni polipeptidelor, catena este orientată (vectorizată). Sensul convenţional 5’-3’ a fost
adoptat pentru lectura şi scrierea (de la stânga la dreapta) polinucleotidelor ca şi pentru reprezentările
prescurtate şi simbolice

b) bazele fixate regulat în funcţie de o secvenţă specifică speciei moleculare, sunt purtate de un
schelet covalent pentoză-fosfat. Cu toate că imaginea este asemănătoare cu cea a scheletului
polipeptidic purtător al catenelor laterale ale aminoacizilor, există o serie de diferenţe faţă de acesta: i)
scheletul acizilor nucleici este un polianion cu o sarcină pe unitate care are o densitate totală de sarcină
negativă foarte mare; ii) varietatea bazelor este redusă. Analizăm alternanţa a patru baze faţă alternanţa
a 20 de aminoacizi. Consecinţele acestor diferenţe sunt foarte importante pentru sistemele de informaţie
genetică. Înţelegem astfel, de ce pentru codificarea aminoacizilor de către secvenţele nucleotidice nu
este nevoie numai de o simplă echivalenţă bază/aminoacid. Este necesar un limbaj ternar, format din
ansambluri de trei baze adiacente a căror asociere determină existenţa a 64 de combinaţii posibile, care
stau la baza codului genetic.
 8

Mărimea polimerilor nucleici

Acizii nucleici sunt macromoleculele naturale cele mai mari. Mărimeaacestora se exprimă prin
trei caracteristici (tipuri de unităţi):
i) lungime;
ii) masă moleculară în Daltoni (Da);
iii) număr de nucleotide sau de baze ale acestora pentru monocatene (b) şi în perechi de baze
(pb) dacă molecula este constituită din două catene asociate. Multiplul cel mai folosit este cel de
kilobaze sau kilo-perechi de baze (1000 b sau 1000 pb).
Masa moleculară medie a unei perechi de baze este de 660 Da, iar distanţa între platourile a
două baze este de 0,34 nm în conformitate cu caracteristicile geometrice ale dublei catene de ADN.
Aceste caracteristici dau o echivalenţă foarte utilă în practică: 2x10^6 Da se pot aproxima cu 3 000 pb
şi cu 1 µm.
Metode de determinare a mărimii acizilor nucleici: microscopie electronica, electroforeza in gel
sau in camp pulsatoriu, ultracentrifugare (pentru molecule mari), proprietatile hidrodinamice ale
solutiilor de ADN.

Scheletul pentozofosfat

Geometria si conformatia scheletului sunt impuse de posibilitatile de rotatie existente in jurul

legaturilor covalente succesive. S-a observat ca la nivelul lantului pentozofosfat unitatile nucleotidice
independente sunt limitate in ceea ce priveste posibilitatile de rotatie, datorita unor interferente sterice
sau a unor repulsii electrostatice. Practic, intre componentele care formeaza scheletul (intre resturile de
fosfat si intre resturile de deoxiriboza) apar repulsii electrostatice care impiedica compactarea laturilor
si adoptarea unor conformatii globulare. Prezenta unei densitati mari de sarcini negative la nivelul
scheletului creeaza premisele unor afinitati crescute pentru cationi minerali sau organici care vor
interactiona cu ADN. Ca urmare a afinitatii, peptidele si proteinele incarcate pozitiv la pH fiziologic
pot interactiona cu moleculele de ADN.
 9

Topoizomeri şi topoizomeraze

In vivo, ADN nu rămâne linear. El se găseşte în cea mai mare parte a genoamelor sub formă
închisă:
a) molecula este închisă prin formarea de legături 3’-5’ ester între extremităţile sale, deci, este
forma de forma ADN circular închis. Este cazul unor virusuri, plasmide, ADN mitocondrial şi ADN
din cloroplaste.
b) extremităţile sunt ancorate la nivelul unor puncte fixe la matricea nucleara. Se comporta in
mod similar cu cele circular covalent inchise.
Toate organismele posedă enzime care pot scinda ADN pentru a de-răsuci sau suprarăsuci
moleculele de ADN în scopul modificării topologiei acestuia în funcţie de necesităţile fiziologice ale
celulei. In celule, moleculele de ADN pot aparea in mai multe stari fiziologice. Starea fiziologica
normala este cea relaxata, in care suprarasucirile si/sau constrangerile de la nivelul dublei elice sunt
minime. Cealalta stare in care gasim moleculele de ADN este cea suprarasucita, in acest caz ansamblul
dublu helical se poate rasuci in jurul propriei axe formand super elice sau supra ture. Indiferent de
deformările pe care le suferă o moleculă de ADN, ale cărei extremităţi sunt fixe, nu vom schimba
numărul de răsuciri. Deci, modificarea numărului de perechi de baze pe tur de elice, în dreptul unei
bucle a ADN, va fi în mod necesar compensată de o supra-răsucire de sens opus (pozitivă sau negativă)
în amonte sau în aval de acest loc (de obicei -1 ture/200 pb).
Exemplificare: un duplex cu 36 ture (374 nucleotide) care reprezinta starea relaxata; daca fixăm
o extremitate şi derulăm dublul helix cu un anumit număr de ture, exemplu 3, molecula închisă trebuie
să compenseze această constrângere (modificare). Dubla elice se poate reface sub forma a 36 de ture şi
tensiunea apărută poate fi compensată de formarea unei torsade a duplexului sub propria sa axă de 3
super-ture în sensul în care elicea ADN se derulează. Această suprarăsucire, care este de pas drept ca şi
elicea, este numită, prin convenţie, negativă. În condiţii normale moleculele de ADN adoptă o
conformaţie supra-răsucită negativă.

Au fost definiti o serie de parametri:

- Densitatea de supra-răsucire („superhelical density”) notată convenţional cu σ este numărul de
super-ture pentru o tură de dublă elice. Pentru forma din exemplu, σ are valoarea -3/36 = -0,08. Marea
majoritate a moleculelor de ADN naturale au o densitate de supra-răsucire aproximativ asemănătoare,
cuprinsă între -0,05 şi -0,06 (sau de la -5 la -6%).
Numărul de înlănţuiri L („linking number”) care se defineşte ca numărul de ture ale unei catene
în jurul axei dublei elice într-o moleculă circulară dispusă ipotetic pe o suprafaţă plată. Acest număr
este considerat convenţional pozitiv pentru dubla elice de dreapta, şi este un număr întreg şi constat
pentru o moleculă închisă. Moleculele care nu diferă decât prin indicele L sunt denumite topoizomeri.
Interconversia lor este posibilă numai prin tăierea şi re-sudarea obligatorie a uneia dintre cele două
catene.
Este mereu numar intreg, compus cu ajutorul altor 2 parametri topologici: numarul de rasuciri
(T) si numarul de suprarasuciri (W). Numarul de rasuciri reprezinta numarul total de ture ale unei dublu
elice (nr. total de baze/nr de baze pe tura). Numarul de suprarasuciri este un indiciu veritabil asupra
suprarasucirii moleculei, descrie modul in care axa dublu helicala se roteste in spatiu; este egal cu 0
pentru molecula relaxata si aproximativ, numărul de super-ture cu semnul său corespunzător, pentru
forma supra-răsucită. De reţinut că întotdeauna L= W + T.
Formele de ADN supra-răsucite negativ prezintă un dublu avantaj: sunt mai compacte, dar sunt
mult mai accesibile enzimelor implicate în replicare şi transcripţie deoarece se formează în urma unei
de-răsuciri lejere a dublei elice.
 10

Topoizomeraze

Sunt enzime care modifică numărul de răsuciri, deci, ele sunt capabile să inducă sau să elimine
super-turele într-un dublu helix ADN. Pentru a modifica numărul de înlănţuiri este necesară tăierea
uneia dintre cele două catene sau a ambelor. Astfel ele sunt responsabile de trecerea de la un
topoizomer la altul. In functie de mecanismul de actiune au fost identificate 2 tipuri de izomeraze:

1) Topoizomeraze de tip I
Enzime care realizeaza scindarea tranzitorie si resudarea unei singure monocatene din structura
ADN dublu catenar pentu a modifica numarul de supra rasuciri;

Intr-o prima faza enzimele scindeaza o legatura fosfodiesterica de la nivelul unei monocatene.
Este eliberată momentan gruparea 3’ OH, iar gruparea fosfat din 5’ este esterificată cu o tirozină
prezentă în situsul activ al topoizomerazei. Complexul creat din esterificare ADN - topoizomeraza
mentine conservata la nivelul lui energia legaturii fosfodiesterice. Urmeaza rotatia catenei scindate in
jurul celei intacte. Pe baza energiei conservate in fosfotirozina are loc resudarea catenei scindate si
refacerea legaturii disesterice (in general aceste topoizomeraze nu necesita aport de ATP).

2) Topoizomeraze de tip II

Enzime ce scindeaza temporar ambele catene ale dublului helix, iar apoi le resudeaza. Sunt
structuri dimere, fiecare catena fiind scindata de cate o subunitate a enzimei. Această reacţie este
cuplată cu hidroliza cel puţin a unei molecule de ATP.

In cazul E. coli, structura topoizomerazei este alcatuita din doua subunitati identice: A-B,
respectiv A`-B`.
Initial enzima leaga o monocatena din dublu helix ADN, iar ulterior leaga si o molecula de ATP
rezultand intr-o modificarea conformationala la nivelul domeniilor. Aceasta modificare are ca rezultat
legarea si celei de-a doua monocatene din dublu helix. Urmeaza scindarea concomitenta a legaturilor
de pe cele doua catene. Reactia este catalizata de domeniile A si A` din structura enzimei.
Dupa diminuarea super turelor si relaxarea moleculei are loc scindarea (hidroliza) moleculei de
ATP, care va conduce la eliberarea dublului helix ADN si la adoptarea unei conformatii biologic active
a enzimei capabila sa inceapa un nou ciclu de reactie.

Importanta:

În primul rând, ADN supra-răsucit negativ este mai compact decât echivalentul său circular
relaxat. Astfel, în vivo, ADN conţine numeroase încolăciri, prezenţa acestora fiind indispensabilă
împachetării moleculelor e ADN circular foarte lungi într-un volum mic.

Pe de altă parte, topoizomerazele facilitează replicarea, transcripţia şi repararea ADN prin

recombinare cu alte segmente ADN. Deplasarea furcilor de replicare şi de transcripţie induce automat
formarea de supra-răsuciri pozitive la nivelul duplexului ADN, îngreunând deplasarea acestora. Pentru
ca sinteza ADN să se continue, supra-răsucirile pozitive trebuiesc înlăturate de către ADN giraza
 11

Legătura de hidrogen

In cazul ADN, formarea structurii dublu helicale pe distante lungi este favorizata de prezenta
multiplelor legaturi de hidrogen, care se stabilesc exclusiv intre substituentii laterali.

Regula lui Chargaff - E. Chargaff, studiind moleculele de ADN de proveniente diferite si

analizand compozitia in baze azotate a lor a stabilit reguli care ii vor purta numele ulterior: continutul
in baze purinice este intotdeauna egal cu cel al bazelor pirimidinice, indiferent de orginea moleculelor
de ADN. Fractiile molare ale bazelor azotate sunt astfel distribuite incat continutul de A=T si
continutul de G=C. Regula lui Chargaff nu se aplica si moleculelor de ARN. De reţinut că, valorile
sumelor A+T şi G+C nu sunt egale, acestea sunt specifice tipului si provenientei moleculei de ADN.

Împerecherile Watson şi Crick

In 1953, J. Watson si F. Crick au propus o explicatie pentru regula lui Chargaff, furnizand
modelul structural al moleculei de ADN. Cei 2 au propus un model in care 2 lanturi polinucleotidice se
aliniaza unul fata de altul si se unesc prin intermediul puntilor de hidrogen stabilite intre bazele azotate,
2 punti intre A si T (sau U) si 3 intre C si G (=imperecheri Watson-Crick). Watson si Crick au semnalat
si faptul ca ansamblurile celor doua tipuri de imperecheri ale bazelor sunt intotdeauna plane, iar
legaturile cuplurilor A-T si G-C sunt intotdeauna egale. Concluziile celor doi cercetatori au fost:
- In structura moleculei de ADN, in conditii fiziologice normale, perechile de baze sunt unice
A=T si G≡C;
- Bazele azotate maifesta o preferinta energetica pt stabilirea acestor cupluri;
- Formarea puntilor de hidrogen nu se realizeaza decat intre A-T si G-C, datorita tautomeriei pe
care o adopta bazele si a unei geometrii care impiedica formarea altor tipuri de cupluri.

Dublul helix = Dubla elice = Duplex - Modelul Watson şi Crick

Conformaţia ADN B este cea mai răspândită în natură, fiind cea mai stabilă în condiţii
fiziologice şi deci considerată drept forma nativă de referinţă pentru ADN. Este formată din două
catene polideoxiribonucleotidice cu secvenţe simetrice asociate prin împerecherea bazelor
complementare. Sensul celor două catene este obligatoriu opus: acestea sunt antiparalele (una in sens
3’-5’, cealalta 5’-3’). Asocierea celor două catene determină apariţia de constrângeri care se traduc prin
răsucirea obligatorie, în elice, a unei catene în jurul celeilalte.

Dublul helix format de cele doua catene are urmatoarele caracteristici:

- Intregul ansamblu dublu helical se rasuceste spre dreapta,
- Bazele azotate sunt orientate catre interior, sunt unite prin punti de hidrogen dupa modelul W-
C si sunt stivuite prin intermediul planurilor lor paralele, care au lungimi egale, constituind cilindrul
central al structurii,
- Lanturile pentozofosfat polianionice sunt dispuse catre exteriorul cilindrului formand doua
schelete externe, iar planurile perechilor de baze sunt aproape perpendiculare pe acestea.
 12

Aceasta structura monotona, de o remarcabila regularitate se stabileste pe toata lungea

moleculei de ADN si ii confera un caracter fibros. Ea este mentinuta prin doua ansambluri de forte:
legaturile de hidrogen si fortele de stivuire.
- marea axă a ansamblului este perpendiculară pe planul de stivuire a bazelor (care sunt paralele
intre ele)
- Dimensiunile dublului helix contin in medie 10.4 perechi de baze pe fiecare tur helical, are un
diamentru de 2 nm, iar inaltimea unui tur de elice este de 3,4 nm, distanta dintre planurile bazelor este
corespunzatoare grosimii nucleelor in contact.
- Datorita modului de atasare covalent al bazelor azotate la nivelul scheletului pentozofosfat, la
nivelul structurii dublu helicale se vor forma doua fose (majora si minora) care au deschideri si
profunzimi diferite si alterneaza de-a lungul flancurilor dublului helix pe toata lungimea acestuia.

Conformaţia A

Daca se concentreaza o solutie de ADN in apa, moleculele incep sa treaca reversibil intr-o
conformatie diferita, care a fost numita A. Este un tip particular care prezinta tot o elice dublu helicala,
dar are caracteristici deosebite:
- Este mult mai compacta; lungimea totala pentru acelasi numar de perechi de baze este
mai redusa fata de B, iar diametrul dublei elici mai mare; ca urmare bazele sunt mai putin
accesibile.
- Planurile bazelor azotate sunt mult mai inclinate fata de axa dublei elice, comparativ cu
B, fosa majora este mai adanca, iar cea minora este mai aplatizata;
- In conformatia A, bazele azotate si intregul ansamblu ADN sunt mai greu accesibile.
In vivo, conformaţia A este adoptată de: i) ADN din anumiţi spori bacterieni formaţi ca răspuns
la uscarea mediului. Această trecere poate explica rezistenţa la condiţii extreme şi efectul de dimerizare
al radiaţiilor UV; ii) împerecherile locale sub formă de dublă elice ale ARN, care prezintă o preferinţă
netă pentru conformaţia C3’ endo a pentozei (3E); iii) hibrizi ARN-ADN care se formează tranzitoriu în
timpul procesului de amorsare a replicării şi în timpul transcripţiei.
- Dimensiunile dublului helix contin in medie 11 perechi de baze pe fiecare tur helical, are un
diamentru de 2.3 nm, iar inaltimea unui tur de elice este de 2.8 nm.
 13

Conformaţia Z

A fost initial identificat in vitro, iar ulterior pus in evidenta la nivelul cromozomilor de la EK si
PK. Este radical diferita fata de conformatiile B si A prin faptul ca dublul helix se rasuceste spre
stanga. Această conformaţie este prezentă în segmentele de secvenţă alternante Pur-Pyr (-G-C-G-C-).

Caracteristici:
- Dublu helix de stanga
- scheletul pentoză-fosfat este în zig-zag în loc să formeze o spirală regulată cum este cazul
ADN-B, de unde şi numele de ADN-Z pe care l-a primit structura;
- Dublul helix este mai alungit, mai zvelt si mai putin rasucit decat ADN-B.
- Numar mai mare de perechi de baze per tur de helix (12) cu un diametru mai redus (1.8nm);
inaltime mai mare al turului de helix (4.5 nm);
- Bazele azotate orientate tot catre interiorul structurii dublu helicale sunt mult mai accesibile
pentru interactii cu moleculele biologice fata de celelalte 2 conformatii (nucleotidele purinice adopta o
conformatie syn)
- Conformatia Z este cea mai instabila conformatie dintre cele 3, acest fapt este datorat în mare
parte repulsiilor electrostatice care apar între grupările fosfat încărcate negativ. Aceste grupări fosfat
sunt mai apropiate în ADN-Z (elice mai zveltă)

Nu se cunoaşte încă exact funcţia ADN-Z. Totuşi, se pare că acesta joacă un rol biologic
important. Este unanim acceptat că, secvenţele CG sunt implicate în controlul expresiei genelor. Astfel,
cel mai adesea, aceste secvenţe sunt metilate (la nivelul citozinei) în genele inactive şi invers,
nemetilate în genele frecvent exprimate. De asemenea, se ştie că metilarea secvenţelor CG favorizează
foarte mult formarea ADN-Z. Se consideră că unul dintre mecanismele posibile implicate în reglarea
expresiei genelor o reprezintă capacitatea, in vivo, a anumitor secvenţe CG de a adopta o conformaţie
ADN-Z (dublu helix „de stânga”) în mijlocul unei zone de dublu helix „de dreapta”. Pe de altă parte,
anumite proteine cu un rol reglator important („Z-DNA binding protein”), sunt capabile să se lege
specific la ADN-Z şi nu la ADN-B.

Datele prezentate mai sus ne confirmă că ADN nu conţine numai informaţia „codantă” care
dirijează sinteza ARN, prin secvenţa sa nucleotidică, ci şi o informaţie „conformaţională” determinată
de prezenţa anumitor secvenţe nucleotidice (ex. succesiunile CG). Aceste informaţii conformaţionale ar
putea permite ca segmente din structura ADN să adopte conformaţii diferite (ex. ADN-Z) care ar putea
astfel juca un rol important în anumite mecanisme de reglare biologică, în particular la nivelul
transcripţiei.
 14

Comportamentul la hidroliza al acizilor nucleici

Degradarea unui polinucleotid poate sa se refere, pe de o parte, la scindarea legaturilor
fosfodiesterice dintre nucleotidele componente atunci cand se produce o depolimerizare, iar pe de alta
parte poate sa se refere la degradarea nucleotidelor prin scindarea legaturii N-glicozidice sau a legaturii
esterice dintre fosfat si pentoza. In ambele cazuri hidroliza poate fi de natura chimica sau enzimatica.
1. Hidroliza acida: In cazul tratamentului acid, moleculele de ADN si ARN se comporta si au
rezistente similare. In conditii blande (pH ~ 4) are loc ruperea legaturilor N-glicozidice de la nivelul
nucleotidelor purinice obtinandu-se un derivat de acid nucleic apurinic; in conditii drastice de hidroliza
(pH sub 2, temperatura ridicata) are loc ruperea legaturilor fosfodiesterice (are loc degradarea
scheletului pentozo-fosfat) si a tuturor legaturilor N-glicozidice, pana la obtinerea unui amestec de
fosfati, baze azotate si pentoze.
2. Hidroliza bazica: Comportamentul celor 2 tipuri de acizi nucleici la hidroliza bazica este
diferit; astfel ADN rezista la valori extreme de pH bazic. S-a observat ca la 37 grade Celsius si pH 13
se inregistreaza aproximativ 10 scindari de legaturi fosfodiesterice pe ora, la lungim de 1.000.000 de
nucleotide. Comportamentul ARN este total diferit, acesta fiind mult mai sensibil la hidroliza bazica. S-
a observat ca la 37 de grade Celsius si pH 11, lanturile de ARN hidrolizeaza (se separa in nucleotide) in
cateva minute, indiferent de lungime. Totodata, s-a observat ca inca de la valori de pH =8, apare o
degradare seminificativa a moleculelor de ARN prin scindarea puntilor fosfodiesterice. Sensibilitatea
ARN la hidroliza bazica se datoreaza prezentei gruparii OH libere in pozitie 2’, aceasta suferind un
proces de deprotonare cu formarea unui anion cu un caracter puternic nucleofil, care ataca si scindeaza
legatura fosfodiesterica din proximitate. Absenţa hidroxilului în 2’ din scheletul ADN este un factor
determinant al stabilităţii sale chimice în condiţii celulare, normale sau agresive. Astfel înţelegem
esenţa selecţionării evolutive a ADN, ca suport al informaţiei genetice, datorită rezistenţei sale. Această
moleculă trebuie să suporte operaţii de duplicare şi de copiere care se desfăşoară pe toată durată de
viaţă a organismului şi să asigure transmiterea informaţiilor la descendenţi.
3. Hidroliza enzimatica: enzimele capabile sa hidrolizeze ireversibil legaturile fosfodiesterice
din structura acizilor nucleici se numesc fosfodiesteraze sau, generic, nucleaze. Se pot clasifica:
i. Dupa modul in care ataca lantul nucleotidic: exonucleaze (actioneaza de la nivelul capetelor
libere ale lanturilor de acizi nucleici) si endonucleaze (ataca lanturile de AN in interiorul acestora);
ii. Dupa specificitatea fata de substrat, exista enzime specifice pentru tipul de AN: ribonucleaze
(recunosc si scindeaza numai molecule de ARN) si deoxiribonucleaze (DNA-ze, recunosc si scindeaza
numai molecule de ADN) si exista enzime specifice pentru tipul de structura: mono sau dublu catenara.
iii. Dupa specificitatea de recunoastere a situsurilor de actiune: exista nucleaze cu specificitate
pentru baze azotate si nucleaze cu specificitate pentru secvente nucleotidice;
iv. Dupa modul de scindare al legaturilor fosfodiesterice, exista nucleaze de tip d scindeaza
extremitatea 5’ si conduc la formarea 3’nucleotid-mono-fosfatilor si nucleaze de tip p care scindeaza
extremitatea 3’ si determina formarea 5’nucleotid-mono-fosfatilor, 5’NMP.
Tipuri de tăieturi la nivelul legăturilor: exonucleazele şi endonucleazele de tip d: scindează
extremitatea 5’ şi duc la formarea de 3’NMP; exonucleazele şi endonucleazele de tip p: scindează
extremitatea 3’ şi determină formarea 5’NMP.
De mentionat enzimele de restrictie a caror descoperire a insemna un pas gigantic pentru evolutia
tehnicilor de biologie moleculara. Acestea recunosc si taie secvente de baze cu structuri caracteristice de pe
catena ADN, numite palindroame; se poate reduce astfel intr-o maniera reproductibila, un genom intreg la o serie
de fragmente caracteristice pentru o specie data. Astfel, genele sau parti ale genelor devin entitati fizice izolate.
 15

Denaturarea si renaturarea acizilor nucleici

Denaturarea reprezinta procesul de alterare a structurii spatiale a moleculelor de acizi nucleici
fara ruperea legaturilor covalente din structura.
1. Denaturarea termica: in momentul incalzirii unei solutii de ADN sau ARN, apar o serie
intreaga de modificari fizico-chimice (cresterea absorbantei in UV, pierderea vascozitatii solutiei,
ruperea legaturilor chimice slabe din structura) deoarece cresterea treptata a temperaturii duce la
pierderea interactiilor hidrofobe si de tip Van der Waals, interactii care apar intre bazele azoate din
structura, apoi la ruperea puntilor de H stabilite pe baza de complementaritate, ceea ce va conduce la
pierderea structurii spatiale de dublu helix si adoptarea unor conformatii aleatorii intamplatoare ale
monocatenelor componente.
Temperatura la care moleculele de acizi nucleici sunt denaturate total depinde de lungimea
lanturilor dublu catenare si de compozitia in baze azotate (relaţie directă cu conţinutul în G+C,
deoarece împerecherile GC se realizează prin intermediul a trei legături de hidrogen şi sunt mai stabile
în timp ce perechile AT se disociază primele). Numim temperatura de melting (Tm), acea valoare de
temperatura la care jumatate din cantitatea de ADN dublu catenar se regaseste in stare monocatenara.
La originea acestor diferenţe stau caracteristici intrinseci ale ADN: lungimea şi compoziţia în
baze. Rezistenţa la fuziune este în relaţie directă cu conţinutul în G+C, deoarece împerecherile GC se
realizează prin intermediul a trei legături de hidrogen şi sunt mai stabile în timp ce perechile AT se
disociază primele.
Un factor important in procesul de denaturare, este si concentratia de saruri din mediu. Astfel
ionii minerali in concentratie mare au capacitatea de a stabiliza lanturile dublu helicale prin anularea
repulsiilor electrostatice ce apar intre gruparile fosfat de pe catene diferite.
Renaturarea este fenomenul de restaurare, refacere a conformatiei initiale dublu catenare
plecand de la molecule denaturate total.
Exista 2 situatii: Daca solutiile de ADN denaturate prin incalzire sunt racite brusc, timpul de
refacere al puntilor de hidrogen este prea scurt, iar lanturile monocatenare vor ramane in conformatiile
intamplatoarea adoptate SI daca solutia de ADN denaturata prin incalzire este racita treptat se observa
o revenire gradata la caracteristicile structurii dublu helicale.
Acest proces numit renaturare se desfasoara in 2 etape, care decurg cu viteze diferite.
i. In prima etapa, catenele separate se întâlnesc la întâmplare (hazard); monocatenele se
unesc prin punti de hidrogen la nivelul unor secvente scurte, de cateva perechi de baze, care vor forma
puncte de initiere a renaturarii. Aceasta prima etapa se desfasoara lent si este limitanta de viteza pentru
procesul de renaturare.
ii. In a doua etapa, pornindu-se de la acele puncte de initiere ale renaturarii, imperecherile
pe baza de complementaritate se vor forma cu foarte mare rapiditate pe toata lungimea moleculei, dupa
modelul inchiderii unui fermoar.

2. Pe langa denaturarea termica, in vivo se realizeaza o denaturare enzimatica a moleculelor de

ADN cu ajutorul helicazelor.
3. De asemenea, exista si modalitati chimice prin care moleculele de ADN pot fi denaturate,
spre exemplu, tratamentul alcalin: in anumite conditii de pH si temperatura, poate conduce la obtinerea
ADN monocatenar. Anumiti compusi organici, precum formaldehida, formamida sau ureea au
capacitatea de a denatura moleculele de acizi nucleici, datorita proprietatilor de a stabili punti de
hidrogen cu bazele azotate.
 16

Organizarea materialului genetic la Procariote

Unul dintre criteriile care stau la baza clasificării organismelor este absenţa sau prezenţa
nucleului individualizat. Celulele procariote lipsite de un veritabil nucleu, includ eubacteriile şi
archeobacteriile. De cealaltă parte se află celulele eucariote care posedă o membrană nucleară care
separă cromozomii de restul celulei. Cromozomul unic al celulelor procariote este format dintr-o
moleculă de ADN dublu catenar circulară care conţine câteva milioane de perechi de baze. În general,
genoamele eucariotelor au o mărime şi o complexitate variabilă şi conţin mai mulţi cromozomi.
In cazul procariotelor, compartimentul citoplasmatic unic contine o zona numita nucleoid, la
nivelul careia intalnim genomul bacterian, dar si molecule proteice implicate in compactare, replicare,
transcriptie si diverse tipuri de molecule de ARN. Asemeni eucariotelor, genomul procariotelor trebuie
să se încadreze într-un spaţiu foarte restrâns. Cromozomul circular de la E. coli are o circumferinţă de
1,6 mm în timp ce dimensiunile celulei sunt de 1,0 x 2,0 µm. Structurarea necesară este realizată, ca şi
la eucariote, cu ajutorul proteinelor de legare la ADN („DNA binding proteins”) care compactează
genomul într-o formă organizată.
Marea majoritate a genoamelor procariote au dimensiuni sub 5 megaperechi de baze si se
prezinta in cele mai multe cazuri, sub forma unei molecule de ADN circular covalent inchise (au fost
identificati si cromozomi care adopta forma liniara, prima data in cazul genului Borelia si ulterior si la
alte genuri bacteriene). Pe langa cromozomul procariot, in celule se intalnesc si plasmide care in
totalitatea lor vor constitui ereditatea extracromozomiala. De obicei, cromozomul bacterian este
denumit si genom principal, iar plasmidele reprezinta o ereditate extracromozomiala. O caracteristica a
genoamelor procariote este existenta unor gene continue, neintrerupte, care au in componenta exclusiv
secventa codificatoare.
Genomul bacterian este compactat prin interactiunea cu proteine in celulele de E.coli, cele mai
abundente fiind proteinele HU. Proteinele HU sunt total diferite din punct de vedere structural fata de
proteinele histonice de la eucariote, dar functioneaza in mod similar cu acestea. Astfel, proteinele HU
formeaza un tetramer in jurul caruia se infasoara aproximativ 60 de perechi de baze de ADN, acesta
constituiind primul stadiu in procesul de compactare a materialului genetic. In stadiile ulterioare de
compactare intervin si alte tipuri de proteine, ajungandu-se ca in stadiile finale, molecula de ADN sa fie
dispusa, ancorata pe structura unei proteine miez, de la nivelul careia radiaza un numar de cateva zeci
de bucle suprarasucite. In cazul E.coli, fiecare bucla suprarasucita contine aproximativ 100 de
kiloperechi de baze de ADN.
Archaebacteriile poseda un alt tip de proteine de compactare, diferite de proteinele de HU, dar
foarte asemanatoare structural cu histonele eucariote.

Plasmidele reprezinta molecule scurte de ADN, in marea majoritate a cazurilor circulare, care
coexista in celula impreuna cu cromozomul procariot si care pot rezista independent, unele dintre ele
fiind si capabile de integrare la nivelul cromozomilor. Multe dintre plasmide au capacitatea de a se
transfera de la o celula la alta, acestea putand fi deseori regasite chiar la specii diferite.
De obicei, plasmidele contin gene care nu se regasesc pe cromozomul bacterian si de cele mai
multe ori sunt neesentiale pentru supravietuirea organismului procariot deoarece codifica pentru
fenotipuri cum sunt rezistenta la antibiotice fara de care bacteriilor pot trai in conditii de mediu
normale. In unele cazuri (ex. tot la specii din genul Borelia), cromozomul bacterian este insotit de cel
putin 17 plasmide diferite care au in componenta un numar de gene apropiat de numarul genelor
continute la nivelul cromozomului.
 17

O alta caracteristica a genoamelor procariote este prezenta operonilor. Operonii reprezinta un

grup de gene dispuse de obicei una in continuarea celeilalte care sunt exprimate intotdeauna impreuna
ca o singura unitate. Ex.: primul operon descoperit, operonul Lactoza de la E.coli
Deoarece, lactoza nu este o componentă comună a mediul înconjurător pentru E. coli,
majoritatea timpului operonul nu este exprimat şi enzimele pentru utilizarea lactozei nu sunt sintetizate
de bacterie. Când lactoza devine disponibilă se realizează activarea operonului şi cele trei gene sunt
exprimate împreună.
In cazul E.coli exista circa 600 de operoni care codifica pentru proteine implicate in aceleasi cai
metabolice. Cu toate acestea, la Archaebacterii, dar si la alte genuri bacteriene, au fost identificati
operoni care codifica pentru proteine implicate in cai metabolice sau in activitati celulare diferite.

Organizarea materialului genetic la Eucariote

Unul dintre criteriile care stau la baza clasificării organismelor este absenţa sau prezenţa
nucleului individualizat. Celulele procariote lipsite de un veritabil nucleu, includ eubacteriile şi
archeobacteriile. De cealaltă parte se află celulele eucariote care posedă o membrană nucleară care
separă cromozomii de restul celulei. Cromozomul unic al celulelor procariote este format dintr-o
moleculă de ADN dublu catenar circulară care conţine câteva milioane de perechi de baze. În general,
genoamele eucariotelor au o mărime şi o complexitate variabilă şi conţin mai mulţi cromozomi.
În ciuda diferenţelor evidente de formă şi de funcţie, diferitele tipuri celulare care compun un
organism multicelular, fie că este vorba de o ciupercă sau de un mamifer, conţin un lot complet de
gene. Văzută din exterior o celulă din constituţia unui cartilaj şi un neuron nu se aseamănă deloc. Cu
toate acestea cele două tipuri celulare conţin acelaşi complement de gene, care conţine ansamblul
instrucţiunilor genetice. Acestea posedă mecanisme care le permit să exprime informaţia genetică, în
mod selectiv, urmând numai instrucţiunile care privesc numai o singură celulă într-un moment
particular al existenţei acesteia.
In nucleul unei celule eucariote tipice, aflate in interfaza, putem evidentia urmatoarele structuri:
i. cromozomii reprezentati de molecule de ADN dublu catenar, prezenti sub forma unor fibre difuze
rezultate din asocierea cu proteine, numite si cromatina; ii. matricea nucleara, formata dintr-o retea
fibrilara de proteine; iii. unul sau mai multi nucleoli; iv. nucleoplasma – substanta lichida in care se
gasesc celelalte componente.
Toate acestea sunt delimitate de spatiul citoplasmatic, printr-o membrana similara cu membrana
celulara, dispusa in dublu strat. Cele doua membrane concentrice care formeaza invelisul nuclear
fuzioneaza din loc in loc formand pori nucleari, la nivelul carora este dispus un ansamblu proteic care
formeaza complexul porului nuclear (o celulă de mamifere, de mărime medie, posedă aproximativ
3000 de pori nucleari). Suprafata interna a invelisului nuclear este captusita cu o retea proteica densa,
numita lamina nucleara. Aceasta serveste in special pentru fixarea fibrelor de cromatina in interiorul
nucleului astfel ca nu sunt dispersate în tot nucleul, cum am putea crede, ci sunt concentrate într-un
domeniu specific care nu se suprapune deloc cu domeniile altor cromozomi. Membrana externă este în
general presărată cu ribozomi şi adesea în continuitate cu membrana reticulului endoplasmatic.
 18

Cromozomii

Cromozomii sunt constituiţi dintr-un complex de ADN şi proteine numit cromatină. Acestia se
individualizează structural la începutul mitozei şi „par să dispară” din nou la sfârşitul acesteia;
dispersarea cromatinei în celulele în interfază face mult mai uşoară replicarea şi transcripţia ADN si,
din contră, cromatina celulelor mitotice este sub forma cea mai condensată, care uşurează „livrarea”
unui pachet intact de ADN fiecărei celule fiice. Cromatina există în diverse stări în diferite faze ale
ciclului celular. Cromozomii sunt mult mai scurţi decât lungimea moleculelor de ADN pe care le
conţin. În medie, un cromozom uman conţine o moleculă de ADN de aproximativ 5 cm. Compactarea
acestui material genetic, în structura cromozomului, presupune existenţa unui sistem organizat de
împachetare care să permită totuşi funcţionarea genomului şi exprimarea genelor. In functie de etapele
ciclului celular, cromatina poate aparea in mai multe stari: in interfaza, cromatina are o forma
dispersata, in timp ce la nivelul celulelor aflate in diviziune, aceasta se afla in stadiul maxim de
compactare; in momentul condensarii din timpul profazei mitotice, fiecare cromozom adopta o forma
distincta determinata de lungimea moleculei de ADN, iar pe de alta parte de pozitia centromerului.
Carotipul reprezinta formula scrisa cu cifre si litere care descrie cromozomii unei specii;
acestea, cromozomii omologi, sunt dispuşi în ordinea descrescătoare a mărimii. Celulele somatice de la
om conţin 46 cromozomi care pot fi grupaţi în 22 de perechi omologe şi cromozomii sexuali care sunt
XX la femei şi XY la bărbaţi.Se foloseste pentru a identifica indivizii purtători de anomalii
cromozomale, existand posibilitatea determinării cromozomilor suplimentari, absenţa lor sau o serie de
alte modificări.
Cromozomii sunt variabili in ceea ce priveste dimensiunea si forma. De obicei, cromozomii
sunt clasificati folosind sistemul Denver, iar acesta are la baza urmoatoarele criterii:
- in functie de dimensiune, cromozomii pot fi mari, mijlocii sau mici.
- in functie de indicele centromeric (raportul dintre lungimea bratului scurt si lungimea
totala a cromozomului) cromozomii pot fi metacentrici (centromerul este dispus la jumatatea lungimii,
iar bratele p si q sunt egale), submetacentrici (in acest caz centromerul este dispus in regiunea
submediana si in acest caz bratele nu mai sunt egale) si acrocentrici (in acest caz, centromerul este
dispus excentric, foarte aproape de telomerul bratului scurt).

Centromerul – reprezinta acea regiune de la nivelul cromozomilor care imparte cromatida in 2

brate: bratul scurt al cromozomului este denumit cu litera p (petit) iar bratul lung este denumit cu q ,
urmatoarea litera din alfabet. ADN centromeric fixează proteine specifice, printre care şi cele care
servesc drept situs de fixare a microtubulilor în procesul de separare a cromozomilor în timpul
diviziunii mitotice.
Telomerii – reprezinta cele 2 extremitati ale moleculei de ADN care formeaza un cromozom (la
om telomerii posedă motivul repetitiv TTAGGG/AATCCC care se repetă de o mie de ori şi permite
replicarea normală a capetelor cromozomilor). La nivelul telomerilor, exista secvente repetitive, specie-
specifice, cu rol de protectie impotriva degradarii moleculei de ADN. Regiunile telomerice rezista de la
o generatie celulara la alta, datorita unei enzime numita telomeraza care adauga regiuni repetitive la
fiecare ciclu de replicare. Au mai multe roluri:
-protectie impotriva nucleazelor;
-sunt necesari ca semnal pentru replicarea completa a moleculei de ADN;
-impiedica fuziunea dintre extremitatile cromozomimlor prin procese de recombinare;
-faciliteaza ancorarea cromozomilor la lamina nucleara.
De asemenea, telomerii şi activitatea telomerazei par să fie unii dintre principalii actori
implicaţi în procesul de îmbătrânire. Celulele normale, în cultură, nu sunt capabile să se dividă decât de
 19

un număr limitat de ori înainte de a da semne de „îmbătrânire” şi de a muri în final. Dintre ipotezele
propuse pentru a explica această observaţie este şi scurtarea progresivă a telomerilor.
Telomerii se scurtează deoarece cea mai mare parte a celulelor umane par să fie lipsite de
telomeraze. Contrar celulelor normale, celulele canceroase nu încetează să crească în cultură şi devin
„nemuritoare”. Unul dintre factorii care ar putea contribui la imortalizarea celulelor maligne este
reactivarea telomerazei, care conservă lungimea telomerilor de-a lungul generaţiilor. De fapt,
cercetările realizate în acest sens au demonstrat clar că celulele canceroase posedă o activitate
telomerazică care nu poate fi evidenţiată în celulele normale. Această descoperire a declanşat
stimularea cercetărilor privind inhibitorii specifici ai acestei enzime în speranţa că aceştia vor avea
efect benefic în tratamentul anumitor tipuri de cancer.

Compactarea ADN-ului nuclear

O celulă umană normală conţine aproximativ 6 miliarde de perechi de baze repartizate între 46
de cromozomi (cantitatea prezentă înnumărul diploid de cromozomi ne-replicaţi). Fiecare cromozom
conţine o singură moleculă continuă de ADN. Cu cât cromozomul este mai mare cu atât este mai lungă
molecula de ADN pe care o conţine. Deoarece fiecare pereche de baze ocupă aproximativ 0,34 nm, 6
miliarde de perechi de baze corespund unei molecule lungi de 2 metri. De asemenea, în celulă, ADN
este hidratat cu cantităţi importante de apă (aproximativ 6 molecule de apă pentru fiecare pereche de
baze), care şi acestea duc la creşterea volumului. Problema cheie a fost identificarea modalităţilor prin
care este posibilă localizarea a 2m de ADN hidratat într-un nucleu al cărui diametru nu depăşeşte 10
µm, asigurând în acelaşi timp, accesul proteinelor şi enzimelor implicate în procesele de reglare. O altă
problemă, la fel de importantă, se referă la modul în care molecula de ADN, dintr-un cromozom, este
organizată pentru a nu se înnoda cu moleculele altor cromozomi. Răspunsurile la toate aceste probleme
îl găsim în modul remarcabil de împachetare al moleculei de ADN. Se cunoaşte de mult timp că fibrele
care formează cromatina, şi intră în structura cromozomilor, sunt formate din ADN în asociere cu
proteine. Proteinele din structura cromatinei sunt împărţite în două grupe principale: histonele şi
proteinele cromozomiale nehistonice. Histonele reprezintă ocolecţie de mici proteine bazice bine
definite, în timp ce proteinele nehistonice sunt compuse dintr-un număr mare de proteine diferite cu rol
structural, enzimatic şi reglator.

1. Primul nivel de compactare al materialului genetic este reprezentat de nucleozomi, unitatea

de baza a organizarii cromatinei.

Impachetarea moleculelor de ADN depinde de interactiunea acestora cu proteinele histonice.

Histonele reprezinta o categorie de proteine cu caracter bazic, bogate in resturi de aminoacizi, de tipul
lizinei si argininei, incarcate pozitiv la pH fiziologic. Studiile de secventa si structurale au condus la
impartirea proteinelor histonice in 2 grupuri: grupul histonelor H1 (variabile de la o specie la alta) si
grupul histonelor H2A, H2B, H3 si H4 (extrem de bine conservate din punct de vedere evolutiv si
compun impreuna miezul proteic care sta la baza nucleozomului). Din punct de vedere al structurii
tertiare, histonele din al doilea grup prezinta 2 domenii, unul central, hidrofob si un domeniu N-
terminal, hidrofil, flexibil. Histonele de tip H1 poseda si un al treilea domeniu, hidrofil plasat in
regiunea C-terminala.
Nucleozomii sunt reprezentati de un miez proteic central care contine 8 molecule proteice si
anume: 2 copii ale histonei H2A, 2 copii ale histonei H2B, 2 copii ale histonei H3 si 2 copii ale histonei
H4 care formeaza octamerul histonic in jurul caruia se rasucesc 147 de perechi de baze de ADN dublu
catenar care face aproape doua spire in jurul miezului proteic. Nucleozomii sunt uniti intre ei printr-un
 20

segment de ADN cu o lungime variabila de la o specie la alta, dar avand aproximativ 60 de perechi de
baze iar impreuna formeaza o structura cu aspectul unui ,,sirag de margele”. Nucleozomii au un
diametru de aproximativ 10 nm in timp ce ADN de legatura are un diametru de aproximativ 2,5nm.
Dacă pentru spiralizarea a 200 de perechi de baze de ADN sunt necesare aproximativ nouă
molecule de histone, o celulă umană care conţine 6 miliarde de perechi de baze de ADN, poate conţine
aproximativ 300 milioane de histone necesare împachetării primare a materialului genetic. Astfel se
explică, necesitatea unui număr mare de exemplare de gene care codifică pentru histone în celulele care
se divid rapid.
Pentru a se trece in urmatorul stadiu de compactare, cel al filamentelor de 10nm, nucleozomii
interactioneaza cu histonele de tip H1, care se leaga la molecula de ADN la intrarea si la iesirea de pe
nucleozom. Aceasta interactie cu histona H1 condenseaza nucleozomii intr-o structura compacta.
Resturile de aminoacizi bazici din compozitia histonelor H2A, H2B, H3 si H4 sunt de obicei
grupate catre extremitatile moleculei in timp ce restul structurii capata un puternic caracter hidrofob.
Astfel, regiunile hidrofobe din structura histonelor favorizeaza agregarea acestora sub forma
octamerului histonic in timp ce portiunile polare formeaza cozi orientate catre exteriorul octamerului
unde resturile incarcate pozitiv pot stabili interactii ionice cu gruparile fosfat negatice din structura
ADN. Interacţia dintre histone şi ADN este, în principal, de natură structurală şi relativ independentă de
secvenţa nucleotidică. Cu toate ca molecula de ADN este strans asociata nucleului format din histone
prin suprafata interna a fibrei elicoidale, suprafata sa externa ramane expusa si poate interactiona cu
moleculele de reglare.
Prin studii de microscopie electronica s-a observat ca aceste cozi polare incarcate pozitiv, se
reunesc sub forma de perechi la suprafata acestuia si formeaza o structura spiralata ghidand dublul
helix ADN in momentul infasurarii pe miezul proteic.
Resturile de lizina si arginina servesc drept puncte de fixare pentru dublul helix ADN. Formarea
nucleozomilor reprezintă prima etapă importantă a procesului de condensare. Dacă întinderea ar fi
completă, cele 200 perechi de baze ale unui nucleozom individual de 10 nm diametru ar ocupa
aproximativ de 70 nm, pentru o valoare a planului nucleotidelor de 0,34 nm. În consecinţă, raportul că
de condensare a ADN, din structura nucleozomilor este de aproximativ 7:1.

Alte stadii de compactare a moleculelor de ADN:

- Un alt stadiu de compactare este reprezentat de filamentele de 30nm. Acestea se formeaza prin
impachetarea nucleozomilor intr-un aranjament spiralat de tip solenoid care contine aproximativ 6
nucleozomi la fiecare rasucire prin interacţiunea între moleculele de histonă H1 ale nucleozomilor
vecini. Gradul de compactare creste de 6x in cazul acestor filamente de 30 nm.
- Ulterior, aceste filamente se organizeaza prin asocieri cu alte tipuri de proteine, formand bucle
suprarasucite de ADN. Se considera ca in cazul eucariotelor superioare, o bucla suprarasucita de ADN
contine pana la 150kb iar organizarea buclelor este controlata de topoizomerazele de tip II.
- Cromozomul mitotic reprezinta ultima etapa de condensare a moleculelor de ADN. Se
considera ca un micrometru dintr-un cromozom mitotic contine compactat aproximativ 1cm de ADN.
 21

Marimea genoamelor nucleare eucariote

Marimea poate varia de la 10 Mpb la peste 100.000 Mpb. Aceasta nu este direct proportionala
cu complexitatea organismelor, constatandu-se ca de multe ori marimea genoamelor nu este data de
marimea secventelor codificatoare ci este determinata in special de ADN necodificator. De exemplu,
drojdia Saccharomyces cerevisiae, un eucariot relativ simplu are de patru ori mai mulţi cromozomi
decât musculiţa Drosophila melanogaster. De asemenea, numărul cromozomilor nu pare să fie corelat
cu mărimea genomului sau cu poziţia evolutivă a organismului. Anumite salamandre posedă genoame
de aproximativ 30 de ori mai mari decât omul dar au un număr de cromozomi redus la jumătate. O
situaţie similară se poate consta şi în cazul unor plante, cum este porumbul. Complexitatea morfologică
a unui organism ar trebui să reflecte complexitatea genetică. Cu toate acestea, corespondenţa dintre cei
doi parametrii este cunoscută drept „Paradoxul Valorii C” (C, cantitatea de ADN din genomul haploid).
Marimea excesiva a genoamelor de la eucariote se datoreaza mai multor aspecte:
- prezenta intronilor (secvente necodificatoare de proteine la nivelul marii majoritati a genelor);
- prezenta unor gene care apar in copii multiple (de ex. genele care codifica ARNr si ARNt -
pentru a satisface necesităţile, în ribozomi, ale unei creşteri rapide);
- prezenta pseudogenelor (copii inactive ale genelor aparute in urma unor procese mutationale);
- prezenta unor familii mari de ADN repetitiv care in anumite cazuri pot reprezenta si pana la
50% din totalul genomului.

Ereditatea extranucleara
Este reprezentata de genoamele mitocondriale atat in cazul celulelor animale, cat si in cazul
celulelor vegetale, respectiv de genoamele cloroplastelor care apar exclusiv la nivelul celulelor
vegetale. Majoritatea genoamelor mitocondriale sau cloroplastice au forme circulare, dar in ultima
vreme au fost descoperite si forme liniare in cazul unor eucariote inferioare unicelulare.
Marimea moleculelor de ADN mitocondrial, numarul si natura proteinelor codificate de
genomul mitocondrial difera de la o specie la alta. Genoamele mitocondriale sunt de obicei reduse din
punct de vedere al marimii, au organizare compacta, foarte asemanatoare cu genoamele procariote.
S-a observat ca in cazul plantelor, pot exista mai multe tipuri de ADN mitocondrial la nivelul
aceleiasi celule. Diferentele de marime si de capacitate codificatoare a genoamelor mitocondriale
reflecta un schimb de ADN intre mitocondrie si nucleu in cursul evolutiei.
Structura genoamelor cloroplastice este asemanatoare cu a celor mitocondriale numai ca
capacitatea codificatoare a acestora este mai mare.
Atat genoamele mitocondriale cat si genoamele cloroplastice codifica exclusiv pentru proteine
sau molecule de ARN utilizate in interiorul acestor organite.
 22

Structura secundara a moleculelor de ARN

(elicele ARN si motivele elementare 2D)

Toate moleculele de ARN sunt de fapt produsi ai reactiilor de transcriptie a unei singure catene
din molecula de ADN, deci moleculele de ARN apar in interiorul celulelor, in stare monocatenara.
Forţele de stivuire şi de împerechere a bazelor determină şi în cazul ARN, structuri sub formă
de elice. Acestea nu au perfecţiunea dublului helix de referinţă prezent în structura ADN, dar împreună
cu regiunile existente între ele se organizează în structuri definite prin noţiunea de motive.
In cazul moleculelor de ARN exista posibilitatea formarii unor regiuni dublu helicale la nivelul
aceleiasi monocatene si implicand regiuni distale ale acesteia. De asemenea, in celule pot fi intalnite
structuri dublu helicale temporare, stabilite intre 2 molecule de ARN diferite dar intotdeauna acestea se
stabilesc pe distante foarte scurte. Totodata, in timpul procesului de transcriptie exista si posibilitatea
aparitiei unor hibrizi tranzitorii, dublu-catenari, ADN-ARN.
Segmente dublu-helicale din ARN se stabilesc pe distante foarte scurte, care de obicei nu
depasesc 10 perechi de baze. Daca se compara dublu-helix ADN cu dublu-helix ARN se constata
urmatoarele aspecte:
i. Cele 2 catene se orienteaza tot intr-o maniera antiparalela;
ii. Pe langa imperecherile prin punti de H de tip standard (G≡C si A=U), exista si
posibilitatea formarii altor tipuri de perechi nucleotidice: G=U, A=I (inozina), C=I, U=I.
iii. In structura ARN, apar mai multe tipuri de baze azotate sau de nucleotide modificate,
acestea putand fi la randul lor implicate in formarea unor punti de hidrogen non-standard.
iv. Radicalii hidroxili din pozitie 2’ se opun prin interferenta cu baza azotata, cu
gruparea hidroxil de pe catena opusa si cu gruparea fosfat, adoptarii unei conformatii dublu-helicale de
tip B. Dublul helix ARN se aseamana cu conformatia A a ADN datorita unghiului care apare intre axul
central helical si bazele azotate.

Tipuri de structura secundara ARN: In cazul moleculelor de ARN, cele mai frecvent intalnite
motive/tipuri de structura secundara, sunt cele de tip harpin si cele de tip stein-loop. Motivele de tip
stein-loop sunt foarte des intalnite in special in moleculele de ARN-ribozomal si ARN de transfer si
apar sub forma unei tije dublu-catenare care delimiteaza o bucla larga monocatenara. Motivele de tip
harpin sunt stabilite de obicei temporar in cazul moleculelor de ARN si au rolul de a indica regiuni la
nivelul carora urmeaza sa actioneze anumite enzime.

Structura tertiara a ARN

Structurile tertiare ARN implica aparitia unor legaturi de H atipice, care implica gruparile fosfat
si scheletul pentozo-fosfat. Pe langa resturile libere de la nivelul gruparilor fosfat, in formarea
structurilor tertiare intervin si gruparile hidroxil din pozitie 2’.
In urma adoptarii conformatiilor tertiare, moleculele de ARN vor avea in structura domenii
independente atat din punct de vedere al organizarii cat si al functiei. De ex. in cazul moleculei de
ARNr 16S, de la procariote, intalnim 4 domenii functionale separate prin domenii scurte, flexibile de
ARN.
S-a observat ca, conformatiile tertiare ale moleculelor de ARN, pot fi interconvertibile in
functie de conditiile fiziologice; o aceeasi molecule de ARN, putand trece de la o conformatie la alta, in
functie de conditiile de pH, de tarie ionica sau in urma legarii anumitor liganzi cum ar fi de ex.
molecule protetice sau aminoacizi.
 23

ARN-mesager (ARNm)
Reprezinta copii ale regiunilor codificatoare de proteine, din moleculele de ADN. Moleculele
de ARNm contin informatia necesara sintezei proteinelor, codificata în limbaj genetic ternar
(aminoacizii sunt codificaţi de triplete de baze numite codoni), flancată de secvenţe adiţionale necesare
funcţionării şi reglării maşinăriei de translaţie.
Utilizarea ARN mesager permite celulei să separe stocarea şi utilizarea informaţiei. În timp ce
genele rămân izolate în nucleu, unde sunt parţi integrante ale moleculelor enorme de ADN, informaţia
acestora poate fi comunicată unei molecule de ARN mobilă, mult mai mică şi capabilă să treacă în
citoplasmă. La acest nivel, molecula serveşte drept model pentru a dirija incorporarea aminoacizilor
într-o ordine specifică, codificată de secvenţa nucleotidelor în ADN şi ARNm. De asemenea, folosirea
ARNm permite celulei să îşi amplifice puternic activitatea. O moleculă de ADN poate servi de model
pentru producerea unui număr mare de molecule de ARN care, toate vor reprezenta matriţe pentru
producerea unui număr şi mai mare de catene polipeptidice.
Durata de viaţă a moleculelor de ARN mesager este scurtă. La bacterii durata de viaţă a unui
ARNm este de numai câteva minute. La eucariote aceste molecule sunt mai stabile durata de viaţă
variind de la câteva minute la câteva zile. Moleculele de ARNm sunt permanent produse si degradate,
sinteza acestora desfasurandu-se la nivelul regiunii nucleoid procariot sau in interiorul nucleului
eucariote urmand ca acestea sa sa deplaseze spre citoplasma pentru a fi traduse in proteine cu ajutorul
ribozomilor. O aceeasi molecule de ARNm poate fi tradusa de mai multe ori rezultand un numar mai
mare de proteine si realizandu-se astfel o amplificare a mesajului genetic.
Din punct de vedere cantitativ, moleculele de ARN mesager reprezinta aprox 2-3% din totalul
de ARN dintr-o celula. Moleculele de ARNm mature din citoplasma sunt produsii finali ai unor serii de
reactii care se desfasoara asupra unor molecule precursori sintetizate la nivelul nucleului sau
nucleotidului.
In cazul procariotelor, moleculele de ARNm contin de obicei informatia genetica a unui intreg
operon iar de aceea se numesc policistronice. In cazul eucariotelor, moleculele de ARNm contin
intotdeauna informatia genetica a unei singure gene si se numesc monocistronice. In cazul eucariotelor,
moleculele de ARNm precursori au in structura, copiate din ADN atat secvenele codificatoare
informationale (exonii) cat si secventele necodificatoare (intronii). Pentru a fi maturate, moleculele de
preARNm de la eucariote, trec mai intai printr-un proces de splicing in urma caruia intronii sunt
eliminati iar exonii sunt resudati. Pentru a capata activitate biologica, moleculele de preARNm ale
eucariotelor (transcripti primari) totali nefunctionali sufera o serie de transformari reunite sub numele
de procesare post-transcriptionala. Prima etapa din acest proces complex este reprezentata de splicing
in timp ce urmatoarele etape sunt reprezentate de adaugarea unei structuri cap in pozitie 5’ si a unei
cozi formata din resturi de poliadenilat in pozitie 3’.
Informatia genetica copiata in structura moleculelor de ARN mesager mature este tradusa intr-o
secventa de aminoacizi de catre ribozomi prin intermediul codului genetic, adica traducerea mesajului
dintr-un cod format din inlantuirea repetitica si aleatoare a patru nucleotide in altul, reprezentat de
alternanta a 20 de aminoacizi. Fiecare aminoacid este codificat de una sau mai multe secvente
trinucleotidice din structura ARN mesager, secvente numite codoni. Codul genetic contine 64 de
combinatii posibile trinucleotidice (64 de codoni dintre care 61 codifica pentru aminoacizi iar 3 sunt
codoni STOP care indica finalul sintezei proteice).
 24

Caracteristicile codului genetic

1. Este degenerat
Un aminoacid poate fi identificat de mai multi codoni, degenerare neuniforma. De exemplu,
Ser este codificata de 6 codoni , Ile de 3 codoni, Trp de un singur codon. Codonii ce codifica pentru
acelasi aminoacid se numesc codoni sinonimi (majoritatea acestora difera, de regula, la nivelul celui
de-al 3-lea nucleotid)
2. Nu prezinta punctuatii
In structura moleculelor de ARNm nu exista semnale care sa identifice sfarsitul sau inceputul
unui codon. Acestia sunt dispusi continuu in lungul lantului nucleotidic de la codonul START pana la
codonul STOP.
3. Codonii prezinta o polaritate specifica
Acestia sunt cititi si decodificati de ribozomi doar in sensul 5`-3`. De exemplu, codonul
5`UCA3` codifica Ser, iar codonul 5`ACU3` codifica Thr.
4. In cazul marii majoritati al organismelor, codul genetic este universal (au fost
identificate exceptii cu pecadere la genoamele mitocondriale, iar in ultimul timp si la nivelul
genoamelor nucleare).

Mutatii si agenti mutageni

Mutatia reprezinta o codificare stabila in structura moleculelor de ADN, care poate sau nu sa fie
exprimate la nivelul fenotipurilor. Mutatiile care apar la nivelul moleculei de ADN se clasifica astfel:
1. Substitutii nucleotidice:
i. Tranzitii – un nucleotid purinic este inlocuit cu un alt nucleotid purinic;
ii. Transversii – un nucleotid purinic este inlocuit de un nucleotid pirimidinic si invers.
2. Mutatiile de tip indel (se numesc frameshift sau mutatii cu deplasarea cadrului de citire)
i. Insertii – unul sau infinit nucleotide sunt inserate;
ii. Deletii – unul sau infinit nucleotide se pierd de la nivelul moleculelor de ADN.

Clasificarea mutatiilor ce sunt transferate la nivelul proteinelor

1. Mutatie sinonima (silentioasa) – un codon ce codifica un aminoacid este inlocuit de un codon
ce codifica pentru acelasi aminoacid;
2. Mutatie missense
i. Conservative – un codon ce codifica pentru un aminoacid este inlocuit cu un codon ce codifica
pentru un aminoacid cu caracter chimic similar. De exemplu, AAA-Lys poate fi inlocuit de AGA-Arg
ii. Neconservative – un codon ce codifica pentru un aminoacid este inlocuit cu un codon ce codifica
pentru un aminoacid cu caracter chimic diferit. De exemplu, UUU-Phe ilocuit cu UCU-Ser.
3. Mutatie nonsense – un codon ce codifica pentru un aminoacid este inlocuit cu un codon
STOP. De exemplu, CAG se poate inlocui cu UAG.
 25

ARNribozomal - ARNR
Ribozomii reprezinta sediul sintezei proteice si sunt agregate multimoleculare compuse din
proteine si ARN. Formeaza 2 subunitati: mica si mare, acestea fiind diferite din punct de vedere al
compozitiei. Aceste unitati se separa si se agrega in mod reversibil; in momentul asamblării subunităţii
mici cu cea mare se formează între cele două o fosă la nivelul căreia va trece ARNm în timpul
traducerii sale în proteine.
Tratarea subunităţilor cu agenţi denaturanţi (fenol, uree, sulfat de amoniu) disociază legăturile
slabe şi precipită proteinele determinând separarea constituenţilor ARN, în trei specii diferite, şi
proteici, în mai multe zeci de proteine diferite.

Ribozomii PK
- Mica 30S - formata dintr-o molecula de ARNr 16S, avand o lungime de peste 1500 nucleotide si 21
de proteine diferite intr-o singura copie. Acestea sunt numerotate de la S1 la S21
- Mare 50S - exista doua molecule de ARNr, una 5S (in jur de 120 nucleotide) si una 23S (2900
nucleotide), dar si 34 de proteine ribozomale notate de la L1 la L31. 30 dintre proteine sunt intr-o
singura copie, iar una este intalnita in 4 copii identice.
Ribozomii EK - sunt mai mari, 80S, cele după subunităţi fiind de 40S şi respectiv 60S.
Compoziţia acestora este diferită în ceea ce priveşte tipurile de ARNr şi numărul proteinelor din care
aceştia sunt constituiţi. Subunitatea mică conţine o moleculă de ARNr 18S şi 33 de proteine ribozomale
iar subunitatea mare trei molecule ARNr (5S, 5,8S şi 28S) şi 45 proteine ribozomale.
Aceste diferenţe ale constituţiei ribozomilor prezintă un interes foarte mare deoarece anumite
antibiotice, care acţionează la nivelul ribozomilor, pot să aibă o acţiune specifică asupra ribozomilor
bacterieni fără a afecta ribozomii proprii organismului gazdă.

Rolurile ARNr:
- Structural, intra in compozitia ribozomilor, reprezentand aproximativ 65% din structura acestora.
- Faciliteaza interactia ribozomilor cu celelalte tipuri de molecule de ARN (ARNm si ARNt);
- In cazul PK participa la recunoasterea situsului START al translatiei de la nivelul moleculelor de
ARNm;
- In cazul EK moleculele de ARN, intervin in recunoasterea structurii cap 5` a moleculelor de ARNm
mature si initiaza astfel procesul de translatie.
 26

ARN de transfer – ARNt

Au rolul de a adapta fiecarui codon regasit in structura ARNm aminoacidul corespunzator.
Moleculele de ARNt au lungimi mici, cuprinse intre 70 si 120 de nucleotide, sunt
monocatenare, iar functionalitatea acestora se bazeaza pe existenta a 2 situsuri specifice: extremitatea
3’ terminala de atasare a unuia din cei 20 de aminoacizi, precum si regiunea anticodon de recunoastere
a codonului de pe ARNm prin imperechere complementara.
Din punct de vedere al structurii primare, moleculele de ARNt prezinta o serie de caracteristici:
- Prezinta in structura nucleotide atipice prin natura bazelor azotate din componenta
(pseudouridina sau inozin-5’monofosfat), dar si o serie intreaga de baze azotate modificate. Deoarece
aceste baze nu sunt incorporate în momentul sintezei ARN, ele sunt obţinute prin modificarea
secundară a uneia dintre cele patru baze, A, U, C, G, întâlnite în mod normal în structura primară a
ARN. Astfel, IMP provine din deaminarea adeninei din AMP şi TMP provine prin metilarea UMP.
Aceste modificări se numesc post-transcripţionale.
- Extremitatea 3’ terminala a moleculelor de ARNt prezinta intotdeauna indiferent de tipul
de molecula de ARNt si indiferent de specie secventa 5’-CCA-3’. Aceasta extremitate este numita si
brat acceptor al aminoacidului, care se ataseaza intotdeauna printr-o legatura covalenta macroergica la
gruparea 3’ hidroxil terminala a ultimului rest de adenozin.
- Extremitatea 5’ terminala a moleculelor de ARNt contine mai multe resturi de GMP fiind
numit si capat poligenic.
- In urma analizei multiplelor molecule de ARNt de diverse proveniente, s-a concluzionat
ca in ciuda diferentelor de structura primara, din punct de vedere al structurii secundare si tertiare toate
moleculele de ARNt prezinta acelasi model structural.

Structura secundara a moleculelor de ARNt sub forma de “frunza de trefla”

Structura secundara se compune din 4 brate (tije) dublu catenare care marginesc 3 bucle. Astfel,
la nivelul structurii secundare distingem un brat care contine capatul 3’ terminal, un brat care poarta
bucla anticodon si alte 2 brate laterale care au primit denumirea de dihidrouridina si pseudouridina.
Bucla anticodon contine intotdeauna 7 resturi de nucleotide, printre care regasim si 3 care
reprezinta anticodonul. Numim anticodon grupul de 3 nucleotide succesive care au capacitatea de a se
imperechea pe baza de complementaritate prin punti de H cu nucleotidele prezente la nivelul codonului
din ARNm. Imperecherea se face intr-o maniera antiparalela si complementara. Secventa buclei
anticodon este urmatoare: 5’-pirimidina-anticodon-purina modificata-baza variabila-3’. În cazul
codonului şi anticodonului este absolut necesară precizarea sensului de scriere a secvenţei. Astfel,
anticodonul 3’UAC 5’ corespunde codonului 5’CAU 3’.
Buclele dihidrouracil si pseudouridina isi datoreaza numele procentului crescut de baze azotate
modificate din structura si nu indeplinesc decat un rol structural la nivelul moleculelor de ARNt.
Unele ARNt prezinta si o bucla suplimentara variabila din punct de vedere al structurii
nucleotidice si al lungimii. In functie de aceasta, distingem 2 tipuri de molecule de ARNt, cele de clasa
I care prezinta o bucla variabila de 3 pana la 5 nucleotide lungime si cele de clasa II care prezinta o
bucla variabila de 13 pana la 21 nucleotide lungime.
Împerecherea secundară a bazelor determină formarea de elice constante. Dacă parcurgem
structura din direcţia 5’ către 3’ numărul de perechi de baze din care acestea sunt formate este 7, 3 (sau
4), 5 şi 5. Împerecherile bazelor sunt de tip Watson-Crick cât şi de alte tipuri.
 27

Structura tertiara in L a moleculelor de ARNt

In cazul structurii tertiare, numarul crescut de punti de H care se formeaza intre nucleotide
dispuse la distanta una fata de cealalta realizeaza o repliere a moleculei si conduc la aparitia a 2 regiuni
dublu-helicale care confera aspectul literei ,,L’’ moleculelor de ARNt
Caracteristici ale structurii tertiare:
1. Cele 2 regiuni dublu-helicale sunt intotdeauna perpendiculare una pe cealalta iar fiecare
dintre ele are o lungime de aproximativ 10 perechi de baze. Bucla variabila impreuna cu buclele
dihidrouridina si pseudouridina formeaza ,,coltul’’ moleculei.
2. Scheletul pentozo-fosfat interactioneaza prin punti de H cu bazele azotate din structura
nucleotidelor, participand la adoptarea acestei conformatii.
3. Capatul CCA de legare a aminoacidului si anticodonul sunt dispuse la cele doua capete ale
moleculei in structura tertiara. Regiunea terminala CCA nu interactioneaza sub nicio forma cu restul
moleculei, putandu-si modifica conformatia in timpul activarii aminoacizilor (in timpul legarii
acestora).
4. In ceea ce priveste anticodonul acesta interactioneaza cu regiunea codon prin legaturi stabile
la nivelul primelor 2 nucleotide si prin legaturi variabile mai putin stabile la nivelul ultimului nucleotid.
5. Moleculele de ARNt sunt sintetizate sub forma unor precursori multimerici care sufera un
proces de maturare concretizat prin scindarea acestora dar si printr-o serie intreaga de procese de
modificare a bazelor azotate din structura nucleotidelor.

Ribozime
In anii 1980 certitudinea ca numai proteinele desfasoara activitati catalitice a fost infirmata prin
descoperirea unei mici molecule de ARN (un intron din gena codificatoare a unei molecule de ARNr)
capabila sa-si autocatalizeze propria excizie. Au fost denumite ribozime, toate acele molecule de ARN
dotate cu capacitatea de a cataliza diverse reactii chimice in vivo.
S-a constat ca activitatea catalitica a moleculelor de ARN poate fi directionata fie asupra
propriei molecule (de cele mai multe ori) fie asupra unor substrate separate independente.
Exemple de ribozime:
- Ribonucleaza P – ribonucleoproteina ce contine o singura molecula de ARN atasata la o
componenta proteica. In cazul acestei riboproteine, molecula de ARN poseda capacitatea de a cataliza
scindarea substratului reprezentat de molecule de ARNt, in timp ce componenta proteica are rol in
mentinerea conformatiei intregului ansamblu intr-o stare activa in care ARN sa-si poata desfasura actul
catalitic.
- Peptidil transferaza – enzima dispusa la nivelul unitatii ribozomale mari, care desfasoara
activitatea catalitica de formare a legaturilor peptidice din structura proteinelor nascente. In structura
acestei enzime, pe langa partea proteica intalnim si domenii ale moleculelor de ARNr 23S in cazul
procariotelor, respectiv 28S in cazul eucariotelor, domenii raspunzatoare de actul catalitic propriu-zis.
- Intronii de clasa I si II – sunt segmente de ARN capabile sa-si catalizeze propria excizie de la
nivelul precursorilor, in vivo aceasta activitate fiind asistata si de o componenta proteica.
- Moleculele mici de ARN din clasa viroizilor şi virusoizilor care poseda capacitatea de a-si
cataliza autoscindarea (autodistrugerea) prin hidroliza legaturilor fosfodiesterice. Cu toate că aceste
reacţii sunt intramoleculare, molecula poate fi împărţită într-o parte „enzimatică” şi o parte „substrat”
ale căror funcţii sunt independente.
 28

ARN extracelular (ARNex)

Termenul de ARNex defineste diferite tipuri de ARN, ce pot aparea in afara celulelor. Aceste
tipuri pot fi: ARNm, ARNt, Micro ARN, ARN lung necodificator, dar pana acum nu a fost intalnit
niciodata ARNr in afara celulei.
ARNex a fost identificat in sange, saliva, lapte, material seminal, urina. Ulterior s-au observat
mecanisme de sceretie a moleculelor de ARN, atat in cazul EK, cat si in cazul PK. Astazi este o
certitudine ca moleculele de ARN pot aparea la nivelul prostazomilor, corpilor apoptotici sau a
exozomilor. Existenta ARNex este conditionata de secretia la nivelul acestor vezicule, care ii asigura
protectia impotriva hidrolizei.

ARN nuclear mic -ARNsn (RNA)

Sunt molecule de ARN scurte, avand lungimi de pana la 150 de nucleotide, monocatenare pe
care le regasim in nucleele celulelor eucariote. Acestea se formeaza in forma activitatii ARN
polimerazei II si ARN polimerazei III de la eucariote iar rolul lor principal este implicarea in procesul
de splicing al moleculelor precursori de ARNm (pre-ARNm).
Recent s-a observat ca aceste molecule de ARN nuclear mic sunt implicate si in potentarea
activitatii unor factori de transcriptie.
In interiorul nucleului, moleculele de ARN nuclear mic se gasesc intotdeauna asociate cu mai
multe proteine specifice, formand complexul de splicing (sliceosome). Asocierea dintre moleculele de
ARNsn si proteine este denumita si si small nuclear ribonucleoproteins, prescurtat SNURPS.
Asocierile proteine-ARNnuclear mic, sunt cunoscute la ora actuala sub denumirile de U1, U2,
U4, U5 si U6, snRNPs
Complexul de splicing este compus din 5 unitati SNURPS si aproximativ 150 de proteine.
Moleculele de ARNsn au rolul de a ghida complexul de splicing astfel incat acesta sa
recunoasca in mod corect jonctiunile dintre introni si exoni si sa realizeze excizia intronilor.
Unitatea U1 este implicata direct in initierea procesului de spliceing prin recunoasterea
structurii cap din pozitie 5’ a moleculelor de pre-ARNm.

Long non-coding RNA (ARN necodificator lung – ARNlng)

Moleculele sunt reprezentate de transcripti, avand lungimi de peste 200 de nucleotide,
asemanatori cu moleculele de ARNm, dar fara rolul de a dirija sinteza proteica.
La nivelul genoamelor mamiferelor au fost observate mai multe puncte active ale procesului de
transcriptie separate de regiuni intergenice extinse. Aceste puncte active sunt transcrise atat intr-o
maniera sens, cat si intr-o maniera antisens, iar ele genereaza majoritatea moleculelor de ARNlng.
La ora actuala, existenta moleculelor de ARNlng este asociata cu diverse procese fiziologice,
cum ar fi reglarea ciclului celular, pluripotenta celulelor stem sau se incearca corelarea existentei
acestor molecule cu diverse patologii.
Sunt grupate in 5 categorii:
1. ARNlng de tip „stand-alone” – codificate de secvente care nu se suprapun cu cele
responsabile pentru codificarea informatiei din proteine. Majoritatea acestor molecule sufera procese de
poliadenilare similare cu cele suferite de ARNm;
2. Transcripti antisens - aproximativ 70% dintre genele care sunt transcrise de pe catena
ADN sens au si echivalenti transcrisi de pe catena antisens;
 29

3. Transcripti codificati de pseudogene (gene relicve care si-au pierdut capacitatea de

codificare a proteinelor datorita unor fenomene mutationale). De asemenea, aceste gene pseudogene
pot rezulta si in urma duplicarii in tandem a secventelor ADN sau a transportarii prin retrotranspozitie a
unor regiuni din moleculele de ARNm;
4. Molecule de ARNlng intronice – codificate de introni din interiorul genelor;
5. Transcripti codificati de la nivelul regiunilor promotor ale genelor.

Small Nucleolar RNA (snoRNA)

In aceasta categorie includem moleculele de ARN implicate in procese de modificare a altor
tipuri de ARN, in special ARNr, ARNt si snRNA.
Exista 2 categorii de snoARN:
i. C/D box (implicat in special in procese de metilare);
ii. H/ACA box (implicat in special procesul de formare a pseudouridinei);
Moleculele sunt asociate cu cel putin 4 tipuri de molecule proteice, in urma asocierii generandu-
se complexe ribonucleoproteice nucleolare, denumite prescurtat snoRNP. S-a observat ca toate
moleculele de snoRNA contin la nivelul structurii primare elemente antisens capabile sa recunoasca si
sa se imperecheze cu regiunile sens din moleculele de preARN ce urmeaza sa fie modificate. Din acest
motiv se considera ca moleculele de ARNsno au rolul de a ghida si de a ancora la nivelul substratului
partea proteica care urmeaza sa desfasoare actul catalitic propriu-zis.
Caracteristicile celor 2 clase de ARNsno
1. C/D box
- Moleculele prezinta in stuctura motive scurte conservate, denumite boxa C, boxa D, localizate
in regiunea de centru a moleculei si intercalate cu regiuni scurte cu rolul de a duce in proximitate
boxele C si D. De asemenea, fiecare astfel de molecula prezinta regiuni foarte bine conservate,
monocatenare, avand lungimi cuprinse intre 10 si 21 de nucleotide cu rol in recunoasterea situsurilor
tinta din moleculele de ARN ce urmeaza a fi modificate.
- La EK a fost descoperita o molecula de ARNsno C/D box atipica (U3snoRNA), care este
implicata atat in procese de metilare, cat si in procese de clivare a moleculelor tinta de preARN
2. H/ACA box
- Prezinta o structura secundara caracteristica care consta in 2 motive de tip hair pin si 2
regiuni monocatenare care genereaza o structura particulara. De asemenea, aceste molecule contin 2
secvente conservate monocatenare, denumite boxa H si boxa ACA. La nivelul regiunilor monocatenare
bucla, exista secvente conservate cu rol in recunoasterea moleculelor simple.
S-a observat ca in functie de tipul celulelor sau de tipul organismelor la care apar, moleculele de
ARNsno pot sa difere atat din punct de vedere al structurii primare, cat si a structurii secundare.
Majoritatea acestor molecule de ARNsno sunt codificate de regiuni nucleotidice locallizate la nivelul
intronilor, mai ales de la nivelul genelor codificatoare pentru proteinele ribozomale sau pentru factorii
proteici implicati in translatie.
Modificarile induse de moleculele de ARNsno impreuna cu partea proteica asociata prezinta
mai multe roluri precum: limitarea reactivitatii gruparii 2` hidroxil a ribozei prin metilare; protejarea
moleculelor de ARN fata de procesele de hidroliza, tot prin intermediul metilarii; crearea unor centre
suplimentare capabile sa formeze legaturi de hidrogen prin conversia uridinei in pseudouridina.