Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
BIOCHIMIE ANALITICĂ
Principiile generale ale biochimiei analitice
Metodele cele mai convenabile sunt acelea care permit identificarea și cuantificarea
simultană a substanței de testat.
Din păcate, acestea sunt relativ puține în număr, dar probabil cele mai bune exemple
sunt în domeniul spectroscopiei de emisie atomică și absorbție, unde lungimea de
undă a radiației poate fi utilizată pentru a identifica elementul și intensitatea radiației
utilizate pentru cuantificarea sa.
Dacă un compus nu prezintă o caracteristică ușor de detectat, este posibil să se
modifice chimic pentru a produce un compus care poate fi măsurat mai ușor.
La începutul acestui secol, această abordare a analizei a condus la dezvoltarea
multor reactivi complecși concepuți pentru a reacționa în mod specific cu anumite
substanțe de testat.
În general, acești reactivi au condus la formarea unor compuși colorați care pot fi
măsurați utilizând comparatoare vizuale.
Majoritatea acestor reactivi au fost înlocuiți de metode instrumentale îmbunătățite,
dar unele dintre acestea sunt încă de încredere.
Aceste metode au fost deseori numite după cercetătorii asociați cu dezvoltarea lor,
de ex. Reactivul Folin și Ciocalteu, descris inițial în 1920 pentru detectarea
compușilor fenolici.
Interferența apare atunci când sunt detectate și alte
substanțe, precum și compusul de testat, rezultând
valori ridicate în mod eronat.
Ocazional, efectele de interferență pot duce la
suprimarea reacției de testare.
Pentru orice metodă, este important să fim conștienți de
substanțele care pot provoca interferențe și de a ști
dacă există probabilitatea de a fi prezente în eșantion.
Dacă interferența este o problemă majoră, eșantionul
trebuie să fie parțial purificat înainte de analiză. Aceasta
face ca analiza să se transforme în etape pregătitoare
și cantitative.
Pentru a reduce dificultățile tehnice care rezultă din
astfel de metode în două etape, s-au dezvoltat o serie
de tehnici analitice, cum ar fi cromatografia în gaz și
lichid, în care separarea și cuantificarea sunt
efectuate secvențial.
Metode fiziologice
cromatografice Centrifugarea/ultracentrifugarea
electroforetice
Medode imunochimice de analiză
Metode de separare
• Prezentarea schematică a
modului prin care două
substanţe, notate A şi B
sunt separate prin
cromatografie de eluţie pe
o coloană, cu fază mobilă
lichidă. Eluţia implică
spălarea, trecerea
speciilor (substanţelor A
şi B, în speţă) prin
coloană, la adăugarea
continuă de solvent (fază
mobilă) proaspăt (a).
O porţiune unică de probă este
introdusă la capătul superior al coloanei
(timpul to), după care componentele probei
se distribuie independent, între cele două
faze.
(b) Semnalul înregistrat de către un detector în funcţie de evoluţia eluţiei
prin coloana prezentată în (a).
Introducerea unui volum adiţional
de fază mobilă (de eluent) forţează
volumul de solvent care conţine o
parte a probei să coboare prin
coloană, unde, se stabileşte o
nouă partiţie între faza mobilă şi
cea staţionară (timpul t1). Simultan
cu aceasta se stabileşte un nou
echilibru și o nouă partiţie între
solventul proaspăt (faza mobilă nou
adăugată) şi faza staţionară la locul
iniţial de adăugare a probei.
Adăugarea unor noi volume de solvent
va avea ca efect coborârea moleculelor
de solut spre capătul de jos al coloanei
printr-o serie continuă de transferuri
între faza mobilă şi cea staţionară.
Cum mişcarea solutului se poate
realiza numai prin intermediul fazei
mobile, viteza medie cu care zona
(banda) solutului migrează în josul
coloanei depinde de fracţia de timp în
care solutul este reţinut de către
această fază. Această fracţie este mică
pentru componenta mai puternic
reţinută de către faza staţionară
(compusul B, din figură) şi este mare în
cazul în care retenţia în faza mobilă
este mai adecvată (componenta A).
În mod ideal, diferenţele rezultate în
vitezele diferite conduc la separarea
componentelor dintr-un amestec în benzi
sau zone localizate de-a lungul coloanei
(timpul t3 din figură).
Cele două volume pot fi estimate prin metode specifice fiecărui tip
de cromatografie.
VITEZA DE MIGRARE A SOLUTULUI: FACTORUL DE RETENŢIE
= L
tR (2 )
Figura 4
Figura 1 Figura 2
• Examinarea peak-urilor dintr-o cromatogramă sau a benzilor pe
coloană (figurile de mai jos) relevă o similaritate a erorilor normale,
repartiţia realizându-se după un profil Gaussian, care sunt obţinute
în condiţiile reprezentării grafice a valorilor determinate funcţie de
frecvenţa repartiţiei a acestora.
În unele cazuri, peak-urile cromatografice nu sunt lineare,
manifestând o coadă (trenă) sau un front.
În alte cazuri, trena peak-ului care apare în dreapta cromatogramei
este prelungă, în timp ce frontul acestuia este abrupt, în timp ce în alte
cazuri forma cromatogramei este inversată, adică frontul este prelung în
timp ce trena este extrem de scurtă (figura de mai jos).
Cauza comună a apariţiei frontului sau a trenei o reprezintă
existenţa unei constante de distribuţie (KA,B ) neliniare.
Frontul apare de asemenea în cazul eluării unei
cantităţi mari de probă pe coloană. Distorsiunile
de acest fel sunt nedorite deoarece conduc la
separări de proastă calitate şi la timpi de eluţie cu
reproductibilitate scăzută.
De altfel, în abordarea teoretică, se
consideră ca fenomenul de front sau coadă
cromatografică este absent sau minim.
deci
(13)
H find proportional cu σ2, rezulta ca înaltimea
echivalenta a talerului teoretic va depinde de
contributia fiecarui element care determina dispersia
zonei cromatografice. Aceasta dispersie depinde la
rândul ei de cele trei procese difuzionale care au fost
mentionate: difuziunea turbulenta, difuziunea
moleculara si rezistenta la transferul de masa.
Disperia totala poate fi considerata suma dispersiilor
individuale, pe baza regulii de aditivitate, deoarece
ele nu se influenteaza reciproc:
METODE DE DESCRIERE A EFICIENŢEI COLOANEI
În măsurarea cantitativă a
eficienţei unei coloane
N = L/H (1.12)
L, lungimea coloanei împachetate
cromatografice în general
(dată de obicei în centimetrii)
sunt utilizaţi doi termeni
înrudiţi:
(1) înălţimea talerului
teoretic, H şi
(2) numărul de talere
teoretice, N. Cei doi
parametrii sunt asociaţi
prin ecuaţia:
Eficienţa coloanelor cromatografice creşte
cu numărul de talere teoretice: cu cât numărul de
talere teoretice este mai mare şi înălţimea
talerului teoretic devine mai mică.
Sunt întâlnite diferenţe enorme în eficienţa
unei coloane, datorită diferenţelor dintre tipul de
coloană şi fazele mobilă, respectiv staţionară,
utilizate.
Reprezentarea
grafică a definiţiei
talerului teoretic.
H = 2/ L
Figura alăturată
reprezintă o cromatogramă
obișnuită în funcţie de timp.
Varianţa peak-ului de solut poate
fi obţinută printr-un procedeu
grafic simplu, şi are ca unitate de
măsură secunde la pătrat, fiind în
mod uzual notată cu 2, pentru a
o distinge de 2, care are ca
unitate de măsură centimetrii
pătraţi. Cele două deviaţii unde L/tR reprezintă viteza lineară medie a
standard, şi sunt legate prin solutului, exprimată în centimetrii pe
relaţia: secundă
Determinarea deviaţiei standard, ,
din peak-ul cromatografic: W = 4.
N = L/H (1.12)
Figura ilustrează modul simplu de
aproximare al lui şi dintr-o
cromatogramă obţinută experimental.
Tangentele punctelor de inflexiune de pe
cele două părţi ale peak-ului
cromatografic sunt prelungite până la
intersectarea lor şi se formează astfel un
triunghi cu baza pe axa timpului a
cromatogramei. Aria acestui triunghi
reprezintă aproximativ 96% din aria
totală a peak-ului.
În evaluarea statistică, se consideră că aproximativ
96% din aria peak-ului Gaussian este inclusă în interiorul
suprafeţei cu o aproximaţie de plus sau minus două deviaţii
standard (±2) din valoarea sa maximă. Astfel, intercepţiile
arătate în figură se manifestă la aproximativ ±2 din
maximum, iar W = 4, unde W este mărimea bazei
triunghiului. Substituind această relaţie în ecuaţia 1.14 şi
rearanjând termenii, rezultă:
N = L/H (1.12)
În continuare, N
poate fi calculat din
măsurarea, la două
momente de timp, tR şi W;
iar pentru a obţine H,
lungimea coloanei
împachetate trebuie să fie
de asemenea cunoscută.
O altă metodă de aproximare a lui N, şi care este
considerată de către unii practicieni mai sigură, necesită
determinarea a W1/2 (jumătate din lăţimea bazei peak-ului),
Iar numărul de talere este dat de formula:
Tabelul prezintă parametrii cei mai importanţi care concură la rezoluţia cromatografică.
EFECTUL VITEZEI DE CURGERE A FAZEI
MOBILE
unde:
Ecuaţia a treia din tabelul 1.3, arată că în condiţiile în care faza staţionară este un lichid imobilizat,
coeficientul de transfer de masă este proporţional cu o funcţie complexă, fs(k') a factorului de retenţie k', este
direct proporţională cu pătratul grosimii filmului de pe particulele suport df şi este invers proporţională cu
coeficientul de difuzie, DS a solutului în film.
Efectele acestei relaţii pot fi înţelese prin
imaginarea modului prin care aceşti factori
influenţează frecvenţa medie prin care
moleculele de analit care ajung la interfaţă
sunt transferate în faza mobilă. De
exemplu, în funcţie de grosimea filmelor,
moleculele trebuie să traverseze în medie
o distanţă mai mare sau mai mică pentru a
atinge suprafaţa; în cazul coeficienţilor de
difuzie mai mici, ele vor traversa mai încet.
Consecinţa ambilor factori este o viteză
scăzută de transfer de masă şi o creştere a
înălţimii talerului.
Efectele acestei relaţii pot fi înţelese prin
imaginarea modului prin care aceşti factori
influenţează frecvenţa medie prin care moleculele de
analit care ajung la interfaţă sunt transferate în faza
mobilă. De exemplu, în funcţie de grosimea filmelor,
moleculele trebuie să traverseze în medie o distanţă
mai mare sau mai mică pentru a atinge suprafaţa; în
cazul coeficienţilor de difuzie mai mici, ele vor traversa
mai încet. Consecinţa ambilor factori este o viteză
scăzută de transfer de masă şi o creştere a
înălţimii talerului.
Termenul de transfer de masă în faza mobilă (CMu).
Este foarte util a se dezvolta o relaţie matematică între rezoluţia unei coloane şi
factorii de retenţie, k’A şi k’B, a factorului de selectivitate , şi numărul de talere, N,
care alcătuiesc o coloană cromatografică în cazul a doi soluţi.
Considerând că cei doi soluţi, A şi B au timpi de retenţie apropiaţi unul de celălalt,
se poate aproxima că:
WA = WB W
Valoarea măsurată
Peak-ul din figura alăturată
As Tf
Aceste modificări pot fi realizate într-o manieră în trepte ori continuă. Astfel, pentru
amestecul prezentat în figură, condiţiile de la început pot fi cele care conduc la
cromatograma (a). Imediat după eluţia componentelor 1 şi 2, este necesară schimbarea
condiţiilor astfel încât să se ajungă la cele optime pentru separarea compuşilor 3 şi 4 (după
cum se observă în cromatograma c). Odată cu apariţia peak-urilor acestor compuşi, eluţia
poate fi realizată în condiţiile utilizate în cazul cromatogramei (b). Deseori, astfel de
proceduri conduc la rezolvarea satisfăcătoare a peak-urilor tuturor componenţilor din
amestec într-un interval minim de timp.
În cazul cromatografiei lichide, variaţiile în k' sunt produse prin variaţia în compoziţie a
fazei mobile în timpul eluţiei (eluţie în gradient sau programarea solventului).
Pentru gaz cromatografie, creşterea temperaturii (programarea temperaturii) serveşte
la atingerea condiţiilor optime necesare separării.
relaţii de legătură între parametrii de separare cromatografică (1)
relaţii de legătură între parametrii de separare cromatografică (2)
Analize calitative
O cromatogramă furnizează numai o singură parte de informaţie
cantitativă despre fiecare specie din probă, adică timpul său de retenţie ori
poziţia pe faza staţionară după o anumită perioadă de eluţie. În plus,
datele pot de asemenea să fie derivate din cromatograme proces
implicând faze mobile şi staţionare diferite ori diverse temperaturi de eluţie.
Până acum cantitatea de informaţii oferite de prin cromatografie sunt mici
comparativ cu cea obţinută prin tehnici precum IR, RMN sau spectrometria
de masă. În plus, datele spectrale, lungime de undă sau de frecvenţă pot fi
mult mai înalt specifice care pot reprezenta un omolog al cromatografiei
(tR). Cele mai sus prezentate nu trebuiesc interpretate în sensul că
metodele cromatografice îşi pierd din importanţă în cazul aplicaţiilor
calitative.
APLICAŢIILE CROMATOGRAFIEI
Cromatografia a reprezentat şi reprezintă o primă
metodă de separare intim legată de specii moleculare
înrudite chimic, ce poate fi utilizată în identificări
calitative şi determinări cantitative ale speciilor
separate. În continuare vor fi prezentate caracteristicile
generale ale cromatografiei, ca metodă de realizare a
unei analize.
Cromatografia este o metodă deseori utilizată în
recunoaşterea prezenţei sau absenţei unor componente din
amestecuri care conţin un număr limitat de specii posibile a
căror identitate este cunoscută. De exemplu, 30 sau mai mulţi
aminoacizi dintr-un hidrolizat proteic pot fi detectați cu un mare
grad de certitudine prin metoda cromatografică. Totuşi pentru a
confirma identitatea este necesară o investigaţie chimică sau
spectroscopică a compuşilor izolaţi.
Se poate nota că totuşi, o identificare pozitivă
spectroscopică a speciei prezente într-un complex de compuşi
nu ar fi posibilă fără o separare cromatografică anterioară.
Astfel, cromatografia este deseori o metodă precursoare în
analizele spectroscopice calitative.
o cromatogramă nu poate conduce la o identificare
pozitivă a speciilor prezente în probe, dar poate da
indicaţii sigure asupra absenţei unei serii de compuşi
din respectivul analit.
Astfel dacă proba nu produce un peak cu un
timp de retenţie asemănător unui standard
analizat în aceleaşi condiţii se poate spune că acel
compus luat în analiză este absent (sau este
prezent la concentraţii sub limita de detecţie a
metodei).
Analize cantitative
Cromatografia îşi datorează în principal
dezvoltarea de-a lungul timpului, în parte,
vitezei sale,
simplicităţii şi
preţului său relativ scăzut, aplicabilităţii aproape
generalizate ca o metodă de separare.
OH OH OH OH
O O O
Si Si Si Si
unde P'A şi P'B reprezintă indecşii de polaritate ai celor doi solvenţi, iar Φ, fracţia
volumetrică a fiecărui solvent.
Proprietăţile celor mai utilizate faze mobile în cromatografie.
Punct de
Index de Vâscozitate Index de Tăria eluentului c,
Solvent fierbere
refracţie a [cP] b polaritate, P' [εo]
[oC]
Fluoroalcani 1,27-1,29 0,4-2,6 50-174 <-2 -0,25
Ciclohexan 1,423 0,90 81 0,04 -0,2
n-Hexan 1,372 0,30 69 0,1 0,01
1-Clorbutan 1,400 0,42 78 1,0 0,26
Tetraclorură de 1,457 0,90 77 1,6 0,18
carbon
Eter i-propilic 1,365 0,38 68 2,4 0,28
Toluen 1,494 0,55 110 2,4 0,29
Eter etilic 1,350 0,24 35 2,8 0,38
Tetrahdrofuran 1,405 0,46 66 4,0 0,57
Cloroform 1,443 0,53 61 4,1 0,40
Etanol 1,359 1,08 78 4,3 0,88
Acetat de etil 1,370 0,43 77 4,4 0,58
Dioxan 1,420 1,2 101 4,8 0,56
Metanol 1,326 0,54 65 5,1 0,95
Acetonitril 1,341 0,34 82 5,8 0,65
Nitrometan 1,380 0,61 101 6,0 0,64
Etilenglicol 1,431 16,5 182 6,9 1,11
Apă 1,333 0,89 100 10,2 mare
a valoarea este calculată la o temperatură de 25oC
b centipoid-ul este unitatea de măsură, comună, a vâscozităţii în sistem internaţional, 1 cP = 1 mN·· s ··m-2.
c valorile tăriei solventului sunt calculate pe suport de alumină, Al 0 ; pentru silice, SiO valoarea εo se multiplică
2 3 2
cu un factor de 0.8.
S-a arătat anterior că cea mai simplă cale de creştere a rezoluţiei
cromatografice a două specii o reprezintă manipularea factorului de retenţie
k', care poate fi variat prin schimbarea indexului de polaritate a solventului.
În cazul prezentat mai sus, ajustarea lui P' este realizată prin utilizarea unei
faze mobile ce conţine un amestec format din doi solvenţi. De obicei, o
schimbare grosieră cu două unităţi a indexului de polaritate P' conduce la o
creştere de zece ori a factorului de retenţie k'. În cazul separării prin
cromatografie de fază normală se poate scrie relaţia:
unde k'2 şi k'1 reprezintă valorile iniţiale şi finale pentru un solut, în timp ce P'1 şi P'2
sunt valorile corespunzătoare ale lui P'.
În cazul coloanelor cromatografice cu fază inversă relaţia este:
Abordarea sistematică a separării a şase steroizi. (a) şi (b) utilizarea apei pentru a ajusta
valoarea factorului de retenţie k'. Efectele variaţiei factorul de selectivitate α sunt arătate în
(b), (c), (d), şi (e). Coloană: 0,4 x 150 mm împachetată cu suport C8, particule de fază inversă,
5 μm. Temperatura: 50°C. Viteza de curgere: 3.0 cm3/min. Detector: UV 254 nm. Compuşi: (1)
prednisonă, (2) cortizonă (3) hidrocortizonă, (4) dexametazonă, (5) corticosteronă; (6)
cortoexolonă.
Două aplicaţii ale
cromatografiei de partiţie cu
fază legată. a) Analiza unor
aditivi într-o băutură
nealcoolică. Coloană cu suport
polar legat (nitril). Eluţie
izocratică. b) Analiza unor
insecticide organofosforice.
Coloană cu fază legată C8,
eluţie în gradient. Detecţie UV,
254 nm.
Formarea unor derivaţi ai probei
Cromatograma derivaţilor
ortoftalaldehidici ai 30 de
aminoacizi de importanţă
fiziologică. Coloană: C18, 5
m de fază inversă. Solvent
A: Na2HP04, 0,05 M, pH 7,4,
CH30H/Tetrahidrofuran/H20.
Detector de fluorescenţă:
excitaţie 334 nm; emisie 425
nm.
CROMATOGRAFIA DE EXCLUZIUNE
MOLECULARĂ
Structura probabilă a
polimerului Sephacryl HR
Gelurile pe bază de poliacrilamidă sunt
produse prin copolimerizarea acrilamidei cu NN'-
metilen bisacrilamidă, ultimul fiind şi agent de
reticulare. Denumirea comercială a acestor geluri
este Bio-Gel P. Mediile pe bază de Bio-Gel sunt
media sunt disponibile în 10 limite de excluziune,
în domeniul 1800 la 400000 daltoni.
Gelurile pe bază de agaroză prezintă
avantajul unor deosebit de mari limite de
excluziune. Agaroza, componentul polizaharidic
neutru al agarului, este compusă din unităţi
alternative de galactoză şi anhidro-galactoză
(Figura următoare).
Agaroza este un material gelifiant a căror mărime a porilor
este mai mare decât cei ai dextranului reticulat ori ai
poliacrilamidei. Agaroza este un polizaharid neutru, fracţie de
agar.
Ea este compusă din polimer linear de D-galactopiranoză
legate β-1→4 la 3,6 anhidro-L-galactopiranoză, care este
legată α -1→3. În condiţiile în care polizaharidul este dizolvat
prin fierbere şi apoi este răcit, el formează legături de
hidrogen inter- şi intramoleculare. Mărimea porilor este
controlată prin concentraţia de agaroză. Structura gelului este
stabilizată mai mult prin legături de hidrogen decât prin
legături încrucişate covalente.
Gelurile pe bază de agaroză sunt furnizate sub
denumirea comercială de Bio-Gel A şi Sepharose ori
Superose.
Sepharose CL este o sepharose reticulată prin reacţia
dextranului cu 2,3-dibromopropanol în condiţii alcaline,
ceea ce conduce la obţinerea unui gel de agaroză cu o
stabilitate termică şi chimică crescută.
Structura Superdex-ului
Ve - Vo
Kav =
Vt - Vo
Curbele de calibrare experimentale
similare celei ipotetice prezentate în figură
sunt uşor de obţinut prin utilizarea unor
standarde. Deseori, asemenea curbe sunt
livrate de către producătorii de suporturi
cromatografice.
Coeficientul de partiţie Kav este de
asemenea în relaţie cu mărimea
moleculelor ce urmează a fi separate.
Moleculele cu forme şi densitate similare
demonstrează o relaţie sigmoidă între
valorile Kav şi logaritmul masei lor
moleculare.
Coeficientul de partiţie
(disponibilitate, Kav) între faza Ve - Vo
lichidă şi faza de gel este o variabilă Kav =
independentă în ceea ce priveşte Vt - Vo
compactarea stratului de gel.
CROMATOGRAFIA PLANARĂ LICHID-
LICHID
Pentru a obţine cele mai corecte valori ale RF, este nevoie de o
precizie mare şi o mare reproductibilitate. Cei mai importanţi factori de
care depinde exactitatea (determinare magnitudinii RF), includ
grosimea stratului de suport, deci a fazei staţionare, contaminarea
(conţinutul în umiditate) a fazelor mobilă şi staţionară, temperatura,
gradul de saturaţie a camerei de developare cu vapori de fază mobilă
ori mărimea probei. Un control complet al acestor factori variabili nu
sunt în general controlabili în condiţii practice. Ameliorarea parţială a
acestor efecte poate fi deseori realizată totuşi prin substituirea cu un
factor relativ de retenţie RX a factorului de retardare, RF care reprezintă
raportul dintre distanţa parcursă de analit şi distanţa parcursă de o
substanţă standard.
Aplicaţii ale cromatografiei pe strat subţire
ACIZI BILIARI
Hormonii glucocorticoizi
contribuie la activitatea
adipogenică în serul uman.
Maladia Addisons este
cauzată de deficienţă
glucocorticoidică în timp ce
în sindromul Cushings se
constată o secreţie masivă.
HORMONI
STEROIZI
Concentraţiile de steroizi estrogenici din urina
umană sunt importante în analiză în timpul sarcinii.
Progesterona este de asemenea implicată în
pregătirea şi menţinerea sarcinii.
Niveluri crescute ale pregnan-3α, 20α-diol şi
allopregnan-3α, 20α-diol urinare au fost observate în
sarcinile timpurii.
Creşterea 6β-hidroxicortizolului urinar este
observată în timpul sarcinii ori în cazuri de
hiperadrenocorticism. Aldosterona urinară este
analizată în scopul identificării pacienţilor suferinzi de
hiperaldosteronism.
Excreţia urinară de metaboliţi andro- şi
glucocorticoizi este studiată la pacienţi suferinzi de
cancer gastric în timp ce excreţia de
dehidroepiandresteronă, şi în particular eticolanolonă
reprezintă un marker în cancerul de sân.
ALŢI COMPUŞI DE INTERES CLINIC
Mecanismul retenţiei de proteine prin RPC. Proteinele pătrund în coloană şi sunt adsorbite la
suprafaţa hidrofobă. Datorită mărimii lor, numai o porţiune a acestor proteine „braţul
hidrofob” se leagă la adsorbent. La adăugarea unor concentraţii precise de solvent organic
proteinele sunt eliberate şi părăsesc suprafaţa coborând de-a lungul colonei.
În momentul injectării pe coloană, polipeptidele se leagă la suprafaţa
adsorbentului şi se desorb numai când solventul organic atinge o concentraţie
specifică şi unică. Odată desorbite, ele vor interacţiona foarte slab cu suprafaţa
adsorbentului fiind astfel eluate le-a lungul coloanei. Polipeptidele pot fi
imaginate ca o „aluviune” pe faza staţionară, cu cea mai mare parte a moleculei
expusă la faza mobilă şi numai o parte a moleculei, denumită picior hidrofob, în
contact cu suprafaţa de fază inversă.
Diferenţele în „braţul hidrofob” al polipeptidelor rezultă din secvenţa de
amioacizi şi din diferenţele de conformaţie (fenomen discutat în cazul
hidrofobicităţii proteinelor). Desorbţia are loc într-o fereastră îngustă de
concentraţie al unui modificator organic. Astfel, retenţia polipeptidelor este
completă până la atingerea unei concentraţii critice de modificator organic când
acestea sunt rapid desorbite. Sensibilitatea desorbţiei unui polipeptid la o
concentraţie precisă de modificator organic conduce la selectivitatea RPC în
separarea polipeptidelor, în peak-uri în general înguste. Peptidele mici se
desorb mai rapid odată cu schimbarea concentraţiei de modificator organic
decât moleculele mici, totuşi, ele se desorb mai gradual decît proteinele ceea
ce sugerează un mecanism hibrid de separare.
CROMATOGRAFIA CU FAZĂ INVERSĂ PENTRU
PERECHI DE IONI
Cromatografia cu perechi de ioni este un tip de cromatografie de fază inversă
utilizată la separarea şi determinarea unor specii ionice. Faza mobilă în cromatografia
cu perechi de ioni este constituită din tampoane apoase care conţin un solvent
organic precum metanolul ori acetonitrilul şi un compus ionic care conţine un
contraion cu sarcină opusă analitului. Contraionul este un ion care se combină cu
ionii analitului pentru a forma o pereche de ioni, neutră, specie care se reţine pe
un suport de fază inversă.
Sisteme cromatografice cu fază inversă pentru perechi de ioni.
Tipul fazei
Proba Faza mobilă Contraion
staţionare
Amine HClO4, 0,1 M /H2O/acetonitril CIO4- FLa
H2O/CH3OH/H2SO4 C12H25SO3- FL
Acizi carboxilici pH 7,4 (C4H9)4N+ FL
pH 7,4 (C4H9)4N+ Lb
Tehnica cromatografie de adsorbţie este cea mai fezabilă pentru compuşi nepolari
care posedă mase moleculare mai mici de 5000.
Cu toate că există o suprapunere între cromatografia de adsorbţie şi cea de
partiţie, metodele tind a fi complementare.
O aplicaţie caracteristică a
cromatografiei de adsorbţie în
separarea cis- şi trans-pirazolinelor.
Coloană: 100 x 0.3 cm, suport silice
peliculară. Fază mobilă: clorură de
metilen/izooctan 50%/50%. Temperatura:
ambiantă. Viteză de curgere: 0,225
mL/min. Detector: UV, 254 nm.
CROMATOGRAFIA PE HIDROXIAPATITĂ
Purificarea ovomucoidului
comercial pe o coloană de
hidroxiapatită. Treapta I conţine
material inactiv cu un maximum de
absorbţie la 260 nm; pe parcursul
treptei a II a se separă ovomucoidul
în formă activă; volumul III conţine
lizozim; ulima treaptă - IV conduce
la separarea unor impurităţi, de
tipul tripsinei şi chimotripsinei.
Ovomucoidul comercial
conţine o multitudine de
impurităţi precum lizozim,
ovoinhibitor, conalbumină şi
ovalbumină. Profilul
cromatografic din figură arată
că la aplicarea a două probe
de ovomucoid la o coloană
de HAP echilibrată cu 0,001
M NaCl, spălarea coloanei cu
NaCl 0,001 M, urmată de
eluţia în trepte cu 0.01 M
PO4, pH 6,8 (pentru a elua
ovomucoidul, o glicoproteină
cu o structură deschisă), 0;5
M NaCl (pentru a elua
proteinele bazice precum
lizozimul şi ovoinhibitororul)
şi 0,5 M PO4 (pentru a
epuiza coloana de alte
proteine acide) conduce la
obţinerea ovomucoidului într-
o formă înalt purificată.
ghid de utilizare a HAP în cromatografie
(M)atrice-O-CH2-CH2-SO2-CH2-CH2-X-Y
unde M reprezintă matricea de agaroză iar X reprezintă S, N ori O, iar Y este un rest
mic, alifatic, sau un heteroatom
Principiul operaţional care stă la baza cromatografiei de adsorbţie tiofilică se
aseamănă cu cel al cromatografiei de interacţie hidrofobă. Astfel, proteinele sunt legate
la tării ionice mari şi eliberate în urma scăderii tăriei ionice. Faţă de matricele tradiţionale
hidrofobe utilizate în HIC precum fenil-Sepharose sau octil-Sepharose, matricele
tiofilice conduc la randamente înalte de separare cât şi la separări în zone înguste,
având drept caracteristică o afinitate înaltă faţă de imunoglobulinee şi scăzută faţă
de albumine.
- x+ - x+ +
x RSO 3 H+ + M (RSO 3) x M + xH
solid solutie solid solutie
+ x-
xRN(CH3)OH + Ax- [RH(CH3) 3]x A + xOH
solid solutie solid solutie
Ca un exemplu de aplicare a legii masei la un echilibru de schimb ionic, se consideră pe
coloană are loc o reacţie între un ion monovalent, B+ cu o grupare acid-sulfonică prezentă pe
suportul cromatografic. Din considerente de neutralizare, retenţia iniţială a ionilor B+ se realizează
la capătul superior al coloanei după reacţia:
unde (s) şi (aq) delimitează faptul că sistemul conţine o fază solidă, respectiv apoasă. Eluţia
cu o soluţie diluată de acid clorhidric, de exemplu, modifică echilibrul din ecuaţia 1 în partea
stângă, ceea ce conduce la transferul parţial a ionilor B+ din faza staţionară în faza mobilă. Aceşti
ioni coboară apoi de-a lungul coloanei printr-o serie de transferuri între fazele staţionară şi mobilă.
Constanta de echilibru Kex, pentru reacţia de schimb prezentată în ecuaţia 1 ia forma:
unde [RSO3B+]s şi
[RSO3H+]s reprezintă
concentraţiile (strict
sub formă de activităţi)
După rearanjare rezultă: ale ionilor B+ şi H+ în
faza solidă.
În timpul eluţiei, concentraţia ionilor de hidrogen din faza apoasă este mult mai mare
decât concentraţia ionilor de compus B, monovalent din faza mobilă. Pe lângă aceasta,
schimbătorul posedă un număr enorm de situsuri de schimb ionic comparativ cu numărul
de ioni B+ ce pot fi reţinuţi. Astfel, concentraţia totală a ionilor, [H+]aq şi [RSO-3H+]s nu este
afectată de schimburile din ecuaţia 1 ce descrie reacţia globală. Pentru acest motiv, în
condiţiile în care [RSO-3H+]s >> [B+]aq termenii din dreapta ecuaţiei 3 sunt în mod
substanţial constanţi şi astfel se poate scrie:
Principiul de
separare a unor
proteine prin
comatografie de
schimb ionic
realizată prin eluţie în
gradient de sare
(salin)
Prima etapă o reprezintă echilibrarea în care schimbătorul de ioni este adus în
starea de start în termeni de pH şi tărie ionică, stare ce va permite legarea moleculelor
de solut. Grupările schimbătoare de ioni sunt asociate în acest moment cu contraionii de
schimb (uzual anioni ori cationi simplii, precum ionii clorură sau de sodiu).
Cea de a doua etapă o reprezintă aplicarea şi adsorbţia probei, în care moleculele
de solut care posedă sarcini corespunzătoare, ajung şi dislocuie contraionul, legându-se
reversibil la suport. Substanţele nelegate vor fi eluate de pe schimbător utilizând acelaşi
tampon de start.
În etapa a treia, substanţele sunt îndepărtate de pe coloană prin schimbarea
condiţiilor de eluţie nefavorabile pentru legarea ionică a moleculelor de solut.
Această eluţie implică în mod normal creşterea tăriei ionice a tamponului de eluţie
sau schimbarea pH-ului acestuia. În figura de mai sus, desorbţia se realizează prin
introducerea unui gradient crescător de sare, ceea ce conduce la eliberarea moleculelor
de solut de pe coloană în ordinea tăriei legării lor, substanţele cele mai slab legate eluând
primele.
Etapele a patra şi a cincea sunt cele de îndepărtare de pe coloană a substanţelor
care nu au fost eluate în condiţiile experimentale anterioare şi de reechilibrare a coloanei
pentru un nou proces de purificare.
Separarea este astfel obţinută datorită diferenţelor
de interacții dintre un schimbător de ion cu molecule cu
densităţi diferite de sarcină şi de distribuţie a acestora pe
suprafaţa lor. Figura alăturată prezintă schematic modul
de legare a unor molecule cu sarcini diferite. Aceste
interacţii pot fi controlate prin variaţia condiţiilor precum
tăria ionică ori a pH-ului. Diferenţele în proprietăţilor
electrice ale compuşilor biologici sunt deseori
considerabile, din această cauză cromatografia de
schimb ionic este capabilă să separe specii cu foarte
mici diferenţe în proprietăţi, de exemplu două proteine
care diferă numai printr-un aminoacid ionizabil, motiv
pentru care această tehnică este deosebit de importantă
în analiza biochimică.
Tehnica de adsorbţie precum cea de cromatografie de schimb ionic oferă factori mari de
capacitate după cum condiţiile experimentale pot fi alese astfel încât să conducă la volume de
retenţie a peak-ului mari în exces a Vt, opus tehnicii de gel filtrare unde capacitatea este limitată
deoarece toate peak-urile trebuiesc eluate cu un volum egal cu (Vt - V0).
Capacitatea unui schimbător de ioni este o măsură cantitativă a abilităţii sale de
a îmbunătăţi schimbul de contraioni, din această cauză fiind un parametru deosebit de
important. Capacitatea poate fi exprimată ca şi capacitate ionică totală, capacitate
disponibilă sau capacitate dinamică.
Capacitatea ionică totală reprezintă numărul de grupări încărcate electric substituite
per gram de schimbător uscat ori per gram de schimbător îmbibat. Capacitatea ionică
totală poate fi măsurată prin titrare cu un acid sau o bază puternică.
Cantitatea totală de proteină care poate fi legată la un schimbător de ioni, în condiţii
experimentale definite, determină capacitatea disponibilă pentru gel. Dacă condiţiile
definite includ şi viteza de curgere la care gelul operează, cantitatea legată se referă la
capacitatea dinamică pentru schimbătorul de ioni. Capacitatea disponibilă şi cea
dinamică depind de:
proprietăţile proteinei;
proprietăţile schimbătorului de ioni;
condiţiile experimentale alese;
DEAE şi CM Sepharose CL-6B sunt disponibile sub formă preînmuiată, putând fii
utilizate imdeiat pentru încărcare (împachetare) pe coloană. În privinţa capacitatăţii, se
poate spune că deoarece DEAE şi CM Sepharose CL-6B sunt schimbători de ioni slabi,
numărul de grupări ionice legate care sunt schimbate şi deci capacitatea pentru
macromolecule este dependentă de pH. Această dependenţă se ilustrează cu ajutorul
curbelor de titrare. Domeniul de pH la care se lucrează cu DEAE Sepharose CL-6B este de
2-9 în timp ce pentru CM Sepharose CL-6B este de 6-10.
SELECŢIA GRUPĂRII SCHIMBĂTOARE DE IONI
Metode de eluţie:
Metoda 1, cel mai simplu caz: o
schimbare în compoziţia tamponului
conduce la eluarea substanţei legate,
fără a o altera şi fără a denatura
ligandul.
Reprezentarea schematică a
mecanismelor implicate în
adsorbția şi desorbția
proteinelor în cromatografia
de afinitate cu metal (ion)
imobilizat (IMAC). Se prezintă
interacţiile specifice ce se
stabilesc între ionul de metal
chelator, suportul chelator şi
secvenţa polihistidinică.
În condiţiile în care ionii metalici sunt adăugaţi (încărcaţi), chelatorii multidentaţi şi ionii metalici
formează complexe în care ionii metalici sunt fixaţi pentru interacţia următoare cu compuşii ce
trebuie să fie rezolvaţi. La sfârşitul acestei etape, ionii metalici aflaţi în complexe trebuie să posede
situsuri de coordinaţie libere la care se vor lega solventul ori moleculele de solut după interacţia
dintre proteine şi ionii metalici, proteinele legate pot fi eliberate prin utilizarea unui dezlocuitor
(precum imidazolul).
Diferenţele în afinităţi ale proteinelor pentru un metal pot fi explicate, cel puţin în parte, pe
baza principiului acizilor ori bazelor tari sau slabe, descrise de către Pearson. În această teorie
se statuează că dacă doi atomi formează o legătură, un atom acţionează ca un acid Lewis iar
cel de al doilea atom ca o bază Lewis. Tăria legăturii este guvernată de valorile intrinseci “tari”
ori “slabe” ai atomilor implicaţi. Teoria acizilor tari sau slabi ori a bazelor tari şi slabe dictează că
legăturile dintre atomi cu o poziţie similară, de exemplu un acid tare combinat cu o bază tare
sunt cele mai puternice. Urmând conceptul de mai sus, ionii metalici precum K+, Ca+2, Mg+2 şi
Fe +3 sunt clasificaţi drept acizi Lewis tari, în timp ce ionii monovalenţi ai metalelor precum Ag+ şi
Cu+ sunt categorisiţi drept acizi Lewis slabi. Ionii metalelor tranziţionale de tipul, Co+2, Zn+2, Cu+2
şi Ni+2, sunt consideraţi acizi “de limită”. Aceşti ioni metalici sunt cel mai adesea utilizaţi în
IMAC, în particular Ni(II), care conferă la un număr de coordinaţie egal cu şase, posedă o
stabilitate electrochimică în condiţii cromatografice, o polarizabilitate limită şi o
stabilitate redox. Ionii metalici chelatori manifestă variaţii în afinitate faţă de proteine, care
poate fi precizată prin utilizarea teoriei descrise de Pearson.
Această teorie a acizilor şi bazelor tari şi slabi postulează că există trei tipuri majori de
liganzi. Acei liganzi care conţin oxigen (de exemplu carboxilat), azot alifatic (precum asparagina
şi glutamina) şi fosfor (de exemplu aminoacizi fosforilaţi) sunt clasificaţi drept baze Lewis tari.
Liganzii care conţin sulf (de exemplu cisteina) sunt clasificaţi drept baze slabe, acei care conţin
azot aromatic (de exemplu histidina şi triptofanul) sunt consideraţi baze de limită. Acizii aflaţi la
limită şi care conţin Co+2, Zn+2, Cu+2 şi Ni+2, coordinează în mod favorabil cu atomii de azot
aromatici (baze la limită) şi de asemenea cu atomii de sulf (baze slabe).
În interacţiile dintre ionii de Cu(II), Ni(II), Co(II) ori Zn(II) imobilizaţi şi resturile de
aminoacizi de pe suprafaţa proteinei, grupările funcţionale imidazolil, tiol şi indolil
sunt principalele ţinte pentru ionii metalici. Grupările funcţionale carboxil şi fosfat
sunt principalele ţinte pentru ionii metalici tari precum Fe(III) şi Mg(II). Un concept
acceptat este acela al distribuţiei spaţiale a resturilor de histidină pe întreaga suprafaţă a
unei proteine în timp ce accesibilitatea acestora va influenţa caracteristicile de retenţie
ale moleculei proteice. Au fost descrise în literatura de specialitate o serie de peptide cu
mare afinitate pentru metal după cum s-au prezentat motife din structura proteică de
legare a metalului neînvecinate precum cele găsite în prolactină sau în hormonul de
creştere. Este de remarcat că existenţa unui motif de legare al metalului nu este
întotdeauna garanţia pentru succesul IMAC, după cum există un număr de enzime cu
afinitate pentru metal care se leagă la matrix-ul chelator prin intermediul unui situs care
nu este cel catalitic de legare a metalului. O serie de secţiuni de legare a metalului la
proteină, chiar dacă sunt expuse, pot contribui foarte puţin la tăria netă a retenţiei a
proteinei în IMAC.
Chelatori de metale şi matrix-uri polimerice de chelare
Majoritatea grupărilor chelatoare utilizate în IMAC sunt compuşi chelatori multidentaţi ce
furnizează tăria complexului format de către proteină, ion metalic şi gruparea chelatoare. Aceste
substanţe chelatoare sunt ataşate pe o suprafaţă de sorbent prin intermediul unor grupări de legare
(braţe, spacere) care pot varia în lungime ori în compoziţie. Structura finală formată după ce ionul
metalic este chelatat de către gruparea chelatoare trebuie să permită o oarecare libertate situsurilor
de coordinaţie în ion metalic pentru adsorbţia ori legarea proteinelor și a moleculelor de solvent.
Diferenţele în numărul de situsuri de coordinaţie libere poate explica în parte de ce o serie de
substanţe chelatoare (acidul iminodiacetic, IDA; acidul nitrilotriacetic, NTA, etc.) prezintă
selectivităţi diferite şi activităţi de adsorbţie faţă de proteina ţintă, dată. În tridentatul IDA, metalul se
va lega la atomul de azot şi de doi atomi de oxigen din grupările carboxilat, lăsând trei situsuri
libere pentru molecula de proteină ori solvent (în condiţiile utilizării Ni+2 ca metal chelator, acesta
putând da o tărie metal-chelatoare superioară, dar pe de altă parte, o slăbire a puterii de reţinere a
proteinei. O altă însuşire a chelatorului ar fi reprezentată de o scădere a riscului de scurgere
(pierdere) a metalului chelat. Figura de mai jos arată un model al celor mai comuni şi utilizaţi
chelatori, IDA şi NTA legaţi la atomii de Ni.
Afinitate Biospecificitate/
Caracteristică
pentru metal bioafinitate
Stabilitatea ligandului Înaltă Scăzută
Încărcarea cu proteină Înaltă Scăzută
Condiţii de eluţie Blânde Deseori extremă
Recuperarea ligandului Completă În general
după regenerarea incompletă
coloanei
Selectivitate Scăzută-medie Înaltă
Cost Scăzut Înaltă
DEZAVANTAJELE UTILIZĂRII IMAC
•Forța de frecare Stokes (F2), egală cu produsul dintre coeficientul de vâscozitate a mediului (η), raza
particulei (r) și viteza electroforetică, v după relația:
F2= 6πηrv
•Forța de frânare electroforetică (F3) rezultată ca urmare a atracției exercitate de câmpul electric asupra
ionilor electrolitului (soluția tampon în care se deplasează particula) conform relației:
F3= (Q - ε• ξ•r)•E
unde, Q reprezintă sarcina electrică a particulei;
ε este constanta dielectrică a mediului;
ξ reprezintă potențialul zeta;
r este raza particulei;
E reprezintă intensitatea câmpului electric aplicat.
Forța datorată efectului de frânare (F4), forță care apare din cauza redistribuirii ionilor electrolitului în
apropierea particulei, sub acțiunea unui câmp electric uniform.
Imediat după aplicarea unui câmp electric , suma vectorială a celor patru forțe devine
egală cu zero, iar viteza electroforetică devine constantă:
Pentru electroforeza în medii stabilizate (gel de amidon, poliacrilamidă, etc.) F3 și F4 sunt practic
neglijabile, astfel încât forței de atracție electroforetice (F1) se opune forța de frecare Stokes (F2):
La baza fenomenelor
electrocinetice importanță practică
are relația Helmholtz-
Smoluchovski:
Henry, plecând de la relațiile
Huckel și Helmholtz-Smoluchovski,
le generalizează conform teoriei
stratului difuz:
unde re reprezintă raza efectivă a particulei
hidratate, r+δ, iar χ este inversul grosimii stratului
dublu electric, fiind cuantificat de relația:
în care: z reprezintă valența;
e este sarcina elementară;
n este numărul ionilor
La temperatura camerei,
pentru n=c (în moli/litru)
adică,
atunci,
unde :
Q reprezintă sarcina particulelor,
iar r este raza particulei.
Se poate spune că particulele cu un raport Q/r identic vor avea o mobilitate identică
Cum Q este produsul dintre suprafață și
densitatea de sarcină superficială, qs,
pentru o particulă sferică cu raza r, sarcina
particulei este:
Q = 4 π•r2•qs
Din relația mobilității, µ=V/E se deduce viteza electroforetică, v=µ•E, iar drumul
parcurs de o particulă în funcție de mobilitatea sa este dat de relația:
unde i = 1,2,....n
În calculul forței ionice a unei soluții tampon se consideră că acizii slabi sunt
nedisociați, în schimb sărurile lor sunt complet disociate.
Astfel, pentru o soluție tampon conținând 8,8 g/l acid dietilbarbituric și 10,3
g/l dietilbarbiturat de sodiu, forța ionică este dată numai din disocierea sării de sodiu
și ionul de dietilbarbiturat. Cum dietilbarbituratul are masa moleculară de 206,18g,
10,3 grame reprezintă 0,05 moli/l, de aici se trage concluzia că tăria ionică (j) este
egală cu 0,05M.
Teoretic, mobilitatea electroforetică este invers proporțională cu rădăcina pătrată a
forței ionice:
Din această relație se poate observa că:
la micșorarea tăriei ionice are loc o creștere a intensității
câmpului electric uniform aplicat. Astfel, datorită faptului că
rezoluția de separare este direct proporțională cu intensitatea
câmpului electric uniform aplicat, scăderea tăriei ionice conduce la
creșterea rezoluției de separare.
În general se consideră că:
(a) soluții tampon cu forțe ionice mici permit viteze de migrare mari,
deci mobilități mari;
(b) forțe ionice mai mari de 0,15M conduc la viteze de migrare mici
la timpi de migrare mici dar cu o rezoluție bună. Trebuie totuși
avut în vedere că o forță ionică prea mică poate conduce la
precipitarea probelor.
EFECTUL TERMIC JOULE
Există mai multe dificultăţi implicate în separarea electroforetică de celule sau alte bioparticule.
În primul rând, celulele care urmează a fi separate trebuie să fie prezente ca o suspensie
monocelulară. Agregatele de celule sau ansamblurilor lor nu pot fi separate. Astfel, celule
sanguine, limfatice, sau prezente în alte fluide ale corpului pot fi destul de uşor pregătite, în timp
ce celulele din ţesuturi trebuie să fie mai întâi izolate prin dezintegrare mecanică. Multe proceduri
de izolare a celulelor conduc la o deteriorare a acestora prin disrupere și de eliberare a nucleilor
sau a ADN-ului, oferind preparate care nu pot fi utilizate la separarea electroforetică. Distrugerea
celulelor prin simpla dezintegrare mecanică poate fi redusă prin tratarea țesuturilor cu diferite
enzime combinată apoi cu metode mecanice blânde, cum ar fi amestecare ușoară sau aspiraţie
printr-o pipetă gură largă. Această procedură este singura modalitate de a obţine o suspensie
monocelulară din țesuturi precum cel tumoral. Enzimele care s-au dovedit a fi adecvate pentru
obţinerea de suspensii monocelulare din ţesuturi diferite sunt tripsina, chimotripsina, colagenaza,
hialuronidaza şi dispaza. Cu toate acestea, astfel de enzime, de multe ori au dezavantajul de a
cliva o serie de grupări specifice de suprafaţă, modificând sarcina superficială a acestora, care
reprezintă o condiţie prealabilă pentru separarea electroforetică. Acesta este unul dintre
principalele motive pentru care un număr relativ mic de exemple de succes de separare
electroforetică a celulelor ţesutului pot fi găsite în literatura de specialitate.
O abordare diferită, utilizată la pregătirea prealabilă a celulelor, cum ar fi a nefronilor, care
sunt conectați între ei prin intermediul unor complexe juncționale Ca2+-dependente, este de a
trata țesutul cu complexanți slabi ai Ca2+, precum citratul, EDTA sau EGTA, în combinaţie cu
o agitarea blândă. În general, orice nuclei eliberați în timpul procedurii de izolare pot fi
eliminați prin filtrarea suspensiei pe vată de sticlă introdusă într-o pipetă Pasteur. ADN-ul
liber, care poate apărea în cazul în care nucleii sunt dezintegrați, trebuie să fie de asemenea,
eliminați, deoarece, în câmp electric, conduc la agregarea celulară. Un tratament scurt cu DN-
ază ultrapură (20-30µg/ml) la temperatura camerei timp de 5-10 minute este în general
suficientă.
O altă problemă este alegerea mediului de pregătire şi de separare. Cele mai multe dintre
instrumente de electroforeză în flux continuu prezintă sisteme eficiente de răcire care permit a
se crește tăria ionică a mediului de separare până la 8-10 x 102 µohm/cm. Aceasta este încă o
tărie apropiată condiţiilor fiziologice în care se separă celule în stare viabilă. În scopul de a
atenua pierderea viabilității celulelor acestea trebuie să fie colectate în mai multe soluţii
fiziologice, cum ar fi medii de cultură, după ce acestea au fost separate prin camera
electroforetică. Compoziţia cele mai potrivită a tamponului de separare trebuie să fie
identificată pentru fiecare tip de celule.
ELECTROFOREZA FRONTALĂ PE COLOANA
unde UH+ reprezintă mobilitatea H+, I este intensitatea curentului (Amperi), t este
timpul (secunde) iar K este conductivitatea soluției. Astfel, în cazul unor electroliți
diluați și la timpi mari de separare, tamponul trebuie să circule continuu între
compartimentele cu electrozi.
Sursa de curent trebuie să fie capabilă să ofere
un curent sau un voltaj constant, preferabil
ambele. Pentru cele mai comune separări sursa
de curent adecvată trebuie să aibă capacitatea
de a oferi 50 mA și 500V. Intensitatea maximă
a curentului care poate fi utilizată pe unitatea
de arie a benzii de hârtie de filtru supuse
separării electroforetice poate fi calculată
astfel:
unde I (mA) reprezintă intensitatea curentului, P (cm2) este aria benzii de hârtie
de filtru măsurată între suprafețele de electrolit și compartimentele electrozilor
iar U (V) este potențialul electric.
În general tensiunea maximă de lucru este de 400 V, cu o cădere maximă de
15V/cm (în medie de 2-10V/cm).
Pentru determinări cantitative substanțele separate pe benzile din hârtie de filtru pot fi utilizate
atât metode directe cât și cele indirecte. În cazul metodelor directe, substanța care trebuie să fie
măsurată trebuie să absoarbă radiație UV sau să fie fluorescentă ori radioactivă. În metodele
indirecte zonele separate trebuie să fie mai întâi colorate iar absorbanța măsurată cu ajutorul unui
densitometru racordat. Au fost construite o serie de densitometre semi - sau total automatizate
care trasează grafic intensitatea luminii transmise sau reflectate de pe o electroforegramă colorată
versus distanța de-a lungul benzii electroforetice în formă de curbe electroforetice. Aria din
interiorul acestor curbe este determinată fie automat printr-o scalare integrată, fie cu ajutorul unui
planimetru ori prin tăierea ariilor reprezentate și cântărirea lor. Sunt descrise de asemenea
scannere computerizate care permit analiza cantitativă completă a unei electroferograme în câteva
secunde. Aria din interiorul acestor curbe este determinată fie automat printr-o scalare integrată,
fie cu ajutorul unui planimetru ori prin tăierea ariilor reprezentate și cântărirea lor.
Aplicarea probei se face pe banda de hârtie de filtru îmbibată
cu soluție tampon, fixată în aparat, după crearea unui mediu
saturat și stabilizat în vapori, cu ajutorul unei pipete capilare,
seringi Hamilton (1-5µl), micropipete, fără a zgâria hârtia. Se
folosesc două tipuri de spotări: în picătură sau în linie.
În acest caz tensiunea aplicată este de circa 50-215V/cm, iar la bornele sursei de curent
tensiunea a redresorului este de 10 kV. Se poate afirma că o creștere de la 5V la
100V/cm (adică o creștere de 20 de ori) viteza de migrare crește de asemenea de 20 de
ori dar cantitatea de căldură degajată va crește de 202, adică de 400 de ori, motiv pentru
care este absolut necesară o termostatare uniformă (o termostatare neuniformă conduce
la apariția zonelor de semilună-marginile hârtiei se usucă mai tare. Se mai poate nota că
la concentrații mari de probă rezoluția de separare este scăzută și se vor obține zone cu
coadă.
Electroforeza pe hârtie la tensiune înaltă se utilizează la separarea aminoacizilor (se
realizează într-un tampon acid - acid formic-acetat de sodiu), a peptidelor (separarea se
realizează în tampon piridină-acid acetic (la un pH cuprins între 3,0 și 5,0), glucidelor
sau a bazelor azotate purinice și pirimidinice.
Sub forma bidimensională, electroforeza pe hârtie la tensiune înaltă se poate combina
cu cromatografia pe hârtie.
ELECTROFOREZA PE STRAT SUBȚIRE
În momentul introducerii cromatografiei în strat subțire și a electroforezei în strat
subțire, cu ceva timp în urmă, comoditatea și sensibilitatea crescută (de la 10 la 50 de
ori) în comparație cu tehnicile pe hârtie au fost considerate metode promițătoare
pentru analizele compoziției proteinelor și a acizilor nucleici. Electroforeza în strat
subțire combinată cu cromatografia în strat subțire a reprezentat o metodă de rutină
pentru separarea a unor mici cantități de aminoacizi, nucleotide, ioni anorganici și a
altor substanțe cu masă moleculară mică.
Utilizarea mediilor suport de strat subțire oferă următoarele avantaje față de tehnicile
care utilizează hârtia:
(1) necesită un echipament mult mai simplu pentru preparare;
(2) rezoluția este în general superioară;
(3) separările se pot realiza la potențiale înalte în perioade de timp foarte scurte;
(4) sunt necesare mici cantități de probă, putându-se realiza mai ușor separări atât
cantitative cât și micro-preparative;
(5) probele nu trebuie desalinizate, ele se aplică direct pe strat. Astfel, ureea și
glucidele rămân în start, ionii migrând rapid;
(6) se pot utiliza reactivi agresivi de spray-ere și în acest mod se coboară limita de
detecție.
Din punct de vedere al echipamentului
utilizat, se folosesc aparate convenționale
de tip orizontal, similare celora utilizate
electroforeza pe hârtie, acetat de celuloză
ori pe gel de agar. Pentru separări la
potențiale mai înalte și pentru separări Cameră pentru electroforeză în strat subțire. (a)
bidimensionale, s-au descris diverse placă orizontală prevăzută cu system de răcire; (b)
camere prevăzute cu sisteme de răcire. foițe de izolare; (c) strat subțire pe placă de sticlă;
Aparatul pentru electroforeză pe strat (d) bride de hârtie (Whatman 3 MM); (e) placă de
subțire este prezentat schematic în sticlă, 5 mm grosime; (f) compartimente pentru
tampon și electrozi; (w) sistem de răcire.
alăturată. El posedă un plan orizontal
sub care se află un sistem de răcire cu
apă, pe care se așează placa (cu
dimensiuni de 10 x 10 sau 20 x 20 cm) cu
strat subțire (circa 250-300 µm) care este
pusă în contact cu tamponul prin
intermediul unor bride din hârtie de filtru.
Aparatul este acoperit cu o placă de
sticlă. Mica distanță dintre placa cu strat
subțire și placa care acoperă aparatul Hunter Thin Layer Peptide Mapping
acționează ca o cameră umedă și previne Electrophoresis System, CE. For high
uscarea stratului subțire. resolution two dimensional tryptic peptide
mapping and phosphoamino acid (PAA)
analysis
În cazul separărilor efectuate pe ser sanguin, volumul de probă este în
funcție de cantitatea de creatinină. În general proba spotată trebuie să
conțină maximum 5 µg de creatinină. Timpul de separare este de
aproximativ 25-30 minute la o tensiune de 30 V/cm.
Proteinele sau alte substanțe macromoleculare pot fi separate prin
combinația gel filtrare pe strat subțire-electroforeză pe strat subțire. În
funcție de masele moleculare ale probei, se poate utiliza Sephadex
Superfine (de la G-25 la G-200). Sephadex-ul, echilibrat cu tamponul
adecvat, este depus pe o placă de sticlă. Placa cu strat subțire este plasată
într-un aparat adecvat ca cel prezentat în figura următoare, fiind
echilibrată cu un tampon care curge prin stratul de gel. Stratul trebuie
conectat cu un rezervor prin intermediul unei bride (legături) din hârtie
de filtru Whatman No. 1 la capătul superior, iar placa se înclină într-un
unghi de 15-20o față de orizontală.
O bucată de hârtie de filtru Whatman 3MM este
atașată la capătul inferior pentru a îndepărta
fluidul filtrat. După finalizarea filtrării, placa este
aranjată orizontal iar electroforeza este realizată
pe o direcție perpendiculară față de prima Aparat pentru o separare bidimensională
dimensiune. Pentru a obține o imagine a spoturilor utilizând gel filtrarea și electroforeza pe strat
subțire de Sephadex. (a) sistem suport; (b)
proteice, placa este acoperită cu grijă cu o bucată fantă pentru conexiunea prin hârtie de filtru;
de hârtie de filtru Whatman No. 1 și după 5 minute (c) sistem de răcire a platformei cu apă; (d)
bazin care conține tampon ori solvent
de contact, hârtia este îndepărtată de pe stratul utilizat la dezvoltarea electroforegramei; (e)
subțire, uscată la 100°C și colorată cu amino black sistem de schimbare a poziției suportului
plăcii; (f) orificii și (g) șuruburi de prindere.
ori un alt colorant specific proteinelor.
Gel filtrarea pe dextran/electroforeza pe strat
subțire a fost utilizată la separarea proteinelor
serice, a unor coloranți tetrazolici, aminoacizi și
peptide urinare precum și alte substanțe.
ELECTROFOREZA PE FOLII DIN DERIVAȚI DE CELULOZĂ
Dacă inițial membranele de acetat de celuloză au fost produse pentru filtrare, utilizarea
membranelor de acetat de celuloză ca mediu suport a fost sugerată de Kohn în 1957.
Foliile de acetat de celuloză se obțin prin tratamentul celulozei cu anhidridă acetică, iar
produsul, triacetat de celuloză este cel mai des utilizat pentru electroforeză.
Membrana (cu o grosime de cca. 12 µm și cu un diametru al porilor de cca. 0,4 µm)
este un material omogen care conține numai urme de impurități.
Este de culoare alb opacă, cu suprafață netedă și uniformă.
La microscop se observă o structură microporoasă care împiedică difuziunea zonelor
sau a spoturilor, din acest motiv se obține o bună separare a proteinelor plasmatice chiar
la o tensiune mică.
Puritatea materialului este mare, lipsesc hemicelulozele, lignina iar metalele grele
sunt prezente numai în urme. Față de hârtia de filtru, adsorbția proteinelor și a altor
substanțe pe acest mediu suport este minimă, deci fenomenul de coadă sau de aspect de
cometă fiind practic eliminat.
Timpul de separare este mai scurt iar membranele de acetat de celuloză sunt ideale
pentru tehnicile de imunodifuzie și imunoelectroforeză.
Foliile (strips-urile) din acetat de celuloză sunt insolubile în apă,
alcooli, eteri, acizi și baze diluate și în majoritatea hidrocarburilor,
dar sunt ușor solubile în fenol, acid acetic glacial, diclorometan și
acetonă, și în mod particular în cloroform:etanol 90:10 (v/v) și
diclorometan:acetonă 50:50 (v/v).
Strips-urile pot fi transformate în translucide (transparente) prin
imersia lor în ulei din semințe de bumbac, decalină, ulei de parafină
ori ulei Whitemore 120, care este important pentru scanarea optică a
benzilor colorate de pe foliile de acetat de celuloză. Ele pot fi
impregnate și permanent stocate în glicerol, care previne destrucția
spoturilor colorate.
dezavantajele utilizării membranelor de acetat de celuloză
prețul mai mare față de hârtia de filtru,
necesitatea de a acorda mai multă atenție pentru obținerea unor
rezultate reproductibile.
În prezent s-au adus îmbunătățiri ale produsului
inițial prin apariția acetatului de celuloză
gelatinizat (Cellogel).
Membranele de dimensiuni dorite sunt așezate într-o placă Petri cu tampon și lăsate să
plutească până la dispariția petelor alb-opace după care se scufundă complet. Membranele de
Cellogel nu necesită aceste precauții, ele putându-se scufunda timp de 10 minute.
A fost folosită la studiul histonelor (proteine bazice ale cromatinei la eucariote), la studiul
hemoglobinelor normale și patologice când s-au evidențiat la pH=8,4, hemoglobina A, Hb F,
Hb S, Hb S și Hb C de Hb E și Hb O.
Membranele de acetat de celuloză se utilizează și în tehnicile de imunoelectroforeză,
colorarea efectuându-se în acest caz cu ajutorul AgNO3, iar imunodetecția realizându-se direct,
pe membrană, fără transfer pe o altă membrană de nitroceluloză.
Blocurile de Cellogel (cu o grosime de circa 2,5-5 mm) s-au folosit în scop preparativ, în
acest caz utilizându-se la separare 0,25-1 ml de ser sanguin.
Electroforeza pe gel de amidon
Lipoproteinele pot fi colorate prin incubare timp de 16 ore într-o o soluție alcătuită din:
1,2 g Sudan black 10B, 40 ml de apă distilată, 600 ml etanol și 2 ml NaOH,.
Decolorarea completă se realizează după 6-8 zile după imersare într-o soluție de etanol
60%. De asemenea, pentru a vizualiza lipoproteinele se poate utiliza o soluție saturată
de Oil Red O pregătită într-un amestec metanol:apă:acid acetic glacial (60:10:30).).
Proteinele care conțin cupru precum hemocianina,
sunt detectate prin plasarea gelului secționat pentru 3-4 ore
într-o soluție care conține 50 ml acetat de sodiu l0% și 3 ml
de soluție ditio-oximidă, 0,1% preparată în alcool. Apariția
unei colorații verde-închis este un rezultat pozitiv.
Hemoglobinele sunt detectate cu reactiv benzidină
sau cea descrisă pentru electroforeza pe gel de agar. Hem-
proteinele pot fi de asemenea colorate cu o-tolidină. Pentru
complexul acestor proteine cu hemoglobina care prezintă o
activitate peroxidază-like, o-dianisidina pare a fi cel mai bun
reactiv, ea formând o colorație brună.
o serie de aplicații ale electroforezei pe gel de amidon
Tărie ionică
Material biologic Tampon pH V mA Timp (ore)
(Molaritate)
Barbital 0,1 25-60
Lipoproteine serice normale și patologice 8,6 100-500
Fosfat 0,5 24
Proteine lenticulare bovine Barbital 0,1 8,6 400 - 24
Tuberculo-proteine Barbital 0,1 8,6 360 17-20 30
Fosfataza alcalină intestinală Barbital 0,02 8,6 200 7-9 12
Acetat 0,017 4,00 175 30 24
Hormonul de creștere (somatotropină)
Carbonat 0,1 11,2 175 30 72
β-Galactozidză Pirofosfat 0,025 8,5 370 1 16
Chimotripsinogen Cacodilat 0,1 6,6 3,2V/cm - 65
Tirozinază de mamifere Barbital 0,1 8,5 300 11 19
Tripsină Acetat 0.1 4,00 /300 - 10
0,02M borat +
Hemocianină Borat 8,0/3 92V/cm - 12
NaOH 0,008M
Hemoglobină Borat 0,05 M 8,5 6V/cm - 5
Plasmă umană Borat 0,025 - 450 - 18
ELECTROFOREZA PE GEL DE AGAROZĂ
Agaroza este singurul hidrocoloid neadeziv care și-a găsit o multitudine de utilizări în
științele separatologice după prepararea sa de către Araki (1937) ca un component
aparent fără grupări sulfat, din agaropectina, bogată în astfel de grupări, la rândul ei
obținută din agar.
Cele două componente se separă prin acetilare și dizolvare în cloroform când agaroza
acetilată este solubilă. Încă din secolul al XVII-lea în Japonia, agarul și o mulți alți
hidrocoloizi derivați dintr-o serie de alge roșii de mare din clasa Rhodophyceae
(speciile Gelidium și Gracilaria) au fost utilizați la prepararea hranei.
Agarul a fost introdus ca mediu pentru imunoelectroforeză de către Grabar și
Williams în anul 1953, tehnica originală descrisă de aceștia fiind ocazional utilizată și
astăzi. Electroforeza pe agar tratat este de altfel principala metodă curentă de
identificare a variantelor de hemoglobină.
Agarul a fost aplicat de către Polson în anul 1961 pentru separări cromatografice
bazate pe proprietatea sa de sitare moleculară, după care acesta a fost înlocuit gradat cu
agaroza, începutul fiind făcut de către Hjerten (1961).
Conținutul în sulfat a agarozelor de diferite grade furnizate pentru
utilizare în laborator este în general sub 0,12% comparativ cu 4%
conținutul în agaropectină. Din această cauză agaroza poate fi utilizată
în prepararea gelurilor fără nevoia utilizării unor aditivi sau a unor
agenți de reticulare iar inerția sa față de interacția cu proteinele și acizii
nucleici reprezintă principalele rațiuni ale ei în larga utilizare ca mediu
de separare. Tot ce este necesar în prepararea gelurilor este de a dizolva
agaroza pulbere prin încălzire controlată la fierbere sau aproape de
temperatura de fierbere, după care să se lase să se răcească. Procesul de
gelificare se manifestă spontan și este complet în gelurile reci. În plus
față de simplicitatea pregătirii gelului de agaroză, alături de inerția față
de interacții cu proteinele și acizii nucleici îi oferă acesteia o
multitudine de avantaje ca mediu de separare precum recuperarea
simplă a probei, netoxicitatea și simplicitatea pregătirii gelului.
Agaroza este de asemenea unică ca aplicativitate în numeroase
proceduri imunoelectroforetice.
În comparație cu gelul de poliacrilamidă, gelul de agaroză este un material foarte poros, ceea ce îi
limitează oportunitatea folosirii sale în formă nemodificată la separări de proteine bazate pe
efectul de sită moleculară cu masă moleculară mai mică de 60 kDa. Pe de altă parte, marea sa
permeabilitate face din gelul de agaroză un mediu superior poliacrilamidei pentru studii
imunochimice.
Proprietățile gelurilor de agaroză. Din punct de
vedere chimic, agaroza este un polizaharid liniar
compus din unități alternative de D- și L-
galactozobioză (agarobioză) legate prin legături β
1-4 (figura alăturată) cu catene de o lungime dată
de cele 400 de unități de agarobioză, legate prin
legături α 1-3 și cu o masă moleculară de circa 120
kDa (figura de mai jos), cu resturi substituite
carboxilat, piruvat și/sau sulfat.
Gelificarea se manifestă ca un proces de inter-legare a protofibrilelor. Astfel, în timpul acestui
proces, lanțurile dublu catenate elicoidale se desfac iar legăturile 3,6 din structura 3,6
anhidrogalactozei se desfac de asemenea, ceea ce conduce la fragmentarea lanțului inițial în
lanțuri dublu elicoidale mai scurte a căror capete se vor uni încrucișat, proces de numit
schimbarea partenerului. În continuare are loc asocierea în suprafibrile cu raza de 10-20 nm
(figura de mai jos), supraînfășurare care explică rezistența mai mare și porii mai mari a gelului
de agaroză comparativ cu alte geluri care nu formează suprafibrile (ca de exemplu gelul de
amidon, gelul de poliacrilamidă cu un grad de reticulare, C% cuprins între 1 și 5).
Fixarea fracțiilor proteice se realizează: a) fie prin imersarea gelului în soluție de acid acetic
20% timp de o oră, după care gelul se usucă timp de 16 ore la 37oC; b) fie prin imersarea sa
într-un amestec de acid picric (soluție saturată):acid acetic (20%) într-un raport 3/1 timp de 15
minute, după care gelul se usucă.
Prealbumina 0,15-0,36
Albumina 39-51
α-Lipoproteine (3-7)
(α-Fetoproteina)a <1-1 -5
(Orosomucoid) 0,40-1,05
α1-Antitripsina 0,8-1,9
Globuline specifice de grup 0,2-0,55
(Inhibitorii inter-α1-tripsină) 0,2-0,7
(Ceruloplasmina) 0,22-0,46
α2-Macroglobulinele 1,2-2,4
Haptoglobinele (1-1, 2-2, 2-1) 0,40-2,9
Globulinele insolubile la rece 0,1-0,3
Transferina 1,7-2,7
β-Lipoproteinele 2,2-7,4
Al treilea component al sistemului complement, C3 0,6-2,2
IgA 1,0-3,0
Fibrinogenul 2,2-4,4
(IgM) 0,6-2,2
IgG 6,5-15,5
(Catenele de imunoglobulină ușoară) <0,001
(Proteina C-reactivă) <0,02
Analiza profilului electroforetic
Hipercolesterolemie
β-Lipoproteine Poziție crescută O mobilitate scăzută cu creșterea intensității
sugerează o obstrucție biliară
S-a introdus pentru analiza calitativă a proteinelor urinare electroforeza pe gel de poliacrilamidă în prezența
dodecil sulfat de sodiu (SDS-PAGE). SDS-PAGE separă proteinele în funcţie de mărimea lor moleculară, iar
monomerii catenelor ușoare libere (policlonale sau monoclonale) sunt vizualizate ca o bandă cu masă
moleculară (Mr) de 25.000 Da, care sunt deosebite cu uşurinţă de imunoglobulinele intacte (cu masă
moleculară de 150.000 Da). SDS-PAGE diferenţiază, de asemenea, proteinuriea cu origine glomerulară
(proteine, cu masă moleculară de 66.000 Da), de cea cu origine tubulară (proteine cu masă moleculară de
66.000 Da), sau cu origine mixtă. Această metodă este, aşadar, un potenţial instrument clinic pentru evaluarea
funcţiei renale, un important factor de prognostic în MM. Cu toate acestea SDS-PAGE, nu este utilizată pe
scară largă în laboratoarele clinice, pentru că este exigentă din punct de vedere tehnic, un timp mai
mare, şi este mai costisitoare.
Le Bricon și colaboratorii (1998; 2000) propun pentru prima dată o tehnică de
analiză a proteinelor urinare prin electroforeză pe gel de agaroză în prezență de
dodecil sulfat de sodiu (SDS-AGE) la pacienți suferinzi de Mielom multiplu. Astfel,
urina, fără o concentrare prealabilă, se analizează prin SDS-AGE pe suport
Hydragel®, mediu electroforetic utilizat în mod comun la analiza proteinuriei.
Acizii nucleici sunt polimeri compuși din unităţi nucleotidice individuale, unităţile fiind conectate prin
intermediul legăturilor diester fosfat la scheletul zaharidic. Efectul net al acestor legături este cel de a oferi
polimerilor o sarcină netă negativă.
Încă de la începutul tehnicilor electroforetice s-a axiomat faptul că moleculele care transportă o sarcină
electrică vor migra într-un câmp electric într-un mod previzibil. Atunci când este supusă unui câmp electric, o
moleculă care transportă o sarcină netă negativă va migra spre polul pozitiv, în timp ce o moleculă încărcată
cu o sarcină netă negativă va migra spre polul negativ.
Dacă prin metoda clasică, convențională se pot separa fragmente de ADN de până la 20 kbp cu
rezoluție bună, cele până la 40 kbp cu rezoluție satisfăcătoare, pentru separarea fragmentelor
până la 500 kbp se rezolvă cu rezoluție slabă, într-un gel de agaroză foarte fragil cu o
concentrație de 0,1%. La mijlocul anilor `80 s-au dezvoltat o serie de metode de analiză
electroforetică a moleculelor de acizi nucleici în domeniul de mărime care limitează mobilitatea.
Soluția a implicat introducerea mobilității dependente de mărime a moleculelor de acizi nucleici
prin alterarea câmpului electric. Primul tip de alterare implică simpla schimbare de polaritate a
câmpului electric într-o manieră regulată. S-a arătat că o schimbare periodică a polarității va
induce moleculelor o mișcare de întoarcere în forma literei U, în matricea de gel. Chiar pentru
cele mai mari molecule, această întoarcere permite separarea moleculelor. Dacă lungimea
timpului de reversare a moleculelor este de aproximativ o treime din timpul de mișcare spre
înainte, ele se vor putea separa în câteva ore pe agaroză standard. Prima demonstrație practică a
acestei metode, denumită ”electroforeză în câmp inversat” (Field Inversion Gel Electrophoresis-
FIGE), a rezolvat complet printr-o migrare de o secundă înainte urmată de o secundă înapoi
molecule mari de 2.000.000 bp precum cromozomii intacți din drojdie. De atunci s-au dezvoltat o
varietate de metode, în mod comun denumite ”electroforeză în câmp pulsator”. Prin aceste
tehnici cele mai mari molecule de ADN cu o lungime cuprinsă între 2•104 la 107 bp (20 kb la 10
megabp, Mb), se pot separa în funcție de masa lor moleculară. Separarea prin electroforeză în
câmp pulsator depinde de comportamentul singular al moleculelor mari de DNA într-un câmp
electric care este pornit și oprit (pulsat) la intervale mici de timp.
În condițiile în care se aplică un câmp electric unor
molecule mari de ADN aflate într-un gel, molecule
migrează în direcția câmpului electric și de asemenea se
întind pe toată lungimea lor. Dacă curentul este stopat,
moleculele încep să se “relaxeze” prin înfășurări
întâmplătoare. Timpul necesar pentru relaxare este
direct proporțional cu lungimea moleculei. Câmpul
electric este apoi reaplicat într-un unghi de 90° ori 180°
față de prima direcție. Moleculele mai mari se
relaxează mai puțin decât moleculele mai scurte în
momentul în care curentul este oprit. Cum moleculele
trebuie să se relaxeze prin înfășurări întâmplătoare
înaintea miscării lor într-o nouă direcție, moleculele
mai mari încep să se miște în direcția nouă impusă mai
lent decât cele mai scurte. Alternarea repetată a
direcției câmpului electric forțează moleculele mari de
ADN de diferite mărimi să se îndepărteze mai mult și
mai multe între ele.
Electroforeza în câmp pulsator este foarte importantă în
purificarea moleculelor mari de ADN, până la ≈107 bp în
lungime. Tehnica este necesară pentru analiza cromozomilor
celulari de la 5•105 bp (cel mai mic fiind cromozomul de la
drojdie) până la aproximativ 2-3•108 bp (cromozomii animali
și de plante). Cromozomii cei mai mari trebuie în prealabil să
fie digerați în fragmente de 107 bp ori mai mici înainte de
analiză. Astfel de fragmente de restricție pot fi generate cu
ajutorul enzimelor de restricție care taie la situsuri de
restricție găsite la situsuri de restricție de 8 bp
Se poate spune că principiul (caracteristica metodei) o reprezintă faptul
că fragmentele de ADN sunt obligate să-și schimbe periodic direcția de
deplasare ca urmare a schimbării direcției câmpului electric. Intervalul
de timp pentru migrare într-o direcție sau alta determină limita
superioară a dimensiunii fragmentelor de ADN care se vor separa
distinct. Dependența de timp este aproape liniară: la frecvențe de timp de
0,1 secunde, se separă fragmente mai mari de 10 Kbp, în timp ce la
intervale de timp de o oră, se vor separa fragmente de circa 1 Mbp.
Timpul necesar separării prin electroforeză în câmp pulsator este cuprins
între 20 și 80 de ore, în condițiile în care gelul de agaroză are o
concentrație de 0,5-1%
adică:
Unde:
Rf = mobilitate relativă, normalizată față de frontul de colorant
sau față de un alt standard.
Yo = mobilitatea relativă a proteinei în absența oricărei interacții
cu gelul.
KR = "coeficient de retardare," în măsura în care matricea de
gel afectează mobilitatea.
T =% concentrația de monomeri din matricea de gel.
Configurațiile geometrice probabile ale diferitelor tipuri structurale de geluri de
poliacrilamidă
2. Proteina cu mobilitate mai mare (densitate de sarcină electrică mai mare) este mai mică
în dimensiuni. În acest caz separarea se realizează pe baza mobilității și a masei
moleculare. Se consideră că cele două proteine sunt sinergice iar prin creșterea
concentrației de gel crește și rezoluția de separare (panelul B).
3. Una dintre proteine are dimensiuni mai mari și mobilitate electroforetică mai mare. În
acest caz separarea se realizează în funcție de dimensiune și sarcină electrică, cele două
proteine fiind antagoniste. Cazul este caracteristic sistemelor nedisociative (panelul C).
4. Două proteine au aceleași dimensiuni dar au mobilități electroforetice diferite (este cazul
izoenzimelor, hemoglobinelor, etc.). În acest caz concentrația monomerilor nu are efect
asupra separării relative a celor două proteine. Situația corespunde separărilor prin
focusare izoelectrică sau prin izotacoforeză (panelul D).
Soluțiile de monomeri se prepară uzual ca soluții stoc, concentrate. Pentru gelurile utilizate în
separarea de proteine este preferată o soluție stoc de monomeri cu T%=30% și C%=2,7% care se
prepară prin dizolvarea a 29,2g de acrilamidă și 0,8g de bisacrilamidă în 70 ml de apă complet
deionizată (volumul final fiind de 100 ml iar densitatea specifică de 1,025). Soluția de monomeri
trebuie filtrată și stocată la rece, preferabil într-un vas de sticlă. Pentru gelurile utilizate în
separarea de acizi nucleici se folosește un amestec alcătuit din acrilamidă:bisacrilamidă cu
T%=30% și C%=3,3% preparată din 29g de acrilamidă și 1g de bisacrilamidă.
Concentrațiile de inițiator sunt determinate empiric prin urmărirea polimerizării în timp de 15-
20 minute după adăugare. În aceste condiții, gelificarea se realizează complet în 90 de minute.
Dacă se utilizează geluri de concentrare, este necesar ca acestea să aibă structuri poroase mari.
Pentru o polimerizare rapidă (în circa 8-10 minute) se adaugă persulfat de amoniu, la o
concentrație finală de 0,05% respectiv TEMED, 0,1%.
Soluțiile stoc de monomer și de tampon se combină până la concentrația dorită și apoi se
deaerează sub un vid modest timp de aproximativ 15 minute. Inițiatorul și catalizatorul sunt apoi
adăugate iar amestecul se toarnă în aparatul montat. Dacă se utilizează gel de concentrare, se
prepară și se toarnă mai întâi gelul se rezolvare (separare). El este apoi acoperit cu o soluție de
izobutanol saturat în apă pentru a exclude aerul din vecinătatea superioară a gelului și pentru a
forma o legătură puternică între cele două geluri. După aproximativ o oră, stratul de alcool este
îndepărtat și gelul format în partea superioară se spală cu apă până la dispariția mirosului
caracteristic de butanol, după care se toarnă amestecul de gel de concentrare peste gelul de
separare și se introduce un ”pieptene” formator de godeuri pentru a forma spații în care se aplică
proba. După finalizarea polimerizării și îndepărtarea pieptenului, gelul este gata de utilizare.
În cazul gelurilor de poliacrilamidă preturnate acestea sunt inerent
instabile în afara domeniului de pH cuprins între 4 și 6. După un stocaj de
aproape 4 luni la o temperatură de 4oC, în tampoanele uzual utilizate în
electroforeză, uneori are loc o scădere notabilă a profilului benzilor
separate electroforetic. În consecință, pentru a obține o rezoluție maximă,
este necesar să se utilizeze numai geluri preparate în soluții cât mai
proaspăte.
Alterarea structurii poliacrilamidei este un proces lent de hidroliză a
grupărilor carbox-amididice (-CO-NH2) ale monomerilor de acrilamidă și
care se manifestă în tampoane bazice. Hidroliza conduce la formarea unor
grupări carboxil (-COO-), ionizabile. Gelurile vechi au o structură a
porilor este schimbată ele luând caracteristici de schimbători de ioni
datorită hidrolizei. Îmbătrânirea gelurilor de poliacrilamidă are o
semnificație comercială deoarece limitează perioada de utilizare a
gelurilor preturnate.
Forma gelului
Primele electroforeze care au folosit poliacrilamida drept mediu suport s-au efectuat pe
geluri plate, orizontale și apoi pe geluri cilindrice (unde amestecul de polimerizare se toarnă
în tuburi de sticlă sau plexiglace). În prezent însă, în majoritatea cazurilor se apelează la
separarea pe verticală în geluri plate (geluri placă), cu o grosime a gelului cuprinsă între 50
µm și 3 mm.
Gelurile placă orizontală (sau verticală) sunt simplu de preparat , într-un timp scurt. Pe
un astfel de gel se aplică mai multe probe, inclusiv proteine standard cu masă
moleculară cunoscută, separându-se în condiții identice. Numărul de probe aplicate este
în funcție de necesități iar analiza calitativă și estimările cantitative se efectuează cu mai
multă ușurință și precizie în cazul gelurilor cilindrice. Se elimină astfel artefactele optice,
ceea ce face posibilă fotografierea corectă. În plus, în cazul gelurilor placă, căldura
produsă prin efect Joule este mai repede disipată comparativ cu gelurile cilindrice iar
uscarea gelurilor este relativ simplă.
Gelurile cilindrice sunt
de neînlocuit la separarea proteinelor marcate cu radioizotopi când se urmărește
determinarea cantitativă a radioactivității.
Ele sunt de preferat atunci când trebuie determinată activitatea enzimatică a
fracțiunilor separate deoarece cantitatea aplicată este mult mai mare (fără a afecta
calitatea separării).
Gelurile cilindrice sunt preferate la testarea pH-ului optim de lucru și a concentrației
optime a gelului de poliacrilamidă
CONDIȚII DE SEPARARE
Condițiile de separare trebuie să asigure o solubilizare completă a probelor
proteice, alegerea acestora realizându-se sistematic în funcție de proprietățile
hidrofile/hidrofobe ale proteinelor.
Pentru testarea solubilității numai prin disocierea legăturilor hidrofile, proba este
incubată în soluții tampon alcaline, neutre și acide, în prezența/absența clorurii de
potasiu (0,1-0,5 M), la o temperatură de 4oC, pentru a nu afecta activitatea
biologică.
Urea este deseori utilizată ca agent de disociere în electroforeza pe gel. Urea, care disrupe
legăturile de hidrogen și legăturile hidrofobe poate cauza agregări nedorite ori formarea unor
structuri secundare care afectează mobilitățile proteinelor. Ea este deseori utilizată în
denaturarea acizilor nucleici. Urea este un component esențial al gelurilor la care este
necesară menținerea configurațiilor unicatenare a ADN sau ARN, pentru a se determina cu
acuratețe masele moleculare. Disocierea legăturilor de hidrogen necesită uree în concentrații
mari (7-8 M).
Poliolii (de exempul glicerina, trixidroxipropan, propantriolul) este folosită frecvent pentru
solubilizarea proteinelor în condițiile menținerii activității biologice.
Dacă proba continuă să rămână insolubilă se recurge la detergenți, compuși
care modifică hidrofobicitatea relativă a proteinelor și care astfel îmbunătățesc
separarea electroforetică.
Într-o mică măsură același efect se obține prin folosirea tampoanelor relativ
hidrofobe pe bază de N-etilmorfolină sau hidroxietilmorfolină
O N C H2 C H3 O N C H2 C H2 OH
A B
Cea mai mare parte a studiilor de electroforeză în gel de poliacrilamidă folosește condiții
denaturante, disociative. În aceste condiții, proteinele oligomere disociază în lanțuri
polipeptidice, componente. Astfel, proteinele își pierd activitatea biologică. Detergenții se
utilizează în electroforeză când este necesară disruperea interacțiilor proteină-lipid și
proteină-proteină. În acest scop au fost utilizați o serie de detergenți. Cel mai cunoscut
agent de disociere este dodecilul sulfat de sodiu (lauril sulfatul de sodiu, SDS).
SDS este un detergent ionic care are formula CH3-(CH2)10-CH2-SO3-Na+.
Structura chimică a
dodecilsulfatului de sodiu, SDS.
Se observă brațul nepolar și
regiunea polară care posedă o
sarcină negativă
Cele mai multe proteine sunt ușor solubile în SDS, făcând electroforeza în prezență
de SDS (SDS-PAGE) o metodă general aplicabilă.
Puritatea (calitatea) detergentului este o condiție importantă în SDS-PAGE.
Efectele impurităților prezente în preparatele de SDS sunt impredictibile.
Dintre contaminanți, cele mai nedorite efecte le au probabil alchil sulfații,
alții decât dodecil sulfatul (C12); în special decil sulfatul (C10), tetradecil
sulfatul (C14) și hexadecil sulfatul (C16) Aceștia se leagă la proteine cu
afinități diferite și în consecință afectează mobilitățile.
Contaminanții lipofilici prezenți în preparatele de SDS, printre care
dodecanolul, pot fi incluși în complexele SDS-proteină și în micelele de
SDS conducând la scăderea rezoluției. Numai SDS purificat (care se
realizează prin recristalizare în n heptan) trebuie utilizată pentru
electroforeză, dar chiar cu SDS pur, diferite glicoproteine, lipoproteine și
nucleoproteine au tendința de a se lega la detergent neregulat, rezultanta
fiind o migrare anormală a complexelor SDS-polipeptide în ceea ce
privește masele lor moleculare. În plus, prezența unor săruri anorganice în
preparatul de SDS conduce la modificarea proprietăților tensioactive ale
acestuia. Dintre proprietățile fizice ale SDS se pot aminti:
SDS are o solubilitate în apă de 3% (masă/volum);
SDS precipită la temperaturi cuprinse între 0-10oC.
DODECIL SULFATUL DE LITIU (lithium dodecyl sulfate, LDS) a fost
uneori substituit SDS în analizele efectuate pe geluri de poliacrilamidă
după cum BROMURA DE CETILTRIMETILAMONIU
(cetyltrimethylammonium bromide, CTAB) a fost de asemenea utilizată în
electroforeza proteinelor.
LDS este mai solubil decât SDS și nu precipită la temperaturi
scăzute (la 4oC se leagă afin la poliacrilamidă, deși la 25oC nu prezintă o
astfel de proprietate), ceea ce permite migrarea gelurilor la temperaturi
scăzute. S-a constatat că dacă într-un sistem tampon continuu, SDS este
înlocuit cu LDS, separarea moleculelor cu masă moleculară mică este
accelerată datorită deficitului de LDS în regiunea frontală a gelului. Dacă
gelul este saturat în LDS, rezoluția separării la 4oC pe acest gel este mai
bună decât cea obținută după electroforeză un gel de poliacrilamidă în
prezență de SDS efectuată la 25oC.
CTAB (cetyltrimethylammonium bromide) este un denaturant mai slab decât
SDS, prezervând anumite activități biologice care sunt distruse de către SDS.
MAJORITATEA PROTEINELOR LEAGĂ SDS ÎNTR-UN RAPORT
CONSTANT DE 1,4 G SDS/GRAM PROTEINĂ. ÎN ACESTE CONDIȚII,
SARCINILE INTRINSECI (PROPRII) ALE POLIPEPTIDELOR SUNT
NESEMNIFICATIVE COMPARATIV CU SARCINILE ELECTRICE
NEGATIVE REZULTATE DUPĂ LEGAREA SDS. DENSITĂȚILE DE
SARCINĂ ELECTRICĂ SUPERFICIALĂ ALE COMPLEXELOR SDS-
POLIPEPTIDE SUNT ÎN PRINCIPIU IDENTICE, CEEA CE PERMITE
SEPARAREA (ÎNTR-UN GEL CU POROZITATE CONTROLATĂ) STRICT
ÎN FUNCȚIE DE DIMENSIUNILE POLIPEPTIDELOR. În acest fel, pe
lângă compoziția (conținutul) polipeptidelor din probă, se determină și
masele moleculare ale polipeptidelor, dacă sunt separate în același
timp cu un set de proteine cu masă moleculară cunoscută, prin
raportare la acestea. Tehnica de lucru este simplă iar cantitatea de
probă este de ordinul a micro sau a nanogramelor.
Cea mai mare parte dintre proteine se solubilizează în SDS,
indiferent de sursă, însă există și excepții: astfel,
glicoproteinele și lipoproteinele nu pot fi saturate în SDS, deoarece, în
primul caz, partea neproteică a unităților hidrofile oligozaharidice
previn legarea micelelor de SDS partea proteică numai interacționând
cu acesta.
Proteinele puternic bazice (de exemplu, histonele)
interacționează prin legare electrostatică a micelelor de SDS prin
intermediul grupărilor sulfat. Migrarea histonelor poate fi îmbunătățită
prin utilizarea gelurilor în gradient de pori care permit catenelor
polipeptidice să acceadă la limita lor de pori.
În cazul glicoproteinelor, impedimentul poate fi relativ îndepărtat
prin utilizarea tampoanelor Tris-borat în condiții alcaline, astfel
crescându-se sarcina netă negativă a glicoproteinelor ceea ce conduce
la viteze de migrare bine corelate cu masa moleculară.
Mecanismul reducerii
punților disulfurice de către
tiocompuși. Coloana din
stânga: reducerea cu
monotioli (de tipul β-
mercaptoetanolului).
Coloana din dreapta:
reducerea cu ditioli ciclizabili
(cum ar fi ditiotreitolul, DTT).
Sferele întunecate reprezintă
suprafața proteinei.
Practic, testarea celui mai bun amestec de disociere se face prin
păstrarea constantă a concentrației proteice, a concentrației de
agent reducător (de obicei β-mercaptoetanol), și a concentrației
de detergent cu varierea timpului de incubare. Dacă rezultatul
este nesatisfăcător, se trece la varierea unui alt parametru dintre
cei arătați mai sus.
Este ușor să se aleagă concentrațiile optime ale gelului (%T) necesar separării proteinelor mai ales pentru SDS-
PAGE decât pentru cele separate prin electroforeză în condții native pentru că separarea complexelor proteină-
SDS este în principal dependentă de lungimea catenei polipeptidice. Astfel, gelurile Laemmli cu T=7,5% rezolvă
proteine din domeniul de mase moleculare cuprinsă între 40 și 200 kDa, în timp ce gelurile T=10% rezolvă
proteinele cu greutate moleculară cuprinsă între 20 și 200 kDa, gelurile cu T=12% rezolvă proteinele cu greutate
moleculară cuprinsă între 15 și 100 kDa, iar gelurile cu T=15% rezolvă proteinele cu greutate moleculară
cuprinsă între 6 și 90 kDa
ELECTROFOREZA PE GELURI DE POLIACRILAMIDĂ ÎN GRADIENT DE
POROZITATE
Migrarea macromoleculelor într-o matrice de gel cu o concentraţie continuu variabilă
(ceea ce semnifică un gradient de porozitate), are ca efect compactarea zonelor de
proteine de-a lungul direcției de migrare, astfel că banda proteică, traversează
concentrații din ce în ce mai mari de gel, iar viteza sa de migrare scade continuu. Acest
proces conduce la o îngustare progresivă a benzii proteice. Există şi alte motive pentru a
recurge la geluri de porozitate gradată.
În cazul unei proteine multimerice, parţial purificate, numărul de subunități şi masa
moleculară a subunităţilor sunt analizate simultan prin electroforeză 2-D cu electroforeza în
gradient de pori pentru prima dimensiune și SDS-PAGE pentru a doua dimensiune. După o
primă electroforeză în gradient de pori în condiții nedenaturante, poziţia proteinelor
multimerice în gel este determinată prin teste specifice acestei proteine pentru estimarea
masei sale moleculare native, după care proteina multimerică este disociată în subunităţile
sale prin tratament cu SDS. Masa moleculară a fiecărei subunități este determinată prin
electroforeză pe gel de poliacrilamidă în prezență de SDS iar numărul de subunități dintr-o
proteină nativă complexă se calculează din aceste valori.
Au fost descrise alte aplicații ale electroforezei în analiza lipoproteinelor, inclusiv
lipoproteinelor cu densitate mare (HDL) precum și a lipoproteinelor cu densitate mică
(LDL). În cele mai multe laboratoare de analiză specializată, metodele uzuale de
separare și analiză a lipoproteinelor din ser sunt cele de ultracentrifugare în gradient de
densitate. Un dezavantaj al acestei metode constă din necesarul unui echipament scump
şi personal cu experienţă, în timp ce separarea și analiza acestora prin electroforeză în
gradient de pori este o metodă relativ simplă, necostisitoare, şi sensibilă pentru
detectarea subfracțiilor lipoproteice dintr-un volum mic de ser. De altfel, electroforeza
în gradient de pori în condiții nedenaturante separă lipoproteinele, pe baza diferenţelor
de dimensiune a particulelor şi astfel poate oferi în mod direct dimensiunea particulelor,
în timp ce separarea ultracentrifugarea în gradient de densitate se bazează pe diferenţa
de densitate, parametru indirect, dependent de dimensiunea particulelor. Dacă, înainte
de electroforeză, în cazul în care lipoproteinele din probă sunt precolorate printr-o
tehnică de colorare a lipidelor (colorare cu negru de Sudan B, de exemplu) migrarea lor
poate fi monitorizată în timp real. De exemplu, HDL poate fi fracţionată în 14 subclase
prin electroforeză în gradient de pori în condiții nedenaturante.
În plus faţă de interacţiunea funcţională a proteinelor sau a subunităţilor
acestora, reacțiile antigen-anticorp sunt analizate după separarea prin electroforeză
în gradient de pori în condiții nedenaturante. Mobilitatea unui complex de antigen-
anticorp este mai lentă decât cea a unei molecule singulare de antigen. Mai mult
decât atât, un complex al unei molecule de antigen şi doi anticorpi monoclonali
care recunosc doi epitopi distincți migrează mai lent decât un complex format
dintr-un antigen şi un anticorp monoclonal. Prin urmare, prin electroforeză în
gradient de pori în condiții nedenaturante se poate determina dacă două anticorpi
monoclonali împotriva acelaşi antigen recunosc epitopi diferiți sau identici, și
astfel este posibil realizarea unui studiu de cartografiere a epitopilor prin
electroforeză pe gel.
se poate realiza de asemenea, studiul complexelor ADN-proteine. În analiza de
modificare a mobilității electroforetice (electrophoretic mobility shift assay,
EMSA), electroforeza în gradient de pori în condiții nedenaturante are o capacitate
de rezoluţie înaltă şi este utilă pentru analiza complexele ADN-proteine care
conțin proteine diferite ori pentru detectarea unor proteine de legare a de ADN
mutanți.
ELECTROFOREZA PE GELURI DE POLIACRILAMIDĂ ÎN PREZENȚA
BROMURII DE CETIL-TRIMETIL-AMONIU
Cationic Electrophoresis
În cazul în care, în loc de încărcarea negativă cu SDS, se utilizează o
încărcare pozitivă a proteinelor cu detergenți de tipul bromurii de
cetiltrimetilamoniu (CTAB), sarcina negativă a glucidelor se
neutralizează prin legarea suplimentară a unor molecule de detergent.
Acest proces conduce la obținerea unor benzi mai clare. CTAB este
cunoscut că solubilizează proteinele foarte eficient şi a fost folosit pentru
izolarea unor proteine "dificile"
În CTAB-PAGE proteinele se deplasează spre polul negativ, mai
degrabă decât spre electrodul pozitiv și ca atare trebuie utilizat un
sistem diferit de tamponare.
2D-CTAB/SDS-PAGE este o tehnică de electroforeză bidimensională în gel, potrivita
în special pentru separarea unor proteinele membranare.
Prin aceasta tehnica, se pot analiza chiar și acele proteine cu pI puternic bazic
deoarece CTAB este un detergent cationic care stabilizează sarcini pozitive în afara
regiunilor hidrofobe ale proteinelor membranare, ceea ce conduce la menținerea lor
în soluție iar separarea se realizează funcție de dimensiunile lor. Efectul de
stabilizare este susținut de un pH acid.
În plus față de acest efect, condițiile acide conduc la o eliminare parțială a
proteinelor solubile.
ELECTROFOREZA NATIVĂ PE GEL DE POLIACRILAMIDĂ ÎN PREZENȚĂ
DE COOMASIE BRILLANT BLUE
În ultimii ani, separarea de complexe proteice prin electroforeză nativă pe gel de
poliacrilamidă în prezență de CBB (Blue native PAGE, BN-PAGE) s-a dovedit a fi o
metodă dominantă în identificarea unor tulburări funcţionale prin analiză din
omogenate totale, ţesuturi, celule ori fracţiuni celulare. Metoda a fost utilizată la
determinarea greutății moleculare a complexelor proteice din intervalul cuprins între
10 şi 10.000 kDa. Au fost analizate cu succes mai ales complexele membranare
intrinseci de transfer a electronilor/protonilor din mitocondrii şi cloroplastele. Metoda
a fost combinată cu alte tehnici pentru a determina starea oligomerică, stochiometria,
activitatea enzimatică şi structura moleculară a complexelor multiproteice. Aşa cum
multe probe pot fi separate în paralel, într-o singură migrare electroforetică, printr-o
comparaţie directă a complexelor proteice se permite uşor identificarea unor tulburări,
ceea ce permite direcționarea spre analize funcţionale suplimentare. În proteomică,
separarea de înaltă rezoluţie de proteine este, în general realizată prin separări
bidimensionale (2-D), în conformitate cu punctul izoelectric al proteinelor (IEF-
PAGE) şi masa lor moleculară (SDS-PAGE). Aceasta ultimă tehnică de denaturare
separă sute de mii de proteine din probe complexe. Cu toate acestea, proteinele
hidrofobe de membrană sunt greu detectabile, după 2-D IEF/SDS-PAGE.
BN-PAGE reprezintă o strategie alternativă de separarea cu rezoluţie înaltă a proteinelor de
membrană şi de menţinere a funcţiei lor enzimatice. Metoda se numește nativă, deoarece cele
mai complexe de proteine separate își păstrează funcţiile enzimatice şi blue native, deoarece
separarea electroforetică se bazează pe proprietatea colorantului Coomassie blue G250
(CBB) de a se lega la proteine. BN-PAGE a fost descrisă pentru prima data în 1991 în cazul
separării complexelor de proteine membranare din lanţul respirator al mitocondriei umane.
Astăzi, BN-PAGE reprezintă o alegere în cazul în care este necesară o
analiză a interacţiunilor proteinelor native de membrană, la o rezoluţie înaltă şi cu
randament sporit.
Importanţa biologică a interacţiunilor dintre proteine este dată de faptul
că proteinele se exprima în funcţie de gene în toate organismele vii. Proteinele sunt
molecule funcţionale care operează pe căi metabolice, de dezvoltare şi de reglare,
dintr-o celulă, ţesut sau dintr-un organism. Proteinele multiple sunt complexe
integrate, în scopul organizării lor în mai multe funcţii enzimatice. Complexe de
proteine, prin urmare, reflectă organizarea macromoleculară a stării celulare, care
reprezintă fundamentul în înţelegerea funcţiilor celulare. În practica proteomică,
obiectivul central îl reprezintă identificarea tuturor proteinelor prezente într-o stare
definită de dezvoltare a unui organism, ţesut, celuleă sau subfracție celulară şi de a
caracteriza modificările lor calitative şi cantitative, ca răspuns la schimbările de
mediu.
Pregătirea probei în vederea BN-PAGE. Blue native PAGE separă complexe ale proteinelor de
membrană în stare nativă. Pentru a obţine rezultate optime, pregătirea probelor reprezintă pasul
cel mai critic, din acest motiv toate treptele de prelucare se efectuează pe gheaţă. Pentru a mări
șansele de solubilizare a complexelor proteice și de creștere a stabilității lor, se are în vedere că
solubilitatea proteinelor depinde atât de natura probei, precum şi pe tipul de detergent şi de
concentrația acestuia, aceste variabile trebuind testate pentru oricare probă de interes.
Solubilizarea complexelor proteice. Membranele biologice sunt ansambluri complexe de lipide şi
proteine. Un compus lipidic este de obicei compus din două cozi hidrofobe de hidrocarbură
conectate la un cap polar. Lipidele sunt cel mai adesea aranjate într-o structură bistratificată cu
cozile hidrofobe alăturate iar capetele hidrofile ale acestora sunt îndreptate spre exterior.
Proteinele de membrană sunt încorporate în zonele hidrofobe ale bistratului membranar prin
interacţiunea lor cu faza hidrofobă lipidică. Proteine se adună în complexe multisubunitare pentru
a îndeplini funcţiile celulare în cadrul fazei de membrană.
Evoluția unui proces de migrare electroforetică prin BN-PAGE. Imaginile reprezintă trei puncte
caracteristice din perioada de timp de electroforeză prin BN-PAGE. Aparatul electroforetic constă din
anod (partea de jos) şi tancul rezervor de tampon catodic (sus, umplute cu tampon catodic, care conține
CBB, albastru), gelul se află situat între două plăci de sticlă (ca un sandwich) iar menținerea temperaturii
(la 4oC) se realizează printr-un sistem de răcire prin intermediul tamponului anodal în tot timpul
electroforezei. Tamponul din zona anodală este agitat pentru a menține o temperatură constantă. Înainte
de începerea electroforezei, tamponul catodal care conține CBB este completat în rezervorul cu tampon şi
probele sunt depuse în godeuri (săgeata de culoare albă, godeul probei, panelul 1, înainte de începerea
migrării). În timpul electroforezei, probele încărcate electric intră în gelul de concentrare (stivuire) şi după
un timp, colorantul Coomassie care se deplasează cu frontul ajunge la jumătatea gelului de separare. În
acest moment, complexele proteice încep să devină vizibile în gelul de separare. În acest moment,
tamponul cu Coomassie catodic se schimbă cu un tampon catodal incolor (săgeţile de culoare albă,
panelul 2, în timpul migrării). BN-PAGE poate fi oprită atunci când tampon colorat cu CBB pătată a ajuns
la sfârşitul gelului de separare şi separarea de complexe este finalizată (săgeţile de culoare albă, panelul
3, sfârșitul migrării)
BN-PAGE a complexelor de proteine membranare tilacoide.
Markerul de masă moleculară (MP) conține următoarele
proteine standard separate: tireoglobulină 696, feritină 440,
catalază 232, lactat dehidrogenază 140, şi albumină 67, kDa.
Din 1×108 cloroplastele de orz corespunzând la 400 µg de
proteină, au fost izolate plastide care au fost în continuare
lizate, iar membranele tilacoide au fost colectate prin
centrifugare. Proteinele membranare au fost solubilizate cu
dodecilmaltozid şi separate pe un gel de poliacrilamidă cu
gradient liniar de pori (6-12%), prin blue native PAGE (TM).
Linia a doua de gel a fost colorată cu CBB (CS). Pentru a se
determina activitatea diaforazei
NAD(P)H:plastoquinon:oxidoreductazei (asterisc pe partea
dreaptă a gelului), gelul din prima dimensiune, a fost incubat
în 50 mM tampon fosfat pH=8,0/EDTA, 1mM. Reacția de
culoare a fost iniţiată prin adăugarea a 0,2 mM NADH şi 0,5
mg/ml nitro blue tetrazoliu. Gelul s-a incubat în continuare
timp de 12 ore. Se evidențiază (prin săgeţi) două complexe
proteice care conţin clorofilă (AS) la o masă moleculară de
550 kDa (semnalul de sus, echivalent complexului PS I, LHC
I) şi un altul, la o masă moleculară de 120 kDa (semnalul mai
mic, echivalent complexului LHC II).
ELECTROFOREZA NATIVĂ PE GELURI
DE POLIACRILAMIDĂ INCOLORE
nu este nimic altceva, decât un sistem de gel folosit în BN-PAGE, fără a utiliza
colorantul CBB
Proteinele, ca molecule amfotere, posedă sarcini nete pozitive, negative, sau neutre în
funcţie de pH-ul de mediului în care se află dizolvate. Sarcina per ansamblu a unei proteine
particulare este determinată de resturile de aminoacizi acizi sau bazici ionizabili de pe
catenele polipeptidice și de grupările protetice. Grupările carboxilice acide (-COOH), din
proteine sunt neionizate în soluţii acide şi disociază în formă anionică (-COO-), la valorile ale
pH-ului mai mari, de mai sus de pH=3,0. Grupările amino (-NH2) şi alți compuși de bază din
proteine, cum ar fi guanidinele, sunt neîncărcate electric la un pH alcalin, dar devin cationi la
un pH mai în jur de 10,0 (de exemplu,-NH3+). pH-ul la care o catenă polipeptidică disociază
este afectat de compoziția totală a proteinei și de proprietățile mediului în care se află
dizolvată. Ca urmare, fiecare grupare individuală ionizabilă dintr-o proteină are un punct
aproape unic de disociere.
Sarcina netă a unei proteine este suma algebrică a tuturor sarcinilor sale, pozitive şi
negative. După cum s-a mai amintit în acest capitol, există un pH specific pentru fiecare
proteină la care sarcina netă care o posedă este egală cu zero. Această valoare este
denumită pH izoelectric (pI) este o proprietate caracteristică fizico-chimică specifică fiecărei
proteine. În cazul în care numărul de grupări acide dintr-o proteină depăşeşte numărul de
grupări bazice, pI-ul proteinei va avea o valoare scăzută a pH-ului. Pe de altă parte, în cazul
în care numărul grupărilor bazice sunt mai numeroase decât cele acide, pl-ul va fi înalt.
Proteinele arată variaţii considerabile ale punctelor izoelectrice, dar valorile pl-urilor se
încadrează de obicei, în intervalul de pH cuprins între 3 și 10.
În general, IEF se efectuează în condiţii nedenaturante, fiind o tehnică de înaltă
rezoluţie. Deseori, rezoluţia a două proteine diferite se realizează la valori ale
pI-ului lor de doar 0,02 unităţi de pH, sau mai puţin. Din cauza acestei înaltei
rezoluţii, probe de proteine care par a fi omogene atunci când sunt testate prin
alte mijloace poate fi adesea separate în mai multe componente prin IEF. Astfel,
microheterogenitatea poate fi un indiciu dat de diferenţe în structura primară,
existența unor izomeri conformaționali, a unor diferenţele de tipuri şi de număr
de grupări prostetice, sau de denaturare a proteinei.
Pasaj proteină radiomarcată (Mr=65000) + SDS NH4HCO3, 50mM-SDS, 0,1% [Tris- 50 și 80V
1µg-1mg acetat, 50mM (pH=7,8) – SDS, 0,1%c]
Gradient discontinuu de ATP-citrat liază colorată și proteine + SDS Tris, 25mM-glicină, 75mM (pH=8,8) - 4,0 mA
conductivitate colorate DTEd 1mM-glicerol, 40%. Captare:
0,1-0,5µg (două fragmente de gel) NaCl, 2M
Stivuire în stare staționară Hormon de creștere uman - SDS, T%=6% Electroforeză zonală multifazică. 6-7mA/cm2, apoi 3-
radiomarcat Sistem tampon 2950.0.X 3,5mA/cm2
Stivuire în stare staționară, Proteina de legare a retinolului + SDS, T%=15% Le: NEM, 23mM- HCl, 10mM 4 mA per tub
cu Sephadex G-25 0,3-4mg (1-5ml) (pH=8,0);Tf: Tris, 30mM-6ACAg,
500mM (pH=9,1) –SDS, 0.1%
Sh: Tris, 3 mM-6ACA, 50 mM
(pH=9,1)- SDS, 0.1%
Stivuire în stare staționară, Albumină necolorată, etc. (cca. +/- SDS Pentru geluri alcaline, L: Tris, 378 250-300 V
cu ionului frontal 0,5ml de gel) mM – HCl, 124mM (pH=8,5)-
concentrat sucroză, 10%; T: Tris, 2,5mM-glicină,
10mM (pH=8,5)
Eluţia acizilor nucleici din geluri de agaroză
Izotacoforeza este utilizată frecvent în separarea şi detecția analiților într-o gamă largă de
aplicaţii de la cele farmacologice şi genetice până la analiza și depistarea unor toxine din
alimente. Detecția, în ITP poate fi realizată prin măsurarea schimbărilor de conductivitate, de
absorbanţă UV sau de intensitate a fluorescenţei.
Identificarea este de obicei procesul de determinare a identităţii unuia sau a mai multor
analiţi care au provocat o schimbare observabilă în semnal la detector. Acest proces poate fi
dificil atunci când există mai mulți analiţi de interes ale caror proprietati nu sunt apriori
cunoscute. Pentru astfel de aplicaţii, identificarea trebuie să se bazeze pe o abordare mai generală
a caracteristicilor fizico-chimice, precum masa, sarcina electrică, constantele de disociere, sau
mobilitățile electroforetice
Electroforeza capilară (capillary electrophoresis, CE), s-a dezvoltat ca tehnică la sfârşitul anilor
1980 şi a crescut constant în popularitate de atunci. În forma sa cea mai simplă şi mai frecvent
utilizată, CE reprezintă o întoarcere la metoda originală descrisă de Tiselius, dar popularitatea sa
nu se bazează numai pe această simplitate inerentă, ci și cu privire la avantajele suplimentare date
de viteză, versatilitate și costuri reduse. Fiind în esenţă o metodă analitică, ea și-a găsit
aplicabilitatea în separarea biopolimerilor, cum ar fi peptide, proteine, oligonucleotide, ioni de
metale și ioni anorganici, precum şi în analiza de produse farmaceutice ori în monitorizarea
calităţii apei
Una dintre limitările evidente ale electroforezei este că, aproape prin definiţie, gama de
molecule care pot fi separate este limitată la acele care pot transporta o sarcină electrică.
Cromatografia electrocinetică capilară micelară este o versiune a electroforezei capilare care
combină fenomenul de curgere electroendoosmotică, cu o formă de cromatografie de partiţie
pentru a extinde gama de molecule care pot fi separate pentru a le include și pe cele care nu
posedă sarcină. După cum s-a arătat mai sus, potenţialul zeta de pe peretele unui capilar
neacoperit combinat cu diametrul mic al acestui capilar, în sine, duce la producerea unui flux
electroendoosmotic semnificativ.
Cromatografia electrocinetică capilară
micelară. Micelele încărcate negativ sunt atrase
spre anod, dar, datorită marii amplitudini a
curgerii electroendoosmotice are loc o
deplasare înspre capătul catodic al capilarului.
Moleculele încărcate pozitiv sunt retardate
(întârziate) prin asocierea cu micelele încărcate
negativ; moleculele neutre posedând o
mobilitate intermediară se partiţionează între
fazele micelară şi electrolit în timp ce
moleculele încărcate negativ sunt respinse din
micele
APLICAȚII ALE ELECTROFOREZEI CAPILARE
Analize genetice;
Analize de produse farmaceutice (care conţin baze
azotate);
Produse farmaceutice care conțin centre chirale
(enantiomeri);
Analize ale unor contra-ioni în dezvoltarea unor noi
medicamente;
Caracterizarea unor proteine și a unor proteine
terapeutice;
Analiza de carbohidrați pentru determinarea
modificărilor post-translaţionale.
ELECTROFOREZA DE AFINITATE
Electroforeza de afinitate, în sens larg, include toate metodele utilizate în biochimie și
biotehnologie în care un anumit tip de interacțiune specifică are loc între un component
din proba supusă electroforezei și un alt component prezent în constituția mediului
suport, denumit ligand specific. Cu ceste metode, unele înrudite cu imunoelectroforeza,
altele, cu cromatografia de afinitate, se detectează componentele dintr-o probă care
prezintă afinitate pentru un ligand, se determină omogenitatea sau heterogenitatea
legării componentului/componentelor de ligand, modificările induse de diverse
tratamente și uneori cantitatea de component/componente care leagă specific ligandul,
sau se elfectuează studii cantitative privind formarea complexelor component-ligand (în
speță, proteină-ligand).
Ligandul poate fi liber sau imobilizat în mediul suport. Dacă masa sa moleculară este
foarte mică în raport cu masa moleculară a proteinelor țintă, modificările electroforetice
vor fi relativ mici sau chiar neglijabile, în special dacă și sarcina ligandului este mică
sau zero (de exemplu substratele cu masă moleculară mică și inhibitorii enzimatici).
Efectele asupra mobilității electroforetice vor fi mai evidente dacă ligandul și proteinele
țintă sunt cu mase moleculare relativ apropiate, sau dacă ligandul are fie o sarcină
electrică mare, fie o structură ramificată, care să permită interacțiunea simultană cu mai
multe molecule țintă de proteine. În aceste cazuri interacțiunea se va concretiza printr-o
scădere sau creștere semnificativă a mobilității electroforetice a proteinelor sau prin
apariția unui precipitat.
Toate aceste posibilități stau la baza diferitelor metode aparținând
electroforezei de afinitate. Cele mai cunoscute metode sunt :
•Imunoelectroforeza încrucișată;
•Imunoelectroforeza tip rachetă;
•Imunoelectroforeza zonală;
•Electroforeza încrucișată;
•Imunoafinoelectroforeza încrucișată;
•Afinoelectroforeza bidimensională;
•Afinoforeza;
•Electroforeza de afinitate propriu-zisă (care este asemănătoare ca
principiu cromatografiei de afinitate).
IMUNOELECTROFOREZA
Imunoelectroforeza reprezintă o metodă care combină electroforeza în mediu
stabilizat cu reacția antigen-anticorp. Această asociere, între rezoluția proprie și
specificitatea reacțiilor imunochimice, permite caracterizarea calitativă și cantitativă
a amestecurilor complexe de proteine. Imunoelectroforeza este o denumire
generică pentru o serie de metode biochimice de separare şi caracterizare a
proteinelor care au la bază preocedee electroforetice şi reacţii cu anticorpi. Toate
variantele de imunoelectroforeză necesită imunoglobuline, anticorpi care
reacţionează cu proteinele separate sau caracterizate.
Ilustrarea principiului care stă la baza
utilizării fenomenului de imunodifuzie și
imunoelectroforeză. Într-o matrice de gel,
în care este stabilit un gradient de
concentraţie de anticorpi care scade liniar
într-o direcţie dată, iar concentrația de
antigen creşte în gradient din direcție
opusă, se va forma o bandă de precipitat
perpendicular pe direcția gradientului, într-
un punct de concentraţie a antigenului
respectiv a anticorpului aproximativ egală.
Când sunt prezenți la concentraţii aproximativ egale, antigenul şi anticorpul vor precipita
ca un agregat
ELECTROIMUNOANALIZA MONODIMENSIONALĂ
În cazul BSA sensibilitatea metodei ajunge la 0,5-10 ng proteină/bandă, fracțiile proteice fiind vizibile
după o separare pe un gel de poliacrilamidă cu T=12%. În cazul gelurilor cu o concentraţie mai mică de
12% sensibilitatea scade din cauza creșterii dimensiunilor porilor, cu consecință în creșterea procesului de
difuziune a benzilor de proteine.
COLORAȚIA NEGATIVĂ IMIDAZOL-SDS-ZINC
Lipoproteinele
Precolorare cu Sudan Black
Glicoproteinele
Colorare cu sulfit de fucsina (reactiv Shiff) in conditii oxidante realizate cu
acid periodic;
Colorare argentica
Colorare cu Alcian blue (glicoproteinele acide)
Colorare cu izocianat de fluoresceina (FTIC)- lectinebenzi fluorescente
EZBlue™ Gel Staining Reagent
COLORAȚIA FLUORESCENTĂ
Înaintea oricărei separări şi localizări este necesar a cunoaşte proprietăţile enzimei luate în studiu,
precum:
pH-ul optim,
necesităţile în cofactori, inclusiv a unor activatori cationici şi a cosubstratelor.
detergenţii, agenţii de oxidare sau alţi factori detrimentali care pot influenţa activitatea
enzimatică precum pH-ul şi mediul ionic trebuie monitorizaţi cu stricteţe, atât în timpul preparării
probei cât şi în timpul procesului electroforetic.
Este bine de notat că prezenţa coloranţilor de evidenţiere a migrării pot ei însuşi să denatureze
ireversibil o serie de enzime. Înaintea electroforezei este esenţial a se determina concentraţia
proteică şi a se efectua un test convenabil al activităţii enzimatice. O cantitate de 1 până la 10 g
de proteină pură reprezintă optimul în timp ce amestecurile de proteine pot conţine până la 100
g.
Este important a alege o cantitate optimă de soluţie proteică care să prezinte o activitate bine-
decelată în urma procesului de evidenţiere postelectroforetică, o cantitate prea mică făcând
dificilă identificarea enzimei în timp ce o încărcare mare va conduce la suprapunerea benzilor şi
la o distorsiune a lor.
Electrofocusarea este pe departe mult mai sensibilă la supraîncărcare, după cum proteina va
distorsiona în gradientul de pH.
În condiţiile în care toate informaţiile pertinente sunt obţinute,
este necesar un experiment pilot în determinarea activităţii
enzimatice. În acest scop, este preparat un gel care conţine toate
componentele necesare în timpul procesului de separare
electroforetică. Proba este plasată într-un godeu şi lăsată să
difuzeze în matricea gelului, fără migrare electroforetică. Metoda
de detecţie este astfel testată fără separare electroforetică, în
scopul stabilirii prezenţei sau absenţei agenţilor denaturanţi ori a
inhibitorilor în gel.
Dacă testele preliminarii relevă o inactivare a enzimei,
trebuie aleasă şi testată o altă strategie de evidenţiere în scopul
menţinerii activităţii enzimatice în timpul procesului
electroforetic.
Cele mai comune şi nedorite componente inhibitorii ale unei activități
enzimatice analizate pe gel de poliacrilamidă sunt:
iniţiatorii reacţiei de polimerizare, persulfatul şi riboflavina,
monomerul de acrilamidă nepolimerizat şi
acidul acrilic, deseori prezent în amestecul de polimerizare. Există o serie
de căi în limitarea a efectului acestor componente. De exemplu, pre-
electroforeza gelului de separare, singur, înaintea polimerizării gelului de
concentrare va elimina iniţiatorii reacţiei de polimerizare care au capacitatea
de a oxida grupările tiol deseori implicate în actul catalitic.
O altă tehnică este aceea de a adăuga acid cisteic la tamponul de migrare,
care va "curăţa" gelul de peroxizi datorită faptului că acest acid va migra
alături de ionul lider, conducător.
Alternativ, gelurile subţiri (de 1 mm sau mai mici) pot fi imersate şi umectate
într-un tampon care conţine ditiotreitol în scopul îndepărtării oxidanţilor.
Eliminarea acidului acrilic poate fi realizată prin recristalizarea monomerului
de acrilamidă chiar înaintea polimerizării.
PRINCIPIILE LOCALIZĂRII “IN SITU”A ENZIMELOR
N+
CH3OSO3
CH3
• NAD+, 1 mg/ml,
• PMS, 0,02 mg/ml,
• Nitro blue tetrazoliu,
0.2 mg/ml,
• Etanol, 0.1 M
Schema reacţiei de identificare
postelectroforetică a Glutamat-Piruvat
Transaminazei.
L-Alanina + -cetoglutarat piruvat + L-glutamat
L-glutamat + APAD+ -cetoglutarat + APADH + NH3
PMS
APADH + MTT APAD+ + MTT-formazan