29 mai 1630. Părinții lui au fost regele Carol I al Angliei care domnea peste trei regate: Anglia, Scoția și Irlanda, și regina Henrietta Maria a Franței. Carol a fost al doilea fiu și copil. Primul lor fiu, care s-a născut cu un an înainte de Carol, a murit după câteva ore de la naștere. În timpul anilor 1640, când Carol era încă tânăr, tatăl său a luptat în Războiul Civil Englez cu forțele parlamentare și puritane. El și-a însoțit tatăl în timpul bătăliei de la Edgehill și, la vârsta de paisprezece ani, a participat la campaniile din 1645, când a fost făcut comandant titular al forțelor engleze în West Country. Până în primăvara anului 1646, tatăl său a pierdut războiul și Carol a părăsit Anglia din cauza temerilor pentru siguranța lui. Carol I s-a predat în 1646. El a scăpat și a fost recapturat în 1648. În ciuda eforturilor diplomatice ale fiului său pentru a-l salva, Carol I a fost decapitat în 1649 iar Anglia a devenit republică. La 6 februarie, Parlamentul Scoției l-a proclamat pe Carol al II-lea ca rege al Marii Britanii însă a refuzat să-i permită să intre în Scoția decât dacă accepta prezbiterianismul de-a lungul insulelor britanice. A fost încoronat rege al Scoției la Scone, la 1 ianuarie 1651. La sfârșitul anului 1660, bucuria lui Carol la Restaurație a fost temperată de decesul fratelui său mai mic, Henry, și a surorii sale, Mary, de variolă. Parlamentul s-a arătat ferm și a refuzat să recunoască regelui dreptul de a reglementa asemenea chestiuni prin ordonanțe. Carol a șovăit, și-a amintit de rebeliune, de exilul săi și a cedat.