Legumele și fructele au o bogată microfloră, în special pe suprafața lor. Microorganismele provin din aer sau din sol, iar prin intermediul particulelor de praf sau ale insectelor ele ajung pe suprafețele legumelor și fructelor. Fiind în contact cu solul și obiectele murdare, are loc majorarea microflorei pe suprafețele legumelor și fructelor.
Studiul microorganismelor din mai multe aspecte a arătat, că dezvoltarea unor
microorganisme pozitiv influențează asupra omului, alte tipuri de microorganisme influențează mai puțin pozitiv, alte microorganisme în urma dezvoltării lor negativ pot influența asupra activității omului, o parte (o categorie) din microbi sunt periculoși pentru sănătate și viață.
Microbiologia fructelor este eterogenă şi variază cantitativ, in funcţie de soi, dimensiuni,
structura anatomică, grad de coacere şi condiţii de recoltare, transport şi conservare. Fructele se consumă in stare proaspătă, de aceea ele pot fi vehiculante a unor microorganisme facultativ patogene, astfel incat din punct de vedere microbiologic este important ca inainte de consum să se facă spălarea lor cu apă potabilă. In cazul epidemiilor se recomandă dezinfectarea fructelor pentru distrugerea patogenilor şi apoi clătirea cu apă fiartă şi răcită. In microbiota fructelor apar accidental microorganisme patogene şi facultativ patogene: Escherichia, Salmonella, Shigella, Yersinia enterocolitica, bacterii care produc imbolnăviri/toxiinfecţii alimentare. Prin intermediul fructelor se poate transmite Helicobacter pyloris bacterie mobilă adaptată la aciditatea sucului gastric, care colonizează omul şi animalele, fiind agent al gastritelor şi enteritelor. Se pot dezvolta pe fructe mucegaiuri organotrofe comune sau care produc micotoxine (g. Penicillium, Aspergillus, Fusarium, Trichothecium). Rezistenţa fructelor la păstrare depinde de numeroşi factori: structura anatomică a fructelor, substanţe de protecţie cu efect antimicrobian (acizii organici), substanţele fitoncide (prezente in fructe) acţionează cu efect letal asupra unor microorganisme – uleiuri eterice. Cea mai răspandită formă de alterare a fructelor este putrezirea provocată de dezvoltarea şi activitatea mucegaiurilor. Fructele şi in special sucurile lor prezintă un mediu favorabil pentru acţiunea microorganismelor.Cele mai răspândite pe suprafața fructelor sunt mucegaiurile. Se întâlnesc specii de g. Penicillium,Rhizopus, Monilia, Fuzarium etc. Mucegaiurile enumerate se dezvoltă rapid pe suprafața fructelor și legumelor și treptat produc microfisuri în pericarp (stratul protector), astfel permițând pătrunderea în interiorul lor a germenilor din microflora epifită. Dezvoltarea microflorei epifite depinde de starea legumei sau a fructului și de condițiile climaterice. În cazul când epiderma este integră, microorganismele nu se pot dezvolta datorită lipsei de substanțe nutritive. Când însă prin lezarea suprafeței fructului sau legumei, sucul iese la suprafață, microorganismele trec din stare latentă în stare activă, unele dintre ele pătrund în profunzime, provocând astfel îmbolnăvirea fructelor și a legumelor.